4BF7A

Emericilla nidulans endo-beta-1,4-galactanase
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
ALTYRGADISSLLIEEDSGVAYKNLNGETQAFELILANNGVNSIRQRIWVNPSDGSYNLEYNLELAKRVQDAGMSVYLDLHLSDTWADPGDQATPSGWSTTDIDTLAWQVYNYTLDVCNTFAENNVAVEIVSIGNEIRNGLLHPLGSTDHYDNIARLLHSGAWGVKDSSLSTTPKILFHLDNGWDWDAQKYFYDTVLATGTLLSTDFDLIGVSYYPFYNADATLSSLKTSLTNLKSNYGKNVLVVETDWPVQCSSPEYAFPSDLSSIPFSADGQETFLGRLADTLEDVGGVGIYYWEPGWVDNAGLGSSCEDNLMVDWRDRTVRESISVFGDLAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords ARABINOGALACTAN ENDO-1,4-BETA-GALACTOSIDASE A
publication title The Binding of Zinc Ions to Emericella Nidulans Endo-[Beta]-1,4-Galactanase is Essential for Crystal Formation
pubmed doi rcsb
source organism Emericella nidulans
total genus 113
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.2.1.89: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase.
pdb deposition date 2013-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07745 Glyco_hydro_53 Glycosyl hydrolase family 53
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4bf7A00
3RO8A 1IV8A 2IXUA 1NWUA 3WKZA 1V3MA 3BC9A 1DWAM 2VRJA 4NF7A 3AYRA 2WVSA 3T0DA 2BVTA 2VCAA 5I2UA 1CGTA 1C7TA 1KXHA 4V28A 1V6XA 1H2JA 1ODUA 4ZE5A 3POHA 4CUCA 3WBEA 3UESA 1ITXA 4U3CA 1BYCA 2GJRA 1V6VA 2BXZA 1UKTA 3T2PA 4P8WA 4D6GA 3VUPA 1E6XM 3A4AA 3W38A 3A3HA 4FK9A 3VD5A 1L8NA 1C8XA 4DUWA 1XH0A 5I3DA 3OG2A 1BYDA 2WMJA 3T2OA 3CHDA 1JF6A 4S3JA 3AXXA 3AJ7A 3VU2A 4ZXLA 4HTYA 1C91A 3VMPA 3WUFA 2DIJA 1D7FA 4MB3A 1XRVA 5TD4A 1E5NA 1M01A 1ISYA 4X9YA 2J7FA 3NSXA 4M29A 4AZCA 4D6IA 1VAHA 3TTQA 2UY5A 1JFHA 3U7VA 4D6JA 1JI2A 2BFGA 3ZJKA 1W9VA 4KMQA 1VEMA 4U33A 1VIWA 4JHOA 3AHVA 1HX0A 5M5DA 1B9ZA 1ZBWA 4KH2A 3QGVA 3GYCA 5F7UA 1QHOA 4PMYA 1A47A 1GONA 5ABHA 4JIEA 1AMYA 5HXMA 2XFFA 5BROA 3K4AA 1XSKA 1NWSA 2VQUA 3L4VA 1AQMA 4W86A 1JXJA 4OUEA 3PTMA 1E6RA 3WNPA 1PAMA 1ZB5A 3ARYA 5A6JA 2GDVA 2WCGA 1GQKA 4CKQA 2XIBA 4W89A 3KL3A 2ZUVA 3VD4A 4J27A 2BY2A 2WSPA 1CXHA 3WD2A 4WKAA 1J0ZA 1PPIA 4UR9A 2WHLA 1NH6A 4HMCA 2A3EA 4E8CA 1VJZA 2C0HA 3AIRA 3T0BA 2PWFA 2YDRA 1UR8A 2VNCA 1W9XA 3N1AA 4Z2JA 1H3GA 4AZIA 1NOWA 1EHAA 3NDYA 3BMWA 3TP4A 3WQ5A 2PWGA 5CLWA 3MMWA 1UQZA 2VZOA 1J12A 3ALFA 4H04A 2XVPA 4RE2A 3ZSSA 1QI0A 4AEEA 1B31A 2Y8KA 2ZX5A 2E40A 3K8LA 1UH4A 3BSHA 1E70M 3GNPA 3SCWA 6A3HA 1VFOA 3UR7A 1LWJA 1GQJA 4BQ3A 1KGXA 4JFWA 3WELA 4WSJA 4NI3A 3LPFA 3IK2A 3MS8A 1XD1A 4JZ5A 5IHSA 1KCKA 3AIEA 3PZOA 4GXPA 5E09A 2W62A 1MXGA 2QLYA 1KWGA 2ZX9A 3SURA 5BXTA 3B9DA 4W7UA 4WF7A 4JFVA 3VDCA 2MANA 3KL0A 3LPPA 1HL9A 2ZUTA 1JGIA 3BGAA 2QPUA 4GO9A 5CSYA 2XVKA 2PWDA 2XIIA 3ARPA 4RE4A 2WC4A 3ZO9A 5A8QA 1UA3A 3AS1A 2WXDM 3O2LA 3BLKA 4PTMA 3THDA 1UH2A 1EDQA 1AVAA 1EXPA 4CU8A 3W0KA 2W67A 2WC3A 3SCSA 3CBWA 1QNQA 3WEZA 1QI3A 5JUVA 1CDGA 2DSUA 3CZEA 1IZKA 2DDXA 2WZEA 1MW2A 1CLVA 2CESA 2XGBA 4HMDA 1BTCA 3AROA 5LA2A 1GHRA 1V6WA 3CHFA 3AZRA 3I3DA 5E0CA 2J47A 5FIPA 1EQPA 3WNMA 2EPLX 1BFNA 4X0NA 1CXFA 4LPCA 4HPHA 4A4AA 2YA2A 4B9ZA 1E6QM 8CGTA 1GORA 1XH1A 2XVLA 4IPNB 4PMUA 5JIPA 2OSYA 1QNSA 1K9FA 1E56A 2D3LA 1WZLA 4UQCA 1KXQA 1SMAA 1V02E 1ODZA 5LYRA 5BXSA 4DWSB 1J11A 3OGSA 1B3ZA 1WP6A 3AMDA 3II1A 2E8YA 2VZTA 2OWCA 1HVQA 1WZKA 2XGIA 1R7AA 1GZJA 2WMIB 1NP2A 2CKRA 3FHAA 4HP5A 4GI6A 2VZVA 1H5VA 4QLLA 2RGMA 4PMQA 4QCFA 2FHCA 2YL8A 4AIOA 1M53A 3L4TA 1NP0A 3WFLA 3WL1A 1OINA 2GJXB 3CLWA 3UG4A 4QFUA 3RJXA 1PJ9A 1MW0A 2CNCA 3DYPA 2GK1B 2WHKA 1KR1A 2DPEA 3VM7A 1ISWA 3F5LA 4PMZA 5A69A 2WVUA 1P6WA 2Z1SA 4AIUA 2VR4A 2J78A 4XZBA 4OOUA 2VX5A 4H41A 5D9OA 3FW6A 3VD7A 4UFHA 1O6IA 3CPUA 1VFFA 1FH8A 5DFAA 2ZXBA 1XHGA 3M07A 3VGHA 4GO8A 3UCQA 3EDKA 1J0YA 4TVUA 5BRPA 4MPKA 1VB9A 2BHYA 2VVSA 3OIHA 5CJ5A 5CPQA 2W61A 2GFTA 4FF5A 4AD3A 1O7AA 3HMCA 1GOQA 4D6CA 3PBGA 4WLCA 3VTRA 4H8HA 1RPKA 2WVVA 1JL8A 3KZSA 2CETA 1C92A 1QI4A 1W1PA 4CN4A 3W6LA 1EO7A 1UD2A 3BAWA 1BG4A 1GVIA 3QOKA 2VR5A 5HPOA 3EDFA 1FP9A 3MMDA 4J3VA 4P7OA 2PB1A 1QBBA 5E70A 2E0PA 4P8VA 1VFUA 5D9MA 5EFFA 3U5UA 4D6FA 1FFRA 3ZT7A 3ZJ8A 4BF7A 1U30A 3BAIA 1JDCA 1B3VA 1OT2A 1UR2A 1LF1A 1JFXA 2NW0A 5IDIA 1RH9A 4M1RA 5JBEA 2CHNA 3IJ8A 4JKMA 4CVWA 1E72M 1JYVA 1MWOA 1E55A 4MTVA 4QLKA 4LX4A 1LL6A 1E3ZA 2G41A 3CGTA 2V3DA 1DHKA 2WVTA 1BQCA 3QOMA 3SCQA 1BGGA 1QNRA 4JCLA 3NDZA 1EGZA 1E0WA 1BPLB 1ZL1A 3PZVA 4C7GA 8A3HA 4ZXOA 1UD3A 3QR3A 3MMUA 5EBAA 1VJSA 1MFVA 2YL9A 3PHAA 3W27A 2PWHA 2XG9A 3ZJ7A 2DSZA 5DT5A 1JYNA 1DEDA 3F4VA 2Y8VA 2WZIA 1J0JA 3OZOA 4UFLA 3VGDA 4MNLA 3WUEA 2W92A 4PEEA 1G94A 4LQ1A 1J18A 4FLRA 2BY1A 2O92A 4ACZA 3AIWA 3BH4A 1Q6EA 1CGVA 4RL3A 4ML4A 2VRQA 3OLGA 4MAZA 3TTOA 4YN5A 3WH5A 3M6DA 3K8KA 1E4MM 1UWSA 2VRKA 4JHZA 2FH6A 3FAWA 3WNKA 4PSPA 1E73M 3GNOA 1HJUA 1J0KA 3KEHA 4M82A 1UA7A 2G4FA 1KBBA 2IUZA 4P7QA 4UQBA 1MW3A 1G5AA 1KBKA 3D5HA 3VGFA 4BQ4A 4H2CA 1WCGA 1EQCA 2UY2A 2YLLA 3E1F1 3QHOA 1HJWA 3WSUA 2UY3A 4CCDA 4MJ2A 3WF3A 4AD0A 2G3JA 1E6PA 3VNYA 3GH4A 2BNJA 3WNOA 3GDBA 3VIKA 4AMCA 3AZSA 3EMQA 2X09A 3ARSA 6TAAA 4PUEA 2ZIDA 4OKDA 2VI0A 1V3IA 3MANA 4ZENA 2EJ1A 1GOKA 4XV0A 1LL4A 1UUQA 1C93A 4M24A 4EAMA 3AFBA 1CPUA 4HOZA 4U5IA 4ZEPA 4DM1A 1TUXA 1JD7A 4DWSA 2CCRA 2YL6A 2ZOXA 4OBRA 1DWGM 3VIHA 1EO5A 1HJXA 1BGAA 4XB3A 3CMJA 2A3AA 5E0FA 4MADA 3WD3A 4TX8A 5D8WA 4FLOA 4PMXA 2V38A 1JAEA 1QNPA 1HXJA 4LYRA 3SCRA 5A94A 1UD4A 1ZJAA 2X0HA 2WPGA 1HKIA 5FL1A 3S6TA 2WK2A 3CZLA 4TX6A 4MB4A 1FOBA 2E9MA 3UERA 2GJXA 3QHMA 3N12A 1MVYA 4DWSD 5D9NA 1JNDA 2WB5A 4JAWA 1UQYA 3N9KA 3WMSA 3PZNA 2G3IA 3OGRA 1KB3A 1PX4A 1EHNA 2ZX8A 1B1YA 4TTUA 5KZ6A 1JZ4A 1W3LA 4AD2A 3T08A 3WNLA 1HP5A 1HKKA 2D23A 2OLHA 2NSXA 3L2MA 1KWKA 1HNYA 3SEPA 1X6NA 3AICA 4BA0A 2GJPA 4FLQA 3AS0A 2BHUA 1PX8A 1H09A 3CZ8A 5GNXA 4UQAA 1J0IA 1MQRA 1JF5A 1CNVA 1XCXA 4CCCA 1WB0A 3GM8A 4RE3A 4AXNA 1RP8A 4DUVA 4JKKA 4JKLA 3AS2A 5EFDA 3VIMA 2ZWZA 5A95A 3VIGA 1JZ2A 2WKLA 1UD5A 2BS9A 5I0DA 1JIBA 3WBAA 3I3BA 1U33A 2TAAA 3KE0A 3CO4A 4HU0A 2JE8A 1CEOA 3OBAA 2WNWA 2F8QA 1EOMA 3ZR5A 1Z32X 1FP8A 5C8BB 1ZBVA 1W1YA 1DWHM 3WD0A 2W5FA 4KRUA 3AHXA 1WPCA 1S46A 2ZXDA 1I1XA 3FHQA 3DHPA 2OWXA 3WQ6A 1D2KA 5CSUA 5IXEA 2VMFA 4QCEA 4NRRA 4CGTA 3VD9A 3WD4A 1PEZA 3WDRA 4PMVA 5CG0A 2E3ZA 4CU6A 2DT3A 2X2YA 3K1DA 4UZUA 1WZAA 1OCQA 1W3HA 1HIZA 4KWUA 3W24A 3RILA 1ITCA 1BF2A 4N0RA 3U57A 1GVYA 1E0XA 5HDRA 4F79A 2YJQA 3ZMRA 1UR0A 4HA4A 1N82A 2J74A 1Q6GA 1AQ0A 2D22A 1SYTA 2JEPA 1WKYA 3SCPA 2RGLA 1IZJA 3BAJA 4P8XA 4B9YA 2WANA 1H0IA 5A6MA 4JL2A 1J0HA 4HZ8A 4MDPA 3SCVA 4R27A 1UKSA 2A3HA 1J10A 3CUGA 5I79A 1MXDA 3CHCA 2VX4A 5KEZA 2D0HA 1WDRA 3G6MA 3RJYA 2J7BA 4W8LA 5HPCA 4GQQA 1NOUA 2ZX7A 2G3MA 2E8ZA 4MJ4A 3ZT6A 2YDSA 2WWDA 2GVYA 3W4RA 4NSBA 4UQEA 3VIIA 1EDGA 2GDUA 3ZIZA 2DSVA 1PZ2A 5GQBA 1J9YA 5JBFA 3DYMA 5A8PA 2VCBA 3AOFA 5FKYA 3SUWA 4HA1A 3J7HA 2WBKA 1CTNA 4J7RA 2YOCA 5DMYA 4Z2IA 1GCYA 1W3JA 1VENA 3EYPA 4V2XA 1VF8A 4GZJA 2EPOA 3CZKA 1G1YA 4D6EA 1UG6A 3KWXA 2C7FA 3GXMA 1VEPA 1E6SM 5A3HA 1B0IA 3AYSA 1W32A 3MUIA 1LL7A 5HNNA 1UZ4A 2IXVA 3ZM8A 3DHUA 3SUTA 4GZEA 5C70A 3WUBA 1ZJBA 4J28A 4C7DA 1TZ7A 1BYAA 2ZE0A 3WUGA 4B15A 3PN8A 3WD1A 1BLIA 4W84A 4QP0A 3PZGA 4BQ2A 2PF0A 2VTFA 3VMNA 1E4NA 1WDPA 1BHGA 3IJ7A 1B90A 2XYLA 2VJXA 2X05A 3N15A 3RDKA 1JDDA 1QHPA 3EMZA 3MKKA 1WZMA 4D72A 3OLIA 4AZBA 2CBIA 2O9PA 1B30A 4OZOA 5AC5A 3ARUA 4W8AA 2AOSA 2HVMA 3ARVA 3AZTA 1UWIA 4CU7A 1F4HA 2Y4SA 1E40A 2FHFA 3AIUA 3CUHA 5A8MA 1R7OA 2WMKA 2XVNA 1B2YA 1OT1A 2XFYA 1C8QA 1E4IA 3I3EA 4JFTA 2EO7A 1V3KA 1TVNA 2CBVA 4PMOA 2XJ7A 4U5KA 5FD0A 3ECQA 3UR8A 5IHRA 1US3A 3AHZA 5I5RA 1H49A 4Y7EA 1NWTA 2DEPA 1UYQA 2NT0A 4Z2KA 2DGAA 2G8ZA 3RM9A 5A8NA 2VZUA 4D71A 4AZGA 3PZUA 4BQ5A 1SMDA 3WQ4A 1ISVA 1ZBCA 1BAGA 1E6NA 3BLPX 3WQWA 3LPOA 3GXFA 1E4LA 3WL0A 4KRTA 2WW5A 3AMLA 1PIFA 3IAPA 4UQDA 2AMGA 2GSJA 2XUCA 3WDIA 2W91A 5CXPA 3L4WA 2D24A 3CZGA 1OIFA 3WN6A 1KXVA 1DP0A 1CWYA 1QI5A 4CD7A 5D9PA 3WQ8A 1TVPA 1Q4NX 1NQ6A 2EPMX 2UY4A 4J3WA 3WDQA 4QDMA 3ARRA 4HA3A 5GNZA 4CCEA 2WLYA 5A6AA 3OLDA 2CXGA 4PN2A 2FGZA 1MQQA 4MNJA 1UH3A 5FCZA 5CZKA 3NSNA 4ACYA 3NUKA 4PRWA 3VINA 1EDTA 1JZ5A 3WMCA 4F9DA 5BCAA 1JG9A 4U31A 5I6SA 1FFQA 2XPKA 3AI0A 1OD8A 2DH2A 4H8VA 1Q6FA 1TCMA 4PMRA 4B3LA 1K9EA 3JUGA 3HN3A 4J3TA 2Q8XA 2WAGA 2WSKA 4NZCA 1QPKA 1CENA 1Y7VA 2W66A 3BXWA 3FN9A 5BWFA 2J75A 4DWSC 1I75A 1QI2A 3WQVA 3VOCA 4PCSA 3IANA 1XYZA 3BAXA 3BCFA 1EA9C 1UZ1A 2ZUSA 2V5CA 4PSRA 3THCA 4XUYA 4CD6A 1HN1A 1GQIA 1TA3B 1OWQA 5DF0A 2BVYA 4ZE4A 3EDEA 1KCLA 3FXYA 2VCCA 4E2OA 1V02A 2DH3A 1W2PA 2J79A 5LA1A 4GINA 3VX0A 1E6ZA 1ISXA 1CXIA 5JBDA 2OWWA 1WE5A 4UFJA 5A2CA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3RO8 A;  1IV8 A;  2IXU A;  1NWU A;  3WKZ A;  1V3M A;  3BC9 A;  1DWA M;  2VRJ A;  4NF7 A;  3AYR A;  2WVS A;  3T0D A;  2BVT A;  2VCA A;  5I2U A;  1CGT A;  1C7T A;  1KXH A;  4V28 A;  1V6X A;  1H2J A;  1ODU A;  4ZE5 A;  3POH A;  4CUC A;  3WBE A;  3UES A;  1ITX A;  4U3C A;  1BYC A;  2GJR A;  1V6V A;  2BXZ A;  1UKT A;  3T2P A;  4P8W A;  4D6G A;  3VUP A;  1E6X M;  3A4A A;  3W38 A;  3A3H A;  4FK9 A;  3VD5 A;  1L8N A;  1C8X A;  4DUW A;  1XH0 A;  5I3D A;  3OG2 A;  1BYD A;  2WMJ A;  3T2O A;  3CHD A;  1JF6 A;  4S3J A;  3AXX A;  3AJ7 A;  3VU2 A;  4ZXL A;  4HTY A;  1C91 A;  3VMP A;  3WUF A;  2DIJ A;  1D7F A;  4MB3 A;  1XRV A;  5TD4 A;  1E5N A;  1M01 A;  1ISY A;  4X9Y A;  2J7F A;  3NSX A;  4M29 A;  4AZC A;  4D6I A;  1VAH A;  3TTQ A;  2UY5 A;  1JFH A;  3U7V A;  4D6J A;  1JI2 A;  2BFG A;  3ZJK A;  1W9V A;  4KMQ A;  1VEM A;  4U33 A;  1VIW A;  4JHO A;  3AHV A;  1HX0 A;  5M5D A;  1B9Z A;  1ZBW A;  4KH2 A;  3QGV A;  3GYC A;  5F7U A;  1QHO A;  4PMY A;  1A47 A;  1GON A;  5ABH A;  4JIE A;  1AMY A;  5HXM A;  2XFF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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