4BF7A

Emericilla nidulans endo-beta-1,4-galactanase
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
ALTYRGADISSLLIEEDSGVAYKNLNGETQAFELILANNGVNSIRQRIWVNPSDGSYNLEYNLELAKRVQDAGMSVYLDLHLSDTWADPGDQATPSGWSTTDIDTLAWQVYNYTLDVCNTFAENNVAVEIVSIGNEIRNGLLHPLGSTDHYDNIARLLHSGAWGVKDSSLSTTPKILFHLDNGWDWDAQKYFYDTVLATGTLLSTDFDLIGVSYYPFYNADATLSSLKTSLTNLKSNYGKNVLVVETDWPVQCSSPEYAFPSDLSSIPFSADGQETFLGRLADTLEDVGGVGIYYWEPGWVDNAGLGSSCEDNLMVDWRDRTVRESISVFGDLAA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Emericella nidulans
publication title The Binding of Zinc Ions to Emericella Nidulans Endo-[Beta]-1,4-Galactanase is Essential for Crystal Formation
pubmed doi rcsb
molecule keywords ARABINOGALACTAN ENDO-1,4-BETA-GALACTOSIDASE A
total genus 113
structure length 335
sequence length 335
ec nomenclature ec 3.2.1.89: Arabinogalactan endo-beta-1,4-galactanase.
pdb deposition date 2013-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF07745 Glyco_hydro_53 Glycosyl hydrolase family 53
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4bf7A00
1K9DA 1J0HA 3SCUA 4MDOA 3CZEA 2ZXBA 3RPMA 3CHDA 2X05A 2BV9A 1W1PA 3S6TA 1AQHA 3G6MA 1CXIA 2BVDA 2DSZA 1E5JA 5FL0A 3VDBA 2D3LA 3GXFA 1J0ZA 1K9FA 5CPTA 2WC7A 1W1VA 2VL4A 3WY1A 1MW0A 4RE3A 4B9ZA 1MQPA 1X6LA 4MNKA 2OSWA 1V3LA 1Q4NX 4CD4A 4LYQA 3PHAA 5A8PA 2ZUNA 1JDDA 4CKQA 1QHPA 5M5DA 2ZUMA 2WHKA 1B3WA 4AZCA 3F5KA 4Z2IA 1J0IA 3JUGA 3L4YA 1ODUA 1JFHA 3ECQA 4JFUA 3BSHA 4AZIA 3OLDA 1UD5A 5I6SA 3WDRA 2V3EA 3QGVA 1BG4A 1J9YA 1V02E 1H0GA 1J0JA 2VURA 2GK1A 3GH5A 1XH1A 1DWFM 4HU8A 3BLKA 1ZS2A 3ALFA 4WSJA 4AIOA 1BTCA 2B31A 3CBWA 4AD3A 2F61A 3WFLA 4A3YA 1XCXA 1ECEA 3ARZA 3VIPA 3WENA 4CN6A 3IJ9A 3KL3A 3WH7A 4HMDA 2WHLA 4F79A 7A3HA 1MW2A 2FGLA 4HPHA 1UWQA 1EHNA 1JZ2A 2W5FA 2DIJA 5GQBA 4AZ7A 1HJWA 2WMJA 2WLZA 1UR4A 3NSNA 1D2KA 1GCYA 2J4GA 2UWFA 2G3IA 3L4XA 4FLOA 5A94A 3RM4A 4UFLA 5A8MA 3WQ4A 3AXHA 4D6JA 4NZCA 5DO8A 4CVWA 1EO7A 3THCA 1B3ZA 1E70M 2PBOA 5D9MA 4PMXA 2Y8KA 4TVCA 1VJZA 2XJ7A 4IUGA 3THDA 2E8ZA 1IZJA 2YL9A 2DH3A 1RD6A 2QHAA 4UQDA 1GZJA 4W85A 5A95A 2G3JA 3S2CA 1JF6A 1TE1A 4V28A 1KCLA 2J7GA 3BAJA 4PCSA 1TVPA 4C7FA 5D8ZA 4UQBA 1VFUA 4UQCA 1WB0A 1X6NA 3WD4A 1EOMA 1QNQA 1CXKA 2GJRA 3AYSA 4H04A 2J79A 2C0HA 1FHLA 1E40A 3FAXA 3SCTA 3PZNA 2VVNA 5LA1A 3RCNA 3PTQA 1EQPA 1VRXA 2FDMA 3AIRA 4W8LA 3CUJA 4CVUA 4KRUA 3VD5A 3ARRA 3AYRA 5I23A 1US3A 1B3XA 2O9OA 3E1F1 4AZBA 2D0HA 3WUEA 2ZXDA 1GJUA 4U5KA 2CBIA 3VD3A 3AIEA 3BCFA 1NP2A 5BXTA 3LMYA 3FY1A 3UR7A 1R87A 1UZ4A 4Z2KA 3N1AA 4QFUA 1P6WA 1I1XA 4MDPA 3W27A 3NDYA 4LXFA 4Z2LA 3WNKA 5JIWA 4UZSA 4W8BA 1Q6CA 1B9ZA 1WDPA 2ZXAA 3MMDA 3WEOA 1LJYA 4M81A 4P7OA 1CGUA 1OBAA 1ZBKA 3AIUA 3VDAA 1VEMA 1HVQA 1EIBA 4HMEA 5FKYA 1ZU8A 3CTTA 4JL2A 3W38A 1OIFA 1XH0A 3RO8A 4ML4A 1KGUA 3OZOA 4GIAA 2CHOA 3RJYA 2WKGA 4FK9A 4CD5A 1GORA 3ZJKA 1U30A 1W91A 2EPNA 3VM5A 4D6GA 3WEMA 1OT1A 4CGTA 4B9YA 1CIUA 3BAIA 1VBRA 3DYPA 1GJWA 5CQ1A 3PZOA 1CXHA 1TA3B 1QI2A 3PZIA 2ZX7A 3AS3A 2BY1A 4PMOA 2AOSA 2J8FA 1C92A 1DWGM 1RPKA 3ARPA 1B3VA 1F4HA 3N9KA 4XUYA 5BCAA 4W87A 3SCRA 3SCWA 3N15A 1CZ1A 1FHDA 2VX4A 1HJXA 2BVYA 1G5AA 1XHGA 1XGZA 4LGXA 3TTSA 2WCAA 1LG2A 3WELA 4AD5A 3CUIA 1K6AA 5IXEA 2XWEA 4PMDA 3ARYA 3VIMA 3EDKA 3NSXA 5M17A 1HF6A 1V08A 2WAGA 3ARVA 5C70A 1CTNA 4NF7A 1W9BM 1DEDA 1H4PA 3MKKA 1E0VA 5CXPA 3WNNA 2TAAA 5IHRA 3FN9A 5CSUA 5C71A 3AIQA 3SCQA 1UOKA 3KL5A 3WUFA 2PWHA 5FCZA 3FHAA 1V6VA 2CBVA 2QMJA 4AEEA 3A4WA 2E9BA 4NSBA 3W81A 1NWTA 2AMGA 4UNIA 1E6SM 1M53A 4TVUA 2YIHA 1BVNP 1V6XA 1GQKA 1RP9A 4QAWA 2VNCA 1JZ7A 4IPNB 1ITCA 1TMQA 4FLQA 2Z1KA 1LWJA 2XG9A 2VQUA 3QHMA 3HMCA 2O92A 3UESA 4Z2JA 3WBEA 3MUY1 4OOUA 1SYTA 1V0MA 5FIPA 1E3XA 5CPQA 3EMCA 4DM2A 3AHZA 3N04A 4BQ4A 3B9EA 4WKFA 2VCCA 4HZ8A 1PX8A 1E43A 3AHYA 3WH5A 2WMGA 1GOOA 5GNXA 1Q6GA 2W4XA 3IK2A 1GHSA 4M82A 5E09A 4OOZA 2OYLA 3U7BA 5E9AA 1JYXA 3AZTA 3OA5A 4TTUA 4ZENA 3ZJ6A 3OLIA 1WO2A 1H3GA 3KEHA 2RGMA 2C7FA 2XVKA 3CZKA 4DWSA 1UKTA 1M04A 2J7DA 4GINA 5A6MA 2WMKA 4V27A 1E4IA 2ZX9A 3VGDA 2D2OA 1GONA 4PTMA 4LQ1A 2DSKA 1V3MA 2DEPA 5BRPA 4PUDA 3L4ZA 1V02A 1HKJA 3CO4A 4MADA 5A2CA 5D8WA 5DEZA 4U5IA 1W3KA 3UR8A 3BLPX 2XFFA 5BXRA 1C7SA 1JFXA 2BHYA 1TG7A 1E6XM 3POHA 3SCOA 3VU2A 1XH2A 2WBGA 3ARXA 2Y4SA 5FD0A 2IXUA 3WL0A 1WPCA 3AMDA 1FH8A 5F7UA 5DT7A 4MJ4A 1JZ4A 2CPUA 1QHOA 1G94A 2W67A 1WNOA 2VRQA 3QOMA 4PSPA 3VO0A 5LYRA 1JD7A 1C91A 2WVSA 1NWUA 3WMBA 1WZAA 2JALA 4E8CA 1WE5A 1MWOA 3DYOA 4D1IA 3II1A 2FH8A 2MANA 3WMCA 4YHEA 5ABHA 3AIWA 2VR4A 5EB8A 2WSPA 2GDVA 4F9JA 2YDQA 1UA3A 1MQQA 4ZE5A 3WDPP 1BYDA 2W91A 5AYIA 3ZR6A 4M8UA 3WQ8A 2XYLA 3OBAA 4JCMA 2WMIB 3O6AA 4D72A 2EXOA 5KZ6A 5A3HA 1H5VA 5E70A 4D6HA 2WVTA 4DUVA 4MNMA 2OLHA 1CXFA 3SCNA 1OGBA 3WNLA 3WD1A 3WD2A 5IHSA 2BY0A 3RILA 1CDGA 3T0DA 2YLLA 4AWEA 1CLVA 1XCWA 3LPGA 2FH6A 5AY7A 2ZUUA 1ZL1A 3ZQ9A 2WSKA 1NP0A 3U57A 4LYPA 1C8XA 1XSJA 4UFIA 1QBAA 1EXPA 4PTVA 3GNOA 2WYSA 1ESWA 5CLWA 1BAGA 3VGBA 3WD3A 2UY2A 3SIMA 1KQZA 3D3AA 4E8DA 1R7OA 4CU6A 4DUXA 4TUFA 5HDRA 3MU7A 1LL4A 4WKHA 4H2CA 1KWGA 5D4YA 1W9XA 2XM1A 1O7AA 3WH8A 1HVXA 4KGLA 1UD8A 2JIEA 2EPLX 1A47A 1QOXA 4GO8A 1HP5A 1GQLA 8A3HA 5KEZA 5E6YA 2PI6A 4PTXA 2VJXA 2A3HA 1PX4A 1UWRA 3PZ9A 1ZBVA 1KBBA 3KZSA 2BY3A 1J0YA 4TX6A 3I3BA 4Q22A 4ATLA 2YA1A 1GVYA 3NYDA 2D24A 1QI3A 2E4TA 4HTYA 1V3IA 3WQVA 1FOBA 2JEPA 4BZYA 1W3LA 4J28A 1H11A 3CZ8A 3O2LA 2YLAA 1TFVA 1OWQA 2DT0A 1EGZA 1H41A 5IFTA 5FOOA 1JAEA 5EBAA 2D20A 4XZBA 3UEQA 2D22A 5CG0A 2GJPA 5EFFA 1BVZA 3WFZA 1UKOA 4XV0A 1LWHA 3OGSA 1AMYA 4GI8A 2G8ZA 3TOPA 2EPKX 1I75A 3KE0A 2XSAA 2XWDA 1TVNA 4UZUA 1G9HA 2UY5A 4Z2HA 3PBGA 4W84A 1K9TA 4F9DA 1R86A 3WD0A 5A6BD 2ZXQA 7TAAA 1G01A 2Z1SA 1E71M 4HOZA 1PJ9A 3BMWA 3GH4A 3VDCA 2JE8A 4QLJA 1NQ6A 1HT6A 1GOMA 2VRKA 1F4AA 3AJ7A 1R7AA 1QVBA 2VTFA 3VIFA 1XSIA 2VO5A 3CLWA 4D71A 2VCAA 2XPKA 5HOSA 2CXGA 4CCCA 3VIJA 2OSXA 2W92A 2WC3A 4P7LA 5E6ZA 4BQ2A 4EK7A 1NARA 1UR0A 3WN6A 1E6QM 4AXNA 4QCFA 1ODZA 3MUAA 2VX6A 2J78A 2G4FA 4XB3A 1JI2A 2WWDA 4PUEA 2JEQA 3M07A 3G6LA 4MTVA 4HA1A 4V2XA 1FH7A 2VQTA 1KR0A 1EQCA 3WUGA 3W28A 3VIOA 3T09A 4X0VA 1K9EA 3CHFA 3N11A 4K68A 4X9YA 3PTKA 3PZTA 3ZJ8A 1HL8A 2WW5A 2X8RA 1B2YA 2OSYA 2YBTA 1FA2A 4M24A 3AHXA 3ZMRA 4BF7A 4J3XA 1UQZA 4PMQA 2G3NA 5I77A 5I2UA 1KXHA 3VIIA 2CETA 2YL5A 2VR5A 3BAWA 3AHTA 2GJXB 1SR0A 4GZEA 2CEQA 4JKMA 4AD0A 2OYKA 9CGTA 3M7SA 4MB1A 1DWIM 1VENA 3K46A 5D9OA 1WCGA 2FHBA 5A6AA 1GOWA 1GOKA 4IISA 1QW8A 2J7BA 3VGGA 5LA0A 1UUQA 3AICA 4QDMA 2BS9A 2UY4A 3FW6A 2J7FA 1E4MM 1WZKA 1E55A 1V0NA 4C7DA 1H1NA 1VB9A 1CEOA 1E72M 5GPRA 4LX4A 3VDHA 3WF1A 2ZX6A 4XZWA 4TX8A 2XIIA 4AIEA 3GXMA 3ZT6A 2G41A 1XYZA 1E15A 4J27A 1ISXA 3D5HA 1CXLA 5A8QA 1NOFA 4D1JA 2YA0A 4OIFA 1UD6A 3N12A 1KXVA 2HISA 4D6CA 2C8NA 1FP8A 3CIVA 3HN3A 3CUGA 1VEPA 1LQ0A 4JFWA 5GNZA 1PBGA 4GQRA 3W4RA 3IAQA 3L4UA 5BXPA 1GQIA 3CPUA 3RIKA 5JBEA 4AD2A 5HNNA 4PMYA 5CGTA 1MFUA 4XX6A 3CHCA 3OZPA 3ZSSA 1QNRA 3OLEA 4J3TA 5HBFA 1M01A 1UWIA 1V0LA 2X0HA 3M6DA 1ZBWA 1JZ5A 3VX0A 2EO7A 1KFWA 4ACZB 3AFBA 1E4NA 1ISWA 2V5CA 4JFTA 1OGSA 4HU0A 1Z32X 3W6LA 4U33A 3BAYA 3VD7A 2PC8A 4HOWA 4QCEA 1H2JA 2E3ZA 4W7WA 3GBEA 2VZVA 4ZE4A 3OG2A 2WB5A 5BWFA 2BXYA 3FAWA 3SUSA 2D23A 4GQQA 4NI3A 3WUBA 1CGWA 1XRVA 3CMJA 3MV11 1ZJBA 3WNPA 3POCA 5I24A 5I79A 3NSMA 1UKQA 5AYBA 3CUHA 1UD3A 1L8NA 1C8YA 3VMOA 1CBGA 4UQAA 3WIJA 5JBFA 3UCQA 1FH9A 1V3HA 3ARWA 2XGBA 3NIYA 3APGA 1VEOA 1MYRA 1RH9A 1NWSA 3VD9A 3SUUA 1J10A 4H8VA 4AZ6A 3GYCA 4QLKA 1UYQA 3VUPA 2WHMA 5HXMA 3ZR5A 5A1AA 1DWAM 4EANA 2O9RA 5ABFB 4QLLA 2Y24A 2EJ1A 1J01A 4CUCA 4AYSA 2CIPA 1HIZA 4OZOA 3L4VA 4B16A 4PMVA 5HPCA 1AVAA 2GVYA 1OCQA 2QV4A 1H0IA 1W32A 1DWJM 4B15A 4AMCA 2JF6A 6CGTA 1JZ8A 1W9PA 2YA2A 4JKKA 3WH6A 3K8KA 1EO5A 1UR2A 1SMAA 3PTMA 2ZUTA 4UR9A 4W89A 3QHNA 4AY1A 1LG1A 3WNOA 2BHZA 1W9DM 3AIVA 1E1FA 2BXZA 4RE4A 3B8SA 4OBSA 1LL7A 1E5NA 2F8QA 2X09A 1WKYA 1ISVA 1PIFA 3FXYA 3K4AA 1WZMA 4D6EA 5CGMA 1JGIA 2WC4A 3T2QA 1TZ7A 1EOKA 4U3CA 2DSWA 1BF2A 2DT2A 1KWKA 3GNPA 1JG9A 1B30A 2CKSA 4W5ZA 2WZEA 4PMRA 4P8VA 3RMEA 1FFQA 3WF2A 5DFAA 3FHQA 3CMGA 4MNJA 1HJVA 1TA3A 4JHOA 4WF7A 1UR9A 3PZMA 5FL1A 1QI0A 3VIHA 3A6OA 3RM8A 3VOCA 1EH9A 1SMDA 1AQMA 1QNOA 2WNWA 2DQXA 4ZXOA 4MAVA 3L4WA 1JL8A 1VF8A 3W26A 1W9VA 4UOZA 2PB1A 3SUVA 4J3UA 1IZKA 2CKRA 1MQRA 1R8LA 3EDFA 1HKIA 2YKKA 2VZUA 3MV01 1GPFA 5CZKA 1QNPA 2ZUWA 4OJYA 2VCBA 2XVGA 1ITXA 2WVVB 4CD8A 3VGFA 3TTQA 1VFMA 3N18A 2A3AA 2YOCA 1QBBA 1CWYA 1HP4A 3BH4A 2XTKA 3NDZA 6TAAA 2VX7A 1JXJA 1JXKA 3TA9A 2DSUA 3ALGA 1XYFA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1K9D A;  1J0H A;  3SCU A;  4MDO A;  3CZE A;  2ZXB A;  3RPM A;  3CHD A;  2X05 A;  2BV9 A;  1W1P A;  3S6T A;  1AQH A;  3G6M A;  1CXI A;  2BVD A;  2DSZ A;  1E5J A;  5FL0 A;  3VDB A;  2D3L A;  3GXF A;  1J0Z A;  1K9F A;  5CPT A;  2WC7 A;  1W1V A;  2VL4 A;  3WY1 A;  1MW0 A;  4RE3 A;  4B9Z A;  1MQP A;  1X6L A;  4MNK A;  2OSW A;  1V3L A;  1Q4N X;  4CD4 A;  4LYQ A;  3PHA A;  5A8P A;  2ZUN A;  1JDD A;  4CKQ A;  1QHP A;  5M5D A;  2ZUM A;  2WHK A;  1B3W A;  4AZC A;  3F5K A;  4Z2I A;  1J0I A;  3JUG A;  3L4Y A;  1ODU A;  1JFH A;  3ECQ A;  4JFU A;  3BSH A;  4AZI A;  3OLD A;  1UD5 A;  5I6S A;  3WDR A;  2V3E A;  3QGV A;  1BG4 A;  1J9Y A;  1V02 E;  1H0G A;  1J0J A;  2VUR A;  2GK1 A;  3GH5 A;  1XH1 A;  1DWF M;  4HU8 A;  3BLK A;  1ZS2 A;  3ALF A;  4WSJ A;  4AIO A;  1BTC A;  2B31 A;  3CBW A;  4AD3 A;  2F61 A;  3WFL A;  4A3Y A;  1XCX A;  1ECE A;  3ARZ A;  3VIP A;  3WEN A;  4CN6 A;  3IJ9 A;  3KL3 A;  3WH7 A;  4HMD A;  2WHL A;  4F79 A;  7A3H A;  1MW2 A;  2FGL A;  4HPH A;  1UWQ A;  1EHN A;  1JZ2 A;  2W5F A;  2DIJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3BV4 A;  3K30 A;  1D8W A;  3G18 A;  3W73 A;  2CLE A;  5EMY A;  1US2 A;  3MVT A;  4E0C A;  1T96 A;  3I3E A;  4JHM A;  3T1G A;  3WLP A;  3WLR A;  3W01 A;  2IUZ A;  5MKG B;  4FNP A;  3FYP A;  5D03 A;  1W1Y A;  4MF4 A;  2A3E A;  4ZB2 A;  3NQF A;  4W8A A;  3SCV A;  2ZZ6 A;  3BOF A;  1TQX A;  4ADS A;  3W2L A;  2I5G A;  3W53 A;  3R8G A;  4Q8O A;  1CGT A;  1A5U A;  4I9T A;  2CCR A;  2VM8 A;  4ICC X;  4L7Z A;  3MZN A;  3HA1 A;  3N73 A;  2E25 A;  5HJL A;  2IXV A;  3TFX A;  3PZG A;  3VMP A;  3B8V A;  4MPK A;  2E67 A;  4TX9 A;  4KET A;  1X7F A;  3VNZ A;  2BOE X;  4M5P A;  4HA3 A;  1NF7 A;  1IE7 C;  4GI6 A;  1B1Y A;  1REQ B;  3W75 A;  5FEW A;  3F5L A;  3IGS A;  1C9D A;  1U83 A;  4B5N A;  2Z1W A;  2XU2 A;  4YVX A;  2QIW A;  4I6K A;  3V1P A;  3TIM A;  7ODC A;  3IAP A;  1OG6 A;  5HAN A;  2P8C A;  4LC6 A;  4IM4 A;  1MRQ A;  2ESC A;  5E0C A;  2BGQ A;  1OIN A;  1PHQ A;  4YLW A;  1JYV A;  2OT0 A;  3UFY A;  1EYE A;  4MYA A;  2CWN A;  4LBR A;  1R0M A;  3O0K A;  4REQ B;  5BOF A;  1Z89 A;  2E8Y A;  1JPI A;  4XO7 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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