4NJG | Genus

Total Genus 65

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	65
sequence length	209
structure length	209
Chain Sequence	TYAVKEIFYTLQGEGANAGRPAVFCRFAGCNLWSGREEDRAQAVCRFCDTDFVGTDGENGGKFKDADALVATIAGLWPAGEAHRFVVCTGGEPMLQLDQPLVDALHAAGFGIAIETNGSLPVLESIDWICVSPKADAPLVVTKGNELKVVIPQDNQRLADYAKLDFEYFLVQPMDGPSRDLNTKLAIDWCKRHPQWRLSMQTHKYLNIP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Radical SAM enzyme QueE defines a new minimal core fold and metal-dependent mechanism. pubmed doi rcsb
molecule keywords	7-carboxy-7-deazaguanine synthase
molecule tags	Lyase
source organism	Burkholderia multivorans
total genus	65
structure length	209
sequence length	209
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.3.99.3: 7-carboxy-7-deazaguanine synthase.
pdb deposition date	2013-11-10

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF13394	Fer4_14	4Fe-4S single cluster domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4njgA00

4LVAA 1ADOA 3SGUA 3QJAA 3UZJA 1CW2A 1Z42A 3MHGA 3R89A 2E09A 2H3BA 1AL7A 4NXSA 1H5YA 4PEKA 3QMTA 3E9AA 2QCLA 4O16A 3W74A 3DI0A 1OYCA 3NZ1A 4IX2A 5U4NA 2DZSA 2JK2A 2Y89A 3PAJA 2B7PA 1OX6A 2Y7FA 2XFWA 1R2SA 3PB0A 3KHJA 3EWWA 3C61A 3LGEA 1C8VA 4QM1A 5HNRA 4O10A 3PSVA 4AWTA 4CCEA 4QNEA 3STFA 4NZFA 3O07A 4S2BA 3NQ7A 3WK2A 1QPOA 1JCLA 1JRBA 4IMEA 1EEPA 4EF8A 4ZQMA 1VCGA 1Q3NA 1TPFA 1U5JA 4K39A 3ZWTA 2YFOA 5CZSA 1TCDA 1LBLA 2FPTA 2YDAA 1GYNA 1W54A 1J2WA 1G7UA 4LVGA 4HKPA 3S42A 5K3VA 1JCXA 1FWNA 4FNPA 4ML9A 1KTCA 2XN0A 1TJPA 3BV4A 3BG5A 4NU7A 3WK3A 5D38A 2OX1A 2C14A 2VENA 4LOCA 2VEMA 3USBA 1BTMA 3N9SA 3P81A 2F7FA 5KZEA 4GUIA 2AGKA 5FEXA 1NFBA 1W5QA 4RR4A 1WOBA 1QFEA 3NA8A 1KLZA 3GR8A 3P62A 1W5PA 1WYIA 4DF1A 4AHPA 2YFNA 2CZDA 4OV9A 3NAVA 1JULA 1EX5A 3I7QA 5DXYA 2WQPA 3U8GA 2J27A 4L4MA 3QH2A 4JXCA 2VEIA 5HWMA 4RX0A 4MFEA 4JX5A 1P5BA 1XBZA 4H6KA 1EP2A 3A5FA 1W3NA 4UC5A 2FJKA 3N3MA 2NWSA 4NQ1A 4DEFA 4E2BA 4FX7A 3GX9A 1DQWA 2FB3A 3TK7A 3U6WA 3ELFA 2ZZ3A 4JDYA 1KA9F 2FPVA 3M5ZA 4MJMA 3THQA 3DHDA 5DCDA 3QMSA 2WNQA 3T40A 3IRDA 1GYLA 1HTIA 4I7WA 1YXCA 1TV8A 4JEQA 4E0CA 2C18A 3L2IA 4JTFA 1EUAA 1OFRA 3DU0A 4RJEA 3NG3A 1BEUA 4ZQPA 3ZS4A 2V2CA 4KWWA 1XBYA 4EIVA 3TMQA 3W2MA 1XUUA 4Z1DA 4JIPA 4A22A 1LRTA 3HG2A 4N6FA 2PRHA 3GYEA 5EYWA 2BSLA 4YMZA 1KV8A 2G96A 5AOUA 2EGZA 4LRSA 2TYSA 2ISSA 3EKZA 5AHMA 3SIZA 1M7PA 2HS6A 1ONRA 2ZQ0A 5FF0A 4OE7A 3VE9A 3KAOA 5AFDA 2QUVA 4H4IA 3H55A 3MYOA 1G69A 3HPXA 4UFMA 1DHPA 4O50A 4UFKA 3RU6A 3BLIA 1WBHA 4MUZA 4MLRA 4OHQA 1WBJA 3HJZA 3LCWA 4YCOA 1SZEA 4CQ9A 2X2GA 1GVFA 3BARA 4Q33A 3INPA 1LOLA 4WD0A 4XKYB 1I4NA 1GTEA 3DKLA 2GQ8A 4LS1A 2OT0A 3NR0A 4CLMA 5BMXA 2JGYA 1TYGA 5HWJA 3M5VA 1OFBA 2GQAA 4ZVJA 3QQ0A 1W5OA 3QC3A 2Z1BA 2J9YA 1E51A 1KLYA 1L6SA 3L9CA 2CZEA 8TIMA 1XXXA 1DL3A 3PUOA 3UWVA 2VFFA 5C6MA 3QPZA 3VI2A 1Q6LA 4DXVA 2NLIA 2F84A 4QJ1A 3W7IA 3EEGA 3SSJA 3MI3A 3M41A 4I7UA 3TXVA 3C2RA 3W7RA 2YW4A 3BO9A 3V1PA 1W3IA 4FB7A 3CU2A 3SZ8A 4WXYA 3STGA 3NNTA 3E49A 2ZA1A 1FQ0A 1EPXA 1HUVA 1W0MA 1JUEA 3PY2A 1RPXA 3UD6A 1KTNA 1O5XA 5CG7A 1QAPA 2DZPA 3N14A 3WFAA 2JKAA 2X1UA 1OK6A 3W6YA 4O19A 2YSWA 3GVGA 2WOQA 1GZGA 3M9YA 3NQFA 1LP6A 1JCNA 2QJGA 3KXQA 1IXPA 3IIXA 1KV5A 1TV7A 3PSWA 2DZUA 2QUTA 1JCJA 1DV7A 4U4MA 4M7TA 4E2DA 4MYXA 3TSDA 1JQVA 3NZRA 3B04A 5T26A 3NQMA 4IGHA 5CPMA 4XTDA 3P5ZA 1H50A 3GAYA 1QOPA 1HFBA 3O6YX 2ZRXA 1GG0A 3L5AA 2C16A 2A1YA 3EXTA 3O06A 1OFDA 1TPC1 4FIQA 3C0JA 3LCXA 5TIMA 2QCGA 1YTDA 2C15A 3QPYA 3GXNA 1RV8A 1OYBA 3C3NA 5D2WA 3W7MA 3ABOA 3P7YA 4WOZA 2I9EA 3HPZA 5A8GA 4K8HA 3BK0A 1TTQA 3P61A 1I2NA 4PCFA 2DZVA 3RNDA 3UQNA 5K2ZA 3W86A 2ZRVA 3LHWA 3TV8A 1UUMA 1OFEA 4Y9AA 4LC8A 4N02A 2YZRA 3PG9A 4QISA 1IXOA 5TQLA 1WAUA 1KFEA 2NXIA 1TTJA 4GBUA 3HOJA 3HG4A 1IGSA 4LWWA 1ZCOA 1ME8A 3IIVA 3FS2A 3EB2A 3LLFA 1A5BA 4O11A 3UXAA 4ZMGA 3HBLA 2ZTKA 1WA3A 5GVJA 2J6XA 3GDLA 3GB6A 4O0ZA 5K9CA 5MHBA 4XZ9A 2GVGA 3ZR4A 1P1XA 2ZRWA 3A5VA 5FEZA 4IQLA 2W0UA 1QNVA 1LORA 2HTMA 1IXNA 1R47A 3KX6A 3W84A 2DU2A 2E5BA 5ABTA 5CPLA 2ZBTA 5I3KA 3I7SA 1OFPA 3W85A 3LHYA 4HNVA 4O1CA 4JICA 4O1DA 3LBMA 3SFKA 3W7QA 4K7VA 5H2ZA 3TDFA 2ZZ2A 2PURA 1QOQA 3E0IA 3P5YA 4M6PA 4JNMA 4J9JA 1W31A 1AMKA 3G0SA 4UTHA 1FXPA 4OGZA 1H7XA 4FNRA 3W1MA 1SW0A 4UR7A 1G7VA 3SI9A 5EKYA 5BMWA 3NQ2A 3CEPA 1TPH1 3TNOA 4JD4A 4AHOA 2YR1A 2GQ9A 1LOQA 1X7FA 1YPFA 1GVSA 3M43A 2PRMA 2VC6A 1R30A 1VQTA 2V5LA 2TRSA 3HG5A 2FIQA 5EBUA 4FX8A 4MJZA 4ALDA 2ZCGA 1TO3A 1DJQA 2VEKA 1SFJA 5KTLA 1AW5A 1I2QA 4UIOA 3C6CA 4UTJA 2BLEA 1XL9A 3LTSA 4NJJA 2A85A 1TPDA 2ZZ1A 2HS8A 1H1ZA 3PC0A 2H6RA 3LRLA 4Y8FA 2E68A 1WX0A 3G24A 2CZ5A 3F03K 3BGJA 4K37A 4LVFA 4ORMA 1JQXA 1ZHAA 4HPJA 3W1XA 3C2VA 1LBMA 2BTMA 4ZL1A 2WSRA 2QCMA 1G4PA 3CC1A 2CLFA 3CPRA 4NJIA 3LLDA 2YX0A 3S5NA 2A4AA 4AEOA 1H1YA 3CB8A 1RD5A 1MSSA 2QCEA 4IMCA 4C1KA 2WNZA 1ALDA 3NQ6A 5D37A 1O4UA 3SGZA 4ADSA 3S5OA 4HNNA 1RQEA 2YYTA 3G22A 1XI3A 3OEXA 1YPIA 5KITA 5LGZA 1TMHA 3FFSA 2NXHA 4AMAA 3W76A 3W1RA 1TPWA 1VHCA 3ANYA 3ABRA 3NPXA 4ICNA 3QF0A 1VR6A 1KTBA 1K8YA 4EF9A 5LNRA 4UFLA 4Y6GA 3BPWA 4K6AA 1HO4A 2TMDA 2C0AA 4BI6A 1OFOA 4IMFA 1KBJA 3ZFHA 5AC7A 3WK1A 3QFEA 3MO7A 4Z0SA 3A9IA 3QSTA 3W7PA 1TSIA 3Q58A 4XBKA 4A2RA 2C6QA 3P84A 5DY3A 1GPWA 1QPNA 5E0KA 3F1QA 3LRMA 1OABA 2ZA3A 1PHQA 1YYAA 3MYPA 3UPWA 4M6VA 1LLWA 1LOSA 3W1NA 1LLZA 1RR2A 4FXSA 3P60A 5E93A 1IIGA 3LI0A 1R2TA 3UZ5A 4CQ8A 1F6KA 1FY6A 1H60A 4WY0F 2WSQA 2ZRYA 3DFNA 3GLCA 2X1TA 3CEUA 3O05A 4JR5A 1ICSA 5KZMA 1K02A 1C29A 3OA3A 1H7NA 3TE9A 2FLIA 1A50A 1DQXA 3FLUA 4O12A 2B4GA 3W71A 5G2IA 4FEZA 5TBOA 2ZDRA 5AHEA 1H7PA 3WJYA 1H61A 1OK4A 5HINA 3UWUA 1RQBA 2A7PA 3A22A 3SY5A 4UFJA 3S1UA 2CLOA 4GC4A 3W75A 3BLFA 3AJXA 5K7JA 3LHZA 2JGQA 2C1HA 3NL6A 1EWDA 3W72A 4WQ6A 2ZZ6A 2NUYA 3L21A 5F2LA 3OG3A 1B57A 2ZTJA 3CHVA 1KBIA 2CU0A 3S1XA 1XDMA 3EX4A 4OT7A 3TSBA 5AHLA 4ZQRA 5BNKA 3TW7A 4NJGA 3KRUA 4JTJA 2UV8G 2IQTA 1FDZA 2Z6JA 3LV5A 3FKKA 5F1UA 1XFBA 3OVPA 4JY9A 5CGQA 3LCFA 5KSWA 3W7CA 1AK5A 1SZNA 1SO5A 3O16A 1FBAA 2J24A 2J9XA 4I9AA 1FDYA 1Q6QA 2RFGA 3TAKA 2NXGA 4LRTA 3MP3A 4JTKA 2B7NA 2A6LA 1ZY9A 5G2HA 4S2CA 3TROA 1EIXA 3MP5A 4O13A 4UTTA 1T8XA 4WY0B 4JX6A 3I68A 3TC6A 3O8AA 3L0GA 3NEVA 3HPSA 4GWEA 3UYCA 2V0TA 2QJHA 5HR6A 3VE7A 3F4NA 3BW3A 1M5WA 5HMSA 1YTEA 1K7XA 4DO4A 4MKNA 4WUIA 3W7HA 3S1WA 1IXQA 2LLEA 4UMAA 2Y88A 3M7WA 4O8RA 3DFSA 4UMBA 4QIUA 3GAKA 5G1YA 4XQ6A 3BG9A 1EP1A 3RK8A 4C1LA 3PF3A 4ZQCA 1K3UA 4PA8A 2R14A 4TO8A 3KVJA 4IJBA 3L66A 3HMJG 2KZHA 3L5MA 3PWAA 5FF3A 1F05A 1F6PA 1FDJA 5CSRA 5I3IA 2J88A 4ZZ9A 1D3GA 3LHUA 3PBYA 3TIMA 3MW7A 5F2MA 4CNOA 3G18A 1ZNNA 1OHLA 2PE4A 2V81A 2W6RA 5LNWA 1SO6A 4LNYA 4JTGA 3G3DA 3W2LA 1HG3A 3TFCA 2CZFA 3DFTA 1TPVA 1KFBA 1OFAA 2FB2A 1VC4A 4JTEA 4O17A 1SSDA 3LCHA 3PBWA 3L0NA 1GQNA 3LCLA 1YXYA 1EA0A 1AL8A 1D3HA 1N8FA 3T44A 4RK8A 3TH6A 4UCGA 3UWWA 5DLCA 4Z1AA 2RDWA 4MZ1A 5DBUA 1DOSA 3BLEA 5DN1A 2ISWA 1RQHA 5G4EA 4OV4A 1T96A 4G1KA 3VNDA 1X1ZA 3PG8A 2CFFA 1S3HA 5CKSA 1GOXA 2VFGA 4EWND 3CWOX 5CPNA 1VYSX 4K7YA 4UXDA 5D03A 5LHEA 4N6EA 1G4EA 1KFLA 5D04C 4MYAA 1OG0A 2Y7EA 4NVTA 4MLJA 4IXXA 1FX6A 1JJKA 3G1DA 4LW7A 1XBXA 4KKXA 5LSMA 2Y85A 4X3ZA 2WV8A 3LTYA 3TJXA 3HIJA 3TJLA 3P80A 2GPTA 2QCFA 3L67A 1JCYA 4DO6A 4UTUA 4R53A 3GDMA 3GDKA 3QW3A 1TV5A 1WV2A 2VFEA 1ZFJA 4AB4A 1QPRA 1X6UA 3QRHA 3EX1A 4NJKA 4FXRA 4LC6A 4N9BA 2YGYA 3NQVA 1OVDA 3E96A 4LY8A 3PM6A 1G4TA 4DF2A 4PODA 3C2OA 3W1UA 1VZWA 2ZYFA 1Q45A 1NF7A 2XN1A 4N2YA 5CZ0A 2RDTA 4YLWA 1KFCA 3CT7A 1R46A 5D05A 2NV2A 1GG1A 3N34A 3NM3A 1KM5A 1FCUA 4FX6M 4Z1BA 5SWUA 2QDGA 3OVQA 3EKLA 1F2JA 3PS7A 2ABBA 1UASA 1A5CA 3EXRA 3Q2DA 2RHGA 4CNNA 1QR7A 2R94A 4FNSA 4UTWA 3S9YA 2C3ZA 2YW3A 4JTSA 3PVFA 2VXNA 3NPVA 2QEZA 3GZ3A 3M0ZA 1D9EA 3NPWA 5F1VA 4PH6A 3CTLA 3SJ3A 3UWQA 1KM6A 3OVRA 1JUKA 2E6FA 3W2JA 3MJYA 4AVFA 3VFLA 3DAQA 2E77A 4YL2A 1DKWA 3W7JA 1OX4B 4N9EA 3HF3A 3EWXA 4QITA 1V5XA 4UTTC 1WOAA 1W5NA 3SW6A 4R33A 5IBXA 2Y7GA 3E02A 5BW6A 5I3GA 3TXZA 3RFAA 3W88A 4YCPA 1O60A 1F7BA 5I3FA 3N2XA 4TR9A 1WQ5A 2H3DA 1I2RA 1GVQA 3NOEA 2ZA2A 3R12A 1A5AA 2NZLA 3G1VA 3M1ZA 5C2XA 4IX0A 1TRIA 1J5TA 5LNSA 1QPQA 1W56A 3LXCA 5BOOA 4FHAA 3IVSA 4XKYA 1M7OA 4R7JA 3QQ1A 3TA6A 5IM51 4LUIA 5LHFA 2FPYA 4OU1A 4M5PA 1OX5A 1VHNA 1GVRA 3OBKA 1K7EA 2Y6ZA 1EUNA 3VCRA 3DENA 3M47A 3NVTA 1Y0EA 5KZDA 4HSNA 2NV1A 3W23A 4O1AA 3EXSA 3BW2A 1F5ZA 3TMLA 1Z48A 3I6RA 2O7SA 3LDVA 1JVNA 4IPJA 4Z0JA 1SW7A 2D73A 4Y90A 3ATZA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4NJGA

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