1VBRA

Crystal structure of complex xylanase 10b from thermotoga maritima with xylobiose
Total Genus 141
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
141
sequence length
324
structure length
324
Chain Sequence
VSLRELAEKLNIYIGFAAINNFWSLSDAEKYMEVARREFNILTPENQMKWDTIHPERDRYNFTPAEKHVEFAEENDMIVHGHTLVWHNQLPGWITGREWTKEELLNVLEDHIKTVVSHFKGRVKIWDVVNEAVSDSGTYRESVWYKTIGPEYIEKAFRWAKEADPDAILIYNDYSIEEINAKSNFVYNMIKELKEKGVPVDGIGFQMHIDYRGLNYDSFRRNLERFAKLGLQIYITEMDVRIPLSGSEEYYLKKQAEVCAKIFDICLDNPAVKAIQFWGFTDKYSWVPGFFKGYGKALLFDENYNPKPCYYAIKEVLEKKIEER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
publication title Structural basis of the substrate subsite and the highly thermal stability of xylanase 10B from Thermotoga maritima MSB8
pubmed doi rcsb
molecule keywords endo-1,4-beta-xylanase B
total genus 141
structure length 324
sequence length 324
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2004-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1vbrA00
3SEPA 1SFSA 4AZCA 3VIPA 3VD9A 2MANA 1FOBA 1E72M 3PZVA 5C71A 1EO7A 1B30A 3WENA 4F79A 2WHJA 3SUTA 1ODUA 2EPOA 5BYWA 3WEMA 1B2YA 4LX4A 4JFUA 1JNEA 1TA3B 2WYSA 2GJPA 4AY1A 1CXHA 1NOUA 3QOKA 4J28A 1JYNA 4W7WA 4HZ8A 4QP0A 3WF3A 3BSHA 3BMWA 4X0NA 4P7OA 1NOFA 3ZMRA 1WB0A 2VURA 5C70A 4B16A 4UQCA 2WCGA 1KCLA 3N15A 4HZ6A 2XWEA 1Z32X 4J3TA 4JKMA 1FH7A 1MWOA 4UNIA 4DWSC 1HNYA 5JIWA 2E9MA 3WH7A 1JD9A 3K46A 3MUAA 3EMQA 4Y7EA 2VCBA 4PMRA 4BS0A 4WF7A 3WD1A 4BQ4A 4Z2JA 1H1NA 3ARXA 4WKAA 1HVXA 2WSPA 3ZT6A 2ZUMA 1MXDA 3WNPA 1LG2A 3AZSA 3WH6A 5JBEA 2XJ7A 4HPGA 4AD1A 3EBVA 5ABFB 1CGXA 4MJ2A 4ZXLA 1YHTA 3UR8A 5AY7A 3K8KA 3F5LA 1KXVA 3AMLA 1BFNA 3E1F1 1GW1A 1UA3A 1BVNP 3OLDA 3ZR5A 1KQYA 1C8QA 4J3WA 1CGTA 2WSKA 1M03A 2Z1SA 2V38A 2WHKA 4FLRA 1W2PA 1J01A 5E09A 3BAJA 1O7AA 2J7GA 2O9TA 2EPLX 4TVDA 3AISA 8CGTA 3TP4A 4OJYA 1KGWA 4CU7A 2WVSA 4JAWA 5BXRA 3VOCA 2WWCA 4D6EA 1EIBA 2F8QA 4D1IA 2CITA 1QI4A 2DIJA 1V6VA 5KEZA 4MNJA 2VOTA 4K68A 3AHTA 4TOQA 4DWSA 1BLIA 3RMEA 2CBUA 2VX5A 4PN2A 3K4AA 1US2A 3WFZA 1J9YA 1E3ZA 4HA3A 4B3KA 1JDDA 4ML4A 4P7NA 4ACZB 3A4AA 2DIEA 3FXYA 2DT3A 1GZJA 1NQ6A 2WW5A 1JI2A 5CLTA 1GHSA 1CECA 1W9BM 1OGSA 1Q6CA 2UWFA 1QNRA 2J74A 4PMOA 5EBAA 3KE0A 1X6LA 3PZQA 4CU6A 4JIEA 3ARTA 4PUDA 1GVIA 1W9XA 2J7DA 2BVTA 1LJYA 1ISXA 3QHOA 5D4YA 4HA4A 1F4HA 4U5IA 1FHLA 1UWUA 2ZUTA 2PBGA 4HMDA 1P6WA 1GNXA 2ZUNA 3RILA 2X8RA 5A6JA 2YA2A 2G41A 1HKMA 1AMYA 3FNDA 1EOKA 4FLSA 3K1DA 1LL7A 3IK2A 2DSVA 5DT7A 4Z2GA 1KGUA 3CZEA 3SIMA 2GK1A 3SCSA 2BY3A 2UY2A 4P8VA 1U30A 3WMSA 4OBSA 5A2BA 3POCA 3NDZA 3RIKA 3W6MA 5FCZA 1CXFA 1GORA 4Q7NA 1UWTA 3PZOA 1OCQA 1AQMA 3ARPA 3CHDA 3OLGA 4ACYA 2J8GA 1C93A 3PZNA 2PI6A 1E6RA 2J78A 3IANA 1RH9A 3IAQA 4M8UA 2WC7A 2VZOA 1RD6A 2DSZA 3L2MA 1OGBA 1UR4A 3WL1A 4ZXOA 4UTFA 1HJUA 1W9VA 3VDHA 1CWYA 1W9DM 3CHFA 5BROA 2Y8KA 1WDSA 3TTYA 3CIVA 3L2LA 1DWAM 1LF1A 5D8ZA 3W29A 3GNOA 1WE5A 4UCFA 3T2PA 2BHZA 2PWHA 3POHA 2EO7A 3A4WA 5D9MA 5IDIA 1EHAA 3VM7A 5BRQA 2E8YA 3PZ9A 2E8ZA 3VX1A 4GPNA 2BXYA 4AZCB 5I24A 4GQRA 3GDBA 3MMDA 4Z2LA 4S3KA 1HJQA 2D2OA 4HPHA 3WFLA 4J3SA 3GM8A 1V6WA 3BLPX 3WNLA 5DF0A 2XVLA 1W1YA 3WD3A 3N11A 3WNKA 2FGLA 4W84A 2WXDM 5I6SA 1E4MM 1JYVA 2XGBA 4JFTA 4H41A 3W82A 2WMJA 2D22A 3WH9A 1ECEA 1OT2A 3ZOAA 3M46A 1W91A 1KWKA 2NT1A 4QLLA 5ABHA 4EK7A 5D9PA 1TA3A 1C90A 1JFHA 2BXZA 1CEOA 1NM9A 1ZB5A 5A6SA 5DFAA 2PWEA 3WDJA 3ZJKA 2WMGA 3K8LA 1NWRA 3CZLA 3AIUA 4GXPA 5I3DA 4QDMA 1TCMA 2DH3A 4H8UA 3WMCA 4MB4A 5CGMA 3OZPA 3IJ8A 2CERA 2Y2WA 2O9OA 3CMGA 3ALGA 1UKQA 4ZFMA 1BYAA 1W1TA 4D71A 1C91A 4OOZA 3NDYA 1GOIA 1ZBKA 2IXUA 1BQCA 4KWUA 5TD4A 3ZO9A 4XUYA 2VTFA 3DC0A 3U5YA 1PPIA 1JI1A 2OSXA 4D6CA 3CHEA 1JAKA 3VIJA 1CPUA 1E73M 1UG6A 2J7FA 2XFYA 1GOOA 4HTYA 2WLYA 1QNPA 3HJEA 4DUVA 2QMKA 4GI8A 5AYIA 3QHNA 2WKGA 3KEHA 2BNJA 3NIYA 4GI9A 1UR8A 1ZBCA 2QLYA 3DYPA 4JHOA 1J0JA 4J27A 1V02E 1UH3A 1JD7A 2ZICA 1UD3A 5FD0A 3AS0A 1JIBA 3OGRA 4UFLA 2WM0A 4NF7A 1MQPA 1W3HA 2EEXA 1J0HA 1GPFA 4DWSB 1D3CA 4UQEA 4AW7A 4CCCA 1UWIA 1UWQA 2A3BA 1CIUA 4D6JA 2C8NA 1BAGA 4NRRA 3BGAA 4CD8A 5A6LA 3M07A 3ARSA 3U7VA 4TUFA 4H8HA 4N0RA 1H2JA 3L4YA 1QW8A 3IJ9A 2ZE0A 3GXDA 5A2CA 2VRJA 1W2VA 1OBAA 1B90A 1UWRA 4HA1A 4U31A 5A2AA 4D6HA 9CGTA 2YDRA 4IPLA 4W87A 2E0PA 1VFOA 3OZOA 4AZ7A 4W5ZA 2D0HA 4MTVA 1XH2A 3EDEA 4CN4A 1XCWA 2WMKA 3AZTA 3N17A 4JKLA 2YOCA 5FIPA 1HJXA 5FL0A 4AIOA 1JZ6A 1NOWA 3T09A 3WQ4A 3S6TA 1EDGA 3WQ8A 4BZYA 3UR7A 3VNYA 3WNOA 6CGTA 1MQQA 4JL1A 3VGGA 3CUJA 2GK1B 1JZ7A 1C8YA 2BY0A 3AI0A 4Z2IA 1LQ0A 1KFWA 5BWFA 4Z2KA 2YDSA 4KMQA 4TVUA 1V6UA 3W37A 4XV0A 1VRXA 4V27A 3QGVA 1H0IA 1R87A 2GJXA 3BMVA 2V3DA 5CQ1A 2VQTA 3BAWA 2VRQA 4HOXA 1V0KA 4GINA 4U2YA 2YDQA 3VNZA 4E8DA 1Q6GA 2CBIA 5A1AA 2V5CA 5DEZA 2VI0A 1HP5A 2A3CA 3SCPA 2X0HA 3ARUA 4PMXA 3GNPA 1EA9C 3VMOA 1B9ZA 4ZEPA 4PMQA 1UH2A 2ZX8A 2ZX5A 3W81A 5I23A 1SMDA 2DT1A 4AMCA 4DM1A 1E70M 1KXTA 2YBUA 1UKPA 4NRSA 2ZXQA 2W62A 1X1NA 4J3XA 4J7RA 1EOMA 3AIVA 5CLWA 3BC9A 4V28A 3VIGA 3AHXA 1OGGA 1KR1A 5JBFA 4KRTA 2QPSA 1E56A 2A3AA 3WBAA 3LPGA 1HKIA 5A8QA 2CXGA 4M24A 4AZBA 4EAMA 5I0DA 3MMWA 1CLVA 2DEPA 2G3JA 3PZUA 1KBKA 3GXMA 4M82A 2G3IA 4AISA 4CVUA 3O9NA 2XFRA 4C7DA 4S3JA 2Y24A 3MSGA 3OGSA 2BV9A 1UOKA 3ARRA 5A95A 4PTVA 5EFFA 3VD3A 3U5UA 4AD5A 4P7QA 4ATWA 4CU8A 2DT0A 2CEQA 3U7BA 3QR3A 2WBGA 4RE2A 2WKLA 3AFBA 3WL0A 4KRUA 1IT0A 3PN8A 2D1ZA 4F66A 5EB8A 5A6MA 2VX6A 1TE1A 1ZL1A 4GO9A 4HU8A 1C8XA 3W0KA 1V3LA 1E0VA 3B9AA 3AMCA 3WDHA 4QAWA 3TTQA 2WZIA 2WCAA 4PMUA 1ISYA 2D3NA 2W63A 1KGXA 3VIIA 3SUUA 2XGIA 1EXPA 5DMYA 1BF2A 3UG3A 3TTOA 4EE9A 5HPOA 6TAAA 1UQYA 3PZGA 1QVBA 3WIJA 1UR9A 1YQ2A 3UG4A 5CZKA 4BA0A 4CCDA 1BYBA 3PTMA 4U2ZA 4YHGA 1OINA 1SR0A 3IAPA 4LYPA 1UD2A 2FH8A 3AS2A 4JCMA 3CMJA 4X9YA 1FP8A 1ISWA 1JZ3A 2IXVA 2ZWYA 1KXHA 3CH9A 3AJ7A 1CZ1A 1VBUA 3NJ3A 1CENA 1NH6A 3AHYA 2JF7A 3MV11 4U3CA 1UYQA 2WVUA 4QLKA 3OBAA 5IFPA 1QHOA 1HJWA 3NSNA 2DSWA 4ZENA 1W1PA 4LQ1A 3VDBA 4PYSA 4U5KA 2WLZA 1WNOA 1XSIA 4AD4A 1VJSA 1TVPA 2JIEA 3T0BA 5A8MA 1QI2A 5GNZA 5DT5A 1NWTA 3SUVA 3AS1A 1G5AA 4CN1A 1ZS2A 2D0GA 1WZMA 4AZIA 1PX3A 3VGBA 4LYQA 1KQZA 4RE4A 7A3HA 3QOMA 4U3AA 5E9AA 2UY3A 2YA1A 4GZIA 1JXKA 3GYCA 3W28A 5FOOA 2D3LA 1WZLA 4IPNB 1WO2A 1GJUA 1V3HA 1LL6A 1JDAA 3TONA 1OT1A 1UD4A 3VD4A 3EMCA 3WNNA 2CHNA 3GBDA 4MB3A 2CBJA 3WD0A 2BVYA 4PSRA 3CZJA 3VO0A 2D20A 3FY1A 1MFUA 4LXFA 3CUHA 2WBKA 2VX4A 4TXEA 2BVDA 3IJ7A 2VZTA 1MYRA 1U2YA 1V3KA 1JL8A 2ZX6A 1W3LA 2CETA 1AQHA 4N42A 2E40A 1E55A 1QBBA 3W6LA 2GJXB 1M01A 1DHKA 2XHYA 3ZQ9A 3WDPP 3WDIA 4E2OA 3UESA 3W4RA 3VDCA 1D2KA 2WC4A 4GZEA 1UD5A 3FAWA 1AQ0A 2DQXA 5BCAA 3AYSA 1Q6DA 3HMCA 3AMGA 1HL8A 3W24A 2ZXAA 4GIAA 4AD2A 1G0CA 1M53A 3MKKA 3WQ5A 5JIPA 1VFUA 1C92A 5CSYA 1C7SA 1EGZA 4NZCA 3VIFA 3WKZA 2VZSA 2DT2A 2WMFA 4PMZA 3AQUA 1HKKA 1CYGA 3L4UA 3UERA 4BF7A 1KB3A 3O2LA 4LPCA 2J79A 1F4AA 3THDA 1DWIM 2G3MA 4PBGA 3KL5A 1FP9A 2GSJA 1CGYA 2OWCA 2YL9A 2EPKX 4MB5A 3WF4A 1HIZA 1UKTA 2JE8A 5ABGA 1V3MA 5AC4A 3SUWA 1O6IA 1B3XA 2ZX9A 2WCSA 2J7HA 1VBRA 5ABEA 4W86A 1JAEA 3N12A 2OWWA 1OIMA 2YJQA 1R85A 3N13A 1VAHA 1E6QM 4JCLA 3BAYA 3II1A 3ZIZA 3MUY1 3PTQA 5LA2A 1MW0A 5A6BD 4UOQA 4B9YA 3K8MA 4PUEA 1MW1A 1UQZA 2G8ZA 3ZM8A 5M03A 2DGAA 5ECUA 1PEZA 7TAAA 1CXLA 4MNLA 4W93A 3MV01 1HF6A 3SUSA 1DWFM 1D7FA 2BS9A 1BPLB 5A94A 1ODZA 2DPEA 1V0MA 2YBTA 1R7OA 5LA1A 3AZRA 3VINA 4FLOA 1QW9A 1UA7A 2BY1A 2C0HA 1E6SM 1WZKA 2QF8A 3BXWA 1JZ2A 4UR9A 4W7UA 1GVYA 1OIFA 3EDFA 2OLHA 2G3NA 4L4OA 1EQCA 3VIMA 3AXIA 4CGTA 5M3WA 2XTKA 2RGLA 5FKYA 4CD6A 2QPUA 1IZJA 1XH1A 2CBVA 2WZEA 3SURA 1QHPA 3WUEA 3SCNA 1ZBWA 4P7LA 4EANA 2VRKA 1J0YA 5M17A 2EPMX 3LMYA 4XX6A 1HX0A 2FHCA 2DSUA 5A8NA 4M81A 1EHNA 1HJSA 2D23A 1ZU8A 4FF5A 3OG2A 1HT6A 5CPTA 1JZ4A 2GFTA 3VTRA 5E6ZA 2XFFA 1B3WA 1ISZA 4CKQA 2E9BA 2VC9A 1QNOA 3OB8A 1JYWA 3MO4A 3AICA 3W25A 1OM0A 3PZTA 3WD4A 3KL3A 1X6NA 3W53A 1GQLA 4DM2A 4E4PA 4WLCA 3I3EA 4WIWA 2VNCA 3SCUA 4CVWA 4MDPA 4PMDA 1G01A 5IFTA 4AZHA 1HN1A 4V2XA 1J12A 1RPKA 5AYBA 4LGXA 4ATLA 3ZSTA 4GKLA 4MB1A 1HKJA 1E40A 1E1FA 2XG9A 1EDTA 3NUKA 3CPUA 3VM5A 1JG9A 4F8XA 4HZ7A 3GH5A 3BLKA 1Q6EA 1G94A 2YKKA 3D5HA 5HOSA 1CTNA 1CXIA 3VGEA 4NI3A 1E3XA 3NYDA 4PCTA 1L8NA 4W89A 2OYLA 2OSWA 3VVGA 1JYXA 2ZUWA 2ZUSA 1QHZA 2GVYA 3M7SA 3ZSSA 4HOZA 1CXKA 3KWXA 1BGGA 1B1YA 4TVCA 2E3ZA 1PIFA 2WC3A 4H04A 4H7VA 4TTUA 3AMKA 5IHSA 1XCXA 2WB5A 4PMVA 3EDKA 4OIFA 2PBOA 4MAZA 1TZ7A 5LYRA 2CHOA 2J25A 1TMQA 2FHFA 3F4VA 4B15A 4C7GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SEP A;  1SFS A;  4AZC A;  3VIP A;  3VD9 A;  2MAN A;  1FOB A;  1E72 M;  3PZV A;  5C71 A;  1EO7 A;  1B30 A;  3WEN A;  4F79 A;  2WHJ A;  3SUT A;  1ODU A;  2EPO A;  5BYW A;  3WEM A;  1B2Y A;  4LX4 A;  4JFU A;  1JNE A;  1TA3 B;  2WYS A;  2GJP A;  4AY1 A;  1CXH A;  1NOU A;  3QOK A;  4J28 A;  1JYN A;  4W7W A;  4HZ8 A;  4QP0 A;  3WF3 A;  3BSH A;  3BMW A;  4X0N A;  4P7O A;  1NOF A;  3ZMR A;  1WB0 A;  2VUR A;  5C70 A;  4B16 A;  4UQC A;  2WCG A;  1KCL A;  3N15 A;  4HZ6 A;  2XWE A;  1Z32 X;  4J3T A;  4JKM A;  1FH7 A;  1MWO A;  4UNI A;  4DWS C;  1HNY A;  5JIW A;  2E9M A;  3WH7 A;  1JD9 A;  3K46 A;  3MUA A;  3EMQ A;  4Y7E A;  2VCB A;  4PMR A;  4BS0 A;  4WF7 A;  3WD1 A;  4BQ4 A;  4Z2J A;  1H1N A;  3ARX A;  4WKA A;  1HVX A;  2WSP A;  3ZT6 A;  2ZUM A;  1MXD A;  3WNP A;  1LG2 A;  3AZS A;  3WH6 A;  5JBE A;  2XJ7 A;  4HPG A;  4AD1 A;  3EBV A;  5ABF B;  1CGX A;  4MJ2 A;  4ZXL A;  1YHT A;  3UR8 A;  5AY7 A;  3K8K A;  3F5L A;  1KXV A;  3AML A;  1BFN A;  3E1F 1;  1GW1 A;  1UA3 A;  1BVN P;  3OLD A;  3ZR5 A;  1KQY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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