2IXUA

Crystal structure of the modular cpl-1 endolysin complexed with a peptidoglycan analogue (wild-type endolysin)
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
338
structure length
338
Chain Sequence
VKKNDLFVDVSSHNGYDITGILEQMGTTNTIIKISESTTYLNPCLSAQVEQSNPIGFYHFARFGGDVAEAEREAQFFLDNVPMQVKYLVLDYEDDPSGDAQANTNACLRFMQMIADAGYKPIYYSYKPFTHDNVDYQQILAQFPNSLWIAGYGLNDGTANFEYFPSMDGIRWWQYSSNPFDKNIVLLDDEEDDKPKTAGTWKQDSKGWWFRRNNGSFPYNKWEKIGGVWYYFDSKGYCLTSEWLKDNEKWYYLKDNGAMATGWVLVGSEWYYMDDSGAMVTGWVKYKNNWYYMTNERGNMVSNEFIKSGKGWYFMNTNGELADNPSFTKEPDGLITVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Elucidation of the Molecular Recognition of Bacterial Cell Wall by Modular Pneumococcal Phage Endolysin Cpl-1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords LYSOZYME
molecule tags Hydrolase
source organism Streptococcus phage cp-1
total genus 92
structure length 338
sequence length 338
ec nomenclature ec 3.2.1.17: Lysozyme.
pdb deposition date 2006-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01183 Glyco_hydro_25 Glycosyl hydrolases family 25
A PF01473 CW_binding_1 Putative cell wall binding repeat
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.10.270.10 Mainly Beta Ribbon left handed beta-beta-3-solenoid Cholin Binding 2ixuA02
2.20.120.10 Mainly Beta Single Sheet Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 Multimodular pneumococcal cell wall endolysin, domain 3 2ixuA03
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2ixuA01
4EKJA 1MQQA 5LA0A 1QBBA 5HPCA 4JHZA 1RH9A 1E5NA 3BCFA 5C8BB 3VDHA 1JAKA 3A6OA 1W9XA 1BG9A 3OA5A 3T2PA 3OGSA 4L4PA 3FN9A 4CGTA 1KBKA 2D0FA 3F5KA 1GONA 1HJQA 2XSBA 1Q6FA 2J4GA 2WBGA 1TR1A 3FW6A 1UWIA 3MV11 1E43A 1PBGA 2WZHA 4LX4A 5BYWA 1CZ1A 3ZR5A 1DEDA 2OYKA 1EIBA 1Q4NX 2EJ1A 2WMJA 3UG3A 4J3UA 3VIJA 5EFFA 4W7UA 3UESA 1U30A 3PZTA 3G6MA 5HNNA 4V2XA 2DSZA 1XH0A 2XIIA 3PZNA 3GTNA 1CXHA 3QHMA 1XSIA 2GSJA 5M3WA 5LYRA 4TVUA 3AMGA 3CZ8A 2D22A 3WD0A 2XJ7A 1FHLA 1ESWA 2PI6A 4CU8A 2EPOA 5CG0A 4AWEA 4H2CA 1E71M 4XUYA 3RDKA 4HU8A 4WF7A 6CGTA 2DIEA 2EBNA 2ZUMA 2GUYA 1TUXA 2UWFA 2VCCA 1WB0A 3VDBA 1Q6CA 3WD3A 5A95A 4ZFMA 5BXPA 1PPIA 3MMDA 4XX6A 2CCRA 4KRTA 4HZ8A 5E6YA 1PX3A 1R87A 1W3JA 1L8NA 4UFLA 3ZMRA 1O6IA 4NBZA 2V5CA 2JFEX 3CHEA 1IZJA 3T0BA 1SMAA 1JD9A 2WWCA 2ZUTA 2F2HA 1K6AA 5F7UA 3WN6A 3CO4A 4P7OA 5EMYA 5BWFA 1WZMA 2J7EA 2YL5A 3ARSA 4JCLA 2W91A 1AQMA 2ZXBA 4JL2A 3ARQA 3NUKA 1EHNA 1UA3A 5BXSA 3FY1A 1GOQA 4JAWA 3WL1A 4F8XA 4ZENA 5E0FA 4HOXA 4U3CA 1GORA 3CHFA 1GOKA 3IAPA 2QPSA 1GOWA 4GQRA 1PJ9A 2XWEA 4CVWA 1NWSA 4ZXOA 4M24A 3CPUA 1UD3A 1W9PA 1KQZA 2VVNA 4PTWA 5AYIA 1QOXA 4FK9A 3CGTA 1B3YA 2D3LA 3VIFA 1NP2A 1R85A 3U7BA 3VOCA 5IXEA 2W4XA 1HP4A 5IHRA 1C90A 4YN5A 1GVMA 1E6QM 3AZTA 3SUUA 5A8PA 1Z32X 4NC2A 1W2PA 2YL8A 3N12A 4W85A 4Y7EA 2PWGA 3UG5A 3HZ3A 3WEOA 1HKJA 1MXGA 3VGEA 1QBAA 1M01A 4UQAA 4EANA 3TA9A 2AAAA 2EPLX 1VENA 2VL4A 1CLVA 2XTKA 4OOUA 2PWFA 2ZX8A 3GXFA 5ABGA 1JYWA 2BVYA 4M8UA 3OGVA 1OGGA 3EDJA 2VNCA 1DWFM 5I6SA 4DUXA 1E6SM 3SCSA 7TAAA 2BHZA 1V3LA 3OZOA 1E6RA 1JF6A 4U2YA 5CPQA 3SUWA 2W63A 5AC5A 2PB1A 1UD8A 2WMIB 2WYSA 2CITA 1HCXA 4P7RA 4ZXLA 3ZQ9A 3ZR6A 4CCEA 2G4FA 1B3WA 4H7VA 3CHDA 3RCNA 2EO7A 2WMHA 4UFKA 2WK2A 1JZ2A 2VURA 5E09A 3BH4A 2DGAA 2QF8A 2VQTA 2VI0A 1C91A 4K68A 4WLCA 4CD8A 2QV4A 3SCRA 1BPLB 1J10A 3AXHA 2WXDM 2ZX5A 4X36A 1J0YA 4KGLA 4QP0A 3D3AA 4H8HA 3PZUA 4BS0A 1US2A 2Z1KA 2WMKA 1HKIA 1BG4A 1PEZA 3PZGA 3IANA 1CXEA 3CMJA 3WH9A 3GH4A 2DH2A 1E72M 3CIVA 3POCA 1J01A 2VCAA 5CZKA 3HIAA 1KCLA 3W37A 4D1IA 1VFOA 4WKAA 1BVZA 5ABFB 1B9ZA 1ISYA 2X2YA 3W25A 4RE3A 3J7HA 3UR7A 4GXPA 1BYBA 1LLOA 3EDDA 2XGIA 3BAIA 3CZKA 3WFLA 1FH7A 4P8XA 4D72A 2XFFA 2CPUA 4UZSA 3DECA 3W53A 2D3NA 3AYSA 4H8VA 3CUJA 3CTTA 2A3CA 1XSKA 3GNPA 3UCQA 1LF1A 3WSUA 3K8LA 3SCNA 3ZM8A 1PX4A 2J79A 3W29A 1V0NA 4HA3A 2XHYA 3NDZA 1NOFA 1CECA 3WUEA 1ZS2A 3W82A 4Z2HA 3KEHA 3KLLA 3N1AA 5BCAA 4AEFA 1O7AA 1HJXA 1QI5A 5A2CA 3AICA 3K46A 3OLIA 5JUVA 3RPMA 4N0RA 2CEQA 2A3AA 2XVNA 1OD0A 2ZXDA 3OBAA 2UY3A 2VO5A 1KGWA 1V3IA 4GZIA 2F61A 1P6WA 2JIEA 1KGUA 5ABHA 2BY1A 1JDDA 1XCWA 1WCGA 1G94A 3W28A 1HKMA 4P8UA 4WSJA 5DF0A 1GQLA 1G9HA 1BYCA 3AI0A 2RGMA 3G6LA 4JL1A 2VX4A 5BXRA 1EA9C 4QDMA 3NSNA 4PMRA 4MJ4A 3WFZA 3W0KA 8A3HA 1SR0A 3AIRA 3AJ7A 1DWGM 4W8LA 1EGZA 1ISWA 2NSXA 1E4NA 4CU7A 3HJEA 3MKKA 3FXYA 5DT5A 3W81A 4P8WA 5E0CA 4GPNA 3WNLA 3DHPA 4W7VA 1E56A 2D0HA 3IJ7A 4PRWA 1JG9A 2GJXB 2OWCA 2GK1B 1XSJA 4HZ7A 1XD0A 1W91A 4BCEA 5JBEA 5D9PA 2W67A 2AMGA 2VMFA 2X0HA 3BSGA 3OLEA 3AOFA 3VPLA 2VRJA 4HMDA 1VF8A 2WB5A 4UNIA 1ITCA 1GJWA 3WD2A 1KR0A 2F6EA 2JEPA 2PBGA 3CZEA 2YKKA 1WDRA 1CGWA 2WCSA 4H41A 2XPKA 3OB8A 4AZ5A 2Y8VA 4W5UA 4F66A 2DSKA 2VC9A 1QHZA 1TFVA 4JIEA 3UG4A 1E55A 5IDIA 5GNYA 1J12A 1BYDA 1V02E 3WDHA 1XCXA 3F5LA 2ZUUA 2BHYA 4MADA 1IV8A 4Q7NA 3AHTA 1PZ3A 3WQVA 3PZIA 2BXZA 1VJSA 1QNQA 3VKKA 3O9NA 4MTVA 3RJXA 2OLHA 3AXIA 3SCTA 4OBRA 1HX0A 2YDQA 1JAEA 4PN2A 2EQDA 3TTYA 1QI0A 4R27A 2Y5EA 1HL9A 2V3FA 3II1A 2QMKA 1E1FA 1BTCA 5I78A 3AIVA 3A3HA 2ZOXA 1EOKA 1GQKA 5I24A 1Y7VA 5A2AA 1H0IA 4LGXA 4Z2JA 1E4LA 3M7SA 5CXPA 3MUY1 3GXDA 1J0JA 1CDGA 4F9JA 1BF2A 4AMCA 1ZBCA 5C70A 2DEPA 1PZ2A 5A6MA 1GUVA 4BQ5A 1W3HA 2CBUA 4WIWA 3L2LA 2VJXA 1V03A 4HZ6A 3OIHA 3WDPP 1UH2A 2CBIA 3W6MA 5A6BA 1ZL1A 1H49A 4HA1A 4UZUA 3B9AA 3THDA 5BXTA 1J11A 1CWYA 4J7RA 1QNRA 4WKHA 2OWXA 4D1JA 2ESCA 4AXNA 2W62A 5DMYA 1BSIA 1DWJM 1K9DA 3OZPA 4AIUA 1UYQA 3PZQA 3VGFA 3VTRA 3ARZA 4NF7A 3T2QA 2GFTA 4AISA 5HPOA 2Y4SA 2UY2A 1NH6A 1XH1A 1QNOA 3PTQA 2X8PA 1HJUA 1E0XA 2J62A 1QNPA 5AY7A 4JKLA 2V05A 3W4RA 4F9DA 3KL5A 4AD0A 2VZVA 3SCVA 1CPUA 4P7LA 3I3BA 1JZ4A 4UTFA 1N82A 4JFTA 4OIFA 1EDQA 4TX6A 1X1NA 3RM9A 1V6YA 3VGBA 2E8ZA 3VMPA 1UD4A 1UR1A 2NT1A 5D8ZA 3IAQA 1E15A 1FH8A 3WH5A 4FLOA 4NBXA 2VVSA 1OT2A 4ATDA 3WEMA 2WANA 2CYGA 4DWSD 1HIZA 3PHAA 2YDRA 2DH3A 1TZ7A 4KMQA 1CYGA 2V3EA 3B9EA 3U5YA 3TTSA 2EXOA 4NZCA 2J8GA 4UFHA 4D6FA 3FHQA 3MO4A 5AYBA 1A3HA 1JYNA 4XZBA 1W1TA 3VIPA 1WNOA 1YQ2A 1C8YA 4LYPA 4Z2IA 3BMWA 2E4TA 1VFFA 2DSWA 2DT3A 1CNVA 5I23A 2WMIA 3WH8A 4EAMA 2X1IA 4UFMA 5HXMA 1X6LA 1ODUA 3BCDA 4GIAA 1F4HA 1QI3A 1NARA 3EDKA 1R86A 5A6JA 3FHAA 1W9VA 3RMEA 4JFSA 2D20A 3AIBA 3CUHA 3ARYA 3EMQA 2O9PA 4QFUA 3AIWA 3WF2A 3UERA 1V0MA 2E40A 5D8WA 2VX5A 1LL4A 2D23A 3W38A 1HP5A 2X05A 3SCPA 3EMZA 1V3KA 2WMFA 4AY1A 1CLXA 2G3NA 3AXXA 3GBDA 4MB4A 2WVSA 4D6JA 1XH2A 2DT0A 2WVVB 2CXGA 1E0WA 2A3EA 1HXJA 5ABFA 1Q6DA 3QHNA 3BAKA 2XG9A 4PYSA 1FFRA 1NWUA 1H09A 3WMSA 3TONA 1I1WA 1GPFA 5HOSA 1TMQA 1LWHA 1MVYA 3GNRA 4J3XA 3DYPA 1AQHA 3VD9A 3T0AA 1JDCA 3U5UA 1UWTA 2A3BA 3L4YA 3WNPA 1UKOA 4TX8A 3LMYA 2PWDA 5A2BA 2DIJA 3VMNA 3AHZA 2XVGA 1CTNA 1GZJA 4JFUA 4BZYA 3CZGA 2ZWYA 1JI1A 1NP0A 1MW1A 1ISXA 1UD6A 1W3LA 5CPSA 4W84A 4XZWA 1CGUA 1PX8A 3ZT7A 1M04A 4D71A 2XSAA 2CKSA 1BLIA 3POHA 1E40A 3HU7A 1NWTA 5ECUA 2WHJA 3GH5A 3ARRA 4HPHA 2CETA 1QPKA 2C8NA 4P8VA 4AD2A 4J28A 1VJZA 3T0DA 5D9NA 4Z2KA 1AVAA 3K1DA 4KRUA 1WZAA 2WSKA 4J3TA 2WHMA 4X0VA 4D6GA 1Q6GA 2E9LA 4PCSA 5I79A 5JBDA 1JXKA 3BAJA 3RIKA 3VGHA 5CSUA 3GYCA 3W27A 1CXLA 4PSPA 5EBAA 2D0GA 1MXDA 2WC3A 1JZ5A 1QI4A 2HISA 4AZCB 1LQ0A 4C7FA 1F4AA 3AYRA 1J0HA 1EDGA 3OGRA 2GVYA 4A3YA 5CLWA 1YHTA 4WSKA 2WZIA 2DPEA 2G3JA 4AD1A 4UQCA 2J7GA 4ATWA 4AZHA 2GJXA 2GK1A 3ECQA 1BGGA 1JDAA 3W26A 1ZU8A 1C93A 2YA2A 4NSBA 3MUIA 2JIWA 2DT1A 4CN6A 4DM1A 1ECEA 3BLPX 2BVDA 4GINA 1H2JA 5FOOA 5GQBA 1A47A 4JZ5A 3NJ3A 3L4TA 4HOWA 2YL6A 2Y8KA 4J27A 4U2ZA 2VZSA 4B9ZA 4PMQA 3KL3A 2YIHA 3AMCA 1RP9A 5LA1A 1OIMA 2VX7A 4UQDA 1KBBA 3VIOA 4OOZA 2AOSA 1JXJA 2GJRA 1IZKA 3MUAA 2WW5A 5KZ6A 1VBUA 1LL7A 1ZBWA 4PTVA 2WWDA 2WM0A 1HF6A 4Z2GA 1UWQA 2OSWA 4X0NA 1LG1A 3TOPA 1ITXA 2XFYA 3BAWA 1W1VA 3EDEA 3KZSA 3ZOAA 1E5JA 5A94A 1E6ZA 1XYZA 5GNXA 2FH6A 1NWRA 1G5AA 2OYMA 1HVXA 2JE8A 4DWSB 4TXEA 5D9OA 1GOOA 1HL8A 4U3AA 3WENA 2WKGA 5CSYA 1HN1A 3SUTA 1I1XA 2XM2A 2V04A 4GKLA 3JUGA 4W88A 5BRPA 8CGTA 4UQBA 2J25A 1UA7A 4D6EA 1CXIA 1V0KA 1MFVA 5A6SA 1OT1A 2PC8A 4PEEA 5IHSA 2WSPA 1E3XA 4LYQA 2IXVA 1HJVA 1JZ8A 3WF1A 3WF3A 3ZO9A 4AZ7A 2DSUA 2D1ZA 2NW0A 1V3JA 3WD4A 4QCFA 3U57A 2ZUNA 2X09A 1UZ1A 1H0GA 3AMDA 1R8LA 3ARUA 1JNEA 4MB5A 4MB3A 2O9TA 3WUGA 4BF7A 2W66A 4NI3A 1US3A 4PMZA 2E8YA 1EQPA 4FLSA 4IISA 3WNMA 2QPUA 3VGGA 4QLKA 1DWHM 4H8UA 5CLTA 3AHXA 3VD4A 3AQUA 3WELA 3WNOA 4BQ3A 3MMUA 4MDOA 3MANA 4TOQA 1C8XA 4PBGA 3I3DA 1UKTA 1OGBA 3VDAA 1HT6A 3ZIZA 4DUVA 3A4AA 3SUVA 4ZE4A 3VNZA 1UKSA 1V6UA 3GZAA 4C7DA 2PWHA 3KWXA 3KE0A 5A8NA 4HOZA 1WKYA 2XFRA 3PTKA 1UD5A 3AMLA 1V6VA 1FFQA 1I75A 1XGZA 2X0YA 4IPNB 1E0VA 1JZ7A 3LPGA 1W9DM 2WHKA 4UOJA 3AMKA 2VOTA 1ZJBA 1GVIA 4RE4A 3AZSA 4LXFA 3EMCA 3RILA 3D5HA 1UR8A 5JIPA 2YA1A 3WDRA 2ZIDA 2WKLA 1ZBVA 1VIWA 1G01A 1GW1A 5C71A 2B31A 3LPOA 3OG2A 4J3SA 5JIWA 4DUWA 3B8SA 1WPCA 2BV9A 3L4WA 3VIIA 2VZUA 3NCOA 4GQQA 3KL0A 2XM1A 1NOWA 3WUFA 1G1YA 1H4PA 3ZSSA 3BLKA 5FKYA 1WE5A 3T08A 5CGTA 3SCQA 1CGXA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4EKJ A;  1MQQ A;  5LA0 A;  1QBB A;  5HPC A;  4JHZ A;  1RH9 A;  1E5N A;  3BCF A;  5C8B B;  3VDH A;  1JAK A;  3A6O A;  1W9X A;  1BG9 A;  3OA5 A;  3T2P A;  3OGS A;  4L4P A;  3FN9 A;  4CGT A;  1KBK A;  2D0F A;  3F5K A;  1GON A;  1HJQ A;  2XSB A;  1Q6F A;  2J4G A;  2WBG A;  1TR1 A;  3FW6 A;  1UWI A;  3MV1 1;  1E43 A;  1PBG A;  2WZH A;  4LX4 A;  5BYW A;  1CZ1 A;  3ZR5 A;  1DED A;  2OYK A;  1EIB A;  1Q4N X;  2EJ1 A;  2WMJ A;  3UG3 A;  4J3U A;  3VIJ A;  5EFF A;  4W7U A;  3UES A;  1U30 A;  3PZT A;  3G6M A;  5HNN A;  4V2X A;  2DSZ A;  1XH0 A;  2XII A;  3PZN A;  3GTN A;  1CXH A;  3QHM A;  1XSI A;  2GSJ A;  5M3W A;  5LYR A;  4TVU A;  3AMG A;  3CZ8 A;  2D22 A;  3WD0 A;  2XJ7 A;  1FHL A;  1ESW A;  2PI6 A;  4CU8 A;  2EPO A;  5CG0 A;  4AWE A;  4H2C A;  1E71 M;  4XUY A;  3RDK A;  4HU8 A;  4WF7 A;  6CGT A;  2DIE A;  2EBN A;  2ZUM A;  2GUY A;  1TUX A;  2UWF A;  2VCC A;  1WB0 A;  3VDB A;  1Q6C A;  3WD3 A;  5A95 A;  4ZFM A;  5BXP A;  1PPI A;  3MMD A;  4XX6 A;  2CCR A;  4KRT A;  4HZ8 A;  5E6Y A;  1PX3 A;  1R87 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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