1KM1A

Orotidine monophosphate decarboxylase mutant s127a crystal structure
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMAHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mapping the active site-ligand interactions of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase by crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 80
structure length 212
sequence length 212
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2001-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1km1A00
1U5JA 1YDVA 5HWJA 3HOJA 1JCMP 1FUYA 4YMZA 2QCNA 1B4KA 5CZSA 1A50A 2WSYA 1TPVA 1QWGA 2NXHA 3KXQA 3QZEA 1I2QA 2RDTA 2ZZ5A 1GOXA 3S1XA 3C2RA 4CNOA 1OYAA 1S5TA 3W85A 2CLIA 2B4GA 4ALDA 3I7SA 4TMBA 2PE4A 3P60A 1OFRA 1GT8A 5K4ZA 3BG5A 1H7WA 1K02A 5BW6A 1O94A 3TDFA 3CM4A 4MOZA 2QEZA 2RH9A 4ZQNA 4Z08A 4WX2A 5AHFA 3HIJA 3W73A 1XM3A 3S42A 3KRSA 3M41A 1QO5A 3W76A 1VC4A 3NGJA 4AXKA 5KZMA 2ZZ3A 5C5YA 4HNTA 4WXZA 5CGQA 3EX1A 5CZTA 2HS8A 3SSJA 4JN6A 4O52A 1OF8A 5DCBA 2J9ZA 1Z48A 1GVFA 4ZQOA 3KAOA 3E12A 1LYXA 2ISVA 2NZLA 3W7DA 2YW3A 2ZZ4A 1THFD 5TQLA 1VQTA 4Z1DA 3A5FA 3OA3A 1PVNA 1MXSA 3B0PA 3OBKA 4UNLA 5FI8A 1P4CA 1KTNA 2QCFA 2VEIA 3CIWA 4IMGA 3PSWA 3W7HA 3W1TA 3NM1A 3IIXA 3THQA 3HGSA 3HB9A 3UNDA 4QQ3A 4RXGA 5D2YA 1GTHA 2ISWA 3NVTA 2NLIA 3OVQA 4X9SA 5G2IA 3TJXA 2P10A 5K2ZA 3TROA 1FQ0A 1TO3A 1PHQA 4UFMA 3W7LA 4YL2A 3S8HA 1KM2A 4UXDA 4AAJA 3TQVA 3HGJA 1VJIA 1W37A 3L9CA 1G69A 4R34A 1YLVA 3TW7A 1YPFA 3DH7A 3FYPA 3NQ2A 2WPBA 3O16A 4IMFA 1TRIA 4AHPA 3HG2A 2LLEA 3G18A 1EP1A 4KWWA 3TQ0A 3S9YA 4NQ1A 2E5BA 1W31A 2CLHA 2Z0IA 4R7JA 3W84A 4OGZA 1EP2A 3N2MA 1UCWA 4LVFA 1GJPA 4NJKA 4MUZA 3PBYA 1KM6A 5G1TA 3KRZA 4RX0A 1YXYA 1HG3A 1SR9A 1F6PA 1SZFA 1ZCOA 3MI2A 2X16A 1GQNA 7TIMA 4HKPA 4NJJA 1TTIA 2FDSA 5E1QA 4WZHA 1S5WA 2NX3A 4POCA 1XXXA 4JTEA 2OT1A 1RQHA 1NVMA 5FF2A 3FA5A 3G1HA 1QPQA 3NO5A 4JY8A 1WDWA 4PH6A 4DEFA 4L4LA 5EA9A 3N19B 2ZZ6A 1LOQA 1YXDA 4FXRA 3LB0A 5K7JA 1YPIA 4BI6A 4I7UA 3QEZA 3FJLA 1OG0A 2TYSA 4AWTA 4LT9A 3QPYA 4A2RA 3R13A 3HBLA 2VEKA 2OMAA 2KZHA 4O1BA 4UFKA 4EIVA 5G2HA 3W7IA 2BWGA 1JJKA 4N9DA 1IIHA 1GVOA 1ONRA 3FOKA 4MZ1A 1LRNA 4NXKA 2WSQA 1WYIA 3C8FA 4NX0A 2VENA 4HN4A 3R5EA 4MYXA 1RPXA 4MFEA 1LRQA 3JR2A 6ALDA 2YYTA 3BLIA 3LXBA 4JYDA 2NXGA 1RD5A 1L6WA 3P5ZA 1GVRA 2I1OA 2FTPA 5LNWA 3N2XA 4K37A 5I3KA 2GJNA 1W8SA 1TPDA 1W5OA 1SW3A 2H6RA 5CPNA 1ZFJA 3QH2A 3O6CA 1TPC1 2Q8LA 4JX6A 2XN0A 3P74A 3LX9A 3G8RA 4NXSA 1H1YA 4UTLA 4E2BA 4LVBA 3EEGA 3LCFA 4NZFA 3M47A 1WAUA 3RK8A 1VGAA 2CLLA 1YTKA 3NZ1A 4TO8A 2NX1A 3GZ3A 5G2WA 2PRHA 1K7EA 2V81A 5A8GA 3TCEA 3EXSA 3GDMA 2A6LA 4NJHA 1H7RA 3WJZA 4UFJA 3ABQA 2Y7DA 3CB8A 3WJXA 3DFPA 3UWZA 1W1ZA 1H62A 3NDOA 1RR2A 2YFNA 3EWZA 1EUAA 2ATSA 3LBMA 3ELFA 1H61A 4QIUA 4ZQMA 2EF9A 3PB0A 5HULA 2QF7A 3UY7A 5I3HA 3I6RA 5HUPA 3RF9A 4FB7A 3Q94A 1YTDA 4FF7A 2PRLA 3T44A 5DBUA 4OBTA 2JKPA 2I14A 4XWUA 5A5WA 2QR6A 5K9XA 3B0VC 5HR7A 1Q6OA 1WOBA 3BVJA 1OK4A 5DCEA 1O60A 3EWWA 1PS9A 2YZRA 2EGZA 3HG3A 3TC6A 1EUNA 1ME8A 1R30A 4XKYB 5D30A 2ZTJA 3KX6A 2QUUA 3M1ZA 3MJYA 4MPQA 1VZWA 4KWVA 3GDTA 4UUIA 2HSAA 3EKLA 2ZZ7A 3CQ0A 4LC6A 5LGZA 3G1SA 1AW5A 4Z1AA 1G4EA 1UASA 2D73A 4GWEA 1W3IA 1S3HA 2BTMA 1ZY9A 4ZVJA 1IXOA 1I8JA 3C0JA 3EXTA 3W7JA 3LXAA 1XI3A 2W0UA 1JQVA 5AHIA 3EXRA 3W23A 1CW2A 1JUEA 2XN1A 1KFEA 3BW2A 1VH7A 4X3ZA 1XUUA 4J9JA 1GG0A 1QDSA 3S1UA 4JGDA 1Q3NA 5AHLA 3MUXA 4ORMA 1YXCA 3RFAA 3HF3A 3GKAA 2J88A 2GQ8A 3UZJA 2VC6A 5LNVA 2Q3OA 4MJZA 1JRCA 2B7QA 2DP3A 2RDWA 1QPRA 3MI3A 2QJGA 3W1XA 4OV4A 4WJEA 3OVPA 3T4CA 4IMCA 4Y90A 1RQEA 1TTPA 3W87A 3VI2A 2B0MA 4MKNA 3LHZA 4GRSA 3HJZA 4UTTC 5IM51 3SGUA 4FXSA 4K6AA 1BKSA 1HO4A 4HT3A 2R14A 1R2RA 3HO8A 1FX6A 1OFBA 3PG8A 3DGRA 3M6YA 3B04A 3QSTA 1FCQA 4DF2A 4YXGA 3LCHA 2V82A 3DI0A 4LS1A 1F6KA 4QSHA 3DI1A 1FWSA 1I2RA 3W2MA 2E6DA 3EWUA 2EKCA 5F2MA 3I7RA 2FFCA 5KSWA 2V2DA 3CTLA 4LWWA 2E1DA 2YDAA 5D2XA 3CHVA 1I2OA 2VEPA 3TA6A 2V5LA 1LTDA 4N2YA 1J2WA 1Q45A 2ZZ2A 2Y6ZA 5DXXA 1SSDA 4M7TA 4RXFA 2A5HA 1TYGA 5LHFA 4LRTA 4DXVA 4P2VA 3WK1A 3TXVA 2UV8G 2WNZA 4M6PA 4RJEA 1ML1A 2DZTA 2CLOA 1ICPA 4AB4A 2G96A 3DXIA 3P5YA 4LS0A 4ONVA 3SY5A 3YPIA 3SW6A 3NXFA 3NL2A 4KFOA 4I7VA 2QCMA 5TIMA 4N9CA 3NM3A 5LGXA 1MO0A 1DVJA 4GFSA 1F05A 3IVSA 5D2VA 2O7QA 1SSGA 1MEIA 2Y61A 5U4NA 3UWYA 1KA9F 1PIIA 3QSRA 3NZRA 1PL9A 5DLCA 3CLMA 3IIPA 4O12A 1F5ZA 1SO4A 4AEOA 5CSRA 1GEQA 5BOOA 1JCYA 1K8YA 1LDCA 5G1YA 1D3HA 4JTIA 4JTFA 4M5PA 3B0UX 4WUIA 4NX5A 2WNNA 4EWND 4FO4A 3E96A 4R33A 3L5MA 4CCDA 3GAKA 4NZJA 2PC4A 1ICQA 5FEXA 4N4PA 3GAYA 4O17A 1VS1A 4O53A 4TR9A 2DZXA 3BARA 2ZA1A 4AHQA 2JBMA 2NX9A 1T99A 2WV8A 5H2ZA 1G7VA 2JK2A 4GUJA 5KZEA 3HQ1A 1JUBA 1JCXA 5EYWA 1K7FA 5AHEA 3U2OA 3UWUA 1K8XA 3FKKA 3QMRA 5KINA 2DORA 3PSVA 5CG7A 4JICA 3LCXA 3V1PA 2P1FA 2DU2A 2DJLA 1NFBA 3TSDA 3D0CA 3DU0A 3MBDA 2A6NA 5AC6A 1OYCA 3TXZA 2JKEA 3TUUA 2E77A 3NQMA 4IOTA 3WFAA 4K7YA 1ZHAA 2ZRXA 3IVTA 4UIOA 2X1TA 3W7MA 3W7OA 2JGQA 4LV4A 1OYBA 3GR8A 2A7NA 2GVLA 3CWNA 3THAA 4WD0A 4BI7A 1W0MA 4GJ1A 1CX9A 2X2GA 3EX2A 2QJHA 4O14A 4PL1A 2Y85A 1GPWA 3L65A 1PV8A 3LDVA 1G4TA 3AO0A 4H3DA 4AH7A 4MVAA 3AJXA 1LBFA 4HNNA 2GPTA 1FCVA 3MYOA 3GDRA 5HNRA 3LHVA 4CNNA 1R2TA 1YYAA 3LCGA 3BK0A 1N7KA 4IJBA 3B05A 3BW4A 3MHFA 4A22A 4LVGA 2NV1A 3ATZA 1EB3A 2XN2A 4LW7A 4NUWA 4N4QA 3STCA 3CC1A 4AVFA 2GQ9A 3LTYA 2YCEA 4O18A 1FXQA 3EWXA 4GUIA 2H8XA 4PA8A 1SQ7A 4ZQCA 3SIZA 4FNQA 1BEUA 3B06A 3GXPA 3MWAA 1WX0A 3DBPA 4H4IA 4C1LA 1VHCA 1X7FA 1P1XA 3W22A 4Q4KA 1TJRA 4O28A 3P8JA 3NQ6A 3PR2A 1KTBA 3NNTA 3STEA 1YTEA 2PURA 2ZRYA 1C9DA 4FX6M 3M5YA 1NSJA 2ZRUA 3BGJA 4BWLA 2Y89A 5AN7A 3C2EA 2A2IA 3Q58A 2OX1A 4IMDA 3W72A 3LHTA 4M6VA 5F2LA 2E6YA 4PTNA 4OE7A 3PUOA 4UTWA 4JDBA 3RMJA 2QCGA 4LU0A 4UFHA 1BWKA 3KVLA 3SGZA 2J9YA 4QNEA 2TSYA 4WOZA 4LOCA 1MSSA 4JD4A 2NXIA 4RZ4A 3QJAA 1KM4A 1M5WA 1AG1O 1EA0A 4AHOA 3TFXA 1DOSA 1XUZA 3N3MA 4FHAA 4RR4A 4DPQA 3PUEA 4JEQA 3GDLA 2VFEA 3QW4B 4XKYA 1KW1A 2Y7FA 4AWSA 3L67A 3LTPA 1H60A 5F4XA 3TW6A 4PFMA 4CQ9A 1O4UA 4XTDA 1GTEA 3W7KA 1DORA 5J5RA 1P0NA 5C55A 3CEPA 4HPJA 2C1HA 3T7VA 3C52A 1K8ZA 4MIMA 5CPMA 3S1WA 1A5CA 4WXYA 3I7QA 2VFIA 3W1PA 1E51A 1SO6A 1I2NA 4IXHA 2G97A 1XDLA 1QFEA 4UTMA 4O16A 2IQTA 1LM1A 3U8GA 1TPB1 3LI0A 3TJLA 2BZNA 4Q32A 2Y7GA 3GB6A 3W1LA 3BLEA 1H7OA 1L2UA 3ABSA 3K30A 3NQAA 1A5BA 1VHNA 3KVJA 3FJ6A 1OX4A 4IWWA 1JVNA 2R8WA 1H5YA 4G1KA 3G1FA 1QOQA 1QOPA 4E38A 3KFTA 4X2RA 3E9AA 1NF7A 2JGYA 1KV8A 3GXNA 4A3UA 3NPXA 1VRDA 2ZA3A 2RFGA 4DO4A 1GZGA 4HHPA 2Z1BA 2H8ZA 2V2CA 5IBXA 3FKRA 3O05A 1KFJA 4O0KA 5AHNA 3LBCA 1VYSX 3INPA 1DQXA 1JCJA 4EF8A 1DV7A 4WY0F 3N9RA 1FXPA 3L66A 5K9DA 1YDNA 3LERA 4UR8A 4S2CA 4O15A 4DO5A 3W75A 4CQAA 4UTIA 4K8EA 3WJYA 2EPHA 3LHYA 3VE9A 3QMTA 1F76A 2X1SA 3W1QA 4RZ6A 1T8XA 2ALDA 5EKYA 4DF1A 4Z0JA 3P67A 2PRMA 4IGHA 5LHEA 4XBKA 4HNUA 3NPUA 5DELA 5E93A 5D32A 4TIMA 2XFWA 1TQJA 1GG1A 1X8FA 3MHUA 3G1YA 5F2GA 1NAL1 3UXAA 3WK0A 3SJ3A 3RLUA 1OF6A 3IV3A 2E6AA 2ABAA 1F74A 3VCRA 4MJMA 1I4NA 1AMKA 3ZWSA 1XKYA 3W2KA 2E09A 5KTLA 3ANYA 2JKAA 4E2DA 1ME7A 1TMHA 3MP3A 3C6CA 1T96A 1VR6A 4Z1BA 3IIOA 1SZGA 3E49A 3P82A 1VYPX 3QFEA 1GYLA 1R46A 1TRDA 2I9EA 2R94A 3LV6A 1FDZA 4DPPA 5HWMA 1Q6QA 4O8RA 5BRBA 1I2PA 3QRHA 3SZ8A 1WBHA 3R8RA 3L0KA 4FIQA 2ZYFA 5D04C 3GR7A 3JS3A 3TIMA 4ICNA 3P7YA 4Y6GA 5I3FA 1X1OA 3TSMA 2QCLA 1SO5A 3LLDA 1MZHA 3EKZA 4GBUA 3N34A 3G22A 1JCNA 1W5MA 4O57A 5F1UA 3G0SA 1SUXA 3A21A 2ZZ1A 5LKYA 2C19A 3UXDA 3GK0A 1OFOA 5I3JA 3QW3A 4O54A 5K4XA 3A24A 4MFDA 3IGUA 2VEMA 3NAVA 2W6RA 1RZMA 4IQLA 1IXNA 1X1ZA 3TAKA 1KFBA 2VOMA 3L0GA 2ZRZA 3L5AA 4UMBA 5EBUA 1ICSA 2CZ5A 2WKJA 1FDYA 1Z41A 3NEVA 3QQ0A 3W88A 1TB3A 1ZENA 3TMQA 2V9DA 4MLJA 3PBUA 2FIQA 4CNPA 1LLZA 2GQAA 4K8HA 4CLMA 1SZNA 3M0ZA 3LXCA 1OX4B 3PUDA 2ZRVA 3KVKA 3EB2A 4EOUA 3MO7A 4BR1A 1OVDA 2DJXA 4ML9A 1XDMA 1ZJIA 1HFBA 1QPNA 4GE8A 1WXJA 3DHFA 4RCXA 2CLFA 3C61A 1Z42A 1PCWA 1YADA 3S5ZA 4MZYA 3QQ1A 3G1VA 5LNRA 1H63A 4MZ8A 2ATMA 1KLZA 3BLFA 2ZBTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2WC4 A;  3VGG A;  1Y5V A;  1U5J A;  5HWJ A;  4DJD C;  3WY1 A;  5CZS A;  3WSU A;  3WIJ A;  2WSY A;  2F2H A;  3MVT A;  3S1X A;  3C2R A;  4KF1 A;  1S5T A;  2CLI A;  1S46 A;  5BRQ A;  3AAM A;  1GKP A;  3EDJ A;  3R94 A;  1OFR A;  5K4Z A;  4F0H A;  4L9Y A;  1CPU A;  2YL8 A;  2WAN A;  5BXP A;  4MOZ A;  4ZQN A;  1UIP A;  3S42 A;  1GKQ A;  1PWL A;  4UQE A;  1KWG A;  3HV8 A;  4LUS B;  4L61 A;  3URQ A;  4W89 A;  5CGQ A;  3U7B A;  5GNX A;  1OF8 A;  1Z48 A;  5DQP A;  3GHR A;  4NYU A;  4WGH A;  1OQF A;  2ISV A;  3W7D A;  2YW3 A;  2XVL A;  1VQT A;  1DJY A;  4MUP A;  1PVN A;  3B0P A;  4KBX A;  5MF5 A;  1OEP A;  4GO9 A;  1QXL A;  4UNL A;  1BF2 A;  1K6W A;  4B5V A;  4W7V A;  4ATW A;  2QCF A;  4ZA0 A;  3PSW A;  3W7H A;  3H26 A;  1ZBV A;  3W1T A;  2ALR A;  4BZY A;  4HHH A;  3THQ A;  3QLL A;  1QK0 A;  3QV7 A;  4QQ3 A;  4XAF A;  1EIB A;  3NVT A;  2CBJ A;  3GU1 A;  3TRO A;  2EG6 A;  1XIJ A;  3QHM A;  3BJF A;  3W7L A;  1CDG A;  4H00 A;  1J5S A;  1KM2 A;  1YE4 A;  4UXD A;  3TQV A;  2C71 A;  4H9Y A;  4GVG A;  1M1B A; 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