1KM1A

Orotidine monophosphate decarboxylase mutant s127a crystal structure
Total Genus 80
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
80
sequence length
212
structure length
212
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMAHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title Mapping the active site-ligand interactions of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase by crystallography.
pubmed doi rcsb
molecule keywords OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
total genus 80
structure length 212
sequence length 212
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2001-12-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1km1A00
5I3HA 4IX2A 2FDSA 4XZ9A 2J9ZA 1XC4A 3W1MA 3EXTA 3LHZA 4NNAA 1RR2A 3DFPA 3G1SA 4JTFA 2C15A 5AB3A 4DEFA 2ABAA 4LUIA 2V8ZA 1OFOA 4KWVA 3M5VA 3W1LA 1A5SA 4AMAA 5EMUA 3P81A 1T0OA 3G1VA 5D2TA 1OYAA 3E12A 2CLFA 2XN2A 3W70A 5ABTA 2X2GA 2Q3RA 4MZ8A 1QCWA 4P2VA 4PEKA 1XBYA 3CU2A 1D9EA 2Y7DA 3WK0A 1OX6A 3A5VA 3PR2A 4JYFA 5F2MA 3NR0A 1H7WA 1FXPA 1TPVA 2NUXA 3PM6A 1ZY9A 2QCLA 1C9DA 1CX9A 4M6QA 5K2ZA 1JCLA 3CIXA 4AXKA 4A3UA 1YXDA 4DO5A 4O4VA 3YPIA 3N9RA 2YSWA 1FCUA 5DCDA 4UCGA 3ATYA 3DHDA 3H53A 4UTTA 4ZQPA 1NSJA 3IV3A 3TSMA 4ZL1A 4KKXA 2X16A 4ORMA 3VE7A 2X1UA 1JUKA 4ZQOA 1IXPA 1OFEA 4O1AA 4LV4A 3CHVA 3T55A 5J5RA 3GKFA 1TMHA 5HINA 1Z48A 1VGAA 4O14A 3LM7A 4RZ4A 4FO4A 1TTPA 3QZEA 3W1RA 1IXOA 3L66A 1DJNA 4OU1A 1TO3A 3LERA 5DY3A 1CI1A 4LC6A 3P67A 3THQA 3NQMA 4UC5A 2E6FA 1TPB1 3M47A 1GQNA 1RV8A 3W9ZA 3TSBA 3A24A 4QAIA 5G4WA 1FQ0A 4OQVA 3LX9A 5CSRA 3UNDA 1VZWA 1B4EA 2GVLA 4FNTA 4H3DA 3IGSA 2E5DA 2QAPA 1H7NA 1R2TA 1OVDA 3T78A 4K39A 5U7SA 5K4ZA 5HR6A 4GUHA 4K37A 3NM1A 5DXXA 5LGXA 4XTDA 1KFBA 5AHMA 1GTHA 1QFEA 4O15A 1EUNA 2QCGA 1Q45A 3KRSA 3DH7A 2G96A 1TPEA 5CG7A 3F4NA 2J6XA 1HG3A 3C2OA 1K7FA 4DBEA 5HUPA 2AAMA 4NNCA 1FX6A 3EXSA 4TR9A 3C61A 4FEZA 1WDWA 3L21A 3FJ6A 3GAKA 4O13A 2A7RA 3LCGA 1SR9A 3KVMA 4AHQA 3TW7A 1LBMA 3WJWA 3GX9A 3GR7A 4DPQA 4LV9A 5T26A 2B7PA 1QO5A 3GXPA 1NAL1 1ZAHA 3QPZA 2E5BA 3W07A 3TFCA 1GZGA 1J2WA 4O19A 5LGZA 1W5PA 3OEXA 3KHJA 4HN4A 3QPYA 4O0KA 4E2DA 1TRDA 1KM0A 1SZEA 4X2RA 3W7RA 4R7JA 4MFDA 1N7KA 3UYCA 1BTMA 2Q8LA 3TAOA 3UY7A 1FWTA 1TYGA 3LLFA 4UUIA 3W1NA 2C3ZA 3BARA 3NZRA 4TU1A 4MZYA 1YPFA 2Q8ZA 1LYXA 5D09A 1R2RA 2ZZ4A 2VENA 2FPYA 4IUOA 1TPUA 4E0CA 3C6CA 3P5ZA 3B04A 5HNRA 5KSWA 4MJMA 1SW0A 5H2ZA 4O11A 4WOQA 3PB0A 4PA8A 1ZJIA 4HT3A 4JTUA 3SSJA 5EY5A 3DI1A 1BWKA 4R33A 3EX3A 3G8EA 3HG3A 1H7PA 2H6RA 3SJ3A 3FA5A 1CW2A 3P8IA 4DXVA 1TV8A 1DKWA 3GLCA 4CQAA 4GUFA 3LLDA 4AF0A 2WQPA 1QPRA 2C14A 1ZNNA 1O5KA 5CZJA 5KZMA 5DELA 2HSAA 1WQ5A 3NXFA 3PB2A 5HWJA 3SGZA 4UTJA 3M16A 2NWRA 4Z1DA 2VEMA 4UTHA 5CZSA 2A4AA 1OK4A 1ICPA 1TIMA 4B5NA 4LUJA 2HS8A 4JNMA 4JS3A 4JTEA 1KV8A 1LROA 3MJYA 3P62A 3QSRA 4OGZA 1K8YA 3QF0A 1GT8A 3VE9A 4NQ1A 3PY2A 1KFCA 2ZRYA 3NQFA 3NZ1A 2YX0A 1XI3A 1EWEA 4UXDA 4O8RA 3THAA 2TSYA 4UTIA 1FY6A 3W7KA 1I2RA 4WZHA 3MYOA 4LC8A 5E1QA 3M1ZA 5C6MA 3O63A 5AC7A 3DGRA 2FB3A 3OA3A 2J88A 5DN1A 3INPA 4Z1AA 3E9AA 1XBVA 5LKYA 4QIUA 5HR7A 5HMSA 3VFLA 4NX0A 4O53A 4GC4A 4OE7A 1H7RA 4OBTA 1PE1A 1HO4A 4IPIA 1YTEA 4PL2A 2OMAA 2ZTKA 4GUJA 3W7MA 1TV5A 2NUWA 4CQ8A 3R2GA 4WOZA 3STCA 2GJLA 3GDRA 5D05A 4CNOA 1JRCA 2ISWA 1AW5A 4I9AA 1M5WA 2HS6A 3QW4B 1YYAA 3FOKA 5AOUA 1BWLA 4LT9A 1EUAA 3R13A 1I2NA 3TROA 4MYAA 2NUYA 2WV8A 2A7PA 1HL2A 4ZMGA 3BW4A 4J9JA 1B4KA 4IMFA 3M44A 2J27A 2F84A 1A53A 3NM3A 4I7WA 3UWUA 3UY8A 5AC6A 2V5LA 3TFXA 1TSIA 3JRKA 4HNUA 3M6YA 1KM3A 4X3ZA 1TCDA 1LRNA 3P84A 5GVJA 3FKRA 2PRMA 3KAOA 3QC3A 1OX4B 1SUXA 4DPPA 2YR1A 4MLRA 3HBLA 4I7UA 4OWGA 3S1VA 3STFA 3EWZA 1MEIA 3PUEA 4ADSA 4BK9A 1AW2A 3ELFA 3W7HA 5D2XA 2Z0IA 3TXZA 3NQAA 1U83A 2GJNA 3LCIA 4UTWC 2TYSA 3MBDA 5EL1A 2NZLA 4KFPA 3U6WA 3M0ZA 4UMBA 4H4IA 4DELA 4LY8A 1W8SA 2NV1A 5FF7A 1ZHAA 1JJKA 2FIQA 1VRDA 1AW1A 1MEHA 1IGSA 3LRLA 4BFAA 3ABSA 3CLMA 4PTNA 3MW7A 4Z0SA 1YDOA 4DF2A 3UWZA 5AFDA 4UNKA 3DFTA 2VELA 1GWJA 1TPWA 3MUXA 4K38A 3SIZA 4DO4A 2YXGA 2RKXA 3N2XA 4IXXA 3HPZA 4HHPA 1F05A 4N4PA 1G4EA 1AMKA 4RV8A 1ZENA 3DKLA 3I65A 4C1KA 3NL2A 3W7PA 2CZEA 5G5IA 3WK2A 2V2HA 4BI7A 4P61A 5HULA 4AAJA 1T96A 3FJLA 5D38A 1A5AA 3MWAA 4RXGA 2QCMA 3G1HA 3TAKA 2YW4A 1G4TA 3M43A 3BV4A 1PCKA 2R14A 3BK0A 4EF8A 2PRLA 5BRBA 2ZTJA 3LRKA 2BX7A 1W5MA 2FTPA 2QCFA 2GQAA 1YPIA 4QM1A 1VLIA 4FNSA 4NJGA 2ZZ5A 3W7NA 2BSLA 3H54A 3C56A 3NQ7A 3QQ1A 4TMBA 3N34A 1SO3A 1RZMA 2ZYFA 3QMTA 1H62A 4ZQCA 4A2RA 3IVUA 4UIOA 1JCXA 1H60A 2J9YA 4O50A 4TMCA 4YMZA 4RK8A 4NX5A 4NXKA 4S2CA 2TPSA 1O4UA 1LM1A 2ZZ6A 3BLFA 2CLIA 3HPXA 2OZ0A 3CWNA 2V9DA 3I6RA 1WOAA 4FXSA 4W9TA 1FWSA 1O94A 3S42A 4GE8A 2C1HA 5KTLA 3FYPA 3WJSA 1GYNA 4RX0A 2OJPA 3FEMA 2PCQA 3TQ0A 4L4MA 4NZFA 3UZ5A 3N73A 1AG1O 3OVPA 3SI9A 2VFIA 1VCFA 5D2WA 1XBZA 2WPBA 1GOXA 2QUUA 4JN6A 2ALDA 3IIZA 1R46A 3KOFA 4MPQA 1FWWA 1QPOA 1R30A 1PS9A 2QJIA 3W7EA 1GPWA 3USBA 4HNTA 4DF1A 1W5NA 1KM4A 2H3DA 2V5BA 1K02A 3LHWA 3LDVA 1GYLA 1UASA 3BGGA 1GVQA 4Q32A 4RJEA 4QISA 5KZEA 3ANYA 4S1FA 2RDWA 5D30A 2GOUA 1LOSA 4IGHA 5FEZA 4ICNA 1GG0A 1ZAJA 5K9DA 2NV2A 3NEVA 3RU6A 4IMDA 3UWWA 4Y8FA 2NXGA 3BW2A 2OCZA 3A22A 5K9CA 4FX7A 4MY1A 2P10A 3LCXA 4O16A 3SFKA 4JTJA 3CC1A 3HIJA 1UCWA 3HF3A 4MJZA 4NJIA 3PWAA 3W3OA 3W1TA 4KFOA 3BG3A 4JX5A 1MSSA 3O6CA 3LHTA 2DZUA 1SSGA 3W7CA 3W1XA 1Q6RA 1XDMA 5TIMA 1SZFA 1Q6QA 2VXNA 3IIXA 1Q3NA 1ALDA 3O06A 2WSQA 5AHEA 4YWIA 3IGXA 1TV7A 3PUOA 2ISVA 3OG3A 3TMLA 1TPFA 1OG0A 3P82A 2HMCA 2ZQ0A 4JXCA 5CPOA 1A5CA 3C2RA 2X1TA 3CEPA 5F4WA 4HIBA 4FXRA 2DZXA 1RQEA 4LVBA 4POCA 1V7YA 5D2VA 5LNUA 3TA6A 5C5YA 1XCFA 1S5VA 4AF0B 3ZWSA 3G1XA 4D2JA 5K4XA 1O95A 6TIMA 5D04C 1VC4A 2O7SA 3S5YA 3TIMA 5BW6A 3L67A 3PSVA 2W79A 1DORA 4AHPA 4WD0A 2WO5A 2NX9A 2ZRVA 3O1NA 2R91A 1THFD 3I7QA 3NPVA 2A0NA 1TJPA 4IX0A 3S6DA 3LHVA 3QQ0A 2QAFA 4O52A 3IGUA 3NQ2A 4MKNA 4O1DA 4AH7A 4MLJA 5CSSA 4JR5A 1B3OA 1A5BA 3GYEA 3QH2A 1JCNA 4A21A 3G22A 2GVGA 3L65A 2V81A 1N55A 1WYIA 3S5OA 1GEQA 1DVJA 2E5CA 3E49A 5TQLA 1XFBA 3W1UA 2F7FA 4UNLA 1VLWA 1OFDA 3BLEA 1Q6OA 3NQVA 4QITA 1Z42A 4ZQMA 2E68A 4L4LA 4GUIA 3W2MA 2B4GA 1S5WA 2ZA2A 2FB2A 5EPDA 3EKZA 5FF4A 3TE9A 3W7DA 3FLUA 4RZ6A 2ZDRA 1OFBA 1X1ZA 3N2MA 4FX6M 3JS3A 1MO0A 3DI0A 3T40A 4PH6A 3M5XA 4MYXA 3G18A 3W23A 1JR1A 2Y70A 2RFGA 1IXQA 1QPNA 2V0TA 3M41A 3HGSA 3NO5A 2WNNA 5EA9A 4ZVJA 5F1UA 3GDTA 3KVJA 2WSYA 4WUIA 5G2HA 2JK2A 4WXYA 1V5XA 3NQ8A 4JYDA 1F5ZA 2V30A 1WA3A 4CCDA 5AHIA 4FIRA 1FCVA 4OV9A 2RDUA 2CLKA 1AL8A 4M19A 2QUVA 1TPDA 2DP3A 4G1KA 3W72A 3TU9A 2X1RA 4JY8A 4M7SA 4HSOA 4FNUA 1QDSA 2W6RA 4O57A 2XN1A 4QJ1A 2ISSA 3I68A 2Z6JA 3QJAA 1NF0A 3Q37A 4MOZA 5FI8A 3MI3A 1IIHA 1AK5A 1H7XA 1LTDA 4N02A 4EIVA 3U8GA 3MP3A 3BGJA 3HJZA 3ZFHA 3CEUA 1UB3A 1EEPA 2FPVA 1AL7A 5HUOA 3G1FA 3HG5A 4QNEA 1TRIA 1J4EA 4QNWA 3SGUA 4NJJA 2C18A 1LOLA 1I8JA 4BI5A 3W7IA 4DQWA 3V75A 2YFNA 4U28A 1PHWA 1KTNA 2Z2UA 4WJEA 4MY8A 4MZ1A 4XQ6A 2B7OA 1FWNA 3LCLA 3E0IA 3CPRA 1SFLA 1F76A 1KM6A 1LRTA 3EXRA 3CM4A 1ZALA 1K7XA 3B4UA 4IJBA 3NOEA 3LB0A 5E0KA 3GDKA 4YLWA 2ZZ1A 1RD5A 2Y88A 3R89A 3TDFA 1ZCOA 2QJHA 2X30A 3G8RA 2I1OA 2V2DA 4ADUA 1GJPA 2E6DA 3W1PA 5SWUA 2FLIA 3PULA 1KFJA 1OX5A 5A5WA 4JYEA 3QW3A 3LI0A 4O54A 1IXNA 3V1PA 5D37A 5LZLA 1GTEA 1OYCA 3L5LA 3NQEA 5D02A 3TW6A 1XBXA 4ZZ9A 2D73A 3T44A 1VYSX 2HTMA 2YYUA 3W83A 3N9SA 3RNDA 2JKEA 3TJXA 2H3BA 1XUZA 3KVLA 3EX6A 1W1ZA 1LLZA 4C1LA 2VFDA 2YDAA 1KV5A 4GWEA 3SECA 3GB6A 2QCNA 3S1UA 1XDLA 3GKAA 3P74A 5DY2A 2C19A 5FEWA 4NJHA 4NXSA 5G4EA 4K6AA 4XTIA 3N14A 5BMXA 5G2IA 3GNNA 1KFLA 3T4CA 3DKJA 3BLIA 4Z1CA 1QMLA 2GVJA 5FESA 1G4SA 4LWWA 5KINA 4O1BA 1TPH1 3G0XA 1EWDA 1QPQA 1VH7A 5BNKA 1M7PA 4M6PA 1W3IA 4WY0F 2CLEA 4HSNA 3PG9A 1H5YA 1RQBA 2QCEA 4GBUA 1H7OA 3EEGA 4N9EA 2ZRXA 3KVKA 5FF0A 1PVNA 1PIIA 1H1ZA 3DENA 1R47A 4DBDA 1K7EA 3K30A 1VHCA 3H55A 4NVTA 3NPUA 4JTTA 5F1VA 2QUTA 1OFRA 3ZWTA 3PBYA 3NQGA 2BWGA 2QR6A 1MEWA 3C2FA 1SPQA 1LBFA 3W7GA 4ZQNA 2BLEA 4PFMA 3NNTA 4FNQA 3WJYA 5F4XA 3DFOA 5HQEA 1ME7A 4HPJA 3PBUA 1VS1A 1YADA 5LNRA 1YTKA 3DHFA 3BG5A 3HGOA 5DXYA 1TTQA 3G24A 4LVFA 1SU5A 3JR2A 4Q33A 4Y90A 4BWLC 1ICQA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 1J12 A;  2FDS A;  3EXT A;  1YNP A;  2ZKM X;  1RR2 A;  3DFP A;  2VVN A;  4H19 A;  4JQ1 A;  4M1B A;  4MF4 A;  4J3T A;  4DEF A;  1I60 A;  1I9C B;  2WM1 A;  1OFO A;  3LLX A;  5E9X A;  1KCX A;  5D9O A;  3M5V A;  2FMN A;  4AMA A;  1UZD A;  3H24 A;  4BZY A;  1VEO A;  4QLL A;  1OYA A;  2CLF A;  3H4X A;  4FXJ A;  3W70 A;  1UH4 A;  8CGT A;  4GY7 A;  2Q3R A;  2WHK A;  1HJV A;  3CHD A;  3U2E A;  4AX7 A;  4NZC A;  2JE8 A;  3R8H A;  1CX9 A;  5K2Z A;  1JCL A;  1CEN A;  3MUC A;  5HJX A;  1RY8 A;  3FGC A;  3YPI A;  1FCU A;  3M7S A;  3OBE A;  3H53 A;  1BKH A;  2GJX B;  4YTU A;  4B3K A;  3SAD A;  4ORM A;  3VE7 A;  2X1U A;  4B16 A;  4O1A A;  2J13 A;  3OYZ A;  3T55 A;  1Z7A A;  3GKF A;  4A05 A;  3LEN A;  2PDY A;  1HN1 A;  3KDO A;  4H6R A;  3H2M A;  3IRS A;  2EKG A;  1ISX A;  2XVN A;  3JW7 A;  4O14 A;  4QS5 A;  4FO4 A;  1LQA A;  4OOU A;  3N1A A;  1YHT A;  1TVP A;  3LER A;  1EGZ A;  1XH0 A;  4LC6 A;  3I4K A;  4XAF A;  3THQ A;  1HL8 A;  1TPB 1;  1X39 A;  3S2M A;  1GQN A;  2XGB A;  4XVD A;  3GU2 A;  5HA7 A;  1FQ0 A; 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