2YPIA

Crystallographic analysis of the complex between triosephosphate isomerase and 2-phosphoglycolate at 2.5-angstroms resolution. implications for catalysis
Total Genus 76
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
76
sequence length
247
structure length
247
Chain Sequence
ARTFFVGGNFKLNGSKQSIKEIVERLNTASIPENVEVVICPPATYLDYSVSLVKKPQVTVGAQNAYLKASGAFTGENSVDQIKDVGAKWVILGHSERRSYFHEDDKFIADKTKFALGQGVGVILCIGETLEEKKAGKTLDVVERQLNAVLEEVKDWTNVVVAYEPVWAIGTGLAATPEDAQDIHASIRKFLASKLGDKAASELRILYGGSANGSNAVTFKDKADVDGFLVGGASLKPEFVDIINSRN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Triose phosphate isomerase
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Crystallographic analysis of the complex between triosephosphate isomerase and 2-phosphoglycolate at 2.5-A resolution: implications for catalysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus 76
structure length 247
sequence length 247
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1990-01-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2ypiA00
2ZDRA 1PL9A 3W1QA 3HGJA 2RDTA 3PULA 2GQAA 4Y8FA 1LRNA 3W2MA 1GVOA 3MP5A 3UY8A 4O12A 5FF4A 5EMUA 1BKSA 1GJPA 3HGOA 1GT8A 4MUZA 4JIQA 2O7QA 4WX2A 1KLZA 4BK9A 3F4WA 4M6QA 4LW7A 4ONVA 1K7XA 5GVJA 3I7SA 4FX8A 3S1VA 3M5XA 4DO5A 4LVGA 2CU0A 2FTPA 5SWUA 2Y85A 3TQ0A 5AC8A 4O54A 5C5YA 4MLRA 2J24A 5F2GA 1OYAA 3STGA 3RU6A 5EA9A 1WXJA 2FPTA 2QDHA 2QCDA 2YDAA 3SIZA 1VYSX 3MBDA 2WSQA 4NT0A 3OVQA 3N3MA 1TMHA 1PHWA 3CTLA 3LBMA 3O6CA 4FHAA 3LRLA 4GUIA 1DVJA 1TPUA 2QCFA 2ZRUA 1FQ0A 1OFRA 3Q37A 4O16A 1ZALA 3GYEA 1YLVA 4HNTA 1ICPA 3LX9A 3O06A 2A7RA 4IJBA 3CHVA 1SSGA 1OX4A 3OIXA 2R14A 4OT7A 4LS0A 4NJHA 4NZFA 5T26A 3TMQA 4JY8A 4O57A 4AF0A 2QAFA 4U4MA 2YW3A 3SECA 1D9EA 1LOSA 4QNEA 3W7CA 1O94A 1XM3A 3QH2A 2V5BA 1N8FA 2HS6A 5E1QA 3JS3A 2ZZ5A 3KXQA 4Z1CA 4QIUA 4JYFA 1SO5A 4B5NA 3W23A 2DZPA 1S3HA 3WJSA 1LLWA 3I65A 2FJKA 1F76A 1H51A 2E6YA 1H60A 3CIWA 3NQMA 3C2OA 1NAL1 3GR7A 4BR1A 4XBKA 3HOJA 2JKEA 4XQ6A 1E51A 3DU0A 3LHUA 4JEQA 1N55A 4LVAA 1I45A 2EHHA 3G1XA 1FBAA 1G4EA 3TW7A 1KFKA 1T96A 1Y0EA 2YFNA 2QDGA 3L66A 4UNLA 4H6KA 1R46A 4PTNA 3E9AA 1B9BA 5L6UA 4JX6A 2V8ZA 2GQ9A 1YXYA 4YCPA 4Y9AA 4AWUA 1XI3A 2QCDB 3UPBA 4YLWA 2H90A 4UTWC 1VR6A 4LC6A 4WXZA 4HPJA 4ZZ9A 1DQWA 1F6PA 2DJXA 1QWGA 2NX9A 3QJAA 3KRUA 4MZ1A 3GAYA 4IX0A 3NM1A 1M7PA 4QNWA 1OX4B 3T55A 3QYQA 3NR0A 5CZ0A 3TSBA 2QJIA 4CNPA 2B4GA 2BSLA 3NQ6A 4NX0A 4UMAA 3NZRA 1FX6A 1IIGA 2RKXA 2V30A 1NF7A 1XBXA 4K38A 4AF0B 4KWVA 2C16A 3FEMA 3O05A 4MJZA 1TTQA 1HTIA 2A7PA 2Y7DA 3LOTA 4UXDA 3W22A 4MY1A 2GUUA 3P7YA 5D2TA 5HUPA 5J5DA 2QCNA 1LRQA 2WOQA 3TQKA 2X30A 3W7HA 1RD5A 4N6FA 3H54A 5K7JA 3LTPA 4Z1AA 4OBTA 5G4WA 2WV8A 4CQ8A 4MY9A 5H91A 5LNSA 4MIMA 3FKRA 1V7YA 2DJLA 3UNDA 3WJWA 2BLEA 4UIOA 4O50A 5AOUA 4O52A 3G22A 1I4NA 4WY0F 3SFKA 2AQWA 1AW1A 1OFEA 2HMCA 3KAOA 3UWYA 2F7FA 2P10A 4JTUA 3B03A 1A5SA 3U2OA 1QMLA 3PF3A 4O0ZA 2J9ZA 3FKKA 1B4EA 3QRHA 4NVTA 3G1VA 3W6YA 4WD0A 4A21A 3LLDA 4IMGA 3W1TA 3L5AA 5G2HA 1C8VA 1YYAA 1SFLA 1XDLA 1OFQA 5EYWA 4FEZA 2C19A 5BMWA 4O1BA 3LGEA 2YCEA 4TMBA 1VJIA 2V9DA 1HO1A 4UNKA 5IM51 4ZQRA 2ZCGA 3Q58A 5LNUA 3EKZA 3Q2DA 4AHOA 3C2RA 3NM3A 4IUOA 1I2PA 5ABTA 1WA3A 2FB3A 4NJKA 3SW6A 4N4QA 4K6AA 4O14A 4E2DA 1AK5A 1GVFA 1YTKA 2X1RA 3DBPA 2WSYA 2HS8A 5FEXA 2VEIA 4O53A 1PCKA 1XCFA 3B05A 4RJEA 1PVNA 3S8HA 3G1HA 3U8GA 4CQ9A 1WBJA 4QJ1A 4M5PA 3HG5A 1JCLA 2ZZ7A 3GDMA 4D2JA 3C56A 1KFBA 1K8ZA 5DBUA 1LOLA 4UTWA 3STEA 4O0KA 5E0KA 1AG1O 1NVMA 3LCGA 3L0GA 4IX2A 1K3UA 2WKJA 2ZTJA 4FNSA 3W7IA 1JRBA 1TSIA 3GLCA 3LI0A 4JICA 1JCMP 5DY3A 4LOCA 2QF7A 1MXSA 4TX9A 2ZQ0A 3UXAA 1AW5A 3QW4B 2RDUA 5AYZA 2EAWA 3I68A 4IMDA 1EEPA 3CWNA 4UC5A 4LT9A 5CSSA 3KRSA 3NPWA 2PCQA 3PS7A 1NF0A 3W7NA 3AJXA 2ATSA 2B0MA 4JTSA 5DN1A 4JIPA 3OHIA 4RCXA 4UTJA 1QPQA 3RNDA 1OFBA 1ZCOA 3DHFA 3O6DA 5HUOA 3O16A 2NUWA 1SFJA 2J88A 3NXFA 3W1AA 3SI9A 3TFCA 4I7UA 1LTDA 4LS2A 3LBCA 2TYSA 1G4SA 4LTSA 2YSWA 2BZNA 3I7QA 3EWYA 1S5VA 2E6FA 1H63A 1Q6OA 1FWTA 3QMRA 1UBSA 2E77A 4FIRA 3G3MA 4NXSA 4I7VA 3P84A 3N34A 4CCCA 2QCHA 2ZA1A 2NXHA 2FPYA 4AAJA 3M7WA 3TJLA 3CEUA 4PFMA 3M9YA 3BLFA 4NNCA 1GPWA 2NX3A 1GWJA 3BLIA 3B06A 2WO5A 3G0SA 5D2VA 3DENA 4NJGA 3NZ1A 2HTMA 3HPXA 4W9TA 5F1VA 1K7EA 5D30A 3O6YX 3NQ2A 1F6KA 3EX2A 5K9XA 1O5KA 1ADOA 3MI6A 1C29A 3TNOA 2FIQA 4JN6A 4MVAA 4JX4A 2CW6A 1W5PA 1C9DA 3VI2A 3SZ8A 3NL6A 4BF9A 1A5AA 4JGDA 1HG3A 3M0ZA 1CI1A 1F7BA 2OMAA 1YPIA 1PCWA 2VXNA 1EP3A 1L6WA 3SY5A 3BW3A 4AH7A 4ZQNA 2VFGA 3S5YA 1FUYA 2QUTA 5F4WA 1AMKA 2DZXA 3W1XA 4HKPA 3P74A 4GNJA 5FF0A 1XDMA 2ZZ4A 3UD6A 1G67A 4O10A 2ALDA 3NPXA 2JGYA 1Z48A 1J5TA 1WAUA 3G18A 4X3ZA 2HSAA 1RVGA 2VKZG 3TCEA 4IGHA 1VCFA 3P81A 4GJ1A 1W5OA 1KFJA 1AL8A 3THQA 3LHYA 3EEGA 4TO8A 1DJQA 1I2NA 3T40A 2Z6IA 4E0CA 3BG3A 2Z2UA 2FQIA 3QPZA 3MUXA 1ZAJA 2ZYFA 4AWSA 1HL2A 3NO5A 3ZFHA 3E12A 3FA5A 3STFA 3TAOA 1GOXA 2AGKA 3L68A 1FWNA 4MFEA 4BI6A 1NSJA 3CQ0A 3VFLA 2IQTA 3LV6A 3R12A 3BLEA 1R30A 2ZA3A 4Z1DA 3W7GA 3N14A 2QCGA 3HGSA 3C2VA 3O63A 3EKLA 4NJIA 3S5NA 3R8RA 4X9SA 3W1LA 1IXNA 1JULA 4R34A 3S1UA 2Q3OA 3CEPA 3HGRA 4TMCA 4FB7A 5LNVA 3IVSA 3G0UA 1GG1A 1M7OA 3BW4A 4WOZA 2ZFAA 5HULA 2EGZA 4IPJA 1W3IA 1H1ZA 1Q6QA 3L0NA 3NAVA 1OYCA 3LCHA 2RHGA 2QR6A 4LNYA 1JJKA 2WSRA 1W5MA 3W84A 3PY2A 5K2ZA 4JR5A 3JRKA 1FCUA 4IQLA 2ZA2A 5AN7A 2QJGA 3GXPA 5KITA 1KTNA 3IIXA 3TIMA 4LC8A 3DFPA 2GPTA 2WJZA 4JY9A 2B7NA 1TPDA 4N2YA 1H50A 1F73A 3W2JA 1TRDA 4E38A 2ISWA 1DV7A 4XZ9A 4ZL1A 1B4KA 1KM0A 1WV2A 4RX0A 3PC0A 1VZWA 3O07A 4LVFA 1OF6A 1LP6A 2G96A 3SJ3A 2FPVA 3TJXA 5AC6A 8TIMA 4MZYA 2TPSA 1ME8A 3M1ZA 4PC8A 5DCDA 4A2RA 4ZQOA 4UTLA 3N9SA 3KOFA 2Z0IA 4GFSA 5D2WA 1TPWA 1EIXA 1TREA 3W87A 1VC4A 3W71A 3G1FA 5LHFA 3TV8A 4IMCA 3RLVA 4HNNA 2NWRA 4O18A 2FLIA 4OV4A 3M5YA 4K39A 5KINA 4EF8A 2VENA 4OE7A 1QOPA 1U5JA 3LERA 3KVJA 1XC4A 4YMZA 2Z6JA 4WJEA 5CZSA 1JUEA 3BG9A 2CZFA 3UWVA 3G1YA 2DZSA 2ZTKA 3CWOX 5LNRA 4UFKA 2H8ZA 4NJJA 3FJ6A 1TJRA 3T4CA 1DQXA 2RFGA 3ABOA 4AHPA 3LV5A 3S0CA 4QAIA 1ICQA 1SPQA 4QSHA 4N9CA 2I9EA 5I3JA 1Q45A 5CPMA 3TU9A 1TPEA 4R33A 2VC6A 3DKJA 2G95A 1ZAIA 3EWWA 4OGZA 5MHBA 3EXSA 4LU0A 1ZNNA 2LLEA 1EUAA 4EVZA 3PM6A 4UTHA 2J9XA 5J5RA 1LOQA 3WK1A 3L5LA 4S2CA 5EKYA 1W5NA 3A5FA 3PB2A 1JR1A 1B57A 2F84A 1K02A 3BVJA 3UY7A 2NLIA 3JR2A 4FX6M 3IRDA 4A2SA 4UFHA 5D38A 3P60A 4WUIA 2FFCA 1KA9F 3G1AA 3G3DA 4HIBA 5AFDA 2WNNA 3I6RA 3VKJA 3DZ1A 1PV8A 3LCFA 4LS1A 6ALDA 2JKPA 2C1HA 1WX0A 4IPIA 1I2QA 4MKNA 5A8GA 4DQWA 3S1WA 2CZEA 1H7WA 1MSSA 3IGUA 2A6LA 4DEFA 4MOZA 1EP1A 3LXBA 2E68A 2WPBA 3HG2A 1GTEA 5K4ZA 4O1CA 2P1FA 4ADTA 5KMYA 1S5WA 4DPPA 2OZ0A 3GVGA 4KFOA 5G2WA 1YDOA 3ATZA 1RQBA 4GE8A 4N9EA 4DPQA 4AVFA 3BK0A 1AW2A 1VQTA 2XN1A 4JTKA 4MYAA 5D32A 2NUYA 3S42A 4C1LA 3A9IA 3BARA 1Q6LA 3EX4A 4PEKA 4TIMA 4WOQA 3TQVA 5DCBA 2NZLA 3KHJA 5K3VA 3IGXA 3GX9A 4UTTA 1P0KA 2PURA 4EWND 3W7EA 1O5XA 2NXIA 3USBA 5KZEA 1HFBA 3HG3A 4XTDA 5AYXA 3A23A 1P0NA 4DF1A 1AL7A 4ZQCA 3L65A 4K8HA 5G1TA 2QJHA 5K9CA 1QCWA 2QUVA 1DORA 3KVMA 1VPXA 4AXKA 3S5OA 4GUJA 3CU2A 5IBXA 3W1MA 1FDYA 4PL1A 3W9ZA 1YADA 1F05A 4JDBA 2BTMA 5D33A 2OX1A 2G5WA 3W75A 3IEBA 4DF2A 1QPRA 3OA3A 2CLOA 3WJYA 5LZLA 3K30A 5CZTA 2WQPA 1BWLA 1FDZA 4Y96A 4ZQMA 3L5MA 1HO4A 1PHQA 1W0MA 2QEZA 4Q33A 4UMCA 3UZ5A 3T78A 2X1UA 1TV8A 1W3TA 5AHEA 5D2XA 2JK2A 1L6YA 1JQVA 5H2ZA 2GOUA 1EPXA 3T44A 1LBLA 1IF2A 3W07A 4P2VA 1EWEA 5HNRA 1LORA 3TC6A 4GUGA 3GDTA 2X16A 4BI5A 3LXCA 4O1DA 3RMJA 1G7VA 2A7NA 1P1XA 2Y62A 5F2MA 3UZJA 5TQLA 1OK6A 4A3UA 1XUZA 5D2YA 5HWNA 3S9YA 2YXGA 3LCWA 1R47A 1A5CA 3MHGA 4HN4A 3A21A 4RZ4A 3PG9A 1KM3A 2ZZ3A 3KX6A 5AHMA 4Y90A 3OVRA 3LCIA 4YCOA 4AEOA 1YPFA 3CT7A 3F1QA 1OF8A 1IXQA 1KLYA 1YTDA 3IIZA 2Y89A 3H53A 3W72A 1EUNA 2C13A 3OEXA 4I7WA 2C18A 3G1SA 3P8IA 4K7YA 2WNZA 3U6WA 1O60A 3PVFA 3UWZA 1A53A 3HF3A 4LUJA 3TH6A 3NL5A 4OQVA 1BTMA 2YYUA 4WQ6A 3W1NA 5LHEA 2NV1A 1SZFA 1H5YA 3SR7A 3PBVA 1IIHA 2A4AA 4WY0A 2NWSA 3W73A 2YW4A 4JX5A 2QUUA 1SZGA 3LB0A 1JCXA 1V5XA 3B4UA 4O11A 3NYZA 4R7JA 4PH6A 1TPFA 1K8YA 4NQ1A 5CPOA 3P80A 3V1PA 1W3NA 4O8RA 2PRHA 1G69A 3CPRA 1LLZA 4S2BA 2Q3RA 3W83A 1SW0A 3DXIA 1RQEA 2E5BA 2GQ8A 3W7KA 3QPYA 2X2GA 4Z0SA 2Y63A 3W7QA 3RF9A 3NQAA 1SUXA 3MYPA 4LY8A 3V75A 2CLEA 4IWWA 1KBJA 1LDCA 4GWEA 3W7DA 3W7OA 1W5QA 4MPQA 5I3HA 1JVNA 2VFFA 1Z44A 3DKLA 5BMXA 4O13A 1SW3A 4O4WA 1F2JA 4HSNA 4POCA 1LROA 1R2RA 4OHQA 4Z08A 1GG0A 2YZRA 3MI3A 4X22A 3R13A 3P82A 4DO6A 1XL9A 3EXRA 2H3DA 4GBUA 2ZZ1A 2CZDA 3LXAA 1UB3A 2YR1A 1ZAHA 2C15A 2CLHA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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