1MQQ | Genus

Total Genus 284

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	284
sequence length	675
structure length	675
Chain Sequence	GYEPCWLRYERKDQYSRLRFEEIVAKRTSPIFQAAVEELQKGLRSMMEIEPQVVQEVNETANSIWLGTLEDEEFERPLEGTLVHPEGYVIRSDVDDGPFRIYIIGKTDAGVLYGVFHFLRLLQMGENIAQLSIIEQPKNRLRMINHWDNMDGSIERGYAGRSIFFVDDQFVKQNQRIKDYARLLASVGINAISINNVNVHKTETKLITDHFLPDVAEVADIFRTYGIKTFLSINYASPIEIGGLPTADPLDPEVRWWWKETAKRIYQYIPDFGGFVVKADSEFRPGPFTYGRDHAEGANMLAEALAPFGGLVIWRCFVYNCQQDWRDRTTDRAKAAYDHFKPLDGQFRENVILQIKNGPMDFQVREPVSPLFGAMPKTNQMMEVQITQEYTGQQKHLCFLIPQWKEVLDFDTYAKGKGSEVKKVIDGSLFDYRYSGIAGVSNIGSDPNWTGHTLAQANLYGFGRLAWNPDLSAEEIANEWVVQTFGDDSQVVETISWMLLSSWRIYENYTSPLGVGWMVNPGHHYGPNVDGYEYSHWGTYHYADRDGIGVDRTVATGTGYTAQYFPENAAMYESLDTCPDELLLFFHHVPYTHRLHSGETVIQHIYNTHFEGVEQAKQLRKRWEQLKGKIDEKRYHDVLERLTIQVEHAKEWRDVINTYFYRKSGIDDQYGRKIY

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Geobacillus stearothermophilus
publication title	Crystal structures of Geobacillus stearothermophilus alpha-glucuronidase complexed with its substrate and products: mechanistic implications. pubmed doi rcsb
molecule keywords	ALPHA-D-GLUCURONIDASE
total genus	284
structure length	675
sequence length	675
ec nomenclature	ec 3.2.1.139: Alpha-glucuronidase.
pdb deposition date	2002-09-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF03648	Glyco_hydro_67N	Glycosyl hydrolase family 67 N-terminus
A	PF07477	Glyco_hydro_67C	Glycosyl hydrolase family 67 C-terminus
A	PF07488	Glyco_hydro_67M	Glycosyl hydrolase family 67 middle domain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1mqqA02
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	1mqqA01
3.90.1330.10	Alpha Beta	Alpha-Beta Complex	Alpha-d-glucuronidase, C-terminal Domain	Alpha-glucuronidase, C-terminal domain	1mqqA03

3WH9A 1GOMA 2QPSA 4J28A 1QHZA 1UWSA 1GOWA 4A3HA 1H3GA 2BY2A 1HL9A 2AMGA 2PBGA 4U5KA 1EQPA 3SUSA 1MXGA 3B9AA 3BGAA 1KQYA 2G41A 1U30A 1E0XA 3UCQA 4B3LA 2VUYA 2YOCA 1A3HA 3PZVA 1EOMA 5HXMA 3CGTA 1CPUA 3VUPA 2J8FA 4D6DA 4AIUA 3KL5A 4JL2A 4IISA 2DT3A 4Q7NA 1MXDA 5D9MA 2J7CA 3BAJA 2QV4A 3W29A 1MQQA 2Y4SA 3NDYA 4QLJA 5D9OA 3ECQA 2W5FA 4NRSA 2DEPA 1JZ2A 4IM4A 1QPKA 3VNYA 3FHQA 2JF6A 1UQYA 1V3IA 3GM8A 4S3KA 2DT2A 5I6SA 4AD3A 2JEQA 3AIWA 2WMFA 4YHGA 3WNPA 1Q6EA 3GDBA 1WO2A 2RGLA 1NM9A 3ZR6A 1W3HA 3W82A 5BXTA 4H8VA 3O2LA 3AS0A 2G8ZA 4GXPA 1QNSA 5I23A 3W24A 6TAAA 1J0HA 2G3IA 2VQTA 5A6LA 4KWUA 4TOQA 3L4WA 1UWRA 3WF4A 4AEEA 4M1RA 1CDGA 4P7LA 1G1YA 3FAWA 1KCLA 3MUAA 2CCRA 4GQRA 4XZBA 4BS0A 2DSUA 1UQZA 1OT2A 3VNZA 3BCDA 3W6LA 3L4ZA 1OB0A 4ACZA 1XYFA 3MKKA 2XVNA 3AMDA 4IPLA 3ARWA 3RPMA 3W81A 5FL1A 1CGTA 3KL0A 2WHMA 4Q22A 1G01A 1G5AA 1GQIA 3AROA 3WY1A 1WKYA 1CXHA 4FLOA 1J0IA 4PN2A 1Z32X 3BAWA 3CZ8A 1QVBA 4WLCA 4CN1A 5CQ1A 2PWFA 1ISXA 1EH9A 4OKDA 5EBAA 1HKJA 5C70A 1TG7A 4PEEA 5DT7A 3MSDA 4AXNA 3AFBA 4AIOA 3AXIA 3VM7A 1KBKA 1RD6A 1FH9A 3FW6A 4J27A 2FHCA 1JG9A 3WQ5A 1VFFA 1OGGA 2GK1A 1US2A 2XSAA 4TVUA 1ZBWA 3ARXA 4D6GA 3VIPA 2WBGA 2EPMX 5FL0A 4CD5A 4ACYA 4AMCA 3SCOA 3WH8A 3WDHA 1FA2A 2W91A 4GIAA 5A95A 1JZ7A 2WMHA 5M17A 2BV9A 3SUUA 4FMVA 1NOUA 2WMJA 4H04A 1CGVA 3ZSSA 1UWUA 4CN6A 2XFYA 3PTKA 5E70A 1JDDA 5BCAA 2EPNA 4CD4A 3BLKA 4HPHA 7CGTA 3VDBA 1E0VA 1CGUA 2XPKA 5EFFA 1JYNA 3LPPA 2CITA 1JXJA 1WDQA 2VX7A 4PMQA 1ITCA 2WAGA 5CGMA 3K8LA 3VDAA 5CLTA 1KR0A 1JAEA 3QHMA 2VJXA 2CNCA 3VIJA 5DMYA 3WDRA 2J8GA 4MPKA 2WCSA 2J7HA 5D4YA 1JAKA 4H41A 1V3HA 4J3SA 2VCCA 2X09A 2YL9A 4H7VA 4P7RA 5BROA 4WKAA 3ZSTA 3AJ7A 3OB8A 3N11A 4JFTA 1L8NA 4F66A 1KFWA 3WFLA 4HP5A 3L2LA 3WNLA 3W4RA 3CHDA 4U3AA 1C3FA 1LL6A 4HA4A 3NSNA 1HKKA 3OLDA 4ATDA 3D3AA 4PSPA 2GJPA 2NT1A 5BRQA 2OWWA 2Y8KA 2WM0A 1B1YA 1R87A 4HOZA 1O7AA 2E9MA 2JF7A 2ZX5A 2WVSA 2GJXA 2CERA 4BF7A 2BY3A 3WQ4A 2W61A 1QW9A 3GXIA 3WUBA 1HKIA 2VMFA 3VIIA 4W88A 3GNPA 1EGZA 3NIYA 1ISVA 4HU0A 4PMNA 1BHGA 3EDFA 3A4XA 5CSYA 1HX0A 4PTXA 3RM4A 1MW3A 2X1IA 2WHJA 3UERA 1RP8A 2BNJA 5A6BA 5E0FA 3OLIA 1C93A 3HMCA 3WNOA 4RE4A 2E4TA 2EPOA 3DECA 1GPFA 4PMDA 5AYIA 1E70M 3CPUA 3L4YA 1QI4A 2J7BA 1XV8A 1BGAA 1UD3A 4MNJA 3VX1A 4V28A 3BLPX 4CCDA 1BPLB 2WMGA 3N04A 1MFVA 2D23A 3GBEA 2A3CA 3GH7A 2G3NA 4UCFA 1MYRA 4NSBA 2J25A 2GSJA 4WK9A 1C90A 5HOSA 1PZ2A 3GYCA 2WHLA 4JAWA 1JZ4A 1EHAA 1HJUA 3IJ7A 1V6UA 3T08A 2XWEA 4CCCA 3ZM8A 3MS8A 1BTCA 1UKSA 3TP4A 2DT0A 1U33A 4D6JA 1QI5A 2CHOA 3W0KA 3OZPA 4UFMA 4E8CA 4QDMA 1GONA 1E4NA 2PF0A 3G6LA 4AD0A 1CENA 3OBAA 1EOKA 3MO4A 1HN1A 2WW5A 5KEZA 1KXTA 4TTUA 3ZT6A 1FHLA 2OSWA 5A94A 4C90A 2W92A 4UOJA 4UQEA 2VCAA 4WJXA 1ISYA 1EDQA 2VRQA 3NUKA 3WDIA 4DWSA 4W86A 3F4VA 4NRRA 1QNPA 2VZTA 2ZWZA 4HZ8A 1C7TA 5LA2A 2CEQA 3WH5A 1HJWA 1HL8A 4WSJA 5BRPA 4S3JA 3VX0A 3AQUA 1A47A 5E09A 2JFEX 4N0RA 1J12A 4QP0A 2PBOA 1VFMA 1W2PA 4PCSA 3TTYA 1DP0A 1F4AA 5KZ6A 1JD9A 2ZOXA 1AVAA 2WC3A 3PZNA 1VEOA 3UR8A 3W53A 4AD1A 3U5UA 4AZCA 1G94A 5HNNA 1QBAA 1NWSA 4JCMA 2EEXA 5FIPA 4JIEA 4MJ4A 4BCEA 4JFSA 5A69A 1X6LA 5D8WA 3BCFA 2DH3A 4D6CA 3F5KA 4HMDA 1JI1A 3ZIZA 4HA1A 1GUVA 2BY0A 2UY4A 3GNRA 4M81A 2WVUA 1D7FA 5CJ5A 3ARSA 1QI3A 1PJ9A 1U2YA 2VX5A 3AZRA 4HPGA 5A6AA 4F79A 1JIBA 1PZ3A 1PX4A 4UZSA 5A8PA 1JXKA 4UQ9A 1WDSA 1OCQA 1KB3A 4OUEA 4GQQA 1V6WA 3AYSA 3VIMA 5LA0A 3EMQA 4JHZA 1NH6A 1GVYA 3IK2A 2XSBA 2GDUA 3POHA 4EANA 1ODUA 2CHNA 3TA9A 3PZOA 1V6XA 1FH7A 3RJXA 3VO0A 5A1AA 3A4WA 3RM9A 4Z2JA 3SUWA 1OBAA 2CBIA 3WD1A 2XUCA 1TE1A 4HMEA 1C8QA 1XHGA 3WH6A 2D2OA 4UFHA 1GHSA 2XGIA 3GH4A 4MB4A 4QLKA 3B8SA 2VZSA 4UFJA 2WKLA 1SYTA 4GI9A 5A8MA 4CU6A 4GO9A 1R7OA 2ZXBA 2ZWYA 5A2BA 2NW0A 3F5LA 4LYQA 4CUCA 2XHYA 2FGLA 4D71A 5E6ZA 4LPCA 1LJYA 3DC0A 1DWHM 4DWSC 1FOBA 1JNDA 4URIA 2E8YA 1UYQA 2J75A 3J7HA 1IT0A 2UY3A 5A3HA 3AMKA 2Y8VA 1GZJA 3UESA 2VI0A 4QAWA 1KGUA 1SMDA 3PZTA 1I75A 1SR0A 1V3KA 1CTNA 4PUEA 4GINA 3MV11 3VMOA 2ZUMA 3OGSA 5A8OA 1QHPA 2XWDA 1E5NA 3MANA 4KRUA 1ZJAA 2W63A 3HU7A 1JYVA 3L4VA 1UR8A 4RE2A 4Z2GA 3MU7A 3T0BA 3T0DA 4LYRA 3ALFA 2ZXAA 3SCTA 3MUY1 4OBSA 5BXRA 4MNMA 5IDIA 4AEFA 4E2OA 1XH2A 1TCMA 1CGWA 4AIEA 5CZKA 3NJ3A 2WCGA 2A3BA 1E72M 3EMZA 4U33A 4V2XA 2YL5A 1QHOA 1VEPA 1E6SM 1WE5A 2V5CA 2D24A 3PTQA 1J01A 3DHPA 2OYLA 1OIMA 3VIKA 3ARQA 3VGGA 3WF0A 3TTOA 4UNIA 2WWDA 2J7GA 4HZ7A 4ZENA 1HT6A 4CGTA 3WEOA 2DGAA 3UR7A 1FFQA 4ATLA 4PMYA 3AIEA 3AYRA 4U3CA 2WLYA 4OOUA 4AISA 1XGZA 2CXGA 1E6ZA 7A3HA 2CIPA 3OGVA 1JFHA 2G3MA 2VVSA 2EJ1A 4MB1A 4W87A 2CYGA 4PCTA 3UEQA 1GORA 2BFGA 4LGXA 5HDRA 3O9NA 1C8XA 3CLWA 1YHTA 2JALA 3VIGA 3OZOA 1ZS2A 3QGVA 3VTRA 5GPRA 1BYBA 4A4AA 2X05A 1QI0A 3T2PA 4CD6A 5CGTA 1W91A 1CXEA 5DO8A 2EO7A 2J47A 2UWFA 2WHKA 2ZUSA 3VVGA 1CYGA 1E1FA 1CZ1A 1CXLA 4CCEA 1TVPA 3UETA 3ZQ9A 5A8NA 5A6JA 2ZUWA 3THCA 1KCKA 2WVTA 4GI6A 1M7XA 3WQVA 1FFRA 2D1ZA 2GVYA 3CUJA 3VD4A 4WSKA 3KEHA 4RL3A 1FP8A 1J0KA 3PZUA 1EHNA 5GNYA 1K9TA 5I5RA 4XV0A 1KXQA 3S6TA 1V02E 1ZBVA 3SUVA 3VINA 4UQAA 1JYWA 3SCWA 5I78A 1ESWA 1UD5A 1BG4A 2V3EA 1GOOA 3WUEA 4XZWA 4AD2A 4D72A 1B90A 1E6PA 3WF1A 1DWAM 3SCPA 1OGSA 3ZJ7A 3WNMA 2WANA 4EAMA 4W5ZA 5FCZA 2YL8A 4U5IA 1OD0A 1UUQA 1NP0A 3T0AA 4M8UA 3DYPA 3W37A 2ZX9A 1EIBA 2XFRA 4ML4A 1VJZA 3VGDA 3ALGA 1SFSA 4F8XA 5A2CA 4GZJA 1G0CA 4ZXOA 3NSMA 1QW8A 1UD6A 1LLOA 3WMCA 3POCA 1WZAA 2WYSA 4LYPA 4KMQA 2WK2A 1E6RA 2UY5A 5TD4A 3WQ6A 3PN8A 3AMLA 1OSEA 3T2QA 1W1PA 3AISA 2QPUA 1VJSA 1MWOA 5FD0A 3VIOA 5JIWA 3CUFA 3WSUA 4X0VA 4P7QA 1NARA 1VBRA 5A8QA 4CU7A 5CLWA 1WNOA 2ZXQA 1J0YA 1J0JA 4Z2IA 2TAAA 1JI2A 3AS1A 2Y5EA 4JKLA 3ZJKA 3N1AA 3K4AA 4K68A 4H8UA 4XB3A 1UD2A 4UFKA 3B9DA 4GZIA 3VGBA 1UD4A 3NCOA 3N15A 4CU8A 3VMNA 4HA3A 4JKKA 4AW7A 1TMQA 3SCVA 2XIIA 5C8BB 1PBGA 3F5JA 4MNKA 3PZ9A 1PIGA 2WVVA 1B30A 2VTFA 3BMWA 4TXEA 2J77A 5BWFA 1V0LA 3CHCA 2ZX7A 2CBUA 1K9DA 2Y2WA 3T09A 4B9ZA 1W9XA 3RCNA 4Z2KA 1W1YA 3AIRA 2YDSA 1W9DM 3GZAA 4PMZA 1B3WA 1H09A 2ZUUA 4PMUA 3SUTA 3QHNA 1EDGA 3ARRA 3BXWA 1UR2A 1H5VA 5CXPA 3K8MA 4N42A 4C7GA 4EE9A 1WCGA 1MQRA 1E4MM 2VRJA 1E6XM 2X2YA 4BQ5A 1HF6A 1W9PA 4YPJA 5JBFA 5AC5A 2WSPA 1O6IA 2WKGA 3U7BA 1DTUA 1N82A 4GZEA 1W9VA 1W1TA 5GNZA 4OOZA 4UOQA 5ABGA 3WEZA 2GUYA 1XH0A 2E3ZA 1E56A 2PB1A 1R7AA 3MMDA 4JL1A 4CVWA 2XYLA 4CVUA 1PX8A 1BLIA 3RIKA 1XC6A 4LX4A 1D2KA 1QI2A 5JBDA 4JHOA 1V3LA 1Q4NX 3FAXA 4F9JA 4U31A 5CSUA 1CLXA 1H0GA 1HXJA 1UKQA 4BZYA 3NSXA 4OZOA 1F4HA 4A3YA 3VU2A 1NWRA 1DEDA 4PUDA 2VR4A 3RDKA 1E4IA 2FHBA 1LL4A 2VNCA 2BHYA 3AHTA 1PIFA 3WN6A 3CUHA 3M07A 1B3YA 1CXKA 4W5UA 2Z1SA 1B3XA 3M7SA 4U2YA 2ZUNA 5IHSA 4Z2LA 2FDMA 2V3GA 3AZTA 2DIJA 1E6NA 1CEOA 2EXOA 1V03A 3TTQA 1VBUA 3CMGA 3HJEA 1CNVA 3WUGA 3BC9A 1ZBCA 2XVLA 3W26A 3EDJA 1XCXA 1MW2A 3K1DA 1UH2A 1DWJM 4UOZA 3IJ9A 3ARZA 2XVGA 4BQ3A 4WKFA 4HU8A 3K4DA 1H0IA 4PMRA 1CGYA 1H1NA 1JGIA 1IZJA 4BQ4A 3KE0A 3VIHA 3OLGA 4ACZB 3WDPP 5M3WA 3SEPA 3W38A 1E1EA 3I3BA 3S2CA 2OSXA 4KH2A 1NP2A 1FP9A 3W28A 1MQPA 3CMJA 1J10A 3KL3A 2VZVA 4XUYA 4W85A 4W7WA 2WZHA 3WD2A 1HVXA 1PPIA 3LPFA 2VZOA 2A3AA 1CBGA 1V02A 5A2AA 2HVMA 3T2OA 1OM0A 1UZ1A 1S46A 3VD5A 2DIEA 1XSKA 2AOSA 3L2MA 1JDAA 3NDZA 6CGTA 1EXPA 3O6AA 3ARTA 5E6YA 2Z1KA 1UR1A 1VF8A 3W6MA 5HPOA 1KQZA 3BMVA 2PC8A 4KGLA 1Q6GA 1LF1A 3D5HA 1OT1A 3SIMA 3WKZA 4J3TA 4DUVA 2GK1B 1R8LA 1EO7A 5F7UA 4E4PA 3AIQA 1NQ6A 3WL1A 1H49A 1VIWA 2VX4A 2VQUA 4DUWA 4AZGA 4B3KA 2F61A 5BYWA 1HVQA 3PZQA 3A3HA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4OJY A;  3W27 A;  2CBV A;  4FF5 A;  3WD3 A;  2QMJ A;  3AHY A;  2JIW A;  3VOC A;  4JCL A;  3WEL A;  1XRV A;  4NF7 A;  3VKK A;  4MTV A;  1Q6F A;  1H41 A;  3PZG A;  4U2Z A;  2ESC A;  1J11 A;  1C8Y A;  3ARY A;  2YKK A;  3BAY A;  2DSV A;  1BYD A;  2O9O A;  3UG3 A;  3W25 A;  1UKO A;  4NI3 A;  2D3N A;  2E9B A;  3CH9 A;  4UQD A;  5A6S A;  4W84 A;  1OD8 A;  1OIF A;  4ZXL A;  1MW0 A;  7TAA A;  1E5J A;  1HKM A;  2BHU A;  3ZT7 A;  3DYO A;  2BS9 A;  3AOF A;  1AQ0 A;  3GXD A;  3WQ8 A;  4M82 A;  4D1I A;  3HN3 A;  5M5D A;  1B9Z A;  1GOK A;  1HP5 A;  4TTG A;  3I3E A;  3AZS A;  2J78 A;  3LMY A;  1AMY A;  4TX8 A;  4D6E A;  1GQK A;  2GDV A;  2W62 A;  3FHA A;  4AWE A;  1BVZ A;  5LYR A;  1TA3 B; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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