3VIMA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with a new glucopyranosidic product
Total Genus 198
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
198
sequence length
472
structure length
472
Chain Sequence
TVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNDPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-glucosidase
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
source organism Neotermes koshunensis
total genus 198
structure length 472
sequence length 472
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vimA00
4GI9A 3D3AA 3BAYA 1E5JA 5DEZA 4U31A 1W1YA 3ARZA 4MB3A 2CITA 4LYQA 5BXSA 1HP5A 3BLKA 4JAWA 1QNQA 4LGXA 5EFDA 5FIPA 2BXZA 1X6NA 1BYDA 2CBIA 2CHOA 3VIOA 4AZ7A 5JIPA 3K8LA 3RPMA 3VM5A 2O92A 1CXIA 3WIJA 4JIEA 3W81A 5AYBA 3AIBA 1HKJA 1DWAM 2W63A 1CNVA 2VR5A 2Y8VA 4H8VA 2E9MA 4WSKA 1UA3A 2WC4A 5DO8A 2DDXA 1W91A 2FHFA 1J0YA 2Y8KA 1V6YA 1NOFA 3POCA 2WC3A 3MUIA 1GNXA 7TAAA 3NSXA 3W4RA 2TAAA 4UR9A 3ZT6A 1B30A 4BQ3A 2OWWA 1JDCA 1RP9A 1JI1A 2JALA 2VZTA 3AMCA 2MANA 1XSJA 1C93A 5A94A 2PBOA 1KCKA 1WDSA 2YA2A 4H7VA 1FH8A 1KXHA 4HTYA 6CGTA 2XSAA 3BMVA 1WKYA 2YL6A 3I3EA 1UOKA 2AMGA 3DHUA 3CTTA 3QOKA 1E15A 1JZ5A 1W2VA 2D0FA 3VGFA 1MQPA 2JIEA 3BAWA 8CGTA 1G9HA 1OINA 3WD1A 4B3LA 3BXWA 4WKAA 3VIIA 1BG9A 4M56A 1EO7A 1MW1A 1MVYA 1E6SM 5I77A 3AHZA 5BXPA 4D6DA 4Z2LA 4UZUA 3UG5A 2ZUNA 5A6BA 1UWIA 2CXGA 4J7RA 4IM4A 1UR8A 2CBVA 1UD6A 1QW9A 2VRKA 3ARYA 1CLXA 1FOBA 7A3HA 4CCDA 3L2MA 5IHSA 1JAEA 1K9TA 1KR0A 5EMYA 4GQRA 2WMIB 4OOZA 3VTRA 1KGXA 2E40A 5LA1A 4JZ5A 1ITCA 3J7HA 3WF2A 3DYMA 2ZOXA 2X09A 3ALFA 3WMCA 1QPKA 2OYMA 4F9DA 1CGTA 4D6JA 3W6LA 4ATLA 1KXTA 5I2UA 3W27A 2QHAA 5A6SA 4LPCA 1D3CA 1Q6GA 5EFFA 3G6LA 1J0HA 2XM2A 3MMDA 2PWGA 3RIKA 1A47A 3NDYA 1WO2A 1V0KA 3RCNA 2DT0A 3AROA 2WMHA 3IANA 1Y7VA 4RE2A 4HPHA 1JD7A 3UG3A 1B1YA 2ZUTA 4GZIA 4WK9A 1E3XA 3AHVA 4ATDA 1J0IA 1GOOA 5LA0A 3AIQA 3O6AA 1BVZA 3O2LA 3K4AA 1HJSA 4Z2IA 3AHYA 1FA2A 1CLVA 2V3FA 3LPOA 4HZ8A 1LF1A 3MSGA 4UQEA 1VFOA 2WVUA 4UZSA 1C91A 1KGUA 4HMEA 2WMFA 4U3CA 1WDRA 4MNJA 5CJ5A 1R86A 2EPLX 3WD4A 3NSNA 4B16A 1E43A 4AD5A 4MJ4A 2BVDA 2VT0A 3KE0A 1UD4A 2EPNA 3GXFA 2ZXDA 1RPKA 3AHXA 2FGLA 4JCLA 2HISA 3SEPA 4ZXLA 5CPSA 3AS2A 1G1YA 5IHRA 1ESWA 3PTKA 2CEQA 3K8MA 4WIWA 2UY3A 3WF4A 1SR0A 2J7EA 5BCAA 3OA5A 1C8QA 3WFZA 1EQPA 1V3KA 3SUUA 3W38A 1CENA 3AS3A 3NCOA 3B9DA 3GYCA 2IXUA 1MW0A 2JF7A 3B8SA 4HMCA 3WL0A 4XZBA 1JZ6A 4CN4A 1AVAA 3VD7A 3IK2A 4Z2JA 1ZBCA 5A69A 1PIGA 1U33A 5LYRA 4NI3A 4KGLA 5AYIA 3CPUA 5D4YA 3SCUA 3ECQA 2G3MA 2VL4A 2WMGA 4UFIA 3WMSA 1ITXA 3WDRA 2ZUVA 6A3HA 3AIWA 4ZE4A 1HJVA 4JFUA 1H0GA 1AQHA 1UD2A 1VBRA 1G94A 1MWOA 5AC4A 4PMYA 3VNZA 4CUCA 1JYNA 1EGZA 2J62A 5C71A 2VX6A 3GNOA 4UQ9A 4M29A 2UWFA 3AMLA 1MW2A 1BVNP 5TD4A 1JDDA 1PEZA 1W1VA 2W4XA 4DWSA 1NOUA 1GVYA 3U7VA 2CESA 4PEEA 5IFTA 3SUVA 4JKKA 5HDRA 4UCFA 3THDA 3POHA 1NM9A 5HPOA 5ABFA 3VIPA 3VM7A 4GI8A 2VNCA 4PMZA 3VUPA 1XH2A 3CHDA 1NWSA 1V02E 4J3UA 1QBBA 3SUWA 4TX6A 3AIUA 4NRSA 1MXGA 5A8OA 4NSBA 2X1IA 4EAMA 3EBVA 2W92A 2J7FA 4P8VA 2BHZA 1BYAA 2WLYA 4CCEA 3PZIA 1LG2A 2DSWA 3WDQA 4CVUA 2BY3A 4HA1A 3ZJ8A 1B3ZA 4GPNA 1LWHA 1UH2A 2J4GA 4QDMA 4CN6A 2ZX6A 4KRUA 4N42A 5BRPA 3B9AA 4W89A 3F5KA 4QLLA 1GHSA 3LPPA 2CYGA 4GKLA 1E70M 3QHOA 4ZXOA 1VRXA 1W3LA 1LL4A 2CETA 3BAKA 5A6LA 3ZMRA 4F79A 4QFUA 2BNJA 1S46A 4AMCA 3E1F1 1CXHA 4K68A 4TX8A 3OZPA 2ZUWA 8A3HA 3GDBA 3S2CA 4PRWA 3PZUA 3K4DA 3SURA 1E4NA 5AY7A 5A6AA 2X05A 1V6XA 3VD9A 5FOOA 2EEXA 4CCCA 3WNMA 4IPLA 1U2YA 2ZE0A 1GCYA 1PBGA 4KWUA 5GNZA 3VOCA 3AIRA 1KBKA 1JNEA 1I1WA 3LMYA 4MTVA 5I5RA 1W1PA 1JD9A 1VB9A 1JF6A 1W9PA 4HOXA 1IZKA 1FP9A 1QNSA 5I79A 1BGAA 1NWTA 3BLPX 2QMKA 4F8XA 1UKQA 4AZCB 1GORA 5BWFA 3VO0A 1G0CA 1BFNA 2D3LA 4C7GA 3OG2A 2XWDA 3A4WA 3ARWA 5ABEA 2OSXA 1BAGA 3LPGA 4P7LA 1H11A 3OGVA 4W85A 4RL3A 3VMPA 4OBRA 2J7CA 2J78A 3WBAA 1Z32X 2VQUA 1QI5A 3N15A 1I75A 1W3HA 4PCSA 4AWEA 2CCRA 1TZ7A 3L2LA 3VILA 3ZQ9A 1EDQA 1O7AA 1ZBKA 3WEOA 1J9YA 3OBAA 4P7NA 1JGIA 4NF7A 3ZJ7A 4UOJA 1E5NA 3AMDA 3VVGA 1NWRA 1B9ZA 3TOPA 3AQUA 2FGZA 1V3HA 2ZXBA 1SYTA 1JYXA 3A4AA 1PJ9A 2PWEA 2WHLA 3QHNA 4J3XA 1DWGM 2WMIA 1A3HA 1GPFA 2GDVA 3GH4A 3KL0A 2YLLA 1MXDA 5DMYA 2O9OA 4LXFA 2J7BA 3RJXA 2D22A 4B3KA 3DYPA 2XVGA 3W29A 4AD0A 2J8GA 2WANA 3CZGA 3IJ8A 1JFXA 3AI0A 3L4VA 4IPNB 2GVYA 4QP0A 2XG9A 3PZ9A 1CGUA 1MYRA 3PZQA 2CKSA 2BVTA 4JL2A 2G3JA 4F66A 2XIIA 1HJQA 1GOIA 4FLRA 4UNIA 5KZ6A 1DWHM 3CHFA 3BAJA 1L0PA 1M7XA 4U3AA 2YIHA 4MADA 3ARQA 3WY1A 3AOFA 5D8ZA 4J27A 1JG9A 3KEHA 1HJUA 2J74A 1OD0A 5D9MA 1G01A 3WNPA 4D6IA 2EPMX 1QW8A 3SUTA 3VIMA 1TA3B 1OB0A 3ARRA 1Q6EA 3VGHA 3RM4A 4AIUA 2G8ZA 3N13A 2JEQA 1QI4A 5CG0A 2X0HA 3WH5A 4TUFA 3GM8A 1VAHA 2XPKA 3ZSTA 4P7OA 3EDJA 4D6FA 1B2YA 3DC0A 3TTSA 4YHGA 1DWFM 4D6EA 5D9OA 4HU0A 4MDPA 4OJYA 1GOQA 2J75A 4GZEA 5JUVA 4M1RA 1ZB5A 1GZJA 1GHRA 1W32A 2JF6A 4W93A 1TMQA 3PTMA 2WB5A 4UFJA 1LG1A 3F4VA 1UUQA 2GJXB 5A95A 2W91A 3GH5A 3WFLA 1CZ1A 2ZUUA 3MUZ1 1HVXA 3FW6A 4AD4A 4ATWA 1OGSA 1CYGA 1GUVA 4DUVA 1I1XA 3W53A 1ZBWA 2O9RA 2IUZA 4HOZA 3CUHA 2DEPA 2WCGA 3EDDA 1R8LA 3VIJA 2DPEA 4CGTA 4A3YA 2D23A 1Q4NX 2ZX8A 3OZOA 4TTUA 1BSIA 1EOKA 3T09A 5EB8A 3DYOA 4QCFA 1EXPA 2XVLA 4P7RA 2GSJA 4MDOA 1R87A 3GBDA 3WF0A 3SCVA 4M81A 3K46A 1CBGA 3WDPP 4WJXA 5CGTA 2PBGA 3TTYA 2WZHA 4AW7A 1EH9A 3SCSA 4Z2HA 3WH7A 3EYPA 1E6ZA 1E71M 3NIYA 5M3WA 1XGZA 4W7WA 4D6GA 5CZKA 5E6ZA 3VIFA 2PWDA 1YQ2A 4X0VA 4A3HA 4HPGA 1H09A 2NT1A 1OGBA 1KBBA 3BGAA 1HF6A 2WYSA 4XX6A 1EDGA 1GOMA 1J0ZA 4FLOA 3WUBA 1NOWA 1GOKA 2NT0A 5BROA 3MV01 2XVKA 3CH9A 3S6TA 1JL8A 1US3A 3W0KA 5GNXA 2QPSA 3CZKA 3T08A 3MMUA 1W3JA 4LX4A 1W9BM 3RJYA 1BLIA 1K9EA 4MNLA 1C8YA 3FY1A 4E4PA 1HJXA 1K6AA 1D2KA 3OLGA 1HKIA 2VOTA 4JFTA 1UR9A 3MMWA 3WD0A 2WCAA 2BHUA 1ZBVA 4PSRA 3WNOA 1GQLA 4KRTA 1BGGA 5HXMA 2VMFA 3AFBA 1PPIA 2XJ7A 1E73M 1V03A 3CBWA 1US2A 3WD2A 4ZEPA 4PMUA 2G41A 3SCOA 2HVMA 4W86A 4EKJA 1QI3A 2OWCA 5CXPA 1E4LA 1J11A 1JDAA 2WZEA 3UEQA 2X2YA 4CKQA 4AISA 4TVDA 1CGXA 5HOSA 1EHAA 1WP6A 2VRQA 1KWKA 1UYQA 2YL9A 1XSIA 3M46A 1UKTA 2WNWA 3AXIA 3CUIA 1ISYA 4EK7A 2CPUA 5A8NA 1KXQA 1UH4A 4QCEA 4ACZB 2QLYA 2VTFA 2V5CA 3T2QA 3T0AA 1E6QM 2OSYA 1FH7A 3AMKA 5FL0A 1B3XA 3IJ9A 3MKKA 1CXFA 2ZXQA 1UR0A 3RMEA 1W2PA 4KMQA 1K9FA 2J7DA 1EIBA 3AS0A 4J3VA 1W9DM 3GXDA 1B3WA 2DSUA 4N0RA 1HKKA 4BCEA 5I78A 4JHZA 5A8PA 3KL5A 1TUXA 2QMJA 4DWSD 2E9LA 1CGYA 4OZOA 5A2BA 1GVIA 1E4IA 4AZCA 3CZ8A 4HU8A 1XCWA 3SCPA 5IDIA 2BHYA 2QV4A 1E40A 1JYWA 3GTNA 4CVWA 4D72A 2YOCA 4UQBA 1VJSA 2WK2A 4H2CA 2XYLA 2DSVA 4B15A 3THCA 4AIOA 4U5KA 3UESA 3VD4A 1PX4A 3MUY1 5JBEA 4ML4A 2E9BA 5A6JA 2BY0A 1QHZA 2VX7A 3A6OA 4YHEA 4Q7NA 2DT2A 2WM0A 4QLJA 2YDQA 3OGSA 1WDPA 1B3YA 4DWSC 1ISVA 3PZTA 1C7SA 2V38A 3WNNA 3VDBA 3A47A 3GXMA 4UFKA 3VIKA 3WEZA 3WQ6A 1WDQA 2EPKX 1NP0A 4MAZA 1ODUA 4OIFA 4ACYA 2CHNA 1OIFA 1R7OA 5A8MA 2UY5A 4MNKA 4Y7EA 3WN6A 1VEMA 2O9TA 1RP8A 2VQTA 4H41A 4S3KA 1B90A 1M53A 3N04A 5HPCA 5C70A 4PTXA 1BHGA 4U2ZA 2OYKA 1JAKA 4PMQA 2G3IA 4R27A 2ZX5A 3ZR6A 3VMNA 2VURA 4R5EA 3ZT7A 4ZE5A 4P8UA 3RDKA 2XM1A 1M04A 1W9VA 4B9YA 1JXJA 2DGAA 4MNMA 1E0VA 1PX3A 4AIEA 3T0BA 4FK9A 3O9NA 4FMVA 1K9DA 5I3DA 4M82A 2CBJA 3I3BA 3WEMA 4W7UA 4W8BA 5FCZA 2E8ZA 1N82A 2YBUA 1B0IA 2D2OA 3WMBA 4WLCA 4PTWA 4BQ2A 2GUYA 3SIMA 3VKKA 2DSZA 3ARPA 3AXXA 2G3NA 2VR4A 3VGEA 4NZCA 1XSKA 3GNRA 4L4OA 4GQQA 3ZM8A 4BZYA 2V3GA 1HN1A 3L4WA 1WNOA 4XZWA 1GONA 4Z2GA 4FLQA 3WSUA 3ZIZA 2D24A 1CIUA 3SCQA 1TA3A 4UQDA 3EDFA 1QVBA 1UKOA 5JBFA 2E8YA 1HXJA 3VNYA 1AQMA 5ECUA 3G6MA 3W37A 1KQZA 3AS1A 4CU6A 2X0YA 4WSJA 1CGWA 1KXVA 3TONA 1QNRA 3EDEA 2PWHA 3MO4A 4D1JA 1E56A 3U5UA 4IISA 2OSWA 2Y24A 1FHLA 2WAGA 4ZENA 1C90A 4AZHA 2D0HA 4RE3A 1ODZA 2VX4A 3VIHA 3WUGA 4OBSA 4UFLA 1BYCA 2X8RA 1JZ4A 4V2XA 4AZ5A 4JKLA 3WH6A 2GJXA 4PMRA 3WENA 5D9PA 4PMDA 2J8FA 2VI0A 4PCTA 1E3ZA 4HA4A 2EJ1A 3WL1A 5JIWA 5E9AA 3PBGA 4MB1A 3VIGA 2A3EA 1UWRA 5HBFA 4MPKA 1ISWA 1HL9A 3U7BA 1VIWA 4DUWA 2JE8A 4E8DA 4DM2A 1JYVA 3BC9A 1HJWA 2BY1A 3AISA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GI9 A;  3D3A A;  3BAY A;  1E5J A;  5DEZ A;  4U31 A;  1W1Y A;  3ARZ A;  4MB3 A;  2CIT A;  4LYQ A;  5BXS A;  1HP5 A;  3BLK A;  4JAW A;  1QNQ A;  4LGX A;  5EFD A;  5FIP A;  2BXZ A;  1X6N A;  1BYD A;  2CBI A;  2CHO A;  3VIO A;  4AZ7 A;  5JIP A;  3K8L A;  3RPM A;  3VM5 A;  2O92 A;  1CXI A;  3WIJ A;  4JIE A;  3W81 A;  5AYB A;  3AIB A;  1HKJ A;  1DWA M;  2W63 A;  1CNV A;  2VR5 A;  2Y8V A;  4H8V A;  2E9M A;  4WSK A;  1UA3 A;  2WC4 A;  5DO8 A;  2DDX A;  1W91 A;  2FHF A;  1J0Y A;  2Y8K A;  1V6Y A;  1NOF A;  3POC A;  2WC3 A;  3MUI A;  1GNX A;  7TAA A;  3NSX A;  3W4R A;  2TAA A;  4UR9 A;  3ZT6 A;  1B30 A;  4BQ3 A;  2OWW A;  1JDC A;  1RP9 A;  1JI1 A;  2JAL A;  2VZT A;  3AMC A;  2MAN A;  1XSJ A;  1C93 A;  5A94 A;  2PBO A;  1KCK A;  1WDS A;  2YA2 A;  4H7V A;  1FH8 A;  1KXH A;  4HTY A;  6CGT A;  2XSA A;  3BMV A;  1WKY A;  2YL6 A;  3I3E A;  1UOK A;  2AMG A;  3DHU A;  3CTT A;  3QOK A;  1E15 A;  1JZ5 A;  1W2V A;  2D0F A;  3VGF A;  1MQP A;  2JIE A;  3BAW A;  8CGT A;  1G9H A;  1OIN A;  3WD1 A;  4B3L A;  3BXW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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