3LCIA

The d-sialic acid aldolase mutant v251w
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
293
structure length
293
Chain Sequence
NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSEREQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRYGFDAVSAVTPFYYPFSFEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLDQINTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGWFRGLKTVLHYMDVVSVPLCRKPFGPVDEKYLPELKALAQQLMQER
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title Modulation of substrate specificities of D-sialic acid aldolase through single mutations of Val251
rcsb
molecule keywords N-acetylneuraminate lyase
total genus 121
structure length 293
sequence length 293
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2010-01-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3lciA00
5CPNA 2YPIA 2ZRVA 2YYUA 4HKPA 3WJZA 5CPMA 1JCNA 4BFAA 2JK2A 4TMBA 1D3HA 3QQ1A 2ZZ2A 1DKWA 1SO6A 3UWYA 2E6AA 3N9RA 3STCA 1R47A 4O4VA 3LB0A 1A53A 5SWUA 3GX9A 3PBVA 2X1SA 1TYGA 1O60A 3UPBA 1F6PA 3I6RA 3MHFA 5HINA 3M7WA 4K7VA 3CWNA 4CCDA 1VR6A 3E49A 2YW3A 3QPZA 4UIOA 3H54A 4CQ8A 3NOEA 2DZSA 4JYFA 2CZDA 3BARA 1LBLA 3OVPA 3KRSA 4O0ZA 4ZQNA 1YDVA 5CSRA 3ZR4A 4LTSA 3WJWA 5ABTA 4GE8A 5K7JA 5H91A 1EP3A 4YLWA 1QAPA 3BLFA 4DBEA 4G1KA 1N8FA 5EY5A 4LY8A 3TKFA 3UWUA 3W7LA 1CW2A 2CLHA 4UTHA 2J9YA 3TMQA 1RZMA 4AWSA 3P82A 3M41A 3TIMA 3WJYA 3A5VA 3BW4A 3MYOA 2I1OA 1YTKA 3DI1A 1X6UA 5HULA 1I2NA 5K2ZA 3NZRA 3MP3A 4MY1A 4WZHA 1F05A 4BI5A 5FF0A 2X1UA 3HB9A 3IV3A 1FWSA 4N9CA 3PUOA 2Q8ZA 3NPVA 4O0KA 2I9EA 3W1NA 4WQ6A 3EX4A 3NQDA 1GTEA 5LNWA 2C18A 1P5BA 3BPWA 2F7FA 3KVMA 3GDLA 2ZCGA 3NQ8A 4IMGA 2GQ9A 2V2DA 1YDOA 3PBWA 1G4EA 2ZRYA 3SZ8A 4DF1A 4BR1A 2VFHA 2KZHA 2ZA1A 5AHEA 4HIBA 4Z1AA 4X9SA 1W3IA 5LNUA 1B3OA 3W70A 2X2GA 5U7SA 3LTPA 4N9EA 3H53A 1OF6A 5LNVA 4JX6A 1ONRA 4W9TA 3BO9A 3IIXA 2GQ8A 2E5BA 4CLMA 4WY0F 3NPUA 1DVJA 2ZZ3A 2CW6A 3EWWA 1X1OA 4Y9AA 5FF3A 3GB6A 3NAVA 4JTFA 4S2CA 1PIIA 3EWZA 2VFGA 1QDSA 4R53A 3TXVA 4QSHA 1BKSA 3THQA 1EWEA 3W86A 1VLIA 4A3UA 3NYZA 1QO2A 1H1YA 3M5YA 1D3GA 3HG3A 2FB2A 3PSVA 4QITA 4JTSA 3TC7A 4FX8A 4JX5A 2Z2UA 3O16A 1GZGA 1Q6RA 1G4PA 3VE9A 4FXSA 1I2OA 3LXBA 3TX9A 3W1PA 4OE7A 4IMCA 3SW6A 1A5BA 4XKYB 1OX5A 3HF3A 4FX6M 3I7QA 1XC4A 3TA6A 1LYXA 4Z08A 4ZVJA 4JX4A 1I4NA 4WY0B 2WOQA 3CTLA 4JIPA 1SZEA 1Z42A 2EAWA 2ZBTA 2EHHA 4LUIA 2GQAA 5DBUA 3FYOA 4XWUA 3C61A 4I7VA 5CZTA 1TPVA 1ML1A 2EPHA 3G1AA 1K8YA 4GUGA 3EKLA 3NQ2A 2Z0IA 2JGQA 3PR2A 4IMFA 4DBDA 4RK8A 4QM1A 5EYWA 2P10A 2C16A 2YXGA 1U5JA 2RDUA 1RR2A 3FJLA 2FJKA 3HQ1A 2HS8A 2NV1A 6ALDA 3S5OA 1W0MA 3UNDA 1SPQA 3B0VC 4AF0B 3QC3A 4O15A 2WNZA 2FB3A 4DO4A 4FHAA 3EEGA 1K02A 1LTDA 3W76A 1OFAA 1EP1A 4UFHA 3LHVA 4UTJA 4MKNA 4N9DA 2TYSA 4UFLA 1BEUA 1TTJA 1F5ZA 1GEQA 2PRHA 3P81A 5D2YA 4ML9A 4HNUA 3NR0A 4YCPA 1JR1A 3G1VA 4O16A 3W9ZA 4Q4KA 4MPQA 4E38A 2Q3RA 4M7SA 3DBPA 4M7TA 3LCLA 5FEXA 1VGAA 3GK0A 4GUHA 4MJMA 4FNRA 4KFOA 1SFLA 4OQVA 4JTKA 2TRSA 1PCWA 3KRZA 8TIMA 1W31A 5DY2A 1P0KA 3NXFA 4MYAA 3N73A 1SSGA 3S1VA 3W7IA 1VS1A 2DP3A 4P61A 1C29A 3TE9A 4Q33A 5LGXA 4NQ1A 1O95A 3LDVA 2VFIA 2E09A 2NX3A 1YLVA 3LRMA 1I2RA 4Y90A 3UYCA 3QJAA 2H90A 4DO6A 3L67A 4Z1BA 5KSWA 4CQ9A 3G8EA 4L4MA 4N6FA 2JKAA 3HGRA 3L65A 5D37A 3RLUA 1LZOA 3W7MA 1DBTA 1FCUA 3W07A 2GJNA 3F4WA 4MZ1A 4U4MA 1JCJA 4UTWA 2VFDA 5I3FA 4JS3A 2CLMA 2FQIA 3OHIA 5KZMA 1GJPA 2C3ZA 3TROA 4IOTA 3W1AA 1H7OA 4JY9A 2ZZ4A 4RR4A 3M5ZA 2WO5A 2VEIA 2Y62A 4OV9A 1OABA 1F6KA 4DELA 1J5TA 2WSYA 3THAA 4NJGA 5CG7A 3TW6A 2HTMA 2ZDRA 2ZQ0A 3S0CA 1PL9A 3MHGA 2YYTA 4QNWA 4JDYA 3W7JA 2ISVA 4ZMGA 5DCEA 2D73A 3M43A 1FY6A 1G4SA 2VFEA 1TTPA 1O94A 1RV8A 1MSSA 1PE1A 4UFKA 2V0TA 4JNMA 3TR2A 5F4XA 1LOQA 3L0KA 3T7VA 2OCZA 3B03A 1OVDA 3UXDA 2WQPA 1KFKA 2AGKA 3C52A 3U2OA 3LHWA 1TPH1 1A5AA 4LV4A 2I14A 2QCDA 2UV8G 4WOQA 3L9CA 5K9XA 3O8AA 1KV8A 1SO3A 1GPWA 3DH7A 3E02A 4U28A 1OYCA 2R14A 3BG9A 1HO4A 4I7WA 3KHJA 3S8HA 1K3UA 1SW3A 3EB2A 3EKZA 4QISA 5DCBA 1GT8A 3STEA 1H61A 1KA9F 1H5YA 2OX1A 4Y96A 3A9IA 4AXKA 5AYXA 2ISWA 4MZYA 1X8FA 3BW3A 3LCHA 3O6CA 1LORA 2FPYA 1FBAA 2V30A 3R8RA 5H2ZA 4LVGA 1ZCOA 4LVDA 3W7GA 2E68A 1F7BA 1WX0A 4O12A 5K4XA 1O5KA 4IMDA 1AL7A 3C2RA 1EEPA 3HBLA 4S2BA 3GDMA 2VENA 4Z0SA 3WK3A 3DU0A 3TSDA 3N19B 4OV4A 3D0CA 4AWTA 3NL3A 3NQMA 1ZFJA 4R7JA 4S1FA 3L0NA 5TBOA 1ZHAA 1LBMA 3FKKA 1JQXA 3HPSA 4AHPA 1Q6QA 1ZAJA 1F74A 5I3IA 2A85A 2QUTA 1JCYA 3STFA 4UTTC 1ZAHA 1S3HA 1KFCA 4ZQMA 1E51A 4MIMA 1O5XA 2Z6IA 3GLCA 4NUWA 2GVGA 2VOMA 3I7RA 2B4GA 3EWUA 1IXOA 5G4EA 3CLMA 4JTGA 3NO5A 2Z6JA 4EVZA 3G0SA 3W7HA 1T0OA 5AN7A 4HPJA 5AB3A 1VJIA 3P62A 3LHZA 1XM3A 1FUYA 5AHLA 1FXPA 2H6RA 3LCIA 1UJPA 5GVJA 1FWWA 4XQ6A 4PCFA 4UFMA 4RZ4A 3O6YX 3VI2A 4UTMA 3P7YA 3PBUA 3TFCA 5J5RA 2O7SA 4ZQCA 4XTDA 3PULA 1C8VA 1SQ7A 4UC5A 5KTLA 1KFBA 1K8XA 3O07A 3TFXA 1NF7A 2QDGA 3N14A 5CZSA 1KV5A 3TH6A 5D30A 2YW4A 2PRMA 1TTIA 3TJLA 1RQBA 1XCFA 2CFFA 1GQNA 2A0NA 2VEMA 3TK7A 3HG4A 3BGGA 5FEZA 4LC8A 3RU6A 5D32A 4GWEA 1TPB1 1THFD 1GYLA 1EWDA 1W56A 2JKPA 1SW7A 4JDBA 1TPUA 1I8JA 3G3DA 1YXYA 3SECA 3HG5A 1BWLA 3EWBX 3QH2A 5F4SA 2FPVA 1H7RA 1TJRA 2NUXA 2IQTA 3P8JA 2WSRA 3I68A 1VH7A 2GOUA 3C0JA 4NJJA 4IQLA 4FX7A 1EUAA 1W3TA 3NM1A 4P2VA 1Z44A 4WUIA 1KW1A 3ZWSA 5L9FA 2C6QA 1G69A 3BG3A 1JVNA 1MEHA 1OFDA 3NM3A 3WK2A 3DFQA 4JY8A 4N02A 2AAMA 4UMBA 3GDRA 4POCA 5F2GA 1JJKA 4K38A 5HJLA 4O18A 1FWTA 3FOKA 2Y89A 3MBFA 3W1TA 1QOQA 2J27A 5AC7A 1F73A 1SZGA 1OYAA 1DJNA 1ALDA 1VHNA 2EGZA 3W1XA 3NA8A 3PBYA 5LZLA 1QFEA 2CLLA 1DORA 4ZL1A 1TCDA 5HUOA 3EXTA 1R46A 3MWAA 2A1YA 4NNCA 1YTEA 5D38A 3A21A 4NZFA 2Y70A 1YXCA 3ABQA 3W23A 4CQAA 6TIMA 4HT3A 4RXGA 1TTQA 3G1DA 4X3ZA 3LV6A 4O8RA 7TIMA 3LCWA 5HWNA 3OA3A 3O05A 3NQFA 4FIRA 4MVAA 4BI7A 3SIZA 1LOSA 3G18A 3B0PA 4HNNA 3CC1A 5I3JA 5DBTA 4K7YA 2ZZ1A 1TQJA 2QR6A 4TU1A 3I65A 4O1BA 2DZUA 4NVTA 4O53A 2BXVA 3DENA 5CPOA 4DPQA 1XKYA 5EMUA 3DZ1A 1AG1O 1GOXA 2J6XA 1TPEA 3CM4A 2H8ZA 2R8WA 1FWNA 1JQVA 1R2TA 5I3GA 1QWGA 4Z1DA 1RD5A 4FB7A 3L5LA 2JGYA 3P84A 3E0IA 4GNJA 3T4CA 1GVRA 1OFOA 4MJZA 1SUXA 1D9EA 1EUNA 3QMSA 2LLEA 1L6YA 5F4WA 3W3OA 1TV5A 4N4QA 5G2WA 3MI6A 1H7NA 5LNSA 2JKEA 1VZWA 3T78A 2WPBA 1MXSA 3E12A 3R2GA 3WK1A 3P60A 3TSBA 3EWYA 3B05A 4QNEA 1OFRA 3RNDA 1SZFA 2A6LA 2BZNA 3QW3A 5DXYA 1RQHA 5FF7A 3HPZA 3QMTA 4NJHA 3QQ0A 1K7XA 3EXSA 3DKJA 3W75A 3LCFA 3GXNA 1ME7A 3W2NA 3CIXA 1I2PA 4MLJA 3W7OA 4CNNA 3IVSA 1B4KA 4UTIA 4CCCA 1JCXA 5MHBA 3QPYA 1SR9A 4M6QA 3MYPA 3G0UA 1QPQA 4MLRA 2ZZ7A 5C6MA 1JUBA 1VCFA 3KOFA 3OBKA 4ALDA 3RK8A 3KXQA 2NX1A 5EBUA 1FDYA 1KFEA 3NQAA 1BTMA 5HWMA 2YCEA 5AHMA 1T96A 1WBHA 4UXDA 3PG9A 2H3BA 3DFTA 3JR2A 5AC6A 1I2QA 4FF7A 1ME9A 3T40A 4IXHA 3RF9A 3S1WA 4NXKA 2XN0A 4IX0A 2YFOA 4GBUA 3W85A 4LW7A 1P4CA 2FLIA 1QR7A 4ZZ9A 1KM6A 1A5SA 2OZ0A 3HIJA 3UWVA 3LHUA 1PCKA 3W1RA 3TDFA 5G5IA 4X2RA 5A8GA 1AW5A 1LCOA 2B7PA 4PEKA 1V5XA 3TSMA 1XFBA 1TJPA 3GIYA 1B4EA 3O06A 4KWVA 1TPC1 2W6RA 3L2IA 2RFGA 3NQVA 4Z1CA 4UCGA 3SI9A 2Q3OA 3DHDA 1UUOA 4GC4A 4LU0A 3F03K 1A5CA 5LNRA 3W7EA 2PURA 3VE7A 4CCEA 4OT7A 3NZ1A 1WDWA 3W7CA 1W3NA 4JD4A 1XUUA 3VKJA 3GKAA 1YYAA 5CPLA 2OJPA 4TIMA 2E77A 4MYXA 4ADTA 3TJXA 1ICPA 4GUFA 4IMEA 3JS3A 2B7NA 1HG3A 2Y88A 3AJXA 1RPXA 2XN1A 4C1LA 1W5NA 3NGJA 3FYPA 4ORMA 4LV9A 1KM4A 1GVQA 3GAYA 1FXQA 3CPRA 3E9AA 1LM1A 1IF2A 1J2WA 3HJZA 5J5DA 1SSDA 2X1RA 4RX0A 5F1UA 1TIMA 2RH9A 1TQXA 3A24A 4B5NA 5C55A 5KITA 2BLEA 3M47A 1HL2A 4LC6A 4O1DA 4ONVA 5DLCA 1TREA 1MEIA 3W7PA 1VC4A 3IIPA 3IIZA 2DORA 3O6DA 3GXPA 1H60A 5D2VA 4WY0A 3LERA 2DZPA 1H7PA 4N9BA 3L5MA 1EB3A 3IGXA 4JXCA 3TMLA 1LLWA 4M6PA 1WAUA 1L9WA 1KM2A 3OEXA 4PL2A 4AWUA 3G1YA 4TX9A 3MO7A 3NVTA 3EX3A 3GNNA 4UFIA 3SJ3A 1VCVA 3Q58A 3BVJA 1GVFA 3DKLA 4GXMA 1FDJA 3BG5A 4IPIA 2QF7A 3G1XA 2G5WA 5AYZA 4AB4A 5EL1A 2VKZG 1QPRA 3QSRA 4K39A 1QMLA 5BMXA 4AF0A 4ORIA 2A5HA 2HSAA 3IRDA 1YPIA 3HOJA 2ABBA 3PAJA 5EKYA 3G3MA 1W8SA 1S5TA 4BF9A 4UR7A 1UCWA 2GPTA 1XXXA 2ZRWA 2FFCA 2NZLA 3LGEA 3N2MA 2YGYA 3W1LA 2QCDB 2B7QA 2ZZ6A 4HNTA 1B9BA 3EX1A 3KFTA 1TRIA 1G6CA 4PFMA 1JUKA 1ZNNA 5CKSA 4PA8A 4UUIA 2A2IA 2C19A 3QFEA 1LOLA 1KLZA 5A5WA 5HQEA 3DFOA 3ZWTA 1XBYA 2R91A 3Q94A 1H50A 4GRSA 3UD6A 3MUXA 2NLIA 3PSWA 1LROA 4RCXA 1W5MA 4WD0A 1LDCA 1MEWA 4JEQA 1LRQA 2QDHA 4OU1A 4WX2A 3TUUA 2NXIA 5IBXC 2FDSA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3OVQ A;  3DXI A;  1SO4 A;  3L66 A;  1LLZ A;  1KM0 A;  4IWW A;  4NX0 A;  3MP4 A;  4JYE A;  2QCC A;  1R2S A;  3C6C A;  2QJI A;  3IVT A;  3S9Y A;  3TAO A;  4O54 A;  1KFJ A;  1FCV A;  1R2R A;  3GZ3 A;  2ATM A;  1DHP A;  3F4N A;  4LVA A;  1I45 A;  3HGO A;  3S5N A;  4JGD A;  1Q6L A;  5K3V A;  4BWL A;  3C56 A;  2OT1 A;  2FPT A;  1YAD A;  4UTK A;  2WNQ A;  2Y61 A;  3CHV A;  4XBS A;  1TSI A;  1WV2 A;  5K9C A;  3M16 A;  2Y85 A;  1PV8 A;  1TPF A;  5EPD A;  2VFF A;  5G2H A;  1L2U A;  1KTN A;  2V82 A;  1K8Z A;  1MO0 A;  4EWN D;  4JTU A;  3LOT A;  1NF0 A;  3LTS A;  4E2B A;  5D04 C;  3MP5 A;  5C5Y A;  3GND A;  5KMY A;  1OYB A;  4FO4 A;  3W2M A;  1G7V A;  1EPX A;  1GG0 A;  5CSS A;  2WJZ A;  2TPS A;  5FF4 A;  1G67 A;  3QST A;  2Y7G A;  3I7S A;  1P1X A;  3CU2 A;  4LNY A;  4FNP A;  4NNA A;  4NZJ A;  4A2R A;  3G1F A;  3B4U A;  3P5Y A;  4OBT A;  1GTH A;  1WOA A;  1KM5 A;  2RHG A;  1C9D A;  1S5W A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2ZRV A;  1XH1 A;  3WJZ A;  2B31 A;  2XJ7 A;  5EMM A;  1BD0 A;  2V3E A;  2JIW A;  4AX7 A;  5BYW A;  2Z00 A;  4DYK A;  2HZG A;  1QU4 A;  1EJ7 L;  2CIP A;  2P50 A;  4PBF A;  4LCS A;  1JNE A;  2XGI A;  1R47 A;  3LB0 A;  1D8W A;  3GX9 A;  1TYG A;  1GVY A;  2GJX A;  2CPU A;  3UPB A;  3I6R A;  4EX4 A;  1LWI A;  4XAZ A;  5HIN A;  3CWN A;  2BVD A;  3N29 A;  3PTQ A;  5T9C E;  3NOE A;  1CT5 A;  4LB4 A;  2CZD A;  3BAR A;  4UCF A;  3EB3 A;  3OVP A;  4O0Z A;  2VZV A;  4LTS A;  3UXI A;  1EP3 A;  3CHC A;  1RK5 A;  1FWF C;  3QLD A;  3W7L A;  2CLH A;  4QS6 A;  2J9Y A;  3T08 A;  1RZM A;  2J8F A;  4AWS A;  3AAL A;  3P82 A;  3AHZ A;  3BW4 A;  2J7G A;  5EBA A;  2I1O A;  1X6U A;  2CC0 A;  2YA0 A;  5K2Z A;  1CYG A;  3BH4 A;  1GQJ A;  3CV2 A;  3ARO A;  2Q8Z A;  3L2M A;  1N2V A;  4WQ6 A;  3EX4 A;  4R5E A;  2DH2 A;  3SFW A;  2POT A;  3TTQ A;  3GDL A;  3NTY A;  3W81 A;  1HKK A;  4OBR A;  1YDO A;  2OOD A;  1G4E A;  2VFH A;  2KZH A;  4Z1A A;  4ZE5 A;  1UIO A;  1OF6 A;  4H04 A;  2O0T A;  1XS2 A;  4RDY A;  3BLD A;  3BO9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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