1W2P | Genus

Total Genus 132

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	132
sequence length	346
structure length	346
Chain Sequence	GLASLADFPIGVAVAASGGNADIFTSSARQNIVRAEFNQITAENIMKMSYMYSGSNFSFTNSDRLVSWAAQNGQTVHGHALVWHPSYQLPNWASDSNANFRQDFARHIDTVAAHFAGQVKSWDVVNEALFDSADDPDGRGSANGYRQSVFYRQFGGPEYIDEAFRRARAADPTAELYYNDFNTEENGAKTTALVNLVQRLLNNGVPIDGVGFQMHVMNDYPSIANIRQAMQKIVALSPTLKIKITELDVRLNNPYDGNSSNDYTNRNDCAVSCAGLDRQKARYKEIVQAYLEVVPPGRRGGITVWGIADPDSWLYTHQNLPDWPLLFNDNLQPKPAYQGVVEALSG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Cellvibrio japonicus
publication title	The Use of Forced Protein Evolution to Investigate and Improve Stability of Family 10 Xylanases: The Production of Ca2+-Independent Stable Xylanases pubmed doi rcsb
molecule keywords	ENDO-1,4-BETA-XYLANASE A PRECURSOR
total genus	132
structure length	346
sequence length	346
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2004-07-07

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1w2pA00

2WLZA 3OB8A 2YDQA 3VOCA 2WBKA 3MUAA 3OGVA 2CPUA 1JZ7A 1OWQA 1E6QM 1L0PA 2ZOXA 3BXWA 3WUEA 4Z2IA 2V5DA 3NSMA 4EANA 4PMYA 3U7VA 5GPRA 1BVZA 1B90A 4OUEA 5A95A 5HOSA 4AY1A 2NSXA 1RD6A 2IXUA 3ARUA 1BHGA 5BXTA 1NARA 4PMVA 1XH2A 3AS0A 2BY3A 3MUY1 3WNLA 5A69A 3AIBA 5IHRA 3AHZA 2YOCA 4MADA 3W81A 1GOMA 1XH0A 1PZ3A 4M24A 3RJYA 4J3VA 1C7TA 3VMOA 3W6MA 1SMDA 2EPNA 3M7SA 2E9LA 4UFLA 1EHNA 4MTVA 2CEQA 1HJSA 4CVUA 3MMDA 3AMGA 2HISA 4Z2JA 5I6SA 3K46A 3WDJA 1WP6A 4BZYA 3PTKA 3PZVA 5ABEA 3WH5A 1EA9C 3BCFA 3OIHA 1OSEA 4B3LA 4F9DA 4AD5A 5EB8A 3VX1A 5I79A 4AW7A 3WQWA 4M82A 3SCVA 1V02E 5ABHA 4PMRA 3AOFA 1GJUA 3T09A 2OYLA 5D8WA 5FIPA 1JI1A 1E0WA 1DEDA 1W9XA 3CUGA 1C8YA 4PTWA 2VUYA 4M29A 4J27A 4AMCA 3CZLA 1J9YA 2VC9A 4QAWA 3WN6A 1CGXA 3B9AA 1LF1A 1JAEA 2ZUVA 3ZJ6A 2OWWA 1VRXA 4H8UA 1V3LA 4HMCA 4PMNA 5E09A 2XVNA 3GBDA 1R87A 2CNCA 3AS3A 3LMYA 4QCEA 1GORA 2J7CA 1XH1A 1G94A 2WLYA 5LA0A 3QHOA 4UNIA 1BAGA 3AQUA 1QI3A 5CLTA 3AMDA 1OM0A 4GQRA 1D7FA 8A3HA 3SUSA 2FHBA 3TA9A 2XGIA 1VFFA 3CZGA 3AROA 1TR1A 2DT1A 3CHEA 3HN3A 4MB5A 1JZ6A 2G3NA 2D22A 3BH4A 3SEPA 2QV4A 1GVYA 1KXHA 4OKDA 4C7DA 2TAAA 5E9AA 1MW3A 3VINA 1ISZA 3PZQA 2ZICA 4JFTA 4BF7A 3OLEA 3KZSA 3OG2A 4U2ZA 3WUGA 5I3DA 1C7SA 1AQ0A 3VDAA 3TONA 1NOUA 5CJ5A 3PZ9A 3HU7A 1UG6A 3CHCA 2VI0A 1VB9A 4KGJA 3SUTA 2WZIA 1SR0A 2O92A 1UZ1A 2X0HA 1EDGA 2GJRA 4TX6A 1WB0A 5D4YA 1W91A 1XCXA 2VMFA 2CKSA 3W25A 3AZSA 3VDBA 3VNYA 3ZJ7A 4B9ZA 2A3CA 2DDXA 4PMUA 1VAHA 2JEPA 1QNQA 5JIWA 1Y7VA 3MANA 1E6SM 4WKHA 1CXIA 1V0LA 1XD0A 3RM8A 2QMJA 1J0IA 4OZOA 2VX5A 1N82A 2D3LA 3NCOA 3DHPA 1GOOA 1CGTA 4GZEA 4JHZA 4UFHA 4ACZB 3UERA 1EDQA 1LG1A 4LGXA 2J7HA 1E6RA 3EDDA 4DM2A 3SCPA 1V03A 1BSIA 4LYPA 4HZ8A 5DO8A 3FW6A 5F7UA 4D6GA 1GHSA 1ISXA 2OWCA 4AISA 1E70M 4FK9A 1ISVA 2O9OA 3WY1A 3CUJA 3GXIA 3NUKA 4UFKA 1NWUA 1GOQA 2UY2A 2JFEX 4QP0A 1TUXA 1J0ZA 3LPPA 1ZBCA 1CBGA 1M7XA 3L2MA 1RPKA 3AS1A 1PPIA 2XVPA 1FHDA 2OSWA 5FKYA 2WB5A 5EFFA 1QI4A 3NSNA 4HTYA 5CPQA 3B8SA 4GQQA 2YL5A 3AYSA 1XV8A 1BYCA 2AAAA 3WFZA 4D6HA 3T2PA 2VRQA 3FN9A 3EDKA 4U5IA 4AD1A 3POCA 3S6TA 4AZBA 2WMKA 2J4GA 1WZLA 4MDOA 1IZKA 1BGAA 4NZCA 4BS0A 2WPGA 3MSGA 4F9JA 3VIPA 3CO4A 2W66A 3WH7A 5HPCA 2GJXA 3BAWA 1Z32X 3W26A 2DT2A 1XRVA 2BVYA 1JIBA 2J7EA 3NYDA 1E1FA 2J77A 4A3HA 4OJYA 1OB0A 5CG0A 4UTFA 5BCAA 1HJVA 1VEOA 3ARYA 3VPLA 4M56A 2DH3A 1GHRA 2WHMA 1FFRA 6CGTA 2D0GA 5IDIA 1UQZA 2XHYA 2YDRA 1K9TA 1ISWA 5C71A 1QNSA 1E15A 3W53A 3BLPX 4W8BA 5BROA 7CGTA 4PCTA 3N12A 5CGTA 3WF4A 4PTVA 2X0YA 4D6DA 3NDZA 3WL0A 4GZJA 1TFVA 1BYBA 1NQ6A 1VEMA 1H0IA 4NSBA 4ZFMA 4P7LA 2YLLA 4DUXA 2WK2A 3CBWA 3WSUA 3QR3A 4Q22A 2ZUUA 3K8MA 5E0CA 2X09A 3AICA 5BXPA 2YLAA 4YN5A 4S3JA 2F61A 3L4ZA 1QI2A 2C0HA 1CTNA 2VO5A 1PX3A 4R5EA 2W61A 3VMPA 1E56A 2ZUSA 4D72A 1EQCA 1EXPA 3EYPA 1TA3A 3F5LA 9CGTA 3BC9A 1HKIA 1UA3A 4H8HA 1HX0A 2GVYA 3L4WA 2VZTA 3T2QA 2EJ1A 2XGBA 3AIQA 3UG3A 4C7FA 4AZCA 2YA2A 2G4FA 3SCOA 1UH3A 5A1AA 4UZUA 1E4LA 4TXEA 2G3JA 4UCFA 3N17A 4WLCA 5A6BD 1G5AA 1TA3B 1BTCA 1W2VA 2WZEA 2J25A 1UA7A 1HP4A 2W5FA 4U3CA 1WZMA 1HJQA 4UQ9A 3SUUA 3CTTA 3VNZA 4W7UA 2GDUA 4QLJA 2WMFA 4J3WA 4CU8A 2BFGA 4H7VA 3WENA 2WSKA 3ZR5A 5BXSA 3RMEA 2VZVA 1H2JA 3MV01 2YKKA 4TVUA 1EIBA 2WVVA 3ZOAA 4WSJA 2EPOA 2XWDA 2VJXA 2CBIA 3VGEA 1U33A 4J3SA 1W2PA 4RL3A 1D3CA 4F8XA 1WAWA 4W8LA 3M6DA 4W86A 3VTRA 4PUDA 4ATLA 1QNRA 4JFWA 2ZE0A 3GH4A 1XYFA 1E6NA 1BVNP 1HF6A 4CKQA 2PBGA 4JAWA 3IJ7A 1CGVA 4PTMA 5A94A 2ZWYA 1CLVA 1XGZA 3WMBA 2WMIA 4R27A 4TTGA 1DP0A 1ISYA 1HJXA 4JIEA 3II1A 1O7AA 1JXJA 4K68A 3MS8A 5JBFA 4QLKA 2WNWA 4YHEA 3WD2A 4U33A 1XSJA 4JCMA 4P7NA 3WQ6A 4GI9A 3VD9A 3O9NA 5IXEA 4MNJA 5C70A 3BAYA 3PN8A 1OT2A 1C91A 2E0PA 1QNOA 4D6FA 3GNRA 5BXRA 1UD8A 2JF7A 2FH8A 3GM8A 4XZBA 4FLRA 2WKGA 4Z2HA 1PJ9A 2MANA 1G0CA 2J8GA 4WF7A 4WSKA 1CXHA 1PIGA 3GNPA 2D20A 4PN2A 1GQIA 4HZ7A 1VIWA 1UR0A 3DYPA 4GXPA 1JXKA 3A4AA 4AYSA 3MKKA 2Z1KA 3CUIA 4LQ1A 3AI0A 1MW1A 1HNYA 4P8UA 4HA1A 3WKZA 4XZWA 5A8OA 3AHVA 5HXMA 1UR1A 4X0VA 1UR2A 5CQ1A 4X0NA 3WUFA 1XHGA 3SCSA 4AC1X 5A6SA 1W9BM 1PX8A 1B3YA 3AHTA 5FL0A 2J75A 1Q6EA 4MDPA 1PAMA 3SURA 3WF0A 4KRTA 2E4TA 2RGLA 4HU0A 1HKJA 3BGAA 4QCFA 1UR4A 3ALFA 4CGTA 4CU6A 2CESA 3CZJA 3WBAA 4UOQA 3VMNA 2OWXA 1KCLA 2A3EA 4IISA 1ZB5A 2VR4A 4BQ3A 4D1IA 5I5RA 1WCGA 4BQ2A 3L4YA 2XIBA 4J3XA 4AD0A 4C7GA 3ALGA 1TG7A 1UKOA 4PCSA 3U57A 3OLGA 3OLIA 3MSDA 4M80A 1WZAA 1H11A 2QMKA 3FAWA 4CD8A 1WE5A 2B31A 2J78A 2HVMA 5FL1A 4QDMA 1EOMA 2X2YA 2OLHA 1CDGA 4B9YA 4AZ7A 3AXIA 3F4VA 3KL3A 4PTXA 2E9MA 1UUQA 3VIHA 1GQLA 4B15A 1FA2A 3W37A 1HP5A 1IV8A 3MV11 1B30A 1LL6A 4TUFA 2C8NA 2NT1A 3VIMA 3WDPP 3GXDA 4CCCA 1VEPA 3GXMA 2D1ZA 1FH9A 1UD2A 5A6MA 3ZJ8A 1UKPA 1W1VA 2CITA 4E2OA 1CGWA 5GNZA 2EEXA 2BHYA 3EDEA 1WZKA 2GJPA 2PWEA 5JBDA 4IM4A 4OBRA 2O9PA 1WDRA 1E72M 5BRQA 1UD5A 1KXVA 3OBAA 4DM1A 4IPLA 3AXHA 5A2AA 1B3VA 4OOZA 4CD6A 3T2OA 5FOOA 2WZHA 2EO7A 1FH7A 3WEMA 4JKLA 1UHVA 2D3NA 3VGDA 1TCMA 3WQ4A 5IHSA 1K6AA 2WKLA 1MYRA 3PZMA 1VFOA 4AZ5A 2XJ7A 3N1AA 5C8BB 1P6WA 3VD7A 3WQVA 1QNPA 2A3BA 3WNPA 1BG4A 4M8UA 1NWTA 3AIVA 1SFSA 3F5KA 3MO4A 4CN4A 2PWGA 1E6XM 2WC3A 2DSUA 1ZU8A 3UEQA 2ZUTA 1GOWA 5HNNA 1BYDA 3VDCA 3ZSTA 2WSPA 3FNDA 4WJXA 2J7BA 3ARVA 4EK7A 1TMQA 2ZXAA 3QGVA 4UQEA 1V0NA 2UY3A 1E71M 3K4DA 1M04A 4JFVA 5D9NA 1E6ZA 5A8MA 3MMUA 3ZT7A 2VZOA 1G01A 3BMVA 1XSKA 5I77A 4BA0A 1ITCA 2UY5A 5I24A 1CPUA 3BLKA 1J0HA 4CD4A 3N18A 1GOIA 1V3MA 4HOXA 4CCEA 3IAPA 3K8LA 1IT0A 3SCNA 1V6VA 2WVSA 4IUGA 2Y8KA 1L8NA 4ACYA 2WXDM 4U3AA 2ZX8A 1US3A 2ZIDA 1JYXA 4WIWA 4KRUA 1VBRA 1CIUA 3WDQA 2EPKX 1LWHA 1BQCA 1WO2A 5LA2A 3BAIA 1PIFA 4X9YA 3TTQA 1KXTA 3AMLA 5CLWA 2OYKA 4TVCA 1QPKA 3G6MA 4NRRA 1VF8A 5AC4A 1VBUA 2F8QA 4W7VA 1V0KA 4MB4A 1JF5A 4E8CA 2DIJA 5A2CA 2VRJA 4WKFA 3RPMA 5A6JA 4D6EA 2VX7A 4NRSA 2BVDA 4AIOA 3D5HA 3VILA 3ECQA 1A3HA 2BY0A 3SCWA 1BG9A 1EO7A 4EKJA 2UWFA 2CKRA 2D23A 3KL0A 1PBGA 1W9UA 1JDDA 4HPGA 3CUHA 1QHOA 5A2BA 4UQAA 5M17A 1KWKA 1UD6A 2YA1A 1VFMA 1MW0A 2ZUWA 3ARTA 1QVBA 4HMEA 1GZJA 1E55A 4WK9A 2OSXA 2GFTA 1X1NA 3N13A 2VTFA 3I3EA 4W93A 5GNXA 4D1JA 2YL8A 3JUGA 1OT1A 4MAZA 1UYQA 4EAMA 4U31A 5A6LA 4GO9A 4W5UA 2QHAA 7A3HA 2XM1A 4F79A 3VGBA 1GJWA 2VURA 4Z2KA 1OBAA 1DWGM 4UQDA 3K8KA 4PUEA 3WD4A 1XYZA 3I3DA 1E73M 4AIUA 2VNCA 4UZSA 1MWOA 2ZX7A 4KGLA 1OINA 1WDPA 2XVGA 4AD3A 4DWSC 4XX6A 5AYIA 3ARZA 4KMQA 3B9EA 3CZ8A 2XPKA 5A3HA 1JFXA 1JD9A 3U5YA 2GJXB 4MJ4A 1BF2A 4DWSD 1C8XA 2WANA 1HN1A 5EMYA 2Q8XA 1DWHM 1W9PA 3IANA 1ZJBA 1FP9A 1Q6DA 3GTNA 4P8WA 2XVLA 2E40A 4AZGA 3W27A 2V3FA 3SCUA 3N9KA 3SCQA 1E6PA 1H1NA 4H04A 3APGA 2VOTA 4IPNB 3O6AA 4MNLA 4OIFA 3WELA 5M03A 1RP9A 3FAXA 1V02A 2DEPA 3U5UA 2JIWA 2XM2A 2WBGA 1J01A 2BY1A 1JZ4A 3UETA 4BQ5A 4E4PA 3WBEA 1KB3A 2G41A 4TX8A 2ZXDA 4B16A 5ABFA 1EH9A 1KGUA 1JGIA 1RP8A 2PWHA 4MNKA 2PWFA 2D2OA 5CSUA 2CBVA 3ZR6A 3VD5A 4F66A 3VM5A 1JDAA 1KFWA 3VDHA 3CLWA 1M01A 1HL8A 1YHTA 2ZX5A 3CIVA 3PTQA 3AZRA 6TAAA 4LYQA 3VIFA 2WC7A 2XG9A 5LYRA 4RE3A 5DFAA 4JCLA 1CZ1A 1KR1A 1ZBKA 2XIIA 4W8AA 1UKQA 2ESCA 2WMJA 2BS9A 1K9EA 2BY2A 1LL7A 1QOXA 1UD3A 3M46A 4B3KA 4YPJA 2E8YA 1CECA 2W63A 1C93A 1J0YA 3ZJKA 1H4PA 3EBVA 2V3GA 4EE9A 3VIOA 4WKAA 1W32A 1W3KA 2QLYA 2CETA 2QPUA 1JZ8A 4AZCB 1OIMA 1TVNA 5FCZA 2NW0A 1UH2A 3GZAA 3MUIA 3PZNA 4PBGA 3EMZA 2DSVA 2BVTA 1GVIA 4W5ZA 3LPOA 3DECA 1HT6A 1EHAA 1VENA 1ZL1A 4ZEPA 1PEZA 3LPFA 4H8VA 2DIEA 2WCSA 4AZ6A 1SYTA 4CD7A 1B3XA 1HXJA 3TTYA 3CMGA 1ECEA 4P8XA 3VO0A 4UQBA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4LPC A;  3M07 A;  4GIA A;  3T0B A;  1XSI A;  3AYR A;  4QLL A;  1BLI A;  1NOF A;  1CGY A;  1G9H A;  5DMY A;  2CBU A;  3WF3 A;  1RH9 A;  4P7Q A;  3AS2 A;  1CXL A;  4QFU A;  1HVQ A;  1UR9 A;  3RJX A;  5CGM A;  2CBJ A;  1DHK A;  4MJ2 A;  1WKY A;  2ZX6 A;  1DTU A;  2ZUM A;  1KGX A;  5CPT A;  4A4A A;  1KGW A;  3ZM8 A;  2XSA A;  5A8Q A;  2GUY A;  3PZG A;  1LWJ A;  1Q6F A;  4KH2 A;  1GNX A;  2A3H A;  5HBF A;  4GKL A;  1X6N A;  2G3I A;  2VT0 A;  1OGG A;  1AQH A;  3PZT A;  2CYG A;  2ZUN A;  1I1X A;  1Q4N X;  2G8Z A;  2IUZ A;  4JZ5 A;  4UOJ A;  3RDK A;  3IJ8 A;  4YHG A;  3A4X A;  3T08 A;  1WPC A;  3WNO A;  3HMC A;  1FOB A;  4W89 A;  3VUP A;  2VVN A;  1OGB A;  5BWF A;  2VZU A;  3MU7 A;  5E70 A;  5EBA A;  4CU7 A;  1MFV A;  4NF7 A;  4AEE A;  1ZJA A;  3RM4 A;  1TZ7 A;  4Q7N A;  2DGA A;  3EDF A;  2GK1 B;  4JL2 A;  2D24 A;  1HL9 A;  2OSY A;  2YDS A;  4DWS A;  3BSG A;  1BPL B;  3E1F 1;  3UG5 A;  4AWE A;  3AFB A;  1I1W A;  4GO8 A;  4GZI A;  3AXX A;  1JYN A;  3KWX A;  1JAK A;  5LA1 A;  1UWQ A;  1YQ2 A;  3WDI A;  3TTS A;  3CPU A;  4URI A;  3SCR A;  1E1E A;  2J47 A;  3WMC A;  2FGL A;  1ODZ A;  1B1Y A;  5I0D A;  2EXO A;  3SIM A;  4P7R A;  1UKS A;  2W92 A;  1AVA A;  2YBT A;  4M81 A;  1UWI A;  3VD3 A;  3WEZ A;  4PSP A;  4DWS B;  1OCQ A;  4MAV A;  2D0H A;  2VR5 A;  3ARW A;  2AOS A;  4HU8 A;  3UCQ A;  4FLS A;  1KCK A;  2G3M A;  2DSW A;  1R85 A;  1ODU A;  2AMG A;  3ARQ A;  1XD1 A;  3RM9 A;  4W7W A;  1WNO A;  3PZI A;  3WFL A;  4OOU A;  2XFY A;  2JF6 A;  1LJY A;  1MXG A;  1ZBW A;  4ZXO A;  5AC5 A;  1UWS A;  5DF0 A;  3TP4 A;  3NSX A;  1HKK A;  2YBU A;  3AHY A;  2J7F A;  1HJU A;  3RIL A;  3WQ5 A;  1O6I A;  4BCE A;  1EO5 A;  5I2U A;  3NIY A;  5GNY A;  1QBB A;  3J7H A;  3A4W A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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1W2PA

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Chord Diagram

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