4I7W | Genus

Total Genus 116

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	116
sequence length	294
structure length	293
Chain Sequence	MFKGSIPALITPFTDNGAVDEQAFAAHVEWQIAEGSNGLVPVGTTGESPTLSHDEHKRVVELCIEVAAKRVPVIAGAGSNNTDEAIELALHAQDAGADALLVVTPYYNKPTQKGLFAHFSAVAEAVKLPIVIYNIPPRSVVDMSPETMGALVKAHKNIVGVDATGKLDRVSEQRISCGKDFIQLSGEDSTALGFNAHGGVGCISVSANVAPRLCSEFQAAMLAGDYAKALEYQDRLMPLHRAIFMEPGVCGTKYALSKTRGCNRKVRSPLMSTLEPATEAAIDAALKHAGLMN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Biosynthetic protein
source organism	Agrobacterium sp.
publication title	Structure, function and allostery of the bona fide DHDPS from the plant pathogen Agrobacterium tumefaciens rcsb
molecule keywords	Dihydrodipicolinate synthase
total genus	116
structure length	293
sequence length	294
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date	2012-12-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4i7wA00

3G0SA 4OT7A 1FCVA 3SW6A 1C9DA 3FS2A 1M7OA 2Q8ZA 4LS0A 1XFBA 3NQAA 4QNWA 3EEGA 4C1KA 3OHIA 4JTKA 5HQEA 1WBHA 3P74A 3WK1A 3EX2A 3TFCA 2YFNA 2A6LA 4CNOA 3HPSA 1KM2A 1T8XA 4GE8A 2J9ZA 3G8EA 1SUXA 3LXAA 3CTLA 1TPWA 1M7PA 3RF9A 4UC5A 3WFAA 2TSYA 6TIMA 2JGYA 1UUOA 2I14A 3HMJG 4BK9A 1WXJA 3BW4A 1SR9A 3PY2A 4MPQA 5SWUA 4WOZA 1K03A 4MY9A 5T26A 2Y62A 1GPWA 4S2BA 2CLHA 5LNUA 4AVFA 1WYIA 4FNSA 2ABAA 1L9WA 1TIMA 1VCGA 1LBMA 2QCMA 3GDMA 1AK5A 1EIXA 1P1XA 2FDSA 5LNRA 1TPDA 3W1NA 2ZRXA 5FF3A 5FF2A 5CKSA 3LM7A 1QDSA 4R34A 1FWRA 3PUOA 1LDCA 1KFBA 1XDLA 2V30A 4EIVA 5AHFA 2JGQA 1DORA 1QMLA 1SO3A 2V82A 4FF7A 1CW2A 4FX6M 4O1AA 2ZTJA 4BWLC 1TRDA 3W7NA 1GTEA 3HGSA 4AH7A 5HR7A 3V75A 1XBYA 1TTPA 3NL6A 5FEWA 4FX7A 5TBOA 2LLEA 1L6YA 3G8RA 1I2NA 1AW5A 3U6WA 2C6QA 1BWKA 3G0XA 2QCFA 1KFEA 2V5BA 3LXBA 4UTKA 3C8FA 3USBA 2RHGA 5H91A 4IWWA 3E49A 4AHOA 1G4EA 3B04A 1TYGA 3SZ8A 1HFBA 3NEVA 1LOSA 1M5WA 4O0KA 4WY0F 1FCUA 3L0GA 4NXSA 5DN1A 3VE7A 4BWLA 2CLLA 4JD4A 1JVNA 4LNYA 3N9SA 1H61A 4JY9A 3RK8A 4RLIA 3T55A 1JUEA 4EF8A 1ZHAA 4M6VA 1AL8A 2E1DA 3TAKA 1SFJA 3OA3A 2QJIA 3GIYA 4UFKA 4YXGA 4A2RA 4L4LA 2ZZ3A 3L5AA 1P4CA 2J24A 3Q94A 2NXGA 3W71A 4JS3A 1D9EA 3KVMA 1XC4A 3H54A 3PUEA 3UWWA 3TAOA 3JS3A 3W88A 3HPXA 1S5VA 3K30A 4R33A 4XKYB 3B06A 1SQ7A 3MMTA 4OQVA 3DFTA 2H3DA 1FX6A 1AW2A 2ZDRA 2YR1A 4CNNA 1VC4A 3M47A 1JJKA 2HS8A 4ZQNA 1UASA 1DL3A 3HG2A 3P60A 4HSOA 4PC8A 3CWOX 2WJZA 1YXDA 3LHUA 3KVJA 4A29A 3IEBA 2YW4A 3Q37A 1DVJA 4UR7A 1JQVA 4JEQA 2KZHA 5D05A 1PL9A 5KZEA 2PE4A 3O1NA 3STFA 3M0ZA 4WJEA 4DO5A 3DFPA 1F6PA 2CZEA 1TQJA 1JCJA 5AHIA 1X6UA 2YCEA 2OT1A 5F2LA 1C29A 2X1SA 5AB3A 3TMQA 3GNDA 3W2LA 3DFQA 4RZ5A 1O95A 5CPLA 4XZ9A 2YXGA 3C6CA 2NV2A 4BR1A 1I4NA 2RDUA 3IRDA 2PRLA 3QYQA 2TYSA 3P82A 3L5MA 2RKXA 3U2OA 4K6AA 4M5PA 2F7FA 1SZEA 2CZDA 3ELFA 2H3BA 4WUIA 4PEKA 4UTUA 3I6RA 4JTIA 2R14A 2VEKA 5FEZA 4E38A 1H60A 3TC6A 3W1RA 1NVMA 1OFOA 1EA0A 2QCCA 1TV7A 3O05A 2J9XA 4N2YA 3TE9A 4LY8A 3GKFA 5F1VA 1R47A 4HIBA 4OV4A 3GAKA 3NQ2A 1OFPA 3LXCA 1FCBA 3D0CA 5D30A 3PM6A 4NNCA 2GJLA 1G69A 4CCCA 4Z1BA 3LLFA 3NQVA 3LHWA 4JTSA 2A7NA 5FF4A 4K39A 5C55A 3C56A 3ANYA 1F05A 1ME9A 4JX6A 1OFDA 4XBKA 1FY6A 1A5AA 3QQ0A 1SW0A 1DQWA 1MEIA 2X1RA 3LHTA 4PTNA 2X30A 1LBFA 3W7LA 2YDAA 3PBWA 1CX9A 2C15A 4Z1CA 3PSVA 4IMEA 3PVFA 4Z1AA 1YTEA 4TO8A 3LCLA 3W7MA 1LROA 4MLRA 2CLFA 3C2OA 3NL3A 4MOZA 4X3ZA 3DGRA 3W7PA 4JYFA 2H8ZA 4HPJA 1Q6RA 3MHFA 4AMAA 2YYUA 5D09A 1TRIA 3FKKA 3WK0A 3FJLA 2FLIA 3LLDA 4R53A 3A22A 4WQ6A 1W31A 3SIZA 4L4MA 3E0IA 1LYXA 2WNZA 2C0AA 3QF0A 4XKYA 3PC0A 2Q3RA 3EX1A 3CLMA 4I7WA 3LI1A 1TQXA 2A4AA 3QPZA 1KFLA 3WJYA 5CSRA 1KM5A 3T4CA 4JX4A 2C1HA 4G1KA 4O13A 5AHEA 3W7QA 3PG9A 3NQEA 3TMLA 1YTDA 2DZSA 4JXCA 3A5FA 2Q8LA 1ICQA 2VFFA 5BMWA 1IIGA 3NGJA 3VCRA 3DZ1A 4FNUA 3PULA 4FIRA 4AEOA 4CCEA 4PCFA 4PL2A 1TREA 1L2UA 3A5VA 3RNDA 1RV8A 4AB4A 3U8GA 2TRSA 2QCDB 2OT0A 1AG1O 3TNOA 2Y7DA 3CB8A 4M7TA 3LRKA 2TMDA 4PL1A 1Y0EA 1QOQA 3F1QA 3I68A 4QITA 4YCOA 3W1AA 4UTMA 2Q3OA 4U4MA 4WOQA 3N34A 3UXAA 3W1LA 1IXQA 1G6CA 4POCA 3M5ZA 3PBUA 1GVFA 1W1ZA 5U4NA 2AQWA 1RZMA 1YDOA 4GBUA 1RQEA 2ZQ0A 5KSWA 4JDBA 3KXQA 5FF0A 1D3GA 1OVDA 4GWEA 1EWEA 4DQWA 2B0MA 1WDWA 2QAFA 4HKPA 5I3JA 3M9YA 3M5YA 3M6YA 5D2WA 3P62A 3RFAA 2DZTA 3SECA 3TIMA 3W23A 1FUYA 4QAIA 3L9CA 1GVRA 3C3NA 4LU0A 3LTSA 4MKNA 1YXCA 4BI6A 1KTNA 3DFOA 1OYCA 1LP6A 4TR9A 4O17A 3MYOA 2X1TA 5LHEA 4LVAA 1OK4A 5EYWA 3W22A 2BLEA 3ABQA 2DZXA 1M6JA 3B4UA 1DJQA 1KBIA 4ADUA 4K8HA 3TUUA 3EKZA 4FNTA 1G4PA 1F2JA 2B7NA 2ZA1A 2XN1A 1T99A 2ZCGA 4HT3A 4X2RA 3AO0A 5D2TA 1KV8A 1H7WA 5DY2A 3MP5A 1K8YA 1C8VA 4MJZA 4WXZA 1FWTA 5L6UA 3TQVA 1NF7A 3S5OA 1G67A 3ATZA 3W1QA 4RX0A 3HGRA 1EP3A 3QW3A 3B0VC 1GTHA 4UUIA 4H6KA 5EPDA 1A5SA 4K36A 1B9BA 4NNBA 2WNNA 4WZHA 1R30A 1F5ZA 4GC4A 1GG1A 1TJRA 2OCZA 4N9CA 4C1LA 3NL5A 3WJXA 2NUYA 3GR8A 5AHNA 5G1TA 1DKWA 3L0NA 1H51A 2FPTA 3W7GA 3G1SA 4IXXA 5F2IA 2A21A 4GUGA 5G2WA 3EWWA 4XTIA 1DBTA 4O1CA 1TPB1 3TQKA 1R2TA 4Y6GA 4O4VA 2ZRWA 1EEPA 3ABRA 3CIXA 3G3DA 1UJPA 4WX2A 2W79A 4JTEA 5HWNA 2ZBTA 7TIMA 3ATYA 5DCEA 3QH2A 3KVLA 5D37A 4DPQA 4FB7A 3LOTA 6ALDA 1V7YA 3GKAA 5J5DA 1DJNA 3OVRA 5E1QA 1H50A 1HTIA 4N6EA 1T0OA 1S5WA 2QCDA 4ZMGA 2FB2A 1U5JA 4JYDA 1W5OA 2WSQA 4HNTA 1WBJA 3LV5A 3CEPA 3VE9A 1AMKA 4KWVA 2QUTA 4M6QA 4MY1A 4XQ6A 4XUGA 4K8EA 4JY8A 1P5BA 1KM3A 4H3DA 3UD6A 3PBVA 3L21A 3W1XA 1VRDA 3STCA 2FB3A 1X1ZA 5CPNA 3DKLA 5CZTA 3M44A 3LHYA 3P84A 4Z08A 2YX0A 1TJPA 1B3OA 1F76A 1I2OA 5CGQA 1SO4A 5CG7A 3PSWA 5F4WA 1MEWA 5K3VA 1QCWA 2Y70A 3GDRA 3WJWA 2B7PA 3W74A 1SSGA 3THAA 5I3HA 3W87A 4E2BA 4UFMA 1W54A 1ZNNA 5DLCA 2QCGA 4A22A 2WQPA 4W9TA 4O19A 5HULA 2ISVA 4S2CA 3VFLA 4IPJA 4FNQA 3W7JA 3PG8A 1EX5A 1Z48A 3SJ3A 4JX5A 5TQLA 2E09A 1FQ0A 2DU2A 3M7WA 4QM1A 3O8AA 4X22A 1QPNA 5FEPA 4YL2A 3S1VA 1H1YA 1PS9A 2EGZA 3MP3A 3W76A 2WO5A 1TB3A 3G1AA 3GAYA 2C14A 1KFCA 2QDHA 1B57A 2D73A 1PVNA 4MYXA 3S1WA 1LM1A 4O4WA 1QR7A 1TPC1 5LGZA 3NPVA 3W73A 2FPVA 2FIQA 1KBJA 3BW2A 2E77A 5DY3A 2Y7FA 2Y85A 3G1DA 5AC8A 3LBMA 2NUWA 1SO6A 5LKYA 1B4EA 2Y89A 3I7RA 5DXYA 4KKXA 5HUOA 4E2DA 1F74A 1VS1A 1JRBA 2Z6JA 1TV5A 2A7PA 2B7OA 3LBCA 4LC6A 4M6PA 3OIXA 3EX3A 5CZ0A 1GQNA 1FWWA 1TTIA 2QJGA 3UYCA 4RZ4A 3NPXA 3G1HA 3TFXA 1MSSA 3GNNA 1KM4A 4Z1DA 5K9DA 4U28A 3N9RA 1J5TA 1XL9A 3UQNA 1FDZA 3W7CA 3TSMA 2Z6IA 1FDJA 3M16A 3VI2A 3KVKA 1TPEA 4UMCA 4DEFA 1PE1A 4UR8A 4XBSA 4NJHA 3LTPA 2V8ZA 3IIVA 3F4NA 1QO2A 4N6FA 3HOJA 1PCKA 2YW3A 2B7QA 4DO6A 3PAJA 4QJ1A 3KRZA 3QEZA 1OYAA 2XFWA 2DP3A 1JCLA 4ZQPA 5HINA 5I3GA 5LZLA 2EKCA 5DBUA 2GQ9A 1NAL1 3ABOA 1KA9F 3CWNA 4JTTA 2E6DA 2H6RA 4UNLA 4LS1A 5IM51 5HR6A 4WXYA 3T40A 1GOXA 3B0PA 5A8GA 2PRHA 2DZVA 1QPQA 1TO3A 2ZRVA 3QMRA 4AWSA 1B4KA 1JULA 4O1DA 4FIQA 3W1TA 5J5RA 2Y7GA 3AJXA 4MVAA 1H7OA 1FXPA 3B05A 4GUIA 3M41A 2XN0A 5AFDA 4LVFA 2VKZG 2H90A 1O94A 3W2MA 3LV6A 3EWYA 3NG3A 2YYTA 4I9AA 3LCFA 1YPFA 1W37A 3W1PA 4RR4A 2ZZ1A 2P0OA 2VFEA 3HO8A 8TIMA 5HWMA 3UXDA 4UNKA 3NQDA 2RH9A 2CW6A 3EXRA 4RKAA 3NQGA 1TSIA 3SGZA 1GJPA 3DH7A 2J27A 4B5NA 4YCPA 1RR2A 5F2MA 3IIPA 5BMXA 4Q32A 1CI1A 4XWUA 4UMAA 2X16A 1DQXA 4OV9A 3CM4A 1JCXA 2F84A 2GVLA 1LRTA 1WOBA 4M7SA 4HNUA 5CZSA 4KWWA 4PODA 2C16A 2JKEA 2QCNA 2VEPA 1SW7A 4OGZA 3H55A 3W07A 1IIHA 1Q6QA 4KFPA 3M5XA 1TTQA 3P81A 4IMFA 3NPUA 1QAPA 4O15A 3IVSA 1V5XA 4E0CA 5D03A 2WKJA 1WA3A 1H63A 1ZAHA 2VEIA 3CIWA 3TK7A 2PRMA 1R2RA 3FA5A 4NJGA 5A5WA 4JTFA 3TSDA 3QMTA 4CQ9A 3QM3A 1Z44A 4DBDA 1O60A 1OYBA 3NNTA 1SSDA 3RLUA 4EOUA 4PH6A 1KW1A 2ZZ7A 2VEMA 2GQAA 2A5HA 1PHQA 2A7RA 3S9YA 4UTWC 3STGA 3WK3A 1ZY9A 3FJ6A 1HUVA 1WAUA 5K4ZA 2Z2UA 3TDFA 1RD5A 4AF0B 1K7XA 3NQCA 1MXSA 3F03K 3P7YA 3TV8A 1O5XA 4AWTA 3T78A 3PF3A 1G4TA 3NXFA 2VFIA 4IMDA 3S42A 3ZR4A 2VOMA 2CLOA 3S5ZA 2Z0IA 5HWJA 1I2PA 3LGEA 3O6DA 3IGUA 3L2IA 4O57A 1PV8A 4O54A 1H7PA 4IMGA 2JKAA 1XM3A 2NX9A 4PFMA 4K37A 2EHHA 3C2FA 2HTMA 1DV7A 1K3UA 4RZ6A 4UTWA 3EXSA 3MUXA 4UCGA 2BXVA 2GQ8A 4NJJA 4ZL1A 3VNDA 1TPFA 4NVTA 3GVGA 4WY0B 3UZJA 2CWNA 3W7EA 2H8XA 2NX3A 4O12A 3A21A 2E5CA 1XUZA 3BPWA 2NUXA 1HG3A 3EB2A 2QAPA 4OBTA 5D2XA 2I1OA 1S5TA 3LI0A 5IBXA 5C5YA 3PWAA 4CQ8A 3EWBX 4NT0A 1VYRA 1FXQA 4NZFA 3E96A 1ML1A 1VZWA 4TU1A 3BLFA 2FJKA 3BLEA 3W85A 1OX6A 4OHQA 4GFSA 3SSJA 3BW3A 4P2VA 3HGOA 3DHFA 4CLMA 1EB3A 2V2HA 5D2VA 3NM3A 1O4UA 2QKFA 3OBKA 1ZCOA 2ABBA 4ADTA 2VFGA 3HG3A 4IX0A 1S3HA 4JN6A 1BTMA 5U7SA 5DCDA 2C13A 3EWZA 1GVSA 4LUIA 5EA9A 3TU9A 5EBUA 2QUVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4I7WA

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