5A94A

Crystal structure of beta-glucanase sdgluc5_26a from saccharophagus degradans in complex with tetrasaccharide a, form 1
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
335
structure length
335
Chain Sequence
DWWDIPYPSQFDVKSLKTQSFISVKGNKFIDDKGKTFTFRGVNIADTGKLLSRNQWQKSLFEELANNWGVNTIRLPIHPVSWRKLGPDVYLGHIDEAVRWANDLGIYLILDWHSIGYLPTEQYQHPMYDTTIKETRDFWRRITFRYQNVPTVAVYELFNEPTTMGNTLGERNWAEWKTLNESLIDMIYASDKTVIPLVAGFNWAYDLSPIKKAPIEREGIAYAAHPYPQKAKPEVKNDKNFFKLWDEKWGFAADTYPVIATQLGWVQPDGYGAHIPVKDDGSYGPRIVKYMQKKGVSYTVWVFDPDWSPTMINDWDFTPSEQGAFFKQVMLEAKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Quaternary Structure of a Glycoside Hydrolase Dictates Specificity Towards Beta-Glucans
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE RETAINING B-GLYCOSIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Saccharophagus degradans 2-40
total genus 132
structure length 335
sequence length 335
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 3.2.1.73: Licheninase.
pdb deposition date 2015-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a94A00
1P6WA 1PX4A 2XG9A 1DWIM 2CBJA 1XH1A 5A6SA 2YL8A 2D2OA 3W29A 1US3A 3M6DA 1HXJA 3MV11 5D9OA 3VX1A 3N1AA 4NF7A 2VZVA 3AIRA 2E9LA 3SCRA 1UD8A 1CXFA 1CPUA 3D3AA 8A3HA 3BLKA 1W1YA 3AZTA 4UZSA 3NSNA 5EFFA 3EDEA 1LWJA 1CGWA 1JAEA 2BVTA 4AMCA 4OOUA 4B15A 4WKFA 3BH4A 1D3CA 2WMFA 4QCEA 3W53A 3CUFA 2DQXA 2XSAA 1UZ1A 3WF0A 3WL1A 1O6IA 1NARA 5D9MA 5HPOA 1BSIA 4U33A 4H8UA 2DT2A 3WKZA 3II1A 4AD4A 3S2CA 3WDRA 3MSDA 2D20A 5BWFA 1GONA 3WQ5A 2YL6A 1GQLA 2GUYA 4UQAA 3ARXA 1K9TA 1QNSA 3RMEA 2ZUVA 3OZOA 1ZL1A 4OJYA 3NIYA 1CLVA 1B30A 4GZEA 2QF8A 4Y7EA 2VX5A 2IXVA 2CBUA 2X0YA 2Y8VA 1MW3A 3SCNA 3CZJA 1ZBVA 3VIPA 4NSBA 1FP9A 5HDRA 4D6IA 2OSWA 2ZX5A 1GJWA 5HBFA 4Z2KA 1CTNA 3AIBA 3SCWA 2V3GA 4DWSB 1WCGA 2E8YA 3PZ9A 5FIPA 5A6JA 1FHDA 1V3HA 3MANA 2UY3A 3VDAA 1XCXA 4JKMA 1E43A 1G01A 1KGXA 4UFHA 1CXIA 2FHCA 4PMXA 4JFVA 1R86A 3K4AA 1XSKA 1WDRA 1GVIA 1QHZA 3VDHA 1KR1A 1OT2A 2QLYA 1AQMA 5AC5A 1L8NA 5I23A 1ISZA 4AXNA 3WENA 3CMJA 3WF2A 3WFZA 3MKKA 3L4UA 5CGMA 3W25A 2O9PA 3FW6A 1W1VA 4D71A 4UFIA 4PTWA 1JYVA 2J75A 1FH7A 4MJ2A 3VIGA 4W86A 5LYRA 2VUYA 3WY1A 1RH9A 2J78A 3N18A 4RL3A 4RE3A 1NWTA 3WEMA 5I5RA 1Q6CA 1VFMA 5JIPA 1XV8A 4U2ZA 1B0IA 1J0ZA 3I3BA 4H8VA 5CPSA 4AW7A 1DP0A 2G3JA 1EO5A 2PBOA 5BXPA 1Q6FA 3ARUA 3E1F1 5CPQA 4MB4A 5LA2A 4MAVA 1GJUA 3ARSA 3L2LA 1B90A 1M53A 3LPFA 1AQHA 1OM0A 1LG2A 1QBAA 2YIHA 3F5LA 3BMVA 4GQQA 2XSBA 3BC9A 3AQUA 3L4XA 2WWDA 5D8WA 1AVAA 1JGIA 4PEEA 1I75A 4FF5A 2ZUTA 4W88A 3DYPA 4PMQA 3UEQA 4ATLA 2JF6A 5A6KA 5M3WA 1BAGA 1NQ6A 2VRJA 3AMCA 1OIMA 4HMDA 5DF0A 1TMQA 5ECUA 2ZUSA 2J47A 2A3EA 3GXIA 2W66A 3VIHA 1KBKA 1XYZA 5A6BA 2PWGA 1FOBA 1HNYA 1WB0A 1E4NA 4CU6A 1OCQA 5BXSA 3NDYA 4JL1A 5D4YA 6TAAA 3UR7A 1CGTA 2BY0A 2VO5A 1C8QA 2VCAA 2DT0A 2FGZA 3PTQA 4UOQA 2VNCA 3GNPA 5TD4A 4HOWA 2BY1A 1BPLB 2UY5A 4IPLA 3WQ6A 2DSZA 2ZOXA 2W4XA 4R5EA 2CNCA 1ISYA 4HTYA 1J01A 5GNYA 1GCYA 3SUSA 4ML4A 3WH7A 1BLIA 1AQ0A 1BTCA 1QHOA 3GXMA 3SUTA 2E9MA 1VBUA 5GNZA 4R27A 1GHSA 2XM1A 3VX0A 3ZT6A 3WUFA 1BVZA 3QGVA 3TTYA 1FH8A 4F79A 3N9KA 4JFWA 4KRTA 1J0IA 1NP2A 2W92A 3L4TA 3VIMA 1CECA 1EH9A 4QDMA 3PTKA 1VENA 1H1NA 4A3HA 4LQ1A 3D5HA 2XVKA 1E1FA 3AROA 5DO8A 2ZXQA 4PSPA 4JCLA 1UH3A 4AZ7A 1XHGA 2DPEA 2ZWZA 2E40A 3BSHA 2W91A 1C8XA 1KXTA 1EO7A 3N12A 1JZ7A 4TTGA 1UOKA 1YQ2A 5C70A 1PJ9A 2VZSA 3GH5A 4AYSA 4JIEA 1BF2A 1UR9A 1X1NA 3W82A 2CKRA 2PB1A 4QP0A 3U7BA 4AZ5A 4KWUA 5E0CA 4ACYA 4QLKA 1V3LA 4GI6A 1UG6A 4TOQA 3GTNA 2CERA 4H2CA 1MXGA 3GH4A 3AISA 4UR9A 3EBVA 2VC9A 4X0VA 5I6SA 4UOZA 3WD2A 2D24A 1V0KA 1H0GA 1NH6A 2E3ZA 3CZGA 1MFUA 2J62A 5C71A 1WPCA 2FDMA 3WELA 5BCAA 1ODZA 1WKYA 3CBWA 3GYCA 4GZIA 2W61A 4YPJA 3RJYA 1BYBA 1K9FA 3T09A 3O2LA 2J8GA 1U33A 5KEZA 2QMJA 3SURA 3MU7A 1FHLA 2CCRA 2ESCA 1FH9A 4ACZA 2WHKA 5A8QA 5AC4A 4FLOA 5A3HA 2PWFA 2CITA 1UKOA 1IV8A 3T0AA 3WIJA 4DUVA 2CKSA 3CH9A 1OBAA 1V3JA 3ARVA 5BYWA 3W26A 1JYNA 1CZ1A 3WF3A 4HA3A 2JF7A 3MUY1 1CDGA 4HP5A 3EMQA 4GZJA 2DT3A 3OLGA 5JUVA 4J7RA 4AIOA 3U7VA 1JZ4A 2XJ7A 5ABHA 5IXEA 1BYCA 4JCMA 2J7GA 1KGWA 1XH0A 4KGJA 2NW0A 2XVLA 4FLQA 3W6MA 4M81A 1K9DA 2YBTA 2ZX9A 5E9AA 1R7AA 3SUUA 3SIMA 2E8ZA 3ARZA 2AAAA 3QHMA 5M17A 3ZM8A 2PC8A 3F5KA 5CLWA 4N42A 1E6PA 3AS0A 4CCCA 3DHPA 3M7SA 5BROA 3CZ8A 4Q22A 3WUEA 4LYQA 4B9YA 5JBDA 4MNLA 2A3HA 1EQPA 3RM9A 2G3MA 2YJQA 3AZSA 1OWQA 3DYMA 1VEOA 4A4AA 3W6LA 4PCSA 1E70M 3B9AA 1WZMA 1HP4A 3EDJA 1W9DM 1HJVA 2V5DA 3VIJA 3SCUA 4ACZB 4K68A 1VFOA 2ZE0A 4UQBA 2JIWA 3W27A 3VD7A 3MO4A 4D72A 2FGLA 1JD9A 3L4ZA 2J8FA 4AD5A 5A8PA 1W1TA 3VD4A 4BZYA 5ABGA 1Q6GA 4HMCA 1DWFM 1OGSA 2DEPA 3VM5A 3CUJA 1GNXA 3PTMA 1KCKA 1ZBKA 2ZICA 4PRWA 4BS0A 2BXZA 1H11A 1J9YA 4UQ9A 1BHGA 3OGSA 4XB3A 3CIVA 3NSMA 1DEDA 2GJXA 3OG2A 3DYOA 2CBIA 2YA0A 3GNOA 3TTSA 2NSXA 4NZCA 1PIFA 1TE1A 1UQZA 2D3NA 1GQKA 1MFVA 4DUXA 4MB3A 1M7XA 1LL7A 1CXLA 4ZFMA 3W28A 1I1XA 2FH6A 1JNEA 3WH8A 2XVPA 1HJSA 3WH6A 3VMPA 1KBBA 3AMGA 4CU8A 3CZEA 4P8XA 1UD5A 4PYSA 4JHOA 4DWSA 2YDQA 3VIIA 5A6AA 2ZX6A 1KQYA 1H3GA 5I3DA 3AS1A 4CVUA 5I79A 1EDTA 3OGRA 4J3WA 5LA0A 1U2YA 3GXFA 2ZUWA 1Y7VA 1QI4A 1C3FA 2WM0A 1JDCA 4GQRA 4JAWA 3WQVA 4AZHA 7A3HA 4W84A 4GXPA 4PMOA 4GO8A 4W7UA 2WHMA 5EFDA 1E5NA 4CU7A 2OSYA 1LG1A 3SCPA 3WBAA 2BHUA 3WQ8A 4D6GA 3NJ3A 2EEXA 1HJXA 1CWYA 1CNVA 5AYBA 1W9PA 3DHUA 6A3HA 4E8DA 4FLSA 1LL4A 2WB5A 1MQRA 1ECEA 3N04A 2WC4A 5BXTA 5IHRA 3RCNA 2ZWYA 1J0HA 4OBSA 5DFAA 3WDJA 4ZENA 3WUGA 4KH2A 4BQ5A 3PZQA 3FAWA 1HX0A 2VOTA 4TTUA 1DHKA 2YKKA 4JFSA 4F8XA 2Y8KA 2CBVA 4V28A 2O9OA 4FMVA 2GJXB 4UFJA 2PWHA 1QNQA 2E0PA 2CHNA 1XD1A 1SR0A 2WMHA 3VINA 1KQZA 3TP4A 1WZKA 2VZTA 5BRQA 1J11A 2DSKA 3A4XA 1EOKA 1XGZA 3RM4A 1JAKA 2YA2A 4GINA 4DUWA 1RPKA 4D6DA 2Z1SA 1KXQA 1UUQA 3AHXA 5EBAA 1XRVA 3AMLA 2BFGA 4J3XA 3PZVA 1B1YA 1JL8A 4XX6A 1LWHA 3UG5A 4OZOA 3ZO9A 4UCFA 1J0YA 3UR8A 1ZBWA 4KGLA 1JDAA 5I0DA 3QOKA 4GI9A 2BNJA 3O9NA 4MNJA 2VMFA 3A4AA 2PWDA 1DWAM 1ISVA 2OWWA 3ALFA 3WDIA 2WMJA 2G8ZA 4LXFA 4CUCA 3SCQA 1E0VA 2WAGA 4LPCA 4J3UA 1FP8A 3PZIA 3OZPA 1JXKA 3K8KA 3JUGA 1CGYA 1UWUA 1UWSA 2CETA 2E4TA 3APGA 3ARYA 3WD4A 2VR4A 5A8OA 4ZXOA 1UZ4A 1WAWA 4BF7A 1UA3A 1Q4NX 1UD6A 1R85A 3ZMRA 1C92A 1X6LA 5A6BD 4QFUA 1TFVA 2DH2A 1VJSA 1UD2A 4AEEA 1MWOA 4CCEA 3CUGA 3POHA 4CD8A 3WMSA 1J0KA 2Y5EA 3WDQA 4D6JA 4GI8A 3M07A 4W85A 1V6UA 4JHZA 3VVGA 2JE8A 2J79A 2VCBA 3ARQA 2WMIB 1B3XA 3VGDA 1C7SA 4W7VA 4PCTA 2YLAA 1U30A 3AIEA 4AZ6A 4OBRA 3A47A 3AICA 4H7VA 2EPKX 4M82A 5A69A 2XYLA 5LA1A 1QOXA 1BYAA 5A6LA 3T0DA 3G6MA 2XVGA 3AXXA 3WEOA 4PMYA 2X8RA 2WLZA 2XFFA 2VRKA 2JFEX 2ZXDA 4PMRA 3WH9A 3OLIA 4W5UA 1QBBA 2D1ZA 1B31A 5ABFA 2VURA 1R8LA 1EHNA 2WSKA 3T2PA 1JD7A 5AYIA 3FNDA 3WDHA 1MW1A 1TVNA 3I3DA 1TVPA 3ARRA 1JZ2A 3W38A 3CHCA 1SFSA 5I2UA 1TUXA 2NT0A 2WZEA 9CGTA 1E0WA 4D1IA 5FL1A 1H5VA 2WHJA 5CGTA 3A4WA 4XV0A 3RIKA 2QV4A 1E4MM 2Z1KA 4BA0A 3U5UA 1KWGA 4TVCA 1KFWA 1E6NA 2YOCA 5KZ6A 2RGLA 2ZX8A 2J4GA 4MJ4A 3A6OA 3EDFA 3N17A 3GDBA 1XC6A 2PWEA 1F4AA 1QHPA 4IISA 4AIUA 4OUEA 4ZE5A 7TAAA 1W32A 4MNKA 1EDQA 3QHNA 1ZJBA 4DWSC 2D23A 5IHSA 2PF0A 4MB1A 2OWCA 4B16A 1MW0A 1VFFA 2VX7A 4V27A 2BY3A 1PPIA 2JEPA 3MMDA 2F61A 2JEQA 4CD6A 8CGTA 1E6ZA 1CLXA 2WVUA 3T2QA 1UWIA 1E6QM 2YLLA 4MADA 2C0HA 2YDRA 5A8NA 2WLYA 1PX3A 1KXHA 3VMOA 4F9DA 3VILA 4HU0A 1R87A 4HU8A 3ECQA 4PTVA 3VD3A 5A1AA 1D7FA 3SUWA 1ESWA 5DT7A 1W9VA 2WYSA 3KZSA 2EPOA 4ATDA 1GZJA 4AY1A 2OYKA 1M04A 5CQ1A 4HOXA 3T08A 2OYMA 3ZR5A 1HVQA 4RE2A 2GSJA 1VF8A 4JZ5A 2QMKA 4HZ8A 3GBEA 3WBEA 1M03A 4YHGA 3ZJ7A 3WF1A 1QPKA 3FXYA 3WMBA 1W9UA 1LJYA 1MQPA 2DSUA 4P7RA 2DSWA 5CJ5A 1JYXA 4W8AA 2O9RA 2WWCA 2J7DA 2DH3A 1WDQA 4MPKA 3U57A 1G0CA 1UKTA 5ABFB 2QPSA 3WDPP 4CVWA 5BRPA 1QNOA 1A47A 3WSUA 1CGXA 1EIBA 3EDDA 3QR3A 4OOZA 5D9NA 1CXKA 1E1EA 3WEZA 4UNIA 4UFLA 1QI3A 4W93A 2WMKA 3THDA 2DT1A 2V5CA 3AOFA 2C7FA 4W8BA 3L4YA 1W3KA 3HU7A 4AD2A 2WANA 2BS9A 5CSYA 1PZ3A 4EKJA 4E4PA 2XFRA 4P7NA 1E15A 3ZJ6A 1JIBA 4CN1A 4KMQA 2J77A 1OD0A 1FA2A 3HMCA 5E0FA 1KWKA 2X05A 1F4HA 1V03A 4P8WA 4M29A 1CEOA 1JFXA 5E6ZA 2VR5A 3RPMA 5ABEA 1UWTA 1V08A 2V3DA 1W3LA 3FHAA 4EANA 2CHOA 1OGBA 3F4VA 5I77A 3PHAA 4PMUA 3L4WA 4L4PA 1VEMA 3IJ8A 1E56A 1OT1A 2VRQA 2Q8XA 1H2JA 1QI5A 4PMDA 3AMDA 1V02A 4M8UA 1EXPA 3CZKA 1H0IA 4PN2A 1W3JA 2D0FA 4JKKA 3BXWA 3PZTA 4XZWA 1HL9A 1GPFA 2Y2WA 2XHYA 3NDZA 5M5DA 1GUVA 4WIWA 4WKHA 3ZSSA 3I3EA 1E73M 1MVYA 3VUPA 1E55A 5A94A 2VQTA 4LX4A 3AMKA 1ZJAA 1NP0A 2J7CA 4LYRA 1HL8A 3BMWA 4PTXA 4WK9A 2XM2A 2UY2A 2XGIA 1E3XA 1HJUA 1Q6EA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1P6W A;  1PX4 A;  2XG9 A;  1DWI M;  2CBJ A;  1XH1 A;  5A6S A;  2YL8 A;  2D2O A;  3W29 A;  1US3 A;  3M6D A;  1HXJ A;  3MV1 1;  5D9O A;  3VX1 A;  3N1A A;  4NF7 A;  2VZV A;  3AIR A;  2E9L A;  3SCR A;  1UD8 A;  1CXF A;  1CPU A;  3D3A A;  8A3H A;  3BLK A;  1W1Y A;  3AZT A;  4UZS A;  3NSN A;  5EFF A;  3EDE A;  1LWJ A;  1CGW A;  1JAE A;  2BVT A;  4AMC A;  4OOU A;  4B15 A;  4WKF A;  3BH4 A;  1D3C A;  2WMF A;  4QCE A;  3W53 A;  3CUF A;  2DQX A;  2XSA A;  1UZ1 A;  3WF0 A;  3WL1 A;  1O6I A;  1NAR A;  5D9M A;  5HPO A;  1BSI A;  4U33 A;  4H8U A;  2DT2 A;  3WKZ A;  3II1 A;  4AD4 A;  3S2C A;  3WDR A;  3MSD A;  2D20 A;  5BWF A;  1GON A;  3WQ5 A;  2YL6 A;  1GQL A;  2GUY A;  4UQA A;  3ARX A;  1K9T A;  1QNS A;  3RME A;  2ZUV A;  3OZO A;  1ZL1 A;  4OJY A;  3NIY A;  1CLV A;  1B30 A;  4GZE A;  2QF8 A;  4Y7E A;  2VX5 A;  2IXV A;  2CBU A;  2X0Y A;  2Y8V A;  1MW3 A;  3SCN A;  3CZJ A;  1ZBV A;  3VIP A;  4NSB A;  1FP9 A;  5HDR A;  4D6I A;  2OSW A;  2ZX5 A;  1GJW A;  5HBF A;  4Z2K A;  1CTN A;  3AIB A;  3SCW A;  2V3G A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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