5IM5 | Genus

Total Genus 72

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	72
sequence length	208
structure length	208
Chain Sequence	STINNQLKALKVIPVIAIDNAEDIIPLGKVLAENGLPAAEITFRSSAAVKAIMLLRSAQPEMLIGAGTILNGVQALAAKEAGATFVVSPGFNPNTVRACQIIGIDIVPGVNNPSTVEAALEMGLTTLKFFPAEASGGISMVKSLVGPYGDIRLMPTGGITPSNIDNYLAIPQVLACGGTWMVDKKLVTNGEWDEIARLTREIVEQVNP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Accurate design of megadalton-scale two-component icosahedral protein complexes. pubmed doi rcsb
molecule tags	Protein binding
source organism	Methanocaldococcus jannaschii (strain atcc 43067 / dsm 2661 / jal-1 / jcm 10045
molecule keywords	Designed Riboflavin synthase
total genus	72
structure length	208
sequence length	208
chains with identical sequence	2, 3, 4, L, N, P, R, T, U, V, W, X, Y, Z
ec nomenclature
pdb deposition date	2016-03-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
1	PF01081	Aldolase	KDPG and KHG aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5im5100

3IRDA 1FDJA 2C15A 4LTSA 1DKWA 2NLIA 5CGQA 3P60A 3GX9A 5FF0A 1DBTA 4LC8A 1LBMA 1H60A 1SW7A 4MZYA 4O52A 4LU0A 3MP5A 2CFFA 1GG0A 1JULA 3HIJA 2J27A 1M7PA 5F2GA 4ZVJA 2C16A 1AL7A 4HKPA 5D2WA 4JNMA 3WK0A 2ISVA 3GDKA 4FX7A 1QDSA 2DZUA 4Z0JA 3TAKA 1JCNA 4MJZA 1T99A 3R5EA 5EYWA 3S9YA 5DELA 1ME8A 2FB3A 1W31A 2CZFA 3P62A 1OX4A 2WPBA 3TFCA 4JYFA 4I7VA 2X30A 2V8ZA 1M7OA 2EGZA 5HUPA 4H4IA 1X6UA 4U28A 3W72A 3GNNA 1L6YA 5AN7A 3NPWA 4O18A 4HPXA 3DKLA 5HJLA 2Z1BA 3LI0A 1KBIA 3MW7A 4AWSA 1FXPA 5D2TA 1XL9A 3CWOX 5D2YA 1OYCA 3T78A 3QW4B 2V2HA 3RFAA 4JTEA 3N19B 1O4UA 5DY3A 1R2TA 3GKFA 4M6QA 3IVSA 1G4EA 2ABAA 3DHFA 4M7TA 4WY0B 4AEOA 1DORA 4KWVA 1PL9A 2DZVA 1QMLA 3LHYA 5DBUA 5LNWA 1IXOA 2OT0A 3C8FA 3ELFA 3N34A 4R33A 3UY8A 1BWLA 1F6PA 2UV8G 4JTLA 2QJIA 2GVGA 5KZDA 4ORMA 4L4LA 2RDTA 4IGHA 1TPB1 4N02A 1WBJA 1LP6A 2B7NA 4WY0F 3Q2DA 4UFKA 4AWUA 3UYCA 3TU9A 4EF9A 4LVBA 5FF2A 3VKJA 1GT8A 3DFNA 4A3UA 4MIMA 4NZJA 2QCEA 4H3DA 3AJXA 1AG1O 5CKSA 1S5VA 3MP3A 3KVLA 4CNOA 4E2DA 4AAJA 1LORA 5HR6A 2YSWA 1AW2A 2R14A 4IOTA 3QC3A 1K8XA 1GG1A 1SR9A 2JGYA 4UIOA 1T0OA 4RZ5A 1IGSA 4ZQNA 5HULA 3QF0A 3GK0A 3DFSA 2A0NA 2C6QA 3I6RA 2H8XA 4XQ6A 4FIRA 4DBDA 4LRTA 3SY5A 1XBVA 2Z0IA 4WOZA 5DN1A 4JX4A 2EPHA 2VEKA 3ABRA 5CPMA 4ALDA 3NQCA 3JR2A 4O1CA 5LHFA 1XM3A 1W1ZA 3IIPA 4OWGA 4E38A 1XI3A 2CLHA 1TV7A 1X7FA 4KFNA 1PHWA 1VH7A 4CCDA 2DU2A 4JIQA 3IIVA 3S42A 4UTTC 3PBYA 1XBXA 2FTPA 4ZQOA 3NPVA 3IGSA 3N2XA 1TPWA 1X8FA 3TR2A 5FESA 5LNVA 1SSDA 4ADUA 2D73A 3EWXA 1JCLA 3DENA 5CSSA 4UTHA 3WJYA 4GUJA 4EIVA 3LHVA 4I7WA 2FIQA 1JCJA 3W76A 4GUIA 2A4AA 4GE8A 3W2LA 3UPWA 1SO3A 3NXFA 2ZDRA 4GJ1A 4XUGA 3L68A 3W71A 1WXJA 4BI7A 4UTUA 2Y7EA 3NZ1A 2R94A 1UBSA 4C1KA 1W3NA 1YXDA 3BK0A 4S1FA 3UWQA 3RMJA 5E0KA 1N8FA 2B7OA 2ZRYA 2Y62A 4UMAA 3W1PA 1ZALA 1HG3A 1B57A 3TK7A 1LDCA 3BW4A 3C52A 1EA0A 3TUUA 4OU1A 4UTIA 1A5BA 1U83A 2X1RA 3C2EA 3DBPA 4RK8A 4HN4A 5LKYA 1QPNA 4MZ1A 3V75A 4DPQA 4QISA 1TPFA 3IIXA 3MBFA 1A5SA 2V2CA 1QCWA 4BWLC 2J88A 4UFMA 2ATMA 5G1TA 4UXDA 3OA3A 1G6CA 1SUXA 3WJZA 3VE9A 1TPEA 2Y70A 3NL5A 1UCWA 2OCZA 3NM3A 1F76A 1K8YA 1H7PA 3JRKA 1YDOA 3LBCA 1JQXA 1TJRA 3PR2A 1ALDA 3VI2A 3FKRA 4NX5A 4FF7A 1B9BA 4O4VA 1JCYA 1GQNA 2VEMA 1KM5A 1WV2A 4RKAA 1QR7A 3BLIA 4XKYB 2FPTA 1JQVA 3BG9A 2E5DA 2B7QA 3A5VA 2WNQA 5U7SA 3S0CA 3S5NA 4LUIA 2PRMA 5J5DA 5L9FA 2QAPA 3GR8A 3KVMA 3EXRA 3S1UA 3W7RA 3WFAA 3SR7A 1JCMP 2DJLA 3LRKA 3TDFA 2ZFAA 3S1WA 2NX3A 1O5XA 4MLRA 2ZTJA 3TMLA 3QPYA 1GWJA 3B04A 5I3HA 3MI3A 2YFNA 5KSWA 1FUYA 1NF0A 1W5OA 3P61A 3HJZA 2ATSA 3GZ3A 2QCMA 2QEZA 1H61A 4FXSA 4WUIA 3M5VA 1ZAHA 3BPWA 2V30A 1F2JA 3W7OA 1HO4A 1OG0A 2RDUA 2A85A 3LTSA 2FPVA 5D03A 1OFDA 1SZEA 5I3IA 1FWWA 1KFBA 4LT9A 4QNWA 1JCXA 1CI1A 5G2WA 3QSTA 3CIXA 4Y6GA 3F4NA 2ZRZA 1H1ZA 3NQ8A 4XBKA 4NJHA 3G1HA 2CZEA 5FEXA 1YPIA 3EXSA 1SFLA 3G1YA 1TJPA 1SQ7A 2FDSA 2Y7DA 3LERA 3PS7A 1L6WA 3LCHA 1SSGA 2P10A 4NNBA 3FIGA 3Q94A 5LZLA 3WK1A 3M6YA 2ZZ5A 4AHOA 2ZRUA 2WSRA 2ZA2A 1OF6A 4NVTA 5C2XA 3OVRA 4ZQRA 3STGA 3W83A 4I9AA 3BO9A 2VEPA 4A29A 1YADA 1SU5A 3JS3A 3L9CA 3HG4A 1IXQA 1S5TA 4J9JA 1XUZA 4IPJA 1FCQA 3W73A 3IIOA 3N73A 1KM2A 5K4XA 5HNRA 3DFQA 2Y63A 3KX6A 4FNRA 4RZ6A 3NNTA 3M5YA 1TPDA 1TTJA 3FYOA 3GVGA 4OBTA 1TREA 1W0MA 1WQ5A 3TAOA 5CZTA 4EWND 3S5OA 1W56A 4LS1A 1OFOA 3MJYA 1K7FA 1EX5A 5HWJA 3W7KA 1VYRA 6TIMA 2O7QA 4QSHA 4JY9A 2YDAA 5LNRA 5BOOA 3K30A 3PUOA 3P81A 3S5YA 2QUVA 3UWYA 3KFTA 3SSJA 2VEIA 3W7DA 3O1NA 3LTPA 3NQVA 4ML9A 2R91A 5DLCA 4N9EA 3UWUA 4GC4A 5FEPA 1J4EA 1F05A 1G7VA 1HL2A 2YXGA 5D37A 4YCPA 4MUZA 1JRBA 3FLUA 3TQ0A 4DPPA 3W7NA 3QJAA 5DXYA 1XUUA 2C18A 2Z6JA 5K9CA 3I65A 4HPJA 1I45A 3UWWA 3LCLA 2P1FA 4X22A 1MZHA 1YYAA 2QJHA 5E93A 3I68A 5D09A 3CQ0A 2ZA1A 1I2PA 1O94A 3RLUA 3W2NA 3W85A 1A53A 2QCGA 3LXBA 4JXCA 1ML1A 2YFOA 2DP3A 2A1YA 5AFDA 1LRNA 4OQVA 3A5FA 3NPXA 1OFEA 1H51A 3RLVA 4LNYA 5DBTA 3TA6A 4JYDA 4O11A 5IM51 1KV5A 5CPOA 2J9XA 1OK6A 3I7SA 1PCWA 4CQ9A 2YX0A 1K8ZA 1SW0A 3UD6A 4N2YA 4HSNA 3W7CA 2Q8ZA 5CPNA 2XN2A 4QITA 4LWWA 5AHEA 3PG9A 4NJKA 4X3ZA 3FYPA 5AYYA 3LCGA 5TIMA 5C5YA 3DFPA 4D2JA 2NXGA 2VXNA 1ZHAA 2H8ZA 4OGZA 4O57A 2DZSA 2OMAA 3W1XA 3L0NA 3MHGA 3HGOA 1H7NA 4BK9A 2QCDB 2QCFA 2A21A 1XCFA 2H3BA 3IEBA 5C6MA 5LGXA 3UPBA 3RNDA 2GVLA 3TH6A 1RQEA 1VLIA 1FWTA 3F1QA 4K8EA 3DU0A 2QAFA 2NUXA 1TTIA 1D3GA 1IXNA 2FQIA 3OHIA 4NXKA 3HGSA 1EWDA 3LCIA 5DY2A 4UTWC 2OX1A 4JN6A 4ADTA 1Z44A 1VS1A 4O28A 1QWGA 4JICA 5T26A 3SGUA 3LRLA 1W8SA 5FEZA 3NR0A 1P0KA 4S2BA 5AC6A 1GJPA 4HNNA 5CPLA 2HS6A 5AOUA 2XN0A 2HTMA 3MHUA 2J6XA 3MI2A 2RKXA 3O8AA 3W74A 4MLJA 1FBAA 1ZAIA 2WQPA 5D30A 2QCLA 2Y85A 1G7UA 4FXRA 1LRQA 3ZR4A 1SZFA 5EMUA 4A22A 3M0ZA 3PSWA 5BMWA 2Y7GA 3INPA 1F74A 1Z42A 2C13A 3TIMA 2B4GA 4W9TA 5AHNA 2VFHA 1MEIA 4MYXA 2C3ZA 1GPWA 2JKPA 1Z41A 3IIZA 4BR1A 3U6WA 2G96A 2GPTA 4PFMA 2HMCA 3P7YA 3PBWA 2ZZ1A 3C3NA 3EWUA 1WX0A 2YYUA 3ABOA 3W7PA 1KM0A 1QOQA 4JTIA 4CQAA 4OT7A 2WNZA 3N9RA 1QPOA 1O60A 2YW4A 3ATZA 2J24A 5F2IA 1VCVA 4TU1A 3B05A 1AW5A 4ZQMA 2V0TA 1W3IA 3TCEA 4M5PA 4AMAA 1YTKA 2VFEA 4HNUA 1FXQA 4Y90A 4AF0B 4FX8A 4AVFA 4TIMA 1LTDA 4LVFA 1PIIA 4OV9A 1VCGA 1W5QA 1KM6A 4YCOA 3B06A 3W88A 3BARA 1KFKA 2VFIA 1RR2A 4RLIA 3EWBX 3VNDA 2I1OA 4JX5A 3GDLA 2ZZ3A 2X2GA 2RHGA 5J5RA 3O06A 4NJIA 3GDTA 2TRSA 3TXVA 3TXZA 3D0CA 3KAOA 3KXQA 2BZNA 3NQAA 3ZWSA 4FNPA 1V5XA 2EKCA 4K6AA 2V2DA 1C8VA 3IGXA 3LTYA 1QPQA 4K38A 3EKLA 3LV5A 3NQ6A 3PULA 3TSBA 3M41A 1J2WA 2B7PA 3NQEA 1F7BA 3HPSA 4S2CA 1Q3NA 2QJGA 4IQLA 5TQLA 4DXVA 4HSOA 3G0UA 4ORIA 2YR1A 4WD0A 4YLWA 1EPXA 4MY8A 4OHQA 3TNOA 3LBMA 2CLIA 4QJ1A 1QO2A 3CU2A 3E96A 2E6YA 3O15A 1B3OA 5KINA 5EPDA 3H53A 5EBUA 3W7MA 3GAYA 3P82A 5AHLA 3TX9A 1G67A 3NAVA 4YWIA 5EKYA 3L0KA 2CLOA 3O07A 4R34A 2E1DA 2PRHA 5CZSA 4QAIA 2J9YA 5DCBA 1G4SA 1YTDA 2YYTA 2ISWA 3TC7A 1QNVA 5F2LA 4O1AA 4DO4A 4AB4A 4K7VA 3GYEA 3NL2A 5EY5A 3STCA 2ZBTA 1YDNA 1ICQA 4WY0A 2ABBA 1YTEA 3THAA 1OK4A 1YXYA 1AW1A 5LHEA 5H2ZA 2A6NA 3DAQA 3EWYA 4PCFA 4H6KA 4LS0A 1MXSA 1VPXA 4O54A 2HSAA 3G8EA 5D33A 3W70A 4PA8A 1O95A 3EX3A 1MO0A 4O0ZA 4UNKA 3H54A 1H62A 1BTMA 3EKZA 1R2SA 1IF2A 3NEVA 5GVJA 3MWAA 4BF9A 2XN1A 3O6DA 3HOJA 4JX6A 1EIXA 2NUWA 2E6FA 3A24A 4JTFA 5K2ZA 3T7VA 1HO1A 3LCFA 5CG7A 1RPXA 1KM4A 2V82A 1LBFA 3RU6A 2BSLA 1C9DA 4UNLA 2CU0A 1XXXA 4PC8A 1H5YA 3QH2A 4HNTA 4ONVA 1JUEA 4O17A 3B0VC 3MP4A 2NZLA 3SW6A 3NM1A 2QDGA 4UR8A 1L9WA 2ALDA 1TV5A 3QSRA 2EAWA 2W79A 1ZENA 4WXZA 1W5NA 3T55A 4X9SA 5DXXA 5AC7A 3W7GA 3G1AA 4RR4A 3MI6A 2I14A 3B0UX 2YPIA 3SI9A 1NAL1 1NVMA 3UXAA 1T96A 4JGDA 1PHQA 1KFJA 5G4WA 1H1YA 3S5ZA 3UY7A 5I3GA 3WK3A 1OVDA 4O8RA 2B0MA 3CPRA 1CW2A 3DGRA 3SGZA 2CLLA 2GQAA 2ZZ6A 3CEUA 2CLFA 2WSYA 3LCXA 3EWZA 3W22A 3LHUA 1GZGA 3NQDA 2NX9A 3P8IA 4HT3A 4JTJA 1L2UA 1QO5A 1KV8A 2GUUA 4Q33A 2NXIA 3VFLA 4N6FA 5EA9A 2VFFA 4A2SA 2OZ0A 4Y9AA 3ABSA 2A5HA 3C2RA 2NUYA 3HPXA 1F73A 4PTNA 3C4UA 1VCFA 3R2GA 3YPIA 3LI1A 3A23A 3MUXA 1H50A 4N9BA 2YW3A 2F7FA 3HBLA 5HWMA 1Q6QA 4LV9A 4DF2A 3IGUA 3IV3A 1LOQA 3NVTA 5D2XA 3ABQA 1AMKA 4LRSA 3TW6A 3LHZA 3WJSA 1I2OA 1GYNA 2Z6IA 2JKAA 2QCNA 3MO7A 4UUIA 3PUEA 4WZHA 4IMGA 2VOMA 5AHFA 2NWRA 3TV8A 4MJMA 3N3MA 1ME7A 3S8HA 3PWAA 1PE1A 1OFAA 3W23A 3LXAA 4UC5A 3TC6A 4MZ8A 4UFLA 3BW2A 3KRSA 5F4SA 1GOXA 3PM6A 2P0OA 3KHJA 1SFJA 1I8JA 3FOKA 3BG5A 5D32A 4NT0A 3NPUA 2WOQA 3ANYA 5FEWA 2V9DA 4UCGA 5TBOA 2QUUA 3OVPA 1O5KA 5HQEA 3FEMA 3BW3A 4FNTA 2Z2UA 3O05A 5LNUA 1HFBA 3W7EA 4FX6M 4UMBA 4AHQA 3C0JA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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5IM51

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