5IM5 | Genus

Total Genus 72

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	72
sequence length	208
structure length	208
Chain Sequence	STINNQLKALKVIPVIAIDNAEDIIPLGKVLAENGLPAAEITFRSSAAVKAIMLLRSAQPEMLIGAGTILNGVQALAAKEAGATFVVSPGFNPNTVRACQIIGIDIVPGVNNPSTVEAALEMGLTTLKFFPAEASGGISMVKSLVGPYGDIRLMPTGGITPSNIDNYLAIPQVLACGGTWMVDKKLVTNGEWDEIARLTREIVEQVNP

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Protein binding
source organism	Methanocaldococcus jannaschii (strain atcc 43067 / dsm 2661 / jal-1 / jcm 10045
publication title	Accurate design of megadalton-scale two-component icosahedral protein complexes. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Designed Riboflavin synthase
total genus	72
structure length	208
sequence length	208
chains with identical sequence	2, 3, 4, L, N, P, R, T, U, V, W, X, Y, Z
ec nomenclature
pdb deposition date	2016-03-05

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
1	PF01081	Aldolase	KDPG and KHG aldolase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	5im5100

3VNDA 5KZDA 1VHNA 1SZEA 3P67A 1JCXA 4IMEA 3PC0A 4AF0A 4AXKA 1SZFA 3IIPA 4PA8A 1OK6A 3W1QA 2DZWA 3NQEA 1TPEA 4I7VA 4HIBA 3TW6A 1LBFA 3PB0A 3N9RA 4LRSA 4RJEA 3EX3A 1F74A 1LYXA 3LRLA 2ZTJA 1RZMA 3W2NA 5H91A 7TIMA 2YFNA 4S2BA 4UNLA 1KTNA 1N7KA 2Q8ZA 1MEIA 4UFIA 4W9TA 1F05A 2ZQ0A 3EWYA 4CLMA 3HB9A 1ONRA 1UCWA 3W7HA 1TQXA 3LI1A 1GVSA 4QAIA 3ABQA 1W1ZA 3BARA 3O05A 3S5NA 3MMTA 1LCOA 1H1YA 3T4CA 3L0GA 5KITA 4ZQRA 5C55A 4JTIA 2WQPA 1WX0A 1LOQA 4R53A 3OVQA 5DY2A 2C3ZA 1JRCA 1FXPA 4EF8A 2YZRA 3TC7A 1Q45A 4IOTA 4K6AA 4IUOA 1TMHA 2ZA3A 5FF3A 3IRDA 1K8XA 1Z42A 3UZ5A 4UTHA 2WSRA 1SR9A 2QDGA 4K8HA 4ZZ9A 3TXVA 5ABTA 3K30A 1EEPA 4JXCA 3NEVA 4AVFA 2E77A 2OCZA 1QPRA 4AF0B 4WY0A 1RQBA 1VLIA 1O95A 2TPSA 4O57A 3C4UA 2GQ9A 1VCFA 1OFBA 2ZYFA 4ZMGA 2FIQA 4K38A 3ATZA 1O4UA 1P0KA 1JCNA 4RX0A 3RMJA 1GJPA 3NGJA 3PVFA 2OX1A 3TAKA 3W75A 2YSWA 4JDYA 1ICSA 3R89A 1W3IA 1L9WA 2BLEA 1AK5A 3VI2A 1OFRA 2H3BA 3W85A 1XI3A 4H3DA 3PBVA 2R8WA 4IMGA 3G3DA 2YX0A 4TU1A 4S2CA 3QMSA 5KZMA 4FNUA 2Z6IA 2Y85A 4ZQOA 3W7PA 4YCPA 4DBDA 4M5PA 4XBSA 4O1AA 1SQ7A 5DCDA 1TREA 3G3MA 4LU0A 1UASA 3WJZA 1F76A 1KM1A 4ORMA 1XBYA 3W7OA 2H90A 3WFAA 4CCCA 1ZY9A 5LNVA 4A3UA 3NO5A 1KBJA 3TMLA 3E96A 2PE4A 3KOFA 4O1DA 1QO5A 3BG3A 1TPB1 1DL3A 4LWWA 1LM1A 4X3ZA 4OV4A 2ZTKA 2QR6A 4FNSA 4QSHA 4DBEA 3GKAA 5G4EA 2ISVA 3M47A 1FX6A 4OBTA 2O7QA 5D2WA 3G0SA 2ZZ1A 1FWTA 1M6JA 3NPWA 1D3HA 3C3NA 3LXAA 5D2TA 4NU7A 3S9YA 1X1ZA 4FIRA 3W07A 3BLIA 5KSWA 3EX2A 2A2IA 3DFOA 4Y90A 1UB3A 5K3VA 2V5BA 2G97A 1HO4A 1KM0A 1IIHA 1TRDA 4BI6A 3A21A 3C0JA 2FLIA 4AMAA 4MJZA 3TSBA 4E2DA 4JYDA 4ICNA 3PUDA 4BWLA 1M7PA 3TK7A 3W74A 1HL2A 1NFBA 1KFBA 4JDBA 3W7JA 1FY6A 3PUOA 3IIOA 3I7RA 5AB3A 3VCRA 1LDCA 1XFBA 2ZZ2A 3L0KA 4OU1A 4NX5A 5F2MA 2CLFA 1EB3A 3KVLA 4O1CA 3P80A 4UTWA 4QISA 2QF7A 1TV8A 4NNAA 5AHLA 4JTUA 2CLKA 2BZNA 5AFDA 1XBXA 3QPZA 4HNNA 2CLMA 3KRZA 1TYGA 3LHZA 2NV2A 3V75A 3A5FA 3TKFA 1TPFA 2FTPA 1VQTA 3CWOX 4LS0A 3DKLA 5LGZA 4M19A 3BW3A 2WNNA 3S1VA 5HQEA 2JKPA 3W1UA 2ALDA 1TPWA 3STCA 3LCWA 1MEWA 1WBJA 1IXPA 1WBHA 3LX9A 3VE7A 4Z1AA 2B4GA 2PURA 3G1XA 1EX5A 5CZTA 3ZWTA 1JQXA 2PC4A 1GOXA 3NNTA 5DN1A 3W9ZA 2V30A 2C15A 4LVGA 2QDHA 5KTLA 3FKRA 1NVMA 1XUUA 3BO9A 3TE9A 1KV5A 5EBUA 3PM6A 4ADTA 1Q6QA 1SFJA 3GXTA 3M5XA 4Z0SA 3G1AA 4Y8FA 5HUOA 3N9SA 3CHVA 3MW7A 1VCVA 4TIMA 3V1PA 3L5MA 4BFAA 3HG4A 3TX9A 1LTDA 3RNDA 4AB4A 3BK0A 3N2XA 5F4XA 2X30A 3UNDA 1PS9A 1BWLA 1QCWA 3W7DA 1GVRA 1XL9A 1LORA 4DO6A 1PCKA 4PTNA 5BOOA 1JCJA 4BI7A 4IMCA 4L4LA 1W5PA 1XBZA 2GVLA 4IPIA 1J4EA 4OE7A 5BMWA 2FPYA 4Y6GA 4WXYA 4UXDA 3LB0A 2QAFA 1X6UA 2YPIA 4ZVJA 4N9DA 3RF9A 1Q3NA 3QJAA 3KRSA 1PVNA 1KM2A 2PCQA 4FHAA 2CZFA 2CW6A 4HNVA 1VPXA 4K7YA 2XN0A 1UJPA 3W7EA 3MBDA 1OFQA 3UWVA 2ZZ4A 2F84A 3LCHA 1T0OA 3DHDA 3W2KA 4LS1A 1KM6A 5F2GA 5FEXA 1OFAA 3OEXA 4UMAA 4XZ9A 2GJNA 2DZVA 4IGHA 1GEQA 5HWJA 1G4EA 4BWLC 3LRMA 4LVDA 4LUJA 4MJMA 3STEA 2BSLA 5HNRA 3L67A 4HPJA 1I45A 3T44A 3S1WA 5C5YA 1W5NA 4IX2A 3CQ0A 3M41A 1O5KA 4N4PA 1HUVA 1I2NA 1QOQA 4PH6A 4JIPA 1WA3A 4NJKA 1GTHA 4MFEA 3TROA 3IGXA 4EF9A 3G1VA 1YPIA 4UTWC 4ALDA 6TIMA 2ZZ6A 3TUUA 1OYBA 1SSDA 2P0OA 2C18A 4JTEA 3WK1A 3NL5A 5LNWA 1TTIA 2ZRUA 3HJZA 5G2IA 4NZJA 3S5YA 2G95A 3UYCA 2E6AA 3QW4B 1WXJA 3LERA 3PBYA 3GDTA 1GTEA 2VFEA 1QFEA 2FB3A 3NQ2A 1K7XA 4E2BA 2HMCA 1OFDA 3A24A 2WSYA 5SWUA 3GIYA 1EUAA 3NA8A 3P82A 1OX6A 3HF3A 1N55A 4K7VA 2C14A 2X1RA 1SZGA 3L65A 4O13A 1A5SA 1H63A 1S5VA 4N9CA 3D0CA 5FEZA 3C2OA 5G1YA 1TCDA 3LBMA 5G4WA 2DZTA 3WJYA 3KX6A 1H62A 1MSSA 4CCEA 3OG3A 5D2XA 4WX2A 2QJIA 1A50A 4O0ZA 3SGUA 1V5XA 2PRHA 5HUPA 3B8DA 4O4VA 4RLIA 3DFSA 2QCNA 3B06A 1F2JA 1K7FA 1KFEA 3W70A 2WNZA 1FCVA 4O16A 3IVSA 3TMQA 1D9EA 5J5RA 1GYLA 5FEPA 1TSIA 4QNEA 4MVAA 4WJEA 3S8HA 2CZ5A 4JD4A 1KTBA 1YDNA 2Z1BA 3GXPA 1W54A 1OFEA 3DFNA 5IBXA 3SZ8A 3LTSA 5LNUA 1JQVA 4NXSA 3M6YA 3NZRA 2B7PA 1PV8A 4JYEA 2D73A 3BW4A 3WJWA 1RPXA 1DQXA 4H6KA 2A7PA 1NAL1 3GDRA 4JY8A 2X16A 4X9SA 1B4EA 1YADA 2ZRYA 4JX6A 5AHNA 3Q2DA 2Z0IA 1GWJA 5HR6A 3TSDA 2H3DA 2YXGA 3TR2A 1SFLA 3LTPA 2YCEA 2GUUA 3LLFA 4BK9A 4XTIA 1C29A 2V5LA 2KZHA 1W37A 4MY9A 4DF0A 1J5TA 1Z44A 1TPH1 4A2RA 1OYAA 1QO2A 3CEUA 4NJGA 3CWNA 3TQ0A 4CCDA 1Y0EA 3CIWA 3I6RA 1ZAIA 3MI6A 4S1FA 4HNUA 4DPQA 2YW3A 4Z1BA 1CX9A 4D2JA 1W5QA 2GPTA 3N3MA 1ZAHA 1KFLA 1X7FA 3CTLA 2NX9A 3IIVA 4R7JA 4UC5A 1GVQA 4O8RA 1EWDA 4WOZA 5DXXA 3WK3A 4ZQMA 4FIQA 5AHFA 4M6PA 1YXYA 3C2FA 4O10A 3N19B 3U6WA 1KV8A 4Z1DA 4OHQA 2TRSA 1H7OA 5LNRA 1W3NA 3CEPA 3IIXA 3MWAA 2OT1A 3BGGA 4HKPA 3SECA 3HBLA 3NZ1A 4GFSA 3P60A 1SPQA 5AN7A 4N02A 4O53A 1G4TA 1JUBA 1EWEA 1VH7A 1PIIA 2XN1A 4E0CA 1VC4A 1IF2A 3NOEA 3HG3A 3UWYA 3EXTA 2ZCGA 5C6MA 1G4SA 3INPA 2CZEA 2V0TA 3QEZA 2DZXA 3DKJA 1QOPA 3OVRA 1BEUA 4A22A 5AHEA 5G1TA 3MUXA 5G2WA 3KVMA 3M5YA 2EF9A 4PL1A 2RHGA 4PEKA 3HGJA 1PCWA 3BW2A 4BF9A 4EIVA 3P7YA 3G8EA 4XKYA 4YXGA 2VENA 3W7CA 1EP3A 1KBIA 3LGEA 3GR7A 3WK0A 5H2ZA 4WD0A 1JR1A 5DLCA 1O60A 4KKXA 3PSVA 5CPMA 3DFTA 1XKYA 2E09A 2GQAA 4X2RA 3O63A 1LBMA 1TJPA 4RCXA 4QQ3A 4LY8A 1YPFA 1B9BA 5FF7A 1PL9A 3EB2A 4GJ1A 4IXXA 2I1OA 2ISSA 2ZZ5A 1DQWA 5BMXA 2YDAA 3PF3A 1KFCA 4LVBA 5CZSA 4IPJA 5CGQA 4JTFA 1JCYA 3FEMA 3OHIA 3SGZA 1F6PA 1UUMA 4TO8A 4OT7A 2OJPA 3FJLA 2YYUA 3LDVA 3SFKA 1H7NA 5EMUA 1TTQA 3GKFA 3I65A 2TMDA 4TMBA 5IBXC 3C2EA 3MI3A 3W73A 1WQ5A 4O28A 5DCEA 3IGSA 4CQAA 5HMSA 1ML1A 1KM4A 3W7MA 1AW5A 1Z41A 2WV8A 5TIMA 2NXGA 2YGYA 3QSTA 2C6QA 4LC8A 3UXAA 5FF4A 5LHFA 3NM3A 2Y70A 4DEFA 4HHPA 3CPRA 2H8ZA 2E5CA 3R2GA 2E1DA 1I2RA 5LNSA 3DH7A 3FYPA 3DGRA 2QJGA 2Y7FA 2X2GA 5F4SA 5AC8A 1S5TA 1W3TA 3NL6A 3ZFHA 3W7KA 3EWUA 4NJJA 5CSSA 4JX5A 3NQ8A 1W0MA 1JCMP 2B7OA 1PHWA 2A7RA 5D04C 4AWUA 3ANYA 4ORIA 2GVGA 1DKWA 2C0AA 3HQ1A 4AHOA 5F1VA 3GNDA 3GYEA 1I4NA 1J2WA 1VLWA 1LOLA 3THAA 3DENA 1CW2A 1RQEA 3USBA 3LBCA 1YXCA 1XDLA 3ABOA 1LLWA 1SZNA 3F4NA 4WY0B 3QMRA 3FA5A 1IGSA 4MFDA 2WSQA 4Z08A 3E0IA 1NF7A 3OA3A 4PFMA 1G4PA 4FNRA 3MHFA 4O12A 3W7LA 3N73A 4GE8A 4R33A 1SO5A 4QM1A 5AHIA 1JUKA 3KRUA 1ADOA 3LCFA 1I2PA 4JIQA 2VFHA 2Y61A 4NT0A 1KFKA 2C13A 3GZ3A 1BWKA 4RKAA 1VRDA 3GR8A 2C1HA 2NXHA 2RH9A 5J5DA 3G1SA 1DHPA 4U4MA 1ME8A 3VKJA 1V7YA 2QCMA 3CLMA 3B0UX 2A1YA 1QAPA 4Z1CA 4O17A 4HSOA 2NLIA 4XWUA 2FPTA 5K4XA 3NQFA 2AAMA 4NNBA 4N9BA 2ATSA 3M44A 2ATMA 1PE1A 1T8XA 1YXDA 3NQDA 1S3HA 3Q58A 1FCQA 1FDJA 1OHLA 4NZFA 1AG1O 4O19A 2E6YA 5EKYA 4JTHA 5TBOA 5G5IA 3DFPA 5AC6A 1QPNA 3R5EA 1W31A 3RK8A 4O54A 3IV3A 1X8FA 5G2HA 1GQNA 1IIGA 5K9XA 2GJLA 4O11A 3NQVA 2J24A 2AGKA 4K36A 3HMJG 2FDSA 3RLUA 2E6DA 4FEZA 2RDWA 3M43A 2A6LA 2FB2A 1NSJA 5DY3A 3W1AA 4JICA 4K37A 5D03A 2DZUA 3FOKA 1WDWA 3L66A 4AWTA 1MZHA 1SW0A 3LHVA 4B5NA 2P1FA 3E12A 3TV8A 2QUTA 2CLIA 4GUIA 5LKYA 2A85A 1ZHAA 2FJKA 4MZ1A 3NPVA 5EY5A 2QCDA 4JY9A 4WXZA 4XBKA 3NQAA 1R46A 3FFSA 1VHCA 2V2CA 3SW6A 5D09A 2JKEA 1RD5A 3HGOA 3LCXA 4RXGA 1HO1A 4LW7A 2VFFA 1GYNA 1VR6A 1QR7A 3TA6A 3UWQA 1SW7A 3KFTA 1TQJA 3NPXA 3UXDA 1LP6A 4UFJA 3S0CA 1TTPA 4LV9A 5LSMA 4KWVA 5DBUA 1Q6LA 5D2VA 3MI2A 3LTYA 2CFFA 3W7NA 3KXQA 3TFCA 3B0VC 5LHEA 2Z2UA 3CU2A 3QYQA 3IIZA 3M7WA 4IQLA 4C1LA 4I7WA 4PCFA 1RR2A 4ADSA 1R30A 1G7UA 4LNYA 2JGQA 4M7TA 1ICQA 3Q94A 1QPQA 2GQ8A 2Y63A 3W1XA 1KTCA 3DAQA 4FO4A 1WYIA 5HULA 5CZJA 3YPIA 3TJXA 1EP1A 3PS7A 3T40A 4OQVA 3P62A 1KM5A 4IX0A 1OYCA 1ZENA 3HO8A 1A53A 2VKZG 5D33A 4CNOA 5K9DA 3UPBA 2B0MA 2WJZA 4U28A 5LZLA 3C61A 3G1FA 2C16A 4OV9A 1SO4A 1H50A 2YFOA 1B57A 2JGYA 2OZ0A 3NAVA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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5IM51

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