3RLV | Genus

Total Genus 86

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	86
sequence length	220
structure length	220
Chain Sequence	VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIFLADNPAAAAAGIIESIKDLLN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase/lyase inhibitor
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title	Conformational changes in orotidine 5'-monophosphate decarboxylase: a structure-based explanation for how the 5'-phosphate group activates the enzyme. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	86
structure length	220
sequence length	220
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-04-20

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3rlvA00

4FF7A 3U6WA 3OVPA 5E1QA 3EX2A 4WD0A 3LXBA 3ABRA 2ZZ1A 4CNOA 4ZQOA 4O13A 5LHFA 2BTMA 2DZVA 3PBUA 4UTJA 3HOJA 1CX9A 3O16A 3SY5A 1XI3A 5LNSA 2E6YA 3LV5A 1ADOA 2QAPA 1JUKA 3M47A 3B05A 1XDLA 1JR1A 1TB3A 4O1BA 1A5CA 2QF7A 2XN2A 1TPC1 2EPHA 2A2IA 2QEZA 4OV9A 1BWKA 1KV5A 1DV7A 3UYCA 3TROA 2YSWA 3NQCA 4K8EA 5C54A 1X1ZA 1VGAA 3MBDA 2I1OA 3W7DA 5BMWA 4FB7A 5KZEA 3FJ6A 5IM51 3GKFA 3PG9A 3ATYA 4TO8A 1YXCA 3DHFA 3Q37A 1SUXA 4DBDA 3MWAA 4R53A 4E38A 4Z1AA 5K9XA 2QUVA 3S5ZA 1RD5A 1IXPA 3GYEA 1XXXA 4E2BA 2PRHA 2C16A 4UNKA 1KM3A 2FPVA 3CC1A 1VLWA 4HSNA 3E9AA 4K36A 1H62A 3QSTA 1RZMA 1TTQA 1R47A 3W83A 4JYFA 3NO5A 4O1AA 5U7SA 3R89A 4IMEA 3B4UA 2R94A 3IIXA 1KFKA 1FUYA 3W70A 4DEFA 1YTEA 4N4PA 4JTSA 5F2LA 1RQEA 1TV7A 3DFSA 3ZFHA 1TSIA 2WOQA 3M5XA 1S5WA 3LCGA 2Z2UA 1N55A 3NQGA 3P74A 5HR6A 1L9WA 3HGRA 4K39A 2DP3A 3BG5A 4FNUA 2J9XA 2JGQA 5EL1A 1H7NA 1XUZA 2ABAA 5J5DA 4JY9A 4O18A 1LP6A 1LRTA 4ORMA 4QAIA 2CZ5A 2CZEA 4HKPA 1MZHA 2TMDA 4C1KA 2YX0A 3HGSA 1ICQA 4PA8A 4BI6A 4IUOA 3VI2A 1OYAA 2HS6A 1OX4A 3KFTA 3W7IA 3EX4A 3TNOA 4NT0A 3KVKA 4ZZ9A 3UPWA 1VLIA 4JTTA 1EP3A 1KM5A 1TJRA 4YLWA 3P7YA 3GIYA 1R2TA 3T55A 4ZQPA 4Y8FA 4X3ZA 4MJMA 1K8YA 3IEBA 4MZ1A 3L67A 3EWUA 4FEZA 3PG8A 4N6FA 2E68A 4FNSA 1DJQA 3G3DA 3B06A 3LBCA 1OYCA 1H1YA 4UTWA 2PE4A 1KTBA 2Y7FA 2G96A 5FEXA 1KA9F 1LBLA 3LM7A 3O07A 3HO8A 3V75A 1B4EA 4OU1A 3C52A 4ICNA 3C4UA 4K37A 1XBYA 2Y70A 3HMJG 4N02A 1OFQA 2E5DA 3M5YA 3PVFA 4IMFA 3LLFA 1VC4A 4H3DA 2ISSA 2ZA1A 3S1UA 2Y63A 1FWRA 5HWNA 2ALDA 3I65A 4MY9A 2ISWA 1WOAA 4UC5A 3OBKA 4G1KA 2CLLA 1ZAHA 5EBUA 5K4XA 3CM4A 2I9EA 1NFBA 1TPDA 3EX6A 3NVTA 5AHMA 4O10A 3EX3A 5I3GA 1FWTA 5D38A 5FESA 3S1WA 3TAOA 3KVJA 3Q58A 4HT3A 3IIOA 4GBUA 1J2WA 4LOCA 2C13A 4X22A 4AWTA 4HSOA 3OHIA 4B5NA 1WQ5A 3W1LA 2NWRA 4JTKA 1H7PA 3PUEA 1ALDA 2Y6ZA 3LHZA 1LCOA 5FEPA 1TPH1 3BG9A 3WJXA 1JRBA 4ML9A 2DJLA 2GVJA 2JK2A 1QO5A 1H7XA 4JIPA 1H60A 5F2IA 2RDUA 1OFAA 4ADUA 5D30A 2ZZ3A 3C2RA 3W6YA 5D32A 5H2ZA 5D05A 4YXGA 2NXIA 1TRDA 1TRIA 3SFKA 3FYPA 1A5BA 3RU6A 3FA5A 3G0XA 4P2VA 5LNWA 3LHWA 4DO4A 3KRZA 1ONRA 1SFLA 2CLIA 5KTLA 1FDJA 4IX0A 3LCIA 2YXGA 4JICA 5DN1A 3JRKA 4NUWA 4BR1A 1P0NA 3A5FA 1IF2A 4HN4A 5AFDA 3G22A 4A29A 3B0PA 3W23A 4UTUA 4NJHA 3SSJA 1W56A 1SZGA 3G18A 4PL2A 2EAWA 3C56A 3LXCA 1FCQA 3G0UA 1H61A 1VCFA 4RX0A 2DORA 1DOSA 3DENA 1BEUA 3MHFA 3QYQA 1KFBA 4O8RA 4UTTC 4JX6A 3CEUA 4O28A 4AWUA 3DH7A 5LGXA 3L9CA 3NQFA 4PODA 1BWLA 3G1AA 4FX8A 5U4NA 2V5LA 4WQ6A 3DU0A 2QCFA 4O16A 4BK9A 2HSAA 5DY3A 1TPVA 5L6UA 5K4ZA 3GNDA 3GLCA 1TPB1 5BRBA 2X1RA 3L68A 1F05A 4Y9AA 3SGZA 3UXAA 1HG3A 1X1OA 3DAQA 3O05A 4LW7A 4WUIA 1N7KA 1TIMA 3GXPA 4IX2A 5CPNA 4JTGA 1OK4A 1ME9A 3QC3A 2QCDB 4JR5A 2Z1BA 4FIRA 4NNAA 2A6NA 5F1UA 1XL9A 4I7VA 3HGJA 5AHLA 4GJ1A 1WX0A 4O57A 3HPSA 1K8XA 1MEWA 4ORIA 4DF1A 1R2RA 1G6CA 3LRKA 4OV4A 4JYEA 2QAFA 1LROA 1NAL1 1LRNA 4O19A 3PS7A 4QNEA 3UZ5A 8TIMA 5CZ0A 4LS0A 1ZY9A 5G5IA 3NEVA 4AHQA 3KHJA 4CLMA 3CU2A 4JTHA 2PRLA 4PEKA 1VCVA 5HINA 1P0KA 3G1DA 3NQ7A 4XBSA 2XN1A 2OT0A 3VE7A 3WK0A 4Z0JA 1W31A 1ZAIA 1W5QA 1QPNA 2X1TA 4YWIA 2G95A 1K03A 1DVJA 2VEMA 2C18A 3YPIA 1OABA 4O15A 2WNNA 2A85A 4QQ3A 2FPYA 2ZRVA 3WK2A 2VFHA 5CPLA 2V0TA 3H55A 1I8JA 1FWWA 2QDHA 2A7NA 1OFDA 2WNQA 4O4WA 1X6UA 5DCEA 1S5VA 2OMAA 4ZVJA 4C1LA 1C8VA 2CWNA 4XWUA 1W5OA 3TMQA 4HPJA 3I68A 3K30A 1QO2A 3KRSA 2E1DA 3CLMA 3MYOA 1EWDA 2HTMA 4N9BA 2BX7A 3STGA 2NV1A 3W7LA 2A0NA 4OWGA 4K8HA 1QOPA 4IJBA 2A5HA 1TPUA 2PC4A 1NVMA 1SR9A 4U28A 2P10A 2ATSA 2QCEA 3TXZA 3LCXA 3HG4A 3L0KA 4BWLC 7TIMA 4FNTA 3B04A 2JBMA 1I2NA 2V82A 3NAVA 2B4GA 2UV8G 3O06A 1LDCA 4RZ6A 4CCCA 4M6PA 1XM3A 3RF9A 2DZPA 1UBSA 2E6AA 3N2MA 3KVLA 1H50A 1W8SA 4GUFA 3CWOX 4O50A 3BO9A 3N9SA 1H63A 3UWYA 1GG1A 1OJXA 2J9YA 4OQVA 1ZFJA 1YDVA 2GJLA 1D9EA 1H7WA 4K38A 4WOQA 2QCCA 1AK5A 4UTHA 2YYTA 1FCBA 4RK8A 2E5BA 3TJLA 3DI1A 4JIQA 3W7KA 3I7SA 1U83A 1K7XA 3CTLA 2J27A 2NX9A 3MW7A 4ZMGA 3G0SA 2CLHA 3W1TA 2NXGA 1YDOA 1L6WA 4HIBA 1WXJA 4O54A 4UFMA 3WJZA 4NVTA 3E02A 3IRDA 1EA0A 4AB4A 3N9RA 4LRSA 2YW4A 1JRCA 5LNUA 1QNVA 1VZWA 2J9ZA 2QR6A 3C2FA 1C29A 1W5MA 3C2OA 4QNWA 1TPWA 5AHFA 1YDNA 3N14A 1G67A 2DZXA 2XN0A 2ZZ7A 5BMXA 3LHUA 2CLEA 3FOKA 1ME8A 4NX5A 4FIQA 3UZJA 1FCVA 2Y85A 2NUYA 4Z1CA 2B7NA 3F4WA 2Z6IA 4LVGA 4IMGA 1ZAJA 3UWZA 4MFDA 1KLYA 4PFMA 1I4NA 4AHPA 1RV8A 1L6YA 3W2LA 1H51A 4M7TA 3M6YA 1FDZA 3N3MA 4IOTA 2Q8LA 4OBTA 3R5EA 5CSRA 3OVRA 1XKYA 5H91A 2C14A 1KTCA 5K2ZA 2E5CA 3TAKA 3NOEA 2YZRA 3DXIA 2TYSA 3ZR4A 2Q3OA 2BWGA 2ABBA 2GPTA 2YGYA 1Z48A 1DQXA 4IMCA 2A7PA 3I7QA 1JCNA 3HJZA 3LI0A 4CQAA 2JKPA 4I9AA 3S5OA 4Z0SA 3O6YX 3MO7A 2KZHA 2X2GA 4MLRA 3TIMA 2X30A 1N8FA 3UY7A 2YCEA 3GAKA 4UTMA 4GE8A 1TQJA 3FLUA 5D2TA 3RK8A 3LERA 3PBVA 4LY8A 3HB9A 1XBXA 1WBHA 1YTKA 5DBTA 1QPOA 1CI1A 1Q45A 4DBEA 4JDYA 3TMLA 3T40A 4MZ8A 4YMZA 2W0UA 1TREA 4AMAA 4P61A 4WY0B 3ELFA 2YYUA 5TIMA 5AC8A 1Z42A 3CWNA 2Q3RA 3W7CA 4LRTA 4Y90A 1EP2A 4XKYB 2QCGA 1KLZA 5DCBA 1JQVA 2JKEA 3BW2A 3QEZA 2B7QA 2BXVA 4LWWA 3UD6A 1IGSA 1YLVA 5DELA 2VFDA 5DBUA 2B0MA 3L0NA 4GFSA 4DQWA 1PCKA 4CQ9A 1KFLA 3N73A 4YCOA 3THAA 4TMBA 2FDSA 2EGZA 5KZDA 4XBKA 5A8GA 3IGUA 2GVGA 4MVAA 4N9CA 3H54A 1LOLA 1M6JA 3M9YA 1OFOA 1UJPA 4UUIA 3TQKA 1K7FA 5D37A 4N4QA 1LORA 5EMUA 4TU1A 1FY6A 1PL9A 2FB3A 2PURA 1GYNA 4W9TA 2R8WA 2H8XA 3LHTA 4POCA 1RQBA 3WJSA 4JD4A 3NA8A 4I7WA 1SZEA 3DKLA 5FF7A 4DELA 2J24A 2DZUA 4UMAA 5F2MA 1TCDA 3NL6A 1LRQA 2NV2A 3EKZA 4ZL1A 4LV4A 1F76A 5AHEA 5TQLA 1UUMA 3ZWSA 4RJEA 4Z1BA 1OX6A 1RR2A 3W07A 1W3IA 1W54A 3VE9A 1B3OA 2X16A 3W7QA 3B8DA 4FXSA 4BWLA 1TMHA 1U5JA 5AYYA 1FWNA 3MHGA 4QJ1A 1W1ZA 1ICPA 3CQ0A 3PY2A 4NX0A 3L65A 3NNTA 2VEKA 1G4TA 5BW6A 3QSRA 4WOZA 3G24A 1ZHAA 3M16A 2DZWA 4XTIA 3W7GA 4HNTA 2ZYFA 3PSVA 4NNBA 1KBJA 3GK0A 3CEPA 1OVDA 3TC7A 5G4EA 3W1PA 2CFFA 3M5ZA 5G4WA 1SO3A 1DHPA 3FKRA 1ZENA 2A4AA 3W7OA 3SR7A 1LBMA 3TJXA 3DBPA 1SW7A 4JS3A 1FXQA 1SU5A 4DF2A 2GVLA 1ZCOA 2YR1A 3MI6A 1PHWA 3TKFA 5T26A 1JCMP 4MUZA 4E0CA 3V1PA 4O17A 3IGSA 4IXXA 1OK6A 3E0IA 3DHDA 1OFPA 5HUOA 2E09A 3VFLA 3W7HA 2EHHA 3UY8A 4A22A 3ZS4A 3C8FA 1B57A 3DFNA 2NX1A 3G8EA 2C0AA 3NYZA 3PC0A 4JTFA 3W2KA 2V81A 4HPXA 4LS1A 1GWJA 3NQMA 3UWWA 2XFWA 5LSMA 1TPEA 1WOBA 4MLJA 2ZZ6A 4M7SA 1JUEA 1QPRA 3LBMA 3WJWA 3NDOA 2QCMA 1VH7A 3QF0A 3LHVA 3S42A 3MHUA 3QW3A 5CPMA 4R34A 4DPQA 4CCEA 2C6QA 2H6RA 1ZNNA 2ZRYA 1DL3A 1TQXA 1RVGA 4LC8A 4PCFA 2F7FA 4QITA 2GQAA 3ABSA 3PSWA 3W1AA 4LV9A 1IXQA 3FKKA 3WK1A 3Q94A 3MI3A 1SO4A 1WDWA 5A5WA 3P67A 5AHIA 3GVGA 2QUUA 3NQVA 5FF0A 4ONVA 4JX4A 3AO0A 1ICSA 2C1HA 1IIHA 3PULA 2VFGA 2BSLA 4IWWA 3W85A 1I45A 4NU7A 5K7JA 3B03A 2WO5A 2QCLA 1SW3A 3T44A 2E77A 1O5XA 3A23A 3HGOA 5E93A 2H3BA 3BLFA 1LTDA 1E51A 4EIVA 3EX1A 5KSWA 1OF8A 3UWVA 2P0OA 2E6DA 3MBFA 2OCZA 1VQTA 3GB6A 4FNPA 2ZA3A 3NPVA 2I14A 1MEHA 3BW4A 2GQ9A 3QM3A 4MJZA 1B4KA 5LZLA 2ZBTA 1LLZA 1DBTA 1WA3A 2NUXA 1VHNA 3IV3A 4O53A 4WJEA 1KTNA 2VFEA 4WY0A 2ZQ0A 1JVNA 3EKLA 3SGUA 1Z44A 3KXQA 1SPQA 1VJIA 4XKYA 3GAYA 5I3FA 1ML1A 2QUTA 3SZ8A 3PUOA 1Q6LA 3KVMA 1T8XA 1VPXA 5ABTA 1IIGA 3RNDA 3IIVA 3BGGA 4EOUA 3W7NA 4PC8A 1GPWA 3W3OA 4MKNA 5D09A 1KM0A 2OT1A 3HBLA 3BW3A 2Y62A 2VXNA 5D02A 1QMLA 5K3VA 4NXSA 4S2BA 2VOMA 1H5YA 3TC6A 3BPWA 3M7WA 3T78A 4Y96A 1JJKA 5LNVA 3I7RA 3W7RA 3G1SA 1SW0A 5HNRA 1A5AA 2WNZA 5LHEA 5FI8A 1PE1A 5AHNA 3W1XA 1OFBA 3W7JA 4OHQA 1QR7A 3P81A 2X1UA 3EB2A 4Z08A 1XFBA 3LCLA 1LOQA 5C55A 5KZMA 3HG2A 5F4SA 3NPWA 3KX6A 3U2OA 3P60A 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1W5PA 3T4CA 2AGKA 2QCNA 3PAJA 1FCUA 3E49A 2J6XA 1H7RA 1QFEA 2H90A 4O1DA 1W3TA 4M6VA 4XZ9A 2ISVA 5E0KA 5EA9A 1GT8A 3LTSA 5K9CA 2B7OA 3S5YA 2QJGA 5HMSA 5HULA 3H53A 2ZZ2A 3MMTA 3TR2A 2X1SA 4RZ4A 6TIMA 1T99A 5EYWA 5LKYA 1GVRA 4KFOA 3KAOA 5D2WA 1MEIA 1W37A 3THQA 3FJLA 5CPOA 3HQ1A 4RZ5A 4N9DA 3NZ1A 1D3GA 3STEA 1EB3A 2VC6A 1YPFA 4UTTA 3ATZA 3TSBA 2NWSA 3P8IA 3FFSA 4NZFA 1HFBA 1NEYA 2QDGA 1T96A 1OX5A 3NQDA 4O52A 3TA6A 4Q32A 3LV6A 4I7UA 1EIXA 1V5XA 3MI2A 3PB0A 3TH6A 1W3NA 3HIJA 3W1UA 1G7VA 2V2CA 1PCWA 2Z0IA 2CU0A 4Y6GA 1FX6A 3SW6A 3R2GA 4OGZA 4NJGA 4M6QA 2VFFA 1ME7A 1WYIA 4EVZA 1J4EA 3LGEA 3DFOA 3MP4A 1P4CA 5HWJA 4GNJA 3L21A 2RH9A 3NL3A 2QCDA 1SSDA 4RKAA 3GDTA 3A5VA 3TFXA 4DF0A 3TFCA 1KM2A 2C3ZA 3HF3A 2BZNA 3QQ1A 4AH7A 2ZDRA 1XC4A 1SQ7A 1MSSA 2DZTA 4NQ1A 3E96A 3PUDA 2IQTA 3GXTA 3NM1A 3OIXA 3L2IA 1OHLA 3P61A 3G1VA 5G2IA 1JUBA 1XUUA 1PVNA 2NZLA 3LX9A 1M7PA 4UCGA 3R8RA 3IVUA 5LGZA 1LYXA 1OFRA 3INPA 3RMJA 2VELA 4OT7A 3S1XA 2ZA2A 3MP5A 4LVBA 3G3MA 1SO5A 3O1NA 4JDBA 3C0JA 1GVOA 2RDWA 1OFEA 3G8RA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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