1ZJIA

Aquifex aeolicus kdo8ps r106g mutant in complex with 2pga and r5p
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
263
structure length
257
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCGQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
publication title The Catalytic and Conformational Cycle of Aquifex aeolicus KDO8P Synthase: Role of the L7 Loop
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 89
structure length 257
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2005-04-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1zjiA00
4BI6A 3NXFA 3IIVA 4UNLA 1SFJA 3O16A 3THAA 3QSTA 2HS6A 2XN0A 4UFIA 1MXSA 2FPVA 1KM5A 3W88A 5DCEA 4JS3A 1K02A 1B57A 4AF0A 4M19A 4GE8A 3P81A 4UFKA 4XKYA 1JUEA 3VE7A 1GTHA 1YTKA 3HJZA 3MYOA 1LDCA 5EPDA 2CZFA 3PR2A 1LLWA 3EX1A 3SI9A 2E5CA 3HB9A 1A5BA 1ZCOA 5I3JA 4UTJA 3SY5A 4WY0F 2Y88A 3NQ2A 3NQ7A 2H8ZA 3N14A 2V9DA 4O1DA 2C3ZA 2B4GA 3DXIA 3TJXA 4MYXA 1H51A 4JYFA 3TAKA 1LRQA 5C6MA 5LZLA 4CNPA 4ORIA 2QJGA 4UMBA 1K7FA 1QMLA 1JCLA 3W1AA 1EA0A 1WAUA 2Y62A 3MO7A 1N7KA 2QEZA 3PUEA 4JGDA 3G1XA 1AG1O 5D2XA 2GUUA 1TPH1 2R91A 2LLEA 4DPPA 4NX5A 3TH6A 3TCEA 2G96A 2ABAA 3QFEA 2Q8LA 1JRCA 1KM0A 1DORA 4IPJA 5G2HA 2RDTA 2B7OA 3IIOA 5TIMA 5G2IA 2OX1A 3MP4A 3S42A 2E6DA 2E5DA 3EX3A 4IWWA 1X7FA 2WV8A 1F2JA 3G8EA 1OVDA 5D2WA 3N73A 3SGUA 3W7KA 1R2SA 1TTJA 1QCWA 2ZZ1A 3TAOA 4XUGA 2X1UA 3BGGA 3C56A 4UUIA 3STGA 3EXTA 3Q37A 1W8SA 1T8XA 5HWNA 4UFMA 1AW2A 3CPRA 1XM3A 3DKJA 4DF1A 1HUVA 3SW6A 3NPXA 3O63A 1QO2A 1YTEA 4ZQOA 1K8XA 1G4EA 1BEUA 1ZY9A 2A21A 5K4XA 1SSDA 3W1UA 2EGZA 2J6XA 1GYLA 1QFEA 4LV4A 2CZDA 3A9IA 1FCUA 5U7SA 3HF3A 2DZXA 1PE1A 2GPTA 3WK3A 1RV8A 2C1HA 2PRHA 4GUHA 1OF8A 2CLEA 2V0TA 5FF4A 3UXAA 3Q2DA 3DHFA 4IQLA 2CWNA 1SW3A 2H6RA 2VELA 2NWRA 2NXIA 4PEKA 1OFQA 1NFBA 5D32A 1AW5A 7TIMA 4ZMGA 3M9YA 2A6NA 4JN6A 1ME9A 1K03A 4JIPA 1O60A 3F1QA 1YTDA 3NL2A 1OFRA 3H55A 2YCEA 3R8RA 4ZVJA 3KXQA 3WK1A 2TMDA 3TX9A 1G7VA 6ALDA 1VCVA 4X22A 3H53A 2RFGA 4MZ8A 2B7PA 3IIPA 4A2SA 4IMGA 2TPSA 4UR8A 1EP3A 4IGHA 1TTIA 3MP5A 1GEQA 2RDWA 1RQHA 1SU5A 2CZEA 1JJKA 1QOQA 4C1KA 5F1UA 1H50A 3KX6A 3QMRA 2CLHA 4ZQMA 4O15A 2JKPA 4IPIA 3S9YA 3PULA 3QJAA 3HPXA 5AYXA 1KFCA 4P2VA 4E0CA 3OG3A 4A21A 1KA9F 4ADTA 1ADOA 5DCBA 5DY3A 3T7VA 1HO4A 1P0KA 1GT8A 4UMAA 5I3HA 3N2MA 3BLFA 1GVQA 5K9XA 3W7LA 4JTEA 3CEPA 4LVBA 1IF2A 5KTLA 3S5NA 2EPHA 4XTDA 4UR7A 4B5NA 2QJIA 2QCCA 4OWGA 3NQGA 1UB3A 5T26A 2GVGA 3MI3A 3L67A 1EWDA 1TB3A 1A5CA 5CGQA 1G4PA 4E38A 5BMXA 2R8WA 4JTHA 3IVSA 1N55A 3BPWA 3QC3A 4XBSA 4NQ1A 1GVFA 4GNJA 3G1HA 4OT7A 4R7JA 5U4NA 3NG3A 5G2WA 2C6QA 3DU0A 4RZ5A 1OFEA 3G0SA 2YSWA 3W7MA 4LVGA 2P10A 4ML9A 3QW4B 1AL8A 5G1YA 4O4VA 1XDLA 5MHBA 2QAFA 1RD5A 3LTSA 1TV7A 2GVJA 4NXKA 1SW0A 2RDUA 3HMJG 2OMAA 3BW3A 3LHUA 3JS3A 1H62A 4JD4A 5AC7A 1W37A 4NVTA 2J9ZA 2FDSA 2CLFA 3EWBX 3S1WA 1YXYA 4GUGA 1DQXA 1B4KA 3L21A 4N6FA 2OCZA 4HNUA 4P61A 4O19A 1AW1A 1M7OA 2BZNA 4ADUA 1B4EA 1MEWA 4I9AA 5LNRA 4AWTA 4O53A 3WK0A 4AF0B 3USBA 2GJNA 4XKYB 2B0MA 3S5OA 4DQWA 2YYTA 5J5RA 2CLMA 3UD6A 2OJPA 1ZJIA 1BTMA 4XZ9A 1I45A 4FNSA 1C8VA 4LS2A 4YMZA 2BSLA 1WOBA 1X1ZA 2O7SA 4N9CA 2C0AA 1SPQA 4LW7A 3Q94A 3G0UA 3IEBA 3UPBA 3LCIA 3KRSA 2C15A 2YYUA 4MOZA 1XC4A 5AHIA 3LI1A 1FDYA 2QCDA 4GC4A 4QSHA 4N4PA 4A2RA 3ANYA 1YLVA 4HHPA 1LOQA 1H7WA 4N9DA 4M6PA 1THFD 1XCFA 1WV2A 3M5XA 4NU7A 2HMCA 3QM3A 3LLDA 3W86A 3A23A 3BLIA 1YPIA 2NV1A 3UZJA 3G1FA 3LHTA 4GXMA 2OT0A 1LORA 1HO1A 1VCGA 1XFBA 1I2PA 3QZEA 5DY2A 3PS7A 4QITA 3UWWA 3KVKA 4FHAA 3DAQA 2DZUA 2QUTA 2ZZ2A 2J27A 4LU0A 4IUOA 3Q58A 2CLKA 1KM4A 4O50A 2ZRYA 5D02A 4LT9A 3UWUA 1IXPA 4M6VA 2BWGA 2NZLA 4GRSA 3TSDA 1G69A 3NQVA 1EX5A 1YDNA 3WJZA 5LHEA 2YPIA 3LTYA 4GWEA 3B0UX 1OX6A 4BWLC 1QPQA 3W6YA 3HG4A 4FX7A 1GYNA 2E68A 1X8FA 2P0OA 3NM1A 4QAIA 1R2RA 1KTCA 3LXCA 3CM4A 1OFAA 3UYCA 4O1AA 3EX2A 4IXXA 1O5KA 3B0VC 1JUKA 2FPYA 4MZYA 3W76A 2VFDA 3GK0A 1S5TA 2ZZ7A 2E5BA 3PUOA 3B04A 2NXGA 5E1QA 3NOEA 4AMAA 2X1SA 3L0KA 1Q45A 4WX2A 1A5SA 4Y96A 3RLVA 3M5VA 2QF7A 2FPTA 1SZFA 3U6WA 3GVGA 3WFAA 1JUBA 3HPSA 3DFPA 3TFCA 3N3MA 3L68A 3B0PA 1OFBA 1OG0A 2WOQA 1FCVA 1T99A 4EF9A 1LCOA 5CPNA 3F03K 1NEYA 2J24A 4NJHA 1SR9A 3LCLA 1OX4A 5DBUA 1T0OA 2ZRVA 3MHGA 1TPEA 4Q4KA 4QNWA 3NDOA 4WY0A 5C55A 1MZHA 5CZJA 1R46A 1PIIA 4UFHA 4Z0SA 1F76A 4UTHA 3ATZA 3M5YA 5BW6A 1H7PA 3O8AA 3SECA 3EXRA 3FOKA 4UIOA 4Q33A 2UV8G 5KINA 4JX5A 3ABQA 4IMDA 3WJSA 1M6JA 4OQVA 1ZFJA 1TV8A 1NSJA 1X1OA 2YFOA 4JY8A 4M7SA 3TDFA 5D09A 3C6CA 1DQWA 3M1ZA 5IM51 2VEMA 1TPC1 2QCGA 2ZZ6A 4HT3A 4CNOA 1GVOA 1A53A 1VLWA 2QCHA 1KFJA 3PSWA 3C2VA 2A6LA 4CCDA 4JYDA 4Y6GA 3STEA 1H1ZA 3RLUA 4O14A 1O5XA 3CHVA 4OBTA 3C3NA 1DBTA 3NM3A 1J2WA 3NO5A 2PE4A 5AN7A 1PCWA 4PFMA 4MJMA 2E6FA 2A2IA 1IXOA 1TPWA 4FNPA 2DZSA 5IBXA 4N9EA 4LC6A 4WUIA 4K8EA 3CT7A 5C5YA 2C16A 3GR8A 2BTMA 2GQAA 3QMTA 1U5JA 2VKZG 5A5WA 3P62A 2GQ8A 3F4WA 1L9WA 3OIXA 1ZNNA 1NF7A 1SFLA 3T4CA 4PH6A 5CZTA 3CTLA 3R89A 3PY2A 4JTFA 3W7OA 3B4UA 3HG5A 4X2RA 1MSSA 3JRKA 3DZ1A 2CZ5A 3R13A 2NX1A 2VC6A 1XL9A 3PG9A 3S5ZA 2HTMA 2Z0IA 4IMFA 4UTIA 3TA6A 3VNDA 3DGRA 1KBIA 4M6QA 2Q3RA 1WOAA 4K7VA 3LCGA 3ABOA 3CWNA 3GKAA 3W7JA 1UJPA 2NUWA 4DPQA 3OBKA 2VFFA 1X6UA 2FTPA 5L9FA 1H1YA 1GTEA 5D04C 2NUXA 4R33A 2FB3A 2NLIA 4QM1A 1KV8A 3IV3A 3UWZA 3OVPA 2A7PA 5K4ZA 4UTUA 5H2ZA 1I2OA 1DHPA 1VHCA 1Q6OA 3FKRA 3BO9A 3RMJA 3B03A 4IXHA 3W70A 4Z1BA 4UCGA 4MZ1A 2ZRUA 3W7CA 2NWSA 1BWKA 3DBPA 5I3IA 4GUFA 3W1LA 3TUUA 2Y89A 3TJLA 3BG9A 3S6DA 1W5MA 3O6CA 2VFGA 1D3GA 4K8HA 4JNMA 3C2OA 3FKKA 1KW1A 3KVJA 2PCQA 5CSSA 3RNDA 5K7JA 4S2BA 3TNOA 2E09A 2FJKA 3W1NA 1EPXA 5L6UA 3GB6A 2ZRZA 4FNQA 2WQPA 1UBSA 4AVFA 3TIMA 3W1RA 1EP1A 1JQVA 4CNNA 4JTTA 3I65A 2QCDB 5EBUA 3C2FA 4LV9A 4JTLA 3ABSA 5CPOA 3GZ3A 2Z6JA 1YXCA 3P8IA 3O06A 1VC4A 4O8RA 3HGJA 4ADSA 1JCYA 3P74A 3OEXA 1U83A 4O18A 2W79A 4NJIA 2AGKA 2I1OA 3AJXA 4RX0A 1GZGA 1RVGA 3HGOA 3RFAA 5IBXC 2WSQA 1XBXA 3GIYA 4KFPA 3NQEA 3B06A 2ZA3A 1FQ0A 5D33A 1LOLA 4ONVA 2DJLA 4E2DA 3TXVA 3BV4A 4U4MA 3HBLA 3KVLA 4O0KA 4DO5A 1UUOA 2V81A 2YX0A 3GYEA 4GBUA 4MFEA 3NZ1A 4JDBA 1QWGA 1ICSA 1P4CA 3FS2A 5LGXA 2DZTA 2AAMA 1K7XA 3UY8A 4WQ6A 3CC1A 3W73A 3SR7A 3C2EA 1XXXA 2TSYA 3W74A 4JTKA 5LHFA 4OV9A 4ALDA 2V2HA 3W75A 1F6PA 1P1XA 3G1VA 2X30A 1VS1A 3NNTA 1L6WA 5FESA 3BLEA 3L66A 1WX0A 3I7RA 3H54A 1FWWA 1R30A 3GDKA 2OT1A 5D37A 1ME8A 3BW2A 4RK8A 5GVJA 1FX6A 2PC4A 1ICQA 4PTNA 3S1UA 2RKXA 1W31A 3T44A 2I14A 2ZYFA 5CPLA 3RK8A 1TPUA 1P0NA 1ZAHA 2ZZ3A 3SFKA 3W1MA 4MVAA 4A22A 5AYYA 3HGSA 4UC5A 4AWUA 4JEQA 3TXZA 3STFA 3T40A 1KM3A 4WXZA 3OVRA 4DEFA 2ZA2A 3FA5A 4DBDA 1BWLA 3QF0A 2C18A 3C4UA 3SZ8A 4K36A 3KOFA 3MYPA 5EA9A 4FX6M 1FWRA 3MMTA 1I8JA 2QCNA 1H63A 1I4NA 2YZRA 1OX4B 1SO5A 1TRDA 5D30A 3KRZA 1ZAJA 4WY0B 4CQ9A 4YWIA 1DJQA 4CCEA 2VENA 4KWVA 4LC8A 4N02A 4NZJA 1OF6A 3NZRA 5HNRA 2YW3A 5F4WA 1J4EA 2V8ZA 2WNNA 1G67A 2ZTKA 3M0ZA 2O7QA 2RHGA 3I68A 5FF2A 1P5BA 1F05A 1OFOA 3R5EA 3NL5A 3GLCA 3W7NA 4UTKA 3B8DA 3NL3A 4FEZA 3LOTA 5EMUA 3QH2A 1H7RA 5H91A 3S1VA 5KZEA 2H3DA 4R53A 1RZMA 1EP2A 2IQTA 4K7YA 1VZWA 2DZPA 4CCCA 1VGAA 1V5XA 2Y70A 4QIUA 3PAJA 5C2XA 3O15A 4BWLA 4WXYA 2Q8ZA 3BVJA 2QCEA 4FXRA 1PL9A 2GQ9A 3BK0A 3P80A 1W0MA 3UY7A 4A29A 5AHEA 3TK7A 1WBHA 1GOXA 2C19A 3RU6A 2G5WA 3BARA 3NPVA 4AEOA 4ZL1A 1W5PA 1QR7A 4UTMA 3MI6A 1W3TA 1JULA 4QNEA 3UWQA 1EUNA 3MJYA 4KFNA 1EIXA 1TJPA 3VI2A 3C0JA 3FEMA 1HG3A 4TMBA 1O95A 3PWAA 3G1AA 4XBKA 4FIQA 5FEXA 4JX6A 4L4MA 1MO0A 5FI8A 3L65A 5CPMA 3FFSA 1PHWA 3P82A 3G8RA 1YYAA 2ATMA 5FEZA 3ELFA 1VHNA 3LLFA 3I7SA 2QUUA 3P67A 3PUDA 2V5BA 3ZFHA 1TPVA 3NAVA 4LVFA 4C1LA 1F6KA 3TQVA 1EEPA 3JR2A 5TQLA 1R2TA 1J5TA 3LBCA 1A5AA 1BKSA 5BMWA 3UPWA 2B7NA 3O6DA 4CQAA 4HSNA 1TMHA 1FXPA 3L5AA 4NJGA 2CW6A 4LVDA 3G18A 1LZOA 2Z1BA 1R47A 3TC6A 3NQDA 2WSYA 2CLLA 3PBUA 3GKFA 3LXAA 4NUWA 1VH7A 5I3FA 1LM1A 3LCHA 1KFKA 1C29A 3CIWA 6TIMA 2FB2A 2B7QA 3LB0A 3SJ3A 3DI0A 4OE7A 4OGZA 3G1YA 2Y63A 3NQ8A 3THQA 1XKYA 1K8ZA 4XQ6A 4JTGA 3ZR4A 1FXQA 4UFLA 4RXFA 3TMQA 5F2GA 1SZEA 3LX9A 4HNTA 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 3M47 A;  1W3N A;  3BW4 A;  3I7Q A;  3O6Y X;  4POC A;  2W0U A;  3LXB A;  3LRM A;  3UWY A;  5FEP A;  1VPX A;  3N34 A;  4JX4 A;  1RR2 A;  3W7D A;  1LBF A;  2W6R A;  1DJN A;  4EOU A;  3WJX A;  2H3B A;  3DFO A;  3WJW A;  4EWN D;  1DOS A;  1GQN A;  1OFD A;  4M7T A;  4I7W A;  3ABR A;  3LRL A;  3CEU A;  4MYA A;  5EY5 A;  4N4Q A;  5DBT A;  5F4S A;  4X3Z A;  4WOZ A;  1FWT A;  3TFX A;  3LCW A;  4O11 A;  5AHF A;  4NJJ A;  4HN4 A;  4S1F A;  1OHL A;  5G4E A;  4Y8F A;  1QAP A;  1AMK A;  4QJ1 A;  2H90 A;  1QOP A;  1DV7 A;  5AOU A;  4QIS A;  2V82 A;  5AHN A;  1B9B A;  3W85 A;  1TPD A;  3NYZ A;  3PB2 A;  4AAJ A;  1TV5 A;  2Y7D A;  1RQB A;  2DP3 A;  4O28 A;  1KLZ A;  2VFH A;  3IGU A;  2E6A A;  4LVA A;  3RF9 A;  1VR6 A;  1KBJ A;  3KHJ A;  4O16 A;  2WNQ A;  1OYA A;  2Y85 A;  3BG3 A;  3D0C A;  4JDY A;  5D05 A;  3QRH A;  4Z1A A;  1W1Z A;  3U2O A;  3IGX A;  3CQ0 A;  4MJZ A;  4LY8 A;  3IVT A;  2G97 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 3LGG A;  3IIV A;  2PDJ A;  4CN1 A;  1X98 A;  1MRA A;  8XIM A;  3M4H A;  3GM8 A;  4TTU A;  4UFI A;  2OWW A;  1MXS A;  2AMG A;  2FPV A;  1DWI M;  2O55 A;  2Z7G A;  4W5U A;  1OSE A;  3SUU A;  4C6N A;  4XB3 A;  3P81 A;  4UFK A;  4GAB A;  3VE7 A;  3LMY A;  1LLW A;  3EX1 A;  4GD0 A;  3WF3 A;  4BJH A;  2OX4 A;  4R7W A;  1DTU A;  3CBW A;  4IIS A;  2V6A A;  2H8Z A;  3GTN A;  3SQL A;  3GTI A;  3ARQ A;  4O1D A;  3AIU A;  1H51 A;  3R43 A;  5LZL A;  3MAN A;  4S3J A;  2J7H A;  4UMB A;  3OGS A;  3TC3 A;  1EA0 A;  2Y62 A;  2ZX9 A;  1ADS A;  3RRX A;  1TPH 1;  4R9O A;  2LLE A;  2Q8L A;  1JRC A;  5G2H A;  2RDT A;  3S2J A;  2DT1 A;  5G2I A;  3VIP A;  4M81 A;  2WCG A;  1RA0 A;  1IQ8 A;  3S42 A;  3EX3 A;  1T40 A;  1X7F A;  1NFG A;  4WR3 A;  2WV8 A;  3M07 A;  4PUD A;  3VNY A;  1OY0 A;  1P6W A;  3W7K A;  1R2S A;  2G3J A;  4PTM A;  3AS1 A;  3UYI A;  5BXT A;  3ARU A;  4RV3 A;  3TOP A;  1YE4 A;  2BOD X;  1E5J A;  2PDL A;  5E6Z A;  2GGG A;  1UQZ A;  1Q6E A;  1AW2 A;  1GKQ A;  3MUC A;  4CEX C;  2OO0 A;  2CEQ A;  4KEU A; 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