1VCG | Genus

Total Genus 93

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	93
sequence length	324
structure length	311
Chain Sequence	KHLEACLEGEVAYQKTTTGLEGFRLRYQALAGLALSEVDLTTPFLGKTLKAPFLIGAMTERINLALAEAAEALGVGMMLGSGRILLERPVRKVAPKALLIANLGLAQLRRYGRDDLLRLVEMLEADALAFHVNPLQEAVQRGDTDFRGLVERLAELLPLPFPVMVKEVGHGLSREAALALRDLPLAAVDVAGAGGTSWARVEEWVRFGEVRHPELCEIGIPTARAILEVREVLPHLPLVASGGVYTGTDGAKALALGADLLAVARPLLRPALEGAERVAAWIGDYLEELRTALFAIGARNPKEARGRVERV

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal Structure of IPP isomerase at P43212 rcsb
molecule keywords	isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
molecule tags	Isomerase
source organism	Thermus thermophilus
total genus	93
structure length	311
sequence length	324
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date	2004-03-08

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01070	FMN_dh	FMN-dependent dehydrogenase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1vcgA00

5EBUA 2J24A 1G4EA 4LOCA 5I3FA 4ZVJA 3EWZA 1GVRA 1AG1O 3HO8A 3PBVA 1S5VA 3W85A 4MOZA 4OBTA 3UWQA 4EF9A 4FXSA 3C2EA 1NVMA 1YDNA 1QWGA 2I14A 2G95A 2PE4A 4J9JA 2G97A 1XBXA 3I6RA 3CQ0A 4NZJA 2YW4A 2NXGA 4G1KA 4IMDA 3IV3A 3DFOA 3SR7A 5AHIA 5TQLA 3IGSA 1JRBA 3HG5A 1SR9A 2QCDB 3M7WA 1L6YA 4JYEA 1X7FA 3S9YA 5GVJA 3W7HA 3BPWA 5D2VA 2CLEA 3MMTA 3W2UA 1ME9A 3MI3A 4GUJA 4JTIA 1FWSA 4P61A 3HBLA 5CZTA 1D9EA 3QMSA 3T44A 2ZZ4A 3W3OA 1OHLA 1Z42A 4MZ8A 1KM6A 3LCXA 5FEZA 4N6FA 3GLCA 3DKJA 4KFOA 1KA9F 2WKJA 4GFSA 3TMQA 2TYSA 4DF2A 1IXQA 1G6CA 3BVJA 5D30A 2V2HA 5FI8A 3GX9A 3QW3A 2LLEA 2ALDA 3EB2A 3ZWSA 4WQ6A 3GAKA 3TSBA 5AN7A 1JRCA 3Q37A 3GR8A 3QPYA 1KBIA 3PS7A 4LV9A 1O4UA 2W79A 2FLIA 3W1UA 4NJIA 3QW4B 4IJBA 1OFQA 1R2TA 5J5RA 4S2BA 3WK1A 3LDVA 1KFJA 4L4LA 5FF3A 1K7XA 2FDSA 1A5AA 4CCEA 3F4NA 2FJKA 1P0KA 3VCRA 2TMDA 6TIMA 3B06A 1OX5A 3I65A 3WJWA 2WQPA 3W76A 3W83A 5DXYA 3W23A 1FDJA 2BX7A 4Z0JA 3R8RA 1G4SA 2Y6ZA 3A23A 5KMYA 5T26A 4HKPA 2GPTA 2QCFA 1MO0A 1ZNNA 2GOUA 3W7IA 3WJYA 2DZSA 2FFCA 1FBAA 4YCOA 1JCLA 4IXXA 1FXPA 4ORIA 3ABQA 1T0OA 3L5AA 1IIHA 3MHFA 1H7XA 3UPWA 4BF9A 2WV8A 4X3ZA 4AMAA 4OU1A 1QFEA 1RQEA 5AHNA 5AB3A 1ZAIA 4LTSA 4HIBA 2ZA2A 3QJAA 1ALDA 1I2RA 3NQMA 3PVFA 3B0PA 1CI1A 5KTLA 3M5ZA 1U83A 3FIGA 4YLWA 1RQBA 4DBEA 2W6RA 3NZRA 1JQXA 1JQVA 1KV8A 2OJPA 5G4EA 3EX6A 3TW7A 3W2JA 3T55A 3KRZA 2YFNA 1LBFA 4XTIA 3EXSA 3H54A 4N9CA 1K8YA 1D3HA 4UTTA 4O57A 1KM2A 1W37A 3WFAA 3W7MA 4UIOA 4YCPA 3STCA 1GG1A 2TPSA 1P0NA 1UASA 4LS1A 4UTWA 3EWBX 4N9BA 2XN0A 3A5FA 2VEPA 4UFHA 3TK7A 2ZA3A 3VE7A 2NV2A 4S1FA 1CX9A 3CTLA 4X9SA 4XKYB 2Q3OA 2FB3A 3W1TA 3UWVA 1LRNA 4NJJA 5F2IA 4PC8A 2RHGA 4EWND 3LI0A 3L5MA 4JGDA 1HO1A 2V0TA 3F1QA 3NVTA 1AL7A 1F7BA 1S3HA 4AHPA 3STEA 1QAPA 2GVGA 3K30A 3W22A 3P82A 3LTSA 3U6WA 3T4CA 3W1PA 1GOXA 3W7EA 3G8RA 3M47A 1X1ZA 3M6YA 5E1QA 2C6QA 4MZYA 3IIVA 2X2GA 3SECA 4O53A 3BGGA 3OBKA 2GVLA 1OK4A 1LBMA 3G1DA 5C6MA 2A85A 3EWWA 1XL9A 3QMRA 3LHTA 3KXQA 2C13A 1ZCOA 3L0GA 1EWEA 2X1SA 1YYAA 4K7YA 2QCEA 2QUVA 5D32A 5D04C 3WK3A 3DKLA 3PC0A 5HR7A 1KTNA 4IX2A 3RLUA 3WJSA 3M16A 4HN4A 1K3UA 3G22A 3N9SA 1JULA 2Y7GA 1OX4B 2VFHA 3LCFA 4O50A 3NQFA 5D03A 4UMCA 4XUGA 4CNOA 2V82A 3CEUA 5AHEA 3SGUA 4NJHA 3LV5A 1I8JA 2VFIA 3C2OA 1G7UA 1WX0A 2DJXA 5LSMA 2ATMA 4N4PA 3GVGA 3BGJA 3E49A 1M7PA 2DZWA 2ISWA 5F2GA 3W7CA 3B03A 2FTPA 3NM3A 1XUZA 1YXDA 2ZZ3A 4AWUA 3INPA 5KZEA 1PCWA 3A21A 1DORA 1H7RA 4UTIA 4O1DA 3P74A 2JKPA 1JUBA 3G1FA 4A29A 1WA3A 4UFLA 2QCGA 3W2LA 1EA0A 1GYNA 1W5PA 1GVFA 3L0NA 1DVJA 2OT0A 1FCBA 3CU2A 1ICPA 7TIMA 5D2TA 4PL1A 4O13A 5IBXA 1FXQA 4AF0B 2DU2A 1KW1A 4CQ8A 4I7UA 4A3UA 4XKYA 3W84A 4LRTA 3KVKA 4RKAA 3DFTA 3OHIA 4MUZA 1TREA 1W5OA 1O95A 3SFKA 3NOEA 2E1DA 5CZSA 1LRTA 4RCXA 4MFDA 2QAFA 3G1XA 3UPBA 4GWEA 1H7PA 4MY8A 1L9WA 2G96A 4IMEA 1Q6LA 1MZHA 2P1FA 1GWJA 1XDMA 4O18A 2ISVA 4ICNA 3TROA 1I2OA 2NWRA 3LM7A 1ME7A 3IIPA 1TPFA 2WO5A 2GQ8A 1QDSA 4CCCA 3G18A 3CPRA 4NUWA 3M5YA 1OVDA 3TV8A 2QJGA 2X30A 4A22A 5C54A 1XXXA 2ABAA 1LTDA 5A5WA 3O6CA 4OGZA 5F1UA 3GXNA 1R30A 3BW3A 3PG9A 4JTLA 1DHPA 3HGRA 4Q33A 1GT8A 1ONRA 3NPUA 2QUUA 1ICQA 3PR2A 4O8RA 4DF1A 3S1VA 3HMJG 2ZTJA 3B04A 2NXIA 3DBPA 3TUUA 2ZZ2A 3W75A 1TPWA 1OX4A 3FOKA 1DQWA 2E09A 3C56A 2FB2A 1W56A 3EX3A 4FNQA 1J4EA 3C0JA 1TJRA 3TA6A 3PBUA 3FJLA 3PUDA 5DELA 2A7PA 1JCNA 4DPQA 1RD5A 3I7RA 5F2LA 4AHQA 1SZGA 4ADTA 1YDOA 1PL9A 2AAMA 3C61A 4UTKA 3C8FA 1PHQA 4GRSA 1SSGA 1KLYA 3DU0A 2JKEA 5KSWA 2QEZA 3NL2A 4HSOA 3SSJA 4IPJA 4O12A 1MEWA 1A5SA 1G4PA 4ZQPA 1F76A 6ALDA 3WJXA 1X8FA 4WD0A 1EUNA 1UCWA 3V75A 4FNTA 2EF9A 4LV4A 3HIJA 3HPXA 3NPWA 1X1OA 3LHZA 1I45A 3MP3A 3A22A 4DXVA 1FCUA 4Q4KA 1JJKA 1NEYA 4E2BA 5LHFA 2ZZ6A 5J5DA 4DPPA 2E6YA 5I3HA 4R33A 3CM4A 4JTSA 2A7RA 1YXYA 1ADOA 1GZGA 4IQLA 4IMGA 4BWLC 2VFDA 3S1WA 1OYCA 3GNDA 4IWWA 4AF0A 4UNKA 3OG3A 2CW6A 3L65A 3N73A 4QAIA 3P80A 1H61A 2ZRXA 3H55A 4O14A 4JS3A 4ML9A 3MHGA 2X1RA 5FF4A 5LZLA 3PB0A 3M5XA 4WUIA 2WNNA 3LLFA 4AB4A 4BK9A 2A6LA 2GQAA 4XZ9A 2A0NA 2RKXA 5D05A 3O6YX 4EVZA 1YTDA 1RVGA 4FX7A 4BR1A 2VEKA 4JTUA 2P10A 4M19A 2PRMA 1VYRA 5E93A 2R14A 4JNMA 1Q6OA 2WPBA 3TXZA 2CU0A 3NQGA 4H4IA 1B4KA 5HWJA 3EXTA 4XTDA 4AHOA 4KFPA 1WQ5A 2OX1A 4O1BA 1LORA 3PWAA 4M6QA 4IMCA 3KRUA 5HUOA 2UV8G 2A2IA 5I3GA 3M43A 4PODA 4M6VA 3QFEA 3HPSA 3R2GA 3MYOA 1OFOA 1TRDA 4ONVA 3E9AA 2PCQA 4JTEA 2ZBTA 1DJNA 3BG3A 5LNWA 2H8ZA 4EF8A 2ZRYA 3GK0A 1PHWA 5DY2A 2EGZA 3ZR4A 4M5PA 2J27A 3NQDA 1AW5A 1SO4A 2RFGA 1SO3A 4JDYA 3NQ2A 2I1OA 4WJEA 4GUIA 3W1XA 1OYAA 3IGUA 3TX9A 3P8JA 3NG3A 3G8EA 4ADUA 4QSHA 2O7QA 1NFBA 2C19A 2WSRA 3EX1A 5EYWA 1HL2A 3W1MA 2YSWA 3W72A 1DL3A 5D37A 3GXPA 3BW2A 1DOSA 4K7VA 2CZEA 3SW6A 5KINA 1B57A 1H1YA 2ZTKA 3Q2DA 3B05A 4RXGA 5C55A 1W31A 3C52A 4R34A 3HJZA 4A21A 2ZDRA 2QUTA 1ZFJA 4R7JA 3MWAA 3GDKA 4AAJA 3W1LA 1F05A 1GTHA 4P2VA 2NX1A 1KFEA 3E02A 1GVOA 5DBUA 1LOSA 1MSSA 4KKXA 1JVNA 2ZYFA 1HFBA 2G5WA 3GIYA 3G24A 4JX6A 2CLMA 3UQNA 3P60A 1A53A 3WK0A 4M6PA 1CW2A 1TMHA 2F84A 3OVRA 1VPXA 4UFIA 1Z48A 2VFFA 1OYBA 4WXYA 1PCKA 5AYZA 3NA8A 3F03K 5D2XA 3GXTA 3N19B 4O11A 3G0UA 5FF2A 1GVSA 5D33A 3QZEA 5LNRA 5AYXA 2WOQA 1XKYA 4XQ6A 2ZRWA 2DORA 2R91A 1PV8A 1L2UA 1XM3A 4JYFA 1AW1A 1KLZA 4JIQA 2ZRZA 2J6XA 4UC5A 2EKCA 2H8XA 3W7GA 4C1KA 4AEOA 2E5BA 2YYUA 4MZ1A 3LXBA 5I3KA 4A2RA 2Z6JA 3EX4A 3NAVA 3LV6A 4JY8A 3JRKA 3W7KA 1FWTA 3B8DA 1F73A 3CLMA 2F7FA 3I7QA 1TV7A 3NGJA 5F2MA 3Q58A 1QPRA 4AH7A 1H7NA 4JX4A 2VELA 2ZRVA 1EEPA 3UWZA 4XWUA 5BNKA 4IXHA 2HTMA 4UFKA 2V5LA 2FPTA 4O16A 4MYXA 3NYZA 3TFXA 1OG0A 4Z1CA 1N7KA 3N2MA 1JCYA 1KM4A 3LHVA 1H50A 1EP2A 4UFJA 3GB6A 1YDVA 3G1YA 3QMTA 5DN1A 2Y61A 2NXHA 4GJ1A 5AYYA 1AW2A 4UMAA 4UTLA 1QOPA 2Q8ZA 3UZJA 4PFMA 1GJPA 4LNYA 5G1TA 2E68A 4O19A 1QMLA 3UWUA 4KWWA 5TIMA 2TSYA 2B0MA 3OIXA 4KFNA 3TFCA 1TQJA 1GEQA 4CQ9A 1YTKA 2IQTA 1H51A 5H2ZA 5LKYA 1ICSA 2C15A 2YR1A 3TJXA 2R94A 3LHUA 5D38A 3W1QA 1EB3A 4OQVA 3THAA 2E77A 3N9RA 3NNTA 4IMFA 5CKSA 4HNVA 5F4XA 4EIVA 2ATSA 1W1ZA 1T96A 3CEPA 1DJQA 4GUFA 4QNWA 3HG2A 1S5TA 1LLWA 4O10A 3G3MA 1OX6A 1W5NA 4NU7A 3M44A 1QOQA 4ZQOA 2XN2A 4JDBA 4UR7A 2VENA 3F4WA 1TCDA 3R5EA 4OV4A 4ZZ9A 3S1XA 2ZFAA 2TRSA 1FUYA 1GG0A 1RPXA 1DKWA 1ZALA 3BLEA 5AOUA 2BTMA 3RK8A 1Y0EA 1XDLA 3LTPA 4NQ1A 4JTGA 1PIIA 5H91A 2OCZA 1YPFA 4FIRA 3STGA 3LOTA 3UY7A 1LYXA 3EEGA 5C2XA 3C2FA 5HNRA 1FY6A 1F2JA 3BARA 2FQIA 4OHQA 4FO4A 4YXGA 3PM6A 1W3TA 1NF7A 3O07A 4TO8A 3TCEA 4O1CA 3E12A 4H3DA 1ZENA 1G69A 1C9DA 3BG5A 2QJHA 5F1VA 3L67A 1SU5A 4TIMA 4I9AA 3TDFA 5HUPA 2C1HA 5U7SA 3CWOX 1O94A 2BZNA 3IIOA 2QCLA 3RMJA 1LBLA 3L2IA 4JY9A 3L21A 4WXZA 5HMSA 5AC8A 3DAQA 1MEHA 3DFNA 3JR2A 3W86A 3QYQA 3HG3A 2VOMA 5LNUA 4MY9A 2J9ZA 2NZLA 3IIXA 2QCCA 1WDWA 2QR6A 1VS1A 3PB2A 4UNLA 3FKRA 3NQCA 1IIGA 2Y62A 3FYOA 1K8ZA 3DH7A 4UXDA 4O0KA 4GXMA 1Z44A 2BSLA 5CSSA 4AWTA 4A2SA 1J2WA 2I9EA 2C14A 3C6CA 3UY8A 1A5BA 4LC6A 1GVQA 4AVFA 1OF8A 4FX8A 2Z1BA 1AL8A 4IPIA 2QDHA 4O4VA 3TH6A 3LCHA 5CPOA 1ZY9A 3PULA 2O7SA 4W9TA 4EOUA 4K36A 2Y7EA 3KAOA 5L6UA 4JXCA 1P1XA 1SSDA 1D3GA 1YTEA 5BMWA 3MBFA 1LROA 5K9XA 2YDAA 1KBJA 3KVLA 1KM0A 5AC6A 3QPZA 3QH2A 4JTTA 3NL5A 3G1HA 4I7VA 5LHEA 4IX0A 1F74A 1K7EA 2E5DA 3MW7A 2Y85A 3PAJA 1ME8A 1WBHA 3DHDA 3TSDA 2VC6A 4Z1AA 3W7RA 5D09A 4HNUA 1PVNA 1YLVA 1EP3A 1WXJA 1HTIA 4Q32A 2ZCGA 2YW3A 3O6DA 5CG7A 2EHHA 2ZZ1A 3GKFA 2NX9A 3EWUA 4BFAA 1FCVA 3HGJA 4M7TA 4FNUA 3AJXA 4TMBA 2XN1A 3SY5A 4R53A 1H1ZA 5U4NA 1BWKA 1YADA 3LB0A 4PTNA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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