4QCE | Genus

Total Genus 143

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	143
sequence length	354
structure length	354
Chain Sequence	VQPFAWQVASLADRYEESFDIGAAVEPHQLNGRQGKVLKHHYNSIVAENAMKPISLQPEEGVFTWDGADAIVEFARKNNMNLRFHTLVWHNQVPDWFFLDEEGNPMVEETNEAKRQANKELLLERLETHIKTVVERYKDDVTAWDVVNEVVDDGTPNERGLRESVWYQITGDEYIRVAFETARKYAGEDAKLFINDYNTEVTPKRDHLYNLVQDLLADGVPIDGVGHQAHIQIDWPTIDEIRTSMEMFAGLGLDNQVTELDVSLYGWPPRPAFPTYDAIPQERFQAQADRYNQLFELYEELDADLSSVTFWGIADNHTWLDDRAREYNDGVGKDAPFVFDPNYRVKPAFWRIID

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Bacillus sp. ng-27
publication title	Structural insights into N-terminal to C-terminal interactions and implications for thermostability of a (beta/alpha)8-triosephosphate isomerase barrel enzyme pubmed doi rcsb
molecule keywords	Alkaline thermostable endoxylanase
total genus	143
structure length	354
sequence length	354
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2014-05-11

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4qceA00

3OLDA 2W4XA 3WL1A 1UD2A 1J11A 3CHCA 1HT6A 3F5KA 3VIHA 5HNNA 4KH2A 5AY7A 2ZX9A 3DYOA 3L4UA 1HXJA 4GIAA 5A2AA 1JZ8A 4DUVA 1UHVA 3W24A 2J47A 2X1IA 1CGXA 1ECEA 1M03A 4EK7A 1SMDA 4LXFA 4NRSA 2ZUWA 3ECQA 2E9BA 4F8XA 3FAXA 3GH5A 5A8OA 3VGFA 2GFTA 3PZMA 3L2MA 2DT2A 2XYLA 1HJVA 1VFMA 1GOIA 3CUFA 4J3XA 5LA1A 1B31A 4WKAA 2VVNA 1UUQA 5CZKA 4MJ4A 2VZOA 3T0AA 1OD0A 1QI5A 8A3HA 3SCQA 1G9HA 3LPPA 1GZJA 1E4MM 1W9UA 2OWXA 4GI6A 2CCRA 2YDQA 3PZOA 2BY3A 4MNMA 1Z32X 1EOMA 3TTYA 3CBWA 3IAQA 2UY2A 1HKMA 3MKKA 1Q6GA 1HN1A 2WZEA 5DT5A 1MYRA 4PSPA 4LYRA 1CYGA 1DWAM 4XV0A 4WKFA 3VGGA 3EMQA 1C91A 1E6RA 3IJ8A 1QPKA 3VM7A 1JZ3A 3AI0A 5I5RA 1QW8A 3MMUA 1GJUA 2FH8A 1UYQA 1V6VA 3PHAA 1V03A 2Y8KA 2EPOA 1XRVA 4B9YA 1GQIA 1J0YA 4QCEA 1E4IA 2WMJA 3NJ3A 3WIJA 3WBAA 2CETA 2YA0A 3ZOAA 1R85A 1Q6CA 1UR2A 1GPFA 1NWRA 4WSJA 1TVPA 1JNEA 2ZX6A 1BQCA 4J7RA 3GNOA 1UWQA 1UWSA 2X2YA 4QFUA 4RE3A 1TA3B 2XVKA 3RMEA 4UQCA 4PUEA 4TX8A 1FOBA 4W89A 2CPUA 1XYFA 5I79A 2VZTA 1CLXA 3CTTA 1KCLA 2JIWA 1JL8A 4E4PA 1UH3A 5HXMA 3KL3A 1CGUA 4ZXOA 2CBIA 5JIWA 4AZCA 3BGAA 2CIPA 4UTFA 4TVCA 2WVVB 1GHSA 5HPOA 2WWCA 1N82A 4Q7NA 1NOUA 2J7BA 3OLGA 4CN1A 3ARRA 1E40A 2E9LA 2XVLA 1QHPA 3A6OA 3TP4A 1Q6FA 5BXPA 1EOKA 4P8UA 4PMXA 1VAHA 2OSWA 2E0PA 3WDQA 4HOZA 2D0HA 2VOTA 2WMHA 4M81A 4LGXA 3SCTA 1H09A 4W86A 4OUEA 4PMOA 5BXSA 4D1JA 2Y5EA 4W7WA 3F5JA 4UFKA 3VM5A 3D3AA 1PIGA 3CIVA 3SUTA 3AHVA 1QI2A 3K46A 1V3JA 2OWCA 4JKMA 2JE8A 5M03A 2CERA 2GK1B 3AMCA 2E4TA 1GQLA 1U2YA 4GZIA 4C7GA 1OB0A 3KWXA 4P7RA 2YDSA 1TMQA 4JFTA 3WY1A 2AMGA 1UQZA 1EH9A 1B1YA 1BGAA 3BMVA 5BXTA 5DT7A 3CZJA 1HP5A 1OINA 1H3GA 2XSBA 5CPQA 1UWTA 2QLYA 1LWJA 2YJQA 3NDZA 3WNNA 3K8KA 5A2BA 1LQ0A 3GBDA 3K4DA 1NWSA 1QI0A 2VX6A 1VRXA 1W3HA 3G6LA 3CMGA 3CUIA 1A47A 1XCXA 3WELA 1CDGA 3N15A 1BYDA 4OKDA 2G3IA 2GJXA 2PWDA 4B3KA 1B90A 1KGWA 1HNYA 5A6AA 2ESCA 1WO2A 2WWDA 2WVSA 3AIWA 4U31A 1E0XA 3CUHA 4BQ3A 3KL5A 1KBBA 1W3LA 5ECUA 4Z2HA 4S3JA 2G8ZA 2WZHA 1C7SA 2WMGA 1OT1A 2UY4A 3K8MA 3MU7A 1J0IA 3ZJ6A 3EYPA 4MAZA 4AWEA 4F9DA 5CSUA 4DM1A 2XFRA 1UH2A 5CPTA 5C71A 3IJ9A 2WVUA 5DMYA 4HPGA 1W2PA 4ZXLA 3CO4A 2ZX5A 5EFDA 3OG2A 1BG4A 1FA2A 1V3HA 4HMDA 2D1ZA 1HKJA 3U5YA 1CNVA 3RM8A 5M3WA 3W29A 1VEPA 3AS3A 1D3CA 1W9XA 4AC1X 2YA2A 2XSAA 4GPNA 4ZENA 2EO7A 3CUGA 4W8BA 4ACZA 2J4GA 1R8LA 1DWIM 4W88A 5CG0A 3VGBA 4TUFA 5AYIA 5A6SA 2DIJA 2XUCA 1TFVA 1VFOA 1G5AA 1E5JA 1H2JA 4OOUA 2BXYA 2D0FA 1LL4A 1WCGA 1B3VA 2E3ZA 5ABEA 1GCYA 2W66A 1XCWA 4IPLA 1V6XA 1YQ2A 2GDUA 2WVTA 2OLHA 2EJ1A 3VDCA 1MXGA 3DYMA 4CD8A 3I3EA 4W85A 2ZUUA 1FFRA 1Q6EA 4H04A 4A4AA 1JG9A 1BFNA 1ZBKA 4FMVA 1M53A 2DPEA 2HVMA 4YN5A 4TTGA 4TVUA 1BYBA 3GBEA 3FW6A 1FHDA 1V6UA 4KGLA 2J62A 3AMGA 3QHMA 2VQTA 2V5DA 1CTNA 2PI6A 3OA5A 3CZGA 4A3HA 3BSHA 3VIFA 2J7HA 3ZQ9A 4KMQA 1OT2A 5TD4A 3SCOA 4W93A 4TOQA 4AD3A 2CBVA 1OGSA 1NH6A 2ZUNA 4V28A 3CZEA 5JBDA 4PEEA 4WIWA 3U5UA 3WDPP 4AXNA 4J27A 1SYTA 3WH7A 3AXIA 3WUGA 5EB8A 3ZT5A 5F7UA 2JEQA 3AYSA 1PPIA 4QLJA 3VD9A 3U7BA 2ZUVA 2BVDA 4CD5A 1JAEA 2W92A 1WDPA 3MMWA 4IISA 1U30A 1AQMA 1CXLA 1PEZA 3L2LA 4JFVA 3MMDA 1JFHA 3MUZ1 4Y7EA 3VD3A 3WEOA 4ZEPA 5BXRA 3AZSA 4QLLA 5DEZA 4UQAA 3ARUA 3EDEA 3GYCA 4P7NA 4UFJA 3WD3A 4TX6A 3WQWA 3ARWA 4D6HA 5I24A 3AMKA 1KBKA 2W63A 4MB1A 2YLLA 4URIA 2X8RA 3RPMA 1B30A 4CCDA 5BRQA 1VIWA 2XWDA 1JZ5A 1MW2A 3VINA 1EQCA 2ZXAA 1XH0A 2QHAA 1HL8A 3AISA 3WD2A 4BF7A 5D9NA 1UD4A 1XYZA 4AY1A 5BYWA 5A1AA 5CPSA 2XIBA 1JZ4A 3L4VA 1J18A 2J7EA 2DQXA 1BYAA 2WSPA 4PUDA 3KZSA 3SCVA 5A6KA 1GVIA 4UQDA 3WL0A 1US3A 1EDTA 1Q4NX 3ARTA 5A8QA 3DYPA 4PTVA 8CGTA 1CLVA 3HN3A 1JNDA 3WF3A 4CD7A 4AIOA 3GNRA 3VMNA 1BVZA 3L4YA 4AEFA 4AMCA 4QLKA 2XTKA 2NT1A 3WDRA 5JIPA 3AIBA 4W5UA 1BF2A 1E1EA 3AHZA 4OOZA 2O9RA 4W84A 4M8UA 3W0KA 2HISA 1FH9A 4DWSC 1CGYA 2WHLA 1DHKA 2X09A 3A4WA 4BS0A 4P7LA 2D2OA 3ARVA 2WAGA 4W87A 3RM4A 3K8LA 3MUY1 1KXHA 2XGIA 1KXTA 2WC7A 4CU7A 2QMJA 4XZWA 1R86A 4PMQA 3CLWA 1ISZA 1XH1A 4HMCA 3RJYA 1H49A 7TAAA 2XPKA 3O6AA 1VENA 3WQ5A 3WDIA 1JZ7A 4JAWA 1MQQA 4D72A 1DWHM 1E1FA 3N13A 1CBGA 4AIUA 3SEPA 2GDVA 2C8NA 3BMWA 3DHPA 5I3DA 4GINA 3PZIA 1D2KA 1MQPA 2BXZA 5M5DA 1MQRA 3CZLA 1DP0A 1E4LA 2VJXA 4Z2KA 1CGVA 1EO5A 1V02A 2EPNA 1ISWA 3T2QA 1CPUA 1W3JA 3WQ4A 4QDMA 4CN4A 4V27A 1E6QM 3WQ8A 2VURA 5FCZA 3WMSA 1NWUA 1UA3A 2QPUA 4J3SA 1BAGA 3WF4A 1FFQA 4HOXA 2YL5A 3T08A 1U33A 3N17A 2TAAA 5I78A 1XV8A 1KXQA 2CESA 1B3XA 4U3CA 1MFUA 2QMKA 4Z2JA 3WBEA 1TA3A 3OZOA 1H4PA 1ODZA 3I3BA 3TTOA 4B16A 4D6JA 1W2VA 1M01A 2WW5A 3AMDA 3I3DA 1JDDA 1ZBVA 2FHBA 2O9TA 1WZAA 1B9ZA 3VDAA 3CGTA 2UY5A 4B3LA 4M29A 3GH7A 3ARSA 3OBAA 5E70A 3TTSA 2WYSA 2ZUSA 1KWGA 1W91A 2WVVA 4QAWA 4ML4A 3II1A 4HTYA 3ZMRA 4UOQA 3T09A 2WM0A 3MSDA 1OCQA 3PZVA 1C93A 3S6TA 3VO0A 1QNPA 3PZQA 4GQRA 4Z2GA 1JYVA 1Q6DA 1LG1A 1P6WA 3VGDA 3IANA 1QI4A 2WCGA 1NP0A 1GOQA 5D9PA 1VFUA 4M1RA 2A3AA 1QW9A 4JCMA 3MUIA 1QHOA 1NP2A 4HA3A 6A3HA 1UD5A 3ALGA 4E2OA 1HJXA 1IT0A 3VIIA 1JZ6A 2GK1A 2WKLA 3W6LA 4AD4A 3OIHA 2ZOXA 4JZ5A 2BY0A 1QHZA 2XVGA 4CVUA 4HA1A 1EDGA 1M7XA 3NDYA 4OJYA 3MANA 1BPLB 2ZXQA 4HZ7A 4FLRA 3WFLA 1WDSA 1KQZA 4FK9A 1B3YA 1CZ1A 6TAAA 3VGEA 3BSGA 1AMYA 1WDQA 2BHZA 4MAVA 4N0RA 3W53A 1E9LA 5KZ6A 4U33A 1E6XM 2AAAA 1HF6A 2ZWYA 4W8AA 2VRQA 2PWGA 1TVNA 3VPLA 1WB0A 1C8XA 1VEOA 1QOXA 2DT3A 2Y2WA 4JKKA 1E3ZA 2J75A 1ISVA 2BNJA 1JZ2A 4AZHA 3VD4A 4PTMA 4B15A 1E6NA 1HJQA 3FN9A 1C90A 2D0GA 3SCSA 3W26A 4DUWA 5BRPA 3N18A 1E0VA 4AZ6A 3VIJA 4WLCA 3BH4A 4EANA 4MNKA 3SIMA 4CCCA 5FOOA 4BA0A 2VZVA 1EGZA 1HX0A 2VX7A 2ZUMA 3AIRA 1JF6A 4NRRA 3BAJA 2VRKA 4CU6A 4J3TA 4J3WA 2XVNA 1C7TA 2J77A 3BLPX 3ZJ8A 2ZX7A 1E15A 1HIZA 1X6LA 3EMCA 2DH3A 3CZKA 5BROA 3M07A 1XSIA 3W81A 3W27A 2YLAA 5IHSA 5I6SA 4AD2A 4D6GA 1TG7A 1ZB5A 5I0DA 3N12A 3AJ7A 2J25A 1QI3A 3SUWA 3CZ8A 4LQ1A 1UR0A 4ACYA 1DWFM 2ZX8A 3UETA 2W61A 4U2ZA 3K4AA 1V02E 5ABGA 1J0KA 4S3KA 1K9EA 3THCA 2QV4A 2Y24A 2WBKA 3WF0A 1CXHA 3NIYA 2O9OA 4H8UA 4NSBA 2VC9A 1WE5A 3VTRA 2G3NA 1CEOA 3WQ6A 3PTMA 4HOWA 5KEZA 4GXPA 1V0NA 4L4PA 4N42A 1JAKA 3B9DA 1GORA 4P8VA 2YA1A 1W9VA 4KRTA 3B9EA 4GQQA 4BZYA 3GH4A 1J10A 1E70M 2NW0A 3ZR6A 4LPCA 4GZJA 1G94A 1G01A 5HDRA 1KR0A 1EO7A 1V0KA 1R7AA 1K9DA 3WD0A 4U5KA 2YL8A 2BY2A 4M56A 5A8NA 3W37A 4WK9A 3FXYA 3WD1A 3W82A 3ZT7A 1GOOA 1W1VA 4AEEA 2EQDA 2VNCA 3K1DA 3WNKA 2ZUTA 3EDKA 2WC3A 1OM0A 3WH9A 1VBUA 4MNLA 4MB4A 4XB3A 4AW7A 2JALA 2YIHA 4PTXA 1NOWA 4XX6A 5A6JA 1NARA 4F9JA 1GOWA 1B3ZA 3OLIA 1UKSA 1DEDA 1W1YA 1RH9A 5EFFA 1PIFA 5A6LA 4MNJA 3N11A 3POHA 2C7FA 2Q8XA 5IHRA 3WH5A 3OB8A 5A69A 3SCPA 3T2PA 3VILA 1WP6A 4D71A 3DC0A 4H2CA 2ZWZA 1K9FA 4UQBA 2VMFA 3UERA 4HZ8A 1FH7A 2J7CA 3BAYA 1R7OA 1VF8A 4FLQA 3WDJA 1BSIA 3WUFA 2OWWA 1MXDA 3AXXA 2XVPA 3OLEA 4WSKA 4JHOA 2VCCA 3VNZA 4EE9A 3WNPA 1XD0A 1E43A 5ABHA 3M46A 3WKZA 3CHFA 4PMNA 1J0HA 1ESWA 3BAKA 2G3JA 1O7AA 1ITXA 2D22A 3AOFA 2OYKA 4UFIA 1JD7A 4U5IA 4JKLA 3SUSA 3ARQA 2VO5A 1ZU8A 2FGZA 3VX1A 3RJXA 1PAMA 3N1AA 3W38A 2WC4A 3PZUA 1CGTA 1F4HA 1IZJA 1GVYA 3CH9A 3THDA 1FP8A 1CXIA 1JXJA 2X0HA 3KE0A 3N9KA 4KWUA 4A3YA 1J12A 3VNYA 4BQ4A 4JCLA 4P8XA 3WMBA 2IXVA 4UNIA 3EMZA 4PMYA 3CHDA 3ARYA 1W1TA 2IXUA 4IM4A 2E40A 5CGMA 2V3DA 3VU2A 4GZEA 1UH4A 3TA9A 1OGBA 1SR0A 2QPSA 2EPMX 3OGRA 1B0IA 3PZNA 2DT0A 1YHTA 3ZM8A 4LYQA 1CECA 3PTQA 1HJUA 3VIPA 1GUVA 3WD4A 4Z2IA 1UR1A 4PSRA 1X1NA 3A47A 1UA7A 3FAWA 3PZGA 1GHRA 4PMVA 4DWSB 1BGGA 3ZO9A 4WJXA 3WH6A 1GQKA 3AYRA 3WENA 1H11A 4PN2A 4NZCA 5A6BA 3WF1A 1QBBA 2E9MA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 4D6I A;  3SUR A;  4EKJ A;  1J0Z A;  1VJS A;  4MTV A;  3NSX A;  3BAI A;  2JIE A;  1UG6 A;  4OBS A;  2DEP A;  2CNC A;  1UWU A;  2A3C A;  2BHY A;  3AIQ A;  1UR9 A;  1IZK A;  1M04 A;  4H8V A;  2WMI A;  4HA4 A;  1JGI A;  1CXK A;  1ITC A;  4RE2 A;  2WSK A;  1NWT A;  5CQ1 A;  4PYS A;  1LJY A;  1LF1 A;  2WCS A;  3AHT A;  1WZL A;  2WLZ A;  3UES A;  1XD1 A;  5E0F A;  4NF7 A;  2EXO A;  3VDB A;  2VCA A;  1W9B M;  4P7Q A;  2OYM A;  2WCA A;  4BQ2 A;  3QR3 A;  3T2O A;  3WH8 A;  4HP5 A;  4U2Y A;  2XII A;  3OZP A;  4PRW A;  1E55 A;  1MFV A;  3WMC A;  5FD0 A;  3L4Z A;  2Y4S A;  1B3W A;  3QGV A;  1ZS2 A;  2D20 A;  5D8W A;  3PTK A;  1QNS A;  1E6Z A;  3O2L A;  3LPG A;  5ABF A;  1RP8 A;  4GI9 A;  1E56 A;  1W1P A;  2MAN A;  3VMO A;  5DFA A;  4KGJ A;  4J3U A;  1JYX A;  5DO8 A;  4JIE A;  2NSX A;  2GSJ A;  2YBT A;  4MDP A;  4TTU A;  5FKY A;  4J3V A;  3GM8 A;  4OIF A;  1AQH A;  4FLO A;  3LMY A;  1GW1 A;  4ATW A;  2DIE A;  2GUY A;  4CD4 A;  1CXE A;  5I23 A;  1XH2 A;  3BAX A;  1C8Q A;  3DHU A;  2FHF A;  2XJ7 A;  4QCF A;  3WEM A;  4YHE A;  2DH2 A;  1BLI A;  1E73 M;  2JEP A;  2DT1 A;  3ARX A;  3AIE A;  3BCD A;  5A8M A;  4HME A;  2B31 A;  4UZU A;  1BHG A;  4C7D A;  1JDA A;  2VR4 A;  4TXE A;  3A4A A;  1E6P A;  5D9O A;  4CCE A;  1MWO A;  5E9A A;  2CHN A;  3VIK A;  3EDF A;  1O6I A;  3NSN A;  1KR1 A;  2W62 A;  4AD0 A;  3KEH A;  1CGW A;  2E8Z A;  4ATD A;  4DWS D;  3AHY A;  1UKQ A;  4MB5 A;  1UR4 A;  1WNO A;  1V08 A;  1SMA A;  3TOP A;  1E6S M;  3OGV A;  1HJW A;  4RL3 A;  5JBF A;  2BV9 A;  4WF7 A;  4P7O A;  1S46 A;  3BLK A;  2Y8V A;  2EEX A;  3F4V A;  2J78 A;  1WDR A;  4AYS A;  2F2H A;  1EXP A;  7CGT A;  1UZ1 A;  3FND A;  4MAD A;  1KGU A;  1PZ3 A;  2F61 A;  4Z2L A;  2J8G A;  4XUY A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3EB4 A;  2X1R A;  4AHP A;  4IHC A;  3WBA A;  4HPJ A;  4O12 A;  2VFD A;  3ZOA A;  2BZN A;  1R85 A;  3WQC A;  1Q6C A;  1UR2 A;  1NWR A;  4K1W A;  1BQC A;  3LOT A;  3MJM A;  3HB9 A;  3RX2 A;  4I5X A;  5U7S A;  1VCV A;  2B4G A;  1D3G A;  3UJS A;  1SZN A;  1TA3 B;  4HU3 A;  3LGD A;  4C1L A;  4UQC A;  4PUE A;  3O1N A;  3S2J A;  5H8U A;  2OX4 A;  4G1N A;  1CLX A;  4AF0 A;  3CTT A;  2HVO A;  1JL8 A;  3VCN A;  1VFH A;  2VC7 A;  2XZ9 A;  2NQL A;  1I0B A;  3LG3 A;  4LAL A;  3NQD A;  3KL3 A;  4NT0 A;  1ME8 A;  4NNB A;  1RBA A;  2PC4 A;  4UTF A;  4QSH A;  5HPO A;  2WVV B;  1GHS A;  1IXO A;  4Q7N A;  1YPF A;  2J7B A;  4YIW A;  5KET A;  1SFT A;  3L23 A;  3OLG A;  4LY8 A;  1OC5 A;  3FEM A;  4CN1 A;  1PKY A;  4MMW A;  4O52 A;  3K13 A;  2XVL A;  1QHP A;  2Q3O A;  1SQ7 A;  3A6O A;  4F0H A;  3UWE A;  1FWT A;  1EOK A;  1M41 A;  1KM2 A;  2H3D A;  2E0P A;  3TU9 A;  2VOT A;  2BGQ A;  4LGX A;  4GC4 A;  4OUE A;  2HJP A;  3QF0 A;  4DBE A;  4GFI A;  5BXS A;  4OFC A;  4D1J A;  5CPM A;  4C1N A;  4W7W A;  3L12 A;  2INZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4QCEA

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Chord Diagram

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