1TPB1

Offset of a catalytic lesion by a bound water soluble
Total Genus 91
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
91
sequence length
245
structure length
245
Chain Sequence
RKFFVGGNWKMNGDKKSLGELIHTLNGAKLSADTEVVCGAPSIYLDFARQKLDAKIGVAAQNCYKVPKGAFTGEISPAMIKDIGAAWVILGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKAIADNVKDWSKVVLAYDPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKTHVSDAVAQSTRIIYGGSVTGGNCKELASQHDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The structural basis for pseudoreversion of the E165D lesion by the secondary S96P mutation in triosephosphate isomerase depends on the positions of active site water molecules.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Gallus gallus
total genus 91
structure length 245
sequence length 245
chains with identical sequence 2
ec nomenclature ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date 1994-02-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
1 PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1tpb100
4XUGA 2E77A 2NZLA 3JRKA 2WSYA 4WXZA 4JTKA 5LNUA 1SPQA 2C19A 4XQ6A 3TV8A 6TIMA 3P84A 2H3DA 2ZDRA 1TPEA 4R7JA 3W7NA 3F4WA 1TTQA 1ADOA 4QNEA 1R46A 3PR2A 3LCHA 5F2MA 4ZQNA 1LLWA 2QEZA 4LVBA 3F1QA 4HNNA 1EP2A 4G1KA 1LM1A 1YADA 3BVJA 5D32A 1JCNA 1WDWA 4A22A 4C1KA 2VENA 4RJEA 1O95A 3QZEA 3M16A 1ME7A 4MZYA 3W7EA 4ZL1A 4HPJA 2QDGA 5BOOA 2VC6A 1YPIA 5CZSA 3UZ5A 2PC4A 2V2DA 3W7OA 4O1DA 3TROA 3EX2A 1VZWA 2C0AA 4WX2A 2ZZ5A 2P1FA 4JIQA 3TXZA 1ZAIA 5MHBA 1Z41A 2C13A 2CLIA 3DFQA 1VHCA 2YW4A 4MY1A 4UTLA 1EA0A 4GRSA 2F84A 4Z0SA 3G8RA 3TK7A 3W1TA 1TB3A 2XN1A 1A5SA 3W07A 4EIVA 1EUNA 4CQ8A 3LXCA 3S1VA 1NSJA 3O15A 2Q8ZA 3O8AA 3L65A 3M41A 4LVDA 2YDAA 3MW7A 3EXSA 4E0CA 3PWAA 1NAL1 4L4MA 1LTDA 2VFIA 1Z48A 1O5XA 3EX3A 3W2UA 5C54A 1KTBA 1G4EA 8TIMA 4UTKA 5K4ZA 2O7SA 4KWWA 3EWXA 4YMZA 4PEKA 3DFPA 1XCFA 3E02A 3QSTA 3C2EA 3L0KA 1JR1A 3RK8A 5CGQA 3NYZA 4ONVA 3S1XA 4MJMA 5FESA 3LDVA 5KTLA 1TRIA 5DXXA 3BLFA 4B5NA 5I3HA 2ZZ7A 3SFKA 4IPIA 2FQIA 2WJZA 3LB0A 2J9XA 1TQJA 4O17A 1ICQA 4JR5A 2ZRUA 3W7DA 1W5QA 4Q33A 3G18A 1VRDA 1W31A 1P4CA 4LVFA 3W1QA 2QAPA 4O14A 3WJYA 3W9ZA 3UWUA 4YWIA 4Q4KA 3A9IA 1TTPA 5K7JA 3WFAA 3QM3A 3A24A 2E5DA 1DL3A 1H63A 3G1AA 4BI6A 4FNPA 3GNDA 1W3TA 5D38A 4HNVA 1AMKA 1KM6A 1KTCA 4CQAA 3T44A 3QQ0A 3LI0A 1EWEA 4N6EA 1P0NA 1Q3NA 2YFOA 1ICPA 2Y89A 4IMFA 5G5IA 3DI1A 3TMLA 3G0SA 5CPLA 1AL7A 2CLEA 1SW7A 4Z0JA 1G4PA 5G4WA 5HNRA 4NXKA 4UFIA 1KA9F 3PY2A 5D2WA 3WJZA 3KRUA 1F5ZA 4LOCA 1OYBA 3BW4A 4DO4A 1PHQA 4O52A 1TV7A 2ZYFA 4OHQA 4GE8A 4DPQA 3VCRA 2ISSA 3PBYA 2ZQ0A 1XUUA 3W76A 1GQNA 1LYXA 1SZEA 3NR0A 5EBUA 4Q32A 1ZFJA 4FEZA 3NQMA 5I3JA 3C6CA 3C2OA 3C2VA 3LHZA 3M0ZA 3CM4A 5AHMA 1K7XA 1W5OA 3TIMA 5HWJA 2A7NA 5I3IA 1CI1A 1DOSA 5DY2A 1TMHA 1VCFA 3PUEA 3EB2A 3NOEA 1Q6LA 1FWRA 1KM5A 3HPXA 3EWWA 3W7MA 2BWGA 1TSIA 1QO2A 4TO8A 5LNVA 1SW3A 4R34A 3G1VA 3PBUA 2H3BA 4YCOA 3CEUA 1W8SA 4IXXA 1HFBA 3MBFA 1BWLA 2X30A 3N9SA 3W7CA 4CNOA 3QFEA 1KFLA 3DI0A 4XZ9A 2J88A 3RLUA 2CZFA 3T7VA 1MEIA 3AO0A 2WKJA 2R91A 1SU5A 4UMAA 5D37A 5AFDA 3TR2A 4LV4A 3OBKA 4GUHA 3LCWA 4O50A 4JTIA 5DN1A 3LRMA 2NX1A 2DJLA 2EPHA 4O53A 2Y70A 3W3OA 4EF8A 3NEVA 4KFNA 4Y90A 3W73A 5G2WA 4BI7A 3W2KA 1BKSA 1DHPA 4QITA 1RZMA 3TC6A 4DO5A 2VFDA 3STFA 1V7YA 1H61A 1F73A 3ELFA 5HULA 1UB3A 3L5MA 5AYXA 2CW6A 3DBPA 3P80A 3Q58A 1RR2A 4IWWA 2J9ZA 4JY9A 4AEOA 1G4SA 4R53A 2RKXA 2E6YA 1LBLA 5CG7A 1EIXA 2NX3A 3DZ1A 3TAKA 3W7LA 3HGOA 1O60A 3B05A 5FEZA 3ABSA 4O18A 5LSMA 1EP3A 3IIOA 4EWND 3QJAA 1K8XA 2YFNA 1NVMA 2NV2A 4DBEA 3IIZA 2PE4A 2QJHA 5AHLA 3GYEA 2R94A 2QAFA 3NA8A 6ALDA 1FUYA 3MMTA 5DCDA 4A2RA 2FIQA 4KKXA 4YCPA 2GVGA 4DELA 4LRTA 4UFHA 4K37A 3DKLA 3W75A 2VELA 1EPXA 4NQ1A 3M1ZA 2BLEA 2CFFA 4QIUA 2ZTJA 4FNRA 5EL1A 3EX4A 4QNWA 4ZQMA 1YTEA 2Y85A 3KVMA 5FI8A 3BG3A 1GG0A 2NXIA 4RR4A 5KZDA 3NQ8A 4UTJA 3EXRA 4ZQCA 1W5NA 3PF3A 1MZHA 4CNPA 1TRDA 1JQVA 3L9CA 3CWNA 2A7RA 1KM2A 2GQ9A 5BMWA 4N9CA 2YW3A 3NQ2A 2H6RA 1VLWA 1RQHA 4DXVA 3S6DA 4GC4A 1PCWA 1G69A 4J9JA 1SZNA 5L6UA 5CPMA 4IMDA 4YLWA 1QPRA 4N6FA 1VPXA 4K7YA 3TXVA 1RQEA 4FXRA 3A21A 2GUUA 4AF0B 3NM3A 4JNMA 2NUWA 1AL8A 4JN6A 1TPVA 3GVGA 1N55A 3VKJA 4DF2A 3ZFHA 2C18A 1G7UA 1DQXA 2C14A 4HNUA 3MI3A 1BEUA 3MP3A 1JCYA 3W7PA 3M5YA 3ABQA 5K9DA 4JYEA 3BARA 4UMCA 4M6QA 3G0XA 2GQ8A 1WOBA 2A21A 4BR1A 1H1YA 2YX0A 3BK0A 1W0MA 2ZA3A 3PBVA 2E68A 4UNLA 2OT0A 2Y7FA 4MYAA 2DZSA 1XBVA 2HMCA 3SW6A 1P1XA 2Y88A 1FDJA 1XBXA 5D2TA 4NNAA 2WSQA 1B57A 3UNDA 3TFCA 3LGEA 3TA6A 1GTEA 4LUIA 3L5LA 4RKAA 3R13A 1JVNA 3W7HA 3S5OA 5D33A 5C5YA 1ME9A 3SECA 2GVJA 4NZFA 1KBJA 3C4UA 4S1FA 3UZJA 4UC5A 5AB3A 1F74A 7TIMA 5HQEA 4UFLA 5F1UA 1EB3A 5DBTA 4IQLA 3KX6A 3NGJA 3BO9A 4POCA 5KZMA 3LRKA 1IIHA 1QAPA 3GZ3A 4JX6A 1N7KA 4GNJA 3GIYA 2YYUA 2CZDA 1FCQA 1OYCA 5HR6A 3DENA 1H7RA 2R8WA 3NL6A 3V75A 4IJBA 1R2RA 3TKFA 1QO5A 1UUMA 1H7WA 3UYCA 2VFGA 2OJPA 2Y7GA 2X16A 2Y63A 1RVGA 5F2IA 3ATZA 3S5ZA 3QMSA 2RDTA 4WUIA 4RX0A 3B0UX 3KXQA 3FYOA 4MZ8A 3S5YA 1X8FA 5J5DA 4OWGA 3GDMA 2IQTA 3O05A 3G22A 4WZHA 2J24A 2NUYA 5CPOA 1Z42A 2VOMA 3KOFA 3I7QA 1SSGA 1IXPA 1CX9A 1SO6A 2QCGA 1W5PA 1F6KA 3M9YA 2HSAA 1KM0A 2NV1A 2QJGA 3L21A 4XTIA 1VR6A 3W7KA 3UWYA 1EEPA 4WQ6A 4NJKA 1DV7A 3MYOA 2Q3RA 1TIMA 4KFOA 4K36A 5DELA 2ISWA 4LV9A 5TQLA 3W2MA 1JJKA 2A5HA 1G67A 2CZEA 4I7UA 1I2QA 3OA3A 1OFEA 3PG9A 4JTJA 4XTDA 4D2JA 4I7WA 1DBTA 5EMUA 1GVOA 3FOKA 3S42A 3HPSA 3M5XA 4NXSA 5C55A 4JIPA 2X1SA 1TJRA 2ZBTA 3MP5A 1DQWA 1SSDA 2Z0IA 5SWUA 4UFMA 5HUOA 5IBXC 3NQEA 4O0ZA 1HTIA 1VS1A 5K3VA 5FEPA 5J5RA 3N2MA 2CWNA 1Q45A 1THFD 5LNSA 3LCGA 1SQ7A 5CSRA 1KBIA 4PFMA 3PUOA 3C3NA 5EPDA 3H54A 3ZWSA 5KZEA 4WJEA 5IBXA 1WYIA 3OG3A 5L9FA 1OX5A 4NZJA 1G4TA 1H1ZA 1T0OA 1FCVA 1V5XA 4X2RA 5DXYA 3PVFA 3LTPA 3G1XA 3W7RA 5C2XA 1ZCOA 5HWNA 5F4SA 1Z44A 3LBCA 1XBYA 1S5WA 2RDUA 4JX5A 5CPNA 2GJNA 2ZZ6A 4O19A 3NNTA 1W5MA 3NQDA 5A8GA 1VCGA 3QYQA 4M7SA 1JCXA 1K7EA 3C8FA 1VH7A 1ZAJA 3FEMA 3UD6A 3T40A 3EWZA 4FIQA 3SGUA 1PVNA 1OF6A 3F4NA 4MLRA 1AG1O 4UMBA 3QEZA 2ZFAA 1TCDA 2W6RA 4CCDA 4S2CA 3WJXA 4ZVJA 5D04C 4DEFA 1W3IA 1C29A 2Z1BA 1GEQA 4EVZA 3S0CA 4UXDA 3BGJA 3PSVA 2OCZA 2A6LA 5LNWA 1LCOA 1B9BA 4O0KA 1QPOA 1H51A 3MWAA 3O6CA 2BX7A 1GJPA 5CKSA 4AAJA 4PH6A 5U4NA 1S5TA 1LOQA 4LVGA 2A0NA 2VXNA 1L2UA 3UQNA 4NJJA 1FCBA 1KFCA 3THAA 1U5JA 3OHIA 3EX6A 3CWOX 3E9AA 5CSSA 4CLMA 1I2OA 4XBKA 3WJSA 3HGJA 4XWUA 1GYNA 3SJ3A 3P81A 3QMTA 1GVFA 1ZAHA 2DZPA 4LS0A 2ABAA 2J27A 3IV3A 3LCIA 3EKLA 2Z6IA 5FF4A 1DKWA 5I3FA 2JGQA 3EXTA 5E93A 3BW3A 3RU6A 4MVAA 1OK4A 1SW0A 3G1SA 1M7OA 4BFAA 2ZA1A 1KV8A 3LCLA 3EWBX 4GFSA 2V2HA 3PUDA 3DGRA 4LNYA 1VYPX 4M6VA 3NQ7A 2YSWA 3E12A 4QJ1A 1ZY9A 1IIGA 3M6YA 4JYFA 3GXNA 1EUAA 5H91A 3P74A 3KVKA 1JUEA 4O10A 4UTUA 1QWGA 1H50A 1YXYA 4M6PA 5C6MA 4Y8FA 2DZUA 1JQXA 1NEYA 3FYPA 3O06A 3TU9A 2HS6A 3QMRA 3OVPA 1X1OA 4UR7A 1WQ5A 2W0UA 3IEBA 2V82A 2QCFA 3A5VA 4HHPA 2KZHA 2I9EA 1M7PA 1KFBA 3NQ6A 4H3DA 2YR1A 3FKKA 5AHNA 1FWNA 3SY5A 5BW6A 3DAQA 2ATMA 2X2GA 2WNQA 4JTGA 2FB2A 1KLYA 4UIOA 4TU1A 4OV9A 2B7OA 4EOUA 5AYZA 3I7SA 2ISVA 3U6WA 1BTMA 1LBFA 2X1UA 4O54A 1XBZA 4R33A 3TDFA 3H53A 2QF7A 4IGHA 3NQVA 1LOSA 1HUVA 1QCWA 1KFJA 1T8XA 2ZA2A 2A4AA 1RV8A 3IVTA 3TMQA 5DCEA 1F6PA 1OJXA 1UJPA 4O15A 1FBAA 2FDSA 2ZRYA 1WBJA 3UWWA 3BLEA 3M7WA 3PB2A 1K8ZA 4XBSA 4C1LA 3FJLA 3THQA 3W1LA 4HNTA 1JRBA 4I9AA 3P62A 4A2SA 3QRHA 2TPSA 1OABA 4DF0A 4NVTA 1TREA 5LKYA 1LLZA 3N9RA 4MZ1A 3OVRA 4E2BA 1LRTA 3W85A 4IMGA 5D2VA 3D0CA 5AC7A 3O1NA 3UY8A 3TJLA 4HIBA 3P60A 3GR7A 1L6YA 4FXSA 2Q8LA 2A6NA 2JBMA 3PB0A 3LRLA 3N14A 2TYSA 4IUOA 5BRBA 1XXXA 2E5CA 3GDTA 4LRSA 4WXYA 1ZHAA 4AHPA 3BV4A 4UFJA 3HIJA 3NL3A 3MP4A 5G2IA 1UBSA 1ML1A 1ZALA 4JYDA 4LUJA 2V9DA 2EKCA 1FDYA 1IXOA 2NWSA 3EEGA 3QSRA 2Q3OA 4HKPA 3G3MA 3MHGA 3LLDA 1G7VA 3LV5A 1T99A 2WSRA 3VI2A 1IXNA 3RF9A 5DLCA 2V5LA 4O28A 3M44A 2YCEA 1OFRA 1SZFA 3IIXA 3PC0A 1TPDA 4OV4A 3TUUA 1OYAA 2FJKA 4RZ4A 4UNKA 2VKZG 4LT9A 1W54A 4MUZA 4P2VA 5D30A 4WD0A 3T78A 4LW7A 2RH9A 4KFPA 4TMCA 1PV8A 3S8HA 1VQTA 3NQAA 4UTMA 4NX0A 4DQWA 3LHWA 3PULA 3EWYA 4JTLA 2I14A 3E96A 1VCVA 2DZVA 3VE7A 4W9TA 1MEWA 4K8HA 3MBDA 3RLVA 3TAOA 5EKYA 4LS2A 3G1DA 1HL2A 2RDWA 3W2NA 2H90A 1LBMA 1SO4A 4AWSA 1QOQA 2G5WA 4Z1CA 3MYPA 4JTEA 5HWMA 4AXKA 1GT8A 2A1YA 5LZLA 3B03A 3KAOA 3UPWA 4UTTC 1XFBA 3S1UA 1FXQA 5BNKA 3W1NA 2FPTA 2YGYA 1H7OA 4NJIA 5D02A 4UTWC 5CZTA 4EF9A 2WQPA 5DBUA 5FEXA 4NUWA 5F2LA 5KMYA 4UTTA 2DORA 5LNRA 1KTNA 3P5YA 4JDYA 3BLIA 1E51A 2BZNA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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 3FA5 A;  1W1Z A;  2Y62 A;  1AW1 A;  1S5V A;  4RK8 A;  4XKY B;  3W7G A;  5K4X A;  3E0I A;  4GBU A;  3SR7 A;  2Z6J A;  5F2G A;  3BPW A;  4CCC A;  3P82 A;  5U7S A;  1JUB A;  3CHV A;  2VEK A;  1VJI A;  2TRS A;  2ZRV A;  3GKF A;  4AF0 A;  4FO4 A;  4BF9 A;  3GAK A;  1TPF A;  3LX9 A;  3WK2 A;  2VFF A;  4MJZ A;  3ABR A;  5G2H A;  3MI6 A;  3W1A A;  3ZR4 A;  1TPU A;  4O1C A;  4FX6 M;  1DOR A;  3W88 A;  1QPQ A;  4N2Y A;  3S5N A;  3BGG A;  3QH2 A;  3TW6 A;  2B4G A;  1I45 A;  3UWZ A;  5GVJ A;  1PII A;  1VC4 A;  4FB7 A;  1IF2 A;  2V81 A;  4AWT A;  1XM3 A;  4IME A;  3KHJ A;  4M5P A;  1NF0 A;  4K8E A;  5K2Z A;  5HJL A;  3DU0 A;  5EY5 A;  3O6D A;  3WJW A;  4BI5 A;  4FX8 A;  4PL2 A;  4XKY A;  3T4C A;  3LCF A;  4RV8 A;  1KFK A;  2GJL A;  1B3O A;  4FF7 A;  1D9E A;  4WY0 B;  4M19 A;  1YDO A;  5FF2 A;  2RHG A;  3LXB A;  4OT7 A;  1P5B A;  1UUO A;  2CLM A;  1J2W A;  1YDV A;  1XC4 A;  3STC A;  3Q2D A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 4XUG A;  3WLK X;  4ATD A;  2WSY A;  1MQR A;  5LNU A;  1SPQ A;  2KAU C;  1SZR A;  3PTK A;  4GIR A;  3DGB A;  3F4W A;  2QVN A;  1E1E A;  4C6B A;  1ADO A;  4YTT A;  1PUD A;  3DC0 A;  4ZQN A;  1NDY A;  2C1G A;  1WDD A;  2QEZ A;  4LVB A;  4RW5 A;  2CKR A;  4G1K A;  2G4F A;  3BVJ A;  5D32 A;  1JCN A;  4PMQ A;  2DT3 A;  3APG A;  4EPD C;  3VAB A;  4RJE A;  3M16 A;  3GW3 A;  2X1I A;  4ZL1 A;  3IRS A;  4NYU A;  4OEC A;  3WQG A;  1AH0 A;  4F4R A;  3UZ5 A;  4UQB A;  4WX2 A;  3KOX A;  4FR1 A;  1UD6 A;  1CB7 B;  4E5T A;  4JIQ A;  1POJ A;  4G1N A;  2CLI A;  4MY1 A;  3K4W A;  1ZP4 A;  4PCS A;  3GFX A;  5LIY X;  4GRS A;  4I9T A;  2E0P A;  3GH5 A;  3SCO A;  4S3C A;  4ES4 A;  2BOE X;  2PTD A;  3U7V A;  3K2G A;  1ISY A;  2DSZ A;  3O8A A;  1PBG A;  2P76 A;  4YVX A;  4PTV A;  3MSG A;  4BCE A;  1X97 A;  2VVN A;  3D3F A;  4AYG A;  1O5X A;  3E1F 1;  4S3K A;  2O7S A;  1V0M A;  3E02 A;  3LPF A;  3PJX A;  5AVH A;  1JR1 A;  3WD0 A;  1OZQ A;  1FHV A;  2ZKM X;  3ITT A;  4LSB A;  3DX5 A;  4XAF A;  3T6C A;  4FPS A;  4LBU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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