2Z1SA

Beta-glucosidase b from paenibacillus polymyxa complexed with cellotetraose
Total Genus 164
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
164
sequence length
445
structure length
445
Chain Sequence
NTFIFPATFMWGTSTSSYQIEGGTDEGGRTPSIWDTFCQIPGKVIGGDCGDVACDHFHHFKEDVQLMKQLGFLHYRFSVAWPRIMPAAGIINEEGLLFYEHLLDEIELAGLIPMLTLYHWDLPQWIEDEGGWTQRETIQHFKTYASVIMDRFGERINWWNTINEPYCASILGYGTGEHAPGHENWREAFTAAHHILMCHGIASNLHKEKGLTGKIGITLNMEHVDAASERPEDVAAAIRRDGFINRWFAEPLFNGKYPEDMVEWYGTYLNGLDFVQPGDMELIQQPGDFLGINYYTRSIIRSTNDASLLQVEQVHMEEPVTDMGWEIHPESFYKLLTRIEKDFSKGLPILITENGAAMRDELVNGQIEDTGRQRYIEEHLKACHRFIEEGGQLKGYFVWSFLDNFEWAWGYSKRFGIVHINYETQERTPKQSALWFKQMMAKNGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Paenibacillus polymyxa
publication title Crystal Structures of Paenibacillus polymyxa beta-Glucosidase B Complexes Reveal the Molecular Basis of Substrate Specificity and Give New Insights into the Catalytic Machinery of Family I Glycosidases
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase B
total genus 164
structure length 445
sequence length 445
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2007-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2z1sA00
3N04A 1QW9A 3TTOA 4AZ7A 3BMWA 3VIOA 2WK2A 3AZRA 4ZEPA 1E1FA 1GQLA 2WMHA 1ZL1A 4W84A 1DHKA 1E73M 4OBSA 4FF5A 4JIEA 2FGZA 2WC4A 1C91A 3K4DA 4W86A 2E40A 3MV01 2JIEA 2NT1A 4C7GA 3F5KA 3FHAA 2A3AA 1E1EA 1V03A 3OB8A 5A95A 4TVCA 1UHVA 2CBIA 2G3IA 1RP8A 3ZT5A 1GOQA 1E0XA 1UWRA 2OSXA 2XPKA 1OT2A 4DUXA 2O9TA 4CCDA 3G6MA 1DWGM 3AS3A 3OLDA 3VOCA 3NUKA 1VFUA 4JL2A 3ARUA 1CPUA 1ZU8A 4FK9A 2MANA 2J78A 3RIKA 3L4TA 4L4PA 1R7AA 1UWSA 2VO5A 5A6BA 1Q6EA 3CMJA 5CXPA 3CZEA 1JG9A 1QI2A 1WE5A 4RE3A 5DT5A 1UD5A 1U30A 1CGTA 3AIBA 3SUVA 5A6JA 1CENA 2WMJA 4M1RA 1Y7VA 3SCQA 5A1AA 4W7UA 3U57A 4FLRA 4UQCA 5TD4A 3ZJKA 1NWSA 5GNZA 4D1IA 2WZEA 3WF3A 1CGVA 1V3MA 3WFLA 3FNDA 3AMDA 3AOFA 1R85A 4FMVA 5A2CA 3EDFA 4MTVA 4MJ2A 3WQ5A 4FLQA 4Z2HA 1R8LA 5ABHA 3RM9A 4BA0A 3AICA 4U31A 5BXRA 4KWUA 1WPCA 2Y4SA 1TVPA 1US3A 1WO2A 1KB3A 2WM0A 1BHGA 2EO7A 1E6PA 4P7RA 3WQVA 3AISA 3VU2A 4PBGA 2G3NA 2OSYA 1OM0A 2WSKA 3GNPA 1BF2A 3N12A 2JE8A 3EDEA 4OOZA 5FOOA 1UWIA 3EDKA 4AIUA 3UESA 3NDYA 3TONA 1G5AA 2ZWYA 1B2YA 1OWQA 4AD5A 1C90A 2EPNA 4UFMA 3GBDA 1XSKA 2W91A 4AZBA 1QW8A 5JIPA 1W9BM 4M82A 1ISWA 1V3KA 1GQKA 3U7BA 3WD4A 4U5IA 3WH9A 1TVNA 1RP9A 4AD0A 1XSIA 3PZMA 2VTFA 3N9KA 4D6GA 4CD4A 2V3DA 4AIOA 4PMXA 5EB8A 4U2ZA 1TA3B 1QI0A 1MYRA 1VJZA 1VBUA 1UH4A 1E4IA 1PZ3A 4RE4A 5HBFA 2V3EA 4UQAA 2D0FA 3AHXA 1C3FA 3THCA 4CU7A 3NYDA 4IPLA 4PSRA 1J18A 2ZUWA 5GNYA 1PBGA 3A3HA 1V3IA 4LQ1A 4HTYA 4NRRA 2CCRA 3VM5A 4HZ8A 3VGEA 5A8OA 3MV11 2WWCA 2VNCA 2X1IA 3RPMA 4TTGA 2Z1SA 2V5CA 1XSJA 1GVIA 2XWEA 2YA0A 1GW1A 3WIJA 2WVUA 3VMOA 4RE2A 2AAAA 1V6YA 1LWJA 3PN8A 2OYLA 5I24A 4HP5A 4D72A 3WNLA 3MMDA 2GVYA 5F7UA 1OINA 2WVSA 1CZ1A 3WNMA 1MXDA 3DECA 3GNOA 1OCQA 3WMBA 1VAHA 2ZWZA 3AI0A 6A3HA 3B9AA 4QDMA 7CGTA 2GJRA 5DEZA 2DEPA 1OIMA 1E43A 4HMCA 1XCXA 3ARYA 2X0HA 2FDMA 2WSPA 4UCFA 4J3SA 3WH7A 2XVGA 3DC0A 1VEMA 3WUFA 2QLYA 2VX5A 2E9BA 3ZMRA 3ZR6A 1FFQA 1E72M 3M7SA 2ZXDA 2DT1A 2NW0A 1UA3A 4XUYA 4IISA 3KE0A 1PX3A 2WLZA 2WC7A 1TG7A 1WP6A 2UY3A 4D6DA 3W28A 5JBFA 1A3HA 3WDPP 2WHMA 4GIAA 1AQMA 4LX4A 3VKKA 4AD4A 3VDAA 1DWIM 2XFYA 3ARZA 2DSZA 4GO8A 1W9XA 2V38A 3PZNA 4NI3A 2J8GA 3QOMA 2BFGA 3THDA 4M81A 4CD8A 5BRPA 1QNSA 3L4VA 4AD3A 1JL8A 1ITXA 1ZBVA 3ARXA 1F4HA 1QNOA 5E9AA 3O9NA 1W3JA 2ZE0A 1I1XA 1E9LA 4AC1X 2YDSA 3K1DA 2J79A 1DP0A 2JEPA 3N17A 3VDBA 5I2UA 4KRUA 3WNOA 2V3FA 3N11A 1W9UA 4ZXLA 2J77A 4AY1A 1FHLA 1HJVA 1W2VA 2FH8A 5HXMA 2DSUA 1LG1A 1HNYA 1CLVA 1OBAA 1CGYA 3ECQA 3UETA 1UYQA 1M7XA 2ZX8A 3WKZA 2CPUA 1MQPA 1MVYA 2HVMA 3UERA 1B3WA 1BAGA 1E4LA 3QR3A 4A3YA 5ABFB 2WVVB 4RL3A 3ZR5A 4H8UA 1C8YA 2NT0A 3SUSA 3WF1A 4CUCA 2B31A 1W3LA 2CEQA 3MSDA 5CPQA 3WDRA 2WHLA 1JAKA 4MJ4A 2YBUA 3WMSA 2BY0A 4UTFA 4PMYA 2E4TA 4HPHA 5E70A 2J7BA 1EH9A 2Y8VA 3AIRA 1GJUA 5A6AA 2O9OA 3BAJA 3ZT6A 4LYRA 2BHUA 1XV8A 1CEOA 3AROA 1B9ZA 5BCAA 1NP2A 2VT0A 4D6HA 1HJUA 5I79A 2Y8KA 3F4VA 2WAGA 5DO8A 3TTQA 4DM1A 1KXHA 1DWJM 1PEZA 4OOUA 2V3GA 1EDGA 1J9YA 1CDGA 1UA7A 1J0KA 1GHRA 1CXLA 1UD2A 2OSWA 4U3CA 1GVYA 4X0VA 5FIPA 1W2PA 3AMLA 1UH2A 2O9PA 3I3BA 3KZSA 1TE1A 4XZWA 1V0KA 3RJYA 2VQUA 1XC6A 4W87A 1UZ1A 1VF8A 1VFFA 5GNXA 3WEOA 2GJXA 2WBGA 2ZX7A 1Q6FA 3PTKA 4D6IA 1UQZA 1HIZA 1WZMA 4P7NA 4CU6A 1PAMA 2WMGA 5A8PA 1ISXA 2ZICA 1GOIA 1FOBA 4UZUA 5IFPA 4AEFA 4B3KA 3TA9A 1UKQA 5M03A 1H5VA 1H0GA 2VX7A 2WZIA 5C71A 3GXIA 5I78A 2D3LA 2W92A 2PI6A 1JDCA 4TX6A 1CXHA 1GQJA 4ML4A 4XB3A 2DGAA 2ZUSA 4U2YA 2CESA 2J74A 4BZYA 4XV0A 4BS0A 3BH4A 4MAZA 4J27A 4JHOA 4D6FA 3WQ8A 1TMQA 2DH2A 1M03A 1JZ3A 1UOKA 3NSNA 4H04A 3BXWA 4JCMA 3WDQA 3CHEA 2ZXQA 2G41A 4KGJA 1TUXA 1KR1A 3MUAA 3ZJ8A 4HA1A 1H3GA 1WDPA 3L4UA 1X6NA 2J4GA 3BMVA 4M56A 5D9MA 1EGZA 3POHA 4AZCA 5JBEA 3BLPX 4P7QA 2WWDA 5ABGA 1E6NA 4JZ5A 1HJWA 2BY1A 3PZVA 2JFEX 2CYGA 1XH2A 4JAWA 4E2OA 1LL6A 1VEOA 3BAYA 3DYMA 2W63A 1EO5A 1J0IA 1WZKA 3ZM8A 3OZOA 2E9MA 4HOWA 1EIBA 4OBRA 4WSJA 2CHOA 2ZXBA 1MW0A 5AYIA 1H09A 3W25A 5IHRA 4AIEA 1E6ZA 3ZJ6A 2D3NA 4EAMA 3RMEA 2VZVA 4AXNA 3RJXA 3ARPA 1C8QA 2D1ZA 3GNRA 2IXVA 1XRVA 3HJEA 3I3EA 2ZIDA 3W6LA 1LQ0A 1UR4A 4QLKA 1MFVA 1PX4A 3VDHA 1OIFA 2J7CA 1QBBA 3RM8A 4F9DA 5E6YA 3ALGA 3WUGA 4F8XA 1C92A 4W8LA 4JHZA 1VFOA 2C0HA 2ZUVA 1V0LA 3ARWA 3TTYA 1B30A 2OWWA 1IZJA 2CXGA 4H8HA 3CBWA 2CITA 2IXUA 5D8WA 4UFIA 1JF5A 3SCVA 3VGFA 1JI1A 2X8RA 3K8MA 1JYWA 4W88A 2G3MA 3U5YA 1JDDA 5HPCA 4WKHA 2YOCA 1U33A 3AHYA 1MWOA 1W3HA 4YPJA 5BWFA 3W37A 5DFAA 3FN9A 5D9OA 1J11A 1JD9A 2VQTA 4QLJA 1CXEA 4URIA 1GOMA 4EKJA 1BPLB 1UR2A 2VI0A 1K9FA 1NWRA 4QLLA 2RGMA 3M6DA 5KEZA 4LGXA 2WMIA 3GM8A 1AQHA 4GQQA 4PTXA 1EA9C 3MMUA 4HPGA 2YDQA 3CUGA 3A47A 5EBAA 4DWSD 1CGUA 4HOXA 2BVDA 1GPFA 2ZUUA 3KWXA 3W0KA 3MS8A 5I5RA 5GQBA 3UEQA 3T08A 3KEHA 4OUEA 1CTNA 1JFHA 4AZIA 3VGDA 1EOMA 4U33A 2DQXA 1ODZA 4AWEA 4PTWA 2WCSA 2Z1KA 1JZ8A 4FLOA 2CETA 1J0HA 2ZUMA 4PMZA 5A2AA 3PZ9A 1NH6A 1KQYA 2PWFA 3CZKA 1MW3A 4ATWA 1JNEA 1HKJA 1UG6A 1E71M 3SCOA 1W9PA 1G1YA 1N82A 3B9DA 3KL5A 1E3XA 5CLTA 2F61A 3BAKA 4MADA 4UR9A 4PUDA 1UUQA 2O9RA 3B9EA 1W1YA 4PTVA 4CU8A 2OYMA 1PZ2A 3PHAA 4W7WA 4DM2A 2YIHA 1CBGA 1UD6A 3D3AA 4LPCA 1CGWA 3AS2A 3UG5A 3UCQA 3U7VA 2GFTA 2GK1B 1HL8A 3CZGA 3OGRA 3WFZA 1HN1A 3PTQA 4M8UA 3UG3A 1BQCA 5C70A 2W66A 3OGSA 4CCCA 3VMNA 1EOKA 1E6QM 1AVAA 4U5KA 3ARVA 1VIWA 1DWAM 1C93A 2VRQA 6CGTA 4HMEA 4M80A 1Q6DA 1GZJA 4H8VA 3MUZ1 1ZBKA 3EYPA 4J3UA 1V02E 2BY2A 2BNJA 2YA1A 4ZXOA 3D5HA 1PIFA 4QFUA 1Q6CA 4WLCA 4OIFA 3DHUA 3QHNA 1VBRA 3W81A 1QPKA 2ZUTA 5HNNA 5IDIA 2YL5A 1IV8A 1SYTA 4J3WA 3FW6A 5DT7A 3QHOA 1CXFA 4X9YA 5CJ5A 1HJSA 2G4FA 1GNXA 3WQ6A 1Z32X 1NM9A 2FHFA 4WF7A 1LL7A 1DTUA 1E15A 2YA2A 3PBGA 2OYKA 3BLKA 3SCNA 3SUUA 1M04A 1K6AA 1XH1A 6TAAA 4E8DA 2ZX9A 2FGLA 4JKLA 5AC5A 2EPLX 2JF6A 2OWCA 3SUTA 4WKAA 1GCYA 4PCSA 4LYPA 1VEPA 4CKQA 4CD5A 1W91A 2G8ZA 4QAWA 5LA0A 4JFVA 1KWGA 4GXPA 2W4XA 4GINA 4HZ6A 4J28A 1TZ7A 4NZCA 4YHEA 1JIBA 3VGBA 4OZOA 5FL0A 4QCFA 3W53A 5EMYA 1HL9A 2EQDA 1C7SA 2IUZA 4OJYA 1HP5A 3VD5A 4CVUA 5HPOA 1JAEA 4V28A 4TX8A 2Q8XA 4W93A 4MB1A 3LPGA 1FH9A 3VGHA 2BY3A 1V08A 4JFUA 1E70M 1KGXA 2VX4A 3PZIA 4Z2KA 2YL6A 2E3ZA 3IAQA 1AMYA 1R86A 4MDPA 2PF0A 3AIWA 2XFFA 1KQZA 4TOQA 1H41A 4KGLA 5JUVA 2PWEA 5A69A 5EFFA 2CBVA 1ZJAA 3VIPA 5A3HA 2WB5A 4A4AA 5CGTA 4TTUA 1ZB5A 2PWGA 2VVSA 3EBVA 4W85A 1ZJBA 2DT3A 3GXFA 3CHFA 4EK7A 4L4OA 3SEPA 1WB0A 2GJPA 5BXPA 4AISA 2JF7A 5BXTA 3SCPA 4W89A 1ESWA 4IUGA 2V5DA 1JYVA 4AEEA 3BC9A 2XHYA 4HZ7A 1EXPA 4M29A 5ECUA 3IAPA 3GTNA 1B0IA 2X05A 1HP4A 4Z2LA 2GUYA 1OT1A 4UFHA 1UKPA 1EDTA 4DWSA 4W5UA 3UG4A 4GQRA 1FA2A 2HISA 4HU8A 3WUBA 1QHPA 1KCLA 4EE9A 2D2OA 1WZLA 1UWTA 5A8QA 1PJ9A 2DSWA 3CLWA 3CUIA 5ABFA 1CNVA 5M5DA 5LA1A 5M17A 3ZJ7A 4JKKA 3I3DA 3WQWA 5A94A 4PTMA 1XD0A 5D9PA 3WY1A 3VM7A 4DWSC 4CCEA 2E9LA 3WF0A 4IPNB 2WHJA 3VIFA 2UWFA 2ZXAA 2XM1A 1WCGA 3BCFA 4BQ5A 3VPLA 3SURA 2QMKA 1BLIA 2W67A 1V0MA 1LLOA 4KMQA 4PMNA 3AIVA 4NRSA 1V3JA 1BG9A 4ACZA 2E0PA 1SFSA 1EO7A 3K8LA 2EPKX 1R87A 3VIGA 4GZEA 4PMDA 1JXKA 1P6WA 4NF7A 2J7GA 3AQUA 3RCNA 1UKSA 1C7TA 1W32A 4PRWA 4UQEA 2EEXA 5CLWA 5GPRA 3VIHA 4F79A 4JL1A 1MQRA 2BXZA 3E1F1 5I23A 4CN6A 2XSBA 4P7LA 2FH6A 4B9ZA 3BSHA 1NP0A 5LYRA 1YHTA 1NWTA 3WELA 1GONA 5CGMA 1UD3A 3DHPA 3LMYA 3VUPA 4W8AA 1FH7A 1BGGA 3VD9A 5E0FA 3SCTA 3VD7A 1OGSA 2DSKA 3WL1A 3A4WA 4UOZA 2EJ1A 3ZIZA 3T0BA 1E6XM 2J7EA 2NSXA 3VIMA 2WXDM 5CPSA 1FHDA 3HMCA 4UFLA 2PBOA 5CZKA 2VCAA 1J10A 1MW2A 1L8NA 2DH3A 5A8MA 1XGZA 3S2CA 3AS0A 3NDZA 4ATLA 4MNLA 3CUFA 3EDJA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3N04 A;  1QW9 A;  3TTO A;  4AZ7 A;  3BMW A;  3VIO A;  2WK2 A;  3AZR A;  4ZEP A;  1E1F A;  1GQL A;  2WMH A;  1ZL1 A;  4W84 A;  1DHK A;  1E73 M;  4OBS A;  4FF5 A;  4JIE A;  2FGZ A;  2WC4 A;  1C91 A;  3K4D A;  4W86 A;  2E40 A;  3MV0 1;  2JIE A;  2NT1 A;  4C7G A;  3F5K A;  3FHA A;  2A3A A;  1E1E A;  1V03 A;  3OB8 A;  5A95 A;  4TVC A;  1UHV A;  2CBI A;  2G3I A;  1RP8 A;  3ZT5 A;  1GOQ A;  1E0X A;  1UWR A;  2OSX A;  2XPK A;  1OT2 A;  4DUX A;  2O9T A;  4CCD A;  3G6M A;  1DWG M;  3AS3 A;  3OLD A;  3VOC A;  3NUK A;  1VFU A;  4JL2 A;  3ARU A;  1CPU A;  1ZU8 A;  4FK9 A;  2MAN A;  2J78 A;  3RIK A;  3L4T A;  4L4P A;  1R7A A;  1UWS A;  2VO5 A;  5A6B A;  1Q6E A;  3CMJ A;  5CXP A;  3CZE A;  1JG9 A;  1QI2 A;  1WE5 A;  4RE3 A;  5DT5 A;  1UD5 A;  1U30 A;  1CGT A;  3AIB A;  3SUV A;  5A6J A;  1CEN A;  2WMJ A;  4M1R A;  1Y7V A;  3SCQ A;  5A1A A;  4W7U A;  3U57 A;  4FLR A;  4UQC A;  5TD4 A;  3ZJK A;  1NWS A;  5GNZ A;  4D1I A;  2WZE A;  3WF3 A;  1CGV A;  1V3M A;  3WFL A;  3FND A;  3AMD A;  3AOF A;  1R85 A;  4FMV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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