1RQBA

Propionibacterium shermanii transcarboxylase 5s subunit
Total Genus 168
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
168
sequence length
472
structure length
471
Chain Sequence
PREIEVSEPREVGITELVLRDAHQSLMATRMAMEDMVGACADIDAAGYWSVECWGGATYDSCIRFLNEDPWERLRTFRKLMPNSRLQMLLRGQNLLGYRHYNDEVVDRFVDKSAENGMDVFRVFDAMNDPRNMAHAMAAVKKAGKHAQGTICYTISPVHTVEGYVKLAGQLLDMGADSIALDMAALLKPQPAYDIIKAIKDTYGQKTQINLHCHSTTGVTEVSLMKAIEAGVDVVDTAISSMSLGPGHNPTESVAEMLEGTGYTTNLDYDRLHKIRDHFKAIRPKYKKFESKTLVDTSIFKSQIPGGMLSNMESQLRAQGAEDKMDEVMAEVPRVRKAAGFPPLVTPSSQIVGTQAVFNVMMGEYKRMTGEFADIMLGYYGASPADRDPKVVKLAEEQSGKKPITQRPADLLPPEWEKQSKEAATLKGFNGTDEDVLTYALFPQVAPVFFEHRAEGPHSVALTDAQLKAEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
source organism Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii
publication title Transcarboxylase 5S structures: assembly and catalytic mechanism of a multienzyme complex subunit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords transcarboxylase 5S subunit
total genus 168
structure length 471
sequence length 472
ec nomenclature ec 2.1.3.1: Methylmalonyl-CoA carboxytransferase.
pdb deposition date 2003-12-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00682 HMGL-like HMGL-like
A PF02436 PYC_OADA Conserved carboxylase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1rqbA01
4FNPA 3W85A 3F1QA 3W22A 3UY7A 3DFNA 1KA9F 2C15A 1TRDA 4AXKA 3BLIA 1W54A 5DBUA 1W0MA 4CCEA 3PB2A 1RV8A 2ZTJA 3W7KA 2CLHA 2YYUA 5G4WA 4JTHA 1EA0A 2BLEA 4LRTA 3HG2A 3BVJA 4GXMA 3SGUA 2QUTA 2VFIA 1SO5A 4Z1DA 5HJLA 2WQPA 3G0UA 3DBPA 3LHTA 4JIPA 3LXBA 1VHCA 1SUXA 1IXNA 1TV5A 3L67A 5KSWA 4NNAA 3RNDA 1JCJA 2NXGA 2ZRUA 4K7VA 1I4NA 3NQCA 4MLJA 2FTPA 3GR7A 4HSOA 1Q6QA 1WX0A 3DH7A 4AHOA 4WUIA 5H2ZA 4UR7A 4CLMA 1BWKA 1WQ5A 4ZQOA 2R14A 3QZEA 3NL2A 4K39A 3BW3A 3G0XA 1OFBA 1TQXA 1EIXA 1FDZA 1IIGA 1UUMA 3TU9A 5IM51 1PHWA 2P1FA 1RQHA 1TPH1 4JXCA 4FNUA 1TRIA 4A29A 2V2CA 5F4WA 3LHUA 2NV2A 3W1NA 2ZZ3A 3NVTA 4UIOA 5FEZA 4S1FA 2HMCA 4JX6A 3BGGA 3TAOA 4ZZ9A 1C29A 1QOPA 4IPIA 3PBYA 1I8JA 3UYCA 1WAUA 4I7WA 4FEZA 5BMWA 2DP3A 1I2RA 3L65A 1OF8A 2EHHA 4JEQA 3UZ5A 5LHFA 3FA5A 2CFFA 4UFHA 1V5XA 1EWDA 3MBFA 3W70A 4NX5A 2VEIA 4RXGA 1TPC1 1ME9A 3W7MA 1JCNA 4Q33A 4ADSA 2QUVA 1GT8A 1R47A 2VEMA 4JX5A 3E12A 1OABA 1TV7A 4IX2A 3C8FA 1H62A 4N9DA 3HGRA 5MHBA 1J5TA 3G1VA 3IVTA 4NZJA 1TPUA 4Z0JA 1OX4B 5T26A 4Z1CA 3L9CA 4O12A 2ZBTA 3GX9A 2Y7EA 4U4MA 1GJPA 2ZZ5A 1P4CA 4EOUA 4O17A 4QAIA 2WV8A 3B03A 4MZ1A 4AF0A 2Y70A 5AYZA 1S5VA 2PRHA 1KM6A 2ISSA 4JY8A 3U2OA 1FWSA 2NX3A 4XBSA 4W9TA 2C18A 5DCDA 4IMCA 3GNDA 5F2GA 4IWWA 3C2RA 1DVJA 3SW6A 1JUBA 1M6JA 4HPJA 3W2LA 3S9YA 1CX9A 3S5ZA 1YXDA 3QC3A 3KFTA 5D03A 1EX5A 3UWWA 3NM3A 3LBMA 3O07A 2C13A 3BGJA 2VOMA 3KVKA 5CPNA 1O5XA 2JGQA 3W2UA 4OGZA 2VFEA 5G2IA 4GUFA 1AW1A 4RV8A 4LV9A 2HS6A 4XBKA 3C4UA 2E6YA 3SZ8A 2VEKA 5D04C 3GYEA 4ADUA 2A0NA 1W1ZA 4KKXA 2X30A 4IXXA 5L9FA 5K9XA 1FDYA 3ZWSA 4GUHA 3TXVA 1TPWA 1VYSX 3C2EA 3S1WA 3DHFA 5EKYA 2DJXA 4FX8A 1UUOA 2J9YA 2H8XA 2W0UA 3DXIA 4RR4A 2BSLA 2Z6JA 2QJHA 3GDRA 4RJEA 3CM4A 1FWRA 4RX0A 3LRLA 3B8DA 2ATSA 2CLKA 4KFOA 4MZYA 3I7SA 5D2TA 3EWBX 4LVDA 4BF9A 4EF8A 4ORMA 5HWJA 1HG3A 2Z1BA 4NVTA 4H6KA 4Y90A 2I14A 2GOUA 3LRKA 2W79A 2G5WA 3M7WA 4NNBA 2YFOA 1O60A 2ZRXA 1K7XA 1AG1O 6ALDA 2QKFA 3LLDA 1OFPA 4LT9A 3ANYA 1TIMA 1GTEA 4WOQA 3KOFA 1MEWA 4N2YA 2FDSA 2BZNA 4XUGA 2QCMA 1SO3A 3GXTA 3GAKA 1GZGA 2EKCA 2CZFA 2CU0A 4KWWA 3FJLA 1W31A 1P0KA 4NZFA 4MVAA 1F5ZA 3VNDA 3NXFA 2ZRVA 2DZXA 3NQVA 1T8XA 1H7XA 4UCGA 4R7JA 3AO0A 3OIXA 1L6SA 4OU1A 3ATZA 1YYAA 4GBUA 1HO4A 4UFJA 1QMLA 1XCFA 1P0NA 1PHQA 4O4VA 2E5DA 1M7PA 2DZPA 2ZRZA 2Q8ZA 1S5TA 1SSGA 3S42A 2QCCA 3GXNA 1X1ZA 1K03A 2A6LA 3M0ZA 1HO1A 3W1LA 4Y6GA 5C54A 2C6QA 2JKEA 4HNTA 4WZHA 3TUUA 4QSHA 4HN4A 4YL2A 2DZTA 3W2JA 4JN6A 1A50A 3SSJA 3DHDA 3NZRA 1SZGA 1KFJA 2RFGA 5I3KA 2H6RA 2R8WA 3NM1A 1FCUA 2E5CA 5DELA 4LWWA 1VZWA 3O63A 3T7VA 4MYXA 3USBA 1LORA 4MKNA 3W87A 4NJHA 2FPYA 3W23A 1ZALA 5D2XA 3WJZA 3RK8A 2WSQA 5D05A 3M5ZA 2E77A 4PL2A 2V8ZA 2YR1A 5D2VA 1DHPA 4O11A 3TNOA 1RZMA 5DXYA 5F2MA 3FEMA 4RKAA 4UTJA 4YLWA 4O1DA 4UTTC 5U7SA 4UTHA 5K2ZA 1XBXA 5E1QA 1LCOA 4OV4A 3TC7A 3NG3A 4GNJA 2B7PA 3EKLA 3O6DA 2WO5A 2GQAA 3LHYA 4DF1A 3NQDA 2WNZA 4R33A 3VFLA 4HNUA 3I7QA 4Q4KA 4JTFA 5LNUA 1TPVA 3U8GA 4BK9A 3S5OA 1FCVA 1C8VA 5DXXA 5SWUA 2TPSA 3R8RA 2QCDB 3HGOA 3NEVA 1W56A 3NYZA 5EMUA 3PULA 4NUWA 3W1UA 4UNKA 2B7QA 3QQ0A 1X6UA 4ADTA 3M16A 1TJPA 1SQ7A 3FKRA 4L4LA 3QYQA 3A5FA 1PS9A 3PR2A 1FUYA 5CZJA 3PWAA 4E2DA 2J6XA 1RVGA 5K4XA 1OK6A 4OV9A 3MYOA 1H5YA 3IVUA 3NGJA 3MP5A 4BWLA 3B05A 1FY6A 4IUOA 1ZAIA 3K30A 1C9DA 5D2WA 2QCNA 2YCEA 3M5YA 5CZSA 3W1TA 1YTDA 3H55A 1TB3A 3CEPA 1I2PA 3JR2A 3P60A 4FXSA 2C16A 3LCFA 4O16A 3BG9A 1KFLA 1ME7A 1PCWA 3HO8A 2DZWA 3SFKA 4XWUA 3W7EA 1HFBA 3HBLA 1SSDA 3FFSA 1DORA 1YXYA 1ICSA 3UY8A 2GJNA 4MY9A 4TX9A 2I9EA 3DGRA 3P80A 3W1XA 3LOTA 5TBOA 4POCA 3B0VC 3BW2A 4WXYA 4FB7A 4MY8A 3CT7A 4HNNA 5KZMA 1AL8A 4DEFA 4K7YA 5KITA 1KM0A 2Z0IA 4K38A 3TE9A 3LCXA 3LI0A 1NAL1 3TAKA 3CEUA 5EYWA 3S6DA 5J5DA 4JDBA 4YCPA 4HNVA 3E02A 4K8HA 3EX1A 2ATMA 3W7CA 3BO9A 2ZZ6A 4XZ9A 4BR1A 4ZVJA 1LTDA 3NA8A 3A5VA 5K7JA 3VCRA 4BI5A 2VFGA 4TO8A 4K6AA 5LGZA 3DU0A 4M5PA 1NF7A 1QR7A 4UR8A 1K8ZA 4QQ3A 3L5LA 2J24A 3A9IA 2RHGA 3W7RA 2WKJA 3T40A 4O19A 3MI6A 4WQ6A 2GJLA 1VHNA 4C1KA 5HR6A 1M5WA 3B06A 3C56A 4OBTA 4FO4A 2CLOA 1H61A 2H90A 1W5PA 4I7VA 5KTLA 2OJPA 3TCEA 1VC4A 1A5CA 3P62A 1O94A 3RU6A 2CLIA 4WD0A 2C0AA 4X3ZA 4O0ZA 3AJXA 1VCVA 2XN1A 1X7FA 2CLMA 2VEPA 5CZ0A 1Z44A 3LI1A 5HWNA 3ABRA 3QMRA 4S2BA 3W7DA 4AVFA 3MI2A 4RZ6A 1SO6A 3QRHA 2CLLA 2G96A 2YFNA 3QFEA 2H8ZA 2PRLA 1OX4A 3VI2A 5KZDA 4O54A 3DKJA 5H91A 4DPPA 3PBUA 3S1VA 1OVDA 2ZRWA 1BKSA 2YW3A 1OFOA 1W5QA 3SI9A 1VS1A 2YPIA 1I2OA 2GVGA 3BW4A 4TU1A 1R46A 2G97A 1EB3A 1TPDA 5D09A 4GFSA 3M6YA 3F4NA 3MHUA 1DV7A 1EP1A 3A24A 3KRUA 1FBAA 1GTHA 3WJXA 4UTWC 3MBDA 3D0CA 1D3GA 5AHMA 2FQIA 3W2KA 1F6KA 4O1BA 1THFD 1QNVA 2FIQA 4A2SA 2ABAA 5CGQA 3OG3A 3E49A 2GVLA 5C5YA 2ALDA 5TQLA 4ZQMA 4GUIA 1QPRA 3R2GA 4PA8A 1HTIA 4LOCA 4JX4A 1W3NA 2QCLA 3TKFA 3G18A 1WV2A 1F2JA 2C3ZA 2J27A 1RR2A 3OVPA 5HWMA 4A22A 1N55A 3HQ1A 2Y7GA 3M9YA 1Q6LA 4QITA 3P8JA 1UB3A 3W6YA 2VFHA 2RH9A 3PUOA 2DZVA 4AH7A 3TQKA 3CPRA 4PEKA 3IGUA 4GRSA 3LCGA 2ZZ7A 4N4QA 4C1LA 4EWND 2GUUA 4Y96A 3QW4B 5HINA 4M6VA 3GDTA 1WXJA 1QPQA 3IIXA 2B0MA 1F76A 1GVFA 2QR6A 3HG4A 1L2UA 3PS7A 3G22A 2X16A 3FYOA 4JTJA 4LV4A 4UFKA 4AWSA 5DCBA 2A7PA 3GB6A 3UWUA 1V7YA 5F1VA 2ZCGA 3I7RA 5D30A 2CWNA 3O06A 5EPDA 1NEYA 3SR7A 3CIWA 1IGSA 1H7RA 4U28A 5FI8A 1GYNA 3KX6A 1OF6A 4E2BA 3PVFA 3R13A 4PC8A 4JR5A 3B04A 2BTMA 2QJGA 5TIMA 1ZENA 1Q6OA 3NZ1A 4JTTA 4R53A 1GEQA 2YYTA 5LGXA 4O15A 1VYRA 4K8EA 3T4CA 3GNNA 1GVRA 4LU0A 4FNQA 2A5HA 4UMBA 3PSVA 3GVGA 3W07A 1KTNA 3OHIA 1R2RA 3UNDA 3G3MA 2VFFA 4WY0F 3N9SA 3W3OA 4O13A 2ZA1A 3GK0A 3TJLA 1QPOA 3STFA 3LXAA 4PL1A 3PG8A 2JGYA 4O0KA 2YX0A 1XDMA 2F7FA 2RDTA 2X1TA 1QFEA 4MJMA 5LKYA 1QO2A 3WJWA 4MYAA 3S5NA 1LRTA 3MW7A 5G5IA 2NLIA 5LNVA 2B7NA 1TJRA 1R2TA 1PIIA 3TIMA 1B4KA 1DKWA 3P5ZA 3Q2DA 4A3UA 1OX6A 2G95A 4MPQA 3TQVA 3P61A 3C3NA 4MFDA 1FDJA 3STCA 4JTKA 3U6WA 4Y9AA 1LLWA 4JTSA 4QIUA 3V1PA 3HPSA 1FWWA 1JR1A 5FEWA 1ZY9A 3HPXA 3C2OA 3LDVA 3PG9A 5D37A 3B4UA 1BTMA 1F73A 3N2MA 3HG5A 4NJJA 1VCGA 4MJZA 1YLVA 1ADOA 1SZFA 2H3DA 1EPXA 3QF0A 3UD6A 1KM3A 1VLIA 4DF0A 3DFOA 3MHGA 2WSYA 4AB4A 1IIHA 2YSWA 1Z42A 3ZR4A 2OT1A 3KVJA 4RZ5A 4UTKA 1AW2A 1E51A 3THQA 4OWGA 2RKXA 1QWGA 3UXDA 2FLIA 4R34A 4ICNA 2ISWA 1G4TA 4WXZA 3B0PA 3W73A 2Y6ZA 2ZZ1A 1X8FA 2YZRA 4NNCA 2ZTKA 3RF9A 4N9EA 3KRZA 2Y62A 1XKYA 2XN2A 1KM5A 1Q6RA 1K8YA 4X22A 2BWGA 2VC6A 4J9JA 3MHFA 1LRQA 1VYPX 3GKAA 3JS3A 3O16A 2EPHA 3NO5A 1LZOA 1EWEA 4AWTA 3QEZA 3NAVA 3QQ1A 2V2HA 4GJ1A 5LNSA 1FCQA 2E6FA 3RMJA 4N9BA 4P2VA 3TX9A 2A7RA 2J88A 3OVQA 2QCEA 1Z48A 2TYSA 2YDAA 4TR9A 4XKYA 4DO4A 3UPBA 4UUIA 1TTJA 3G0SA 3NNTA 1OFRA 3IIVA 1LP6A 2DU2A 2QDGA 2NX9A 3VE7A 4OQVA 3BK0A 3QH2A 3NPWA 4JICA 1FWTA 3LHZA 1JCYA 3O05A 2TSYA 1SW3A 1YDVA 3OEXA 5K9CA 4N6EA 2A1YA 4UTIA 2NX1A 3GLCA 1YDOA 3PAJA 3ELFA 4UNLA 1WYIA 1VCFA 3S1UA 1YDNA 4Y8FA 3C0JA 4QM1A 2V9DA 3CC1A 2QUUA 1JJKA 2R94A 1KFEA 2D73A 3M44A 1LOSA 5BRBA 4IXHA 1A5BA 4AHPA 1JCLA 2FB3A 1QOQA 4HKPA 4YCOA 4DPQA 4EIVA 4Z08A 1BWLA 1ME8A 3IEBA 3VE9A 2DZSA 3G1YA 3M43A 2EGZA 1KW1A 1DQXA 4N02A 1PCKA 1TMHA 1SO4A 4NXKA 3THAA 3O6YX 2E5BA 2DORA 3FYPA 1UASA 3LTPA 1NFBA 5AYXA 3SECA 1H63A 1FWNA 2AQWA 2FFCA 1F7BA 3CQ0A 4M6QA 3DFQA 1GOXA 5DLCA 3GDLA 1K7FA 1Q3NA 3C52A 1D3HA 1N8FA 2JK2A 3HMJG 2NZLA 1JULA 1JRBA 4O14A 4IMEA 1G69A 2TMDA 3LCLA 1ZCOA 3M1ZA 1KV8A 4P61A 1VJIA 1TCDA 1RQEA 2QF7A 3FKKA 3WK3A 4CQ9A 3C61A 4I9AA 1KV5A 2V5BA 4ZMGA 3EXRA 1TPFA 3W88A 1Q45A 5I3FA 1O5KA 3KHJA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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