1GONA

B-glucosidase from streptomyces sp
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
463
structure length
447
Chain Sequence
ALTFPEGFLWGSATASYQIEGAAAEDGRTPSIWDTYARTPGRVRNGDTGDVATDHYHRWREDVALMAELGLGAYRFSLAWPRIQPTGRGPALQKGLDFYRRLADELLAKGIQPVATLYHWDLPQELENAGGWPERATAERFAEYAAIAADALGDRVKTWTTLNEPWCSAFLGYGSGVHAPGRTDPVAALRAAHHLNLGHGLAVQALRDRLPADAQCSVTLNIHHVRPLTDSDADADAVRRIDALANRVFTGPMLQGAYPEDLVKDTAGLTDWSFVRDGDLRLAHQKLDFLGVNYYSPTLVSAHSPWPGADRVAFHQPPGETTAMGWAVDPSGLYELLRRLSSDFPALPLVITENGAAFHDYADPEGNVNDPERIAYVRDHLAAVHRAIKDGSDVRGYFLWSLLDNFEWAHGYSKRFGAVYVDYPTGTRIPKASARWYAEVARTGVLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of a Family 1 Beta-Glucosidase from Streptomyces
rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces sp.
total genus 163
structure length 447
sequence length 463
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1gonA00
2Y2WA 3KL5A 2IUZA 4MNLA 4YPJA 4QLJA 2WKGA 3A6OA 3CZEA 3NDZA 3DHUA 4UQDA 4AZGA 3M7SA 2PC8A 1SR0A 2YA1A 3VDBA 2WK2A 1KB3A 3L4UA 3WDIA 4M80A 3S2CA 3IJ7A 1UR1A 4R5EA 3WBEA 5E0FA 1HJVA 2A3AA 1F4HA 4AD3A 3W4RA 3N15A 3NSNA 1JL8A 1HP4A 3MSGA 4P8WA 2BNJA 3VDHA 1PIGA 4MNMA 3VDCA 5GQBA 4A3HA 1D7FA 7A3HA 1QBBA 3L4WA 3CZLA 2VUYA 4ATDA 3ZJ8A 2ZUSA 3VTRA 2WLZA 2DH3A 1VB9A 2UY5A 3RILA 5A3HA 2WWCA 5JBDA 4M24A 3OZOA 1UKSA 2WBKA 4CCDA 4AEFA 6A3HA 4AD2A 3OA5A 1GJWA 4AWEA 1C93A 1UA7A 3TTYA 2WZHA 1W9UA 5GNZA 3GM8A 5JIPA 2GJRA 2D3LA 4FLSA 5DO8A 4QAWA 1AQMA 5ABFA 1QNQA 3W26A 3W6MA 3AICA 2DPEA 4JHZA 5A6MA 1YHTA 2PF0A 4OZOA 3L4XA 5I2UA 3ARPA 1GOKA 3SUWA 4W8LA 1NWSA 1C8XA 1UKPA 2UY3A 1JD9A 1H0IA 2OWXA 1VFMA 3EDKA 3APGA 4PRWA 1E6XM 4NI3A 2RGMA 3T08A 1OCQA 2G3IA 1H3GA 2XGIA 4TX6A 4PUEA 4W8AA 1GOIA 3NCOA 2X09A 2QF8A 3AMGA 4LXFA 1QW8A 1X1NA 2E0PA 2XTKA 2O92A 1JG9A 1LJYA 2V3GA 4HZ6A 4KRUA 2CETA 4FMVA 4F66A 3AIRA 4UFKA 3WEZA 1B2YA 1MQPA 4F79A 3WD1A 1B9ZA 3VIFA 4AZ6A 4UQ9A 2W66A 1OWQA 3W53A 4AC1X 2JFEX 5I77A 3WDQA 3LPOA 3MUIA 2VVSA 1E70M 4BQ4A 1QHOA 1GPFA 4U31A 1PX8A 4IPLA 1R7AA 5C70A 5BWFA 4DUWA 5JBFA 3AIWA 1V3KA 3WD0A 1GQKA 2VZUA 4AD1A 1VEMA 4PMXA 2WAGA 3AIEA 2O9TA 3GXFA 3AS3A 4EE9A 1KXQA 4XZWA 4CN4A 5A1AA 4M82A 3VDAA 4W7UA 1O7AA 4HZ8A 3SUUA 3VGHA 1LQ0A 1ZBVA 4AY1A 4WSJA 3UG3A 1QNPA 1XRVA 1Z32X 4IPNB 5E9AA 2J7CA 3SEPA 1J18A 3N11A 5CPSA 5M5DA 2O9PA 3B9DA 1PPIA 2DIJA 1V3MA 4OUEA 3PBGA 1RP8A 1B3YA 1CGUA 2QHAA 4NRSA 4J3WA 1VENA 4H2CA 2J75A 1UD6A 3HN3A 2DSVA 2JALA 1XGZA 2VX7A 1TA3B 1E3XA 1JDCA 1KQYA 2G4FA 4CD8A 4ZE5A 2GJXA 1IZJA 3VD9A 3VOCA 1UD2A 3AXHA 1Q6DA 1C91A 1JFHA 3ZR5A 1HVXA 1UD5A 3N1AA 3M6DA 1CXHA 1UA3A 1V3HA 5EFFA 5CGTA 5E0CA 4LYQA 4BQ2A 2D2OA 2J7GA 2GUYA 4BQ3A 2UY2A 3GBEA 3BAXA 4CD4A 1NOUA 3W27A 1GONA 2WVTA 1LG1A 5D9NA 1TZ7A 2V38A 3B8SA 3VX0A 4UFIA 4H8UA 1K6AA 1JYWA 2DSKA 3PZTA 3AS0A 3OZPA 1H11A 3NSXA 4AZIA 3FHAA 1UKTA 1V6YA 1TE1A 3N9KA 2W5FA 1W9VA 3AMCA 2QPUA 3BC9A 1SMDA 3W37A 2QMJA 2Y8KA 1TUXA 3WDRA 5DEZA 4L4OA 1VEPA 1HVQA 2YLAA 1PIFA 2XIIA 4ATWA 1WB0A 2J7HA 3WQ5A 5A95A 1ZS2A 5M3WA 3VM7A 3BCFA 1ZJAA 2ZXDA 1ZB5A 4CVWA 3N17A 7CGTA 2YJQA 2Z1KA 5DMYA 3WL0A 1MQRA 1PX3A 4GINA 3QHOA 5CPTA 3SCUA 2ZUWA 2VX4A 4D1JA 1H09A 3WH7A 1E15A 3CUFA 3AOFA 4YHEA 3ARUA 1KBBA 1Q6FA 3ZM8A 1UR4A 4DWSB 1E3ZA 3GDBA 1FHLA 3SCTA 2GFTA 1B0IA 1CYGA 1ECEA 4Q22A 3VMPA 3ZJ6A 3IAQA 4OBRA 3T2PA 3N04A 2XVGA 3CGTA 4RE3A 3WF1A 3AZTA 1YQ2A 1LF1A 3BAKA 2WSPA 2A3CA 3AMLA 3O2LA 1V6VA 3NJ3A 2NW0A 4AEEA 3CMGA 3ZMRA 1H41A 3CHEA 4D1IA 2XGBA 1CTNA 2XPKA 4R27A 1JZ7A 3DYPA 2XVKA 2C0HA 2FGLA 1MXGA 1FH8A 2V3EA 4PN2A 4PUDA 3ARZA 2VRKA 2AOSA 4C7DA 4OIFA 3SUTA 2YL8A 1LWJA 3BH4A 2ZXBA 2DSWA 4HMEA 1EHNA 4MB4A 2CCRA 1EDQA 4D71A 4AIEA 4E8DA 2FH8A 1V0MA 1KCKA 1E0XA 1GQIA 5LA2A 1KXTA 2XJ7A 2XVNA 4W7WA 2YLLA 1U33A 3WQVA 1JZ2A 1UD8A 2CKRA 2BY3A 3WNOA 2VZVA 2J47A 1CPUA 3WL1A 1H49A 3WD2A 3WNNA 1HKMA 1ITCA 4HA3A 2J7EA 1CLXA 3ZOAA 1C8QA 2VMFA 4U2ZA 2QLYA 1E1FA 1V6WA 3MS8A 2F2HA 1EHAA 1ISZA 5I23A 3SCRA 3OB8A 3WH9A 5EB8A 5A8MA 4MB3A 4D6HA 5ABEA 2BFGA 4PEEA 3BAWA 1GJUA 4H8VA 3W28A 2A3BA 1TMQA 1H5VA 1HJWA 4FLOA 1VFUA 4V27A 1VEOA 3RM8A 2JE8A 1E6SM 1G94A 3QOMA 4MTVA 1WNOA 4ACYA 1E6ZA 4E2OA 1B3WA 4W5ZA 4RE2A 1K9FA 1R86A 4NRRA 1QI5A 4BS0A 4W93A 3ARSA 1U2YA 2YKKA 1VBRA 4B9YA 2F8QA 2CBUA 1C3FA 3OBAA 1W2PA 3UESA 1CXEA 1UWTA 2VI0A 1W3JA 4EK7A 2WMJA 1OGSA 1BYCA 2BY0A 4BF7A 1WCGA 3U57A 1HN1A 4B3KA 1CXIA 3BAYA 3RM9A 2J77A 3HU7A 3PZVA 3VGBA 2TAAA 1V0LA 2CPUA 3L2LA 1WAWA 1HJUA 2ZUNA 2VC9A 2W62A 4JIEA 3OIHA 5AYBA 3I3DA 1XYZA 1G5AA 3WDPP 3U5UA 4GPNA 2GK1A 4W88A 1UUQA 3GH7A 4NSBA 4TTGA 1UH3A 4WKAA 1E55A 4ZFMA 3UETA 1G9HA 2J62A 3VVGA 3BSHA 1WP6A 3WF2A 3PZNA 3ARQA 4Z2IA 1HT6A 3WD3A 4BA0A 4QP0A 1HJSA 1HKKA 4A4AA 3VX1A 4PTMA 3D3AA 1W1YA 3PTKA 3THDA 3WQWA 2JEQA 1M01A 1QPKA 1EXPA 1DWJM 1TR1A 5TD4A 1C90A 2G3JA 4WKFA 5HPOA 3W29A 1UR2A 2WVVA 5DT7A 1EO7A 4UQEA 2ZUTA 4W86A 2E3ZA 5E70A 4S3JA 1HKIA 1TVNA 4PMQA 1NOFA 3HMCA 3CZJA 3W25A 3MMUA 5DFAA 2EJ1A 1CDGA 2XUCA 3N12A 4DM1A 5EFDA 4J3XA 5D9PA 3N13A 2DH2A 1JXJA 4UOQA 3WKZA 3AS2A 4HU8A 1E1EA 2GSJA 1W9XA 1XYFA 3KE0A 2WMIB 4AZ7A 5BXSA 2EPKX 3ARTA 4WKHA 2YOCA 1E6QM 3ZT6A 3A3HA 5A8OA 1DWAM 1W1PA 2WMKA 1ISWA 3SCNA 4J3VA 1H0GA 4FLRA 4YHGA 1UKOA 3AS1A 2VNCA 2ZICA 1F4AA 4D6CA 4ZE4A 2DT1A 4P7OA 1OT1A 2JF6A 2PWDA 3DHPA 1V0NA 4CU6A 4ACZB 5LA0A 1M53A 4MNJA 1WZKA 3WNMA 2CXGA 2HVMA 1JZ4A 5CXPA 2HISA 3CHFA 1JDDA 3DC0A 3ZQ9A 1QW9A 2VT0A 3SUSA 2V5DA 3ZT5A 4V28A 4DUXA 2ZIDA 4HPHA 4HZ7A 1FFRA 2WYSA 2E8ZA 4GZJA 5HXMA 3MO4A 3T2QA 1D2KA 5HPCA 2XIBA 4RE4A 4HU0A 4W85A 3WQ6A 1CGXA 3II1A 4ML4A 2VZOA 4MB1A 1E4NA 5E6ZA 3CMJA 1VJSA 4MDPA 1KGUA 1JZ8A 1EOMA 3MMWA 2WNWA 2WHMA 3VNYA 2D3NA 3SURA 5JIWA 1J0KA 3NYDA 3VD5A 1BLIA 1E71M 1KR0A 3MUY1 5GPRA 3UEQA 3T0AA 3EDFA 1V02E 3SUVA 5AY7A 4MPKA 1I1WA 1E0WA 1WDRA 4D6EA 3AXXA 1VBUA 3UG4A 3UERA 3AZRA 2XWEA 3CZ8A 1J0HA 4UQAA 4KMQA 1JYNA 4JFWA 3QHMA 4J27A 1E0VA 2BY2A 1J0YA 1KXVA 1XC6A 3L4ZA 3UCQA 5A8NA 4AZHA 4XZBA 4DWSC 1DWGM 1JYVA 4MJ4A 3VIMA 2WBGA 2JF7A 1JGIA 1ZJBA 1JNEA 2Y4SA 2VQTA 4UZSA 5ABGA 2Q8XA 2ESCA 2WZEA 1GVIA 1JYXA 4PMYA 1M03A 1GHSA 4Z2HA 4QDMA 1G1YA 1ITXA 2VX6A 1QBAA 4QLLA 1HJQA 3VD4A 3IANA 4A3YA 1CNVA 1XSKA 1QNRA 4WIWA 1GZJA 1GVYA 4UZUA 4W5UA 5FL1A 4AYSA 1JZ6A 3ECQA 1X6LA 1VF8A 3RM4A 3TONA 3K4DA 3QR3A 1W9DM 5CJ5A 4UFHA 4HOWA 1E4LA 3EMQA 3K8LA 2G41A 4GIAA 2W92A 4Z2JA 4CD5A 4DM2A 1RPKA 4PMOA 1ESWA 2E8YA 1HX0A 1VJZA 4DWSD 1BG9A 1MW0A 4D6IA 1KXHA 4AZCB 4CD6A 1NH6A 2J8FA 2YA2A 3RCNA 2C8NA 1L0PA 1XH1A 3CZGA 3KL0A 4JCLA 2VCCA 2D0HA 1UH4A 2X0YA 3BGAA 1DHKA 3FAXA 2DT3A 5CPQA 1J9YA 5IFPA 3F4VA 4MAVA 4X9YA 3AI0A 3PHAA 5I0DA 5BXRA 5FD0A 1DEDA 2WC7A 3LPPA 4PMUA 4GZEA 3OGRA 3AYSA 1UD3A 2VVNA 1C8YA 1MVYA 4JKLA 1PAMA 3BXWA 2E9MA 3WF4A 5M03A 2FHBA 1JD7A 3TTQA 1EDTA 1PZ2A 3VIJA 4J3SA 3RPMA 1W9BM 5CSUA 4J28A 4FLQA 2WPGA 1GORA 2QMKA 4F9JA 5BROA 1KGWA 4MNKA 1R87A 3MUAA 4W84A 4AD5A 4HA1A 3OLDA 1BVNP 3F5LA 5A69A 5CZKA 3EDDA 2NSXA 5BXTA 3K46A 2PWHA 3PTMA 4AXNA 1US3A 3GH5A 1DWFM 2ZOXA 3CUIA 2WHKA 1K9DA 2G3NA 4JL1A 1OD0A 1BG4A 4KWUA 4P8VA 1OB0A 1V03A 1WZMA 4GZIA 5GNYA 3WNLA 2WHLA 1V3LA 2PBOA 1LG2A 3AROA 3WIJA 4LGXA 4M56A 3WN6A 1R85A 5I3DA 2WZIA 1CIUA 2OSXA 3VILA 1UWRA 1V02A 5A6SA 1W91A 1JFXA 2XSAA 3F5KA 5EBAA 3AISA 1KGXA 4TUFA 1OGBA 4Z2GA 1PEZA 2OLHA 3SCOA 3PZIA 1KR1A 1BSIA 3PTQA 2VJXA 2Y8VA 1ODZA 2G3MA 1CWYA 4WK9A 1TA3A 4JKMA 3CUHA 3IK2A 1JI1A 3GZAA 4ZXLA 1BF2A 2D22A 3AHZA 1JZ3A 2EPOA 1J12A 4UQBA 4GQQA 1CGTA 3ZJ7A 5CLTA 5D8ZA 3D5HA 3EDEA 3BCDA 1J10A 4EANA 3TTOA 5CSYA 2J78A 2OYLA 9CGTA 3AXIA 3RO8A 5CG0A 1QI0A 3DYOA 1WDPA 1O6IA 4GI6A 5IHRA 4UOZA 2J74A 3VGFA 1W32A 2AAAA 2Z1SA 3CPUA 1JDAA 5LYRA 2EPMX 4IM4A 3ZR6A 1GOMA 2O9RA 3VU2A 1VIWA 2BXZA 1WDSA 3K4AA 2FH6A 4PMVA 4ATLA 4JKKA 1I75A 1UD4A 1QOXA 2ZX7A 3QGVA 3ZSSA 2ZE0A 4Y7EA 4MDOA 1OSEA 1W2VA 4D6JA 1HXJA 1WE5A 4H41A 1TVPA 1W3KA 1QVBA 3PZQA 1UZ4A 1HJXA 1GQJA 3WFZA 4X0NA 2WKLA 4OKDA 1BVZA 4TX8A 1DWHM 3WELA 5JBEA 3PZMA 1EDGA 1P6WA 1AQ0A 1LWHA 1GOWA 3VD7A 1XH2A 4OBSA 3B9EA 1BHGA 5D9OA 3LPGA 4P7NA 2W91A 3IJ9A 4MJ2A 3VIKA 1B1YA 3MV11 3W6LA 4E8CA 5A6KA 5BYWA 4D6DA 3PN8A 2OYMA 3GYCA 4DWSA 4WLCA 2J25A 2O9OA 3CZKA 5I24A 1TCMA 1EH9A 2WC4A 2A3HA 3VGDA 4BZYA 3MMDA 4JFVA 2D23A 2BS9A 2ZXAA 1JI2A 1QNSA 3NIYA 5C71A 2PI6A 1AVAA 2CNCA 2CKSA 1OM0A 1ZBKA 1EA9C 2WCGA 3VPLA 3WEOA 1JZ5A 2DSUA 3AIBA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2Y2W A;  3KL5 A;  2IUZ A;  4MNL A;  4YPJ A;  4QLJ A;  2WKG A;  3A6O A;  3CZE A;  3NDZ A;  3DHU A;  4UQD A;  4AZG A;  3M7S A;  2PC8 A;  1SR0 A;  2YA1 A;  3VDB A;  2WK2 A;  1KB3 A;  3L4U A;  3WDI A;  4M80 A;  3S2C A;  3IJ7 A;  1UR1 A;  4R5E A;  3WBE A;  5E0F A;  1HJV A;  2A3A A;  1F4H A;  4AD3 A;  3W4R A;  3N15 A;  3NSN A;  1JL8 A;  1HP4 A;  3MSG A;  4P8W A;  2BNJ A;  3VDH A;  1PIG A;  4MNM A;  3VDC A;  5GQB A;  4A3H A;  1D7F A;  7A3H A;  1QBB A;  3L4W A;  3CZL A;  2VUY A;  4ATD A;  3ZJ8 A;  2ZUS A;  3VTR A;  2WLZ A;  2DH3 A;  1VB9 A;  2UY5 A;  3RIL A;  5A3H A;  2WWC A;  5JBD A;  4M24 A;  3OZO A;  1UKS A;  2WBK A;  4CCD A;  4AEF A;  6A3H A;  4AD2 A;  3OA5 A;  1GJW A;  4AWE A;  1C93 A;  1UA7 A;  3TTY A;  2WZH A;  1W9U A;  5GNZ A;  3GM8 A;  5JIP A;  2GJR A;  2D3L A;  4FLS A;  5DO8 A;  4QAW A;  1AQM A;  5ABF A;  1QNQ A;  3W26 A;  3W6M A;  3AIC A;  2DPE A;  4JHZ A;  5A6M A;  1YHT A;  2PF0 A;  4OZO A;  3L4X A;  5I2U A;  3ARP A;  1GOK A;  3SUW A;  4W8L A;  1NWS A;  1C8X A;  1UKP A;  2UY3 A;  1JD9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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