1GONA

B-glucosidase from streptomyces sp
Total Genus 163
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
163
sequence length
463
structure length
447
Chain Sequence
ALTFPEGFLWGSATASYQIEGAAAEDGRTPSIWDTYARTPGRVRNGDTGDVATDHYHRWREDVALMAELGLGAYRFSLAWPRIQPTGRGPALQKGLDFYRRLADELLAKGIQPVATLYHWDLPQELENAGGWPERATAERFAEYAAIAADALGDRVKTWTTLNEPWCSAFLGYGSGVHAPGRTDPVAALRAAHHLNLGHGLAVQALRDRLPADAQCSVTLNIHHVRPLTDSDADADAVRRIDALANRVFTGPMLQGAYPEDLVKDTAGLTDWSFVRDGDLRLAHQKLDFLGVNYYSPTLVSAHSPWPGADRVAFHQPPGETTAMGWAVDPSGLYELLRRLSSDFPALPLVITENGAAFHDYADPEGNVNDPERIAYVRDHLAAVHRAIKDGSDVRGYFLWSLLDNFEWAHGYSKRFGAVYVDYPTGTRIPKASARWYAEVARTGVLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Streptomyces sp.
publication title Crystal Structure of a Family 1 Beta-Glucosidase from Streptomyces
rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE
total genus 163
structure length 447
sequence length 463
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2001-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1gonA00
4E8CA 4ZEPA 1OGGA 2YLLA 4U5IA 1UKOA 3W24A 4GIAA 1J11A 4OKDA 3SURA 4XUYA 4PCSA 3S6TA 4WK9A 1M04A 3FHQA 3KEHA 3OGRA 3GNOA 4AWEA 3W28A 3BAIA 5ABFA 5HPOA 1W32A 2J78A 3L4XA 4LYQA 4CU8A 4D6JA 1UUQA 1XCXA 1C7SA 4PMQA 4MJ2A 2CERA 2YA0A 2CCRA 1PZ3A 2YDQA 3PZVA 1NP2A 2C0HA 3CUHA 3W29A 1ZS2A 2CXGA 4HOXA 2ZE0A 5A6BD 2ZUNA 3VDBA 1K9FA 1EDTA 3BMWA 1LG1A 1B3ZA 1BGAA 1XSIA 1UH2A 3WD0A 2OWCA 5GNYA 4NRSA 1BG9A 5CPSA 3TONA 4J3WA 3WNKA 2PBOA 8A3HA 1UOKA 3FAWA 1WP6A 1CGUA 4U2ZA 1MW0A 5A6AA 3FAXA 1XHGA 3MV01 1OD8A 1QW8A 3OGVA 3WF2A 1EHNA 4J3UA 1OIFA 3AI0A 4BQ5A 1D2KA 1FP9A 3L4VA 1UKQA 4P7RA 1B3VA 1CYGA 5DMYA 3VINA 3VIKA 3VUPA 2J4GA 5CJ5A 1UR4A 2VT0A 3OLGA 1KXQA 3LPOA 1E1EA 2ZX9A 1HJVA 3VGFA 1VJZA 1U30A 4QDMA 4PYSA 1HP5A 2CYGA 1QNOA 4W93A 2WK2A 3FN9A 3MS8A 1JFHA 3MKKA 5A8OA 1XD0A 1AQHA 4AY1A 4UFIA 3APGA 1K9DA 4CU7A 4HTYA 1HIZA 1MW1A 1QHOA 4HZ7A 1PZ2A 2WC4A 5A94A 2DSWA 3WY1A 2WSKA 3A3HA 4J3SA 4B9ZA 4A3HA 3CLWA 3ARTA 2XG9A 3WQ8A 3WF1A 4UQCA 3WD4A 3GXDA 5EFDA 1HVXA 2ESCA 4DWSA 2GK1B 2DQXA 3BSGA 2X8RA 2YBTA 5CLWA 4B16A 1W9VA 4UOQA 2ZXBA 4H41A 4HA3A 2BNJA 1MQPA 4GI9A 4PMRA 3T0DA 1G0CA 5I2UA 4U3CA 1W2PA 2DT2A 2GFTA 5IHSA 1HP4A 4JL1A 3SCWA 4HMCA 3N17A 1UD3A 4BCEA 4UZUA 1PX8A 3RJYA 1ISXA 3AHVA 3WDQA 2CBUA 2FGLA 1C92A 3RDKA 1JD9A 4FLSA 1ISVA 2WKGA 3EYPA 5E09A 4PTVA 2ZUMA 1TVNA 4EE9A 1I1XA 3NCOA 1D3CA 1KXHA 3GZAA 1KB3A 4DWSD 5DT7A 4GZEA 4AZCB 1E6RA 3LPFA 4PBGA 2AOSA 1VENA 2W66A 1NOUA 4HU0A 1W1TA 1W1VA 1XYZA 4R27A 1VIWA 2XYLA 1SFSA 4MJ4A 4D6CA 1OCQA 4MNMA 1J0JA 1VF8A 3CZEA 3RJXA 4HMEA 2OWXA 3KL0A 2A3EA 1VFMA 1VBRA 1JDCA 4PCTA 4MB5A 3VILA 2J7BA 1TZ7A 1QNPA 1GPFA 3WH9A 3VMPA 4ATDA 3WN6A 2WCAA 2VL4A 3VMNA 4ACZB 3NDYA 1Z32X 4KGJA 4P7QA 3TA9A 4GO8A 1QI4A 1US3A 3AS3A 1HF6A 4V28A 3VNYA 5C70A 3VGDA 1QI2A 1UD2A 1LWJA 3WELA 4UCFA 1RD6A 3GH4A 1XH1A 3FNDA 1LG2A 4NSBA 3I3DA 4F9JA 3ARYA 5D9NA 3W38A 3SCPA 1JDAA 4AEEA 1QHPA 4LYRA 4HU8A 1H0GA 3W0KA 1DWGM 4B3KA 1HL8A 3CIVA 1CXIA 5CSYA 1JF6A 3N1AA 3EDJA 3VGGA 1PEZA 3DC0A 3T09A 1KXTA 3A4WA 4K68A 3HMCA 1E71M 5F7UA 1UYQA 1E4LA 1ZBKA 1MVYA 4JKKA 2BS9A 1UR9A 3VDHA 1E72M 3WF0A 1BYCA 1G9HA 1GQLA 4MDOA 5A6KA 2PWFA 5CXPA 4FMVA 4CCEA 4Z2IA 2FH8A 2OLHA 4F79A 2YDSA 4AIUA 1GJUA 1WDRA 3RM9A 3AMDA 4PTWA 2HVMA 4H8VA 3SCSA 4PTXA 2CNCA 2DEPA 3T2OA 4U31A 3RCNA 3WQWA 3MUY1 4UFJA 1LL7A 3GXIA 2V5CA 5CPTA 1KGWA 3IAQA 1GOMA 4CD7A 2XVNA 4CCDA 4D1IA 3CZKA 5DF0A 1GOWA 4Q7NA 3VNZA 1J0YA 1EGZA 2VTFA 3PZOA 3AIRA 3MUZ1 3WEMA 3U57A 3WH5A 4JKLA 4TTUA 4P7NA 1DWJM 2MANA 4AZGA 3VKKA 3SUUA 2D22A 2J47A 4XZBA 4HMDA 2YKKA 8CGTA 4PMUA 2X0YA 1OM0A 4D6GA 5M17A 4YPJA 3RILA 2EO7A 4HPHA 2IXVA 3GM8A 3QOMA 2DSKA 1LWHA 3WQVA 1E3XA 1XRVA 4J7RA 4WF7A 4KH2A 4WKHA 3SCOA 1UZ4A 1JZ2A 2OSYA 2GVYA 2F2HA 2J7HA 2XSAA 5E6YA 3L4UA 5A2CA 1NWSA 1TG7A 2YDRA 1J0HA 4V2XA 1QI0A 4BA0A 4YHGA 1PAMA 2XWEA 2ZX6A 4J3TA 1K9TA 3II1A 1PX4A 5CPQA 4EAMA 3W27A 2CPUA 3K46A 4X0VA 1XSJA 2V3FA 3VX1A 3KL5A 4W84A 4W7UA 2XTKA 2ZUUA 1JNDA 1E56A 1G5AA 2VI0A 1QVBA 2GDVA 2YL5A 3A4AA 1VRXA 4D1JA 1G1YA 2CETA 3I3EA 4IM4A 3AXHA 2VQUA 3DHUA 1V3IA 1B31A 1ZBCA 5IFPA 1FP8A 1UZ1A 1JZ7A 2CBJA 5CSUA 1UWIA 2JF7A 3QHOA 3WF3A 4DUWA 4J3XA 1C7TA 1FA2A 2W67A 4PN2A 5A8PA 5A69A 1TA3B 3BC9A 3JUGA 5CZKA 2X1IA 3T2PA 1QNRA 3WENA 5A95A 2WMIA 1R87A 3CZJA 1ISYA 5I5RA 5BYWA 4IPNB 3OLEA 4CD8A 4AIOA 1V6YA 4M81A 4IUGA 4AZHA 4C7GA 1UR2A 5DO8A 3WSUA 1X6LA 2O9OA 1UA3A 1V3HA 2WVSA 3AFBA 2RGMA 4FLRA 4DUVA 3VD3A 4CD4A 1E6ZA 3M07A 4RE2A 1CIUA 5A8QA 3BLKA 2VRKA 4QAWA 2XFRA 5A2BA 1UD6A 1H1NA 4AIEA 3VGHA 1V0LA 1VEMA 3BAWA 1Q6CA 3CH9A 2WBKA 3IAPA 3AOFA 5E6ZA 2G3NA 1EOMA 2VRJA 1KR0A 1UH4A 3K4DA 4Y7EA 4UR9A 1YHTA 1UR0A 3K8MA 3GBDA 4ZENA 3N18A 2GK1A 1VAHA 3THCA 2WANA 1DTUA 2WHJA 4OOZA 4UZSA 1BYAA 2Y5EA 2AAAA 3SUWA 2PWHA 2O9RA 1M01A 4YN5A 4JCMA 4H8HA 4D71A 3BH4A 1QHZA 1Q4NX 4BZYA 3EDFA 2XGIA 5IDIA 3M6DA 5JIWA 2WVUA 3WDRA 2VCCA 3ZT5A 1MQQA 1ZBWA 4LGXA 4JZ5A 2X05A 3WQ6A 3AROA 2D3NA 2XFFA 5FKYA 3ARUA 3SCVA 3UR7A 4CVUA 2ZOXA 4CN6A 3IANA 4W88A 2XVLA 3SCQA 3SEPA 2J7CA 4GZJA 5BWFA 1ECEA 1E9LA 1AMYA 2YA1A 1J12A 1V6WA 2A3BA 3BAYA 3QHMA 4RL3A 2BHYA 2WHKA 2YOCA 3N11A 2WMGA 1GCYA 2WKLA 4AZCA 3A4XA 1XGZA 3AIVA 1E40A 2E9BA 3ARQA 3AXIA 3GYCA 3WDJA 1WZLA 5IXEA 1TVPA 2ZWYA 2XIIA 4M24A 1MXDA 1V3KA 2BXYA 1I1WA 2C7FA 4Z2GA 2Y4SA 3GXFA 1CLXA 1AQ0A 5BXPA 1BFNA 3W82A 2NSXA 1R7OA 1OIMA 4TOQA 4AISA 2QV4A 4M8UA 3AHZA 5AC5A 1M7XA 5FIPA 1OT1A 2DGAA 3AZTA 1ISZA 1BVZA 2E40A 1B0IA 2VUYA 4RE4A 3VD7A 3NYDA 4ACYA 1H49A 2X0HA 1GOQA 3CPUA 3AYRA 4JFTA 5HBFA 5BXSA 3VGBA 1HX0A 4B9YA 3VGEA 2Y8KA 3DYMA 1CXLA 3WQ5A 5FOOA 2G41A 2G3MA 3MSDA 5GNXA 1WZMA 1TR1A 1NWTA 3U5UA 2D20A 2VX4A 1ESWA 4EKJA 2W61A 3WDIA 1WKYA 2PC8A 3O2LA 3VIFA 1E15A 3SUSA 1C3FA 3K1DA 1CNVA 3GXMA 1UH3A 1DWIM 1UWTA 5AY7A 4PSRA 4TTGA 4CUCA 2JALA 2FHCA 4UOZA 1WCGA 4E4PA 1UKPA 1J18A 2XHYA 1B1YA 3A6OA 1JI2A 1LL4A 3WQ4A 3G6MA 2GDUA 2W4XA 1R8LA 5I6SA 1N82A 3WMBA 1LLOA 2GUYA 1E55A 2QPUA 3WNPA 2FHFA 1P6WA 1A3HA 1WZKA 1JFXA 1ODUA 5ABHA 3WUEA 4D6DA 4TUFA 5E0FA 4JKMA 2DT3A 1V0MA 1EDGA 4PUDA 3VD5A 3WNLA 4J27A 4MNKA 6A3HA 2BFGA 5A2AA 3AJ7A 1W9UA 1W9DM 4X9YA 2VVSA 4NI3A 3ZQ9A 1HJXA 1W2VA 1XV8A 2GJXB 1J01A 2VZUA 1NWUA 1RP9A 5D9PA 3RPMA 2IXUA 4FLQA 1YQ2A 3FHAA 4OBRA 1GOKA 2VO5A 3BGAA 2JF6A 2DT1A 1OWQA 3J7HA 1W9BM 5JIPA 1MFVA 1E4NA 3N12A 1GQJA 2CIPA 4M29A 1CPUA 3UG4A 4HPGA 5DT5A 2V3EA 1FH7A 2WB5A 2ZUSA 4E8DA 2NT1A 2IUZA 2D0HA 2WCSA 2PWEA 3ZJKA 1VFFA 4JFVA 2O9PA 2G3IA 1TMQA 4D6FA 1CXHA 2YL8A 3L4TA 4UQAA 5EB8A 1W9XA 5BXTA 5D9OA 2WW5A 1PIGA 3AZRA 3EDEA 2E0PA 2WM0A 1FHLA 2UWFA 1EH9A 1DP0A 1S46A 3VIOA 3CHFA 3VTRA 1XH0A 2DDXA 2BVTA 2J79A 1XYFA 1QBAA 3RMEA 4AXNA 5I78A 1O6IA 2G3JA 1KCKA 2VR4A 4W85A 1E6QM 2ZUTA 5ECUA 1JL8A 1SR0A 3PZIA 4WLCA 3AIUA 2VURA 2NW0A 2UY4A 2X2YA 2DH3A 2ZWZA 2D2OA 1V0NA 3ZR5A 2CHOA 5JBDA 1BYBA 4N42A 3WEOA 1V3JA 1QPKA 1HL9A 3WBAA 3VOCA 4FF5A 1DEDA 4PMNA 2UY5A 1H41A 1QI3A 2XIBA 1JYXA 1UR8A 2E4TA 1VFUA 2DSUA 2BVDA 3F4VA 3KL3A 1TA3A 5I23A 4V27A 4WIWA 9CGTA 7TAAA 1JIBA 1GW1A 4U5KA 4LXFA 3WFLA 4PUEA 3PZUA 4B3LA 4P7LA 4CCCA 3LPGA 4GZIA 5BRPA 3MMUA 4W5UA 4HOZA 4UQDA 1OD0A 3TTOA 2WZEA 3CHDA 1B30A 4M80A 1V3MA 2BY0A 5E0CA 4TVUA 1ZU8A 1RP8A 4MPKA 3LPPA 4ATLA 1BHGA 1H09A 3WMSA 1M03A 5I0DA 7A3HA 2D24A 1K6AA 4DM1A 3L4YA 3VDAA 2RGLA 3MMWA 4IPLA 4GKLA 1E43A 1BF2A 3BMVA 1AQMA 1EOKA 1W3HA 1MYRA 1UWUA 3CO4A 2ZUVA 3CHCA 3WD3A 4QP0A 3L4WA 3IJ8A 5FD0A 3EMCA 2DSVA 1UWRA 1XCWA 1CXFA 1HJQA 4IISA 4CKQA 2OYKA 2WVVB 3UERA 3EBVA 4PTMA 1HKKA 2J8FA 3RM4A 2PF0A 2ZX8A 4JCLA 2QHAA 3G6LA 3MU7A 4JHZA 2V38A 4AD0A 1CENA 1WPCA 4YHEA 1MWOA 2VR5A 2VNCA 3A47A 3CBWA 1X1NA 1W1YA 3WH8A 3O9NA 2VZVA 4ZFMA 2BHUA 1TUXA 3ZSSA 5I3DA 2WYSA 3ZJ7A 3AMCA 2XPKA 2GSJA 1JI1A 3D3AA 3PTKA 1Y7VA 3VM7A 1EQPA 5D8WA 4J28A 1DWHM 3BLPX 2YBUA 1E3ZA 4U33A 3AYSA 1VEOA 4AD2A 1V03A 4D72A 5EMYA 1E5NA 3FY1A 1EQCA 1ZJBA 3K8KA 1VJSA 2JE8A 2WSPA 5A1AA 3T0AA 1E4MM 2VCBA 2F61A 3U5YA 2DPEA 2JFEX 2GJRA 3UESA 3AIBA 1CXKA 3AS1A 4XX6A 2VX5A 1V6UA 2V3GA 4CU6A 5TD4A 2BVYA 2VZOA 1AVAA 3K8LA 1U33A 1LQ0A 4CVWA 4AZ7A 4UFHA 1OGSA 2ZX7A 4P8UA 2GJPA 3S2CA 1H5VA 2A3HA 2BY3A 1HN1A 1MW2A 4MAVA 2WVTA 3AHTA 1UKSA 4W86A 2QPSA 2BXZA 1ZL1A 2QMJA 4QCFA 3AS2A 3GNPA 3PTMA 3CTTA 2EPNA 4KMQA 2V3DA 1ZBVA 4C7DA 3VDCA 1CZ1A 1E0VA 1F4HA 4PRWA 5A8NA 3W26A 1NM9A 4DUXA 2VZTA 2UY2A 4PMYA 4L4OA 4JFWA 3NSNA 4GQRA 4PMVA 3ZR6A 1B3YA 1E0WA 2QF8A 3OLIA 4RE3A 1W3LA 4W8LA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4E8C A;  4ZEP A;  1OGG A;  2YLL A;  4U5I A;  1UKO A;  3W24 A;  4GIA A;  1J11 A;  4OKD A;  3SUR A;  4XUY A;  4PCS A;  3S6T A;  4WK9 A;  1M04 A;  3FHQ A;  3KEH A;  3OGR A;  3GNO A;  4AWE A;  3W28 A;  3BAI A;  5ABF A;  5HPO A;  1W32 A;  2J78 A;  3L4X A;  4LYQ A;  4CU8 A;  4D6J A;  1UUQ A;  1XCX A;  1C7S A;  4PMQ A;  4MJ2 A;  2CER A;  2YA0 A;  2CCR A;  1PZ3 A;  2YDQ A;  3PZV A;  1NP2 A;  2C0H A;  3CUH A;  3W29 A;  1ZS2 A;  2CXG A;  4HOX A;  2ZE0 A;  5A6B D;  2ZUN A;  3VDB A;  1K9F A;  1EDT A;  3BMW A;  1LG1 A;  1B3Z A;  1BGA A;  1XSI A;  1UH2 A;  3WD0 A;  2OWC A;  5GNY A;  4NRS A;  1BG9 A;  5CPS A;  3TON A;  4J3W A;  3WNK A;  2PBO A;  8A3H A;  1UOK A;  3FAW A;  1WP6 A;  1CGU A;  4U2Z A;  1MW0 A;  5A6A A;  3FAX A;  1XHG A;  3MV0 1;  1OD8 A;  1QW8 A;  3OGV A;  3WF2 A;  1EHN A;  4J3U A;  1OIF A;  3AI0 A;  4BQ5 A;  1D2K A;  1FP9 A;  3L4V A;  1UKQ A;  4P7R A;  1B3V A;  1CYG A;  5DMY A;  3VIN A;  3VIK A;  3VUP A;  2J4G A;  5CJ5 A;  1UR4 A;  2VT0 A;  3OLG A;  1KXQ A;  3LPO A;  1E1E A;  2ZX9 A;  1HJV A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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