3NQCA

Crystal structure of the mutant i96s of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with inhibitor bmp
Total Genus 87
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
87
sequence length
219
structure length
219
Chain Sequence
VMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAISVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: importance of residues in the orotate binding site.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus 87
structure length 219
sequence length 219
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2010-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3nqcA00
2GJNA 1HTIA 1JRBA 3MP4A 3G1HA 3TMQA 3W7IA 3NM1A 1PCWA 1TV5A 4AB4A 3BLIA 4FNSA 4MYXA 5EMUA 3M16A 3QYQA 3A23A 2RFGA 3L9CA 1O94A 4OT7A 1WXJA 3ATYA 3P61A 4ZQPA 4DF2A 4EIVA 3LOTA 4WD0A 1PIIA 2CZ5A 1UBSA 4LRSA 2DORA 1XKYA 1G7VA 1OFBA 2CW6A 2CLFA 1I2RA 5K2ZA 2YW3A 3E02A 3EWUA 2QR6A 2VFFA 5D03A 2AGKA 4GUHA 3QQ1A 1HL2A 5EY5A 5F2IA 4Y6GA 4UNKA 4WOZA 1QAPA 2ZZ2A 4O17A 3C8FA 1Q6OA 2Y61A 2QCGA 3NQ7A 3M44A 2O7SA 3STGA 4JR5A 4E2BA 4XZ9A 4X3ZA 1RQBA 4Y90A 4IMGA 1TTJA 3EKLA 2Y7FA 3JR2A 5K4XA 3TAOA 3VCRA 4IWWA 1OX4B 5FI8A 3T44A 1LOSA 1DKWA 4MZ8A 3LCIA 5K3VA 3GXPA 3NQ6A 1LLWA 3VNDA 5AC7A 3NEVA 4W9TA 3ZS4A 3M5XA 2ZQ0A 2EF9A 3EB2A 1KFEA 1O95A 4QQ3A 4KFNA 3QSRA 4N6EA 5CPLA 3HJZA 3OA3A 3LX9A 1W37A 3IIOA 1H62A 3LGEA 1ZAJA 1KM2A 1N55A 3OEXA 3CQ0A 4IXXA 2Y70A 2QCEA 4K38A 4HPJA 1YPIA 2R91A 3LCWA 5DCEA 4M6QA 5AC8A 3C2VA 1OFOA 3CTLA 5FF4A 1YPFA 3GDMA 1OFQA 3GB6A 3QFEA 3BGGA 2P1FA 5FEXA 2VEKA 2YXGA 2CZDA 5F4XA 5F2MA 5I3HA 1IXNA 1GVOA 1W5QA 1OF8A 1TPEA 3SECA 3M41A 1JQXA 1TPWA 3Q2DA 4JX5A 4ZQOA 1B57A 2WSRA 4NJIA 3EXTA 1J2WA 2H90A 4FNTA 5KITA 2YFNA 5E1QA 2CZEA 1F7BA 2FPVA 1SO5A 3NQ8A 1B4EA 5HQEA 3C61A 1GTHA 3QMRA 3UWZA 1TREA 5MHBA 2Q3OA 4Q33A 2A1YA 1JULA 2WKJA 4FX8A 3SGUA 1QO2A 3BARA 4RLIA 2P10A 2QCNA 2PC4A 3PG8A 2JKPA 3QJAA 3GDKA 3LERA 4MVAA 1H1YA 3B03A 4NX5A 5CSRA 3S5ZA 5CSSA 2EPHA 4RXGA 3N19B 1VGAA 3QH2A 1ZHAA 2J9YA 2EHHA 1VQTA 3G22A 5CKSA 3W73A 2V0TA 1ADOA 3FKKA 3LI0A 1I2QA 1JJKA 1KFLA 1EP1A 3S9YA 2TYSA 2Y88A 1UUMA 5LNUA 5HWNA 2VEMA 4XTDA 1RZMA 3CWNA 3PUEA 4LS1A 3SSJA 4WXZA 3C2EA 1WOBA 3O6CA 3P62A 4PODA 3HGJA 1NVMA 2A4AA 3PC0A 3YPIA 4N2YA 3EX6A 4HHPA 3G0XA 2A0NA 1B9BA 3PB0A 1OX6A 4LRTA 4ZQNA 4A2SA 1KFCA 1K02A 5HR6A 1DOSA 3DBPA 4MFDA 1E51A 3AJXA 2V81A 4H4IA 2VFHA 3PB2A 3IGSA 3CC1A 4UTWC 2V5LA 3NZ1A 1D3GA 4JNMA 4PL1A 3JRKA 3W85A 1RR2A 2E6AA 3HB9A 2NXIA 1W3NA 3EWYA 4JD4A 1DQWA 3A24A 3LBCA 2Y6ZA 2QCLA 3VE9A 4FO4A 3UWYA 3NL3A 3ABQA 4IQLA 1LOQA 1PV8A 3C2OA 4HPXA 4O0KA 3SW6A 2DJXA 3IV3A 1QPRA 1L6YA 3NQ2A 4O28A 3I7RA 1GJPA 1OG0A 2XN1A 2GQAA 3M5VA 2GUUA 3T40A 1KM4A 4NJGA 1K03A 2NXHA 4UMAA 3HG2A 1ZAHA 4UMBA 2W6RA 2DJLA 4PCFA 2A7RA 4IPIA 5D09A 1OX4A 3M0ZA 4GUFA 1GT8A 3QSTA 1FQ0A 1VJIA 3LHZA 4QISA 3I65A 3NNTA 3MJYA 1OFEA 4M6PA 4R33A 3BW2A 3BG9A 3EWWA 3Q94A 4K37A 6ALDA 2OCZA 3W84A 2NUYA 4IOTA 2BWGA 2WPBA 1RPXA 1JCMP 3PG9A 4O1AA 4O4WA 4IMEA 1I8JA 4XWUA 4UTMA 2OZ0A 3DKJA 5AHLA 5G4WA 4YXGA 3A5VA 1WQ5A 2P0OA 2V5BA 4N6FA 5IBXA 4BI6A 5KZDA 3ZFHA 4UIOA 3UQNA 3ABSA 2QAPA 1EB3A 3LLFA 2YX0A 4DBEA 4QJ1A 1VZWA 3N34A 1OFPA 3EX2A 4O18A 3NL6A 3RU6A 5I3IA 2VFEA 1PL9A 3NO5A 3R89A 3BLFA 2J9XA 1F5ZA 2ZRXA 3HMJG 1SUXA 1A5CA 2VOMA 4AVFA 3PR2A 2ZRUA 3DHDA 4HSOA 3TQKA 1IF2A 2WNQA 4LS0A 1AK5A 4AXKA 3S6DA 1YDNA 4LW7A 5HNRA 1GTEA 4MKNA 3TJLA 1TMHA 2X30A 4JEQA 3ABRA 3LI1A 3KFTA 5FEPA 3TIMA 5AFDA 4WJEA 4Z1CA 1Z48A 4O0ZA 1NF7A 1P4CA 1XM3A 4O53A 3W7RA 5AHMA 1A5AA 1BKSA 5HMSA 3FFSA 1LP6A 3HF3A 5AB3A 3H55A 5EYWA 1LZOA 4RR4A 4G1KA 1VHNA 3HG3A 4P2VA 4UTUA 3EX1A 2Y89A 1O5KA 3ZWSA 3NQMA 3G1VA 4FX7A 4ORIA 1FWTA 1OFRA 1IGSA 1EWDA 3ZR4A 4YCOA 4C1KA 3HGOA 3UWVA 3QRHA 2JGYA 5D32A 4ML9A 3QEZA 4MY8A 2DZVA 4M7SA 4CLMA 3LTSA 1VPXA 3KOFA 2QF7A 2PURA 4POCA 4NXKA 1H7XA 1HO4A 3KVKA 3USBA 4IXHA 2HTMA 4DF1A 3S5OA 2R14A 2ZZ7A 3FJ6A 1L6SA 4RZ5A 5T26A 4M5PA 1LLZA 1ZCOA 1U5JA 3CB8A 3FYOA 5GVJA 5LHEA 2X1SA 2QCCA 4GXMA 1EUAA 2YSWA 5FF2A 1EEPA 3ZWTA 3LCLA 5CG7A 4O1BA 1SFJA 4AWSA 1S5TA 1AG1O 3HG5A 3G1XA 3O16A 5IBXC 4K36A 3D0CA 4XBSA 4BR1A 3IRDA 3GVGA 1SPQA 2B7OA 2WOQA 3TSDA 2WSQA 3JS3A 5EL1A 2W79A 4WZHA 2RDUA 1FWWA 2ZZ3A 3G3MA 1K7XA 4FXRA 2C18A 4KWWA 3S1XA 4UFJA 5K4ZA 2JK2A 1W5NA 1SSGA 2V2CA 1KBIA 4S1FA 1HUVA 4JTUA 4AWTA 3NQCA 1XCFA 3UWQA 5IM51 1TPB1 3SFKA 2GPTA 3O63A 1DJNA 3CEUA 5D2WA 3O07A 1X1OA 4DF0A 5HWMA 2VKZG 1AMKA 3QQ0A 3WJWA 1W5PA 3IVSA 3P8IA 4MJMA 4LUIA 4ZQRA 2BX7A 4BWLC 1PHQA 2DZWA 2QJGA 1RQEA 4MPQA 3R5EA 1YXYA 1QNVA 2A5HA 1PS9A 3N2XA 3SY5A 5BNKA 2RHGA 5LSMA 1Y0EA 2XN2A 4K8HA 2E5DA 3UY7A 1TV7A 4QM1A 1KM3A 4GFSA 3M7WA 3KXQA 4RV8A 3PBYA 4HNUA 4NVTA 2ZYFA 4GUIA 1CX9A 1JVNA 1GYLA 5HR7A 2ZDRA 1F6PA 5SWUA 2DZSA 3IVTA 4K7YA 3GKFA 5AYYA 3UPWA 1D9EA 3W1RA 4K8EA 4GWEA 2YPIA 3LLDA 2FIQA 4ZQMA 1KV5A 4FIQA 3QMTA 1ICQA 1ZAIA 4EF8A 5CZSA 1P5BA 2BSLA 1ICPA 5FEZA 3GXTA 2EKCA 1JCYA 3GNNA 1TPC1 2Q3RA 1UCWA 3DAQA 3GDTA 3LHYA 4UTIA 1P0NA 3STEA 2F7FA 3IEBA 2H6RA 1MO0A 5G1TA 4PH6A 4KKXA 1QO5A 5AHNA 1K8XA 1KM1A 3M6YA 1TQXA 2YYUA 1OFAA 4FIRA 1GVRA 1YTEA 6TIMA 3UZ5A 5LZLA 1XDMA 4JIPA 3W72A 2ZBTA 4DEFA 4YMZA 3OVRA 2FTPA 1XL9A 2VFDA 2RDWA 1KFKA 3TXZA 2NV2A 1SW3A 3L66A 3PUDA 3W1NA 3NPXA 1OX5A 2V8ZA 3OVPA 3W2UA 3NQVA 1KV8A 4A29A 3O6YX 4O10A 3DH7A 5U7SA 1TRIA 1W3IA 3LXBA 3LM7A 3G0SA 5AC6A 3R13A 4CNNA 4CQ9A 1R47A 2G95A 1YDVA 5DBUA 5C5YA 2ISVA 3W2KA 4HN4A 5LGXA 3WK1A 1WOAA 2ALDA 1LRNA 3KX6A 4LUJA 3F03K 2TPSA 4I9AA 4OE7A 5FESA 4PL2A 3HPSA 2V2HA 3MO7A 2QUUA 1K8ZA 3L0KA 5G2WA 4JYDA 3DXIA 1VHCA 4LVDA 1IIHA 3C2FA 5EBUA 1JCXA 5AYZA 1GQNA 3PBWA 4OHQA 3ATZA 3P80A 4YLWA 2E6DA 1S5WA 4HNNA 1H1ZA 5TQLA 2CLLA 3PBVA 2A7NA 2G97A 2C16A 3FIGA 4LNYA 4N02A 1BEUA 1G4EA 3CPRA 5CZTA 1CW2A 2B4GA 3L5LA 3GDLA 1TPUA 1AL7A 5G4EA 2QCMA 1Z41A 4FX6M 1XXXA 4YCPA 1TRDA 2AAMA 3C0JA 4UTWA 1WV2A 3P60A 4DXVA 4NJHA 4LVBA 1VCGA 3MW7A 2E77A 1LORA 4JY8A 4FNRA 4P61A 1PHWA 3DFTA 4Z1BA 2V30A 3TC7A 1KLZA 3EWZA 3I68A 1I4NA 3KHJA 4WQ6A 3MI2A 5EKYA 3KVJA 4UTTA 4QIUA 1I2PA 4RK8A 2W0UA 1LRQA 1GEQA 1ZY9A 1YADA 5BMWA 2B7QA 3Q37A 1G67A 2GQ9A 1I2NA 3B0PA 4A22A 3TV8A 4QNWA 2C6QA 4LC8A 2H3DA 1B3OA 3EWBX 1Z44A 4C1LA 3LCFA 3HIJA 1ZJIA 5F1VA 3STFA 3LHWA 2RKXA 1YLVA 4UFKA 2ZRWA 2OX1A 3E12A 3EX4A 1GPWA 2PE4A 4JICA 2R8WA 1EP3A 4I7WA 4IMFA 1R2SA 4AEOA 2X1UA 4LU0A 4N9DA 4UTJA 3G0UA 3HO8A 4IX0A 2YCEA 3TKFA 4TMBA 5K9XA 3W1UA 1QOPA 1TQJA 1P0KA 2VEIA 2Y85A 3TW7A 4H3DA 4OGZA 4JX6A 2Z6JA 4O14A 4QNEA 5DCBA 1JCJA 4JIQA 4ORMA 5F2LA 2HS8A 4JTEA 1QPQA 4DELA 4N9CA 3W7DA 3GKAA 4UNLA 3WJZA 3W86A 3DI1A 3LB0A 4IMDA 3BV4A 3TA6A 1RV8A 2GOUA 3MHGA 3RNDA 2I1OA 3TSMA 3WJXA 2A6LA 1VYSX 4NZJA 1R2RA 4LY8A 3W1XA 3EEGA 3IGXA 5DLCA 3N2MA 3UXAA 5D33A 3ELFA 4TR9A 3P7YA 4DPPA 4LWWA 2WQPA 4NQ1A 2C14A 2AQWA 3UWWA 3LV5A 4MY9A 2QJIA 4JXCA 4FB7A 4U28A 2C1HA 3E96A 4TMCA 5CPMA 2Y7EA 2YDAA 3SIZA 2ZA3A 1WDWA 2NUXA 2X16A 2WNNA 2XFWA 2KZHA 2Q8ZA 1LROA 1SW0A 3L5AA 2CLOA 4WY0F 3DKLA 5D2XA 1AW2A 3IIXA 4UTTC 1DVJA 3LCHA 5LNWA 1Q6RA 3DI0A 1IIGA 4JDBA 3M5ZA 3LCGA 1FDJA 1ML1A 3W1TA 1T0OA 5K7JA 1QOQA 2A6NA 2J6XA 3GYEA 4N9EA 3NA8A 2VEPA 1G4TA 4X2RA 2Y63A 1A5SA 3KAOA 3STCA 4MUZA 2QCDB 1FY6A 4JTSA 1ME8A 1RD5A 3NL2A 2H8ZA 4FXSA 4PEKA 1RVGA 2ZRYA 3NPUA 1GYNA 4O57A 5TIMA 3CWOX 3S5YA 1YXDA 1ZFJA 2FPYA 4ZL1A 2I14A 1CI1A 4YL2A 1K7FA 5G1YA 1EA0A 4KFPA 3P82A 1G7UA 3O06A 1R46A 3N14A 4JTKA 4D2JA 4TU1A 5L6UA 1F05A 5HJLA 4HKPA 4K6AA 3UD6A 4ADSA 2CLKA 3EWXA 1KFBA 2ZA1A 2DZUA 2NZLA 2WO5A 4MZ1A 3T55A 1GZGA 3WJYA 4A2RA 3W74A 4GNJA 4HIBA 4L4MA 1N8FA 3THAA 5C6MA 3PY2A 3TCEA 3LTPA 4MYAA 2QUTA 4FNPA 3TC6A 1FBAA 3R12A 4GJ1A 3UPBA 2GJLA 2F84A 1FCVA 3DGRA 4OV9A 5C54A 3BW3A 4NT0A 3PWAA 2CLEA 1FDYA 3MP3A 5DELA 3GNDA 1FXPA 4GUJA 4GBUA 4L4LA 2QDHA 3OHIA 4BI7A 2ISSA 3W1LA 2DZXA 4OU1A 4PTNA 7TIMA 1TTQA 3LRMA 3DZ1A 3LHUA 3SGZA 3W7CA 3G8EA 4PC8A 4JTHA 3QW3A 1EPXA 3EKZA 3U6WA 5I3KA 4E38A 3L21A 2G96A 5G2IA 2E6FA 4O8RA 4BWLA 1ZNNA 4FEZA 1QFEA 4CQAA 3PS7A 1VYPX 3W7EA 2HSAA 2BLEA 3VI2A 2FB2A 1KBJA 3A21A 3W7QA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2FZM A;  3VAB A;  2D2G A;  3G1H A;  4LYP A;  2PBG A;  3W7I A;  1CGW A;  1PCW A;  1TE6 A;  4MYX A;  4J4K A;  5EMU A;  3M16 A;  2DIK A;  3A23 A;  1DYS A;  2DSV A;  3WDQ A;  1V77 A;  1O94 A;  4QTG A;  5LXX A;  2D2O A;  1XLF A;  1IHI A;  3LOT A;  4CN1 A;  1PII A;  1JGI A;  1G7V A;  1KRC C;  5I5R A;  3E02 A;  3EGJ A;  4JTD A;  5F2I A;  2YB1 A;  3C0S A;  3GG0 A;  5I00 A;  2ZZ2 A;  4DXK A;  4JQ2 A;  1S2V A;  2XM1 A;  4KQN A;  2Y61 A;  5C9U A;  3M44 A;  3MKC A;  1QTW A;  1S3T C;  4L4O A;  2CKS A;  3VC6 A;  4E2B A;  1RQB A;  2P0I A;  3EKL A;  3VCR A;  4IWW A;  1Q5M A;  5FKY A;  1B3V A;  1XGE A;  3LCI A;  5K3V A;  3GXP A;  2XTK A;  1LLW A;  3QKZ A;  1JD9 A;  4RE3 A;  5CAK A;  3ZLH A;  2QW5 A;  3UU0 A;  1XIC A;  1RP9 A;  3CUJ A;  4N6E A;  4B3L A;  5HME A;  3HJZ A;  1W37 A;  3IIO A;  4AYG A;  1TWS A;  2WVV A;  3OEX A;  4PUK A;  2RDX A;  1C9W A;  1C3F A;  1A80 A;  2QCE A;  4HPJ A;  1WDQ A;  2R91 A;  4UQ9 A;  5AC8 A;  3THD A;  1OFO A;  1EHA A;  1BSL A;  4JFS A;  3S46 A;  3GDM A;  1OFQ A;  1J2B A;  4AD2 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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