1OIFA

Family 1 b-glucosidase from thermotoga maritima
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
444
structure length
444
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEKEEDIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAPAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLED
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
publication title Iminosugar Glycosidase Inhibitors: Structural and Thermodynamic Dissection of the Binding of Isofagomine and 1-Deoxynojirimycin to Beta-Glucosidases
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE
total genus 178
structure length 444
sequence length 444
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2003-06-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1oifA00
1W1TA 1TCMA 2TAAA 1C92A 4QLKA 1ZBVA 4MADA 4E8CA 4CN6A 1NP0A 2OWCA 4W8BA 2OYLA 1G0CA 2X0YA 1U33A 3TTQA 1DEDA 2JALA 4CGTA 2XHYA 4GXPA 3OZPA 3GDBA 4P8UA 1OBAA 1NOWA 3OB8A 5BXSA 1HNYA 1MW2A 4U33A 3AICA 1EDGA 1GOQA 4XX6A 3IAQA 5M03A 1UH2A 2VX4A 1KXQA 5EB8A 2XFRA 4L4PA 3K8KA 4Y7EA 1AMYA 2JIWA 3T2QA 3NDZA 5JUVA 4MNLA 2X1IA 2YDQA 3CZJA 4M82A 3TTSA 1V08A 4DWSA 3QHMA 2Y24A 3OGRA 1EOKA 3GXDA 1TUXA 1HIZA 1B3XA 1JDCA 2NW0A 1SR0A 3N17A 2WPGA 4WF7A 4PMVA 4IISA 2CITA 1W91A 1NWUA 3WENA 3HU7A 3AHVA 4BQ3A 1UR9A 2RGLA 1HJQA 1VEPA 2WKLA 4OOZA 1HKKA 2VQUA 3VMPA 1E0WA 3JUGA 2J78A 2XTKA 7CGTA 3WH7A 1JAKA 1WZAA 1B90A 1CGVA 1NQ6A 1CGUA 1MQQA 4B3KA 4MTVA 4NRRA 3WD3A 3EDKA 1E73M 3ZSTA 4F8XA 3ARRA 4PCSA 5DT7A 1CENA 2EPNA 1H5VA 1JZ3A 1EIBA 5IFPA 3GBEA 3EDEA 1EQCA 3AI0A 5D4YA 4CD6A 3UG5A 3W53A 3MSGA 1BYCA 5LA2A 1OCQA 1XRVA 4OKDA 3UG3A 2D0FA 1KXVA 1E5NA 3TONA 4MNKA 3PN8A 3WEMA 2E8ZA 3E1F1 2EPKX 2FDMA 1XC6A 1GOIA 1CGWA 1E40A 4PEEA 1GJUA 4U5KA 5A6JA 1UD8A 1JG9A 2WZIA 3B9EA 2GJXB 1W3HA 1DHKA 3SCPA 1HN1A 1PZ2A 1EDTA 3WH8A 2EPLX 2WC3A 1JZ8A 1TA3A 2EQDA 4W86A 1QNQA 1BQCA 1WAWA 3CO4A 5I3DA 4RL3A 4UOQA 1FP8A 2J7DA 2BFGA 2WMIB 1HKJA 3RIKA 1UWIA 4AD0A 3AISA 1FFQA 2DH2A 1E6ZA 3VU2A 2GJPA 3AHXA 2WVVA 3VIOA 5D8WA 1V0LA 4B9YA 3LPGA 2WSKA 3MMUA 3PZNA 1UQZA 3T08A 1QBAA 1H1NA 4QCFA 3VUPA 4GQRA 5IXEA 3RCNA 1EHNA 1XH2A 3WIJA 2GK1A 1W9XA 4ATDA 1C8QA 1JL8A 4PTMA 1E72M 1XYZA 2J79A 2WC4A 3AIWA 1CZ1A 2XJ7A 2J47A 1QVBA 1G9HA 1H3GA 3WUBA 2VX6A 5KEZA 4AD4A 4PUEA 3GXIA 5E0CA 5DFAA 3L4VA 1CTNA 4W8LA 4ATWA 2Y8KA 1IZKA 2CCRA 4W89A 2D2OA 1CGYA 4NZCA 3VD9A 4DM2A 2WZEA 5HXMA 2BVTA 3NSNA 3RM8A 1UUQA 2D0GA 1AQ0A 1F4HA 5GNYA 1A3HA 3GNRA 4CN1A 1H41A 1E6QM 5M3WA 3PTQA 1HP5A 1E0XA 2XIIA 2VZSA 3UESA 3N13A 2OWXA 3K8MA 3DYMA 2V3EA 1JZ4A 4PMRA 2XGIA 4CVWA 1CECA 4EK7A 2ZUNA 3K8LA 3VMNA 4HTYA 2WC7A 1CGXA 2VCBA 4UFHA 4ZEPA 1QI5A 1KGUA 2QPSA 1G5AA 2YKKA 1DWIM 4QLJA 3WELA 4PMNA 3PZMA 3L2LA 5CSUA 4J3TA 3L4UA 4GZEA 4HMEA 1GVIA 3A3HA 1LWHA 2XM1A 3SIMA 5CGMA 3LMYA 1EDQA 1LL6A 4D6JA 4OZOA 2RGMA 1M7XA 3RO8A 1ISVA 4TXEA 1JNDA 1G94A 5I2UA 1ISZA 1QW9A 3DHPA 4JL1A 2YIHA 2D24A 2X05A 5BROA 2GSJA 1HKMA 3ARQA 4HOWA 5A6MA 4P7LA 2OWWA 3ZOAA 2WZHA 1UYQA 5DO8A 1W32A 3FAXA 3BC9A 2JIEA 2ZUUA 3OLDA 3VDCA 3VGHA 3T0DA 4GKLA 5CQ1A 4Z2KA 1N82A 4DWSB 3CZKA 8CGTA 1MXGA 3W25A 4FF5A 1BGAA 2O9PA 1LG1A 3BCDA 3WNPA 4OBSA 3ZT7A 1M01A 2WMGA 4UR9A 2YL5A 3ECQA 3THDA 1NARA 2E9MA 3SCRA 1JZ2A 4W84A 5EFDA 2E9LA 3AHYA 2VRJA 3AOFA 3CZLA 3VINA 1BG4A 2WMKA 2QHAA 5E09A 1DWGM 5A8OA 4ML4A 2BHUA 1QNRA 2PC8A 2WW5A 3ZO9A 2WB5A 1GOWA 2W62A 4M29A 5A6BD 4IPNB 1PX3A 2G3MA 1ODUA 2CBVA 4HZ8A 2CIPA 4P7RA 3PZTA 3BAXA 3ZSSA 3O9NA 4J3SA 1KBKA 3U57A 1CXHA 3AIBA 3VDHA 1E15A 5I0DA 4JAWA 4U2YA 1VJZA 4MJ2A 3AXIA 1VBRA 1X1NA 4D6FA 5CZKA 3APGA 1U30A 1W3KA 1G1YA 1GZJA 1UWUA 3BAJA 1UWRA 3MSDA 2VTFA 4WIWA 5CPTA 5I79A 3VTRA 2W61A 4PMYA 1J0JA 1FHDA 1JDDA 1CWYA 1OD0A 2UY4A 2VVNA 4M56A 3OGVA 4KWUA 2D20A 1W3LA 3VPLA 3U7VA 2WMIA 3PHAA 3RJXA 3UCQA 4P8VA 1E6PA 3VIFA 1R8LA 3VILA 1MFUA 2ESCA 3UR7A 1R85A 1S46A 3MMWA 2WVUA 4M24A 2CERA 3LPPA 3N9KA 4HU8A 1MFVA 3N04A 2VL4A 2J4GA 1JYNA 2GK1B 3HMCA 1QNSA 1GW1A 1BAGA 4WKHA 7A3HA 2ZUMA 4TX6A 4KMQA 2V3FA 4HA1A 1E55A 4PRWA 5A69A 1E3ZA 1GQKA 2VR5A 3WDPP 3ARUA 3G6LA 2BXYA 3K4AA 1B30A 3NUKA 2CHOA 4DWSC 4UQDA 4W88A 2MANA 4M81A 2ZXAA 3RILA 1JZ6A 3CPUA 3PTKA 3MANA 2QMKA 3WQWA 2GDVA 5BXPA 5A2BA 2V5CA 4DUVA 2VO5A 4JFTA 1LL7A 3AMKA 1GPFA 5A2CA 4ZXLA 4BCEA 5BRPA 1KQZA 4KGJA 3DYOA 3VOCA 4UOZA 3LPOA 1ITCA 1BVZA 4QLLA 3WH9A 1QW8A 4B15A 2EJ1A 2X09A 3AMCA 1H0GA 2FHCA 1BYBA 3PZ9A 1GHSA 4K68A 2O92A 3ALGA 5BXTA 1HJSA 4U3AA 1V3JA 4PMDA 2X2YA 3NSXA 2WMFA 4V27A 4E2OA 5HPOA 4EKJA 2VX7A 4A3YA 4ACYA 1LJYA 2VT0A 4PN2A 1DWHM 1ZL1A 4LXFA 3WSUA 1R87A 5A94A 4X9YA 4JCMA 3M7SA 1OM0A 4AD1A 1JYWA 1BYAA 2VNCA 1ODZA 1FH9A 3OG2A 1VIWA 4Q22A 4F79A 5AY7A 4AZ6A 1C3FA 4W85A 3THCA 1UA7A 5ABGA 4Q7NA 3KL0A 2XVGA 3M46A 2WXDM 2WK2A 3WNNA 1JFHA 2DT2A 4PMOA 2BY0A 2QF8A 4PTWA 3AMGA 3GYCA 1J0KA 2IXUA 2VOTA 3FAWA 3BCFA 3VGBA 3RJYA 3M6DA 2G8ZA 2PBGA 3VD5A 2CPUA 4PSPA 4W7WA 1H49A 4CD7A 5GPRA 2WBKA 4OBRA 3WEZA 4D1JA 4R27A 1JD7A 1UG6A 3A4WA 3N12A 1E5JA 4HU0A 1W9UA 1WZMA 5E70A 5EMYA 4A3HA 4UZSA 2V5DA 1ZBWA 2VRKA 4W7UA 5FD0A 2ZICA 3WNMA 4D1IA 3CBWA 1UR1A 1TG7A 3BMWA 1YHTA 1OGGA 1V3LA 1KGWA 1ZJAA 1DP0A 2W4XA 3TP4A 3ARZA 4JFUA 2VC9A 1I1XA 4UQEA 1XCXA 1UH3A 4W8AA 3EDJA 2XFFA 1B3VA 3L2MA 3NIYA 3ARTA 3IJ8A 4J3WA 2VZUA 2UWFA 5M17A 2XVLA 1IV8A 1B3WA 2W5FA 4Z2GA 1JZ5A 3K46A 1E4MM 1I1WA 3F5KA 1ECEA 1V3KA 2CKSA 5CLTA 1TVPA 4GZIA 3KZSA 3L4XA 1TVNA 4AY1A 2XWDA 4UQAA 3IJ9A 1OINA 2O9OA 3AHZA 3BSGA 1SMDA 1V6VA 1MW3A 2ZWYA 3N1AA 1OT2A 2YLLA 1EO5A 3DC0A 5E6YA 2ZUTA 1CLVA 1MYRA 3OZOA 2Z1KA 4MAZA 3W37A 4ATLA 4AEEA 1M03A 3B9DA 5LA0A 1KWGA 5C8BB 3ZT5A 2XVKA 1J0YA 3BAYA 4V28A 4HA3A 1KXTA 3SUVA 4CCEA 3FXYA 4UQ9A 1V6XA 3BH4A 2W63A 1PJ9A 4GI9A 2BNJA 4FLRA 5A1AA 3WN6A 4PCTA 2D3LA 1KR0A 3WMCA 1B0IA 1C8XA 2JF6A 2DPEA 3BGAA 3UETA 5ABFB 1UR4A 5BCAA 2AOSA 1E70M 1OGSA 1NOUA 2J7GA 2VQTA 5AYBA 1HJXA 1UD2A 2PBOA 3RMEA 4U2ZA 1QNPA 1OIFA 5I78A 1FP9A 1CXKA 3WKZA 1QHOA 4MDOA 3NDYA 4YPJA 2GDUA 3ZJKA 4H8VA 3A4XA 1C93A 5A6LA 3U5YA 2J75A 1JXKA 1UKPA 1GOKA 5EBAA 4IUGA 2IUZA 1UQYA 4PUDA 1E4IA 2ZUWA 5I6SA 4HPHA 3WBAA 2DSVA 5BXRA 1UD4A 1X6LA 3AYSA 1W3JA 2D22A 2J25A 4AISA 3ARPA 4WKFA 3VIGA 3T09A 1B31A 2DQXA 4BF7A 2J7FA 1RD6A 3CUFA 5A2AA 3VM7A 1HT6A 1GNXA 1PBGA 2ZE0A 1QI2A 3T0AA 3GBDA 2J7HA 2ZX8A 4QAWA 3VIIA 5A6AA 1WB0A 1UWSA 5E9AA 1PX4A 1GQJA 2F2HA 3UERA 2DGAA 2PF0A 3ZM8A 1XD0A 1TR1A 1BLIA 5D9PA 1JNEA 1NP2A 3N15A 4P8XA 4PMZA 3ZJ7A 3OLEA 5CPQA 3WD2A 5CJ5A 2VZOA 5JIWA 2WNWA 3PBGA 3CH9A 3AXXA 2IXVA 4GPNA 5LA1A 4AEFA 4AD2A 1AQHA 4IPLA 4J7RA 1V3IA 1KCLA 1XHGA 1HJVA 2VZVA 2OLHA 5IHRA 3W38A 1UH4A 1B9ZA 2GVYA 1J12A 5CPSA 2DT3A 1WE5A 3CLWA 3AS1A 1TFVA 1CXEA 3W29A 4D6EA 3AMDA 5BWFA 2ZXDA 3O2LA 3N18A 3ZR6A 5TD4A 4AYSA 2ZOXA 5BRQA 2A3HA 3I3EA 1Q6DA 1NWSA 2ZUSA 4C7DA 2DSWA 3QHNA 3AXHA 1BSIA 4Z2IA 3GH4A 1AQMA 1EA9C 3KL5A 1V6WA 3GTNA 1GQIA 2XPKA 4U3CA 2DSKA 4D6GA 3MO4A 1OB0A 3BAWA 1FFRA 1QI3A 1MQRA 2WMHA 3MU7A 4MNJA 3ALFA 3FHQA 4PMXA 1BYDA 4AZCB 3TTYA 5D8ZA 2VZTA 2VCAA 2JF7A 4WLCA 1NWTA 5IHSA 3ARXA 1HXJA 2HVMA 3WD1A 2E0PA 2JFEX 3GXFA 3SCVA 3VX1A 2VMFA 5E0FA 2NSXA 5A6BA 4TOQA 4XB3A 1UOKA 1SYTA 3OIHA 4YHGA 3MKKA 4UFKA 2DT0A 1R7OA 3WUFA 4S3JA 3N11A 2YL9A 3DHUA 5E6ZA 4UTFA 4H8UA 3OLGA 4UFLA 3F5JA 1PEZA 4ZFMA 1EGZA 2GJRA 2CEQA 3K4DA 2ZXQA 1VFOA 2BS9A 3CMGA 1HVXA 2BVDA 3AJ7A 3MV01 4UCFA 1UR8A 4AD3A 3ZJ8A 2WKGA 5C71A 2EBNA 1GUVA 1ZBKA 2CHNA 4CKQA 1VENA 5BYWA 3GNOA 7TAAA 5CSYA 3CIVA 4MB4A 3WFZA 2UY5A 3PZIA 4ZE4A 2WWCA 3WF2A 1CNVA 1XH1A 2HISA 4WSJA 1OWQA 4RE4A 2WANA 1CGTA 2C7FA 2YBUA 5IFTA 4D6IA 1KXHA 4W87A 3QOMA 1J0ZA 4UQBA 1DWJM 1JD9A 5DT5A 3WF1A 3WD4A 3CZ8A 3IANA 2CBJA 3DECA 2VI0A 2YA0A 3SUUA 2C8NA 4DM1A 1SMAA 3WD0A 4LX4A 2G4FA 1MWOA 1QPKA 4AIUA 4OOUA 1HJWA 3T2PA 4PMQA 5FL1A 3T2OA 3WNOA 4DUXA 5D9OA 4GO8A 4XUYA 4H2CA 4D6HA 4URIA 4PTXA 1E0VA 2YDRA 2A3AA 2YA1A 3UR8A 2WAGA 5CLWA 1UKTA 5CG0A 2F61A 1L0PA 2F8QA 1J0HA 4FLOA 3HJEA 1V6UA 3WNKA 1KB3A 4LGXA 2G3JA 2XSBA 1C8YA 5ABFA 2BVYA 3CMJA 1E4NA 2WLYA 3VKKA 3VGFA 2WBGA 4RE2A 1CXLA 1HF6A 2BY2A 5LYRA 5AYIA 4LYPA 2EPOA 2XG9A 3CUHA 1JIBA 4H41A 4QP0A 5A8PA 2E40A 2PWFA 1JZ7A 1VFFA 4CVUA 3GH7A 4PMUA 1Q6CA 3B8SA 1WDPA 3WL0A 3QGVA 4UFJA 1ITXA 5FL0A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1W1T A;  1TCM A;  2TAA A;  1C92 A;  4QLK A;  1ZBV A;  4MAD A;  4E8C A;  4CN6 A;  1NP0 A;  2OWC A;  4W8B A;  2OYL A;  1G0C A;  2X0Y A;  1U33 A;  3TTQ A;  1DED A;  2JAL A;  4CGT A;  2XHY A;  4GXP A;  3OZP A;  3GDB A;  4P8U A;  1OBA A;  1NOW A;  3OB8 A;  5BXS A;  1HNY A;  1MW2 A;  4U33 A;  3AIC A;  1EDG A;  1GOQ A;  4XX6 A;  3IAQ A;  5M03 A;  1UH2 A;  2VX4 A;  1KXQ A;  5EB8 A;  2XFR A;  4L4P A;  3K8K A;  4Y7E A;  1AMY A;  2JIW A;  3T2Q A;  3NDZ A;  5JUV A;  4MNL A;  2X1I A;  2YDQ A;  3CZJ A;  4M82 A;  3TTS A;  1V08 A;  4DWS A;  3QHM A;  2Y24 A;  3OGR A;  1EOK A;  3GXD A;  1TUX A;  1HIZ A;  1B3X A;  1JDC A;  2NW0 A;  1SR0 A;  3N17 A;  2WPG A;  4WF7 A;  4PMV A;  4IIS A;  2CIT A;  1W91 A;  1NWU A;  3WEN A;  3HU7 A;  3AHV A;  4BQ3 A;  1UR9 A;  2RGL A;  1HJQ A;  1VEP A;  2WKL A;  4OOZ A;  1HKK A;  2VQU A;  3VMP A;  1E0W A;  3JUG A;  2J78 A;  2XTK A;  7CGT A;  3WH7 A;  1JAK A;  1WZA A;  1B90 A;  1CGV A;  1NQ6 A;  1CGU A;  1MQQ A;  4B3K A;  4MTV A;  4NRR A;  3WD3 A;  3EDK A;  1E73 M;  3ZST A;  4F8X A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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