4AD4A

Structure of the gh99 endo-alpha-mannosidase from bacteroides xylanisolvens in complex with glucose-1,3-isofagomine and alpha-1,2- mannobiose
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
349
structure length
349
Chain Sequence
NNLGTELDYDTFCFYYDWYGSEAIDGQYRHWAHAIAPDPNGGSGQNPGTIPGTQESIASNFYPQLGRYSSSDPNILTKHMDMFVMARTGVLALTWWNEQDETEAKRIGLILDAADKKKIKVCFHLEPYPSRNVQNLRENIVKLITRYGNHPAFYRKDGKPLFFIYDSYLIEPSEWEKLLSPGGSITIRNTAYDALMIGLWTSSPTVQRPFILNAHFDGFYTYFAATGFTYGSTPTNWVSMQKWAKENGKIFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSVIRTRTDGQYYDAMYRKAIEAGVSAISITSFNEWHEGSQIEPAVPYTSSEFTYLDYENREPDYYLTRTAYWVGKFRESK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Bacteroides xylanisolvens
publication title Structural and Mechanistic Insight Into N-Glycan Processing by Endo-Alpha-Mannosidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 71
total genus 130
structure length 349
sequence length 349
ec nomenclature ec 3.2.1.130: Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase.
pdb deposition date 2011-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16317 Glyco_hydro_99 Glycosyl hydrolase family 99
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ad4A00
3MV11 3W26A 1TUXA 1OD8A 2G3IA 4ACZB 2WB5A 3ARPA 1CXEA 1AVAA 1V6UA 5AYIA 1HX0A 3GXDA 1DEDA 2QHAA 4GZJA 1PBGA 4GPNA 3CHDA 4L4PA 4EAMA 2DPEA 4M8UA 1KXTA 1BYBA 1KR1A 3MMUA 2D2OA 5CPTA 1ISVA 4S3JA 4AZCA 1PX3A 3KL0A 1UUQA 3W29A 1B2YA 2JEQA 1GQJA 2BVTA 2A3AA 5JBEA 4W89A 1PX4A 1E0WA 1E6RA 1IZJA 4EE9A 4LQ1A 3G6LA 2FGLA 4AY1A 1UR1A 7CGTA 5A69A 2UWFA 3WEOA 4IM4A 3GNPA 4W8LA 4XZBA 3S6TA 3EMCA 1AMYA 4QLKA 2WXDM 1XYZA 3BLPX 1H09A 1GQKA 1ZU8A 5M3WA 3POCA 5C71A 2ZWYA 1EDQA 1N82A 1PZ2A 2XFRA 5I79A 2UY5A 4R27A 1B3XA 2WHJA 4JL1A 4PMOA 2J25A 2O9RA 4PCSA 3SUWA 2WWCA 3M46A 3MMDA 1TFVA 4KRUA 4HZ6A 5JBDA 2D3NA 3FY1A 1K9DA 1OGGA 1OT2A 1PAMA 1VFFA 2CBVA 3WQVA 1QOXA 3ARSA 1GHRA 4BA0A 3L4ZA 2ZUWA 3MANA 2BY2A 1C91A 4LGXA 3QOKA 2D23A 1C7TA 1EHAA 4PSPA 2XSAA 3VD4A 1XD1A 1E4IA 1RD6A 1CWYA 1QHPA 3AI0A 4BCEA 4CUCA 4UQ9A 4PMVA 2J7HA 5LA1A 1I75A 4UFKA 4LX4A 4AZBA 4P8WA 3T0AA 4F66A 2D20A 5CLTA 2YL6A 2ZXBA 1HP5A 3N11A 2WZIA 2O9PA 2WMJA 3KE0A 4CGTA 1H3GA 2A3HA 4P7QA 5EB8A 1Q4NX 2J7EA 3VMOA 2JF6A 2B31A 2VZUA 1E40A 1J0IA 2XGBA 1KGXA 2VTFA 1FP8A 2J79A 3ZO9A 4FLSA 1CLXA 5GPRA 1XH0A 3A4AA 5CLWA 5HPCA 3WUEA 3AHZA 1H11A 3ZT6A 3WNKA 4CD6A 1WZKA 4P7LA 2YBTA 3UG4A 1V0NA 2OSWA 3WNNA 4UQBA 2ESCA 3AHTA 1NH6A 5CPSA 5AYBA 1BQCA 4UZUA 2CEQA 2HVMA 4ZXLA 4B9ZA 1MYRA 4M1RA 4DWSB 2DGAA 4J3SA 1ITCA 3VMPA 1J0ZA 4MNMA 5CSYA 4PTMA 2Q8XA 2J78A 3S2CA 1WB0A 3BSHA 1HJVA 2XJ7A 1A3HA 1ISWA 1E0XA 2WMGA 2EEXA 4Q22A 1DWFM 1EA9C 3N04A 1NP2A 4AIUA 3NIYA 4TOQA 4F79A 4HOXA 2VQUA 1JXKA 2ZIDA 1PIGA 3VINA 2DH3A 2WCSA 4DWSC 4TVDA 4Z2LA 2CBIA 1GOKA 3VIOA 4HOZA 2WAGA 3FAWA 4H8UA 5ABFB 3WD1A 5AC5A 1EO5A 2GK1A 4OJYA 1PPIA 1W1YA 2WMFA 3VIMA 2DT1A 1CGVA 1OIFA 1MQRA 3IJ8A 4QFUA 5FIPA 2OWWA 1UR0A 2WCAA 2WK2A 2NT0A 2GJPA 1JNEA 5M5DA 2GJXB 3I3BA 3OGSA 1GVYA 3IK2A 3FNDA 1VF8A 5C70A 2NT1A 3CZKA 2XUCA 3MU7A 4Z2JA 3UESA 1DP0A 3TP4A 2AMGA 1CGYA 1W32A 4NI3A 3OA5A 2WVSA 1UG6A 3NCOA 2XVPA 4WKAA 1QNPA 3F4VA 2OWXA 3OG2A 3L4VA 3T2PA 1XH2A 1EO7A 5LYRA 5E0CA 1QI5A 1US2A 2XGIA 2WZHA 3SUUA 3PTMA 3AZSA 2WCGA 4RL3A 4XZWA 1E4LA 1WE5A 1LF1A 3K46A 2MANA 3ZJKA 3AXIA 1LWHA 1VJSA 4UFJA 3WIJA 5AC4A 4TTGA 2WC3A 2EPLX 3VD3A 1CGWA 2YL8A 1HVQA 1KFWA 3ALGA 1V6VA 4MB3A 5D9OA 3ZMRA 4JFVA 3B9AA 3L4YA 4MDOA 3BAYA 3OB8A 2OYKA 4UCFA 4ZEPA 1ODZA 1HKIA 1CBGA 3VIJA 3II1A 3OLIA 3LPOA 5I23A 1BHGA 6TAAA 4R5EA 2J8FA 3ZSTA 3TTYA 2J4GA 4U5KA 2W92A 2DQXA 3TONA 4YN5A 2EPMX 2VVNA 2WMIB 4DWSD 4TTUA 2V3EA 3O9NA 4KGJA 1ZJBA 2CNCA 3BLKA 3WQ4A 1UR2A 4NF7A 2ZUSA 1JDCA 4MB1A 3CUGA 4E8DA 3MO4A 1PJ9A 5AY7A 3WQ6A 4MTVA 5D9NA 1TCMA 1KBBA 4K68A 2Y4SA 4JFWA 2UY3A 4QLJA 3BXWA 3K4DA 2DIJA 2TAAA 3DECA 4ML4A 1BF2A 1V6YA 1XD0A 1JYVA 1UKPA 1V3LA 3BCFA 1UHVA 2DSVA 1VEOA 1QVBA 2X05A 3EYPA 1EGZA 1NOWA 1FHLA 2VX6A 2WNWA 1KCLA 5IDIA 4BQ2A 3BMVA 4LPCA 3AIWA 3OLDA 3AJ7A 3VX0A 1KXQA 3RM9A 1UWSA 4S3KA 4MB5A 4DUVA 2WHLA 4WSKA 1E5NA 1DHKA 1NOUA 1UZ1A 4U2ZA 4YHGA 2GFTA 4JKLA 1LL7A 1GCYA 3PZ9A 3VDHA 3ARVA 1D7FA 4HZ7A 2PB1A 2VCCA 1UD5A 1CXFA 2WHKA 3AXXA 3IAQA 3ARQA 1V0MA 3D5HA 3KWXA 3THCA 5E0FA 1FFQA 2J75A 1BPLB 2E8ZA 5A8PA 2Z1KA 1XV8A 1JZ5A 1B1YA 1O7AA 3UR8A 3EDJA 2WW5A 3AIQA 1JAEA 3QHMA 3L2MA 5IHRA 2XG9A 4H8HA 1OBAA 8CGTA 1EHNA 3RIKA 3VGDA 2VUYA 2XIIA 2YLLA 5CQ1A 4TVCA 4ACYA 5TD4A 2D3LA 2YBUA 2XVNA 1I1WA 1UQZA 4YHEA 3L4UA 3W37A 1WDSA 3AIBA 4GZIA 2BHZA 3SCTA 3GYCA 1G01A 4V28A 4W88A 1JL8A 1MW3A 1HF6A 2DT2A 3WUGA 1V02A 1QI3A 1C8YA 1QI4A 3AS1A 4HPGA 4MAZA 1GJUA 2OSXA 1ZJAA 4BZYA 5E6YA 4TXEA 2CKRA 4KGLA 4P8UA 4CCCA 4M80A 3VD7A 1C8QA 1J0JA 1JDDA 3AQUA 1C93A 1VBRA 1CNVA 1W9XA 4B3LA 3WF0A 4MJ4A 2J8GA 4QCFA 2CESA 1DWHM 2J47A 2WBKA 3EMQA 2HISA 3WMSA 3UCQA 2ZUNA 3PZTA 4JAWA 4PSRA 3A4WA 4CN6A 4JKMA 4HZ8A 3T0BA 1V3HA 3WSUA 2WKGA 3AS0A 5ABGA 1BG4A 2VMFA 2XFYA 2ZX7A 4L4OA 1ZB5A 3VOCA 1NM9A 1OSEA 3CIVA 2JALA 3VILA 4A3YA 1C8XA 3SIMA 2W4XA 3W81A 4C7FA 1PZ3A 4X9YA 5I0DA 1E1FA 1U33A 2WVVA 1BYCA 1J18A 3ARXA 3A4XA 3WF4A 2BXZA 3CZEA 4H41A 3PZVA 2X09A 1MW1A 5D9MA 5A6JA 5IXEA 1YHTA 2WZEA 3VO0A 1VENA 1JYXA 3VGGA 3T08A 3WBEA 1JZ4A 5KEZA 1OT1A 4A3HA 1WKYA 4AEEA 3W82A 4OOZA 1LQ0A 2VI0A 2XWEA 3HMCA 2W61A 3VGEA 8A3HA 2OYLA 1Z32X 3VGHA 1PIFA 2WSKA 3CH9A 3TTOA 4AIEA 1XSKA 1B0IA 4H04A 1TMQA 2O9OA 5JUVA 1E6ZA 1VIWA 1CPUA 2OLHA 1UKTA 3CTTA 4JKKA 1EH9A 4OZOA 2DSZA 3ECQA 1JZ3A 3B9DA 4PTWA 5I78A 1GJWA 2PWFA 4JL2A 1O6IA 2F61A 1Q6EA 3CHFA 2PC8A 3B9EA 4TX8A 2A3CA 3AXHA 2UY4A 5E9AA 4QAWA 4HU8A 2Y5EA 1R7AA 2J7FA 4MDPA 3UG3A 4UZSA 1E6XM 3F5JA 3SCNA 2J62A 1E4MM 1S46A 2PF0A 3GH4A 1E6SM 1BAGA 3VTRA 5CPQA 2VX7A 2VL4A 1VB9A 4UNIA 4UFIA 1RH9A 3CHCA 3SCUA 5A94A 1ZBWA 2XM2A 3CPUA 1KQZA 2EJ1A 3WL1A 4XUYA 3RJXA 1GQIA 4WLCA 3CZLA 4PRWA 3K8MA 1KCKA 3WENA 3AIRA 1VFOA 1E70M 1Q6GA 2VZSA 3ZJ7A 2ZOXA 3AIUA 1FA2A 2DEPA 3MS8A 2EQDA 1B3WA 2D0HA 2CETA 4HA3A 3ZIZA 3E1F1 4PTVA 1XYFA 2WC7A 3WDQA 4FK9A 4J7RA 3AMCA 4AD3A 3VNZA 4FLQA 4JIEA 1HJQA 5GNXA 5BWFA 1OWQA 5FOOA 4U3AA 4W7WA 2WLYA 5FL1A 4PMZA 3WKZA 3AISA 1DWIM 4HMEA 1EOMA 1E6PA 3M7SA 1SMDA 1J10A 5IFTA 1G9HA 3UEQA 2W63A 2GJRA 1I1XA 3WH9A 1BGAA 5KZ6A 3NSMA 1SR0A 1CGUA 3AICA 3BH4A 4CCEA 2VC9A 1GOQA 4U3CA 4M24A 1UH4A 3CUFA 2QLYA 2X0YA 1W9VA 4W8AA 1CDGA 3B8SA 4IISA 3K8LA 3ZT7A 4CN1A 4GINA 1W1PA 3CMGA 5I24A 1QBAA 2OYMA 4HPHA 3VUPA 4FMVA 5BXRA 3I3DA 2Y2WA 4WKFA 2YDQA 1FP9A 1MWOA 2JE8A 3AYRA 1FFRA 2WMHA 1JNDA 5HXMA 5E70A 4WKHA 1MXDA 1UR4A 1MW0A 5CXPA 4D6GA 3PTQA 2WYSA 5CGMA 5BXSA 2BVDA 2WHMA 3VGBA 1ZS2A 3VU2A 3WY1A 4XV0A 4KWUA 1MFVA 3MSDA 4ZXOA 4RE3A 3ARYA 1LLOA 1M53A 1J12A 1H49A 3VIIA 3CZ8A 4D6IA 1NWRA 2C8NA 1F4HA 3AMGA 3EBVA 1W2VA 1ZBCA 4GI8A 3HJEA 2O92A 1V6XA 4WF7A 3GNRA 2Y24A 5A3HA 1UQYA 5JIWA 4OIFA 1V3KA 1B90A 4MNKA 1VEPA 1H5VA 3VX1A 4PUEA 1G0CA 1W9PA 4HU0A 5DEZA 2Z1SA 4JFTA 2XWDA 2G4FA 3LPGA 3SCSA 1JXJA 3KZSA 4JHOA 4W5UA 1GW1A 1JYWA 4J3TA 2G3MA 5A6KA 1OB0A 3O2LA 2GDVA 2G3JA 1G94A 2VX4A 1GUVA 1UD6A 1US3A 4XX6A 2AOSA 1R7OA 3WD4A 2E0PA 2RGLA 1HKKA 3EMZA 4D1IA 3NDYA 1JD9A 1E15A 4Q7NA 1HJUA 3W27A 5HBFA 1HN1A 2D1ZA 1VFMA 3WH7A 4P8VA 1RP8A 3LPFA 3WL0A 4HMCA 1KGWA 2Y8KA 1GOMA 3VD5A 5DMYA 5LA0A 1P6WA 1HP4A 1B9ZA 3WH8A 1K9TA 1K9EA 3T2OA 2QV4A 3DYOA 3VGFA 4PMUA 1HT6A 2ZUTA 3QHOA 1ITXA 1WPCA 3OBAA 4M81A 3WUFA 1GONA 2BHYA 2QF8A 3AOFA 1OCQA 3VNYA 1TE1A 1U2YA 3GBEA 4QLLA 2X0HA 4YPJA 3U7BA 3O6AA 4CVWA 3EDDA 3WQWA 1XHGA 1W9BM 4D6DA 1UA7A 1WZLA 1UWRA 1JZ7A 3W38A 1CLVA 5BXPA 4ACZA 5CG0A 4HA4A 3AIEA 4AZCB 2JIWA 1HL9A 3BAKA 5BYWA 3DHPA 1W9DM 4D71A 1JZ2A 2PWEA 4AW7A 3ZR6A 1CXIA 1DWJM 1KR0A 1GQLA 4M82A 2YIHA 1MXGA 1KWKA 2IXUA 3NUKA 1JD7A 1H4PA 3DYMA 3VDAA 4UR9A 4F9DA 3N15A 4CN4A 4QDMA 3AZTA 3SUTA 2VOTA 2UY2A 3MMWA 3WEMA 1SMAA 2YJQA 5I6SA 1NQ6A 3IJ7A 2J7DA 1VBUA 2JEPA 2WC4A 4DUWA 1JF6A 2ZXQA 1Q6CA 2YKKA 2V5DA 1UR9A 1QW8A 5FD0A 2BNJA 2OSYA 1H2JA 3MSGA 4E8CA 3VIFA 2EPNA 1CIUA 1GOIA 1M04A 1OGBA 2FDMA 3WNMA 1GHSA 2X1IA 1Q6DA 1UH2A 2VVSA 1WAWA 2JFEX 3PZQA 4W85A 2IXVA 4A4AA 4F8XA 1NWSA 1E0VA 1WDQA 1VRXA 1E1EA 3WDRA 4QP0A 2VO5A 2FH8A 1ECEA 3MUIA 3GXFA 1TVNA 2A3EA 3AMDA 1KB3A 4P8XA 2QMKA 4UQCA 5A6BD 2YOCA 4KMQA 1XH1A 5BRPA 2XM1A 4OOUA 2YA2A 4MB4A 3VIGA 4PBGA 2ZUVA 2EXOA 3KEHA 4HP5A 1EDTA 1TVPA 5CGTA 4W86A 2ZE0A 4AD4A 1E72M 1QNSA 3SUVA 1JAKA 1HIZA 4BS0A 5DT5A 1XCWA 4KRTA 3CLWA 3WNLA 4GKLA 2CHNA 3WNOA 1QNRA 5A6AA 2YLAA 1R85A 3A47A 2J7CA 4EKJA 3PTKA 4AZ5A 2ZXAA 4EK7A 2WANA 4CD8A 3SCRA 2BFGA 2JF7A 2F8QA 3K1DA 4UFLA 3PHAA 1UKOA 2PWDA 5DO8A 2BHUA 1X1NA 5ABHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MV1 1;  3W26 A;  1TUX A;  1OD8 A;  2G3I A;  4ACZ B;  2WB5 A;  3ARP A;  1CXE A;  1AVA A;  1V6U A;  5AYI A;  1HX0 A;  3GXD A;  1DED A;  2QHA A;  4GZJ A;  1PBG A;  4GPN A;  3CHD A;  4L4P A;  4EAM A;  2DPE A;  4M8U A;  1KXT A;  1BYB A;  1KR1 A;  3MMU A;  2D2O A;  5CPT A;  1ISV A;  4S3J A;  4AZC A;  1PX3 A;  3KL0 A;  1UUQ A;  3W29 A;  1B2Y A;  2JEQ A;  1GQJ A;  2BVT A;  2A3A A;  5JBE A;  4W89 A;  1PX4 A;  1E0W A;  1E6R A;  1IZJ A;  4EE9 A;  4LQ1 A;  3G6L A;  2FGL A;  4AY1 A;  1UR1 A;  7CGT A;  5A69 A;  2UWF A;  3WEO A;  4IM4 A;  3GNP A;  4W8L A;  4XZB A;  3S6T A;  3EMC A;  1AMY A;  4QLK A;  2WXD M;  1XYZ A;  3BLP X;  1H09 A;  1GQK A;  1ZU8 A;  5M3W A;  3POC A;  5C71 A;  2ZWY A;  1EDQ A;  1N82 A;  1PZ2 A;  2XFR A;  5I79 A;  2UY5 A;  4R27 A;  1B3X A;  2WHJ A;  4JL1 A;  4PMO A;  2J25 A;  2O9R A;  4PCS A;  3SUW A;  2WWC A;  3M46 A;  3MMD A;  1TFV A;  4KRU A;  4HZ6 A;  5JBD A;  2D3N A;  3FY1 A;  1K9D A;  1OGG A;  1OT2 A;  1PAM A;  1VFF A;  2CBV A;  3WQV A;  1QOX A;  3ARS A;  1GHR A;  4BA0 A;  3L4Z A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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