2J7CA

Beta-glucosidase from thermotoga maritima in complex with phenylaminomethyl-derived glucoimidazole
Total Genus 176
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
176
sequence length
443
structure length
437
Chain Sequence
VKKFPEGFLWGVATASYQIEGSPLADGAGMSIWHTFSHTPGNVKNGDTGDVACDHYNRWKEDIEIIEKLGVKAYRFSISWPRILPEGTGRVNQKGLDFYNRIIDTLLEKGITPFVTIYHWDLPFALQLKGGWANREIADWFAEYSRVLFENFGDRVKNWITLNEPWVVAIVGHLYGVHAPGMRDIYVAFRAVHNLLRAHARAVKVFRETVKDGKIGIVFNNGYFEPASEIRAVRFMHQFNNYPLFLNPIYRGDYPELVLEFAREYLPENYKDDMSEIQEKIDFVGLNYYSGHLVKFDPDAKVSFVERDLPKTAMGWEIVPEGIYWILKKVKEEYNPPEVYITENGAAFDDVVSEDGRVHDQNRIDYLKAHIGQAWKAIQEGVPLKGYFVWSLLDNFEWAEGYSKRFGIVYVDYSTQKRIVKDSGYWYSNVVKNNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Glycosidase Inhibition: An Assessment of the Binding of 18 Putative Transition-State Mimics.
pubmed doi rcsb
molecule keywords BETA-GLUCOSIDASE A
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga maritima
total genus 176
structure length 437
sequence length 443
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2006-10-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2j7cA00
3SCTA 1ZBWA 3A4AA 3WDJA 5E6ZA 1FH7A 1BF2A 1KXVA 2ZICA 4OJYA 5BROA 2XJ7A 3TONA 3PTMA 1SMAA 5I78A 2WMFA 3AYSA 2ZUSA 3SCUA 3CTTA 4UQAA 1JZ8A 2J79A 1BG4A 5A8MA 1LL4A 1JFHA 3ARRA 5BCAA 1SFSA 4GINA 3MV11 1PEZA 5FD0A 3AJ7A 2F8QA 2A3AA 4FF5A 1TR1A 2J7GA 3UR8A 2QMKA 1Q6GA 2O9OA 1CXLA 3PZNA 1GPFA 2YA2A 4HA3A 4EKJA 4XB3A 1V3KA 4NSBA 2VTFA 3LPGA 3VIFA 1E15A 1F4HA 1TMQA 4KWUA 3IAQA 2A3BA 4JKMA 4B15A 1VB9A 3WELA 3SUVA 2GJXB 5BWFA 5DFAA 3U7BA 4PMUA 3VUPA 4OZOA 4LYPA 3ZIZA 2XIIA 4QLKA 1ZBVA 1V02E 1ISXA 4TOQA 4H41A 4OOZA 2UY2A 4M8UA 5GNZA 3VD5A 2JALA 2CHOA 1EOMA 1HF6A 3WMBA 1NOUA 4TVDA 2YL8A 1JZ6A 4AIUA 1MW3A 1O7AA 4HOXA 2AOSA 5A6SA 6TAAA 2OLHA 3AXHA 5AY7A 3GZAA 1MW0A 3QHOA 1UR9A 1E6PA 2YDSA 3L4WA 1UWRA 2ZUNA 1HVXA 4AZHA 2GDUA 1BQCA 1CXIA 3ARUA 1EHNA 1JAEA 3WNLA 3TA9A 2X8RA 4PTMA 4CD8A 4E2OA 3PN8A 4UFMA 1KCLA 3SCRA 1OD8A 2DSKA 1GQLA 1E55A 4E8DA 3M6DA 3MANA 1VEPA 4AMCA 4MTVA 1QW9A 2UY4A 2ZUVA 4AXNA 1B1YA 4MB1A 2WWCA 2V5CA 4PMDA 3OB8A 3SCPA 4EE9A 3N9KA 3QHNA 2Q8XA 4BCEA 1NOWA 5HXMA 1HT6A 2MANA 1KBKA 1JF5A 3VIJA 2IXUA 1E40A 1HXJA 1KGWA 1MW1A 4V27A 1H5VA 3SIMA 3QOKA 5BXSA 3ARPA 3QGVA 1WAWA 2G3JA 3JUGA 1B3VA 1EO5A 1HJQA 4W87A 4M81A 4CVWA 1DHKA 2EBNA 4GPNA 4RL3A 4HZ6A 3MMUA 1XSIA 2EPMX 2ESCA 1WNOA 2WWDA 4M80A 3BAKA 4OBSA 1E6SM 1HN1A 5BRQA 3VGHA 4D6CA 3WH9A 1EA9C 1V3IA 2VX5A 4UOJA 1QHZA 1W1YA 5IXEA 4AIOA 4BQ4A 1EDTA 2B31A 1ITCA 1JZ5A 1R86A 5E6YA 2CERA 2WZHA 4J3UA 2BVTA 3BH4A 3AOFA 1UR2A 3BSGA 3W82A 4DWSB 3VPLA 1MXGA 4DUWA 1G01A 2E8ZA 1ZBKA 3K8LA 2X0HA 1OGSA 4TVCA 2WMJA 5D8WA 4QCFA 3VM5A 4UZUA 2BY3A 1CIUA 4HOWA 1E0WA 1RH9A 2DH2A 4PMVA 4GI8A 3ZR6A 1ZB5A 3WNNA 2G4FA 4PMYA 2ZIDA 2CNCA 5ABGA 1UWTA 1JYNA 1VF8A 1E5NA 5CSYA 3TOPA 1G0CA 5A94A 1CEOA 5A2BA 2G8ZA 1FA2A 5DEZA 3VIGA 4EAMA 3WEOA 4YHGA 3VD3A 1E6XM 1DTUA 2ZX6A 3U57A 2Y2WA 1KGUA 2Z1SA 3AIRA 1KXQA 2O9TA 1XC6A 3CUFA 3OG2A 1NWSA 4HMDA 2VNCA 4UFIA 1WDRA 3A6OA 4Z2LA 3AS0A 3AZRA 2HISA 2XTKA 1JIBA 1QI3A 3T2PA 2J7EA 3EDJA 1UA7A 1VFUA 1V0MA 4TTUA 1GOWA 2ZXBA 3OZOA 1C7TA 1J01A 1K9FA 3NDYA 4D6GA 1L0PA 3NSXA 4P7OA 4AD5A 4TVUA 3RJXA 3KE0A 2YLLA 5A3HA 4NRSA 3AMLA 1Y7VA 1LL7A 1C93A 1QBBA 2OWXA 3O2LA 4QCEA 3MU7A 7TAAA 4P7RA 4JL1A 4UFJA 3VMOA 3GYCA 5CGTA 3W6MA 3E1F1 3RM9A 2CKSA 3M07A 5IHRA 2BVYA 5C70A 1MWOA 3ZT5A 2W66A 1B0IA 4GO8A 2VI0A 1HJVA 1BYBA 2G3NA 4W84A 1CNVA 4IISA 5EFFA 5LYRA 3ZJ8A 4UFLA 4B16A 2WKGA 3BC9A 1BVZA 3CH9A 3WKZA 4B9ZA 2G41A 5FKYA 3CHFA 1ESWA 1GZJA 1W3LA 1IZKA 1ISWA 3CO4A 1HKIA 1JL8A 3OLGA 4GXPA 4CD5A 3AROA 1HJUA 1QBAA 3MKKA 3BAYA 3WMCA 1GHSA 3A4WA 4X9YA 5D9OA 2NW0A 1NARA 5LA1A 5HPCA 3N18A 1HJXA 3KL5A 1UH2A 2VR4A 4GZJA 4QFUA 2WBKA 3CHCA 2WXDM 2ZXAA 2XFFA 4V2XA 3N17A 2YL6A 3GNRA 2A3CA 4PCSA 4H2CA 1H41A 2XSAA 1UUQA 1E3ZA 3WENA 1VBRA 4J3SA 5A6JA 4HMCA 2OYMA 4AD2A 1CGWA 2W67A 1US2A 4PMRA 2C0HA 3ZT7A 3VDCA 5DMYA 3CZJA 1IT0A 3M46A 3WY1A 4PRWA 3BAJA 1E0XA 1ZU8A 5A8NA 4WLCA 3MUAA 3GDBA 3GH7A 5IFTA 3VGFA 1E1EA 1J10A 3CZLA 4UFHA 2VCAA 3BAWA 3WL0A 3AZTA 4AZIA 1E4LA 4DUXA 1GW1A 4JFVA 1G1YA 3GBEA 4CUCA 1AVAA 4CKQA 2BHYA 2E9LA 1TA3B 3W53A 5ECUA 3VTRA 2CESA 4E8CA 3NSMA 5D9PA 4DM2A 1LL6A 2TAAA 2BHUA 3RDKA 2J75A 4A3YA 1UWSA 3W25A 3PZIA 1CLXA 1R7OA 1V6YA 4Q7NA 1LWHA 1C8XA 2GFTA 1W9PA 1QVBA 4DWSD 3PZOA 1EXPA 5GQBA 4CCEA 1CWYA 1V3LA 1K9DA 3G6MA 3MUY1 4DUVA 1HNYA 2ZUWA 5A6LA 5JIWA 3T2OA 5M5DA 2BY0A 1J9YA 1UZ1A 1UKOA 4HU0A 4HA4A 4H8VA 4E4PA 4HU8A 1NM9A 1BVNP 3AIQA 4DWSA 3AMGA 4D71A 3WH6A 4AZBA 1NWRA 3GXDA 4N42A 1U33A 4LYRA 2QV4A 1AQHA 1E0VA 1GQIA 2ZUTA 1W9XA 4CCCA 1CGTA 5D9NA 3WF3A 2A3EA 4D72A 1BGAA 1B3YA 1ISZA 2VQTA 4HP5A 1JDDA 3UETA 4D6EA 2DIEA 4IPNB 1E72M 5GNYA 1MW2A 3DHPA 2WLYA 2D0GA 1GJWA 2J7HA 2WLZA 1W1PA 1W3KA 1J0HA 3DECA 2E8YA 3SUWA 1JZ3A 4KGLA 4MNKA 1C8YA 1NP0A 4RE3A 5CZKA 1B3WA 3HMCA 4KMQA 5D9MA 4W86A 1W3HA 2EXOA 3CHEA 3ZR5A 3THCA 3IJ8A 2WHJA 2XSBA 4FLOA 5ABHA 1U30A 4CD6A 4CU7A 3SURA 1GVYA 4P8WA 3EDKA 3HJEA 1XRVA 2WPGA 2XVLA 2WW5A 1J12A 3OGVA 2JF6A 3GNPA 4U2ZA 2D2OA 2YA1A 1QNQA 3T0DA 5JUVA 3SCOA 3VDAA 3ARQA 4FMVA 3ZT6A 4WIWA 2IXVA 3D3AA 3MV01 4B3LA 4J3VA 3CMJA 1B9ZA 2WAGA 1GNXA 2CBIA 4HOZA 1XH1A 3L4TA 1C8QA 2XFYA 2YL9A 3F5KA 1B31A 1JI2A 4JFSA 2NT0A 1R85A 3K4DA 5FIPA 2WMIB 2BS9A 3VKKA 2QPSA 1M03A 1HKKA 4D6FA 3NSNA 1YQ2A 4CN1A 1XSJA 1V6WA 2VQUA 1QW8A 4WJXA 1B2YA 1OWQA 1E56A 5EBAA 2PWFA 1UKPA 2WSPA 1QI5A 4PN2A 3L4YA 3SUUA 4MDPA 2NSXA 1PIFA 1M04A 2VCCA 3EDFA 5ABFA 1EHAA 3AHXA 3W29A 3PZMA 2VX6A 4AY1A 4OOUA 1V6XA 1PZ3A 4J3TA 2WBGA 3ECQA 4GZIA 3THDA 2JIWA 3SUSA 2J62A 1MVYA 3CUJA 3IANA 3DYPA 2J74A 2XVNA 2ZUUA 4S3KA 4ZE4A 4D6DA 1W9DM 4PMZA 3AHVA 3WF1A 3K8MA 1WKYA 4PSRA 2FH6A 3WMSA 4WF7A 4Q22A 4AYSA 5EB8A 2YDQA 4UFKA 2FH8A 4PTWA 1TE1A 5A2AA 3VX0A 2VC9A 4MAZA 1ISVA 3AHZA 1FH9A 4UCFA 4W85A 4RE2A 3NYDA 2VVSA 2D20A 3AHYA 3VD7A 1JZ4A 3CIVA 1Q6FA 2A3HA 4OBRA 3PBGA 1E9LA 4JCMA 4TTGA 2V38A 4P7LA 1XGZA 3L4XA 3SCSA 4W8LA 3WDIA 2XG9A 1TA3A 3WUGA 3ARYA 1CGUA 3AICA 3ARWA 1QNRA 4WKAA 3CHDA 3AYRA 1KWGA 2WYSA 5FL1A 2JEPA 1B30A 3LPFA 3W38A 1W2VA 2WVVA 3CZ8A 1WZKA 1UH4A 1V08A 3VNYA 2CPUA 4ACYA 4NI3A 3T0AA 2VZUA 1E4NA 3IAPA 1XSKA 2FDMA 1HL8A 1K9TA 4F79A 2VRJA 3NDZA 3O6AA 1GCYA 2GJPA 4GQRA 4OUEA 1UD2A 1PX3A 3AIVA 3WD0A 1QOXA 2E4TA 2QLYA 3ARXA 3K8KA 3B9AA 3NCOA 3CGTA 4WK9A 1SMDA 3U5UA 2OWCA 4XX6A 2UWFA 2VO5A 3AXIA 3UR7A 4RE4A 3FXYA 4CCDA 5JBDA 1E6QM 1AQ0A 2YKKA 2J7CA 4MB4A 1V02A 3DHUA 4CD4A 3VDBA 3AQUA 4P8VA 5I5RA 3WDHA 3VO0A 2XPKA 1EDGA 3WQVA 2XVPA 6A3HA 1GHRA 3K1DA 1SYTA 2VRKA 1I1XA 1G5AA 3QOMA 2X05A 4LX4A 2D3LA 2DT0A 1W3JA 3RJYA 3ZOAA 2YOCA 2BY2A 3WNMA 4MB3A 2GK1B 1OT2A 2DT3A 5FCZA 3WD4A 4D6IA 1JZ2A 3AHTA 4Z2KA 4KRTA 2PWHA 4HPGA 1HX0A 4OKDA 1I1WA 3CUGA 1JD7A 2GDVA 2DSZA 2FHBA 1JXKA 2VMFA 4U2YA 1UD8A 5HBFA 3D5HA 3VILA 1HP5A 3UG5A 5IFPA 3I3BA 4Z2IA 5D8ZA 4Z2JA 1UYQA 3OZPA 3GH4A 1NWUA 1JNEA 3W0KA 4PSPA 4W8AA 4KGJA 2O9RA 3SUTA 4YPJA 1HKJA 3O9NA 5D4YA 3KL0A 3BLKA 2VUYA 2XM2A 1WDPA 3UCQA 1X6LA 1V0LA 3RMEA 3U7VA 5HNNA 4XZBA 2XWEA 2VZVA 4AD3A 1BYCA 2VZSA 2V3EA 3CBWA 1QI4A 1FHDA 1PPIA 3AZSA 1FHLA 2VZTA 2VRQA 3WBEA 1W2PA 1E71M 2XVGA 1JNDA 4W7VA 1IZJA 5BXRA 1DWGM 1RP9A 2VX7A 2WC3A 1CXEA 2XUCA 2UY3A 3PHAA 3QR3A 3ARSA 3EMQA 1UKSA 3EMCA 2WCSA 1V3HA 2V5DA 1KGXA 4P7QA 4PCTA 5A6KA 5LA0A 1V0KA 4UZSA 3VDHA 3WD1A 3WNKA 4TX8A 4M29A 1EQCA 1OCQA 3SCVA 3FHAA 3ZJ7A 4UQEA 1TVNA 3NIYA 3FHQA 1OT1A 3GM8A 1Q6CA 3BLPX 1M7XA 4U3AA 4ZEPA 1E6ZA 2GJXA 2D3NA 2W91A 2YDRA 1WZMA 1C92A 3ALGA 2OYKA 3BXWA 4U5IA 4UR9A 4CVUA 1V0NA 2ZX5A 4H04A 1HKMA 2DH3A 2YJQA 1G94A 3CPUA 3FY1A 3WSUA 2FHFA 4C7DA 2Z1KA 1JZ7A 4AD4A 3MUZ1 1DWIM 3WDQA 2ZX8A 3LPPA 3PZTA 2VL4A 4XUYA 2CITA 3AIBA 3UEQA 1UR1A 1RD6A 2C7FA 1J0YA 2CBJA 4M1RA 4UTFA 2WANA 3VINA 4W8BA 4IUGA 3PTQA 4TXEA 3NJ3A 1UWUA 2Y4SA 3GXIA 5KEZA 4R27A 3U5YA 2Y5EA 4QLLA 1BGGA 3ZM8A 4P8XA 3B8SA 3VIKA 2BY1A 3N15A 4D6JA 1UD3A 2JE8A 2WCGA 3W28A 4GI9A 5CPTA 3PTKA 4AZ6A 1UWQA 3VD9A 1R7AA 2ZOXA 4J7RA 2QPUA 3WIJA 3UG4A 1ECEA 2DSUA 2J47A 1V6VA 2J8FA 1NP2A 1FFQA 1OM0A 1B3ZA 2VVNA 4CU8A 4M82A 4EANA 5JBFA 1WB0A 1KR1A 2WMGA 1CGVA 1JI1A 2YIHA 2WK2A 1XD0A 5E9AA 5JBEA 2VURA 3W27A 3VGDA 4WKFA 3VIIA 4DWSC 1I75A 3FAWA 3EMZA 4MB5A 4M56A 4BF7A 3KWXA 4JKKA 1C7SA 2D22A 1OD0A 1W9VA 1MYRA 4CGTA 2WC4A 1HL9A 3UG3A 4P7NA 3WNPA 2V3FA 3VVGA 3MS8A 4WSKA 4L4OA 2EEXA 4A3HA 2G3MA 1QNPA 2VCBA 4FLQA 2W5FA 4AISA 3A47A 2G3IA 1J18A 4H8HA 2PI6A 1UD6A 1DP0A 1E3XA 5M3WA 6CGTA 3VMPA 1KQYA 4JFTA 2BXZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SCT A;  1ZBW A;  3A4A A;  3WDJ A;  5E6Z A;  1FH7 A;  1BF2 A;  1KXV A;  2ZIC A;  4OJY A;  5BRO A;  2XJ7 A;  3TON A;  3PTM A;  1SMA A;  5I78 A;  2WMF A;  3AYS A;  2ZUS A;  3SCU A;  3CTT A;  4UQA A;  1JZ8 A;  2J79 A;  1BG4 A;  5A8M A;  1LL4 A;  1JFH A;  3ARR A;  5BCA A;  1SFS A;  4GIN A;  3MV1 1;  1PEZ A;  5FD0 A;  3AJ7 A;  2F8Q A;  2A3A A;  4FF5 A;  1TR1 A;  2J7G A;  3UR8 A;  2QMK A;  1Q6G A;  2O9O A;  1CXL A;  3PZN A;  1GPF A;  2YA2 A;  4HA3 A;  4EKJ A;  4XB3 A;  1V3K A;  4NSB A;  2VTF A;  3LPG A;  3VIF A;  1E15 A;  1F4H A;  1TMQ A;  4KWU A;  3IAQ A;  2A3B A;  4JKM A;  4B15 A;  1VB9 A;  3WEL A;  3SUV A;  2GJX B;  5BWF A;  5DFA A;  3U7B A;  4PMU A;  3VUP A;  4OZO A;  4LYP A;  3ZIZ A;  2XII A;  4QLK A;  1ZBV A;  1V02 E;  1ISX A;  4TOQ A;  4H41 A;  4OOZ A;  2UY2 A;  4M8U A;  5GNZ A;  3VD5 A;  2JAL A;  2CHO A;  1EOM A;  1HF6 A;  3WMB A;  1NOU A;  4TVD A;  2YL8 A;  1JZ6 A;  4AIU A;  1MW3 A;  1O7A A;  4HOX A;  2AOS A;  5A6S A;  6TAA A;  2OLH A;  3AXH A;  5AY7 A;  3GZA A;  1MW0 A;  3QHO A;  1UR9 A;  1E6P A;  2YDS A;  3L4W A;  1UWR A;  2ZUN A;  1HVX A;  4AZH A;  2GDU A;  1BQC A;  1CXI A;  3ARU A;  1EHN A;  1JAE A;  3WNL A;  3TA9 A;  2X8R A;  4PTM A;  4CD8 A;  4E2O A;  3PN8 A;  4UFM A;  1KCL A;  3SCR A;  1OD8 A;  2DSK A;  1GQL A;  1E55 A;  4E8D A;  3M6D A;  3MAN A;  1VEP A;  4AMC A;  4MTV A;  1QW9 A;  2UY4 A;  2ZUV A;  4AXN A;  1B1Y A;  4MB1 A;  2WWC A;  2V5C A;  4PMD A;  3OB8 A;  3SCP A;  4EE9 A;  3N9K A;  3QHN A;  2Q8X A;  4BCE A;  1NOW A;  5HXM A;  1HT6 A;  2MAN A;  1KBK A;  1JF5 A;  3VIJ A;  2IXU A;  1E40 A;  1HXJ A;  1KGW A;  1MW1 A;  4V27 A;  1H5V A;  3SIM A;  3QOK A;  5BXS A;  3ARP A;  3QGV A;  1WAW A;  2G3J A;  3JUG A;  1B3V A;  1EO5 A;  1HJQ A;  4W87 A;  4M81 A;  4CVW A;  1DHK A;  2EBN A;  4GPN A;  4RL3 A;  4HZ6 A;  3MMU A;  1XSI A;  2EPM X;  2ESC A;  1WNO A;  2WWD A;  4M80 A;  3BAK A;  4OBS A;  1E6S M;  1HN1 A;  5BRQ A;  3VGH A;  4D6C A;  3WH9 A;  1EA9 C;  1V3I A;  2VX5 A;  4UOJ A;  1QHZ A;  1W1Y A;  5IXE A;  4AIO A;  4BQ4 A;  1EDT A;  2B31 A;  1ITC A;  1JZ5 A;  1R86 A;  5E6Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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