1LROA

Aquifex aeolicus kdo8p synthase h185g mutant in complex with pep and cadmium
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
263
structure length
259
Chain Sequence
EKFLVIAGPCAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATGSVQLPGGLGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Lyase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Function of His185 in Aquifex aeolicus 3-Deoxy-D-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthase
pubmed doi rcsb
molecule keywords KDO-8-phosphate synthetase
total genus 90
structure length 259
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2002-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1lroA00
1FWRA 3FFSA 4YXGA 3NQAA 1ZJIA 1SU5A 1EB3A 3NM1A 3W23A 4XUGA 5K7JA 1XL9A 3LCWA 4HNUA 4WOZA 3MP3A 1WBJA 1SSDA 5AN7A 5U4NA 3GNNA 3C61A 3STGA 4Y9AA 5E1QA 4N6EA 2XFWA 2DZPA 4CLMA 2JK2A 2XN2A 1K03A 3MP5A 3L5MA 3Q58A 5D03A 3S6DA 1FQ0A 4JTTA 3DFTA 5I3FA 5D2WA 4ZQNA 3EX1A 1LCOA 2QF7A 3NPUA 5FF2A 3EKLA 4IGHA 2ZTKA 3CTLA 2PE4A 4FNQA 4BI5A 2FIQA 5HUOA 3F4WA 2CZ5A 2QJGA 1YDOA 3MHGA 1DQWA 1QFEA 4JY9A 1THFD 3W7IA 1EX5A 2Z2UA 3W1RA 5KZDA 3UZ5A 3PVFA 3WJWA 1SO4A 4IMEA 3SFKA 3G1VA 3MBFA 3PBWA 4PFMA 2Z6IA 4UXDA 4DBDA 1VQTA 3O6CA 3HIJA 2W0UA 3S9YA 1ZHAA 4DO4A 1TTJA 1A5SA 3LRLA 1RD5A 1WDWA 2HS6A 2EGZA 3M7WA 4JTFA 2YPIA 4QQ3A 1JCYA 4ORIA 4E2BA 1AL7A 1EP2A 4ZVJA 3NNTA 3TK7A 2X1SA 4FNPA 3N3MA 1SZFA 4NU7A 3DGRA 2G96A 1S5WA 4Q33A 3W85A 1YXDA 1XBXA 3NDOA 2GOUA 4JN6A 2YFNA 4LVGA 1A5CA 4EVZA 1J4EA 1I45A 1XXXA 3PB0A 4WY0F 3TQ0A 4LUJA 4ALDA 4Z0SA 3W3OA 4Q4KA 3EWXA 1I2OA 1VHNA 1SFLA 3C2VA 1YXYA 5J5DA 3NL5A 3P84A 4OWGA 4RXFA 2ZZ4A 2CLOA 4O19A 4LVAA 1B4EA 3OVRA 4WQ6A 4XKYB 1R2RA 1YLVA 1TRIA 4NNBA 5HUPA 2ZQ0A 3V1PA 5CGQA 1OX4A 1P0KA 4XBSA 3BLFA 4N9BA 3LGEA 1W3NA 2ZRUA 2CLIA 3G3MA 4KKXA 2NV1A 1YPFA 4N4PA 2Z0IA 2QDGA 2VC6A 3NPWA 1C29A 1JVNA 3IVUA 3MW7A 5EPDA 5HJLA 1H60A 3E02A 3TX9A 3FYPA 3G1AA 3DI1A 1OX6A 4AXKA 1D9EA 1OX5A 2ZZ3A 3PS7A 3HQ1A 3DKLA 1YTKA 3PR2A 1HUVA 3OHIA 1FCBA 3OIXA 1K02A 1ZFJA 4O4WA 4CNNA 3LHZA 1K7EA 3PULA 4RZ6A 4LT9A 5H91A 4PA8A 1UUMA 2XN1A 4D2JA 5K4XA 4ZQCA 3TQVA 7TIMA 3TMLA 4UIOA 3LRMA 4R53A 1FWNA 1H7RA 5AHNA 3E49A 1V5XA 3Q94A 5G4EA 3KAOA 4IMCA 3HB9A 2OX1A 4LU0A 2Y6ZA 5HR7A 4MOZA 3L9CA 1H7NA 1B57A 3W7RA 2EKCA 2A7PA 5D05A 1GVSA 3UY8A 2YYTA 4X2RA 2GVJA 2NWSA 1IXOA 1KM4A 2WQPA 3SI9A 3T78A 3VE7A 1BWKA 3E96A 2W79A 1L9WA 5I3HA 4JIQA 5BW6A 3ATYA 3KRSA 5AHLA 3WJXA 1L6YA 4NVTA 2ISSA 5TIMA 4GJ1A 4NNAA 5DXXA 1FDYA 2ZZ2A 2ZZ6A 4JTLA 1TPFA 3EX6A 5I3KA 3TV8A 5LGZA 4JTSA 1IXQA 4UFHA 4I7VA 4MLJA 5FF7A 1DJQA 2R14A 2C6QA 1LLZA 4H3DA 2NUYA 3KRUA 4JEQA 5D32A 2V8ZA 3F03K 4O12A 1BKSA 5BNKA 3RFAA 1OFRA 1XM3A 4O52A 3EWUA 1W3TA 4TU1A 1L2UA 3T40A 3FLUA 1P1XA 1NF7A 2A5HA 5D2TA 4UFJA 3FEMA 4OE7A 3EWZA 2Y85A 2FPVA 1Z48A 1JCNA 3EWYA 2IQTA 4DELA 1ZY9A 1JCXA 4MYAA 1KFJA 1F74A 2G97A 4S2BA 2RFGA 4AAJA 4PEKA 4Z1BA 5A8GA 3S5YA 3W7MA 4AF0A 3B0PA 2ATMA 2J6XA 3STCA 2FDSA 2TYSA 4MUZA 3CM4A 4RJEA 4DPQA 3FS2A 2QCDB 3NQ7A 3QJAA 3WK3A 3M5ZA 4XBKA 2H8XA 5KTLA 5A5WA 3BG5A 4K38A 4NXKA 3NVTA 5K2ZA 1GJPA 2A7NA 4JX6A 2Q8LA 3G8EA 4O57A 2YW4A 4TR9A 4FX8A 4M7SA 2CLHA 2WNQA 1JQVA 3LXCA 3RLVA 4AHOA 3LDVA 4RCXA 4NJKA 4FHAA 3NG3A 1TTQA 1P5BA 4GUGA 1R30A 1VLWA 3S5NA 3HPZA 3L2IA 4Y96A 5KSWA 1QDSA 2UV8G 3MMTA 1VH7A 4LNYA 4KWVA 1JR1A 5EY5A 3CEUA 1PL9A 1LOQA 3UXAA 1GQNA 3G0UA 5CPLA 3TXVA 2OT0A 4LS0A 2ZZ5A 4JTUA 3SR7A 4Z08A 4JGDA 1M7PA 4MJZA 1ZCOA 4JNMA 2FB2A 3QMRA 4C1LA 1CW2A 1HTIA 4TMBA 4MY1A 5FF4A 1JUEA 1EUNA 4O15A 3BARA 3V75A 3SECA 4K7VA 4M7TA 1O5XA 2WSRA 5CPNA 1TIMA 3N19B 3NQ2A 1LRNA 3LXBA 4RZ5A 2A0NA 4O8RA 2CZDA 3W86A 2VXNA 3ABRA 5EKYA 3P8JA 2HMCA 3GXPA 3IGUA 3EXRA 3CIWA 3LCFA 6ALDA 4WOQA 3W1PA 1LYXA 5DLCA 4DPPA 1UBSA 3KVKA 2YX0A 4DF0A 5D02A 4UFMA 3Q2DA 1PHWA 1JCMP 4I7UA 4YMZA 3BK0A 4K8EA 4FXRA 1Q6RA 3HJZA 3TROA 3I68A 3UXDA 1GYLA 4PC8A 3W7LA 1Q6OA 2Y63A 3IIVA 5K9CA 1AW5A 4GC4A 1F7BA 3GZ3A 2J88A 5K3VA 3CHVA 3M5YA 3JR2A 3CEPA 2O7SA 3L68A 1GOXA 1TREA 1CX9A 1MEHA 3NQMA 4U4MA 3PC0A 2TSYA 4I9AA 4O16A 2E5CA 1R2SA 4O1DA 5DY2A 1W5OA 3CT7A 3S5ZA 4CCDA 3UNDA 2WKJA 3LBCA 3W1AA 3GNDA 3BW2A 3G0SA 1UJPA 5G2IA 5L9FA 4DBEA 3R2GA 1G67A 1LDCA 3O15A 3LHTA 3WK1A 4NZJA 2Y7GA 4HNNA 2YFOA 1LROA 3W2LA 5C54A 1H61A 3NL2A 1BEUA 1J2WA 1R47A 4UR7A 3G24A 5MHBA 2B7NA 5AC6A 2HTMA 5I3GA 3GDTA 3LCXA 4NNCA 5TBOA 1DV7A 2R91A 3L65A 5F2GA 5C55A 1OYAA 1X1ZA 1K7XA 1LBLA 1QMLA 4TIMA 1FDJA 1WYIA 5CSRA 1G4PA 1SUXA 5DELA 1VYRA 1TQXA 3QW3A 4N6FA 1KFBA 1OVDA 1AL8A 4BWLA 3UQNA 4HNTA 2GUUA 2VKZG 2ZYFA 1HL2A 5AC8A 3HGOA 3PY2A 4JD4A 4YCOA 2QJHA 4UCGA 4O53A 1LRTA 1P4CA 3BW3A 3QZEA 3RU6A 1A5AA 3P62A 3D0CA 2YYUA 4MFEA 3GDKA 2X1RA 5D2YA 1QR7A 2B7OA 1DBTA 3CC1A 1T99A 1G4TA 4OV4A 1WQ5A 3QSTA 2CFFA 3ABQA 4KFOA 1H7WA 1E51A 1HO4A 4Z1CA 4FNUA 3W7OA 3GKFA 3BV4A 1FCUA 1F6KA 1QPOA 3NXFA 3NQDA 3FIGA 3C2OA 3DHDA 1SZNA 2B0MA 2E77A 4UTIA 2V2HA 3SSJA 3M5VA 1OFOA 2NLIA 3GKAA 3G1SA 5GVJA 3T7VA 4QITA 3LBMA 3ELFA 1I2NA 2V9DA 3SJ3A 3NEVA 1F76A 1K7FA 2ATSA 1VCGA 1VJIA 1W37A 1AW2A 3JRKA 4NUWA 3NL3A 3O07A 1JUBA 3IGXA 3DZ1A 4AVFA 4IMFA 1GG1A 2A7RA 4RKAA 1EP3A 4XZ9A 5TQLA 4O0ZA 3Q37A 2BZNA 3HG3A 3I6RA 3QPYA 2DORA 3SGUA 1LOSA 1F6PA 3BO9A 5F2LA 1GYNA 1H7PA 3ZFHA 4A2RA 1JRBA 4GNJA 1QO5A 3QM3A 5K9XA 5D2XA 3PB2A 3QPZA 2V82A 4WXZA 3NM3A 4H4IA 3NA8A 3HPXA 4YL2A 4UTTA 4UFLA 2HS8A 3KVLA 1GWJA 1I8JA 3OEXA 1GVOA 3F1QA 4KFNA 3LHYA 3W7CA 4LRSA 3QC3A 4BI6A 2R94A 5DBTA 3M41A 1KTNA 3BGJA 4CQAA 4PODA 3C0JA 2VFEA 3VCRA 1LP6A 3W1LA 2A2IA 3O05A 4FX6M 3PBVA 1JULA 4GUFA 1LRQA 3UY7A 1UASA 1SR9A 4R34A 3TR2A 5FF0A 1S3HA 1KM6A 2QCFA 2YXGA 2X1TA 2ABBA 5EMUA 2PURA 2VEIA 3L66A 3CIXA 2QCCA 1FX6A 2CZEA 1ICQA 4GRSA 4LOCA 3DAQA 2E68A 4NJGA 3O6YX 2EF9A 3GDMA 1EWDA 5FEPA 4WUIA 2VEKA 3C3NA 3M1ZA 2TPSA 1Z41A 4A2SA 2JKEA 3LHUA 3M5XA 2QCMA 2QUTA 3U2OA 3W07A 3CWNA 1YDVA 4JDYA 4AH7A 4QSHA 3MI2A 1OJXA 3LCHA 1DOSA 2OCZA 4LWWA 1I4NA 4LV4A 1TV8A 5AHIA 3LB0A 4YCPA 1GVFA 1OYBA 5L6UA 5AC7A 4Z0JA 3FA5A 3GR7A 3STEA 4UTWC 3NOEA 4RV8A 3O06A 2NXGA 5D30A 3O16A 3TXZA 4MKNA 1WAUA 4XTDA 4GUJA 1OFEA 2G95A 1TPWA 2V30A 3EEGA 2JKAA 3HGJA 3AJXA 3ABOA 1FXPA 3MHFA 1FCQA 5HMSA 1NSJA 1EPXA 4P61A 1EA0A 4FIRA 2C3ZA 2X2GA 3SW6A 4ZQRA 1B4KA 3MUXA 3N14A 2ZRZA 3NQCA 3TAOA 2ZA1A 4CNPA 3EB2A 1TSIA 2RKXA 8TIMA 5EA9A 1PIIA 1A50A 2CZFA 3JS3A 1NFBA 4O17A 2V2DA 3T4CA 4IPIA 1KFLA 3DH7A 3L0NA 5HULA 1H1ZA 1TTPA 1TRDA 3IIOA 3TIMA 1TQJA 2DZVA 2F84A 4RZ4A 1KA9F 2CLMA 5HNRA 4JTGA 4K7YA 1OYCA 5LNUA 1W0MA 2NZLA 1VHCA 3DFQA 5D38A 1BTMA 4A3UA 2WNZA 1JRCA 1SO5A 1GTHA 4PCFA 5HINA 4CCCA 5EBUA 5BMXA 4ORMA 3E0IA 4CCEA 4QJ1A 4N02A 2V2CA 1EEPA 2H6RA 3B05A 2Q3OA 4S1FA 1M7OA 4O1AA 3NQ8A 4LS2A 3W7KA 4JIPA 1DVJA 5I3JA 1OF6A 1YTEA 3GXTA 2GVLA 1IXNA 2DZSA 5DCBA 3TA6A 1TCDA 4NT0A 4CQ8A 1WXJA 1PHQA 4ONVA 4ZL1A 1QCWA 5IM51 2FJKA 3QMSA 4PTNA 1OX4B 3RK8A 2NWRA 3O1NA 1AG1O 2JGYA 3BW4A 3I65A 4IOTA 4NX0A 5CZJA 3GVGA 3G22A 1TYGA 4MY9A 3LX9A 4M6VA 4UTHA 3PBUA 2WSQA 3W22A 3PUDA 3LXAA 5FI8A 1OFBA 3B04A 2PRLA 3W72A 2EAWA 2CW6A 2QEZA 3P5ZA 4Y6GA 1H51A 2G5WA 4K39A 3M6YA 1I2RA 2OT1A 4WY0A 1JQXA 4HPJA 2P10A 3M44A 4IWWA 3CLMA 4NZFA 5FF3A 2DZTA 2WV8A 3MYOA 3RMJA 4O18A 1Q6LA 4NXSA 2I1OA 2EPHA 4GXMA 4JXCA 5BMWA 3G1FA 3IIPA 3BLEA 3NZ1A 4DF2A 3W1TA 4M5PA 3I7RA 2B7QA 3ABSA 1KFEA 4OT7A 3NGJA 1XUUA 1FY6A 1G7UA 3WJZA 4E38A 4LS1A 2A1YA 3PSWA 4JTIA 1JCLA 3HG2A 3S1XA 2V81A 1G69A 1EIXA 3C6CA 5FESA 1ZAJA 3ANYA 4JX5A 1K3UA 4HPXA 1JJKA 1SZGA 4N2YA 3M9YA 1SW3A 3F4NA 1TTIA 1N7KA 3QYQA 1WV2A 2H3BA 2GQAA 2BSLA 1U83A 1HG3A 1IF2A 3W71A 4ADTA 5AB3A 1SZEA 3A23A 1TPC1 5FEWA 5E93A 4EWND 3GK0A 1GEQA 1U5JA 3HPSA 2ISWA 4UFIA 3G18A 2B7PA 4O10A 4LC8A 4HT3A 5HR6A 4LC6A 1OG0A 2HSAA 3LCGA 1N8FA 5ABTA 3T44A 3QMTA 3R8RA 1WOBA 3G1HA 3KVMA 5IBXA 4OU1A 1W5MA 3HOJA 3TAKA 1XC4A 3NQ6A 3FJ6A 4WX2A 2YR1A 1EUAA 4WJEA 1TPB1 2ZZ1A 1W3IA 3EWWA 3VE9A 5F4SA 3KHJA 3ZWTA 4UMCA 3TMQA 3N34A 4EIVA 5C5YA 1SQ7A 3W7EA 4UMAA 2NX9A 3IEBA 3KXQA 4AF0B 2QCGA 3BG3A 2VEMA 1KM5A 1NAL1 3C56A 3N9RA 3PAJA 4K8HA 1PV8A 2TRSA 5AYYA 4BR1A 4IXXA 2E6FA 2WOQA 3UWWA 4K36A 3S1WA 2AGKA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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