2J27 | Genus

Total Genus 95

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	95
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEAVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Trypanosoma brucei brucei
publication title	Functional Role of the Conserved Active Site Proline of Triosephosphate Isomerase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE GLYCOSOMAL
total genus	95
structure length	249
sequence length	249
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2006-08-16

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2j27A00

3E02A 1ZAHA 3LCIA 2E1DA 3LTYA 3CM4A 4Q32A 4P61A 3LCGA 4O4WA 3I7RA 2EPHA 3FEMA 2WJZA 3TSBA 1LLWA 1TJPA 4AAJA 4EWND 1FDJA 4M5PA 2J9XA 1FCQA 4JDBA 6ALDA 3HMJG 3W9ZA 3SZ8A 3UWYA 1QOQA 7TIMA 1JCNA 3P8JA 3EWBX 3TW7A 5D2VA 5HUOA 1XCFA 3O6DA 4FB7A 3B8DA 4RZ4A 4ZQRA 3SW6A 1ZJIA 1FDZA 4MZYA 1J4EA 2J88A 4MPQA 1YPFA 3E49A 3VE9A 3DHFA 4MZ1A 1BEUA 3GDMA 1TO3A 4GUIA 2V5LA 4M7SA 1A53A 5AYZA 2GQ8A 3OVQA 4KWWA 1OFOA 1S3HA 3C6CA 4WD0A 3SGZA 5BRBA 2NUWA 3SR7A 3G3MA 1MXSA 3PR2A 4OWGA 3S1UA 1ICPA 1GYNA 4E0CA 2A5HA 3S5OA 3M5XA 1SO3A 2O7SA 3S9YA 2ZQ0A 3TSMA 3W73A 4O19A 4TX9A 1IGSA 5C2XA 2EAWA 3SECA 4FNRA 5KITA 3GAYA 5FF4A 1JULA 2RDTA 3L5AA 5U7SA 1TV5A 1I2RA 2DU2A 1EWEA 1W3TA 5BMXA 3U6WA 4XKYB 2EGZA 2YYUA 4UTWC 1QMLA 1B3OA 1VPXA 4LU0A 4TR9A 1ZNNA 2LLEA 4XWUA 4N4PA 3BLFA 4A2SA 4GNJA 5CKSA 1YDVA 1FCBA 1Z44A 5D02A 1TRIA 2V2CA 2QCGA 3MP5A 3N9SA 5LNVA 4ZQCA 3MI3A 5LSMA 3B06A 3CEUA 4LS2A 1DV7A 2ZA2A 4QITA 2YFNA 3CQ0A 3NO5A 1EP1A 3G0UA 2YX0A 2GVJA 5TIMA 4AHPA 2H8XA 4O50A 2I9EA 3Q37A 1E51A 4HN4A 4DO5A 3H55A 4LY8A 1T96A 3STCA 3TE9A 4D2JA 1NEYA 3G3DA 4AHQA 4NX5A 1YDOA 3SIZA 3TMQA 1WDWA 4IMFA 2CLKA 2W6RA 4HSOA 1U83A 3N34A 1H7XA 3DFQA 2F7FA 4IJBA 5HULA 5DLCA 3PBUA 5FEWA 2OX1A 3TK7A 3DH7A 4JGDA 4DF1A 1LLZA 4M6VA 3BG9A 1IXOA 1KLZA 4ZQPA 4IMEA 3TFCA 1KM5A 3UQNA 3TKFA 1P5BA 3M0ZA 3GB6A 4EOUA 3QEZA 3STEA 3BG3A 5FF7A 3NQ8A 3LI0A 1RD5A 3NEVA 1XBYA 4LC8A 3A5FA 4O18A 3CWOX 5CZ0A 5F2IA 1XDLA 4HKPA 3SSJA 3UXDA 1F7BA 1HUVA 5C6MA 3TXVA 1ML1A 3L66A 4GBUA 1KM4A 4MFEA 3W72A 4JTJA 2E6DA 2FPYA 1MZHA 3LRLA 1L2UA 3EKZA 1W31A 2E68A 4HHPA 5LNSA 2CLOA 2HS8A 2FQIA 3KHJA 3NYZA 1NVMA 3O16A 1MEIA 5DY3A 1H1YA 4HIBA 1FWRA 4DO4A 1ZFJA 1JR1A 1K7EA 2JGYA 2X16A 3E12A 3DFOA 4Z0SA 4DXVA 4RXFA 1Q3NA 2GQAA 4LRTA 4EF9A 4QISA 1RQEA 3HGJA 3U8GA 2OJPA 5HMSA 1GQNA 2A2IA 3CIXA 1FWSA 3W7GA 3SI9A 1I2NA 1B57A 2GJLA 3M9YA 4TMCA 5HNRA 4GRSA 1V7YA 4PC8A 4WXYA 3W23A 3TU9A 4RJEA 5EKYA 2Y7FA 4Z1AA 1IIGA 3DGRA 2Q8ZA 1K7XA 3P84A 1KM1A 1JJKA 4JEQA 1OF6A 2R14A 4KFPA 3RLVA 2ZYFA 1PL9A 1R47A 1QO2A 3NQ6A 3BW2A 2ATMA 3DFNA 3UPBA 4HNNA 2EHHA 1ONRA 3LX9A 1L6YA 2PE4A 1OX5A 1A50A 4UC5A 3RLUA 1XBVA 2E6FA 5DBTA 1H7WA 2CLEA 1TPVA 3W7RA 3HG5A 3O07A 3P60A 1TREA 1WBHA 3W7OA 5KZMA 2VELA 3LOTA 4IPJA 1KLYA 3LCWA 4NJIA 1D3GA 3NOEA 3EX4A 3C2VA 5DY2A 1GWJA 1JQVA 1X8FA 4LTSA 4UNKA 2R8WA 3KAOA 3IGUA 2QAPA 5KMYA 2VXNA 4OU1A 3PF3A 2FJKA 1XXXA 4JTIA 1QR7A 1NSJA 3ZWSA 1B4KA 5A8GA 3DBPA 2PC4A 3W71A 1KBIA 4UTJA 3N3MA 3M41A 3PUEA 3B0PA 3LCLA 4B5NA 3N73A 2E5BA 2DZXA 3TSDA 4MUZA 4Y6GA 3TR2A 4ORMA 4DPPA 2B4GA 3M5ZA 3QRHA 1C9DA 1SZEA 1X1OA 2VFFA 4FXRA 4EF8A 5FF3A 3RK8A 3TQVA 2DP3A 4PA8A 3WFAA 1TRDA 4LS1A 3LHZA 4WOQA 1DKWA 3UNDA 5H2ZA 5HJLA 4H4IA 5LGXA 1EPXA 4J9JA 1VLWA 4XTDA 4BF9A 3BLIA 4NNCA 1LBFA 5K9XA 4ZZ9A 3ABSA 1VHNA 5AHMA 1PE1A 4OHQA 1OX6A 4NVTA 2C19A 3HG4A 3M5VA 4JICA 1TTQA 1TPEA 3SFKA 4NQ1A 3KRUA 1GEQA 2C18A 4M19A 4K36A 1VYRA 4O8RA 1G4SA 1R2SA 3W1MA 4OV4A 1KV8A 5I3IA 4BWLC 1EEPA 2BZNA 2DORA 4M6PA 1J5TA 1MEHA 4N6EA 3CT7A 4RKAA 4CNNA 4Z1BA 5AC6A 1KM6A 4C1LA 3LV5A 1S5TA 4JTSA 3QQ0A 5D2TA 3NZRA 2YGYA 1XUZA 3DFTA 3DI1A 2XFWA 4QM1A 2ZA1A 5D03A 3ABRA 1YXCA 1MEWA 4KWVA 1K8XA 3S6DA 2GOUA 3T4CA 1GZGA 4LVDA 4O15A 2FLIA 3HGSA 1KM0A 5F1UA 4AWSA 4IX2A 3GX9A 2X1RA 4NNAA 1EP2A 2VEIA 1LROA 5D38A 3R2GA 2CZFA 2TRSA 3W7EA 3LHYA 1DJNA 4LS0A 4XZ9A 1YTKA 3KFTA 1TYGA 3W2UA 1JRBA 1T0OA 2QF7A 3M5YA 1X7FA 5F2MA 3ZR4A 1QWGA 4WUIA 1HO4A 4DF2A 3LHUA 3BV4A 2J9ZA 1JRCA 5AC8A 3W2NA 1EUNA 1GVQA 1UUOA 3P5ZA 4IMCA 1VHCA 5K3VA 2QJIA 4TIMA 3U2OA 4GFSA 4N9DA 1L9WA 2PCQA 4JTTA 1NF0A 2E6YA 2YW3A 2QR6A 2DJLA 3GDLA 1GVOA 1W37A 2FFCA 4Z0JA 4O0KA 4XBSA 5GVJA 1MSSA 3MYOA 3TDFA 4Y96A 3CTLA 2GJNA 4JX5A 3A23A 4ML9A 5AOUA 4EVZA 2DZSA 4UTWA 2E09A 4ZL1A 2TPSA 3P74A 1WOAA 4GE8A 4GJ1A 5F1VA 2QDGA 1OABA 2V82A 3TIMA 3HB9A 1N8FA 3ELFA 3BPWA 2QCDA 4RV8A 2IQTA 1TCDA 2YSWA 4UFMA 1SZGA 2OT1A 5I3KA 1M5WA 4N4QA 4IQLA 2QJHA 3NPUA 3I7SA 3A22A 4NZJA 2ISVA 1EIXA 1O95A 1W0MA 3B05A 3W6YA 4UIOA 3QSRA 1G7VA 1VZWA 3MMTA 5KZDA 3V75A 5HR7A 1YPIA 2OCZA 4GUJA 4I7UA 3LERA 2ISWA 3L0GA 2WSQA 2Z6IA 3LCXA 2H3DA 2QDHA 4K6AA 1QDSA 3FLUA 1W8SA 1OJXA 8TIMA 4GUFA 4UFIA 3UWUA 3Q94A 2CLFA 5BNKA 1LTDA 4LRSA 2ZZ5A 2E77A 3NL2A 1LOQA 1TMHA 3PB0A 2DJXA 4LUIA 4ORIA 5EL1A 4CNOA 1SUXA 1K03A 2H3BA 3T44A 5DELA 3W7LA 4IGHA 2ZZ4A 4X3ZA 1B4EA 4E2DA 3DFPA 3WJXA 3W7KA 5LHEA 1H50A 3W74A 4A22A 3DU0A 5L9FA 3GR8A 3HO8A 3ABOA 3E9AA 4N6FA 4H3DA 4N02A 3TC7A 1XL9A 4JTLA 4HSNA 3ATYA 3PSVA 4MFDA 2ZRWA 5AHNA 4XBKA 1L6WA 3NQMA 5K4XA 1KM2A 1KM3A 1VS1A 3F4WA 1ZENA 2A7NA 5IBXC 2WKJA 4CCCA 1TPFA 1GVSA 1SW3A 1LORA 3HG2A 4JNMA 2Z6JA 2JGQA 1H7NA 4WZHA 2VFEA 5FEXA 1OX4B 1KTNA 2QCMA 3M7WA 4UTHA 4PH6A 1PVNA 3E96A 1IXNA 2ZA3A 4IOTA 1WX0A 4X22A 5T26A 1A5BA 1YXDA 1NFBA 5J5DA 4NX0A 1LBMA 5DXYA 1VQTA 5AYXA 5KSWA 4LVFA 3PM6A 4IMGA 3O6CA 3FS2A 4Z1CA 4O14A 1JCYA 5G2HA 2CLLA 3TNOA 3N2MA 2R94A 1GTHA 5KINA 1DJQA 1O60A 4BI6A 5K2ZA 2XN1A 4OV9A 2ABAA 3RF9A 4HPJA 3MW7A 5HINA 1WBJA 4UMAA 1SO5A 3HPXA 3DXIA 4WY0A 5K9DA 4R34A 1SW7A 5BW6A 4Y8FA 1HTIA 1OF8A 2ATSA 4LWWA 2FTPA 1KA9F 3N9RA 3W7NA 3TFXA 3MP4A 2G5WA 4O57A 4YCOA 4OT7A 2H6RA 2RHGA 1YADA 2BXVA 3NR0A 4JTKA 2Y63A 1V5XA 2V9DA 2NX9A 3NA8A 3LLFA 1DOSA 4NXKA 3EX2A 1H51A 2WOQA 1AW5A 1RQHA 1T8XA 2A4AA 2VENA 3JRKA 4UTUA 4S2BA 5EBUA 1F5ZA 1FWTA 3LM7A 4M6QA 2VFDA 4JD4A 3EWZA 1N55A 3NNTA 5E0KA 3TUUA 1ME7A 1O5XA 4PODA 3M44A 1QOPA 2QCFA 3K30A 4YCPA 1SO4A 2WNZA 3GIYA 3TQKA 3QFEA 1Y0EA 3BK0A 3G1FA 5IM51 3JS3A 1H61A 1FXQA 1SZNA 2VFGA 1FX6A 2B7NA 3FYPA 4JX6A 4UTTA 1Z48A 1LP6A 4CLMA 1THFD 3KVMA 2NWSA 4UXDA 2B0MA 4JYDA 3OVPA 3W7CA 3AJXA 2Y85A 2AGKA 4O1BA 2NX1A 1F74A 4O10A 5F2LA 4XTIA 2BLEA 3S0CA 3W1UA 1W5QA 3G8RA 3W7PA 3BLEA 4UNLA 1OYCA 2CZEA 3P7YA 3IVUA 3NPVA 1ZAJA 1TB3A 1P4CA 1PS9A 5LNWA 4XUGA 1YDNA 4LC6A 1TTJA 1PCWA 3TJLA 4FNSA 4X2RA 4QIUA 2PRMA 5F4XA 2PRLA 2CW6A 4R7JA 4EIVA 2NXHA 4UUIA 1R2TA 3W2MA 4JTUA 3UXAA 1D3HA 1KTCA 4KFNA 4IMDA 3R5EA 1W56A 3CC1A 2J9YA 3CHVA 1QO5A 2R91A 3BGGA 4JTEA 4CQ9A 1QCWA 5BOOA 3FA5A 1ZALA 3G1VA 3PY2A 1J2WA 1GG1A 3QW3A 2BX7A 4Q33A 2F84A 1KFCA 4BK9A 3HIJA 3O06A 4UCGA 3STFA 5DCDA 4JN6A 3O15A 1FBAA 4NT0A 3HF3A 3E0IA 3WJSA 1P0KA 3G1DA 2YFOA 4C1KA 4NXSA 5J5RA 3P80A 3TMLA 1AL8A 4PCFA 4DBEA 1QPRA 3DHDA 3L2IA 2Q3RA 2QCDB 2YXGA 5AFDA 2WNQA 1KW1A 3LRKA 1W3IA 3FOKA 4NJHA 4PTNA 3DENA 3OIXA 1GOXA 3ZS4A 4DQWA 4O0ZA 3H53A 1QNVA 3A21A 2YPIA 2NX3A 2NXIA 2HMCA 3FFSA 3N19B 3NL3A 3L5LA 4JTGA 3W87A 5EY5A 1N7KA 1Q6QA 4RZ5A 1FCUA 2O7QA 3LBCA 1OG0A 3R13A 4M7TA 2EF9A 5EA9A 3WJYA 1EUAA 3GDTA 1XI3A 1EA0A 3GVGA 4NZFA 1AK5A 4E2BA 4MZ8A 1TPB1 2C16A 5EPDA 1ZY9A 3PWAA 1LRTA 4R33A 1XM3A 3GXNA 3RFAA 2FB3A 5C5YA 1Q6RA 5FF0A 2Y7EA 3UZJA 4WXZA 2QUVA 5I3GA 2ZRYA 5A5WA 2CLIA 4O11A 5FEPA 3G24A 3M43A 2ZZ1A 1F76A 3EX1A 1XBZA 3MP3A 1VLIA 5HWNA 4U28A 3RNDA 1JUKA 2X1UA 1EX5A 2Y7DA 2VOMA 4AF0A 4K37A 3PBWA 1TQJA 3L67A 2WV8A 2KZHA 3Q2DA 1Q6LA 3STGA 4O13A 2X1TA 4Z1DA 3KOFA 4PEKA 3W88A 2C14A 5TBOA 3I7QA 1SU5A 3MYPA 4ADUA 1UJPA 4A21A 1VR6A 4I7WA 3MI2A 3EXSA 4N9CA 3GLCA 2Y7GA 1UB3A 3C4UA 1XC4A 3H54A 1EP3A 5CZTA 3AO0A 1FY6A 3T55A 5DCBA 2NUXA 2PURA 3DI0A 3P67A 5L6UA 4NU7A 4OGZA 1VCFA 4K38A 3UY8A 3ZFHA 1FUYA 1QPQA 5D30A 1DQWA 4GC4A 3LHTA 1SQ7A 4BI7A 2WSYA 1SR9A 3RU6A 3F4NA 4N9BA 4O54A 4GXMA 1F6PA 5EYWA 3W7QA 3EWYA 3GR7A 3MI6A 1RPXA 3R8RA 4UFJA 2WO5A 1PHQA 4UFLA 3W84A 2WSRA 2C3ZA 3BO9A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2J27A

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