1FCQA

Crystal structure (monoclinic) of bee venom hyaluronidase
Total Genus 128
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
128
sequence length
321
structure length
314
Chain Sequence
EFNVYWNVPTFMCHKYGLRFEEVSEKYGILQNWMDKFRGEEIAILYDPGMFPALLVARNGGVPQLGNLTKHLQVFRDHLINQIPDKSFPGVGVIDFESWRPIFRQNWASLQPYKKLSVEVVRREHPFWDDQRVEQEAKRRFEKYGQLFMEETLKAAKRMRPAANWGYYAYPYCYNLTPNQPSAQCEATTMQENDKMSWLFESEDVLLPSVYLRWNLTSGERVGLVGGRVKEALRIARQMTTSRKKVLPYYWYKYQDRRDTDLSRADLEATLRKITDLGADGFIIWGSSDDINTKAKCLQFREYLNNELGPAVKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal structure of hyaluronidase, a major allergen of bee venom.
pubmed doi rcsb
molecule keywords HYALURONOGLUCOSAMINIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Apis mellifera
total genus 128
structure length 314
sequence length 321
ec nomenclature ec 3.2.1.35: Hyaluronoglucosaminidase.
pdb deposition date 2000-07-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01630 Glyco_hydro_56 Hyaluronidase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1fcqA00
1M6JA 1ZFJA 2P1FA 2VXNA 5BW6A 1R2RA 3HJZA 1I2RA 1PS9A 2VFHA 3OVPA 1YLVA 1OFBA 1M7OA 1DOSA 2CWNA 3MHUA 4IGHA 1O4UA 4HPJA 3QRHA 2P0OA 1QWGA 3LCIA 1WQ5A 3W1XA 3U6WA 1IXPA 3W73A 4TR9A 1I45A 3QPZA 2GJNA 4JXCA 2OT0A 3TCEA 2Y7DA 1SFJA 4MZ1A 3Q2DA 5E0KA 1F76A 3SGUA 4CQ8A 3BW4A 1GVQA 2O7QA 4YL2A 2RDTA 1E51A 3TSBA 2Q8ZA 2QJGA 4O11A 3NR0A 1JVNA 3R5EA 3SIZA 5D2TA 1HL2A 2DZUA 5AOUA 4UTKA 3G1YA 3HPZA 5I3KA 3UXAA 1LBFA 4K36A 2R14A 5ABTA 4JYDA 5G1YA 1S5VA 3DFSA 4O54A 2C14A 4GFSA 2NXGA 2Q3RA 1MXSA 2NXHA 4NXKA 2QDGA 1MSSA 1G67A 5CZSA 5F1VA 3TAKA 1MEWA 4JIPA 3WK2A 3NL5A 2ZDRA 1T96A 4Y9AA 5L9FA 1KLZA 1S5TA 4K37A 4MFDA 3SR7A 5D09A 4BWLA 1QPOA 5EL1A 5G2IA 4LT9A 5FESA 3A24A 5J5RA 3PF3A 4DBEA 1XDMA 1XL9A 1SSGA 3O8AA 1UBSA 1P0KA 2A85A 3QF0A 1SO6A 4LU0A 3W7JA 2PRHA 2PC4A 4PA8A 2DZXA 1VJIA 2ABBA 2W6RA 4ORIA 1EEPA 2QCDB 2DP3A 5F1UA 2RDUA 3JR2A 3PY2A 3W85A 1CI1A 2NV1A 4QM1A 1RV8A 3NVTA 4L4MA 1OF6A 3INPA 2TPSA 4Y90A 1TTJA 2E77A 2NZLA 3PBVA 2DJLA 1LLWA 1SW0A 1ICSA 2YFOA 4O57A 1K8XA 4GUGA 3G8EA 4FF7A 1KM0A 3I6RA 2V2DA 1RR2A 2X1UA 2R91A 2BWGA 3P8JA 1FWWA 2WOQA 5C6MA 2VFGA 3T78A 4NNBA 1QMLA 2BTMA 2Z0IA 4LVAA 3M16A 3A23A 3LCXA 4IMEA 3NQFA 1KFCA 1R2SA 3G24A 1H1ZA 3IIOA 4IUOA 2CLKA 5D38A 3S5ZA 4MYAA 3LCHA 2EHHA 4UC5A 3MYPA 5D30A 4M6QA 2AQWA 2CLFA 4AAJA 2HS6A 3QSTA 5FEPA 3QMTA 3P5ZA 4BF9A 1K7XA 3UNDA 2VFIA 8TIMA 3P8IA 4TU1A 4IQLA 4UUIA 1L6SA 1F7BA 5L6UA 3W7QA 3C61A 2HSAA 1W3NA 3NQAA 2Y7FA 3PBWA 1OFPA 3A21A 2QCCA 5AHFA 3IIVA 1XC4A 2CFFA 3UPWA 1SU5A 3QYQA 1NVMA 1IF2A 2YSWA 4LS0A 4NT0A 2X1SA 4RCXA 2C6QA 4O17A 2O7SA 3PUOA 3WK1A 5CG7A 1XDLA 5TIMA 4MY1A 1FUYA 3PG8A 2WPBA 3P80A 4EIVA 1XKYA 1WAUA 3HG4A 2BX7A 3QZEA 1SZGA 3C2OA 2QUUA 2DORA 2VENA 4TMBA 1KTCA 3C8FA 3W2NA 4QAIA 4HNVA 4UMBA 1J5TA 1WV2A 3R13A 2QCDA 4KWVA 3GVGA 4O0ZA 3M0ZA 4NUWA 1QPNA 3DFOA 4FO4A 1K7EA 4LVDA 4DXVA 3B0UX 1O5XA 4HNTA 1LBLA 2X1TA 3W2JA 1N55A 4FNUA 1I2NA 4A3UA 1OK4A 3HG3A 4NX5A 1MEHA 1QFEA 2QEZA 2FQIA 3TXZA 4LS2A 3HF3A 4MIMA 4HNNA 5U4NA 3M47A 1GG1A 3CWOX 3VI2A 1XBYA 3DFTA 3PULA 1TCDA 3S5NA 4RXGA 3Q58A 1V5XA 1Z41A 4NNAA 2E5CA 3W2MA 2NWSA 4HNUA 4X9SA 3C3NA 4IXXA 1TRIA 4WOQA 1C9DA 1TV5A 1VYSX 1W0MA 2YPIA 3MJYA 3CIXA 3TKFA 1UASA 4WQ6A 3ZFHA 2CLMA 2YW4A 3LV6A 2J6XA 1H7NA 1LORA 4MJZA 4TO8A 2YX0A 4FHAA 4QNWA 2ZCGA 3BPWA 1AW5A 4DPPA 2EAWA 1OVDA 4EF8A 1DV7A 3EWBX 2QCGA 1WOAA 5I3IA 2EPHA 4JY8A 1TPUA 4PFMA 3LDVA 2OMAA 5EMUA 2QUTA 4R34A 2B4GA 3SECA 5BNKA 2QCLA 5FF7A 2C0AA 3C2VA 3P60A 2PRMA 3BGGA 2J9YA 3N34A 1Z42A 3W7EA 2J27A 1F73A 4WX2A 3PWAA 1ONRA 3L0GA 2Z6JA 4DO5A 1DQXA 3G3MA 4JTIA 4DELA 5HQEA 3PBYA 5HINA 2H8XA 3GDRA 3FOKA 4CNNA 3N9SA 4DF2A 4OGZA 4ZVJA 5AHIA 1TREA 2YDAA 5BOOA 3OHIA 4ZL1A 1I4NA 1VCVA 4ML9A 2YR1A 4BI6A 3N3MA 4XTIA 3MI6A 5HJLA 2HMCA 3EEGA 5FI8A 1YYAA 2YCEA 1YXCA 1QOPA 1GOXA 3P81A 4JD4A 4JTUA 4AHPA 6ALDA 1WXJA 3NL6A 1A50A 2H6RA 4UMAA 4BI5A 1VYRA 4JGDA 5AYYA 5LNUA 3O63A 1UCWA 3AO0A 1NF7A 5AYZA 3L65A 2I14A 1VS1A 1OF8A 1A5AA 1C8VA 2WO5A 1HTIA 4X22A 1LZOA 3CQ0A 1AL7A 3LCLA 4GRSA 1ALDA 3W7MA 5KMYA 3PAJA 2E5DA 3KVJA 4OHQA 2J9XA 3G1HA 1VLWA 5K9XA 5KTLA 1W37A 3HG2A 2V0TA 1JR1A 3RF9A 5AN7A 2WV8A 1TQXA 2YFNA 4M6PA 1K03A 1Q3NA 1OJXA 2XN2A 1DJNA 3CEPA 3GR7A 2I1OA 1Q6QA 3RMJA 1FWNA 1JRCA 2VC6A 3LXAA 1VCGA 2ZRWA 1TB3A 1GTHA 2RFGA 1W31A 2V5BA 3HB9A 4JR5A 4O13A 3TIMA 2C1HA 1W5OA 1RVGA 3W1PA 5K4XA 5K7JA 3S6DA 1NF0A 3KVKA 3NDOA 1RQEA 3M44A 1BWKA 1ADOA 2GQ8A 1T8XA 1G4EA 3CLMA 4WY0B 1J2WA 3W7IA 3W2UA 4FNQA 4O8RA 4I9AA 2G5WA 4PEKA 3QMRA 3GDMA 1J4EA 5DY3A 1JQVA 1N8FA 1CW2A 1M7PA 1YDOA 3NAVA 5I3JA 4NJGA 1FWRA 4DO6A 5HWNA 1QPQA 4LC8A 2ZZ1A 5KZMA 1FY6A 3QQ1A 1W5PA 4JTFA 4N2YA 2GPTA 2CLHA 3DGRA 3G3DA 4XZ9A 3N73A 4BWLC 2VEPA 1KFEA 1GYNA 3HGOA 4CQ9A 3MW7A 3UWZA 5D2VA 1H7XA 1OFQA 3NA8A 4A21A 1JUBA 1B4KA 5EY5A 4S2BA 1OFAA 3W1QA 1OX4B 5HWJA 3UWVA 3LRLA 3O6YX 3LX9A 4O0KA 1FCBA 3CWNA 5T26A 5EPDA 1LLZA 1SZFA 5HUOA 5BRBA 4AH7A 1JCLA 4IXHA 4LV4A 3CT7A 1XUUA 3FYPA 2FJKA 1IIGA 4IWWA 4ALDA 1TTIA 4UCGA 5AC6A 2DJXA 2RDWA 5C55A 1GG0A 2I9EA 3P5YA 3STEA 1FWTA 4D2JA 1GVOA 2YGYA 3IEBA 1DL3A 1TPWA 3NPVA 3KRSA 3FEMA 2C19A 2ZRZA 1VHNA 3KVLA 3CB8A 4JY9A 2NX1A 1VZWA 4O53A 1B4EA 4N9BA 1TSIA 1D9EA 3P67A 1THFD 1OK6A 1LRQA 1S5WA 1T99A 1UUMA 5A8GA 3ZS4A 5IBXC 3WK3A 3SGZA 4Z1CA 3W7LA 1U83A 2DZPA 4O1CA 1D3HA 1M5WA 3NQGA 4KFOA 3MBFA 1FWSA 1GVFA 4I7WA 3U2OA 2NLIA 3KRUA 1NEYA 1PL9A 2A2IA 1F2JA 1AG1O 3MP5A 3TXVA 5KZDA 1LCOA 3PS7A 3B8DA 3B0PA 5K3VA 1GPWA 3LXCA 3BV4A 3MO7A 1EIXA 3TQVA 3QC3A 1SO3A 1AW2A 1VRDA 2JBMA 5F2IA 2NXIA 1KA9F 3NQ6A 1DVJA 1ZENA 4M7SA 3RFAA 1LM1A 1VPXA 1WDWA 1KM3A 3THQA 1LBMA 3DBPA 5DXXA 1QAPA 5DXYA 1HO4A 1XM3A 1FCUA 3E0IA 3WJXA 4JTSA 2JGQA 3I65A 2QCFA 4N6FA 3EXRA 1JCNA 3QW3A 5CKSA 3QPYA 4HN4A 3LERA 2JK2A 2TRSA 1X6UA 3WJSA 4IMDA 1N7KA 4FX7A 2ZZ5A 3WK0A 4ZQCA 1VGAA 1A5CA 1ZHAA 5G2HA 5CPOA 5CSSA 3H54A 1H7PA 1VHCA 3UYCA 1JCJA 3UQNA 3PR2A 4O1DA 3R89A 1EWDA 4QJ1A 2Y7EA 1YXYA 1K8ZA 1OHLA 1SW3A 3IGXA 3SFKA 4UTHA 3OVQA 2XFWA 4MJMA 1F6KA 4UTTC 1TYGA 1GZGA 4P2VA 3L0KA 3S8HA 3NG3A 5CZTA 4RZ4A 2ISSA 5GVJA 3QH2A 4O18A 2CZEA 2E5BA 1YTDA 1W5NA 3W1NA 4OT7A 4Z1DA 3W1TA 1W3TA 4FNSA 5FEZA 3PG9A 2NUWA 1VQTA 2ZFAA 5U7SA 4K7VA 3SI9A 3PC0A 4IOTA 3NL3A 3JS3A 3VE9A 5DCBA 3TK7A 1G4TA 1RD5A 4XQ6A 3A5VA 2X16A 3QQ0A 4FIRA 1A53A 4UFHA 3UZJA 4WJEA 3GDKA 3H55A 3OVRA 1SR9A 4JTHA 1EP2A 1SO4A 4A29A 3TAOA 3B0VC 1YTKA 4LWWA 2A7PA 1GYLA 4LS1A 4IPIA 4JTEA 4ICNA 4K39A 3PUEA 3LB0A 5HNRA 3B03A 4MYXA 1UJPA 4NJIA 1G6CA 3FA5A 2X2GA 2E6DA 4LVFA 1X1OA 1QO5A 1B3OA 2VKZG 4PTNA 5FEXA 3THAA 1JULA 1WBHA 1K7FA 4JYEA 3N14A 1QPRA 4WXZA 2Z6IA 1YDVA 5DBTA 1FXQA 5EYWA 4ADSA 1OFOA 3BLIA 5H2ZA 4AMAA 1MZHA 4M5PA 1H1YA 3A22A 1AL8A 2V82A 1HO1A 2CLLA 4A2SA 2FPVA 1H63A 3RNDA 4UNLA 1P5BA 2NX3A 1JCYA 1JCXA 3CM4A 2J88A 3MBDA 2H3BA 3H53A 3L5MA 3W71A 3FLUA 4JS3A 1OFDA 4UMCA 4ZQMA 3BG9A 3I7SA 2E1DA 2C16A 3P62A 4C1LA 3LLFA 4M7TA 3NZRA 3GDTA 3DFQA 4K8HA 3PVFA 3CEUA 1DJQA 2Y70A 1QNVA 4RK8A 1KBJA 3W07A 2A21A 1GT8A 2Y62A 3L66A 3QMSA 4UR8A 1PHWA 3WFAA 3F4WA 1HFBA 3EKZA 2V81A 1L6YA 3NOEA 5KZEA 5EBUA 2VFEA 2W79A 3S1UA 5K9DA 5LNVA 3HG5A 3IIPA 2FTPA 3P82A 3TSMA 3AJXA 4UIOA 3RU6A 2G95A 1GVSA 3GKAA 1D3GA 4LVGA 4HSOA 3GXNA 4E2DA 2G96A 5DBUA 5LNRA 1OYAA 5HR7A 3R12A 1XFBA 2WQPA 1OG0A 4MKNA 4I7UA 1YXDA 1YDNA 4MUZA 1TPFA 3IGSA 4BI7A 4DQWA 3GKFA 2BLEA 3HMJG 4EWND 2Q3OA 3LM7A 5D2YA 3A5FA 4FNPA 2BSLA 2H90A 4O52A 2JKEA 5HMSA 2A7NA 3MP4A 1KM1A 5TBOA 2GVGA 4CCEA 4O16A 2JKPA 3UPBA 4UTIA 3TU9A 5AYXA 2KZHA 2QCNA 1TPC1 3IVSA 1TJPA 3GNNA 4O10A 4NJKA 3FKKA 5F4XA 3TFCA 2A5HA 3GXPA 3LRKA 1KFLA 1TPB1 4HKPA 1OFRA 1LTDA 4AWUA 1YTEA 3YPIA 4QSHA 1AMKA 5AFDA 4JTTA 3ATZA 4Q32A 4H3DA 1XBZA 1XXXA 3M5XA 5SWUA 1MEIA 1H51A 5FF4A 1KFKA 1BKSA 2A0NA 3JRKA 5G4EA 4HPXA 1F6PA 2TYSA 1KM4A 2Y89A 3NQ2A 1H7RA 1LOLA 4KFPA 4O19A 1PVNA 4YCPA 3L5AA 5LNSA 2YXGA 1FDJA 4GE8A 5FF0A 3W7DA 1I2QA 2V5LA 4JTJA 4AF0B 4GNJA 3UZ5A 2C13A 2Y61A 1R2TA 1Q6OA 1TO3A 1TTQA 2DZVA 3NL2A 5H91A 2ZRUA 3HPXA 4ZQNA 1Q6RA 4LRSA 1TV8A 3C56A 5K2ZA 2VFFA 4QNEA 3TA6A 4GWEA 4K8EA 3TQ0A 3MHFA 1ZAJA 3I7QA 2A1YA 4GUHA 3BGJA 1SSDA 1KV5A 3GNDA 4AHOA 3R8RA 3NNTA 4YCOA 5CZJA 3CTLA 4OU1A 4PH6A 2HTMA 1GQNA 4Z0JA 3USBA 5LHEA 1CX9A 5CPMA 5AHLA 4RLIA 1RZMA 5FF3A 2VEMA 3W86A 4BFAA 4RZ6A 3LHVA 3TDFA 4TMCA 4XWUA 2AGKA 4UTMA 4E38A 2V2HA 1O60A 5AHMA 3MHGA 3OEXA 2FLIA 5CPLA 4NNCA 3KX6A 3V75A 4Z0SA 3DU0A 3W23A 2GQ9A 3CPRA 3HQ1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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