1NP2A

Crystal structure of thermostable beta-glycosidase from thermophilic eubacterium thermus nonproteolyticus hg102
Total Genus 151
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
151
sequence length
426
structure length
426
Chain Sequence
AEKFLWGVATSAYQIEGATQEDGRGPSIWDTFARRPGAIRDGSTGEPACDHYHRYEEDIALMQSLGVGVYRFSVAWPRILPEGRGRINPKGLAFYDRLVDRLLAAGITPFLTLYHWDLPQALEDRGGWRSRETAFAFAEYAEAVARALADRVPFFATLNEPWCSAFLGHWTGEHAPGLRNLEAALRAAHHLLLGHGLAVEALRAAGARRVGIVLNFAPAYGEDPEAVDVADRYHNRYFLDPILGRGYPESPFQDPPPAPILSRDLEAIARPLDFLGVNYYAPVRVAPGTGPLPVRYLPPEGPVTAMGWEVYPEGLYHLLKRLGREVPWPLYITENGAAYPDLWTGEAVVEDPERVAYLEAHVEAALRAREEGVDLRGYFVWSLMDNFEWAFGYTRRFGLYYVDFPSQRRIPKRSALWYRERIARAQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Thermus nonproteolyticus
publication title Structural Basis for Thermostability of beta-Glycosidase from the Thermophilic Eubacterium Thermus nonproteolyticus HG102.
pubmed doi rcsb
molecule keywords beta-glycosidase
total genus 151
structure length 426
sequence length 426
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2003-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1np2A00
3A4WA 3OA5A 3U7BA 3AHYA 3VIJA 4MB4A 2WZIA 3GH7A 4A3HA 4OIFA 4L4OA 2VZVA 4S3KA 4CCDA 1XSIA 1ISVA 4ZXOA 5KZ6A 1HKMA 5DMYA 4H8UA 2VOTA 2PWHA 3EMCA 1MQPA 1OT1A 4W5ZA 2EBNA 3SCNA 4JZ5A 4UOQA 3W4RA 1B0IA 2A3AA 2QHAA 1NWRA 4QLLA 1KGWA 5D4YA 3AISA 3VILA 2VVSA 3CZJA 1XYZA 4BCEA 3SUTA 1MQQA 4AD5A 3AHZA 2VZUA 1QHZA 3PTQA 4UFIA 1AQHA 4FLQA 2J7BA 1XCXA 2DEPA 4X0NA 2WXDM 1KWKA 1M7XA 1NOUA 3WEZA 4AY1A 1E73M 3FN9A 2X2YA 1DWAM 1LG2A 1GPFA 1HKJA 1KWGA 3AIBA 4D6GA 3GXDA 2CHNA 2VRKA 3AHVA 1IZKA 4HZ8A 4U5KA 3EMQA 5CZKA 4EK7A 1CIUA 3SCUA 1PPIA 3AS2A 6A3HA 1UKSA 1WDSA 4DWSD 1W32A 3K1DA 2VJXA 3BH4A 2XFYA 1W9XA 2ZUTA 3CZEA 3EDDA 1QPKA 1LF1A 2W4XA 4ZENA 2D24A 3L4YA 3O6AA 2WCSA 4Y7EA 1IT0A 2WVTA 2XSBA 2XJ7A 1ZB5A 2CBVA 2CEQA 1BG9A 3AHXA 4LYRA 1EQPA 4WF7A 3ARTA 4B9ZA 3BCFA 3M6DA 1Q6FA 1KFWA 2XHYA 1KXHA 3DC0A 3FHAA 2QPUA 1HJSA 4IPLA 2WCAA 2PBOA 1J0JA 1PIGA 3SIMA 3W6MA 1GVIA 3VGBA 2QV4A 1CXKA 2E0PA 1GQJA 1OB0A 1WB0A 3BLKA 1S46A 2BHYA 1B2YA 2PBGA 5EFDA 3CUFA 1PAMA 1Q6GA 3AZTA 1TVNA 4UQAA 3VTRA 2V3GA 3WNOA 1QBBA 2Y8VA 4W8BA 4F9JA 3GNOA 2CERA 1E6SM 1G01A 1OIFA 2OWWA 1UA7A 4J3TA 5A1AA 3VKKA 4CKQA 1CTNA 1G0CA 3WMSA 2WAGA 2BV9A 5BRPA 3AI0A 1CGTA 3EYPA 4B3LA 1OIMA 2MANA 4TVDA 2J4GA 1G94A 2CCRA 1WO2A 1RPKA 1WKYA 4ZE5A 1UD2A 5I77A 4CVUA 3AMLA 5D8ZA 1JZ4A 3AIRA 1IZJA 3EMZA 1FP8A 1KXQA 1H09A 4PTXA 2CESA 2ZUMA 3L4ZA 1ISZA 1EDGA 4CD4A 3THDA 3GTNA 3WEMA 1JIBA 2VMFA 2XPKA 5I5RA 1J0ZA 1W91A 3LPFA 2XWDA 1QHPA 4AEEA 2XGIA 4F8XA 2XVLA 3WDRA 4DM2A 3VUPA 4M81A 3AXIA 3BAIA 4AD1A 1ZL1A 2E9LA 1QNRA 4AYSA 2CETA 4EE9A 3N13A 2YLAA 4BS0A 2QPSA 1HKKA 4GIAA 3PZOA 3RCNA 2XIBA 5HBFA 2OSWA 2BY3A 1QI5A 3AJ7A 3WH7A 2C8NA 4CCEA 5FL1A 1E4MM 1MFVA 1CXEA 3MUY1 3LMYA 3PZ9A 1KBKA 4UR9A 4XUYA 4B9YA 2YJQA 4KH2A 1UH3A 2EPOA 2DSVA 5IFPA 1CGVA 1V3JA 1E55A 1GW1A 5ABHA 4MAVA 1CZ1A 3KZSA 3WELA 1UR9A 1QHOA 2XG9A 4H41A 3ARUA 1OBAA 2GK1B 5AYIA 1GHSA 3WUEA 4AZCB 3RDKA 4CU7A 1D7FA 1L8NA 1E70M 1XD1A 4AZIA 4CN4A 1WCGA 2DSUA 5BXSA 1Q6DA 3B9AA 3NIYA 3ECQA 3WEOA 1VEMA 3ARVA 2WWCA 3OGVA 4AZCA 1ZBVA 3T0AA 3W29A 2Y8KA 2ZX6A 1JZ6A 5E6ZA 2J8FA 5HXMA 1HP4A 1TUXA 3LPGA 3ZJKA 1GHRA 4D6IA 1W3HA 1TCMA 3SURA 3T0BA 4OOUA 4LYQA 1ZU8A 3AS3A 5A6JA 2CPUA 3CHFA 1XSJA 4AD0A 2WC4A 2J78A 4RL3A 4JAWA 2W66A 5LA2A 4U31A 1V03A 4DWSB 2O9RA 3ZSSA 2E4TA 3AMGA 3TOPA 5BXTA 2JIWA 3VIOA 1H0GA 4V27A 4DWSA 3N9KA 1BVZA 1DWJM 1E4IA 3W6LA 2WNWA 4XB3A 1ODUA 4BQ2A 1JDDA 3VPLA 2Q8XA 2V5DA 1UWRA 4W8AA 4BZYA 1HJXA 1WZKA 4JL2A 1W3JA 3PHAA 3F5JA 4AZ5A 1W9PA 4GKLA 1EGZA 3N1AA 1R87A 1OD0A 3ZR5A 2WVSA 1V08A 4F79A 7CGTA 3K4AA 2D0GA 1DEDA 4R27A 4GZJA 3WQ4A 1CECA 5JIPA 3AXXA 3SCOA 5EB8A 4GPNA 4LYPA 3GZAA 3VDHA 2EPLX 3LPOA 4QDMA 2YLLA 1HNYA 3ZT7A 3A6OA 3PZUA 3RM4A 1B9ZA 3CIVA 1HJWA 3DYOA 1XRVA 3UCQA 3BAKA 2AOSA 1HXJA 5C70A 1R7OA 3TTYA 4JKKA 1GOIA 1UD3A 1XH2A 3WF0A 2VX7A 8A3HA 4B16A 4H2CA 2WMGA 2WHJA 3UESA 2YA0A 1UD8A 2YDRA 1TR1A 4XZBA 4CU8A 3POCA 2ZXAA 3FXYA 4PUDA 2Y4SA 2VO5A 4LPCA 1LLOA 5IHRA 1DWIM 5GQBA 2DIEA 3ZO9A 3VM7A 4J3VA 5CLWA 1EHAA 3CHCA 2WVVA 1F4HA 4PYSA 1MW0A 1W9UA 2DH3A 3QHOA 3QOKA 3DHPA 1BYCA 1KR1A 3WD0A 3WKZA 4U33A 1BGAA 1RD6A 2G8ZA 4DUVA 4J27A 2CIPA 5A95A 4BQ4A 4YHGA 2DSZA 4UQDA 1B3WA 1VENA 5A3HA 1OSEA 1XGZA 3RO8A 3W82A 5E09A 1XYFA 2OYKA 2UY3A 3WY1A 1J0IA 2ZX5A 4M80A 3M46A 1GCYA 1WAWA 4OBRA 4YPJA 4PMQA 3RMEA 2WSKA 4KGJA 5I24A 1E4NA 2WPGA 3VD3A 4U3AA 2CBUA 3WBAA 3W24A 1MXGA 3WH5A 4TX8A 2X8RA 4PCTA 5DEZA 2BHZA 5EBAA 4PTMA 4UQ9A 1U30A 5A8PA 4Z2KA 3W81A 1VIWA 3WDJA 4AXNA 3SCVA 4D72A 2DT2A 1GOOA 1MFUA 4C7GA 1TFVA 1BLIA 1SMAA 5CXPA 4WK9A 3AROA 2J25A 4GI6A 1C8XA 4PMZA 1V6WA 3UG3A 4ZE4A 4L4PA 2GFTA 3F5KA 3SCSA 3MU7A 3MV11 4PRWA 2EPKX 3T2PA 3NSXA 4F9DA 1C3FA 4HMEA 2DT1A 2NW0A 1CGWA 3GNPA 2WC3A 1LQ0A 2J75A 4W87A 1B3XA 1J18A 4MADA 4DWSC 4W84A 3K4DA 1JZ5A 4FLSA 1HX0A 1AQMA 4MNMA 1TA3B 1XV8A 1QBAA 1VBRA 5A8MA 3WNKA 2WMHA 2VTFA 3VGHA 1ZBCA 4D1JA 1HVXA 1TA3A 3MKKA 1MW1A 4WKFA 4AWEA 1KR0A 1EDTA 3HJEA 3J7HA 3AMKA 4LQ1A 1WNOA 2X0YA 4OOZA 2Y5EA 2VR5A 1J11A 1HN1A 4UFHA 2VX6A 2WHLA 4RE4A 2QF8A 1GOQA 4J3WA 1CXFA 1UQYA 1XHGA 2EPMX 1HJVA 5GPRA 1CENA 2VCBA 5A6AA 1XC6A 1VJZA 3CPUA 2BVTA 2XIIA 1U33A 2HVMA 2W92A 3CZLA 2YDSA 2X09A 3JUGA 3KEHA 5ABFB 3AS0A 1O6IA 4MTVA 1CWYA 3DECA 1V6YA 1CXLA 4IISA 3T2OA 2E8YA 1XD0A 4OKDA 4WSKA 2D23A 1ISYA 4UFKA 5ABFA 4ACYA 4GXPA 2Y2WA 5LYRA 3S6TA 1PJ9A 3VD5A 1QOXA 2XVNA 3ZOAA 4UQBA 1RP8A 3FAWA 2ZXBA 1K9TA 3WFLA 2FHCA 1EOMA 2E8ZA 5EMYA 1CGYA 1H2JA 1TG7A 3QOMA 3NUKA 1JI2A 5JBEA 2GJXA 1CLVA 3TA9A 1LL7A 1VAHA 3WF1A 4QLJA 1JXJA 1N82A 3VMNA 3ZT6A 1D2KA 4HTYA 4C7FA 2G41A 4PMYA 1OGBA 1KBBA 3MANA 3E1F1 7A3HA 2XTKA 3W37A 4RE3A 1SYTA 5JBDA 1E72M 3GBEA 5D8WA 2E9BA 2J47A 3AOFA 3G6MA 1E1FA 1O7AA 3N15A 1C92A 3I3DA 3N12A 1J0KA 1TVPA 2ZXDA 1WZAA 1HKIA 1V6VA 1TZ7A 4Z2LA 2JEPA 1H3GA 1V02E 3AIEA 4K68A 3CZKA 4X0VA 4GQQA 3F4VA 4JFUA 5JBFA 3CO4A 5A6LA 5A6MA 4PMXA 4D1IA 1QI0A 4IM4A 1UWUA 2IXVA 4J3XA 1UH2A 1E15A 4PN2A 1QI2A 2J7HA 1GUVA 1EO5A 2WWDA 5LA1A 1NARA 4HA1A 2V38A 4XX6A 1JZ3A 1WDQA 2VCCA 1K9DA 4MB3A 1VFMA 1JYNA 2F61A 2YL6A 3CUIA 4W7VA 4JFWA 1LL4A 1KCKA 1LJYA 1Z32X 2GVYA 1V0NA 4GI9A 1ESWA 3VD9A 1NOFA 2FH6A 2G3MA 2WKLA 3VGEA 1BFNA 2EO7A 4W7WA 5ABEA 3AMCA 1QI4A 5CGTA 4HOZA 2ZUUA 1E6XM 4TTGA 2WMFA 3CHEA 1UKQA 1JAEA 2Z1SA 1WDRA 2VI0A 2QMJA 1PBGA 2XM1A 3ARWA 2X0HA 2J79A 4UNIA 2G3JA 3BAJA 1UD5A 1JNDA 2W91A 4NSBA 1CYGA 2XFRA 4PSPA 1B90A 4DUWA 4HA4A 2WBGA 4HOXA 1W9BM 3U5YA 3ZJ8A 1W3KA 1EDQA 2WM0A 1GQLA 2YBTA 2J77A 1DWFM 1JF5A 2E3ZA 1WZLA 2QMKA 3KWXA 5A6BD 1WP6A 5BROA 3SUUA 4PUEA 1W3LA 2ZOXA 3TTSA 3PTMA 1E4LA 2V3EA 2PC8A 3N18A 2BNJA 2ZUWA 3WFZA 4NZCA 1UH4A 3DHUA 4JL1A 4D6DA 1SFSA 4U2ZA 1CPUA 1UOKA 5FCZA 3GDBA 2YIHA 3ARZA 4A4AA 2WYSA 5A6KA 1FHDA 2BVYA 3SUWA 3A4XA 1H1NA 2EJ1A 2CYGA 2BY2A 2D2OA 5M17A 4DUXA 3PZQA 1JYVA 3QR3A 2WVUA 1MQRA 5CLTA 1HVQA 4M8UA 2D3LA 3SUSA 1IV8A 3W38A 1CEOA 1SR0A 4OZOA 3VIMA 1V3KA 1C7TA 1V02A 3WSUA 4PBGA 2VL4A 3BMVA 3KL0A 2PWFA 3DYMA 4J7RA 1W9DM 1MW2A 2BHUA 3A47A 1OCQA 4UFJA 3T09A 3RJXA 2GJPA 1E0XA 1JNEA 3WDQA 5A8QA 3CUGA 1X6LA 3D5HA 4UQCA 3PZIA 1KXTA 3AXHA 2Z1KA 4P8XA 3K8LA 3FHQA 3GXIA 1V3MA 4M56A 2J74A 4PEEA 3HMCA 2C0HA 3WD3A 4OUEA 3WNPA 1RP9A 2CHOA 1BVNP 2W61A 1JAKA 1V0KA 5CPQA 3L4WA 4PTWA 2VZSA 1E3ZA 2OLHA 3AQUA 1PZ2A 2AAAA 2VQTA 1JG9A 2JEQA 2O9PA 3N04A 3U5UA 5BXPA 1FH7A 3BCDA 4EKJA 1F4AA 4H04A 3CMJA 4CD5A 1NH6A 2NT0A 4HMCA 3BXWA 3OLIA 4CD8A 1I1WA 3WF3A 2XVGA 2O9TA 3B8SA 5BCAA 3WDPP 1B30A 1EQCA 2YA2A 3S2CA 2YBUA 3WL0A 3ALFA 3AFBA 2RGLA 2GSJA 4P8VA 5A69A 2YA1A 1BYAA 3ZMRA 2VX5A 1V6UA 2VR4A 4WIWA 1C90A 3GH5A 1PZ3A 1NP0A 5M03A 1H49A 3VGDA 3WNNA 4AZ6A 3VX1A 1GONA 1I75A 1CDGA 2WW5A 4UTFA 2GDVA 1CBGA 2BXZA 2XWEA 4HU8A 5M3WA 1C8YA 4QFUA 2ZXQA 1J9YA 2XSAA 9CGTA 1NWTA 1UUQA 4CD7A 1VFFA 1UKTA 2G3IA 4YHEA 2ZE0A 5DT7A 3KL3A 4J3UA 3MSGA 3RM8A 3ZT5A 3IJ7A 3VGGA 5CQ1A 1ZBKA 4JCMA 1UHVA 4PMUA 4NRRA 2VT0A 1NM9A 5CSYA 3WNLA 3B9DA 4BF7A 3VX0A 3PZVA 3SCQA 2OSXA 3L4XA 4JCLA 1C8QA 1E40A 1EH9A 4W85A 3QHNA 5A2BA 3PBGA 4V28A 2XM2A 1R8LA 3EDEA 1BGGA 2A3CA 2YL5A 1E0WA 3PZGA 1CLXA 1Q4NX 4HZ6A 3OGRA 4OBSA 1EOKA 2ZUSA 4KGLA 3AIQA 5D9PA 1JZ7A 1MVYA 2D0FA 4MNJA 5CGMA 1E0VA 4PSRA 4E2OA 1VF8A 2DIJA 2WZEA 4MB1A 5A6BA 1K9FA 1FH8A 4MJ2A 3BLPX 2GJRA 2CBJA 5A2CA 1UQZA 5E6YA 3RILA 1LWJA 3CUHA 1AMYA 2A3HA 2XFFA 3B9EA 1E43A 1BPLB 1BTCA 2DT3A 1H4PA 2WVVB 1KXVA 2IXUA 1UR4A 2OWCA 5HPOA 1QI3A 1E1EA 3SCTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3A4W A;  3OA5 A;  3U7B A;  3AHY A;  3VIJ A;  4MB4 A;  2WZI A;  3GH7 A;  4A3H A;  4OIF A;  4L4O A;  2VZV A;  4S3K A;  4CCD A;  1XSI A;  1ISV A;  4ZXO A;  5KZ6 A;  1HKM A;  5DMY A;  4H8U A;  2VOT A;  2PWH A;  3EMC A;  1MQP A;  1OT1 A;  4W5Z A;  2EBN A;  3SCN A;  4JZ5 A;  4UOQ A;  3W4R A;  1B0I A;  2A3A A;  2QHA A;  1NWR A;  4QLL A;  1KGW A;  5D4Y A;  3AIS A;  3VIL A;  2VVS A;  3CZJ A;  1XYZ A;  4BCE A;  3SUT A;  1MQQ A;  4AD5 A;  3AHZ A;  2VZU A;  1QHZ A;  3PTQ A;  4UFI A;  1AQH A;  4FLQ A;  2J7B A;  1XCX A;  2DEP A;  4X0N A;  2WXD M;  1KWK A;  1M7X A;  1NOU A;  3WEZ A;  4AY1 A;  1E73 M;  3FN9 A;  2X2Y A;  1DWA M;  1LG2 A;  1GPF A;  1HKJ A;  1KWG A;  3AIB A;  4D6G A;  3GXD A;  2CHN A;  2VRK A;  3AHV A;  1IZK A;  4HZ8 A;  4U5K A;  3EMQ A;  5CZK A;  4EK7 A;  1CIU A;  3SCU A;  1PPI A;  3AS2 A;  6A3H A;  1UKS A;  1WDS A;  4DWS D;  1W32 A;  3K1D A;  2VJX A;  3BH4 A;  2XFY A;  1W9X A;  2ZUT A;  3CZE A;  3EDD A;  1QPK A;  1LF1 A;  2W4X A;  4ZEN A;  2D24 A;  3L4Y A;  3O6A A;  2WCS A;  4Y7E A;  1IT0 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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