2GQ8A

Structure of sye1, an oye homologue from s. ondeidensis, in complex with p-hydroxyacetophenone
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
365
structure length
365
Chain Sequence
MTQSLFQPITLGALTLKNRIVMPPMTRSRASQPGDVANHMMAIYYAQRASAGLIVSEGTQISPTAKGYAWTPGIYTPEQIAGWRIVTEAVHAKGCAIFAQLWHVGRVTHPDNIDGQQPISSSTLKAENVKVFVDNGSDEPGFVDVAVPRAMTKADIAQVIADYRQAALNAMEAGFDGIELHAANGYLINQFIDSEANNRSDEYGGSLENRLRFLDEVVAALVDAIGAERVGVRLAPLTTLNGTVDADPILTYTAAAALLNKHRIVYLHIAEVDWDDAPDTPVSFKRALREAYQGVLIYAGRYNAEKAEQAINDGLADMIGFGRPFIANPDLPERLRHGYPLAEHVPATLFGGGEKGLTDYPTYQA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
source organism Shewanella oneidensis
publication title Ligand-induced conformational changes in the capping subdomain of a bacterial old yellow enzyme homologue and conserved sequence fingerprints provide new insights into substrate binding.
pubmed doi rcsb
molecule keywords oxidoreductase, FMN-binding
total genus 133
structure length 365
sequence length 365
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-04-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00724 Oxidored_FMN NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2gq8A00
3RLVA 4N4PA 5EBUA 1W5PA 3U6WA 1KLYA 2I14A 2CZFA 2Z6JA 3KRSA 4AF0A 1QCWA 3G1DA 2F7FA 5E0KA 3U8GA 2WNNA 4GUIA 2H3BA 2OZ0A 2V2HA 2E5BA 3DFTA 3SZ8A 3UXAA 3W1LA 4FX6M 3W1PA 2FDSA 3PS7A 4FF7A 3EXSA 3PBUA 2KZHA 4NJIA 3KRUA 4N2YA 3GVGA 1QO5A 4UC5A 4U4MA 3QM3A 4H4IA 3PVFA 4G1KA 2ZFAA 4NT0A 4PCFA 3M47A 4ZVJA 4GUGA 3DI0A 3P8IA 4C1KA 5LGXA 1G7UA 1SQ7A 3C6CA 3QPZA 3S0CA 5HNRA 1TPEA 3MI2A 5DN1A 5FESA 4WJEA 1I45A 5AOUA 4O0KA 1G4EA 2C16A 3W84A 3LRKA 1JCLA 3VKJA 4HNNA 4O28A 2PRLA 1L9WA 3C8FA 2YYTA 1FWWA 1YDVA 2Y70A 3FYPA 1WBHA 1S5TA 2R91A 4ADTA 1MEWA 3KVJA 2HSAA 3CM4A 4OHQA 3G1FA 3CEUA 3TJXA 1JUEA 4TMCA 3DXIA 5LNRA 3LTYA 1SW7A 3GDLA 2NXIA 4BWLA 1EP3A 4JGDA 1VYRA 3IEBA 4ML9A 2C19A 4FXRA 3QC3A 3A21A 1ADOA 4JX6A 4FEZA 3TX9A 3NQFA 1XDLA 2ALDA 1CX9A 5C54A 3MO7A 4O52A 3SSJA 3FEMA 3M41A 3TNOA 1P5BA 1GTHA 2VFFA 2OX1A 3SW6A 3B0UX 4UFJA 5J5DA 1NVMA 3LOTA 3PY2A 4CNPA 4BI7A 3T78A 1W0MA 3GKAA 2Y63A 4LVBA 3EX6A 2YW4A 2ATMA 3FKRA 3QMRA 4R7JA 3W72A 4CNNA 1QR7A 5AC6A 2BSLA 1CW2A 3NQ7A 5EPDA 1PCWA 1LORA 1IIGA 4A21A 3ZWTA 4UFKA 4S2CA 3ANYA 5AYXA 4LOCA 1EB3A 3RNDA 3LHZA 3P60A 4K6AA 4AMAA 1SUXA 3S6DA 1JUBA 3KXQA 4PODA 4FIQA 1OF6A 4NZFA 3GKFA 3R8RA 3BGGA 4JTIA 4BI5A 1TPWA 4W9TA 5DELA 3P8JA 5F1VA 3O15A 3P5YA 3TR2A 1XDMA 1FQ0A 3KOFA 3P61A 1Q6LA 4BI6A 4QQ3A 3GZ3A 3MP3A 3G22A 3LV6A 1ZFJA 5U4NA 3C56A 1NF0A 3W1NA 4FNTA 1VJIA 1TPFA 3I6RA 5IBXA 4UTMA 2YSWA 4PL2A 2GPTA 4I9AA 2VOMA 3CHVA 1TPC1 3S1VA 1SSDA 2XFWA 4MZ8A 2QJIA 4UTTC 1I2QA 4OQVA 1R2TA 3BW2A 3NQMA 1VCVA 2DZVA 4RZ6A 2ZA2A 3TA6A 3ZS4A 5C5YA 4LUJA 3N34A 4O8RA 3IGUA 4GWEA 2PCQA 1X1ZA 4X9SA 3TV8A 1OFQA 4OT7A 2C18A 1KTNA 4Q32A 2WNZA 8TIMA 4I7WA 3ABOA 4WX2A 1VYSX 1KM3A 1R2RA 2DZPA 1IXOA 1A5CA 1WA3A 3OA3A 4M6VA 2CLKA 1OK6A 4PL1A 3QQ1A 5HINA 3DGRA 2A2IA 3UZJA 3KFTA 3GAYA 1QPNA 1LOQA 1RPXA 3INPA 5DXYA 1B4EA 2VELA 3HPSA 1B9BA 4GXMA 3HG4A 3W70A 1TTPA 4R53A 4NXKA 3OVQA 3C61A 1DVJA 1TPVA 4QM1A 4NUWA 4BR1A 5AC7A 2GJNA 3C3NA 3T55A 4XWUA 5TBOA 4I7UA 1D9EA 3MYOA 3B05A 3FYOA 1JQVA 1HG3A 2RHGA 3PSWA 3GDMA 1MEHA 2X16A 2QUUA 1L6SA 3WFAA 4DO5A 4LU0A 3W6YA 1XCFA 3NQDA 3W2LA 4ZQPA 3O06A 3E0IA 3G1HA 4NVTA 4RKAA 3BLFA 1FCBA 2CZEA 2DJXA 1Y0EA 4MIMA 4HNTA 1EEPA 3DZ1A 1TYGA 1XXXA 4JEQA 3LRLA 5CZJA 2VXNA 2ZTKA 1I4NA 2NUXA 3P80A 4UR8A 1OFBA 3UWYA 1I2OA 1AW2A 3Q37A 5G1TA 2W0UA 3W2KA 3RF9A 4JX5A 3C2RA 4EVZA 3NZ1A 5LHEA 3FIGA 2XN2A 1SO5A 2BZNA 4EF8A 4NJKA 3PUEA 1TV5A 1G4SA 2YYUA 4UNLA 1W3IA 1RR2A 4WXZA 1H7OA 1X6UA 3E12A 3LHUA 4ZQCA 3TXZA 3QW4B 3EB2A 4NZJA 2VENA 1GYLA 2PC4A 1WAUA 5D33A 3HG3A 4TO8A 4AB4A 5F4XA 1QPRA 3M16A 3CWNA 3HQ1A 1VHCA 2CLMA 3NOEA 1K3UA 4JTHA 2VFDA 3NQVA 5KMYA 3W86A 4RZ5A 4FIRA 3HG2A 2QCLA 2YX0A 5EA9A 1ML1A 3CIXA 3MW7A 4OU1A 2E6DA 4Z0SA 1YXYA 3EX1A 3CLMA 1VRDA 3BW3A 3EWUA 1YYAA 2RKXA 1ZHAA 3WJWA 2QAPA 1GQNA 5K9DA 4AVFA 2CLFA 4UMBA 4O50A 4KFNA 5CG7A 1ZAJA 1JULA 3B8DA 4HN4A 4XKYB 3M44A 4K38A 3UWVA 1K8XA 2ISWA 3BV4A 4ORIA 1WXJA 4JXCA 5A8GA 3W7IA 5D38A 3W07A 3M5VA 4O11A 5LHFA 3LB0A 2ZRYA 5KSWA 2OT0A 2QCFA 4MUZA 5A5WA 2HTMA 4Z1CA 4YCPA 3L2IA 1PL9A 1VHNA 3LBMA 3NXFA 3G8RA 4LY8A 4MJZA 2C1HA 1E51A 1OFDA 2NX9A 2OJPA 2ZZ5A 1ONRA 1WDWA 5I3KA 4O18A 1QMLA 4O16A 3EX2A 3OHIA 1KW1A 4H6KA 5F2LA 3GLCA 3IIOA 4CCCA 2BTMA 2FIQA 3QJAA 4UTLA 3LI1A 1A5BA 3CQ0A 3SGZA 3G1SA 4TX9A 3W9ZA 1MEIA 1FDJA 3MUXA 4S2BA 5AC8A 4K8EA 3MMTA 3QPYA 1UBSA 3PWAA 3EWZA 3DHDA 1TRIA 3CU2A 1V5XA 3LCFA 3KHJA 4LS2A 3G3DA 3GK0A 3O63A 1KM5A 2A4AA 4GUJA 1PHQA 3W71A 3T4CA 4TR9A 3QRHA 2QCMA 4O1DA 3UPWA 4O19A 3G3MA 1LM1A 4WY0F 4Y96A 3D0CA 4DF2A 4KFOA 4Y9AA 4QAIA 1TJRA 3I7SA 4GE8A 3STGA 1YLVA 4K7VA 3WK2A 4FNSA 4UTWC 4O54A 5DCDA 3FLUA 5KITA 1JRBA 2VFGA 4UFIA 3B06A 5I3IA 5DY2A 3DAQA 2FB3A 1M7OA 4J9JA 4R33A 2QF7A 1OYBA 1K8ZA 5H91A 4UFHA 3STCA 4MY9A 4NNCA 5BMWA 3L65A 1LBLA 4AWUA 1KM2A 1WYIA 1TV8A 4YWIA 1W8SA 2I9EA 4O57A 1WBJA 3S8HA 1DOSA 5U7SA 1KM6A 5F1UA 2BLEA 3DFPA 4HNVA 1LDCA 4LUIA 1OFOA 4UMAA 3FA5A 3NQ8A 5AYYA 2WSRA 3G1VA 1F2JA 4A22A 3P62A 3DKLA 4CQ8A 3WJYA 4NXSA 3M5ZA 2ZTJA 3LXCA 2Q8LA 1YDNA 3DKJA 2O7SA 2GUUA 5LNUA 2YFOA 1R30A 3NR0A 1FWNA 2ZYFA 3HO8A 2ATSA 2WQPA 1R46A 1ZCOA 1TB3A 4OGZA 4XTIA 4LTSA 3G24A 3EX4A 1P1XA 1FX6A 1XI3A 4C1LA 2JBMA 4RK8A 3W2UA 3S1UA 1WOAA 3LI0A 1TPUA 4RLIA 3QYQA 3HGSA 2E1DA 3UY8A 4LS0A 3WJXA 1YXDA 4AWSA 3GX9A 3UWWA 2D73A 3S5ZA 1LBMA 1JRCA 3MWAA 3NG3A 4JDYA 1FWRA 1WQ5A 3OG3A 1XM3A 1OFRA 3TK7A 4A2RA 4EF9A 1AW1A 3SR7A 1XUUA 3L0NA 2JKAA 4BFAA 1F73A 2ZBTA 1W37A 3BGJA 1BWKA 4FX7A 3KRZA 3W87A 3GNNA 1GYNA 4LVFA 4DBDA 1Q3NA 3E96A 5DXXA 1FDYA 4ZQRA 3W7OA 2WV8A 3L21A 3LLDA 2WSQA 4JX4A 2FFCA 4JTGA 4XZ9A 2P1FA 3BPWA 5CSRA 3EKLA 5CPLA 2DP3A 1FBAA 4KWVA 3UNDA 1QPQA 1TPB1 3UYCA 4A29A 1ICPA 3PF3A 1FXPA 2O7QA 3PR2A 1LRQA 4MZ1A 2Y7FA 2X2GA 3QH2A 3W2JA 5TIMA 1Z48A 3V1PA 2CZDA 1T99A 3TQKA 3TDFA 3S1XA 1RQEA 2RDUA 5E93A 3QQ0A 4NJGA 1D3GA 3P7YA 3IIPA 1NSJA 4D2JA 3SGUA 3BG3A 3MI3A 3NQAA 5K7JA 3NPVA 4O53A 4MY8A 2H8ZA 2G5WA 1RQBA 5G2HA 1OG0A 1F6KA 1FCUA 1LOLA 4HT3A 2PE4A 3PBYA 1DORA 3NQ2A 2CFFA 1ZAIA 1VYPX 1KFCA 2QUVA 4N6FA 3VNDA 1DJNA 5HQEA 1PS9A 1YDOA 3Q94A 3DH7A 3DFSA 3HIJA 3HJZA 1GOXA 3W3OA 2GQAA 3LXBA 3LCIA 1H51A 3KVMA 3PG8A 3C2VA 1DL3A 2FJKA 4IXXA 4PEKA 1ZENA 1FXQA 2ZZ2A 3G18A 1IXPA 4MFEA 4ORMA 3T7VA 1KBIA 3EWYA 3W7KA 3LHYA 3O6CA 1J5TA 3NM3A 2R94A 4NNAA 3ATZA 1AL7A 1J4EA 4N02A 3R12A 2Y61A 3W7MA 2VKZG 3LCXA 2EHHA 4QSHA 4DELA 5D2XA 4MOZA 1AL8A 5F4SA 3HPXA 3UZ5A 1GVQA 2Y62A 3PSVA 5G2IA 3W7HA 1H61A 3LGEA 2QJGA 1KFBA 5HULA 2HMCA 1H5YA 5GVJA 1FWSA 3P81A 1OX4A 5EL1A 3M5YA 1UUOA 5CPMA 3BLEA 2VFIA 5K9XA 4POCA 3UWZA 1AG1O 1XC4A 1W5OA 3S5OA 2YXGA 2H6RA 5C6MA 1YTEA 4NU7A 3VE9A 3L0GA 4JYEA 3PAJA 1G6CA 2WJZA 3JRKA 4OV4A 1XBVA 1EPXA 4JNMA 4NNBA 1JVNA 1SFJA 1TTIA 1XBYA 2E5CA 3TROA 4UTKA 1H62A 3NQCA 1C29A 2ZZ1A 1T96A 3ELFA 5D09A 1TV7A 2HS6A 4XBSA 1AMKA 3IGXA 3EXRA 2F84A 4O13A 1GVSA 2JK2A 3QMTA 1HTIA 5D2TA 1LTDA 3W1TA 1S5WA 4AWTA 2CLEA 2LLEA 3TAOA 3USBA 1WV2A 1KTCA 1FCVA 4K8HA 1LYXA 1A50A 1FY6A 1KFKA 1KFLA 4O1BA 3LHWA 4XKYA 3EX3A 3KVKA 1HUVA 1O5KA 4Q4KA 2A7RA 3KX6A 1HL2A 1W3NA 3GXNA 1EWEA 2EAWA 2A21A 1OABA 4CNOA 1EP1A 3HF3A 4LVAA 1RV8A 1KA9F 5EMUA 2NZLA 2H8XA 5CPNA 2FPVA 3RMJA 3W7NA 4LVDA 4P2VA 1WOBA 2E6YA 1YTDA 2FB2A 3L67A 2B7QA 3L66A 3E9AA 4IMFA 2VEKA 1SZEA 5C2XA 1ICQA 2VC6A 1GG0A 5FEPA 3G1XA 2AAMA 4WY0A 4LC6A 4AAJA 1SFLA 2JKEA 1TO3A 3LCLA 4ICNA 4TIMA 3G8EA 3LTPA 4TMBA 5G4EA 2Y7EA 4LV4A 2NWSA 3S42A 3A9IA 1I2RA 3T44A 4ADUA 2X30A 4QIUA 4GRSA 2Z6IA 3STFA 1MXSA 5D05A 1ZY9A 1B4KA 2Z1BA 1GPWA 4O14A 3WK1A 1OVDA 3W1MA 1LOSA 4XBKA 2DJLA 2ZCGA 4WUIA 1M6JA 4M5PA 2Z2UA 1VCGA 3BARA 3O8AA 4UFMA 1VH7A 1VPXA 3A24A 2C0AA 5L6UA 5AHEA 4FXSA 4DO6A 3TH6A 3TKFA 1ZNNA 1O60A 3R13A 5D03A 2QDHA 1KM4A 3N73A 4N4QA 3NPXA 3MI6A 3BLIA 1P0NA 3OVRA 2ZZ6A 4ADSA 2ZRWA 1VR6A 1ME7A 5CZSA 3IVTA 2WPBA 1SZGA 3LCWA 3W7PA 2B4GA 3DBPA 5G4WA 2GJLA 4E38A 2ISVA 1PIIA 2FQIA 3F4WA 1BEUA 1I8JA 1W54A 5DY3A 1LRTA 3TAKA 1K7FA 3EWXA 3N19B 4DF1A 5F2GA 1U83A 4IXHA 3W73A 4XQ6A 3L5LA 3TW7A 5D2YA 1R47A 5FEWA 3O05A 1EA0A 4FNUA 4XUGA 1JR1A 1QOPA 4GUFA 3NM1A 4OBTA 1OX4B 4GBUA 3CIWA 3B0PA 3Q2DA 3UWUA 3P5ZA 5LZLA 3NQEA 1ME8A 2ZZ4A 1OX5A 2QJHA 3GR7A 3H54A 1GG1A 4CLMA 4N9EA 1YPIA 4PA8A 1KTBA 3C2FA 2QUTA 2BWGA 4YXGA 4HKPA 3P74A 3W1XA 2G96A 4GC4A 2V5LA 3TCEA 1ICSA 1ZALA 1GVOA 4R34A 5MHBA 3TMQA 3GXTA 5LNVA 3R2GA 5D30A 4XTDA 3NA8A 5EKYA 2Y7DA 4OWGA 4YMZA 3TSMA 1Q6OA 4IMDA 3F1QA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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