2XG9 | Genus

Total Genus 191

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	191
sequence length	487
structure length	487
Chain Sequence	VNVKGNYVQVYVMLPLDAVSVNNRFEKGDELRAQLRKLVEAGVDGVMVDVWWGLVEGKGPKAYDWSAYKQLFELVQKAGLKLQAIMSFHQCGGNVGDAVNIPIPQWVRDVGTRDPDIFYTDGHGTRNIEYLTLGVDNQPLFHGRSAVQMYADYMTSFRENMKEFLDAGVIVDIEVGLGPAGEMRYPSYPQSHGWSFPGIGEFICYDKYLQADFKAAAAAVGHPEWEFPNDVGQYNDTPERTQFFRDNGTYLSEKGRFFLAWYSNNLIKHGDRILDEANKVFLGYKVQLAIKISGIHWWYKVPSHAAELTAGYYNLHDRDGYRTIARMLKRHRASINFTCAEMRDSEQSSQAMSAPEELVQQVLSAGWREGLNVACENALPRYDPTAYNTILRNARPHGINQSGPPEHKLFGFTYLRLSNQLVEGQNYANFKTFVDRMHANLPRDPYVDPMAPLPRSGPEISIEMILQAAQPKLQPFPFQEHTDLPVG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Chemical Genetics and Cereal Starch Metabolism: Structural Basis of the Non-Covalent and Covalent Inhibition of Barley Beta-Amylase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	BETA-AMYLASE
molecule tags	Hydrolase
total genus	191
structure length	487
sequence length	487
ec nomenclature	ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date	2010-06-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF01373	Glyco_hydro_14	Glycosyl hydrolase family 14

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	2xg9A00

4Z2JA 1JFHA 4MPKA 4AZBA 1W9XA 2VRJA 2V38A 1V08A 4N0RA 2ESCA 2J7GA 4QLJA 1M01A 3TONA 1DWFM 2DPEA 2F61A 1RPKA 4IPLA 2DT1A 1PAMA 3VIIA 3K8LA 4RE3A 4U31A 1H11A 2ZUVA 3T2QA 3VIFA 4JFSA 1J01A 5HBFA 4YN5A 2W92A 3NIYA 2JALA 2JIEA 2CBIA 3CHEA 2VNCA 3SUVA 5ABFA 2J8GA 2J7HA 1C7SA 1M7XA 2VVNA 1GONA 3RM9A 1EIBA 3QR3A 4Z2KA 4BQ5A 2FHBA 2ZUSA 5AYBA 1WP6A 1IV8A 1WDSA 3PZGA 4GZEA 1W91A 4P7OA 2ZUWA 5CJ5A 1DEDA 3OZPA 2WSKA 1DTUA 5ECUA 3EMCA 2AAAA 3CZGA 3MSGA 1W2PA 5I24A 5ABEA 1CYGA 3EDEA 3KZSA 3NCOA 3VD9A 5DMYA 2XHYA 3BC9A 5D8ZA 1CZ1A 2Z1SA 1KR1A 2GSJA 4BQ3A 4ATLA 3PHAA 1B3WA 1W9PA 3SUWA 2ZUUA 3UG5A 2WMIA 2EPOA 3BCFA 3PZQA 1JI1A 4F9DA 2V3FA 3NJ3A 1CGWA 1PBGA 1AQMA 1M03A 4OBRA 1ZJAA 4QFUA 2YBTA 1VFFA 2FGLA 4MJ4A 4HA3A 4UQDA 1TVNA 1Z32X 1M04A 4MDPA 3OLIA 4UQBA 5E9AA 1JYNA 4B9YA 4MNLA 4ATDA 3GDBA 3VUPA 4CD8A 5HPCA 4PRWA 1GUVA 3W29A 4WSKA 1HP5A 3ZT7A 4IUGA 3LPGA 4C7DA 3PZ9A 3WEOA 1B30A 4P7LA 5GNZA 1E4LA 1JGIA 1SYTA 3WNLA 4TTGA 3SCWA 3RO8A 2E40A 2J75A 1X6NA 5BYWA 4PCTA 4GZJA 4WIWA 4PUEA 1H3GA 1MXDA 3CHDA 4A4AA 3BXWA 1RH9A 3CGTA 4PMVA 4XB3A 5E70A 3N17A 5BCAA 3ALFA 4JFVA 4W87A 1HVXA 3CZJA 4KGJA 1V02E 3CTTA 1V6VA 4B3KA 5A8NA 3SCRA 3S2CA 1V6UA 1FH9A 5A8OA 1E6ZA 3VILA 3D3AA 2WVVB 1U30A 3M07A 3BAKA 3GBDA 1WB0A 3WUFA 4CD4A 4H2CA 3U5UA 2ZUMA 1W9VA 1KQYA 2ZX6A 4AWEA 2VQUA 5FL0A 1R85A 4LQ1A 2X09A 1JZ8A 1ZBVA 4W7UA 5A6KA 1PZ2A 4W5ZA 3WF1A 3PN8A 1E15A 4AEEA 1ISXA 3PZOA 2E3ZA 3T0AA 2WXDM 1J11A 3W28A 1YHTA 2O9TA 3PZTA 1TG7A 4UFHA 1BG9A 2W67A 1CXFA 4TXEA 1KWGA 4EANA 1QBAA 2XIBA 3UG3A 1JIBA 4GI6A 1K9TA 4P7RA 1LG1A 4W8AA 1V3LA 3ZT5A 5E09A 2BNJA 4QLKA 1QW8A 3CO4A 3EDKA 4HOZA 4GIAA 4URIA 2J79A 4CN4A 1LL7A 1MQPA 2WCGA 1GVIA 1WZAA 3HMCA 7TAAA 4AC1X 4ZE4A 1GQKA 4UQ9A 5FL1A 3PTMA 5GNYA 5D9OA 4AZ5A 1E6SM 3L2MA 2JE8A 1O7AA 3UR8A 1QNQA 3JUGA 1C90A 4AISA 1WE5A 1BPLB 1I1XA 2DT3A 3MUIA 3II1A 2XM1A 4ML4A 3MANA 4Z2GA 4KWUA 1GJUA 5HNNA 5BXSA 1V3JA 3N11A 4H8UA 2E9BA 1ZU8A 1A3HA 1FHLA 2WKLA 5LA1A 3U7BA 1JZ5A 1KCKA 2ZX8A 1EHNA 1JI2A 1E55A 1UH4A 3OA5A 2UY2A 2Y24A 3WDRA 1B90A 4AMCA 3AIEA 1V3MA 3K8KA 5LA2A 2F8QA 3J7HA 3FW6A 3FN9A 5A95A 3VIPA 4B3LA 5IHSA 4PMUA 3WNPA 3S6TA 1CNVA 1NOFA 2YOCA 1QVBA 3CZLA 4M1RA 4MJ2A 3WUBA 4XX6A 3ZJ8A 4MNMA 1CIUA 3NUKA 4GXPA 5CQ1A 5GNXA 2WLZA 4TVUA 1VIWA 4M80A 3ZO9A 2CETA 3LPOA 3W6LA 1XYZA 3CMJA 1C93A 1DWIM 1QOXA 1XCWA 4W5UA 3ARRA 4NZCA 1CXKA 4DM1A 1J0ZA 2WVSA 3ZR5A 2VX4A 4HA1A 2VCBA 3O2LA 5DT7A 4IM4A 2EQDA 4PYSA 1MFUA 3WNKA 1CXEA 1VRXA 3MV01 2XVLA 3FHAA 2VTFA 3DHPA 4TUFA 4ZXLA 4UFLA 2VX5A 3GH7A 4ATWA 3BAIA 4AZHA 1E5JA 5I2UA 3VGDA 2PI6A 2D0FA 2YKKA 2RGMA 1E0XA 4FMVA 2XIIA 4OKDA 3SCVA 1XGZA 3W53A 3QHMA 5EBAA 3FHQA 1V0MA 5ABFB 4AY1A 5AC5A 4AZGA 3WMCA 4S3JA 4XZBA 3ZM8A 3MUZ1 4S3KA 1W2VA 2RGLA 3BMVA 5I78A 1UH3A 5BXTA 1G0CA 1NOWA 2UY3A 1UKSA 2VX7A 2FHFA 3APGA 1XCXA 4M56A 1UKPA 1VF8A 1H09A 1HL8A 4PMXA 3BAXA 1TCMA 4FLOA 1EDGA 1NP0A 3AHXA 4UOZA 1E4IA 5D9NA 4TX6A 2VR5A 4QLLA 3VIOA 3GXIA 1DWGM 1E6NA 1JG9A 3BGAA 4U5IA 1EXPA 1QNSA 1HKMA 2BVDA 1NH6A 4JKKA 3WDIA 5KEZA 3W24A 3PTQA 2V5DA 4CD6A 4FF5A 1MQRA 2DIJA 2WMIB 3I3EA 3N13A 4M24A 1XD1A 3AMLA 3RMEA 1W1VA 1US3A 2EPLX 3KE0A 3CUJA 5I79A 2X2YA 1KXHA 4MAVA 3GXMA 3VPLA 1NWTA 3AYSA 1H0GA 4AD3A 3AZSA 2DH2A 2VRQA 3WD2A 1R87A 2XGBA 3WQ5A 1JD9A 1HKIA 1UD5A 2Y5EA 3PZIA 3CZ8A 5HOSA 4AZ6A 3KWXA 2WKGA 2XFFA 1CXIA 1K9EA 3VDHA 1CGVA 2CBVA 5IDIA 1GOOA 1FH7A 5CXPA 1KQZA 4UQCA 3VDBA 3T0BA 2XYLA 4E8CA 2G3MA 2ZX5A 1KGUA 4AD5A 4WLCA 1HJXA 2WNWA 1E4MM 1KXQA 2ZWYA 2BY3A 3IAQA 2VOTA 1K6AA 1QHPA 4FLQA 3CBWA 3F4VA 3MKKA 1CLXA 3B9EA 4LYPA 3NSXA 4P7NA 2WCSA 2CBJA 4F79A 2JIWA 1OIMA 1VJSA 4HZ6A 2UWFA 3VX1A 5HXMA 4FLRA 2BXZA 3W25A 4KGLA 5E0FA 5AYIA 9CGTA 3NDZA 3QOMA 4U2YA 4AD1A 2XWDA 1E73M 2WVUA 3TTQA 2ZUTA 3OGVA 3GXDA 4CGTA 1OB0A 1GQJA 2XSAA 4DUVA 1OT1A 3DYPA 1R7AA 3BSGA 1W9BM 2BS9A 1EOKA 2CHOA 1W9DM 1D7FA 3EMZA 1V3IA 1HN1A 2D3NA 4YPJA 1EGZA 1TA3A 1NWUA 3K8MA 1BAGA 3AIRA 2J77A 2J78A 3WEMA 1E56A 5A2BA 2WM0A 2QMJA 5D9MA 2VMFA 3AIVA 1B31A 4AZCA 4QDMA 1JDCA 2V5CA 3GTNA 4D6DA 3K4DA 4CD5A 1DWJM 3G6MA 1B9ZA 1JZ7A 4MDOA 1F4AA 4K68A 3GH4A 1UD3A 3AI0A 4U33A 3VMPA 1WZLA 3LMYA 5E6YA 1MW1A 4MNKA 4Q7NA 4RL3A 1G1YA 1WCGA 3AS0A 1K9FA 4CCCA 4PMOA 1WPCA 1V0KA 3NSNA 3UCQA 3VKKA 3AHVA 3FAWA 3W38A 1X6LA 4PN2A 3OG2A 1XYFA 2Y8KA 1HP4A 4DUWA 1BVZA 3NSMA 1GQIA 1GQLA 1QNRA 4JFTA 3VNYA 2ZWZA 4CUCA 2ZICA 3E1F1 4UNIA 4DUXA 4CKQA 2J62A 3O6AA 3OZOA 3ARYA 4P7QA 1L0PA 4J3XA 4HMDA 1E40A 2QV4A 3RJXA 3DHUA 3VIJA 4HMEA 3AS1A 1FH8A 2J7CA 5BXRA 2AOSA 3AHYA 3WQ8A 1E6PA 1VJZA 3KL0A 4EE9A 3B9AA 3AIUA 3L4ZA 2G3JA 4PSRA 3SCQA 1JF5A 4TOQA 2E0PA 1TFVA 1KXVA 2A3HA 4J3SA 3VIKA 3AHZA 3SIMA 4MB4A 4HP5A 2BVYA 2XVPA 1E3XA 4V27A 4WF7A 1C8YA 2VVSA 1S46A 1HJUA 2EO7A 1B3YA 3WH9A 1M53A 4JCMA 4GZIA 5D9PA 1UWQA 3AZTA 1EO7A 1UR8A 2EBNA 3OIHA 2VJXA 1PPIA 2A3AA 2TAAA 3IJ8A 3L4TA 1QPKA 3ZR6A 2FGZA 1CTNA 5BRPA 1ESWA 4JAWA 2PWEA 4CU8A 1UUQA 4HA4A 3RM4A 4U5KA 1HIZA 4L4OA 5EB8A 3DECA 2GJPA 4MB5A 4X9YA 2A3EA 3W37A 1J0IA 4UQAA 3D5HA 4LGXA 2ZXBA 5FCZA 2GDUA 3L2LA 1ODUA 3AIBA 1H49A 1JDDA 1SMAA 4P8VA 3BCDA 4AIOA 3OLEA 1JYWA 4HZ7A 2W5FA 3BAJA 1H41A 3I3DA 3WKZA 2IUZA 4XV0A 4JFUA 4AYSA 2AMGA 3SCSA 2BFGA 3A4XA 1OBAA 1TVPA 3WBAA 2CITA 3MMUA 3WMBA 1F4HA 3THDA 1E4NA 1Q4NX 1QW9A 1UD2A 3WUGA 3CHCA 2HVMA 1W3KA 4LYQA 2D22A 4W88A 1JXKA 4QCEA 1GNXA 5JBEA 5HDRA 1R7OA 1JZ4A 3RPMA 1UWSA 5A3HA 3SUSA 4PMNA 3UG4A 3RILA 3AROA 2VRKA 1PJ9A 4GPNA 1JNEA 2OSWA 3CUIA 4AIUA 1FA2A 4XZWA 1OINA 2DSWA 1E71M 2IXUA 4ACYA 2B31A 1B3VA 1AVAA 3GNOA 4PMDA 1OGBA 2XG9A 3VOCA 1QHZA 1J12A 2OSXA 1JAEA 2VZOA 5CG0A 4WKHA 4GI8A 1IT0A 1BLIA 2NT0A 2XFRA 1JD7A 2ZOXA 4D6CA 3QGVA 3VD4A 4BCEA 2NW0A 4GI9A 1OIFA 1FFQA 1X1NA 4J27A 1JNDA 1CGYA 4J3TA 5DT5A 1VFOA 3RJYA 4AD0A 3OB8A 2J7EA 2CKSA 1RD6A 1GOQA 7A3HA 2PWDA 3POHA 4UZSA 2O9PA 4UOJA 2QLYA 4D71A 4W7VA 3WFLA 3TOPA 2JF6A 1ZB5A 2VCCA 3AMDA 1KXTA 2PBOA 4W86A 2A3CA 2GVYA 1BG4A 1GOWA 3ARSA 4Z2HA 1US2A 2YJQA 3QHNA 4HU8A 1K9DA 3RIKA 4R27A 4OJYA 2PWFA 1LL4A 3CZEA 1GHRA 3WMSA 1J0JA 3M46A 1XRVA 1OSEA 3AICA 3ARZA 2BV9A 4D6IA 1CECA 3T08A 2WBKA 1J0HA 1PIFA 2W91A 4HZ8A 4QCFA 2OWCA 1WAWA 1EDTA 1TA3B 3WNMA 1LG2A 1YQ2A 3N9KA 4J3WA 3EYPA 1LQ0A 3GNPA 4AZCB 3L4XA 1D3CA 1XC6A 1VEMA 2PC8A 2XJ7A 5CSUA 3N1AA 5CLWA 4F9JA 1CENA 4CD7A 3MO4A 4IISA 4MB3A 4CVUA 3AXHA 3WQ6A 3U7VA 3WQWA 5A94A 1C3FA 2WMJA 1ISVA 3FAXA 1UZ1A 5M5DA 1WDRA 5CGMA 1P6WA 4W93A 4D6FA 3AMCA 1U2YA 1UD8A 1W3LA 2JF7A 4PTMA 5AC4A 3UESA 1OD8A 1CGUA 1BYAA 1UWIA 4A3HA 3WH7A 3FNDA 1GHSA 3VINA 4HPGA 4UFKA 3EDJA 3PBGA 2CNCA 4UFMA 3RM8A 2WK2A 2BY2A 1FOBA 4RE4A 1OWQA 3EDDA 1UWTA 1JF6A 1B1YA 2QF8A 3VD5A 1W3HA 3AJ7A 1JZ3A 4M8UA 3N12A 2VO5A 3L4WA 1KBKA 1O6IA 1AQ0A 2J25A 3AMKA 1MVYA 1UA3A 1MW0A 1PEZA 1FP9A 8CGTA 1EDQA 4BA0A 1UKQA 4JHZA 1UYQA 5DO8A 4H8HA 5LA0A 1RP8A 4D6HA 2G41A 1BGGA 1NARA 2G3NA 3AYRA 4UCFA 1BYCA 1HF6A 1D2KA 1RP9A 5EFDA 1FFRA 4Z2LA 4M82A 3W81A 4D6JA 3IANA 3L4YA 2OLHA 4C7GA 1HJWA 1TR1A 3AOFA 3WF2A 1XHGA 1C8XA 1KB3A 5BRQA 3ZT6A 4AEFA 2XGIA 3SUUA 2CERA 3CHFA 1HX0A 3VIGA 2WZEA 2CPUA 3SCPA 2GDVA 4UTFA 3K1DA 1H0IA 1KWKA 2HISA 2GK1A 2YLAA 4EK7A 1BF2A 3WDJA 2X05A 2DSUA 3WENA 2E9MA 3W82A 5IHRA 2VL4A 1HT6A 2C8NA 2Y8VA 3WNNA 4X0NA 2XSBA 2DIEA 4JL1A 1TUXA 3RCNA 1B3XA 2VCAA 4TVDA 2BHUA 5I77A 2J4GA 4L4PA 2X0YA 2WB5A 1BYDA 3K46A 4KRUA 3VMNA 4Z2IA 1UQZA 2ZX9A 1JZ2A 3T2OA 3GXFA 1GW1A 4W8BA 1GCYA 2WMKA 5A8PA 3THCA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2BVT A;  4Q22 A;  3T0D A;  2DSK A;  3VGH A;  2WVV A;  4TX8 A;  4W8L A;  2YA2 A;  4OOU A;  3WDH A;  1I75 A;  2XWE A;  4H04 A;  2VI0 A;  3W6M A;  1QI3 A;  4V2X A;  5BRO A;  2D0H A;  3ZSS A;  1H1N A;  3WH6 A;  1MXG A;  2O9R A;  4HTY A;  3QHO A;  5IXE A;  1J18 A;  4AZ7 A;  4CN6 A;  3WY1 A;  4WJX A;  3SCO A;  1WDP A;  4CU6 A;  3AZR A;  2WBG A;  4GIN A;  3BAY A;  3CZK A;  1J0K A;  3VM7 A;  1JL8 A;  2V3G A;  4OIF A;  1V6Y A;  1E5N A;  2WC4 A;  3M7S A;  1C92 A;  5A1A A;  3A4W A;  3WFZ A;  4MAD A;  2WHJ A;  2YBU A;  1BGA A;  4KH2 A;  4NF7 A;  4PCS A;  3WF0 A;  3WL1 A;  1KFW A;  2EPM X;  3W27 A;  3AMG A;  4UQE A;  3TTY A;  3CH9 A;  4JKM A;  1UWR A;  5FKY A;  4AZI A;  1VAH A;  1KBB A;  3A6O A;  4E8D A;  4F8X A;  1BTC A;  1CWY A;  2NSX A;  2XM2 A;  4OBS A;  2EPN A;  1UZ4 A;  1AMY A;  2C7F A;  3WD3 A;  4V28 A;  1GOR A;  3VD7 A;  3VU2 A;  1QI4 A;  3WNO A;  1FP8 A;  4JZ5 A;  2DH3 A;  1UR9 A;  1LL6 A;  1PX8 A;  1VBU A;  2BHZ A;  4YHG A;  4D1I A;  2DDX A;  4J3U A;  2J7F A;  3ZMR A;  3WQV A;  1PZ3 A;  2EEX A;  5DEZ A;  1GOI A;  3EMQ A;  1OT2 A;  3SCN A;  2CBU A;  1NP2 A;  3A47 A;  2CCR A;  4M81 A;  1E1F A;  4PMY A;  5I3D A;  4PTX A;  3FXY A;  1AQH A;  4ACZ B;  5A2A A;  5A6J A;  1UA7 A;  3IAP A;  1H4P A;  3DYM A;  1GZJ A;  1G9H A;  1E72 M;  2UY5 A;  3MU7 A;  2BY0 A;  4EKJ A;  2O9O A;  1KCL A;  5FD0 A;  1SFS A;  5BWF A;  3BH4 A;  4CCE A;  3OLD A;  3GYC A;  2D23 A;  5CPS A;  2QPS A;  2J74 A;  1N82 A;  2GJX B;  1E6Q M;  1VEO A;  3GZA A;  3VGF A;  3VVG A;  3WD4 A;  1E43 A;  1J9Y A;  1CGX A;  3WH5 A;  5M3W A;  2Q8X A;  1UOK A;  3VX0 A;  3EBV A;  1Q6C A;  1GOK A;  4BS0 A;  5D8W A;  3NYD A;  2YL8 A;  3F5J A;  4B9Z A;  1W1Y A;  1H5V A;  2BY1 A;  3CUG A;  3OBA A;  1LF1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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2XG9A

Total Genus

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