1QOQ | Genus

Total Genus 98

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	98
sequence length	268
structure length	254
Chain Sequence	MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSLHHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASRA

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Salmonella typhimurium
publication title	Crystal Structure of Wild-Type Tryptophan Synthase Complexed with the Natural Substrate Indole-3-Glycerol Phosphate. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
total genus	98
structure length	254
sequence length	268
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	1999-11-15

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1qoqA00

2FDSA 4N6EA 1G67A 2D73A 3S1UA 3TXZA 2GQ8A 2NWSA 3KVLA 4ORIA 3UXDA 1W0MA 3Q94A 3MJYA 3CM4A 1JCMP 4BI5A 1ML1A 2GQAA 1TPVA 3GAYA 1VYRA 3I6RA 1H5YA 2CZ5A 4BFAA 3VNDA 2J9YA 3SIZA 1T8XA 1H7NA 2JK2A 1KBIA 1SZNA 4A29A 3W70A 1KA9F 4FNQA 1QPRA 1QPNA 3EX2A 3DENA 1LP6A 3TU9A 2J88A 3OG3A 3L0KA 4JTLA 2V8ZA 1FDYA 5U7SA 3PR2A 1OFBA 3R13A 1ME7A 5AHLA 8TIMA 3VKJA 5FF4A 4DQWA 1KM6A 1LZOA 5L6UA 4OHQA 1ZHAA 3FA5A 1T96A 2ZA1A 3G1VA 2BX7A 1NSJA 2OT0A 1RQBA 5D2XA 2A6NA 1KM5A 2JBMA 5HNRA 2R94A 2BSLA 3GDTA 2H3BA 4CQAA 3LM7A 4GXMA 3G8RA 4O52A 2Z0IA 1G6CA 3M1ZA 1W5MA 3W76A 4FNRA 3LOTA 4PL2A 4O57A 4DPQA 2QDHA 1SZEA 2NZLA 4HSNA 2A21A 1IGSA 3MW7A 1SO5A 3BLEA 4JTSA 2DZWA 4UTJA 1UBSA 3N9SA 3EWYA 1X8FA 2JGYA 2AGKA 3L0GA 1I2NA 1P1XA 3MP3A 2C1HA 2Q3RA 3G1XA 3EKLA 1H60A 4MY8A 2DP3A 4LS0A 5CG7A 5C55A 4FX7A 3QSRA 1SU5A 1WOBA 1OFAA 3AJXA 3SZ8A 4HSOA 4Y6GA 3UY7A 2WKJA 4UFMA 3IIXA 3O6YX 4ADUA 5BRBA 1FXQA 4ALDA 1LBFA 1RVGA 5DXXA 1PCWA 2A7NA 4N4QA 2X1SA 1LLZA 4GBUA 2FTPA 3VI2A 3D0CA 3IVUA 4X9SA 3NZ1A 3KVKA 1QO5A 1I2OA 3O16A 1ZFJA 1I4NA 3W2JA 2E1DA 1ZAJA 4XBKA 3W1QA 2C13A 4ZQNA 4TMCA 4O50A 1FX6A 1VS1A 3CQ0A 4FIQA 5CZSA 1UUOA 3ZR4A 1I2RA 3BW3A 2WNZA 3N14A 4O54A 3O6DA 3LXCA 3TSBA 1LOSA 1TPDA 1C9DA 3PS7A 4O0ZA 5A5WA 1FDJA 1PHWA 1WQ5A 1A5CA 3R12A 3U2OA 4ZMGA 3TAKA 1RZMA 2WPBA 4HPXA 2GVJA 1W5PA 5D02A 3CIXA 3AO0A 3GVGA 1OG0A 1Q6QA 3DFNA 4M6PA 4GFSA 1JQVA 3W7HA 1A5BA 4R7JA 4U28A 3C0JA 4ZVJA 3IIZA 5L9FA 1LDCA 4K7YA 3TJLA 3NQCA 4JTEA 1PVNA 5DELA 5FF0A 3N2XA 1LYXA 3DBPA 1HO4A 1WDWA 3NL5A 3S1WA 4MKNA 1HO1A 5LNSA 4RZ6A 1TJPA 1H7XA 1SSGA 3MO7A 3MHGA 4A2RA 3FOKA 1GQNA 1G7UA 4ZQMA 2YFNA 3STCA 4N4PA 1HFBA 3CIWA 4UTHA 2J27A 1A53A 1OFOA 2FPYA 1ZAIA 1HUVA 1JCXA 1ICSA 4LRSA 3CLMA 4LS1A 5D09A 3EX4A 1JUBA 3W73A 3RFAA 4GUJA 3A22A 2NUYA 3UD6A 1PHQA 3TV8A 1NVMA 4M7SA 4XKYA 1GTHA 2G5WA 4FEZA 4LC6A 3LCIA 2C6QA 2J9ZA 5G2IA 1GZGA 2DJXA 4LUJA 3PG8A 4JEQA 2B4GA 1OFPA 3LBCA 1VJIA 2PRLA 1B57A 3K30A 4YCPA 1GTEA 3QSTA 1EUNA 4N2YA 3HGSA 3IGSA 4MUZA 4QITA 3ABOA 1TPH1 1RD5A 3M43A 1XCFA 4WXYA 4GUIA 4XQ6A 1O94A 2FB2A 5AHFA 1H61A 4FO4A 4PC8A 2E5DA 3N9RA 4R53A 3CC1A 1D3HA 7TIMA 3T44A 1KLZA 5CSRA 3SW6A 2DZUA 4TO8A 3JRKA 3FFSA 5DXYA 5FI8A 4Z08A 1OFEA 2ATSA 1TTPA 2VC6A 2C3ZA 2VENA 4MOZA 1FBAA 3FKKA 3KRZA 1W3NA 3MYPA 5FF3A 4IUOA 5CPMA 1GVOA 4L4LA 2CLHA 4DO5A 3FJ6A 4IMFA 1H63A 4G1KA 3B03A 3M5VA 2A7PA 3R2GA 3Q2DA 3G1SA 2RHGA 4L4MA 3LERA 3BG5A 3C2OA 3QZEA 4PL1A 3P67A 1KFKA 1VQTA 2RDUA 1TQJA 1N55A 3H53A 3A24A 3VCRA 1VCVA 1W54A 1F2JA 1FY6A 4UMBA 3TMQA 3W7LA 2GVGA 4IX2A 5ABTA 4UMAA 3MI6A 1GVSA 2Q8ZA 3LHTA 4R33A 4ONVA 1DHPA 1F6KA 2QCHA 3W7PA 5AB3A 4NUWA 2Z2UA 3E12A 4MZ8A 3QJAA 4LVFA 4XZ9A 2NLIA 1VC4A 3NDOA 1M5WA 2NV2A 2TSYA 5I3GA 6TIMA 1CI1A 4S1FA 3I7RA 4UR8A 1KM1A 1Q6OA 3P62A 4OQVA 4UFLA 5FESA 2CU0A 3TW6A 2VEKA 3GX9A 1K3UA 2Y61A 3G24A 1TPEA 3KOFA 1H50A 4FX8A 1OABA 4GUFA 4HNUA 3W7KA 2YX0A 3LRKA 4I7VA 3LCHA 2FPTA 4IPIA 4LU0A 4DF2A 4Z1AA 2VEIA 4N9CA 3LGEA 4I7UA 3DFSA 4UNKA 5G1YA 5CGQA 5F4XA 3TA6A 1G7VA 3EX1A 1GYLA 3HG4A 1F7BA 3PWAA 3MP4A 2X1UA 3HG5A 4FNUA 1H7WA 2EKCA 3W2MA 3LXAA 1LTDA 5D2WA 2EF9A 4H3DA 1J4EA 4TR9A 1TV7A 5SWUA 2J24A 2C14A 2Z6JA 3SI9A 1H62A 1AG1O 3NM1A 1DJNA 3MMTA 2YZRA 3HOJA 5A8GA 2CFFA 5D32A 1XFBA 4O19A 1A5SA 4IXHA 3LXBA 2ABAA 3KXQA 4Y90A 4CCEA 4CLMA 1W37A 3ATYA 3PBWA 3W74A 2ZRYA 3GNDA 5C2XA 3G0UA 1TREA 3QPZA 3LLDA 3RMJA 4UTMA 1QR7A 3M5YA 1ALDA 1JCYA 3P61A 1TPFA 4ICNA 1GPWA 5CPLA 3KX6A 4NJJA 1FWNA 4NXSA 3P84A 2NX1A 2PE4A 1YTEA 1K8YA 1IIGA 1AK5A 1JR1A 1GT8A 3NR0A 1F5ZA 4JYFA 1V5XA 4IMCA 4JICA 4K37A 5G1TA 3W7IA 2BTMA 1TB3A 3S9YA 1KBJA 4HN4A 3W07A 4CNNA 3B0PA 1CW2A 4O28A 3BW2A 3RLVA 5HR6A 1DV7A 4IJBA 3SY5A 3S6DA 4XTDA 1R2TA 2R91A 5HWMA 3C6CA 5CZJA 1OYAA 3NQVA 1F6PA 2DORA 3EWXA 3F1QA 3M44A 4PH6A 4N02A 3IVTA 3GR8A 3KHJA 5EMUA 2QJIA 1Z41A 2DU2A 5FEXA 2JKAA 3W7OA 3C52A 4AAJA 2I9EA 4TIMA 3L2IA 2QF7A 2TRSA 5DY3A 3CEUA 4Z1CA 1SQ7A 1ZENA 3S5ZA 2GUUA 1D3GA 5J5RA 2NV1A 3FKRA 4LTSA 2ZRUA 4R34A 3EWZA 5F1VA 5BW6A 3NVTA 3P8IA 2B7PA 5I3IA 1OFRA 3TCEA 2VFIA 2DZSA 2NXGA 3UWZA 1O4UA 1W3TA 5LNWA 1TJRA 3CPRA 5G4WA 2QEZA 5BMXA 5D2YA 1GYNA 4NNBA 4RZ4A 3W75A 4BI7A 2A6LA 2ZRZA 4MLJA 5LHEA 3W7EA 2ZZ1A 5FF2A 1QFEA 3W7JA 5LNRA 1QPOA 3TQVA 1M7PA 2Y63A 3G22A 1LRNA 2CLEA 2VFGA 2NX9A 4OT7A 3M0ZA 3CEPA 1I2PA 2E6AA 3EB2A 3NQMA 3QEZA 3OHIA 5K9CA 1SW7A 4HNNA 3HMJG 1NAL1 4LVDA 3VE9A 1FCVA 5AHEA 1KM0A 2QUVA 4E2DA 1GVFA 5EKYA 1WBHA 4FXRA 1JULA 2C19A 1OK4A 5AC7A 4GNJA 4UTWA 4AWUA 1OFDA 3IIPA 4JXCA 1O95A 1C29A 4ADTA 4JR5A 2QAPA 4X3ZA 3CWNA 1TMHA 2CLMA 4X2RA 1QOQA 1U5JA 1KM3A 3I65A 3M16A 1FXPA 2BLEA 1KFCA 1W31A 2RH9A 3C2FA 3QC3A 4WOQA 1JRCA 1W8SA 2HTMA 3SSJA 5I3HA 4O53A 1EEPA 1EIXA 2QCMA 3PC0A 4JN6A 4LNYA 1SZFA 2ZZ7A 4QSHA 5LKYA 3DFTA 4RCXA 3TMLA 4QQ3A 1FQ0A 4ZL1A 1B9BA 2KZHA 4K8HA 1SW0A 1IIHA 1GVQA 4EWND 1YLVA 5EA9A 4FB7A 3EX6A 3LCXA 3TXVA 2RFGA 4CQ9A 3T55A 5KTLA 3HJZA 4HKPA 2ZZ5A 4AHOA 5HWJA 3LRLA 1SFJA 3QW4B 4JIPA 1MEWA 4O4VA 3MBDA 4MY1A 4NX5A 2ZTKA 3N73A 4O13A 2A5HA 2YXGA 4JTKA 4KFNA 4OE7A 3FLUA 2A1YA 1F76A 1QWGA 1VLWA 4GUHA 2V81A 2VELA 4O17A 3RNDA 2NXIA 3W9ZA 2G97A 4UCGA 1TRIA 3R5EA 4JYEA 4J9JA 4JDYA 1R47A 4M6VA 4I9AA 5K9XA 2Y62A 3LHWA 1G4TA 3TFXA 1TIMA 5HJLA 5LNVA 1X7FA 4NJHA 1DVJA 1PIIA 3SECA 3W22A 2FB3A 3W1TA 3WFAA 5LZLA 2Y7DA 3QQ1A 4JTHA 2ZZ2A 3QMSA 3BLIA 1WX0A 1TV5A 3W1XA 4HNVA 3LRMA 1PE1A 3O05A 4Z0JA 3W1RA 3Q58A 3GAKA 3LV6A 3LTYA 5C5YA 4A21A 2WQPA 5D05A 1X1OA 3EWBX 4Q32A 2QCDA 4PA8A 1SO4A 3ZWTA 2B7OA 1G69A 3G18A 3LCGA 3MI2A 4YWIA 2Y6ZA 1L6SA 5DBUA 3GKFA 4UTKA 1ZJIA 3LI0A 1HTIA 5LGZA 1AL8A 5EY5A 4UFJA 4IPJA 5D2TA 1GJPA 3E96A 3NPXA 3NOEA 5F2MA 1ZY9A 3KRSA 1YDVA 1GG1A 1YADA 4K6AA 2QJGA 4AHPA 3HGJA 3QM3A 1UJPA 2Y85A 3UZJA 3BW4A 3G3DA 1WAUA 4HIBA 5FEPA 3F4NA 2OT1A 5F4WA 2YYTA 3DI0A 2QR6A 2XN1A 4HT3A 4LV9A 3TDFA 3IGUA 4JD4A 4RR4A 3W84A 4XKYB 2ISWA 3DFPA 3DXIA 4QIUA 3PB2A 1QAPA 1XL9A 3DHDA 4O10A 4DEFA 5AC6A 4O18A 1PS9A 1XC4A 4CCDA 3SFKA 1X1ZA 2V82A 2DZTA 4AH7A 5I3FA 3PG9A 3S5YA 3TFCA 3L67A 3KFTA 2OJPA 3LHVA 2CLKA 3NNTA 1SR9A 4KFPA 5H2ZA 4AF0A 2CLLA 3RF9A 2VFHA 1OX5A 4ZQRA 2R8WA 3BV4A 4JYDA 4H4IA 4UFIA 3DH7A 3UWWA 1EB3A 1THFD 2DZVA 4LRTA 3TSMA 4NJIA 3DHFA 1TQXA 2Y70A 1VCGA 3G1FA 3L65A 2DZPA 4RXFA 4OWGA 3HBLA 4X22A 4KKXA 3BARA 5EL1A 4QM1A 1TO3A 3NQ8A 4ZQOA 4PEKA 3NPVA 4MZYA 3WK3A 2E77A 2VOMA 3OVRA 2E68A 1DKWA 1KFJA 2GOUA 4AEOA 4Y8FA 4FXSA 4UMCA 4P2VA 3O06A 1TRDA 1GWJA 3PY2A 4LT9A 3MI3A 2PC4A 4MIMA 3THAA 3QRHA 1FWWA 3DGRA 2ZZ3A 3FYOA 3P5YA 3N19B 4DBEA 3N2MA 4UIOA 2FPVA 5DCBA 4AHQA 2CZEA 2PRMA 4BWLC 4YCOA 1F74A 4ZQPA 4UUIA 2ALDA 3PBYA 3I68A 4TMBA 5LHFA 1GG0A 3PBVA 3G3MA 1K7XA 3EX3A 3B06A 3UNDA 3P8JA 3A5VA 4K38A 3P82A 1K7EA 3NZRA 5I3JA 3FEMA 5AYYA 3W23A 4FNTA 1K8XA 1KW1A 3L5MA 4JY8A 1Q45A 3TK7A 4JS3A 2OMAA 2YCEA 4LS2A 3V1PA 4D2JA 3ABQA 3NL3A 2Y88A 4IGHA 3USBA 2NX3A 3EWWA 4MYXA 3QFEA 4H6KA 1W3IA 4HHPA 4MJZA 1YTKA 3M47A 1H7OA 1MEIA 5G5IA 5LNUA 4MY9A 1OYBA 4O11A 3DI1A 4NX0A 2XN0A 3F4WA 3HB9A 2LLEA 1R2SA 5KSWA 1WV2A 1W56A 3LBMA 1SO6A 4LOCA 5IM51 3QMTA 1ME8A 2YGYA 3TR2A 1H1YA 4GUGA 4O4WA 1W1ZA 1VYPX 3C4UA 3P81A 3GXNA 5CPNA 2I1OA 3CHVA 4FNPA 3G1AA 1HG3A 4JY9A 5DY2A 3UWVA 2YSWA 4B5NA 2PCQA 1P0NA 4LY8A 3S42A 2YYUA 5CZTA 1RQHA 4RX0A 3N34A 3W3OA 4DXVA 4UTWC 3LCWA 4WQ6A 5DN1A 1XKYA 3W7RA 4FHAA 4WD0A 3LB0A 5K9DA 3T78A 4JNMA 4Y96A 4AXKA 1NEYA 1OFQA 4GJ1A 4MVAA 1KV5A 1VRDA 2YPIA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1QOQA

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