2FLI | Genus

Total Genus 80

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	80
sequence length	217
structure length	217
Chain Sequence	TLKIAPSILAADYANFASELARIEETDAEYVHIDIMDGQFVPNISFGADVVASMRKHSKLVFDCHLMVVDPERYVEAFAQAGADIMTIHTESTRHIHGALQKIKAAGMKAGVVINPGTPATALEPLLDLVDQVLIMTVNPGFGGQAFIPECLEKVATVAKWRDEKGLSFDIEVDGGVDNKTIRACYEAGANVFVAGSYLFKASDLVSQVQTLRTALN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Streptococcus pyogenes
publication title	d-Ribulose 5-Phosphate 3-Epimerase: Functional and Structural Relationships to Members of the Ribulose-Phosphate Binding (beta/alpha)(8)-Barrel Superfamily(,). pubmed doi rcsb
molecule keywords	ribulose-phosphate 3-epimerase
total genus	80
structure length	217
sequence length	217
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature	ec 5.1.3.-:
pdb deposition date	2006-01-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00834	Ribul_P_3_epim	Ribulose-phosphate 3 epimerase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2fliA00

3M5YA 1PV8A 3FKRA 5DY2A 4EVZA 2ZBTA 4DPPA 3MI6A 3OVQA 3RFAA 1MEHA 2VFEA 2CW6A 1GEQA 1GTEA 1OFOA 1DORA 2ZZ6A 4UR8A 1C29A 2E6AA 3O07A 4NNCA 3B03A 3TC7A 3KVKA 1VCFA 1RV8A 3PBWA 1IXOA 3HB9A 4JYDA 4UTTA 3DENA 3MI3A 1F05A 2Q3RA 3CIWA 4X22A 4OGZA 5LGXA 3W76A 3S5OA 4UTUA 2WQPA 5K4XA 2YFOA 3WFAA 3TQVA 2DU2A 3QJAA 2CZDA 4KWWA 3PG8A 3RMJA 3P8IA 4UFKA 4MY8A 4UFJA 3IIPA 4MKNA 4O15A 2VFFA 4O14A 4BI6A 4WX2A 3QYQA 4I7VA 2QUVA 4IPJA 3PSVA 3NDOA 4CNOA 4LVDA 1KV8A 4M5PA 5E93A 1A5BA 4UTHA 4MFEA 1TTQA 4UFMA 5EBUA 3G1AA 1SO5A 4IXHA 5LNSA 1UASA 4MFDA 5HWJA 3W1PA 4X9SA 3GDLA 1GWJA 2JGQA 5D09A 1OX5A 4Y9AA 3G8RA 2WPBA 3UXDA 3BGGA 4YCOA 3EWXA 1RD5A 3IIZA 1K3UA 2TMDA 1KTCA 2QR6A 3IIOA 3QSRA 3TA6A 2V30A 1FWTA 3EX1A 2C13A 3P60A 2QJHA 1I2PA 3NPWA 3UY7A 1KLYA 3BK0A 5L9FA 1DHPA 3KOFA 4O1BA 3R89A 3FA5A 4O1DA 3NGJA 4QQ3A 3E49A 4DF0A 1G7UA 4QIUA 1YPIA 3ATYA 2VOMA 3W7KA 4WOZA 1A50A 1K8YA 4NJKA 3W7DA 2VEMA 1FCBA 5FEPA 2DP3A 3SI9A 1T99A 2CWNA 5DELA 3A24A 3G0XA 4BI5A 1T8XA 3FLUA 2ZTKA 4E0CA 5G5IA 5K2ZA 1DOSA 2NV1A 4A29A 3K30A 4O54A 1LROA 2KZHA 3W1LA 1GOXA 3BVJA 3UWQA 4NXSA 1HO4A 1TTIA 4IQLA 1OF6A 1NF0A 1ADOA 5CZJA 4JTJA 2ZZ1A 4GFSA 1LOLA 3M5ZA 4CCDA 3UD6A 1VYRA 3I7QA 3LXBA 3NR0A 3GR8A 1M7OA 3G18A 3C2RA 1UCWA 1YXCA 1GT8A 3M43A 3DFTA 3WK0A 1RPXA 1P1XA 2GVGA 3L2IA 4LC6A 3ABRA 3DFNA 1OFQA 4JICA 1TPDA 4IX2A 2EPHA 3G1HA 2E09A 2GJLA 5GVJA 1GYNA 2VC6A 3LRMA 4ZQNA 2W6RA 4H6KA 3NQGA 1W54A 4ZMGA 4LOCA 5BOOA 4JD4A 5CPMA 2DZXA 3IIVA 4FEZA 2G97A 3L9CA 5AHFA 1G7VA 3EEGA 1D3GA 1O5KA 3QFEA 5CKSA 2J27A 2R8WA 4JY8A 1LORA 1EP1A 1ZCOA 1DV7A 1E51A 1AW2A 1XXXA 4O10A 1VCVA 3M7WA 4E2DA 3W7IA 2GUUA 4KFPA 2TSYA 5HR6A 4N6FA 3PVFA 4IOTA 4LT9A 3W7QA 1ZAIA 3IGUA 2GQAA 1DJNA 3LCFA 5L6UA 3KRZA 2ISWA 3IIXA 3LI1A 5D05A 3TMQA 5J5RA 1SFJA 4OV4A 1N7KA 4MY1A 2O7QA 3W86A 4DBDA 4LS0A 2FB2A 2YGYA 2F7FA 5BMXA 3EWZA 1H61A 1KFJA 5A5WA 3LRKA 2GVLA 2E1DA 1XUZA 1VYSX 2YPIA 1SZFA 5TBOA 4HNTA 3HJZA 3LRLA 1VR6A 4IMGA 3WJYA 3LCIA 3TV8A 2AQWA 1I8JA 3GNDA 3PBYA 3GB6A 2RKXA 1EX5A 5C54A 1DBTA 2X30A 5FEWA 1THFD 3DFOA 1YDVA 4HSOA 3P82A 2C18A 1NSJA 3TW6A 4XBSA 1ZJIA 3M1ZA 3EXRA 4CNPA 3QW4B 5AB3A 2RDWA 3LCLA 5IBXC 1QR7A 3G0UA 3DFPA 1VLIA 4LV4A 4LC8A 1KM4A 1AL8A 4GC4A 3GR7A 1ZENA 5FF0A 2DZUA 4NJHA 3B04A 4I7UA 1TJRA 4NVTA 2OCZA 1AMKA 1P0NA 4GUJA 3ZWTA 1ZALA 3TROA 2BSLA 4NX0A 3PC0A 3PY2A 4FNTA 4ZQMA 5BRBA 3BW4A 4HSNA 5CPOA 1JRCA 4JTSA 3HBLA 3EX3A 4JN6A 4MIMA 4ADUA 1QOPA 1X1ZA 2Y7GA 3P62A 4S2BA 1G4PA 5EMUA 1G4TA 4N4QA 2NX3A 3LCXA 5F1UA 4UUIA 3KVMA 1SSGA 3N9SA 3N19B 4FHAA 4FIQA 1GQNA 5CSRA 3NNTA 3GVGA 3LXAA 3IGXA 4PH6A 3TJXA 1J4EA 4POCA 2X1UA 4CQ9A 1ICQA 5H2ZA 3S9YA 2V5BA 2ZRZA 3GDTA 3LCGA 1LYXA 1VLWA 3SW6A 3NL6A 5D38A 5DCBA 4NJIA 3PF3A 1H62A 4IMDA 3TQKA 4PA8A 1H7PA 3NAVA 4JXCA 1LOQA 2VFIA 3W2MA 3IRDA 1HFBA 1SZGA 1AG1O 1TREA 3R8RA 2NXIA 3B05A 4M6PA 1ZAHA 2FDSA 4PTNA 4WOQA 3I7SA 2XFWA 4RX0A 1KV5A 3LCHA 2C14A 1HG3A 3PAJA 3W74A 4FNPA 2QUTA 4LV9A 3NVTA 2X1TA 3BG5A 3P5YA 4MZYA 1S5WA 1PCKA 1YXDA 3STFA 1G69A 2EGZA 1X6UA 5HWMA 3MBDA 3LLDA 4UIOA 5F4WA 4ZQOA 1K7EA 2C3ZA 2GJNA 1WXJA 2P0OA 5F2IA 3SIZA 3KFTA 5HJLA 2E5CA 1TMHA 5EYWA 3M5XA 3W1RA 3NPUA 1J2WA 1TPFA 4P2VA 4DO5A 1FWNA 1K02A 1CX9A 1F76A 4TMCA 2A2IA 2Q8ZA 4PEKA 3W84A 2ZZ3A 3PWAA 1F6KA 2A7RA 1F74A 4R33A 3S1VA 3PG9A 2E6YA 3NQMA 4XTIA 3A21A 3RLVA 3TJLA 2W0UA 3FS2A 4E38A 2CZFA 2H90A 1YTKA 3UZJA 2TRSA 2CZ5A 4O57A 4QNEA 2C1HA 2J9ZA 4N9DA 4LVGA 5H91A 5FF3A 2ZZ4A 3LERA 1WDWA 5LSMA 3W7MA 4LS1A 5HMSA 2QCHA 1TPB1 2VXNA 4RXGA 3EWYA 1AW1A 1L6SA 3MYPA 2AAMA 1J5TA 3VE7A 4MYAA 2V2HA 3C52A 4ICNA 5TQLA 1JCJA 3NL2A 1VH7A 1LDCA 4TU1A 4O0KA 3LHYA 1O4UA 1S5VA 2A5HA 2WSQA 3U6WA 1I45A 3OHIA 1TCDA 1EIXA 4O4VA 4RXFA 4K7VA 3QRHA 2NX1A 3W1QA 1IGSA 1OYAA 3F4WA 5D2VA 4ONVA 1VRDA 4RK8A 1QDSA 1K03A 3W7PA 3EWBX 3STEA 3NQFA 4UTLA 1A5CA 2WV8A 1JCMP 3C2EA 4MPQA 4GWEA 5D2TA 2ATSA 1W1ZA 5FF4A 4YMZA 3O16A 2YYUA 5FF2A 7TIMA 4UTWC 2CLKA 4KFOA 3W7EA 1GVFA 3QSTA 1AL7A 5D2YA 1KA9F 2B7OA 4AHOA 2CLOA 3A5FA 3NPVA 2H6RA 3HG5A 4JTIA 4BK9A 3MHGA 2GVJA 3E96A 1JCLA 3GAKA 3RU6A 2GQ8A 4UNLA 5KZDA 1EUNA 1H7RA 1HL2A 3UWWA 4UMAA 3W7CA 4MZ1A 1A5SA 3PSWA 3KXQA 4JTTA 4O50A 3HMJG 1ZHAA 1SW7A 4JTFA 3EXTA 4WQ6A 5DCDA 4QM1A 1ZNNA 5F4SA 1QPQA 3EXSA 2ZA1A 2ABBA 3FIGA 2RH9A 3L5MA 3W7HA 2Y7FA 4JYFA 3TX9A 4MUZA 1KFBA 1QO2A 3SR7A 4X3ZA 2F84A 3CU2A 4AMAA 1SO4A 1W56A 3CM4A 2CFFA 4O13A 1TPH1 3BG9A 3LHZA 5G1YA 1VHNA 3GXPA 3W87A 2FPYA 3DZ1A 3UNDA 1KM2A 4JX6A 1TB3A 3R2GA 3KRUA 3KVJA 4AWSA 3GIYA 1B4KA 1SU5A 3NEVA 5LHFA 3L65A 3MP3A 2FPVA 3LV6A 3YPIA 2NXHA 4JTHA 4BI7A 4FNUA 1LM1A 4A3UA 2NUXA 3HG2A 1ZFJA 3QMSA 2ZZ2A 5AOUA 3SFKA 3V1PA 5HR7A 3QEZA 3G22A 4UTWA 1GJPA 4LUIA 1OJXA 3B06A 3L0KA 4FX8A 1KFLA 1OFPA 2VFGA 1XBVA 3GKFA 3TSBA 3UXAA 4BF9A 2FQIA 3LM7A 2A85A 2Q8LA 1ME9A 4OHQA 1YTDA 4UCGA 3BLIA 1H50A 4Y6GA 3MP5A 4AXKA 4QISA 3WJXA 4AB4A 1TPEA 1RQBA 1TYGA 2R94A 4U28A 1EWDA 4N4PA 3CC1A 3U8GA 4IX0A 2BWGA 5DN1A 3THAA 1V5XA 2A6NA 2EHHA 1WX0A 1LTDA 4HHPA 3PBVA 3STGA 1QPOA 5HINA 1XBYA 1KTNA 3HQ1A 1KFEA 2VEKA 4FO4A 1TPWA 3SJ3A 4IMFA 3NQEA 4JDYA 3I6RA 4DPQA 3ANYA 1LBFA 4UFLA 2DORA 4CNNA 1KFKA 3PUOA 2PURA 1H1YA 2QCEA 1TV5A 3DH7A 1KLZA 3L0GA 2V81A 4MVAA 3ZR4A 3W2LA 4PCFA 3W70A 5HNRA 1H7NA 1JQVA 3G8EA 2QCNA 1TQJA 1SSDA 3DFQA 4NU7A 3EX2A 1MEWA 2NLIA 1FBAA 2Y7EA 4CCEA 1I2OA 1PS9A 5I3IA 2CZEA 2DZVA 3W7NA 2OMAA 4R34A 1G67A 3HF3A 4DF1A 3VKJA 4HIBA 4JEQA 1H5YA 3THQA 5AHEA 2E5BA 4IUOA 3MW7A 3LCWA 3TE9A 4H4IA 1LRNA 3SSJA 5U7SA 3RNDA 3UWVA 3CQ0A 3HGJA 5SWUA 5T26A 3NQAA 1W5NA 1F2JA 5CZSA 1WV2A 2QCFA 1PHQA 1YPFA 2ZFAA 4JS3A 4NJGA 4DO6A 2QDHA 3W6YA 1VS1A 3F03K 3R5EA 4TIMA 4K6AA 3UWZA 3QC3A 3LOTA 1JQXA 2CU0A 1W5QA 3BLEA 3M5VA 2D73A 4DELA 4GUGA 5D03A 1F7BA 1FDYA 2HS6A 3SGZA 4O8RA 3PUDA 3LHWA 1ICPA 4XBKA 3BW2A 3S1WA 1TTPA 5F2LA 2YFNA 5G2WA 1JRBA 1EEPA 1Z42A 3O06A 5I3KA 2ZZ5A 3IVSA 3GZ3A 1FDJA 1XKYA 1SO3A 2RDTA 2NWSA 3B0PA 2QEZA 3DI1A 1W31A 3TK7A 1S3HA 4ZQPA 4C1LA 4D2JA 4XZ9A 1RQEA 2QDGA 2GQ9A 3HG3A 1ALDA 3C6CA 3GXNA 3P5ZA 1NAL1 1R2SA 5EL1A 3MI2A 3NQ8A 3A9IA 4GJ1A 5I3FA 4JTUA 3LHTA 2A6LA 5HWNA 2QCLA 3USBA 3PB0A 3GDRA 3N34A 4O53A 1H63A 3E12A 1QCWA 3C8FA 1EUAA 3OBKA 1DVJA 3QQ1A 2ZRVA 4DF2A 1BWLA 4CQAA 1VPXA 4X2RA 2P10A 4AF0B 1NF7A 1Z44A 3TCEA 4JTKA 1R47A 3NL3A 2V0TA 1QAPA 4NQ1A 5AN7A 4MZ8A 1PVNA 1QFEA 2CLLA 3IGSA 4JR5A 4MYXA 1W3TA 1L6WA 3LB0A 2QAPA 4JTLA 4Q4KA 4IJBA 2CLEA 3ZFHA 2WSRA 1GVSA 3N73A 4ALDA 4FX6M 3QPZA 4M7SA 5EKYA 3TQ0A 4FB7A 3HGRA 1LRQA 5DCEA 5CSSA 5D32A 3S42A 5K3VA 1O5XA 3C61A 4WUIA 4TO8A 5LHEA 3GX9A 3I65A 4ORIA 3S6DA 1PIIA 4I9AA 5CGQA 1M5WA 3DHFA 1QO5A 2I1OA 4H3DA 2EAWA 4QNWA 5DBTA 4HN4A 1GG1A 4N2YA 2HSAA 4Y90A 3NA8A 1ONRA 4O28A 2ZA2A 3KRSA 2NUWA 1MZHA 2ZYFA 3LXCA 3PBUA 2VELA 1HUVA 5D02A 1KFCA 4A21A 2YDAA 3L0NA 3P67A 1IXQA 1JUBA 1XI3A 4IGHA 4EIVA 3UYCA 1WA3A 4PODA 4UXDA 1WBJA 4BWLC 3PR2A 4UFIA 4FF7A 3TSMA 2JKEA 4WY0F 5I3HA 1W5MA 2VKZG 4O18A 1YDOA 3M41A 2Y6ZA 2GPTA 4UR7A 4KFNA 1FCUA 1YLVA 2ZRXA 3ATZA 3TH6A 3W1TA 5KSWA 2OX1A 3C2VA 3MWAA 5BNKA 4OWGA 1R2TA 1TJPA 2Z6IA 1GVOA 4S2CA 1KBIA 4Q32A 3TXVA 3D0CA 4YXGA 3O05A 4FIRA 4YLWA 4LVFA 1LP6A 5HQEA 2NXGA 1OK4A 1R2RA 1EP3A 2DZWA 2CLHA 3FYOA 2C15A 3N9RA 1X7FA 3W3OA 4PC8A 2EKCA 4PL1A 3W2UA 4PL2A 2A7NA 5C5YA 2A4AA 3EX6A 4ZQRA 3NM3A 2NX9A 1GG0A 1K7XA 3LDVA 2ZDRA 3UPBA 4GRSA 2EF9A 4QJ1A 1FCVA 3W1UA 4NXKA 3FJ6A 2HTMA 4HNNA 1EP2A 5AFDA 1SR9A 3DHDA 4NUWA 3IEBA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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