1OFQ | Genus

Total Genus 124

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	124
sequence length	347
structure length	343
Chain Sequence	VRILGYDPLASPALLQVQIPATPTSLETAKRGRREAIDIITGKDDRVLVIVGPCSIHDLEAAQEYALRLKKLSDELKGDLSIIMRAYLEKPVGWKGLINDPDVNNTFNINKGLQSARQLFVNLTNIGLPIGSEMLDTISPQYLADLVSFGAIGARTTESQLHRELASGLSFPVGFKNGTDGTLNVAVDACQAAAHSHHFMGVTHGVAAITTTKGNEHCFVILRGGKKGTNYDAKSVAEAKAQLPAGSNGLMIDYSHGNSNKDFRNQPKVNDVVCEQIANGENAITGVMIESNINEGNQGIPAEGKAGLKYGVSITDACIGWETTEDVLRKLAAAVRQRREVNK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

publication title	Substrate and Metal Complexes of 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate-7-Phosphate Synthase from Saccharomyces Cerevisiae Provide New Insights Into the Catalytic Mechanism pubmed doi rcsb
molecule keywords	PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
molecule tags	Lyase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
total genus	124
structure length	343
sequence length	347
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date	2003-04-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ofqA00

4BFAA 3FFSA 4EIVA 2ZZ5A 2E6AA 3MI3A 4ZMGA 1ZAIA 4IJBA 1O60A 1P0KA 5K9XA 4QQ3A 4NU7A 5D2WA 5HR6A 3UD6A 3C4UA 1IXNA 4JYFA 4OQVA 4HNVA 3HPSA 4QNWA 2V2HA 3W7JA 3T78A 1K8ZA 2AAMA 2Y63A 5E1QA 1KM2A 3NQCA 1VQTA 3M43A 4X9SA 4O19A 3UNDA 2A2IA 4HIBA 1P0NA 1IXPA 3S9YA 1CI1A 1KFKA 3ELFA 3P80A 3RFAA 1K7XA 1SO3A 3NQ7A 3W7QA 3TSDA 5IBXC 1C8VA 3M7WA 3EX3A 4N4PA 3ZFHA 3LHVA 4N9DA 3TDFA 6TIMA 5F4WA 5G2IA 1T0OA 3M5VA 3LERA 3LCGA 4NT0A 2VEKA 3EXTA 4O8RA 4UTUA 3STEA 3W7GA 1QWGA 4RXFA 4X2RA 2RHGA 3P5ZA 4M6VA 4FIQA 4AWSA 2JK2A 1W3NA 2CLOA 3P60A 2WSYA 2ZZ3A 5F4SA 3PBYA 1RQHA 4IXXA 3W6YA 1P4CA 5FF4A 2Z1BA 2VEPA 1OX6A 4LVAA 1G7UA 1WDWA 3O16A 3M47A 5CZTA 3P67A 2Q8ZA 1RQBA 2CLHA 1TSIA 4O54A 1VJIA 1HO1A 3FIGA 5T26A 1M7OA 1H51A 5I3FA 2VOMA 4WJEA 3KXQA 5AHIA 1BKSA 1G4PA 5EYWA 1VLWA 1EP2A 3TR2A 5FEPA 4OV4A 2QCHA 1QMLA 4UFJA 2Q8LA 1B9BA 1B57A 2QCEA 2DZPA 3WK1A 2B0MA 3BGJA 5I3JA 1CX9A 2P1FA 1JRCA 3M1ZA 4NZFA 1XCFA 3NG3A 3BG9A 2JBMA 2C19A 2X1TA 3G1AA 1ML1A 5CGQA 5J5DA 3U8GA 1JCJA 1FWTA 4N4QA 1M5WA 4O50A 2XN2A 1VHCA 5IBXA 1YXYA 3KHJA 3O6YX 1G6CA 2DZUA 2YR1A 3QPYA 3W7RA 5J5RA 1O95A 3LHZA 1JUEA 2JGQA 4CLMA 4RCXA 3IIXA 1OABA 1F76A 4LRTA 1OX5A 4QIUA 5KZEA 2A5HA 4FX8A 4FNQA 1XL9A 1X1OA 4H3DA 3VCRA 4ORMA 5BOOA 1XUZA 2VELA 1SU5A 4U28A 2VXNA 2C13A 3EX4A 3U2OA 3MI6A 2J9ZA 3NNTA 2IQTA 1W3IA 1VCFA 1SO4A 4CNOA 4HNNA 3QRHA 3STFA 1FCUA 3NM3A 2DZWA 3FJ6A 3O8AA 3TCEA 2O7QA 2YW4A 4M6QA 4XWUA 1XFBA 3NQ8A 4LVDA 3W7IA 4JR5A 3PWAA 5G4EA 3ABRA 3CEUA 1TO3A 3NPWA 3Q58A 4K36A 3W1NA 4XQ6A 3NQGA 1A5SA 3IVUA 3LM7A 4EVZA 3ZS4A 1A53A 1FY6A 4R53A 3L5AA 5L9FA 2WV8A 4MJZA 5HUPA 3G0UA 2CU0A 2Y6ZA 1RD5A 4XZ9A 2YSWA 4BR1A 4N6EA 5G4WA 1YTKA 1OFRA 1O5KA 1OYCA 3FLUA 4JIQA 3TFXA 4IUOA 1X6UA 1TJRA 1XBYA 3LDVA 5AC8A 4Y8FA 1KM4A 4Z0JA 3C2FA 1RV8A 1Y0EA 3W84A 3IGXA 4M19A 2Y89A 1G4TA 4NJIA 2I14A 3QZEA 5K7JA 2GVGA 2RKXA 1B4KA 5AYZA 1GTHA 5D2TA 3M6YA 1KFCA 4O15A 4O0ZA 3M5ZA 4A21A 3GB6A 3W83A 5CZJA 3QJAA 3S6DA 3WJYA 1NFBA 3IIZA 4UTMA 4ALDA 4UTLA 1A5AA 3UPBA 2ISVA 4IGHA 1S3HA 2TMDA 3VE9A 4HPXA 4MPQA 3QMTA 2YXGA 1R30A 4NJJA 5HWMA 1DBTA 3GNNA 6ALDA 7TIMA 4K6AA 3W7EA 3PB2A 2BWGA 3QEZA 3EXSA 5I3KA 4WY0A 3MMTA 1KV8A 4XKYA 4HNTA 1WBJA 1R46A 2Q3RA 2Y7FA 1C9DA 3EWZA 1OF6A 4HSNA 1OK6A 1YPFA 2UV8G 4FX6M 4LTSA 2BSLA 1TPC1 3TMQA 1H7WA 4AAJA 1NSJA 3MHUA 1KFLA 2ALDA 2QCFA 2RFGA 1EUAA 2R91A 3HF3A 1Z41A 3C0JA 3GDKA 1XI3A 3L9CA 3TIMA 3R89A 4ZQOA 4KKXA 1AK5A 4QAIA 4HNUA 1GT8A 4YWIA 4FX7A 1FUYA 2AGKA 3GYEA 3TW7A 5KINA 5E0KA 2X1UA 3VKJA 3IRDA 4XUGA 4CCDA 4OGZA 1GEQA 1QPRA 3NAVA 2H3DA 3DHFA 3KVKA 1HG3A 2CZEA 1DL3A 2RDWA 4C1LA 4S2CA 1TV5A 2J88A 2YFOA 2CZFA 3G1FA 4QM1A 1EB3A 1AL8A 3IVSA 3A5FA 3MI2A 3MYPA 3IIPA 4O1BA 3NGJA 3SY5A 4BF9A 1AW1A 3W22A 1ME9A 3A9IA 3KX6A 1ONRA 1OFOA 3NA8A 3FYPA 3NPVA 3A22A 3OVPA 4ZL1A 4JTTA 2QUTA 1I2QA 2V5BA 1HL2A 2JKEA 2OX1A 1B3OA 2FJKA 1YDVA 5H91A 1LOQA 3G1VA 3QMSA 1OVDA 2DZSA 5LZLA 2Q3OA 1H7OA 2V30A 2NXHA 4GE8A 4ICNA 1H1ZA 3BK0A 4PCFA 1TMHA 1W5PA 4Q32A 3B8DA 2HTMA 4O1CA 3HG3A 3ATYA 3A24A 4OV9A 4GXMA 4LVGA 1YXDA 1W54A 4O12A 3G1YA 2ZZ1A 3O05A 3IGUA 5FEZA 4NX5A 4JTFA 4OHQA 2XN1A 3W88A 3RLVA 4DBEA 5HJLA 2QUVA 1VHNA 2H8ZA 3B05A 1EX5A 2H6RA 1NF0A 1F2JA 1LRTA 4MOZA 3MO7A 4MYAA 4JTKA 3NR0A 4LC6A 2ZCGA 3AO0A 1JCNA 2NX3A 5AC7A 2E6YA 3NQ6A 5HNRA 1K3UA 5TQLA 4YLWA 5G1TA 3TK7A 3W76A 4E2BA 1EIXA 2GQ8A 2ZZ7A 4R33A 4N6FA 3U6WA 4LS1A 1KFBA 3OA3A 3W72A 1MEHA 1LORA 1JRBA 1TREA 4M5PA 1O5XA 2ZA3A 3LHWA 3N2XA 1FWWA 1EP1A 3EEGA 1D9EA 1E51A 1F74A 3PUEA 2Z6JA 1ADOA 3DFNA 4O16A 3HJZA 3C56A 4UFKA 1OJXA 3NL2A 4BWLA 4TMCA 3O15A 3S1XA 1B4EA 2QCLA 3IIVA 1TPUA 4QJ1A 1N8FA 1QO5A 5IM51 3HOJA 4UC5A 3NEVA 3QQ0A 1GJPA 1LTDA 2NZLA 4UR7A 3QF0A 3A21A 3C2OA 3S5OA 1FXPA 1IF2A 1LRNA 1TJPA 4DPPA 1EPXA 1QNVA 5EL1A 4O13A 4AHOA 3LCHA 4XTIA 4X22A 1JCLA 3USBA 5DXYA 3KFTA 4N9EA 4DBDA 4O18A 5HR7A 3OVQA 2CLLA 3MBDA 2CLMA 2YX0A 3HB9A 4CCEA 4IMDA 4EF9A 5EA9A 3M5XA 4A3UA 5DELA 4PL1A 1K7EA 2F7FA 4A2RA 2G96A 1RPXA 4O53A 3BLEA 4UFHA 1OFBA 4IMEA 4NQ1A 2H8XA 4Y90A 1FDJA 1LCOA 5CKSA 1FQ0A 5AHEA 4AXKA 1LBFA 3OHIA 5K9DA 3WK0A 2ATSA 5C2XA 4UNLA 4UTKA 2QUUA 3MWAA 1PV8A 3B0VC 5DBTA 3S5NA 3ABQA 4WY0B 2QAPA 4XKYB 1IXQA 4UMBA 1TPFA 3I7RA 5K2ZA 3NL3A 4LT9A 4JX6A 4AF0B 2AQWA 4O14A 2YPIA 3S42A 4TIMA 4CQ9A 1F73A 2WNNA 4JTSA 4N2YA 1XBZA 4O4WA 3ABOA 1TTIA 4PTNA 3CHVA 2GJLA 4IPIA 4WOQA 1VH7A 3V75A 2YDAA 3LTYA 2Z6IA 3KRZA 4ADUA 3NOEA 3DI1A 3LRMA 1OFEA 1TQJA 3MHGA 3SI9A 2QKFA 4IOTA 4XBSA 2YYTA 2A6NA 3CM4A 1WOAA 2E68A 1JUKA 1VPXA 4J9JA 2P10A 1F05A 5CPOA 3CWNA 5FI8A 4IXHA 1ALDA 3KRUA 4AWTA 3B03A 2J9XA 4HPJA 4RLIA 4ML9A 4YCOA 3LBMA 3PBUA 3E0IA 3ZWTA 3VI2A 4KWVA 4NNAA 3S5ZA 1ZNNA 1WOBA 2QJHA 3M5YA 1JJKA 5EKYA 1N55A 3DFSA 4Z1BA 4DXVA 4A29A 2FPYA 3HG4A 3UYCA 2NUWA 4GC4A 4RZ5A 5AOUA 4DELA 1I2RA 2V9DA 1TPDA 1VYRA 2PURA 4JTGA 1H61A 1F6PA 5DY2A 4BK9A 3LXBA 3C3NA 1MSSA 2ZBTA 3GX9A 5A5WA 4JX5A 4E2DA 4AHQA 1NAL1 2XFWA 1LYXA 3ATZA 2C15A 1KLYA 2V81A 4MLJA 1Z42A 4ZQPA 1SPQA 1LRQA 2V2CA 1G4EA 2EF9A 2ATMA 2QCNA 2ZA1A 3CWOX 1ZALA 3UWVA 2DP3A 2V82A 1HUVA 1H50A 1A5CA 4YCPA 3CLMA 2HMCA 5AHNA 3QYQA 3L0KA 4GWEA 1NVMA 3LB0A 1H7PA 1ZCOA 3PC0A 4UTHA 3LTSA 1JVNA 1Q6QA 1FBAA 4AWUA 3KVMA 1YXCA 1TRIA 2OCZA 3GVGA 2DJLA 4Y96A 1ZFJA 1VYSX 2J27A 4N02A 3HPXA 2D73A 3G1DA 3W73A 4D2JA 1TTQA 1F7BA 1TB3A 3UWYA 1OK4A 5D2YA 3KAOA 1YTDA 2PRMA 1YYAA 2WQPA 2KZHA 4I7WA 1D3HA 1OYBA 3NO5A 4WQ6A 1UCWA 3I6RA 3D0CA 1LBLA 2Y88A 3ZWSA 4JNMA 3EWYA 3LXAA 4QISA 3PG8A 3PUOA 4MJMA 3GXNA 3L0GA 3LI1A 3NPXA 2H3BA 4LC8A 4LNYA 4O1AA 2B7OA 3WJWA 3WK3A 4X3ZA 3QM3A 1YADA 2VC6A 2DORA 3JRKA 4O0KA 4A22A 2E09A 1TPEA 2ZFAA 2PE4A 1M6JA 3ZR4A 3DH7A 1FDYA 4O52A 1VCVA 3CC1A 2Y85A 2FPVA 2A21A 4AMAA 3P8JA 1PHQA 1LM1A 2WSRA 4R7JA 3G1XA 3TSMA 1R2TA 4O17A 5DCBA 3G22A 5AFDA 4ZZ9A 1OFAA 5LNUA 4UXDA 2NUYA 4WZHA 3UY7A 3P7YA 3DENA 1LDCA 1OHLA 1WX0A 1SUXA 3MYOA 2X30A 3LCLA 1KBJA 2LLEA 3L21A 2QCGA 4JEQA 3DKJA 2HSAA 4CCCA 4DEFA 1KM3A 4WUIA 2WNQA 2X1RA 3UXDA 5C54A 2NWRA 4A2SA 3VFLA 2VFFA 1KTNA 3F1QA 3TAKA 3BW4A 3CEPA 1GWJA 1TYGA 3GKAA 4JDYA 2BZNA 3I7SA 5I3GA 3L68A 5CPLA 2E5CA 1QO2A 4DF1A 3THAA 3W2LA 1TPVA 3GAKA 3LV6A 3G8EA 4RZ4A 3T7VA 1UJPA 4UCGA 3RF9A 3UPWA 3LXCA 1QPOA 2YGYA 3KVJA 3PUDA 4O28A 2HS8A 3B4UA 3FOKA 2OZ0A 1EP3A 1W5QA 1PL9A 4CNPA 2QJGA 1SW0A 3H55A 4DO4A 3UWUA 2YZRA 3TQ0A 4YMZA 4WX2A 1THFD 3G1HA 3PVFA 2PCQA 5HQEA 3QH2A 3DAQA 4JTUA 4NJHA 2ZYFA 3LCIA 5D03A 1XC4A 3L66A 3PSVA 4E38A 2A1YA 4NXKA 1W5OA 1XKYA 3LCFA 5CPNA 1X1ZA 1OFQA 4XTDA 4PFMA 3TV8A 3PR2A 5I3HA 3C52A 4LY8A 4JN6A 4P61A 3EX6A 2PRHA 3SSJA 2V8ZA 2QDGA 3TQVA 2Y61A 3O6CA 4UFLA 4Q4KA 1H5YA 2WPBA 3N73A 1K02A 3DFQA 5CZSA 1FWRA 5K4XA 4QNEA 3TNOA 4FNUA 1ZHAA 1JCYA 3TXZA 2ZZ6A 1JCMP 4LUIA 1W56A 4TMBA 4LRSA 3P84A 1SR9A 4NNCA 3P62A 3W7OA 3W1RA 5U4NA 5AHFA 3UZ5A 2H90A 1KW1A 4RKAA 4PEKA 3TXVA 2WJZA 4M7SA 1QOQA 2ZQ0A 3YPIA 2C18A 4JTJA 3W2NA 1JCXA 3MP4A 4Y9AA 2TYSA 4FXRA 1FCBA 3O63A 3IVTA 1Q45A 3FEMA 4XBKA 4FNTA 1W5MA 5D32A 3Q2DA 4ZVJA 3CB8A 3JS3A 3W1XA 4MUZA 2Z2UA 1VCGA 1R2SA 2I9EA 4GNJA 4EF8A 3WJSA 1VGAA 1HO4A 1T96A 3W7MA 3DFTA 3NQDA 3QSRA 1WXJA 4JX4A 3PSWA 2EHHA 5EMUA 3S5YA 1WV2A 3QQ1A 2CLIA 4R34A 3W7KA 3RK8A 3B0PA 2FIQA 4KFNA 2QCCA 3W2MA 1QFEA 1WA3A 4HT3A 4BWLC 1PS9A 2CLFA 1ICQA 5HWJA 1UUOA 3IEBA 2BXVA 2FQIA 3FA5A 4K39A 1KM1A 2A6LA 3W2JA 1QPQA 1TV7A 3KRSA 3MUXA 4CNNA 4NJGA 4LS2A 3GR7A 4FIRA 4C1KA 1GG1A 1LOSA 1KTCA 2OJPA 4OU1A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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