1OFQ | Genus

Total Genus 124

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	124
sequence length	347
structure length	343
Chain Sequence	VRILGYDPLASPALLQVQIPATPTSLETAKRGRREAIDIITGKDDRVLVIVGPCSIHDLEAAQEYALRLKKLSDELKGDLSIIMRAYLEKPVGWKGLINDPDVNNTFNINKGLQSARQLFVNLTNIGLPIGSEMLDTISPQYLADLVSFGAIGARTTESQLHRELASGLSFPVGFKNGTDGTLNVAVDACQAAAHSHHFMGVTHGVAAITTTKGNEHCFVILRGGKKGTNYDAKSVAEAKAQLPAGSNGLMIDYSHGNSNKDFRNQPKVNDVVCEQIANGENAITGVMIESNINEGNQGIPAEGKAGLKYGVSITDACIGWETTEDVLRKLAAAVRQRREVNK

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Lyase
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	Substrate and Metal Complexes of 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate-7-Phosphate Synthase from Saccharomyces Cerevisiae Provide New Insights Into the Catalytic Mechanism pubmed doi rcsb
molecule keywords	PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
total genus	124
structure length	343
sequence length	347
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date	2003-04-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ofqA00

5IBXA 3P5ZA 5HWNA 3UPBA 5AC7A 4AEOA 5LNUA 3T7VA 3BW2A 3NXFA 2YFNA 5BNKA 1AMKA 1QWGA 3HQ1A 2EHHA 3LCHA 1TV7A 4DELA 1THFD 4WY0A 5I3FA 1LBMA 1GEQA 1FCUA 5D02A 1U5JA 1SZFA 3BGJA 2QF7A 1ZCOA 1YXYA 3NL6A 4JD4A 1NVMA 3EKZA 1MEIA 1XDLA 3BLIA 4JY9A 1VCVA 3TAOA 4K39A 3G24A 1GT8A 3GDLA 4N6FA 4MPQA 3L21A 1F6PA 1SU5A 1R47A 2WJZA 2DU2A 1XKYA 2X30A 3W87A 3TSDA 1F73A 3NQAA 1AG1O 4R34A 1SO5A 5G1YA 1X6UA 2C6QA 2E6FA 1JR1A 2E1DA 1I2OA 5F2GA 3C52A 2A4AA 1FCBA 1TRDA 5T26A 3Q2DA 3TMQA 3B0PA 1GG1A 1A50A 4JX4A 5K4ZA 1R2RA 4ZQCA 3TDFA 3LHTA 3GDMA 3O6YX 3CWNA 4W9TA 3GZ3A 4O1BA 3NL3A 4IMEA 1EPXA 1G4SA 5G2WA 1TTQA 1G6CA 4BI6A 3SY5A 3SSJA 2GQ8A 3W2UA 2PE4A 4WY0B 3LHUA 1VH7A 4I7WA 3W1RA 3Q37A 5BW6A 4MJMA 4JXCA 2Q8ZA 2VFDA 1TQJA 4FNPA 2OT0A 5LNRA 2ZZ2A 1TQXA 2ZTKA 1ZY9A 3C2RA 1K8ZA 3I7QA 1OX5A 3TQVA 4JYFA 2PC4A 2AAMA 3PUDA 1P0KA 3EEGA 1VZWA 2ZRZA 2R94A 2ISWA 4LC6A 4ADUA 2ALDA 2OZ0A 1B57A 1Q45A 3KRUA 5CPOA 1SSDA 3W85A 3NM1A 3LTPA 3IGUA 5HMSA 4QIUA 4LS1A 3P74A 2VFHA 2QDGA 2Q3RA 3AO0A 2CW6A 5TBOA 5F4SA 5C54A 4D2JA 4TMCA 3HIJA 1RQEA 3VFLA 3ZR4A 5D38A 4UNLA 5J5RA 3PVFA 5F4XA 5IBXC 3PC0A 5D2YA 1JRBA 1YADA 4ZVJA 1S5VA 3GXNA 1J5TA 4FB7A 3IVUA 3MUXA 3V75A 1SQ7A 3G1FA 2A21A 1ONRA 3P7YA 2V30A 1Q6RA 5DLCA 3DU0A 1YTDA 3CTLA 2QKFA 5DCEA 3WJWA 5U4NA 4IQLA 3BLEA 3PB0A 3HG4A 1H63A 3UY8A 4RZ5A 5FF4A 4MKNA 1QOPA 3I6RA 1JQXA 4JTJA 4JTHA 1H7OA 3TUUA 1DKWA 1JUEA 2RH9A 4OBTA 2DORA 1F76A 4RR4A 4CCCA 3O05A 1IIGA 2Z6JA 4N9BA 1OF8A 3LLFA 3P62A 4CQ9A 1MZHA 4I9AA 3STGA 4ZQPA 4UTIA 2ATMA 2CZEA 1YDVA 4X22A 3UZ5A 2BLEA 2VFEA 2FIQA 5AHLA 1SUXA 3GDKA 3EWUA 4DPQA 3SECA 2P10A 1FCVA 1D9EA 3IVSA 3LXCA 4Z08A 5GVJA 4HNVA 4BF9A 1RQBA 3LBMA 4IPIA 3TIMA 4UTMA 3ABQA 4MY8A 5CSSA 4UTKA 4YCPA 3UWZA 4OHQA 3OG3A 2HTMA 1L6SA 4AF0A 3C3NA 2GVJA 4XBSA 1TPVA 3D0CA 1SFLA 5TQLA 1H5YA 4JTGA 3HJZA 4MLJA 5AYXA 1QFEA 1UASA 3L5AA 2ABBA 1WBHA 2G97A 1ZAHA 2NV1A 2TRSA 3LI1A 3THAA 5K9CA 1W5OA 3UWVA 4N9DA 3W7DA 3JR2A 3W70A 3TAKA 1W3NA 2NWRA 3B04A 3LB0A 3T44A 3SJ3A 2QCNA 3E0IA 5EKYA 1RPXA 3CIXA 3HGOA 2VENA 2DZSA 3RMJA 1OABA 3TSMA 1N55A 1OK6A 4Y90A 5K9DA 3KAOA 3LDVA 1O4UA 4Y96A 2NX9A 3WK3A 4FNUA 3H53A 3KVLA 4QSHA 3W1XA 4DXVA 2VXNA 3C56A 1TMHA 5D37A 2ZRXA 2C0AA 3BK0A 5FEZA 4S1FA 4ADTA 1X8FA 5KZEA 4O14A 4O1CA 4TU1A 4HSNA 4AF0B 3S9YA 1TREA 2X2GA 1SO4A 2V82A 3M5VA 4NJKA 1LLZA 4O15A 3SFKA 1KM4A 5EA9A 3PWAA 4JIQA 2RDTA 3S0CA 4HPJA 2B4GA 3H54A 2E5BA 2FDSA 3GK0A 3V1PA 3CEUA 3BO9A 3O1NA 3TQKA 2F84A 3M41A 1C9DA 1IXNA 4OU1A 2FPVA 3FKRA 1ME7A 4Y8FA 1R30A 4AMAA 4QISA 1GVRA 3TFCA 4JX6A 3HPXA 3UQNA 2J27A 3IIVA 1ZFJA 3NQ6A 3MBDA 3S1UA 5LNSA 4NNCA 2A85A 4LRTA 4NZFA 6ALDA 5TIMA 4HNTA 1W56A 4MY1A 2CLHA 1R46A 3VKJA 1T99A 4K8EA 1LOQA 1TIMA 5I3KA 4BR1A 4O4WA 3BGGA 4PL1A 2X1TA 2ZRUA 2CLOA 1HL2A 3UD6A 2WV8A 1LP6A 4XZ9A 3CQ0A 4H4IA 1VRDA 3P60A 5AHMA 4RLIA 3M9YA 4UNKA 3I7RA 1FY6A 4P2VA 3W7IA 4O19A 5L6UA 2FFCA 4RK8A 1EA0A 3GAYA 3PB2A 3PAJA 1NFBA 3G1VA 1W5NA 2TMDA 2Z6IA 3TKFA 4FNTA 3C2VA 3NQ7A 5K7JA 4C1LA 1A5AA 1TPUA 1MO0A 3O63A 4LVDA 4E2DA 1YPIA 7TIMA 2QCCA 1K03A 5AYZA 4Q33A 1VCFA 3CEPA 3I7SA 3TW6A 3MWAA 4JNMA 4RXFA 3CHVA 1NAL1 4MY9A 3WJYA 1GYNA 4JTUA 4U28A 5C55A 1FBAA 1Q6OA 2GPTA 2HSAA 3PF3A 2Y88A 5C6MA 3U2OA 3M5XA 2WNZA 4AXKA 4RV8A 5G4EA 1RZMA 4K38A 4M19A 5LKYA 1GVFA 4JTLA 1WBJA 3QW3A 6TIMA 3NAVA 4HHPA 1QOQA 2XN0A 5DN1A 3Q94A 1SPQA 5F2IA 3B06A 5CSRA 1O60A 4PC8A 3G0UA 3TFXA 3RU6A 3A24A 2X1SA 3FIGA 3NZRA 1P1XA 4GE8A 3LCGA 4QNWA 2CLIA 3IGSA 4JTIA 1BTMA 1OFBA 4MUZA 4S2CA 3DH7A 4FNRA 1RD5A 3C4UA 5CPNA 3W72A 1SW0A 3NL5A 1F6KA 1OFOA 3NA8A 1KLZA 4O1AA 3PBYA 4GFSA 5DCBA 3BW3A 2Y61A 2W79A 1QDSA 3CPRA 1YPFA 4JIPA 2A5HA 1RVGA 3M0ZA 1GVQA 5CPMA 4KKXA 3IEBA 2YFOA 4IXHA 1TPC1 3LCLA 2QCDA 1ZJIA 3T4CA 1UUMA 2V9DA 2YZRA 3RFAA 3W9ZA 3ABRA 3VI2A 5AC6A 2B0MA 1EWEA 4LVAA 1S3HA 2UV8G 1K8YA 3NQGA 3R8RA 3HB9A 1O94A 3EX6A 4O12A 4OWGA 2Y7DA 3LOTA 1KBIA 3S5OA 2CZFA 5I3HA 1VLWA 4KFOA 1FXQA 3S42A 4O11A 4EVZA 2V5LA 4LY8A 3KRZA 1VLIA 2QUTA 1TRIA 3GYEA 2H90A 2GVLA 5EBUA 3L2IA 3BG3A 3PY2A 5CPLA 1L2UA 4CNNA 4JY8A 3LCXA 4PCFA 5H91A 3DZ1A 4AAJA 3VCRA 3H55A 1G7VA 1LROA 3VE9A 2B7OA 3I65A 3UWUA 3N2MA 3CB8A 3O6CA 3QW4B 5D2TA 5KZDA 1JRCA 1JUKA 4MYXA 3W7MA 2Y7GA 4GWEA 2BWGA 3KX6A 4LV4A 5CZJA 1NF7A 1GPWA 2QCDB 4K8HA 4O50A 4XUGA 1UB3A 2PRHA 3DFQA 4NXSA 3U8GA 1GJPA 4ZZ9A 3QQ0A 5AOUA 3P82A 1C29A 1HUVA 2ZZ5A 3DHFA 2V0TA 2A0NA 1J2WA 2ZZ7A 3C2EA 2WKJA 1TPB1 4LUJA 5G4WA 2ZFAA 1KV8A 3KVJA 3P61A 3M47A 4K6AA 4AHQA 1W3TA 1G67A 3N34A 3PG9A 2EF9A 1WDWA 4FXSA 4LW7A 1K8XA 2E6YA 5CZ0A 1OYCA 3W1TA 1KA9F 4ZL1A 2B7QA 4UC5A 4E2BA 3W2NA 3MO7A 4JTFA 3UZJA 1GYLA 1BEUA 3LM7A 3NQCA 1KM2A 4M6VA 3G1DA 1UJPA 2QCMA 4LOCA 3S1XA 3EWWA 5A8GA 4WOZA 2V5BA 3FJLA 4JTEA 3UXDA 2ATSA 4ORMA 3C2FA 3L9CA 2I14A 3W1QA 4FIQA 1U83A 1XC4A 3LHWA 4LNYA 1KV5A 3C0JA 1C8VA 2C18A 1P5BA 2E77A 3R13A 1K3UA 3LHZA 4HKPA 1ZHAA 5KITA 4MZ8A 2LLEA 1DORA 4YLWA 4UTWA 3QYQA 3W1LA 1KM0A 2JGYA 4DF0A 1BWKA 4LTSA 2Q3OA 5D03A 4UUIA 1T0OA 2Y70A 2HS8A 1OFQA 1QPQA 2ZZ1A 3EWZA 2JKEA 2OT1A 4MJZA 2QR6A 3NQDA 2ZZ4A 5LGXA 2V2DA 2Y89A 3S5YA 3W86A 4PL2A 3NVTA 1RQHA 1H7RA 1EEPA 3GKAA 1KW1A 4GC4A 1JCMP 3RLUA 1XFBA 4JYDA 3U6WA 2V81A 3KVMA 3TH6A 4CQ8A 5LNWA 4WOQA 1SO3A 4EF8A 4WY0F 3TW7A 4S2BA 3SGUA 3O6DA 3QJAA 4BWLC 3O06A 3L65A 4Z0SA 1V5XA 2R8WA 1ZAIA 2C13A 5D2XA 1VR6A 3TQ0A 1TSIA 1OG0A 3BG9A 4MFEA 1XBZA 5LGZA 2VEKA 3DFOA 3BPWA 1H7NA 4DO6A 2QJHA 2YW4A 3T78A 3MP5A 2RDWA 3G1AA 1LYXA 1YTEA 1DJQA 2JBMA 2ZZ6A 1FCQA 4NNBA 4A29A 1F74A 3IIXA 3QMTA 1XBXA 1JQVA 1A5CA 4JEQA 1CW2A 3QQ1A 4IXXA 1WV2A 3B8DA 1W5PA 1QPNA 1F5ZA 1L6YA 3W22A 1HTIA 1K7FA 1PVNA 2V8ZA 4RZ6A 3FOKA 3LV6A 1GTHA 3NM3A 4UMCA 1IXOA 2CLKA 5AN7A 2ZA3A 4HN4A 1VYRA 4O53A 3NPVA 1OFAA 1TPH1 2FPTA 3LXBA 2VFIA 4QQ3A 3MYOA 4CLMA 2FB3A 2WOQA 3GX9A 5KINA 4ADSA 2XN2A 1F7BA 3G0SA 3LGEA 3O07A 3TCEA 3KFTA 3PBWA 3NQ8A 4EOUA 4U4MA 3ELFA 4MOZA 3HGRA 2P0OA 1PHWA 1H1ZA 2OJPA 4YWIA 3GIYA 1QMLA 3AJXA 4O13A 3BV4A 1KLYA 2BX7A 4OE7A 1DVJA 1O5KA 4X3ZA 1SR9A 3ATZA 4JN6A 2VELA 4WXZA 1FDYA 1WX0A 1L9WA 3UNDA 3S8HA 1TCDA 2WSRA 1VYPX 1JCYA 2WSYA 4DO4A 3E9AA 1TO3A 1E51A 1W31A 2EKCA 3JS3A 2BSLA 4TR9A 5F2LA 1R2TA 2OCZA 4CCDA 4UTWC 5L9FA 2JK2A 4DBDA 1EWDA 4P61A 1UCWA 3QPZA 2IQTA 2DZWA 3EX1A 8TIMA 4FIRA 4IMGA 3LRLA 3IV3A 4LS2A 1JULA 1B3OA 1PL9A 4PEKA 3L67A 4O54A 1TJRA 4GUGA 5CKSA 3EX3A 4ALDA 2ABAA 1W54A 5BMXA 3LV5A 4LWWA 4UTJA 2DZTA 3P81A 2J9XA 4GJ1A 2O7QA 3MW7A 3QEZA 3M5ZA 4LVFA 1MXSA 1LBFA 3USBA 1YLVA 2QAFA 1VS1A 4NVTA 1OYBA 3DXIA 1OVDA 4A3UA 3R89A 2H3DA 2ZTJA 1OJXA 3HGJA 1ICPA 4LC8A 4JTKA 3PUOA 4FX6M 1VGAA 4QITA 4DPPA 1IGSA 3HG5A 3OVPA 3NQ2A 3VNDA 4OT7A 1PCWA 1KM1A 5AHEA 2E6DA 1Q6QA 3NYZA 1OFPA 4MZ1A 1SW3A 3M16A 3G1XA 4K7VA 5MHBA 1KFEA 3W74A 3LRKA 4NUWA 1QPOA 4JR5A 1YDNA 3NPWA 3N9SA 4AWSA 3P80A 3QPYA 4O17A 4E0CA 3P8JA 4ICNA 1LZOA 1D3GA 3DFTA 1W8SA 4MVAA 3FLUA 5BRBA 4POCA 3A23A 5I3IA 1DQWA 1LRQA 2NX1A 3UYCA 1TTIA 4WD0A 2NZLA 3W3OA 1SZEA 3GNNA 3INPA 3N19B 1JCXA 4GUIA 4LS0A 5AFDA 3B05A 3MHUA 3F03K 4IWWA 1OFRA 3FS2A 2QDHA 4BFAA 5EMUA 2VFGA 1QPRA 1H60A 3K30A 1KFJA 3NPUA 4O52A 4AWUA 2X1UA 1KBJA 2R91A 1LOSA 2VOMA 3ZFHA 3DFPA 4ZMGA 3EKLA 3N73A 3UWQA 3NPXA 1KM3A 4LRSA 2D73A 4Z1CA 2C3ZA 3M6YA 4ML9A 4NJJA 4HT3A 1IXQA 2WQPA 1X1ZA 1EP1A 3G8RA 1I2RA 3A5VA 3HG3A 3GNDA 4AH7A 3ZWSA 1FUYA 3GXPA 5FF0A 4UXDA 3DI0A 1BWLA 3EWYA 5D33A 3EB2A 1F2JA 1I8JA 4CQAA 4LV9A 2WO5A 4EF9A 1PS9A 4UMBA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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