5F1VA

Biomimetic design results in a potent allosteric inhibitor of dihydrodipicolinate synthase from campylobacter jejuni
Total Genus 121
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
121
sequence length
296
structure length
295
Chain Sequence
KNIIIGAMTALITPFKNGKVDEQSYARLIKRQIENGIDAVVPVGTTGESATLTHEEHRTCIEIAVETCKGTKVKVLAGAGSNATHEAVGLAKFAKEHGADGILSVAPYYNKPTQQGLYEHYKAIAQSVDIPVLLYNVPGRTGCEISTDTIIKLFRDCENIYGVEASGNIDKCVDLLAHEPRMMLISGEDAINYPILSNGGKGVISVTSNLLPDMISALTHFALDENYKEAKKINDELYNINKILFCESNPIPIKTAMYLAGLIESLEFRLPLCSPSKENFAKIEEVMKKYKIKGF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Campylobacter jejuni
publication title Biomimetic Design Results in a Potent Allosteric Inhibitor of Dihydrodipicolinate Synthase from Campylobacter jejuni.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase
total genus 121
structure length 295
sequence length 296
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2015-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5f1vA00
3W87A 4WY0F 1DQXA 4MZYA 4YXGA 3IVUA 3TK7A 2OX1A 1TCDA 3FS2A 1L6SA 1DJQA 1FX6A 3PBVA 3TC6A 3GR7A 4EVZA 3GAYA 3OVQA 2ZZ7A 3CEUA 1ZAHA 3SGZA 2WNNA 3W7DA 3LOTA 2C1HA 3N2MA 3CIXA 3KVMA 3H53A 5KMYA 2YFNA 4FNTA 4FEZA 4XKYB 2OZ0A 5LZLA 1W3NA 3L68A 2QUUA 2FJKA 3DFPA 4JDBA 4O50A 3B0PA 3O15A 3DH7A 1WBHA 1XXXA 3GIYA 1TJPA 4R33A 1O60A 4RR4A 1TPWA 1LTDA 3MYPA 4KFOA 2ZTJA 3IGSA 3BVJA 3TSDA 4R7JA 2HS6A 2OJPA 1QPOA 2EAWA 7TIMA 3DZ1A 1LOLA 1WA3A 2ZBTA 1TTPA 5I3FA 5K9XA 2R91A 4XUGA 4O18A 2QUTA 3CEPA 2EGZA 2Z0IA 3N9RA 3UYCA 4FXSA 4U28A 1K7FA 2RH9A 5EPDA 5AC6A 2E6YA 4LTSA 5HUOA 1PIIA 1VHCA 3EWUA 2E6FA 2PRHA 2CLHA 3P80A 4NU7A 5TQLA 4UFKA 5K4XA 2VEIA 4IPIA 2Z2UA 3G0SA 1AW2A 3DU0A 1XM3A 1BKSA 3VI2A 3LHYA 3N2XA 3G1HA 1QO2A 2HTMA 1RR2A 5D37A 4I9AA 4UTHA 4JX4A 3HGSA 2VELA 5J5DA 3RLUA 4Z1BA 4TU1A 4BF9A 3O06A 3GZ3A 3R13A 4AEOA 1YTEA 5AHNA 1TV7A 3P60A 5AB3A 1YXDA 2ISWA 3S1XA 4ZQNA 1A50A 5BRBA 1RPXA 1H7NA 3UWVA 3E0IA 1FWWA 4R53A 1OFAA 5F2MA 2YSWA 4FNPA 1A5BA 5T26A 3LHWA 5E1QA 5L6UA 5LNRA 3C2FA 3SW6A 3TCEA 4JY8A 3C2OA 1K8XA 3RK8A 3BLIA 5CPNA 1F74A 1M7OA 3PS7A 2DZSA 3EXTA 4CNOA 2ZCGA 4XBSA 5F2LA 1AL8A 5EA9A 3LBCA 2XFWA 3BK0A 1NF0A 2GVJA 4IOTA 4ICNA 3GAKA 3BARA 4M5PA 1XL9A 4MYAA 2RKXA 4N6EA 5FEXA 4HPXA 3W73A 3LI0A 3LHZA 3UY8A 1HFBA 4KFPA 2RDWA 5DN1A 3W1MA 1VS1A 1WV2A 2A2IA 3EX4A 2VFFA 2JK2A 3KRZA 3CIWA 2VC6A 3N34A 2E77A 1F2JA 1RV8A 4NZFA 2CLEA 5LNWA 3GLCA 3LXCA 1H62A 3PULA 4UTTA 1LBLA 1OFBA 3NQ8A 1AMKA 4IPJA 4MIMA 5D09A 1TMHA 2DZPA 1EP1A 3WK2A 1FDZA 2VFEA 3ATZA 1LROA 3HIJA 3KAOA 3NQCA 4MUZA 5BOOA 3PWAA 1A5CA 3L0KA 1OX6A 3TFXA 3KVKA 3MW7A 3PUOA 4BWLC 4NJHA 1JCJA 1SZGA 3W7OA 3MP4A 4FNSA 1DHPA 1JVNA 2FFCA 2AAMA 3DHFA 4MY9A 3UNDA 4UMAA 3W3OA 2YR1A 2PURA 4IUOA 4KWWA 1UBSA 2XN2A 1OF8A 1LYXA 3BG5A 2BSLA 1YXCA 2H3BA 3W7QA 3C8FA 3CWOX 3TX9A 4JTLA 1KV5A 1ZAIA 3LDVA 1G4PA 3UWQA 3MJYA 5IM51 5G2WA 1HL2A 1PE1A 3QYQA 1QMLA 3C56A 2QDHA 2H8ZA 3GDLA 5D2XA 2CLMA 1DVJA 4BFAA 1WYIA 4BWLA 3OEXA 5KZEA 4L4MA 3NL3A 1W3TA 3C52A 1L6YA 4FX7A 3WJXA 1H50A 1VCGA 2HS8A 1PS9A 3GR8A 3HQ1A 4O4VA 4UTKA 1ZY9A 1TJRA 3S5ZA 2NV1A 2QAFA 4Z1CA 4GUGA 1SFJA 3W22A 4O1AA 1VLIA 5I3IA 4CNPA 3TAKA 4X3ZA 2WSYA 5HWJA 3PC0A 3TE9A 4NT0A 1FCBA 2Y85A 4UMCA 2A5HA 1QOPA 1NFBA 1FQ0A 1O5XA 3F4WA 3G22A 3W1PA 3TXVA 3B06A 1TPB1 1PCWA 3NM1A 3W7CA 1XCFA 3DFNA 1TREA 4MZ8A 3S5OA 2H3DA 2ZRXA 2P0OA 4RV8A 3NZRA 4S2CA 4NVTA 4HNVA 4Z0SA 1O94A 2ZQ0A 1TPUA 2B7PA 4NJJA 2GQ8A 1KFLA 1H7OA 1D9EA 2G97A 3NPXA 3W75A 1ME8A 3WK0A 5CPMA 4U4MA 2CZFA 4D2JA 3RF9A 3G1YA 3ATYA 1QO5A 2V5LA 5EY5A 5BMXA 1XBYA 4N6FA 1JR1A 4RK8A 3QF0A 4MY1A 3ZWTA 2DORA 3W2MA 3L5MA 1P0NA 4FO4A 3GKFA 1F6PA 5K9DA 3IIZA 3NQDA 3MI6A 4X22A 2Y88A 4GUJA 4OU1A 3B05A 3WJSA 3OVRA 2Y7FA 1OF6A 2GQAA 1SW0A 1AW5A 2UV8G 1YDOA 2FPYA 1JQXA 3STGA 1LOQA 1GVQA 3B4UA 3M0ZA 5BMWA 4ORIA 2Y62A 3LB0A 1KLZA 5AYZA 1A5SA 2JBMA 4JTFA 4ZZ9A 4XQ6A 3PBWA 2WNQA 3SY5A 3RLVA 4JGDA 2J9ZA 3EKZA 3BLFA 4CCEA 1PHQA 1Y0EA 3CT7A 5DXYA 3EWYA 4ALDA 1SO3A 3CPRA 3L2IA 2H8XA 1SW7A 4IMCA 2V82A 4Y6GA 1X1OA 1VYSX 5HNRA 3UZJA 5AYYA 3MP5A 4PL1A 4IX2A 2ISVA 3BG3A 2ZRZA 3TQVA 3S42A 5I3JA 4A21A 2P1FA 4KFNA 4YLWA 2PC4A 4LVGA 4DQWA 1C8VA 3KX6A 1EA0A 4QJ1A 2BWGA 2W79A 2JKEA 3W1LA 3NXFA 4LC8A 3IIOA 4TIMA 4RLIA 3F4NA 1JULA 1W5QA 3HPXA 1SSDA 5KZDA 2E1DA 2FPTA 1M5WA 3QQ0A 1Q6RA 5HR6A 3MI2A 1YDVA 1GJPA 2OT1A 2WPBA 1KBJA 3O6DA 3E9AA 1Q6OA 1LBMA 2BX7A 4UFJA 4JNMA 3NQVA 3QMSA 4JTJA 1HO1A 1KM6A 3DKLA 2DZXA 4UXDA 4O1BA 4POCA 1D3GA 5HUPA 4LS2A 1K7XA 1QR7A 3W85A 1I45A 1IF2A 3B8DA 5EKYA 5HJLA 4LS0A 2R8WA 1TTJA 1GG1A 1E51A 1OX4A 4WZHA 1F76A 3TFCA 2XN0A 4HSNA 5H91A 3OVPA 3W1RA 2X1SA 4X9SA 2G96A 3G1XA 4N2YA 2TYSA 5DBUA 3DHDA 1HG3A 3HO8A 4QNEA 2J88A 2VXNA 3HB9A 3OG3A 2YX0A 4DF1A 4GJ1A 3QPYA 2ATSA 3QMRA 4BR1A 4EOUA 1H5YA 1LLZA 5LSMA 3NGJA 3O6YX 4KWVA 5AC7A 5F4SA 3GNDA 4LU0A 3W72A 2TRSA 1FWNA 3EWZA 4EF9A 3W7EA 3P82A 5AHLA 3TJXA 1Q45A 3FA5A 3W71A 3LLDA 5I3GA 4DXVA 4OE7A 1TPFA 3T7VA 1EUNA 3RMJA 1FY6A 2WSQA 4K7VA 1T0OA 1LLWA 1X8FA 1VQTA 2YDAA 1NSJA 2EKCA 3IIPA 1KFEA 2GVGA 3O6CA 3P8JA 1M7PA 3A5FA 4OHQA 2Y7DA 3W70A 1V7YA 3ABOA 1D3HA 1OHLA 2GUUA 2ZZ1A 2ZZ6A 4N02A 1OYCA 1G7VA 3BGGA 3A23A 4E38A 2QAPA 2DZTA 3IIXA 2ZDRA 3W7GA 4BI5A 3GNNA 3ABSA 2C16A 3NO5A 4WXZA 3TROA 3N73A 3QW4B 4CCDA 1EWDA 3EWBX 3W2JA 3S1VA 1CW2A 2NX9A 1TRIA 4O53A 2HMCA 2YYTA 1RQBA 3LTSA 3KXQA 3QSRA 5FF3A 1J2WA 3O8AA 2V2HA 3W23A 2VENA 4TO8A 2JKAA 3LCWA 2GJLA 4JTSA 2GQ9A 1YPFA 1A5AA 4CQAA 4P61A 1QOQA 2OCZA 3B0UX 3LERA 2WSRA 4A3UA 3PY2A 2ZZ5A 3FLUA 1KM1A 3QH2A 3ZFHA 4JTHA 3QFEA 5F4WA 3G3MA 1KM3A 2A85A 3G1FA 4M6QA 1H7WA 2GVLA 1SW3A 2QCCA 4HIBA 3KHJA 2A6NA 3LV5A 2QCMA 4PEKA 2CU0A 3W1TA 1JCLA 2B4GA 4UFMA 4HT3A 3PG9A 3OA3A 2A1YA 3I65A 1JUEA 4JYEA 1QFEA 2Y63A 2H90A 4AAJA 1VLWA 3FIGA 4CLMA 3W7HA 5J5RA 2A6LA 2Q8LA 2V9DA 4NX0A 4UR8A 3DXIA 3UY7A 4O15A 3G18A 5TBOA 1P4CA 3TSMA 1S5VA 4QAIA 3NYZA 3QRHA 1DQWA 4DELA 1H7XA 1Q6LA 4OV4A 3BO9A 3S9YA 3PVFA 3W74A 2P10A 3OHIA 5DBTA 1FXPA 3VNDA 3BV4A 3U8GA 3M47A 1BWKA 3G1AA 1R2SA 4GXMA 3QSTA 4NZJA 5HWMA 4M19A 3NA8A 1UB3A 1T96A 1DBTA 2VEKA 3EX2A 3MWAA 2JGQA 5KINA 3I7RA 3DFOA 3L5LA 1PV8A 3UQNA 2X16A 1ML1A 3O1NA 5CZ0A 4AF0A 3A24A 2VKZG 5BW6A 1ICQA 1YPIA 1OFEA 1TQJA 4QNWA 2Y70A 3GX9A 3UPBA 5LNSA 6ALDA 4O1CA 4JTKA 1TV8A 1B4EA 4GUIA 3Q37A 4LWWA 3T78A 1AK5A 4JXCA 4MJZA 3FJ6A 1LOSA 1QCWA 5K2ZA 4QQ3A 3EB2A 1KTNA 3A22A 3NL2A 4HN4A 1W5NA 2NUYA 3QC3A 2A7PA 4Q4KA 3W1NA 3VKJA 3P8IA 1YDNA 3W1QA 2QCGA 1R2TA 1N8FA 1DORA 1KV8A 4MFDA 3V75A 5IBXC 4O16A 4I7WA 1SO4A 1F5ZA 4NUWA 3W7RA 3LHUA 3STFA 2FB2A 3NQ7A 3LCXA 1QPRA 1P1XA 1KTBA 2B7OA 1ICPA 1ONRA 5AHMA 1ZALA 4GNJA 3UZ5A 4PTNA 5F2IA 2DZVA 5K4ZA 1O95A 3GXPA 5MHBA 1RQHA 2JKPA 3HGJA 4HNNA 2CLOA 2TSYA 5AHEA 1YTKA 2J9XA 3W2NA 1DV7A 3PBUA 4OGZA 2ZZ4A 3UWYA 3MI3A 3QM3A 3STCA 4L4LA 1BWLA 3A21A 1VZWA 2TPSA 1F05A 1ZAJA 5E0KA 1FDYA 3M9YA 4LVDA 5IBXA 3W9ZA 1P0KA 3PUEA 4JY9A 4OQVA 1TPC1 2QJHA 3NDOA 3LV6A 2EF9A 1AG1O 1SZNA 3CM4A 3NQ2A 4AHQA 1I4NA 4DO6A 2Y61A 2J24A 5A5WA 5AHFA 1UJPA 4O19A 1TPVA 4GUFA 1W5OA 2G5WA 4XWUA 1YLVA 4WD0A 3O63A 4YCOA 1OYBA 2VEMA 3N14A 1OX5A 1VCVA 3TH6A 1H1YA 4LY8A 4NXSA 3NAVA 3O07A 5K9CA 2ZYFA 4Z0JA 3MHGA 4HHPA 4E2DA 1ZNNA 2FQIA 3EX3A 4HPJA 1A53A 3UPWA 1C29A 1IIGA 1FWSA 2J9YA 3IIVA 2W0UA 3WJYA 1I2PA 1I2RA 3NNTA 4RX0A 5EBUA 2X1UA 5DCBA 5LHEA 2QJIA 3W84A 3T4CA 1QPNA 3W7MA 5C55A 3YPIA 1Z48A 3S1UA 5LGXA 4K36A 4A2RA 5LKYA 3NG3A 3R8RA 3LCGA 5A8GA 1MSSA 2VEPA 4K37A 4XBKA 1YXYA 1DKWA 1AL7A 3L0NA 3TXZA 1VPXA 4NXKA 1XBVA 4ONVA 4MPQA 2CLLA 4XKYA 2QCFA 4H4IA 1JUBA 4BI6A 2KZHA 2ZA3A 4FHAA 2J6XA 1J4EA 1JCMP 3GXNA 2AGKA 3AO0A 3NM3A 3W2UA 1G69A 3BLEA 3C2VA 1X6UA 3G8EA 3TDFA 1TTQA 4OBTA 2R14A 3HG3A 1KFBA 1V5XA 4DF0A 2ATMA 4RCXA 1SZEA 3TR2A 2GJNA 2CW6A 3CC1A 2F7FA 3MO7A 3LRMA 3HG2A 3TW7A 2FDSA 1CI1A 3V1PA 5C5YA 3FKKA 1I2OA 3UWUA 3I68A 4K8EA 2YCEA 3FYPA 4MOZA 2VOMA 3ZS4A 2YGYA 4O14A 3VCRA 3P74A 4WQ6A 2VFGA 5LNVA 3DFTA 1FUYA 1ZFJA 3KRSA 5ABTA 5KSWA 2DZUA 3W7LA 4LV9A 4O54A 4JTTA 3HF3A 4H3DA 1TIMA 4JR5A 4LRTA 3I7SA 3LHTA 5DCDA 1EPXA 2WKJA 1F6KA 4PC8A 1K8ZA 5D30A 4UMBA 4NJIA 1ME9A 3MHFA 1XC4A 3MMTA 4JD4A 4AH7A 2I9EA 1JCNA 3NVTA 4UTWC 2NWSA 1LRQA 3P62A 2AQWA 3QQ1A 1NVMA 4I7UA 1I2QA 3S5YA 4FNUA 1W31A 2V8ZA 3IVTA 3LI1A 3CWNA 4A22A 3FFSA 1NEYA 2NXHA 4ZQPA 1UUMA 3W07A 1W3IA 2YZRA 4EWND 3HBLA 3W1XA 2CZDA 2ZTKA 4AVFA 2C15A 2Q3OA 4S2BA 4DO5A 3GDRA 3FOKA 4N9CA 3LCFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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