3GDKA

Crystal structure of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from saccharomyces cerevisiae
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
260
structure length
260
Chain Sequence
KATYKERAATHPSPVAAKLFNIMHEKQTNLCASLDVRTTKELLELVEALGPKICLLKTHVDILTDFSMEGTVKPLKALSAKYNFLLFEDRKFADIGNTVKLQYSAGVYRIAEWADITNAHGVVGPGIVSGLKQAAEEVTKEPRGLLMLAELSCKGSLATGEYTKGTVDIAKSDKDFVIGFIAQRDMGGRDEGYDWLIMTPGVGLDDKGDALGQQYRTVDDVVSTGSDIIIVGRGLFAKGRDAKVEGERYRKAGWEAYLRR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Saccharomyces cerevisiae
publication title Mechanism of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase-catalyzed reaction: evidence for substrate destabilization.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 101
structure length 260
sequence length 260
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2009-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3gdkA00
4Q4KA 5C6MA 1N7KA 4IPIA 2ZTKA 2E6FA 1EP2A 3GNDA 2VELA 1SPQA 3P60A 5AB3A 3GDTA 3NPWA 3VCRA 2GQ8A 3RNDA 5KMYA 2H8XA 3KAOA 4KFOA 1A5SA 3TC6A 5AOUA 1LYXA 3HBLA 3MI3A 3LCLA 2G95A 2V0TA 3L2IA 1FWSA 4PH6A 5J5RA 3W1XA 3A24A 4UTJA 2ZA1A 3LLDA 1IIHA 1SZNA 1M5WA 1UBSA 4LVBA 5CZTA 2J9XA 2O7QA 1IXOA 3RFAA 2PC4A 4AB4A 3G0UA 3L0GA 1RQBA 3EKZA 5DBTA 4NXSA 1KFBA 3C4UA 4KWWA 3W74A 3HJZA 1R2TA 3JRKA 4FNTA 3RLUA 1ZY9A 3G1FA 5D2VA 4IUOA 3GKAA 1EP1A 2YW3A 2LLEA 1AG1O 3IV3A 1ZFJA 2DJLA 1P1XA 2V9DA 5KZEA 2HS6A 2XN2A 2EPHA 4JY9A 2NV1A 2WSYA 2PURA 5EMUA 1K8XA 2A4AA 5K4XA 2FIQA 3DFSA 1ZAJA 2QJGA 3QMRA 4HNTA 2WSRA 4O10A 1ICSA 2NX3A 2Q3OA 5FF4A 3GAYA 1LDCA 1ZCOA 4UFKA 3NL6A 5G2WA 2ALDA 5LGXA 1DORA 4ORMA 3EX3A 4LVFA 1UASA 4R53A 3SZ8A 1BWKA 3QPZA 4UMCA 1W5QA 3EWZA 3M43A 4JS3A 4CNNA 1HUVA 4FNQA 1TTPA 3ZFHA 3NQFA 2BWGA 4RXFA 1LTDA 3CM4A 4UTUA 5DCBA 2E6YA 3LM7A 5L9FA 3GR7A 1TPH1 3LHUA 1VYSX 2CLLA 1EPXA 2PRLA 4JTTA 3T55A 4CCEA 3O6YX 4R7JA 1OX6A 1LOLA 1SFJA 4WX2A 5K2ZA 3CIWA 1I2RA 1Q6LA 4PTNA 3W1RA 1OYBA 3LBCA 4MOZA 3LCIA 1HFBA 3E12A 3W87A 1GG1A 3L9CA 4PEKA 1DHPA 4AWSA 1H1ZA 1NAL1 4S2CA 3LV5A 2NV2A 2V82A 5DLCA 3LXBA 4XUGA 1U83A 3CB8A 4S1FA 2QCMA 4MZ8A 3TUUA 3C3NA 5D37A 3MMTA 4Z1CA 5KTLA 2QCGA 2VEKA 4JEQA 4GJ1A 1AMKA 3P84A 3KX6A 2Y61A 3NQDA 4AWTA 3TFCA 4HSOA 2WOQA 5EPDA 4GNJA 3W7KA 5A5WA 4FNRA 4MPQA 3NEVA 1AL8A 4LU0A 1ZAIA 1OFEA 4K38A 2YFNA 1K7EA 3PG9A 2X2GA 2A0NA 3TXVA 1TCDA 2ZYFA 3G1YA 3TW7A 4NQ1A 3B06A 2V30A 1OFPA 1TSIA 3FOKA 3N19B 3NOEA 3KVLA 1XUUA 3BLFA 2C3ZA 2CLFA 3TMQA 3TC7A 1LORA 3CTLA 1ZJIA 1KA9F 3S5NA 3THQA 1W31A 1ZAHA 1TQXA 1QCWA 2FB2A 3GDRA 3W1TA 2ZA3A 2DZSA 4LT9A 1BWLA 3QFEA 1SW0A 1L6SA 3WK2A 2QCHA 1SZGA 3OVPA 2HTMA 4FIQA 5A8GA 1U5JA 2P10A 1CI1A 8TIMA 1LM1A 4LVAA 4DO4A 4DF0A 3ATZA 3NQAA 2I9EA 3A5VA 1H7WA 5HR6A 4MUZA 1DQXA 1VYRA 2QUTA 3BG9A 3KRZA 5BRBA 2ZQ0A 3UPWA 4JTLA 2J24A 4LUIA 4UFHA 3PVFA 4K6AA 4HIBA 3W70A 3IVSA 2VC6A 4NU7A 3R5EA 1PHQA 3NPUA 1XBVA 2GVLA 1KBIA 4O12A 3QYQA 5K7JA 4CQ9A 3M5ZA 3VKJA 1K7XA 4J9JA 4H6KA 3KXQA 5I3JA 4M19A 3L0KA 2I1OA 3VE9A 2AGKA 3JS3A 3UPBA 5ABTA 3FKRA 1XCFA 4QJ1A 4MLJA 4N9DA 4UTIA 3EX2A 5U4NA 3OIXA 3I7SA 4NX0A 1H60A 3LB0A 3QW3A 3W71A 3PY2A 2H3DA 1I8JA 3N14A 4UTHA 4U28A 3W2LA 4PCFA 3W75A 5F1VA 1LBLA 1QOPA 3MUXA 1MEHA 4MLRA 5F1UA 4C1KA 3QM3A 4RX0A 3B05A 1FXQA 3N2MA 4YWIA 1HO4A 3P5ZA 1SO3A 4RZ4A 1KM3A 2CLEA 2DZTA 3TJLA 4UTTA 2DP3A 3GR8A 5EKYA 1QFEA 2B7OA 4I7UA 5LNSA 1FQ0A 1LRQA 2VEIA 4UR7A 2JGYA 5CPNA 3UWWA 4IXXA 3QMTA 3MHGA 3LTYA 1TO3A 4GWEA 1G4TA 2A6NA 3HQ1A 4JGDA 3B8DA 5DY3A 3ABSA 1AL7A 3B0VC 3TFXA 5K3VA 1TIMA 4QNEA 5FESA 3EWUA 3F03K 2OZ0A 3THAA 3QF0A 1Q45A 4POCA 3RF9A 1S3HA 2PCQA 4RJEA 2WPBA 3ZWSA 2EHHA 3P62A 1TPVA 3MW7A 2E5DA 1PHWA 1W37A 3CC1A 2RHGA 1W5NA 4JX6A 1ICPA 2OT0A 2ATSA 3HGJA 5EA9A 5FF0A 4NJGA 3C0JA 3QQ0A 4QITA 4JN6A 1EP3A 1VCFA 3HG5A 2FDSA 1NEYA 2BSLA 3HPSA 5C2XA 3P81A 4UNLA 3N9SA 3DENA 4TMCA 5EL1A 5HMSA 3BW4A 3FFSA 4NJIA 4N9BA 3O16A 1RPXA 2F7FA 3TMLA 3LI1A 3S5ZA 4IX0A 3SY5A 3EXRA 1WQ5A 2B7NA 2TMDA 3GX9A 1S5TA 4WZHA 4O1BA 2FB3A 2EAWA 5FEPA 3M9YA 1CX9A 3JR2A 5F2LA 4PA8A 3OEXA 5K9DA 3TE9A 1W56A 4LS2A 2OT1A 2A7NA 1KFCA 4N2YA 3NZRA 4LRSA 5AN7A 1TV5A 3BGGA 1MXSA 3DHDA 5AHEA 3W73A 3S5YA 4LS0A 3VNDA 5I3IA 2ATMA 3H54A 2QKFA 3TNOA 4XTIA 3G1HA 4S2BA 2NLIA 3L67A 3W7MA 4WXZA 6TIMA 4ZMGA 1B9BA 1C8VA 1R2SA 2ZZ2A 3LDVA 3G22A 1RR2A 4JD4A 4M6QA 3GB6A 3QZEA 3O06A 2Y88A 2NWRA 1O94A 4O17A 3DAQA 1SSDA 4JDYA 5TBOA 4A2SA 1I45A 1QAPA 4AAJA 3WK3A 3EXTA 4IOTA 4N6EA 1FCBA 3C2VA 4K7VA 1KM6A 1FDYA 1S5WA 1JUKA 1GJPA 1VPXA 3DH7A 2FTPA 2Z6IA 4XTDA 1KFJA 3G0SA 4PODA 1IGSA 5LNWA 3W88A 4D2JA 4MKNA 2C6QA 4M5PA 2F84A 1QPNA 3SIZA 2EF9A 4CNPA 1G7UA 3M0ZA 1GQNA 2ZBTA 2ZFAA 2ZRXA 5CG7A 2QUVA 2QCEA 2ZZ1A 3B03A 4HPXA 2YZRA 3NQMA 3SW6A 4AEOA 1UB3A 2TYSA 2O7SA 4O0KA 1F5ZA 2BX7A 1P4CA 5DCDA 4IMFA 1Q3NA 5G2IA 1OK6A 2Y7FA 4O1AA 2OCZA 4EF8A 4ADSA 4I9AA 2RFGA 5LGZA 5TIMA 3R89A 4A22A 1H5YA 3SJ3A 3UWYA 1XBYA 2FPTA 5F4XA 3KVKA 4IMEA 2GVGA 4YCOA 4PFMA 2QCLA 4K37A 3LOTA 1ADOA 3NR0A 3GDLA 3PC0A 3S1XA 3F4NA 2W6RA 1C29A 4JIPA 1OX5A 2CFFA 3S1WA 1BEUA 3CIXA 3LXCA 4TIMA 1A53A 1LRTA 3MBDA 1G4PA 4GFSA 3TQVA 2JKEA 2RDUA 1GVQA 1KV5A 4MVAA 3PUOA 1GPWA 2VEPA 2ZZ4A 1DVJA 1F6PA 1N55A 3EWXA 1LCOA 3Q94A 4RZ5A 1TQJA 3BW3A 4O57A 3PUEA 3TV8A 1TTJA 1QMLA 5HULA 1L9WA 3P80A 1QWGA 4NNCA 1GOXA 5G4EA 5DELA 3OVQA 2JGQA 4IMCA 3TAOA 2FPYA 4LV4A 3T78A 4IQLA 1WOBA 3CQ0A 1WYIA 4GUFA 3HMJG 5EBUA 2X30A 3MYOA 4MIMA 1P0KA 2CU0A 1DKWA 1EWEA 2GOUA 4NVTA 5AC8A 4UTTC 2X1SA 2YR1A 3GNNA 3PF3A 1EWDA 1TJPA 3A23A 4UMAA 2Z6JA 3CEUA 3M44A 4NNAA 2A5HA 2GPTA 1JCXA 3W22A 4NXKA 3S5OA 4O13A 3NA8A 3QPYA 5AHIA 1IF2A 5HINA 4N02A 5D09A 1RQHA 1KBJA 2V5BA 1SO4A 3MBFA 1KM0A 4HN4A 1YPFA 1FX6A 1KM1A 3CT7A 5D05A 3W7RA 2G96A 3TROA 1W8SA 5AHLA 1F76A 4FX8A 3G18A 4KKXA 2QF7A 3PB0A 3IIPA 3SECA 3P82A 4JTFA 4K8HA 5IBXC 3L68A 5DN1A 5BOOA 4ALDA 1YDNA 4TO8A 1LP6A 3O6CA 1JULA 1LLWA 2V2CA 4JIQA 3G1SA 2FLIA 2IQTA 3NDOA 4CQAA 4O54A 1G4SA 5HQEA 4XKYB 2RKXA 1IXPA 3NQ8A 3CU2A 1B3OA 3EWBX 3W1AA 2W79A 2QUUA 1DV7A 5CSRA 3MYPA 2X1RA 4Z1BA 4GBUA 3UY8A 3TIMA 1LBMA 3W84A 3E96A 4UUIA 1H7NA 3KHJA 4R33A 3L21A 2FPVA 3KFTA 1KV8A 1BKSA 4ZQCA 2RH9A 2ZDRA 4NJJA 4N4PA 1LLZA 3W2NA 1B57A 2VENA 2ZZ6A 4E0CA 5LZLA 2JBMA 3WJXA 3VI2A 4RCXA 4FEZA 3KVMA 5DCEA 1JCJA 5E0KA 4FF7A 5LKYA 4E38A 3NL5A 1VC4A 4K7YA 3LCFA 1VYPX 4JNMA 3IRDA 5F2IA 4P2VA 2A2IA 2Z0IA 4XQ6A 3I65A 4MFEA 1G69A 4WJEA 4X2RA 3BV4A 2BXVA 5CPMA 1EB3A 2PRMA 5KZMA 2YPIA 3C2EA 4MFDA 2WQPA 5AHNA 1GZGA 2AAMA 2YGYA 2Z1BA 4KFNA 1SO6A 1J2WA 4DXVA 1TPUA 5DBUA 1VR6A 5HWMA 2VXNA 4ZQOA 1PCWA 1YYAA 3NNTA 4OGZA 3W7NA 3HGSA 3OA3A 3NZ1A 3FEMA 4EIVA 2YDAA 3LLFA 4DELA 2CLKA 3LBMA 1I2PA 3N2XA 4ORIA 4HNVA 1Y0EA 5D32A 3IGSA 2C15A 4HPJA 3F1QA 1YDOA 5HUOA 2ZRWA 2ISVA 3S1UA 4FB7A 3G1DA 3T7VA 3O6DA 2TPSA 1D9EA 1OFQA 4C1LA 3LTPA 5F4SA 3ABOA 1OVDA 3QRHA 1ME9A 4BF9A 2B0MA 4ZVJA 4I7VA 1R30A 4DO5A 3A5FA 3G8RA 4N9EA 3ZR4A 3LCWA 1HTIA 1ZENA 4XBKA 3YPIA 3M47A 1T8XA 1W1ZA 1NF7A 3FYPA 1QOQA 4KFPA 1OYAA 4I7WA 5U7SA 3W86A 3W7HA 4PL2A 3W2MA 4N4QA 2R94A 3M6YA 1JQXA 2QR6A 3INPA 1KTNA 1JVNA 5K9CA 5AHFA 3PAJA 1A5AA 2VFIA 3TXZA 1SW3A 4LW7A 4UFIA 2V5LA 1SZFA 3P7YA 3S9YA 3BK0A 2EKCA 4GUGA 3MP3A 3L5MA 3UYCA 4AF0B 1CW2A 2DZVA 4LUJA 4IX2A 4LY8A 5KSWA 3O15A 3S1VA 3LCXA 2WKJA 3M1ZA 3B0UX 3W76A 1R2RA 3STGA 5C5YA 1ALDA 4IMDA 4UTMA 2C19A 3DFQA 3UWVA 5LNRA 1AW5A 2VFDA 4A29A 3RMJA 1FY6A 1WBJA 4UR8A 2Y7GA 4RXGA 3W7OA 5CPOA 5I3KA 3OG3A 5CGQA 1UCWA 3S42A 3P5YA 3PB2A 3CHVA 3EEGA 2QJIA 1LRNA 2BTMA 5FF3A 5GVJA 3MJYA 2R14A 4Y9AA 2QCDA 3PS7A 5D04C 2J88A 3EX6A 4UMBA 7TIMA 3HPXA 4YMZA 4IXHA 2G5WA 3LX9A 1W54A 1KW1A 1JCNA 3GKFA 3M16A 4O52A 5J5DA 1IXNA 4EWND 3EWWA 3NG3A 1TPEA 4H4IA 1F2JA 3A9IA 4FO4A 1LOSA 1ICQA 1DQWA 1EEPA 3IVTA 4FXRA 1YPIA 1OK4A 1UUOA 1OHLA 3N34A 2DJXA 4Y90A 1KM5A 1TRIA 4Y96A 3WK1A 3NYZA 3W7IA 1ME7A 5HWNA 2E5CA 4PC8A 1G6CA 4JR5A 4OT7A 3G8EA 3V75A 3NQCA 4DO6A 2B4GA 4LVGA 1VCVA 2A1YA 1JUBA 1MO0A 1OFBA 2X1TA 4OQVA 3G24A 4O8RA 1GG0A 2G97A 4EVZA 2CLIA 3DFPA 3HB9A 3LRKA 3SGZA 3UY7A 4DF1A 1ML1A 5I3HA 1QNVA 1P0NA 2AQWA 1XXXA 1VCGA 3LHWA 2XN0A 5IBXA 1QO2A 4A2RA 2QCNA 1Z41A 2A7RA 1L6WA 4O53A 2Y6ZA 1NF0A 4R34A 3FYOA 2Q8LA 4M7TA 1H51A 4GUIA 3PSVA 2GQAA 1DJNA 4AHPA 3TA6A 2E68A 3R2GA 1VZWA 4NJKA 5FEXA 3C52A 2KZHA 5E1QA 5FF7A 1YLVA 2FFCA 1V7YA 1XBXA 1H7PA 1XDLA 3U2OA 2HMCA 4WD0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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