2Q3R | Genus

Total Genus 117

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	117
sequence length	361
structure length	351
Chain Sequence	SVPLLTPYKMGRFNLSHRVVLAPLTRQRSYGNVPQPHAAIYYSQRTTPGGFLITEATGVSDTAQGYQDTPGIWTKEHVEAWKPIVDAVHAKGGIFFCQIWHVGRVSNSGFQPNGKAPISCSDKPLMPQIRSNGIDEALFTPPRRLGIEEIPGIVNDFRLAARNAMEAGFDGVEIHGANGYLIDQFMKDTVNDRTDEYGGSLQNRCKFPLEIVDAVAKEIGPDRVGIRLSPFADYMESGDTNPGALGLYMAESLNKYGILYCHVIEARMHTLMPMRKAFKGTFISAGGFTREDGNEAVSKGRTDLVAYGRWFLANPDLPKRFQVDAPLNKYDRPTFYTSDPVVGYTDYPFLE

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Plant protein
source organism	Arabidopsis thaliana
publication title	Ensemble refinement of protein crystal structures: validation and application. pubmed doi rcsb
molecule keywords	12-oxophytodienoate reductase 1
total genus	117
structure length	351
sequence length	361
ec nomenclature	ec 1.3.1.42: 12-oxophytodienoate reductase.
pdb deposition date	2007-05-30

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00724	Oxidored_FMN	NADH:flavin oxidoreductase / NADH oxidase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2q3rA00

4NNAA 2OCZA 3H53A 1ICQA 2YW3A 4MLJA 4HSNA 2O7SA 1LYXA 3GXTA 3CIXA 3E0IA 4JIQA 2IQTA 1R2RA 3ZR4A 1TIMA 5F4SA 2VFGA 3GK0A 3M5ZA 3BGJA 1GWJA 3R12A 5F2IA 4UR8A 3G24A 3U6WA 4XZ9A 3N2MA 5D05A 2JGQA 3MUXA 3NZ1A 1TPVA 3TIMA 1OYBA 3Q58A 2Q3RA 1E51A 1ZAJA 4AAJA 2V2HA 3TAKA 4FNSA 1EWEA 2P1FA 3TNOA 4HNVA 4O4VA 1R2SA 3W7KA 3PAJA 4JTHA 2JKEA 3L65A 3PR2A 1T99A 4QITA 2CZFA 1VCVA 2V30A 3F1QA 3EKLA 1AMKA 3G8EA 3S1VA 3C2EA 1V5XA 4JIPA 3B0VC 1G4TA 3LTPA 4K8EA 4XTIA 1NSJA 3FEMA 3M5XA 2FTPA 3UPWA 3N19B 3LCWA 4BK9A 1PCKA 2V81A 5F4WA 4A29A 3W2KA 1OF8A 3KRUA 1W31A 3SSJA 5DY2A 3DU0A 1RV8A 3BG5A 3SI9A 2Y88A 2BZNA 2JKAA 4IMCA 1OFDA 1IGSA 2A6NA 4CNPA 1U5JA 1L2UA 1WOBA 4LC8A 5HR7A 4UR7A 4N9EA 2PRMA 2CLKA 1JQVA 3F4NA 1N8FA 4LNYA 3OEXA 4NNBA 4QIUA 1ZHAA 4CQAA 3NR0A 1HTIA 2DZPA 3U8GA 2HS8A 3JS3A 2YCEA 1XUUA 1QAPA 4LUIA 3EXRA 2VFEA 3SIZA 4IX0A 2Y89A 5AHMA 1NEYA 5J5RA 3RNDA 4KWWA 3W7NA 1JVNA 1D3GA 3GKFA 1V7YA 3SR7A 3OHIA 3LCLA 3TW7A 2ZRZA 3PF3A 6ALDA 3LXAA 3HGOA 1TREA 4FF7A 1TPC1 4IGHA 3WJZA 3LB0A 3L5MA 3DBPA 3P60A 4K7YA 2JK2A 3QM3A 3P62A 3B0PA 2Y7DA 3TA6A 5AC6A 1ALDA 2C18A 1A5BA 3L0NA 4JY8A 1KFJA 1EEPA 3I7SA 3TSDA 1S5WA 2VXNA 5EMUA 3V1PA 4CCCA 3B05A 2ZRXA 1OFQA 1YDOA 4BI5A 5AYXA 1QOPA 1K03A 4ZQOA 3BARA 4Y9AA 1J2WA 1EX5A 3WK1A 5DBUA 5AFDA 3CEPA 3W9ZA 1W5PA 3F03K 3GYEA 1FDJA 1SZFA 2QAPA 4B5NA 2CZDA 4XBSA 4NVTA 3RLVA 1O5XA 2E77A 4HIBA 5BRBA 4GWEA 3C56A 4I9AA 4JTKA 2OX1A 4AMAA 2VEKA 2A7NA 4GE8A 3IIPA 3SECA 2X1TA 4R33A 1X6UA 4E2DA 1KTBA 5G1TA 3T4CA 2VOMA 2RDUA 1XCFA 4O57A 2Q3OA 1P1XA 3R5EA 3BLIA 3K30A 3CLMA 5HUPA 5D30A 3W7LA 3HG4A 4S1FA 2QCMA 3L68A 4A2RA 3UY8A 2CWNA 1GOXA 4JXCA 2Q8ZA 4JTUA 5FF7A 1RZMA 3SZ8A 4K6AA 4UMBA 2QDHA 1VYSX 3S5NA 3SFKA 1T0OA 2BTMA 4GJ1A 2DJLA 1SU5A 4WY0F 3OVQA 4XBKA 5EPDA 1W3TA 1H7RA 1TB3A 1HO1A 3QRHA 2D73A 1OYAA 1ZENA 1KLZA 3GDLA 4FNUA 3GXPA 1ML1A 4M7SA 1KFCA 1THFD 3ELFA 1F76A 1G67A 3DFTA 3SGZA 3PBUA 2FIQA 3NOEA 3RFAA 5KINA 2EF9A 3MP5A 2GQAA 5AHNA 4M19A 1OYCA 3NAVA 4O50A 3TMLA 3A5FA 4PC8A 1KW1A 2E1DA 4ZVJA 2ISVA 3P80A 5FF4A 3AO0A 2YYTA 3ABRA 2BLEA 1YLVA 5AB3A 2GOUA 2TPSA 1K7FA 3QYQA 5F2LA 3W7QA 4IPJA 4FXSA 3DFNA 4CQ8A 3G1AA 1S5VA 1FWRA 2WV8A 2XN2A 3L66A 5KZDA 3RMJA 4EIVA 1FDYA 1NVMA 3V75A 4QSHA 1DOSA 2ZZ6A 2WJZA 4LY8A 3NQAA 3F4WA 1I4NA 3LLFA 3TC7A 4LW7A 4GFSA 2NX1A 4NXSA 2CZEA 1WBJA 3N73A 4LS0A 5D37A 4UTIA 3GNDA 5FEXA 3G1VA 5L6UA 3ATYA 3FKRA 4X22A 1M5WA 1NFBA 2ZQ0A 1EA0A 4LVGA 1T8XA 4RZ6A 3TE9A 5BMXA 3BK0A 3TXVA 2QEZA 3W7IA 2GQ8A 3DFPA 2Q8LA 2H3DA 5C55A 4Z1CA 1B4KA 4O14A 2ZZ7A 4CCDA 5K4ZA 4Z0SA 2ZZ3A 4LVBA 4MYXA 3HB9A 3L5AA 2NWRA 3UD6A 2WSYA 4JICA 5CPMA 4LRTA 3O05A 1P5BA 2V5LA 2V82A 2A0NA 1MEWA 5F1VA 4X3ZA 3CIWA 3PVFA 5TBOA 2EAWA 5U4NA 4OV4A 1KM6A 4OQVA 1I2RA 5I3GA 1DV7A 4N6EA 1KTNA 3M1ZA 4FXRA 1EP1A 3M7WA 4IJBA 1K02A 3YPIA 1VH7A 1DL3A 3W84A 1IXPA 3VCRA 4LVAA 2C14A 3WJWA 5BOOA 3QMRA 5HWMA 2HSAA 5G5IA 3W1UA 4DPQA 1XBYA 3TAOA 1K7XA 1SSDA 3IVUA 3TQKA 4WQ6A 2H6RA 3NO5A 1ZALA 3W87A 1H1YA 2J6XA 3HGSA 2EGZA 1GTEA 1P4CA 5CPNA 4LRSA 3THAA 3PBYA 5IBXA 4GUJA 3THQA 3HPZA 5G4EA 4Z1AA 1LRTA 4C1KA 3I7QA 2A1YA 2JKPA 5FEPA 2C3ZA 3PG9A 1QOQA 3LI1A 2V2CA 1OF6A 3LCGA 3LV6A 2RFGA 5F1UA 1GVOA 4LT9A 5EL1A 1KBIA 2QCCA 1OG0A 4JX6A 5DCEA 4GC4A 1WDWA 2DZTA 3NL2A 3O15A 5AHFA 4IMGA 1L6YA 1FQ0A 5CSRA 3KVKA 3IIZA 4YL2A 4A22A 4JGDA 3SY5A 3M44A 1F7BA 2E6YA 4MZYA 1OFBA 2ZA3A 4RKAA 1FCBA 4NZFA 1GYNA 3W7RA 2TMDA 3GZ3A 1CX9A 1F74A 4M6QA 3ABQA 4YMZA 3MHUA 3B03A 3LGEA 4CNNA 3T44A 1QFEA 1PHQA 4CNOA 4FX6M 3HG5A 5J5DA 4O12A 4AXKA 1W5QA 2WO5A 1JRBA 3GDRA 4JTTA 1M6JA 3P61A 4GUFA 5H91A 4JR5A 3W1NA 1VGAA 3T55A 2ZZ2A 2YX0A 3QW4B 3SJ3A 4M7TA 3CT7A 3I68A 4DO6A 4QQ3A 5IBXC 3QZEA 3NQEA 3FLUA 2YFNA 1Q6RA 3PWAA 1KM0A 1YADA 1KM3A 3P81A 4POCA 5FEWA 4OBTA 1UUMA 4L4LA 4AHQA 4WXZA 5I3KA 3O8AA 2YPIA 4O1DA 3U2OA 3WJSA 1LOLA 1O60A 1OABA 4DBDA 1B3OA 2VFDA 3HBLA 4MY8A 1WQ5A 1TPB1 3QQ0A 1LRQA 4LUJA 1GPWA 1Q3NA 3OVRA 1R30A 2QCGA 5EBUA 4E0CA 5F2MA 5AN7A 3LCIA 1UASA 4PEKA 4H3DA 1TV5A 1AG1O 3G22A 5BNKA 3GIYA 1MZHA 1RQHA 4MIMA 3G1HA 2R14A 1VS1A 4WOZA 1JCLA 1ZCOA 4Q4KA 2AAMA 3C8FA 2WSQA 1XM3A 1P0NA 4NJHA 4UCGA 1H7PA 3NVTA 3P5ZA 1TTJA 3G1FA 2BXVA 3USBA 1B9BA 1JJKA 1TQXA 3FJLA 4Z08A 3A5VA 1IIGA 1KTCA 2TYSA 2W6RA 5BMWA 3M5VA 3UZ5A 3O6CA 4YWIA 2WKJA 3CM4A 1Q6LA 3TROA 4O54A 5G1YA 2LLEA 2E6DA 2E6AA 2QUTA 3A22A 1EUAA 3O16A 1XFBA 4UUIA 1UUOA 5BW6A 1YXYA 4TU1A 4RJEA 3W75A 4WD0A 2QCHA 5CPOA 3UYCA 3S5ZA 5CZSA 1ZAIA 4XTDA 3M47A 2B7OA 4JD4A 2BSLA 4FNPA 3N9SA 3QMTA 1QO5A 5CZJA 3M5YA 2H8XA 4UTJA 2QJGA 3MWAA 3BO9A 4A2SA 4YCOA 3W7JA 1TPWA 4O0ZA 3KVLA 3FYOA 1TJPA 1AL7A 3G18A 4GXMA 1A53A 5C54A 3N2XA 1ZFJA 1WXJA 3ATZA 3DXIA 2GVLA 3P7YA 2C19A 1TV7A 2CFFA 3LRLA 1JCMP 3G1DA 1ME7A 2B7PA 4ORMA 2VELA 2CU0A 2R91A 5HULA 2PRLA 2GQ9A 1TTPA 3W3OA 2C0AA 1OJXA 3OVPA 1FXPA 4RCXA 3WJXA 3NXFA 5K9XA 2NV1A 1QPNA 3N34A 5C5YA 4U28A 2ZZ1A 2QCDA 1OFAA 3HJZA 3TJLA 3DGRA 1S3HA 3GXNA 3IGSA 4UTUA 1I8JA 1PCWA 2V8ZA 4O1CA 4N9BA 3S5YA 3QSRA 4LVFA 1FY6A 1OK4A 1RD5A 3W88A 3NQ2A 2RDTA 4FHAA 4NJJA 1K8XA 3CQ0A 1H1ZA 2J9XA 4UFHA 1KBJA 4ALDA 5E0KA 3OG3A 1W54A 3RU6A 1BEUA 3VE7A 4NZJA 4XWUA 3ABSA 1BWKA 1QWGA 2ZTKA 1YTEA 1SO6A 1GT8A 3UQNA 3FOKA 3W2UA 1F5ZA 1HUVA 4N6FA 3W1MA 5K9CA 3NM1A 4ZQNA 5FEZA 3DHFA 1LRNA 3S5OA 2ABBA 3GDKA 5LNWA 2P10A 1SQ7A 3NPXA 3QF0A 5E1QA 2FPVA 3TSBA 5AYZA 3IIVA 3C4UA 1NF0A 2X1UA 2QCLA 3EWUA 3O06A 4KWVA 2X2GA 4JDYA 1GEQA 4K36A 2NUXA 3HIJA 5G4WA 5D09A 1AW5A 1TPUA 1VLWA 1TQJA 1SO4A 4AHOA 1VLIA 3KRSA 3QFEA 1TPFA 4BR1A 4UTKA 3CTLA 1H5YA 1IXOA 4EF8A 4TR9A 4CQ9A 2NUYA 4R7JA 1XC4A 1Z41A 1FUYA 3W1AA 4XKYA 4LTSA 4N9DA 5K3VA 4TMBA 3PSWA 3ZFHA 1FCUA 1CI1A 2QF7A 3A24A 4DXVA 1TCDA 1JRCA 1I2OA 2HMCA 4M5PA 3LBMA 5MHBA 4L4MA 2Z6JA 3W72A 2FDSA 3GDMA 4PCFA 2AGKA 2V9DA 4JTGA 1F73A 2OZ0A 1SFJA 5CG7A 3OBKA 3UY7A 3UWUA 2A6LA 2GUUA 3B06A 3G1SA 3KHJA 2E68A 3RLUA 3VKJA 3DHDA 4Z0JA 5I3HA 2OMAA 3E9AA 1QPQA 3DFQA 3HQ1A 2ZTJA 3NL3A 4O16A 4PL2A 1F6KA 3EKZA 3EX1A 3VI2A 2NLIA 3NQ7A 4ONVA 4EOUA 3BVJA 2FJKA 1W3NA 5D02A 1TMHA 5G2HA 4EWND 3W73A 2B7NA 2E5BA 4JS3A 1TYGA 3VE9A 3SGUA 2ZA1A 2FLIA 1MXSA 1BKSA 4R53A 4M6VA 5LNUA 3R2GA 1VRDA 3TFXA 3QQ1A 1GJPA 1KV8A 4N02A 4CLMA 3W23A 3QC3A 1VHCA 2QR6A 3NQFA 4O1AA 2CLHA 1XL9A 1W5MA 1R46A 3C2OA 3NPWA 1XKYA 4MOZA 2VC6A 1VYPX 4FB7A 3P8JA 3W7CA 5LHEA 3C2FA 5CSSA 2Y7GA 4MZ1A 3N9RA 4IMEA 3HOJA 4PTNA 4RXGA 4UMAA 2X1SA 1ICSA 4PH6A 2ZFAA 2G96A 4IXXA 4NJIA 3W7GA 3T78A 3IVSA 3BW4A 4Y6GA 4Z1BA 4MLRA 4DO5A 4JEQA 1K7EA 1DQWA 2BX7A 1AW2A 1B57A 2CLMA 1Q45A 4RZ4A 3W71A 1ZY9A 1TSIA 3CU2A 3GAKA 1WBHA 3W83A 4DF1A 2VFFA 2ZBTA 2ALDA 2ZRYA 4W9TA 3NEVA 2VEIA 6TIMA 3IV3A 1GVRA 3LX9A 2E09A 2PCQA 3MHFA 3BV4A 1OX5A 2YW4A 2R8WA 5LNRA 1VC4A 4D2JA 3G0UA 4WX2A 3NA8A 1H63A 1L6SA 4LS1A 3UXAA 2QJHA 4N9CA 3NPVA 4ICNA 1ZAHA 4UTMA 3TCEA 3TSMA 2YFOA 1SW0A 4PODA 3L0KA 3H55A 1A50A 3TUUA 1XXXA 3N3MA 3W7EA 3B8DA 3NM3A 2G95A 4O17A 1H7XA 1AW1A 2XN0A 5LHFA 4DO4A 4PFMA 3FA5A 3EWYA 2B7QA 3BW2A 1ZJIA 1OHLA 2YYUA 2X16A 4RK8A 3UWWA 2F84A 5F2GA 1DJNA 3LXCA 2FQIA 1WYIA 5KTLA 4MFEA 4FNRA 1KM5A 2GJLA 1QR7A 3M16A 3W2LA 4K7VA 4A3UA 5AHIA 1XBXA 4MYAA 4ADSA 1QPOA 3GB6A 4K39A 3CHVA 2ISWA 1EP3A 2H3BA 4BWLA 3LHVA 2NWSA 3PUOA 3A23A 4NJGA 4K37A 3LTSA 4FIQA 4MVAA 5FF0A 4JYFA 2Y7FA 2V2DA 1X1ZA 2GVJA 1QO2A 2Z0IA 4JY9A 4UFMA 3VFLA 3UXDA 4MFDA 3W1XA 1G69A 4FNTA 5KZMA 1GYLA 4ZMGA 3TR2A 2H8ZA 4IXHA 4OV9A 3IGUA 5HR6A 3C3NA 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5G2WA 3WFAA 2GJNA 4IMFA 3CEUA 3FJ6A 3L21A 3KVMA 4H4IA 3B4UA 1OX6A 4G1KA 1GVFA 4NQ1A 4O53A 4TIMA 4O11A 5EA9A 3DI0A 1JULA 5D2XA 1XBZA 4P2VA 1KFLA 3DAQA 1O95A 3FS2A 3MI6A 3WK0A 3NYZA 3T7VA 1VJIA 2TRSA 3LBCA 4WOQA 1KA9F 1Q6OA 4ML9A 1W56A 2C16A 1ZNNA 4MY9A 3G3MA 4R34A 4O15A 5HUOA 1DHPA 3UNDA 2Y70A 3MW7A 4BFAA 2I9EA 2EKCA 4NX0A 3W7DA 1KM1A 2G5WA 1SFLA 3P5YA 2J9ZA 3LM7A 3GKAA 3S0CA 3KX6A 4NXKA 1Q6QA 3ZWTA 1EWDA 1UB3A 3O1NA 1H62A 1LCOA 4HSOA 3C2VA 4WUIA 1EB3A 4NX5A 4N2YA 4FEZA 3QH2A 4KFPA 1KV5A 2FFCA 4MJMA 3PUEA 2A4AA 1QCWA 3INPA 1HFBA 2W79A 3GX9A 4PL1A 1YTKA 3O63A 4ZZ9A 4NU7A 1G4EA 4AB4A 4JTFA 5IM51 3QSTA 2ZRUA 3PSVA 3LTYA 4O19A 4I7WA 1PL9A 4EF9A 2X1RA 2VKZG 5CZTA 2PURA 3S1UA 3KXQA 3EX4A 3DFOA 3W7MA 1S5TA 3I7RA 3G3DA 5HJLA 2NX3A 2CLOA 1OVDA 1ONRA 4GUGA 4DF2A 1ICPA 1YTDA 2CLFA 5EKYA 1JUBA 3MYPA 3LCHA 1BTMA 2WNQA 3KOFA 3MMTA 3HGJA 3O6DA 3P8IA 4ZQMA 4UTTA 2ABAA 1F6PA 3UZJA 1YXCA 5C6MA 4GUHA 1LM1A 3PY2A 1FWTA 3RF9A 3TJXA 5I3FA 1N55A 4WJEA 1ME8A 4ZQPA 3ZWSA 2QUVA 3W22A 1K8ZA 2WQPA 5D2TA 5G2IA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2Q3RA

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