5A8PA

Crystal structure beta-glucanase sdgluc5_26a from saccharophagus degradans in complex with tetrasaccharide b
Total Genus 134
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
134
sequence length
336
structure length
336
Chain Sequence
NDWWDIPYPSQFDVKSLKTQSFISVKGNKFIDDKGKTFTFRGVNIADTGKLLSRNQWQKSLFEELANNWGVNTIRLPIHPVSWRKLGPDVYLGHIDEAVRWANDLGIYLILDWHSIGYLPTEQYQHPMYDTTIKETRDFWRRITFRYQNVPTVAVYELFNEPTTMGNTLGERNWAEWKTLNESLIDMIYASDKTVIPLVAGFNWAYDLSPIKKAPIEREGIAYAAHPYPQKAKPEVKNDKNFFKLWDEKWGFAADTYPVIATQLGWVQPDGYGAHIPVKDDGSYGPRIVKYMQKKGVSYTVWVFDPDWSPTMINDWDFTPSEQGAFFKQVMLEAKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Quaternary Structure of a Glycoside Hydrolase Dictates Specificity Towards Beta-Glucans
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE RETAINING B-GLYCOSIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Saccharophagus degradans 2-40
total genus 134
structure length 336
sequence length 336
ec nomenclature ec 3.2.1.73: Licheninase.
pdb deposition date 2015-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a8pA00
2O9PA 3AXIA 1OCQA 4GPNA 3SCRA 3ZIZA 2BHZA 2BY0A 3AXXA 3BH4A 2J7BA 1UWRA 4W88A 4GI9A 1GZJA 3GBDA 3OLIA 2ZX9A 1W2VA 1HP5A 2J7HA 3A4AA 3GTNA 4H8VA 2Y24A 1JZ4A 1HX0A 4AZ5A 1GOOA 1LWJA 3NCOA 1QBAA 2GDUA 4FLOA 1B31A 5A6LA 1U33A 4GI8A 4Z2IA 3CUFA 3DC0A 5CGTA 2X1IA 2VR5A 1Q6EA 1KGXA 3RDKA 1R7AA 1RP8A 3CZKA 5DEZA 4CCCA 3U5YA 1MVYA 4V28A 3MMDA 3S2CA 3NDZA 2EPNA 4PCSA 4NZCA 3VIOA 3PZIA 3ZQ9A 3U7VA 4QLLA 1E5JA 5DFAA 4PUEA 3SUWA 2WKLA 4UOQA 2WNWA 4W93A 4XZBA 1AQ0A 4QLKA 3WNKA 3SCQA 4BQ3A 4QP0A 4PTVA 3A47A 4J27A 4W7VA 3WQWA 4FLSA 3PN8A 2WHLA 1NH6A 5C8BB 3VD5A 1W2PA 4M80A 3NSNA 2VVSA 4DWSD 5C70A 2YL5A 1SYTA 3SCWA 4D71A 1H3GA 4KWUA 4X0VA 3AS3A 3QR3A 3PZ9A 1WPCA 4CD4A 1B2YA 1FH9A 3VPLA 3JUGA 3OLDA 5I78A 2EPMX 2DSKA 4GZJA 5I24A 4PMYA 4UQCA 3OZPA 2AMGA 3HJEA 2QF8A 2VL4A 1E6NA 3MUZ1 1HJWA 2EEXA 3ZT5A 4DUWA 1CXIA 3VX1A 1B1YA 1EDGA 4CVWA 2XWEA 2VOTA 3WEZA 1NOFA 4ZE5A 4HPGA 3VIMA 1ISXA 3MUY1 5D9OA 3PZUA 2O9OA 5IHRA 2NT0A 1CECA 3FHQA 1M01A 4PSPA 4D6EA 2BXYA 2EPLX 1JIBA 3M07A 1RP9A 2JF6A 1EQPA 2DIEA 1NP0A 2PBGA 4GZIA 4P8XA 4MB3A 3GM8A 1JZ8A 2OSYA 1EOKA 1H09A 2BY3A 2CBJA 1ZJBA 1D3CA 2VC9A 2VX4A 3KWXA 3VIIA 4YHEA 1ZS2A 2VR4A 3AZRA 3WUEA 3ZJ7A 4MAVA 4AIUA 1BYAA 2O9RA 5IFPA 1EDQA 2OYLA 1C91A 3ZR5A 4AD3A 2V5DA 1GUVA 2WVUA 4CU7A 1CGVA 5M5DA 4CN1A 4RE3A 1V03A 1UG6A 3CH9A 4JL1A 3ARVA 5HDRA 4H8UA 4A3YA 5ABFA 5CPTA 5F7UA 1JYXA 1FHDA 1KR0A 1WAWA 1LJYA 3ECQA 1HKIA 4JKKA 5A6AA 1NWTA 1SR0A 3D3AA 3KL0A 5HOSA 3MMUA 1QNRA 1CBGA 2HVMA 2DGAA 2VCCA 1PX8A 2GFTA 4Q22A 1OT1A 3EDEA 4CN4A 4HTYA 3WQ5A 2VX7A 5JIPA 3L4ZA 4TVDA 3CHCA 2BHUA 4S3JA 4KGJA 3WF3A 2OSWA 4X9YA 3VIKA 4BQ2A 3VD3A 1OINA 1GJUA 4JCLA 1HJXA 5GNYA 1XHGA 5A8MA 3VILA 1UD8A 3E1F1 1UWUA 3ZJKA 2QMJA 1KQZA 4CCDA 5BROA 1WKYA 2DT1A 2PC8A 4J3TA 4MADA 5A8PA 4MAZA 2YDSA 3PZQA 1QHPA 1W9PA 4CKQA 2VZTA 4OUEA 5AYIA 1SMDA 2V3FA 5BWFA 1EO5A 3WFLA 3ZM8A 3VTRA 5DF0A 3CZGA 4EAMA 4IPNB 5FKYA 3ARRA 5JBDA 2ZUWA 5M03A 4BZYA 3FAWA 4HMDA 3W0KA 1PAMA 1ESWA 1FH8A 2AAAA 3AI0A 1W1PA 2CEQA 1TUXA 2FHBA 1MQPA 2A3CA 3DHUA 1BGAA 1CZ1A 1V6UA 4MJ4A 1BYDA 4LYPA 4AEFA 3DYPA 1UH4A 3GNPA 4M81A 2WZHA 1H2JA 2J78A 1J12A 1UR0A 1UR8A 4W7UA 1OIFA 4AC1X 1E43A 2CHNA 1UWTA 4AW7A 1NP2A 2ZIDA 5I6SA 4AMCA 3MANA 3B9DA 2D0GA 4J28A 5A2BA 2OYMA 3TA9A 4W8BA 1UWIA 4W8LA 3UG5A 2YIHA 4AWEA 2NT1A 3EYPA 4WF7A 1BG9A 1H4PA 4N42A 2GUYA 4AYSA 4HZ6A 1EHAA 2ZWYA 3WH5A 4WLCA 2CBUA 5I23A 3RIKA 1UQYA 4ZFMA 1UR2A 4UFIA 5BRQA 3ZJ8A 1ZBKA 3WH9A 3OBAA 2VRJA 5A2CA 3L4YA 1C8XA 2W62A 2YA0A 1AMYA 5ABFB 4E8DA 4CGTA 2E8ZA 2VQUA 4P7RA 3ARZA 3W25A 3K4DA 3VM5A 1MQRA 2WHMA 1IT0A 1LG1A 3BLPX 4PTXA 4XX6A 1PZ2A 4HMCA 1UR9A 5E6YA 1VIWA 4PBGA 1J11A 1PJ9A 4PTMA 3B8SA 3VU2A 4HZ8A 2EXOA 2DH3A 3SCNA 1R85A 2J62A 3WELA 5HPOA 2E40A 4M82A 1W1YA 3FHAA 1EOMA 2WMKA 2W5FA 4DWSC 1W1VA 2YJQA 2RGMA 5E09A 4RE2A 3RM4A 3WNPA 7CGTA 4HMEA 3GXMA 1KCKA 2PWFA 5DT7A 2F61A 2ZUVA 5A95A 1HJVA 1I1XA 1ZL1A 5KEZA 5HBFA 1UD3A 4ATLA 1KFWA 2FH8A 2J7EA 1U2YA 3GZAA 1BG4A 1TG7A 4UR9A 3OA5A 1OT2A 1UWSA 2BY1A 3POCA 1D7FA 4Q7NA 1KWKA 1RPKA 3ZSSA 4Z2JA 1JF5A 1GOIA 3W29A 3ARSA 5D8WA 4EK7A 1JFHA 1KXTA 4AZBA 1US3A 3ARXA 1IV8A 3RJYA 2G3IA 3AIBA 4AXNA 1HF6A 3W37A 1OGBA 2XTKA 3WY1A 1X1NA 1LLOA 1LL7A 4AZCA 4FK9A 2BY2A 4JFTA 4UQ9A 4E2OA 4TVCA 2CXGA 3ZT7A 4X0NA 3PZVA 5A69A 2Q8XA 1G1YA 4CD8A 1HIZA 1B30A 6TAAA 1H41A 1HVXA 5DMYA 1B90A 2WLZA 3BSGA 3AFBA 4F66A 4D6JA 3AMCA 3MV01 3ZSTA 4DWSB 1GCYA 2YLLA 3FNDA 2J8GA 3L4VA 2E9BA 4Z2GA 3W26A 1E6PA 4OJYA 2OLHA 1PBGA 4NI3A 1UD4A 4BA0A 3GNOA 3SURA 3VGEA 2X8RA 3GYCA 4S3KA 1G9HA 5EB8A 2A3EA 3S6TA 2XVGA 1CLVA 1NARA 2ZUTA 1M53A 4PMZA 4CU6A 1EXPA 1CYGA 1XSKA 2YDQA 2CBVA 3AYRA 1VFOA 1CGUA 3UESA 1MXGA 1AQMA 1E0VA 2WBKA 2QMKA 2WC4A 5E0FA 4Z2HA 1TMQA 4OBSA 5LA1A 4WKHA 1H0IA 2JIEA 4YPJA 1UWQA 4YHGA 1NOWA 4JCMA 4NSBA 1UKSA 1NOUA 5BXPA 1X6LA 3O2LA 1B3ZA 1W91A 5CXPA 2E4TA 3M46A 3NSXA 4CD7A 1YQ2A 4CVUA 4HU8A 5BYWA 1DP0A 1WP6A 2J74A 2W67A 3L4WA 1JDAA 1FA2A 2OWWA 4FF5A 1L8NA 1E6XM 1GQJA 5LYRA 3VIGA 5A8NA 3BAYA 2UY3A 4HA3A 2WZIA 1GVIA 3VDBA 3VIJA 1XC6A 4FLQA 2ZUUA 4Y7EA 1V6WA 3SUUA 2F2HA 2DPEA 3WD4A 4MNJA 4Z2LA 1TR1A 4KH2A 4JKMA 1VFUA 2HISA 4QAWA 4J3UA 4UZSA 4PMXA 5C71A 5A1AA 1VEMA 2CERA 1V3IA 2VTFA 2OYKA 3QHMA 2OSXA 5A8OA 1C7SA 4UQDA 3VMOA 2D0HA 4UCFA 4ACZB 3BXWA 3VKKA 4HOWA 4WJXA 1J18A 2CIPA 1KXQA 1VBRA 3BLKA 3BC9A 1XYZA 2X0HA 3U7BA 2JE8A 4WKAA 3TTOA 1CDGA 1E71M 1LL4A 1KBKA 1W3LA 1V0KA 4M56A 3BAWA 1UKPA 1J0JA 1S46A 4K68A 2A3BA 4URIA 4U3CA 3EDJA 2E3ZA 1WZAA 3KL5A 1R86A 3N15A 3WBAA 1JZ5A 1EIBA 3DECA 1US2A 4C7DA 1NWUA 1KR1A 4B9ZA 2BHYA 3QOMA 3L2MA 3AHTA 1VB9A 3TTYA 4A4AA 3WFZA 1PEZA 3AHYA 5IFTA 1R7OA 1W9UA 1WDPA 1XD0A 2WLYA 1ISYA 4LPCA 2NSXA 4W85A 2WWCA 5M3WA 3ARYA 1C3FA 4L4PA 3THCA 1BPLB 4V27A 3BAJA 3IJ7A 5I5RA 1VBUA 2CBIA 4BS0A 3AICA 3OLEA 4V2XA 4UTFA 2WHKA 2G3JA 1HKKA 1XH2A 2V5CA 4PMDA 2JEQA 5FD0A 1PIGA 2YKKA 1H5VA 1OSEA 1KGWA 2GJXA 4LYQA 3WH8A 1ITXA 3POHA 3U57A 1HJUA 1E3XA 4KMQA 1E6QM 3SCOA 1JFXA 1GOMA 2DSVA 4W5UA 1QBBA 1NM9A 1J0YA 4L4OA 4DM1A 4LYRA 3AMDA 2GDVA 2XGIA 1QI0A 1JL8A 1E55A 1QW9A 1E9LA 4U3AA 5I79A 3RCNA 4J7RA 3K8LA 2PWGA 1O7AA 1KXVA 3RM8A 1BVZA 3D5HA 3AHVA 4UFMA 3WF0A 3KZSA 1DWAM 2BXZA 3TTQA 3WF2A 1XCXA 1YHTA 4BCEA 1WZMA 3AIEA 4H41A 3BAIA 3PZNA 3F5LA 4PRWA 1K9TA 4LQ1A 4JKLA 1DWGM 3DYMA 3WDJA 4D6CA 3AZSA 3VUPA 3WNOA 4HZ7A 2V3GA 1HJSA 5A6MA 2PI6A 3ZJ6A 2WMJA 5HNNA 2WZEA 4GO8A 1MW3A 5KZ6A 5DO8A 4XZWA 3A6OA 2CITA 1ZU8A 1FP9A 5ABGA 3WNMA 2ZXDA 2QV4A 4QLJA 2W61A 1A47A 3T0BA 5BXRA 5FOOA 3AIWA 2WB5A 3GXDA 4GINA 2UWFA 3W4RA 1E3ZA 3AMKA 2OWXA 1V6YA 4JHZA 1W3HA 1H1NA 4UQEA 2G8ZA 4PEEA 4ATDA 1NWSA 1LG2A 2WC7A 1ZBCA 2A3AA 1HXJA 4XV0A 2ZX8A 4GZEA 3APGA 3N1AA 3ZR6A 3WBEA 1UR4A 3ZT6A 5CPSA 4AY1A 1EH9A 3ALFA 2D1ZA 4UFKA 2VX5A 1KQYA 1UZ4A 1G0CA 2FGZA 2BS9A 4E8CA 2D22A 3W27A 5BXTA 4H04A 2XFRA 2ZXAA 2GJXB 4UQBA 1MW1A 1F4HA 3CMJA 3SCTA 2EJ1A 2XFFA 4PMRA 2VX6A 2RGLA 2GVYA 2VCAA 3AJ7A 4CUCA 2CKRA 2G3NA 2VZUA 1HKMA 4DM2A 4TXEA 5E70A 1C93A 2XSAA 4D6DA 5A8QA 3A4WA 1V3LA 3WQVA 1V6XA 4MTVA 1GQIA 1X6NA 2VURA 4ATWA 4C7FA 1OD8A 3KE0A 2FHFA 3FAXA 1C92A 4B16A 1E1EA 3K46A 1VJZA 2D0FA 4MDPA 4DUXA 4GIAA 4RE4A 5CG0A 1CWYA 3OLGA 4LX4A 2J47A 3VMNA 4PMOA 3T0AA 1CXFA 3UG4A 2Y8KA 2YL9A 3K8KA 1M7XA 1W3KA 3CHDA 5CLWA 1TZ7A 4MNKA 1V0MA 1GJWA 3HMCA 4R27A 1FFQA 5A94A 4ZENA 1RH9A 1U30A 5JBEA 3WD2A 3OGRA 3ZOAA 2DSWA 2VT0A 3PTMA 3OGSA 2BV9A 3CBWA 2WPGA 2IXVA 4AZGA 3WMBA 2GJRA 2V3DA 1GQKA 2VZVA 2IXUA 1CXKA 1PX3A 1V3HA 4UOJA 4AZ7A 3W38A 3NJ3A 1ISVA 1NQ6A 1C8QA 1V6VA 3N12A 2XG9A 4ACYA 2DDXA 1JD7A 6A3HA 2CYGA 3SUVA 3LPFA 3ALGA 1KXHA 4F79A 3PZOA 3W82A 1OBAA 2E0PA 2WWDA 5GQBA 1W9XA 3GXIA 2C0HA 5E6ZA 1C90A 1QHZA 1QI5A 4TTGA 1BSIA 1DTUA 1UD2A 2VRQA 3ARUA 4ZE4A 8CGTA 2W63A 1I75A 1LQ0A 1XYFA 2D3LA 1GORA 2D20A 3DHPA 1OD0A 3O6AA 1CPUA 4CN6A 2DH2A 4HP5A 3A4XA 1VF8A 4TOQA 4ZEPA 2GK1A 3CZLA 1UKTA 5AY7A 3VDAA 1ITCA 2WYSA 3PZMA 5D8ZA 4IISA 1WZKA 3WUGA 3WENA 8A3HA 1QNSA 3AMLA 4AIOA 2XYLA 5CLTA 4WSJA 1JXJA 4Z2KA 4D1IA 2XPKA 1J9YA 3WEOA 1BYCA 1E4MM 4U5KA 1E72M 2J7CA 1QHOA 4AIEA 1BHGA 3MSGA 2NW0A 4OOUA 4UZUA 2JEPA 3L4UA 5A2AA 1E15A 2PBOA 9CGTA 2YBUA 2VI0A 3OGVA 2W4XA 2YLAA 1AVAA 1JNDA 1N82A 5ECUA 4GI6A 1CNVA 1Q6CA 3B9AA 1TFVA 2EPOA 3QOKA 1E4IA 2XVPA 2WHJA 3W53A 4W5ZA 5JBFA 2ZUSA 1Q4NX 2J7FA 2XM1A 1DHKA 3WL1A 3WNNA 1EO7A 1QOXA 2J77A 2WMGA 3VM7A 1FOBA 3U5UA 2W92A 4PMUA 3UETA 4F8XA 1PX4A 2WM0A 3AS1A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2O9P A;  3AXI A;  1OCQ A;  4GPN A;  3SCR A;  3ZIZ A;  2BHZ A;  2BY0 A;  3AXX A;  3BH4 A;  2J7B A;  1UWR A;  4W88 A;  4GI9 A;  1GZJ A;  3GBD A;  3OLI A;  2ZX9 A;  1W2V A;  1HP5 A;  2J7H A;  3A4A A;  3GTN A;  4H8V A;  2Y24 A;  1JZ4 A;  1HX0 A;  4AZ5 A;  1GOO A;  1LWJ A;  3NCO A;  1QBA A;  2GDU A;  4FLO A;  1B31 A;  5A6L A;  1U33 A;  4GI8 A;  4Z2I A;  3CUF A;  3DC0 A;  5CGT A;  2X1I A;  2VR5 A;  1Q6E A;  1KGX A;  3RDK A;  1R7A A;  1RP8 A;  3CZK A;  5DEZ A;  4CCC A;  3U5Y A;  1MVY A;  4V28 A;  3MMD A;  3S2C A;  3NDZ A;  2EPN A;  4PCS A;  4NZC A;  3VIO A;  3PZI A;  3ZQ9 A;  3U7V A;  4QLL A;  1E5J A;  5DFA A;  4PUE A;  3SUW A;  2WKL A;  4UOQ A;  2WNW A;  4W93 A;  4XZB A;  1AQ0 A;  4QLK A;  3WNK A;  3SCQ A;  4BQ3 A;  4QP0 A;  4PTV A;  3A47 A;  4J27 A;  4W7V A;  3WQW A;  4FLS A;  3PN8 A;  2WHL A;  1NH6 A;  5C8B B;  3VD5 A;  1W2P A;  4M80 A;  3NSN A;  2VVS A;  4DWS D;  5C70 A;  2YL5 A;  1SYT A;  3SCW A;  4D71 A;  1H3G A;  4KWU A;  4X0V A;  3AS3 A;  3QR3 A;  3PZ9 A;  1WPC A;  4CD4 A;  1B2Y A;  1FH9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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