2EF9A

Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to non-metallo kdo8p synthase
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
EKFLVIAGMNAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDAPTALPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
publication title Structural and Mechanistic Changes along an Engineered Path from Metallo to Nonmetallo 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthases
pubmed doi rcsb
source organism Aquifex aeolicus
total genus 92
structure length 263
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2007-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2ef9A00
4MJMA 2V2HA 4BF9A 2J6XA 2Y7GA 3GB6A 5L9FA 4CNNA 3GXPA 3NVTA 2PRMA 4Y9AA 2X1RA 1NF0A 1BWKA 4ZL1A 1SU5A 4UTWA 1XKYA 3NZ1A 1EUAA 3NG3A 4IPJA 5G1YA 4QJ1A 1XBXA 4IMCA 4TU1A 2B7QA 2JGQA 1NEYA 1BWLA 5D02A 2QCLA 1H60A 1RZMA 4UTTC 5DY2A 1PVNA 1E51A 4UNKA 4K37A 4MY1A 4QQ3A 2C14A 3FEMA 1LOLA 1X6UA 3M6YA 4NXKA 3HGRA 5DELA 3NQ2A 1EP2A 1F5ZA 3TKFA 3SY5A 4OU1A 4TX9A 1VYRA 1JJKA 5LGZA 4AF0B 1QMLA 5DXYA 1FXPA 4H3DA 3W7JA 4O0KA 2V2DA 4MKNA 2YW4A 4DQWA 2I9EA 3DH7A 1W56A 3W2UA 4N6EA 5ABTA 3I7SA 2ISSA 3W1XA 1U83A 4O1CA 3PBWA 4JTEA 2JKAA 1ZFJA 3W2LA 1TJPA 3EWXA 1XFBA 4PH6A 1RD5A 4NX0A 1YTKA 1W5PA 5LNUA 2EF9A 3FS2A 3F03K 3LXBA 1EWDA 3G1HA 3KVJA 3L5AA 5DXXA 3W07A 4P2VA 2Q8ZA 1QAPA 2B0MA 3W7EA 1GPWA 2OT1A 5FF7A 2ZRWA 4NJHA 1SZGA 4WXZA 4N6FA 3ANYA 1GJPA 2JGYA 1FWTA 4LV9A 3TDFA 2FTPA 1D3HA 2Z1BA 3KRZA 3IV3A 4RZ5A 4JEQA 3RF9A 4WXYA 3EWWA 4O16A 1BTMA 3BVJA 3H55A 3TSMA 1A5SA 3STGA 3UQNA 4Z1CA 5T26A 1WV2A 2WJZA 2A5HA 3UWZA 3EWBX 1GVRA 3INPA 3MHUA 2QAFA 1M7OA 4A21A 3BO9A 2BZNA 4DPPA 3CM4A 4POCA 4Y90A 2NWSA 3CB8A 3LCWA 4FX7A 1QWGA 3GNDA 3EWYA 3W74A 2NV1A 4MYXA 1YLVA 4O14A 1G4PA 2V8ZA 4FNQA 1LTDA 4DBDA 3NQAA 3QW4B 1IXNA 3W71A 3QMRA 3WJXA 3PC0A 1KM1A 1KM0A 5G4EA 1W3NA 4K39A 3QSRA 4JTJA 3MP5A 3DENA 1TPVA 4JD4A 1VCVA 3UPBA 4JX4A 3O07A 1MEIA 3O8AA 3O15A 4X9SA 1P1XA 1OF6A 5A5WA 4LS0A 1N8FA 1W5MA 3DXIA 5CSSA 3WJYA 1XM3A 3PBYA 2ZDRA 3CEPA 1DORA 3OG3A 3GAKA 3MW7A 1TCDA 5HUOA 4NUWA 3GYEA 4E2DA 5IM51 1H7OA 2HSAA 2ATSA 1KFEA 4WX2A 2A4AA 3PSWA 2NUXA 5AOUA 1HL2A 4O28A 2ZZ2A 1T99A 3G8EA 4MIMA 4JTHA 5KMYA 3IIVA 1FWWA 3VKJA 3D0CA 3W72A 5AHFA 1K7FA 3V75A 3QM3A 1H1ZA 3R12A 2CW6A 2ABBA 3TX9A 5HWNA 2EHHA 1PE1A 4FNTA 4LC8A 1EUNA 4BWLA 1H7RA 4KWVA 2ZCGA 4UC5A 2FDSA 1Y0EA 3TAOA 4HSOA 3NQCA 2E77A 2ZBTA 5EKYA 5C2XA 5D2XA 3IIXA 2PC4A 5KZEA 2GVLA 1ZALA 2DORA 2GJNA 4K7YA 2QJIA 3GVGA 4OE7A 4RXGA 2NXIA 3ATYA 1BEUA 3CIWA 4IWWA 3W84A 3NDOA 2VEKA 1SSDA 5LNWA 4OV4A 1GTEA 2A2IA 1NAL1 3C2OA 4MZ8A 4PCFA 2QCFA 3EX4A 2AQWA 1LOQA 3GDKA 4AH7A 1SZFA 4AWSA 1W0MA 1R30A 3SI9A 3O6DA 2J27A 1OFRA 3UY7A 4E0CA 3NPXA 3W7OA 3TAKA 4N02A 3LBCA 3PBVA 1MSSA 1YPFA 4DEFA 5KZMA 2VC6A 1CW2A 3W83A 3KHJA 4HIBA 2B7PA 4JYEA 4O19A 1LLWA 1R47A 1YPIA 3QC3A 1R46A 5D2WA 5BNKA 3PUOA 4JTLA 3TXVA 3BW3A 1KFKA 1HTIA 5DBTA 2ATMA 5D05A 1WOAA 1HO4A 3DHDA 3KFTA 4DF1A 1H5YA 4PL1A 2E09A 4WY0B 3NXFA 5F1UA 4GWEA 3M44A 1DJQA 3NQ7A 4GUHA 4MFEA 3TSDA 4FIRA 2NXHA 4EVZA 4LOCA 2WSYA 4DO4A 1RQBA 3P5ZA 1FUYA 3MMTA 3WFAA 2Y7FA 2Y7DA 4FNRA 4ZVJA 5D04C 4MUZA 1OX4A 4N9EA 3Q2DA 4FB7A 4MOZA 1HG3A 1JUBA 1ML1A 3LCLA 1SPQA 3W1NA 3W1PA 2Z2UA 2X1TA 1A53A 2CLIA 1L9WA 2JBMA 2EGZA 3UD6A 2H8ZA 3C2EA 3RLUA 3LRKA 1LDCA 3PBUA 1N7KA 3GX9A 4D2JA 3MJYA 4HPJA 1XCFA 2H8XA 1VS1A 1H50A 1JCYA 4RV8A 2DP3A 2QCEA 2BLEA 3NPUA 1VYPX 5SWUA 1K8YA 4UTMA 3C61A 3HPSA 3EWUA 1T96A 2VFIA 4CQ9A 2P1FA 4LRSA 1YDVA 4A22A 3WK0A 3W1UA 5I3JA 3B4UA 2WSQA 1X7FA 2Y7EA 2ZTKA 4AAJA 4WD0A 1EX5A 4FF7A 4IQLA 3I7RA 1AL7A 4M7SA 3STEA 4RZ4A 1U5JA 2FB2A 1SZNA 3G0SA 2QUVA 4M6QA 1RPXA 2BTMA 4UTLA 4FHAA 3ZWTA 3P7YA 2OMAA 1QDSA 1J2WA 5LNRA 4JX6A 1Z42A 2NWRA 1O4UA 2QCMA 2CZEA 2YDAA 3R8RA 4HT3A 1OYAA 1OF8A 1GVQA 4UCGA 1DJNA 1H62A 1TQJA 2F7FA 2CLFA 3HG2A 4RJEA 1O5KA 4JTTA 4ZQOA 1WA3A 5FESA 3PG9A 1FDYA 3BG3A 1A5AA 4QSHA 4CNOA 4IMEA 3IVSA 5D32A 3AO0A 3QF0A 2W6RA 1VLWA 4MLJA 2QR6A 3MHFA 2QCCA 3R2GA 2CLEA 4RLIA 3NAVA 1D3GA 1O5XA 1TRDA 3LHWA 3TC6A 3GNNA 5CGQA 5H2ZA 4LVFA 1TO3A 5DBUA 1JR1A 4YMZA 4XTIA 2QCNA 1ONRA 2NX3A 2WNZA 4O11A 1XDMA 4YWIA 4NJJA 3NQDA 4FNSA 1FQ0A 5FF3A 1C29A 3GXNA 1FBAA 2QCGA 1LOSA 1SQ7A 3GR8A 3L21A 4R33A 4U4MA 2FJKA 3WJZA 1SFJA 4O50A 3K30A 3RU6A 1WOBA 5EY5A 4PA8A 3ELFA 4A29A 3LBMA 4X2RA 4YCOA 1VQTA 2ZA3A 3P60A 4E38A 1YXCA 2R8WA 2Y89A 5FF2A 3QQ1A 2V30A 2CZFA 5AHIA 1VJIA 1B4EA 1WXJA 3G1VA 2WNQA 3A24A 3P61A 3T78A 5G1TA 1W8SA 3M5XA 3L9CA 5C5YA 3A23A 1GVFA 4GUGA 3DI0A 5CPNA 3S6DA 4HNUA 3DAQA 5K4XA 5KTLA 3AJXA 1LYXA 1K3UA 2ALDA 3DFTA 4I9AA 2PE4A 4EIVA 3TXZA 3LDVA 3EXTA 1VYSX 4ADTA 5HNRA 3U2OA 4BR1A 7TIMA 4JIQA 2R14A 1QPRA 3CHVA 3NL2A 5AB3A 2PRLA 1SR9A 4DO5A 3G24A 4GUJA 3W87A 2ZZ4A 4UR8A 2GPTA 3HGJA 1OX5A 1Z41A 3QMTA 4K8HA 1TSIA 5FEWA 4ZQRA 5BW6A 3FIGA 3GKFA 1AL8A 1M6JA 1YTEA 1ZJIA 3OVRA 5HUPA 5CG7A 3A5FA 1W54A 1K7XA 4JIPA 3W1TA 2FQIA 4I7UA 1H61A 4XBKA 5CZ0A 4PFMA 3CIXA 3PAJA 5G4WA 1TV7A 3DU0A 3ABQA 2YYUA 2YX0A 5I3HA 2PCQA 2QCDA 3B8DA 1S3HA 2E68A 3GXTA 3W23A 4ADSA 3N2XA 4NQ1A 1FX6A 1O60A 1TTIA 4KFPA 4PL2A 3TQKA 4UUIA 3C0JA 3NEVA 4IGHA 4YL2A 2I1OA 3U8GA 1PCWA 1C9DA 4PC8A 5HR6A 3LLDA 1TTPA 3NQ8A 3OHIA 2H6RA 4Q32A 1UJPA 4GE8A 1F6KA 3C2RA 4NNCA 5AYYA 1EP3A 3GDMA 5EPDA 3ABOA 5IBXC 2E5DA 4IUOA 3LCHA 1AG1O 3W7NA 1W5NA 3S9YA 3P74A 1RV8A 3HGOA 3GKAA 4OGZA 4MVAA 4L4MA 3UPWA 2GQ9A 3L2IA 4GFSA 2ZZ7A 5K9CA 3PY2A 4P61A 3L0GA 2A21A 4O1BA 3E12A 2AGKA 1TPDA 4LVDA 4CQ8A 2VFGA 4RK8A 1VR6A 2CLHA 2E5BA 4UTJA 2B7NA 4CCCA 1W5OA 3C8FA 3LRLA 3DFOA 4GC4A 1QO5A 1CI1A 2V81A 3WJSA 1SO4A 1WAUA 3TW6A 4QNWA 2J9XA 3CWNA 1EIXA 5AYZA 3SECA 4NXSA 2ZQ0A 3IVTA 1GVOA 1TJRA 3EWZA 2J9YA 4A2RA 1FWRA 2A0NA 2GOUA 3WK3A 2DZPA 4DXVA 2Q8LA 3MWAA 1G7VA 3NQEA 1EEPA 4JGDA 1AW2A 3UZ5A 4NZFA 5AC6A 2WV8A 3M1ZA 1NVMA 3C4UA 3W73A 2HTMA 3QH2A 1JRBA 5FF0A 3KVKA 2HS6A 3HQ1A 3TFCA 4JICA 1Q3NA 2QJHA 1LROA 4WUIA 1KTNA 3MYPA 3KOFA 4K6AA 1Q6LA 3LERA 3L0KA 1QOPA 4JY9A 1DQWA 2ZRUA 2YPIA 4I7WA 3L5LA 1J5TA 4NNBA 4LS1A 1OVDA 5C54A 1EPXA 3P62A 3YPIA 4AEOA 4UTWC 2WO5A 4C1LA 3QPYA 4ONVA 2TMDA 3QZEA 3TK7A 3FFSA 5KZDA 3BARA 2G96A 4OQVA 2NV2A 4KFOA 3VE7A 1OFDA 1XDLA 3DI1A 3HIJA 3HBLA 3GLCA 2WKJA 4I7VA 1BKSA 1Q6QA 1SO6A 3TV8A 1UB3A 1I45A 4GXMA 1VC4A 4LUIA 4QM1A 3PULA 1JVNA 3ABRA 5TQLA 4K36A 1MO0A 5I3GA 3PB2A 2X2GA 3T4CA 2ZRVA 1X1OA 3T55A 3BW4A 1LLZA 4KFNA 1K8ZA 2C16A 1F2JA 1LRNA 2RHGA 2QKFA 1OYBA 2V82A 1OK4A 2DJLA 3NA8A 1XBVA 2IQTA 2NUWA 3CEUA 1I4NA 2QJGA 2ZZ1A 1VHNA 1QO2A 5EBUA 4EOUA 4FO4A 1XXXA 4TMCA 4K38A 2ABAA 5U4NA 3HMJG 1B9BA 3I65A 4ZZ9A 4DF0A 2HMCA 3NPWA 3NQ6A 2A1YA 2BXVA 3VFLA 5F2IA 5D37A 3CQ0A 2V0TA 4JX5A 3HF3A 4JTUA 1SZEA 3W88A 2TYSA 3G8RA 3S1WA 1OFEA 1LORA 3DBPA 4HN4A 3S5ZA 4RZ6A 1AMKA 1F74A 1Z48A 3QPZA 1F76A 3W7DA 2DJXA 3DFPA 2VEIA 3PB0A 1PHQA 2GJLA 3G3MA 3O06A 3STFA 5CPLA 2A6LA 2YZRA 3WK2A 1WYIA 3C56A 4M7TA 2JK2A 2EKCA 3TW7A 3IEBA 2RDUA 2QUTA 4IMFA 4NJKA 5LHEA 2X16A 3P82A 3OVQA 1H1YA 1NF7A 1ZAHA 4WOZA 2YR1A 2NXGA 1D9EA 1LCOA 3PG8A 1S5VA 1UCWA 1K02A 1K8XA 1MEHA 1QPOA 3W1MA 1FXQA 1LZOA 1PV8A 5G2IA 4WY0F 3CLMA 3B06A 3EKLA 1KV5A 1XBYA 2B4GA 5F2LA 1NSJA 2VOMA 1W37A 1FWNA 4O10A 3UNDA 5HWMA 4N9DA 1SFLA 4IMDA 1FDZA 4MZ1A 3F4WA 3G0XA 3C52A 4FXSA 2CLMA 3P81A 1KBIA 4O52A 1XL9A 2Y6ZA 4Z1BA 3W1AA 2ZA1A 2Q3RA 4LRTA 1KM3A 1EA0A 1M7PA 4HHPA 3VCRA 1XI3A 1GOXA 1GQNA 3B05A 2VXNA 4Z0SA 3O6YX 3EXSA 4MY9A 2WSRA 4OT7A 1VCFA 3PS7A 1SO5A 1V7YA 3NQMA 1V5XA 3Q94A 2PURA 1KM5A 4BWLC 1KFJA 2Z0IA 4EF9A 1LRTA 5DN1A 5AFDA 3V1PA 3P5YA 1TPB1 2LLEA 1RR2A 5K7JA 4TMBA 4BFAA 2H3BA 4BK9A 4AXKA 1YYAA 1OFBA 5FEXA 4UNLA 4HPXA 3DGRA 4ORMA 3W75A 2CU0A 3DKJA 3W1RA 2GQAA 3M5ZA 3SGUA 5E0KA 5K9DA 4HNTA 2GVGA 4OV9A 5LKYA 3N9RA 3M0ZA 3LRMA 5DCBA 5EMUA 1OFQA 1K03A 1J4EA 1ME9A 5EA9A 2BX7A 2A6NA 4NVTA 4O17A 3W3OA 3PWAA 3TJLA 2W0UA 1HUVA 1A5CA 2H3DA 4NNAA 4EF8A 5U7SA 1KV8A 3TA6A 3NO5A 5BMWA 3UXDA 2DZXA 2GUUA 4N2YA 3W2JA 3S1XA 1QOQA 3PUEA 2YYTA 2C3ZA 3UWWA 4LU0A 3ZS4A 2I14A 5HULA 4FXRA 1DV7A 4XBSA 5LSMA 1DBTA 1ZNNA 4CNPA 4UTHA 3OVPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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