2EF9A

Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to non-metallo kdo8p synthase
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
263
structure length
263
Chain Sequence
EKFLVIAGMNAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGDKSGGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDAPTALPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Structural and Mechanistic Changes along an Engineered Path from Metallo to Nonmetallo 3-Deoxy-d-manno-octulosonate 8-Phosphate Synthases
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 92
structure length 263
sequence length 263
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2007-02-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2ef9A00
3BW4A 1XCFA 1FXPA 2TRSA 4O19A 1QAPA 2EAWA 1KW1A 1B9BA 4RK8A 1SUXA 4IWWA 1TTQA 1JVNA 4N9EA 3OBKA 1WV2A 5F4XA 4BFAA 3IVTA 5DCBA 4A2RA 4UTMA 5AB3A 3STCA 2V5LA 5DBTA 2Y7FA 3C8FA 3L5MA 1FWTA 4AXKA 1VLWA 2X16A 1E51A 3LCFA 3TQKA 1JQXA 1LDCA 1ML1A 3KVKA 4PA8A 3OEXA 5D04C 4R33A 4EWND 1LBMA 1N7KA 3TSDA 4ZQOA 3M47A 3G1XA 1VHNA 2WOQA 3W71A 3S5YA 1KFCA 1NF7A 3CWNA 1Z44A 3TSMA 3PF3A 4X22A 2PRMA 1GOXA 1L6WA 3G1HA 5D37A 3N73A 6ALDA 4CQAA 1K8YA 1W56A 4FNSA 4DPPA 2Y70A 2YXGA 4AHQA 3OIXA 1JUKA 1DV7A 3U6WA 3UWUA 2YPIA 4O1CA 3L21A 1F6KA 3MWAA 4NVTA 3D0CA 2P0OA 1H7WA 2A85A 3P74A 5D2YA 1W0MA 2JGQA 3G3MA 1YADA 2Z1BA 2ZA3A 3TFXA 2DZPA 5U7SA 4JEQA 5K4XA 3M1ZA 1O5KA 5AHMA 3G1AA 5AHNA 5BOOA 1YPIA 3T44A 1DHPA 2VFGA 4LVAA 4GRSA 3LRMA 3FA5A 1FCQA 1EIXA 5IM51 3R89A 5EA9A 3G8EA 4ICNA 3RNDA 1Q6QA 2A6LA 5AC7A 2WSYA 1IGSA 3FJLA 3KRZA 2O7QA 4O28A 5E1QA 1SZGA 1W5QA 1I2QA 1J4EA 3GXNA 1KLZA 4HNTA 4QISA 1S5WA 1D3HA 1VS1A 4DF1A 1A5SA 4BR1A 3LHZA 1OX4B 1TREA 3PULA 2E1DA 4JTHA 1G67A 2ZRXA 4L4MA 1QOPA 4UFLA 1A5BA 1LOSA 3F03K 2ZZ1A 3NM3A 3TK7A 3ATYA 3MP4A 2TSYA 3HBLA 4OBTA 3KAOA 3SI9A 3IEBA 3QM3A 1OFEA 1B4EA 4EF8A 1K8ZA 4TMBA 2Z6JA 3TX9A 2DP3A 2E6FA 2C14A 4O4VA 5HQEA 1WXJA 1JCNA 3FYOA 1K3UA 1M5WA 2VXNA 3DAQA 1DJQA 1UJPA 2YGYA 2FDSA 1ME7A 4DF0A 1FY6A 3NPUA 4FEZA 1H50A 4UTLA 1H62A 5G2IA 4M7SA 4MY8A 1TPH1 5D2TA 1YDOA 3S8HA 4GUJA 4UXDA 3EWYA 4N9BA 1P0KA 3FFSA 4ORMA 1A5AA 1FQ0A 1YLVA 1SO4A 3C0JA 3W88A 3TW6A 1EP3A 1ZJIA 4QSHA 5A8GA 3DFPA 1XBYA 3GZ3A 2EPHA 4YWIA 3W87A 2NUWA 4BI5A 1KM2A 4IPJA 3O05A 4BF9A 4GUIA 4NT0A 4MOZA 1F5ZA 3TROA 3M5ZA 1G4PA 1YDVA 3DHFA 2OJPA 2VEPA 4HSNA 4MIMA 3USBA 3BG3A 1G4EA 4O0ZA 1QPQA 2PCQA 2NV1A 2H6RA 2QCGA 5FF2A 3I68A 4YCOA 1Z41A 1D9EA 2OX1A 1JCLA 2WNQA 4LT9A 1G4TA 1MXSA 4FX6M 1VH7A 3LM7A 4MJMA 4N2YA 1FDYA 4UCGA 3GDTA 5LNVA 4LUJA 1EWEA 4UIOA 3DFSA 3INPA 2VEMA 2A21A 5CZSA 3HG2A 3NQ2A 1OFOA 3W70A 3EWUA 2QCMA 2CLEA 1YTKA 3NPVA 3UXDA 4LY8A 5DBUA 1QR7A 1DQXA 2VFHA 4MZYA 1LRNA 3EX2A 4WX2A 5LHEA 4DELA 1GT8A 4KWVA 4R7JA 2J88A 4BI6A 3L5AA 3FJ6A 3CEUA 2R8WA 3SSJA 2V9DA 3TKFA 4UMAA 2ZBTA 4FIQA 2QUVA 4JR5A 1TPEA 1CX9A 5SWUA 3B05A 3W7RA 2GQ9A 4GJ1A 5FI8A 2ISWA 3PWAA 2OMAA 1H7OA 4TMCA 2FIQA 2GVJA 1ZY9A 1ICPA 1RD5A 1THFD 3ZWSA 3EWXA 4C1LA 1K02A 1OFDA 4RXFA 3EX4A 1MEIA 4MZ8A 3W2UA 4PC8A 1H1ZA 1FWNA 4JYEA 2HTMA 4GXMA 1A50A 5CZ0A 3G24A 4ZQMA 3LHUA 3A23A 5K9XA 3A22A 3HPXA 4E0CA 5L6UA 3W07A 1G69A 1TPC1 1PL9A 1YXYA 3EWBX 4KFOA 1XDMA 3IVUA 3RLUA 3BGJA 3MBFA 2J9ZA 1QO5A 1GYLA 3Q94A 3N34A 5F4WA 2WV8A 5AHIA 4ML9A 1RR2A 3O6DA 4ADTA 5AC8A 1YPFA 2GOUA 4DEFA 3QRHA 1K7EA 3M43A 4I7WA 4NQ1A 5KZDA 4K8EA 5C2XA 1VYPX 3DHDA 4JTTA 2C1HA 4N4QA 5D09A 1LBLA 1XBVA 4LUIA 4CQ9A 3C2RA 4AEOA 4ZVJA 3EX1A 3M6YA 4FO4A 1FCBA 2QCNA 3LHYA 4HIBA 4WY0F 1QDSA 1IXOA 1U83A 1TTIA 4IQLA 1X1ZA 1M7PA 1PVNA 3STGA 4WZHA 4O54A 3E12A 3JS3A 2DZWA 3KHJA 1QMLA 3LXAA 3NQVA 4PEKA 4ZZ9A 3UZ5A 1PHWA 3NYZA 3W7DA 4WOQA 5KTLA 3S0CA 2ZZ3A 4NUWA 1LRQA 4ZL1A 3HGSA 2B7PA 3KXQA 1UUMA 2Y7GA 3SJ3A 3L9CA 3W7EA 2WKJA 2C0AA 4O8RA 4MVAA 3CTLA 3QW4B 5FEZA 1T0OA 3TV8A 5EMUA 1XKYA 4PFMA 2I14A 2NLIA 3BGGA 1X1OA 4JICA 1G7UA 1LORA 4IMFA 4FHAA 1KM3A 3QZEA 4LRTA 4CQ8A 1O4UA 1YTEA 1EP2A 4CCCA 4O17A 3JRKA 3Q37A 3A21A 4UTHA 5U4NA 2XN1A 3W7LA 3VCRA 1KTCA 4FIRA 1TPFA 4L4LA 1G4SA 4LRSA 4DPQA 1S5TA 4B5NA 3QC3A 2YYTA 3IGXA 3F4WA 4ADSA 1XXXA 3UD6A 1TRDA 3P5YA 4A29A 3WK2A 3W7PA 1TV7A 1JCJA 2QDGA 1QPRA 2WQPA 3EX6A 4PL1A 3IIOA 5HWNA 3B0PA 3S9YA 3S5OA 1F2JA 3P60A 4N4PA 3LI1A 3W86A 2AAMA 3S1VA 2RH9A 1QOQA 1LLZA 3C3NA 3W7HA 4E38A 1WQ5A 2VFIA 5AC6A 4K38A 3CWOX 1MEHA 1VQTA 1W1ZA 1A5CA 1OYBA 1F7BA 2HS6A 2JKPA 1B57A 5CZTA 3SECA 2O7SA 1W3IA 3MHGA 3WK3A 3S1XA 2V5BA 2A6NA 3GKFA 1GVRA 3SZ8A 3NAVA 2OT0A 4W9TA 3O63A 5CZJA 1KLYA 1AL7A 4UR7A 1EUAA 1V5XA 2P1FA 2QJIA 3EEGA 1GEQA 2C6QA 2V30A 4CNNA 5K4ZA 2NV2A 3UYCA 1TJRA 2GJNA 4K36A 3QSTA 3W7QA 3T7VA 2E6YA 1TQJA 4A21A 1WDWA 4OV4A 1L6SA 3IIZA 1W54A 2A1YA 2ZDRA 3NR0A 5D32A 1AG1O 3I65A 1X8FA 2Z2UA 2Y7DA 5K3VA 3GDKA 4C1KA 1AK5A 1J5TA 4JIQA 3M5YA 4FXRA 1KFBA 4OE7A 3QYQA 5DXXA 3O6YX 1W3TA 3NG3A 4GE8A 4XWUA 1TYGA 1FCUA 2B7NA 1UASA 4AH7A 3G1YA 3CIXA 2X1RA 2B7QA 4DBDA 3NQEA 2E6DA 4Y96A 1TB3A 3C2OA 1AW1A 4GBUA 1PS9A 4DO5A 1KM6A 4JDBA 1JULA 4P2VA 4JGDA 3C2VA 2YW3A 1EA0A 3HG4A 1Z48A 2F7FA 4AWSA 5KSWA 2VEKA 3TFCA 1K03A 4MFDA 4JX4A 5HINA 3VNDA 1ME9A 1GTEA 3HGOA 3W9ZA 1H7NA 4JNMA 3L0KA 4K7YA 1ALDA 1QNVA 4E2BA 2BLEA 1TMHA 2C3ZA 3M0ZA 3TE9A 4PTNA 4O15A 2RDWA 2WNZA 3E02A 4WUIA 4KWWA 4CCEA 3S1WA 3W83A 4A2SA 5CG7A 3KX6A 4K8HA 2TMDA 3HPZA 1VCVA 4IX0A 1KM4A 4O1BA 1ZAIA 2EF9A 3LCXA 1JCYA 3O6CA 1ONRA 3G0SA 5LKYA 4FNQA 1HL2A 3LRKA 2JK2A 5LGXA 1VLIA 4GWEA 2CZEA 4JTKA 3UZJA 1OFPA 3VFLA 3E0IA 1ZFJA 4Z1CA 3UWZA 5AYYA 4OWGA 4I7UA 3VI2A 4MKNA 4M19A 2B4GA 4BI7A 1RQBA 3W1XA 3ABOA 5D30A 3C2FA 3ZFHA 4Y6GA 5G1TA 1WAUA 2J27A 3I7SA 4JXCA 4M7TA 4LV4A 1WA3A 4HKPA 4O52A 3B03A 3U8GA 2ATMA 3MHUA 4O4WA 5CKSA 1C9DA 3BLIA 4S1FA 2DU2A 2Y63A 3YPIA 4CLMA 3DKLA 2YW4A 1OHLA 2QCEA 3PM6A 5J5DA 3DFOA 2AGKA 1HUVA 4NX0A 5EPDA 2VFDA 4OV9A 2H3BA 3TUUA 3PSWA 1TTJA 1F76A 3TIMA 4NX5A 1DQWA 3W7GA 2VOMA 1T96A 4BK9A 4ZQPA 3ATZA 1O5XA 4XBKA 3ELFA 4Q33A 3R5EA 2I1OA 5I3FA 3NXFA 1GJPA 1JUEA 4M6VA 4RJEA 3DENA 3DFTA 4MPQA 1RZMA 3N9SA 2E68A 1IXPA 1KFKA 4LS2A 2CU0A 2Q8ZA 3QQ0A 2J9YA 1XL9A 2DJXA 5A5WA 5BMXA 1OABA 4LC6A 3GK0A 3O8AA 5CSSA 2B7OA 2V82A 5L9FA 3ZS4A 1TPVA 2QUTA 3KVJA 3MBDA 3TMQA 3NL3A 2H8XA 4LC8A 2QF7A 4GUFA 1PIIA 1X6UA 4AMAA 2OZ0A 4PCFA 4RX0A 3E49A 1R46A 3PY2A 4GUHA 3BPWA 8TIMA 3PS7A 3HPSA 3LRLA 4LWWA 3HF3A 2BZNA 3NA8A 5CSRA 3HGRA 4AB4A 4S2CA 1LZOA 1R30A 1A53A 5C6MA 2GUUA 3PUOA 4JTLA 3L0GA 1WOAA 1VZWA 2FLIA 2HSAA 3MW7A 3GKAA 3L66A 4RLIA 1IXNA 3TAOA 2QKFA 4MLRA 3LCWA 2JBMA 3LTSA 1EP1A 3MYOA 1JQVA 4HSOA 2RHGA 2WNNA 2E5CA 4HHPA 1HG3A 2BWGA 3PBYA 1GTHA 4RZ6A 2QCFA 1AL8A 2AQWA 3WJYA 1AW2A 3LOTA 3SR7A 1L6YA 3LHWA 1H60A 2ZZ4A 3H53A 4RV8A 2ZFAA 1DKWA 4N9CA 1S5VA 1W8SA 3GDLA 2VFEA 5DLCA 7TIMA 5EL1A 1JR1A 5TQLA 5BRBA 2WSRA 1LLWA 3W76A 2ZTJA 3BG9A 5HUOA 4JIPA 4EVZA 4Q4KA 3W7KA 4Z0SA 2ZZ5A 3SFKA 5KZEA 1R2SA 3VE9A 3PBWA 4PODA 2QDHA 3EKZA 2RDUA 1RQEA 3NQFA 1O60A 4JS3A 4DF2A 4X9SA 4UTTA 3TXZA 4X3ZA 3LCGA 1LOLA 4FB7A 1NEYA 4NJJA 5F2IA 5C54A 2DORA 3LHVA 2CLMA 5J5RA 1OFQA 2RFGA 3W7OA 2CZ5A 3PR2A 4G1KA 1R2TA 3N3MA 4QM1A 3ZWTA 2V2HA 1KTBA 1D3GA 2WPBA 1GVFA 4BWLA 1VCFA 1LTDA 5EYWA 3G0XA 1SZEA 4K37A 1N8FA 1SPQA 3KRSA 3TC7A 4DO4A 3B0VC 4S2BA 4XQ6A 3ABQA 5DY3A 2C18A 1LROA 2BXVA 1I2PA 3RF9A 3CEPA 1W5OA 3EX3A 3I6RA 2YDAA 5FF3A 3NVTA 4UTWA 4O10A 2JKEA 3G1SA 2B0MA 1FX6A 5T26A 3LXBA 3MHFA 4ZQRA 2HS8A 1U5JA 3GVGA 3W84A 3G8RA 1KV5A 1SSGA 2QCDB 3N2XA 2ZA2A 3W75A 1F6PA 1HO1A 4AF0B 1OFAA 3IGSA 6TIMA 2FFCA 4PL2A 3DXIA 4XTDA 3UWWA 3C6CA 2BTMA 3W2KA 3PB2A 4EOUA 5H2ZA 2H3DA 4IMEA 1X7FA 4Q32A 1H5YA 3QH2A 5CGQA 2V0TA 2QCDA 4AF0A 2X2GA 4O57A 2E77A 2VKZG 4UFMA 3PSVA 1W31A 3L0NA 1TIMA 1LCOA 1W5PA 2C15A 2EHHA 3C52A 3G1DA 1H61A 1XC4A 3V75A 4AHOA 1BEUA 4AWUA 4AAJA 1G6CA 2CZDA 3W22A 1XBZA 3NZRA 4Z1AA 3FKKA 3O06A 3TCEA 2R14A 3TQ0A 3PC0A 1XBXA 2BSLA 1I2OA 3P8JA 2DZUA 1KV8A 4N6FA 1PHQA 3IVSA 3EB2A 4RXGA 4POCA 5IBXC 3QJAA 5HULA 3W7JA 2W0UA 1ME8A 4LV9A 4FNUA 5EBUA 2X1TA 3G3DA 4K7VA 3UXAA 2J9XA 3BLEA 5G5IA 3BARA 1ZAHA 5F2MA 3LXCA 1YXDA 2G95A 1ZENA 1FCVA 3MP3A 4JTIA 3AJXA 4LVDA 4HNUA 4MY1A 5GVJA 3LLDA 4TU1A 2YR1A 4A22A 4N6EA 2DZXA 3IIVA 5F1VA 3KVMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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