3B03A

Crystal structure of sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase in complex with vipp.
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
363
structure length
363
Chain Sequence
VNRKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Sulfolobus shibatae
publication title Covalent modification of reduced flavin mononucleotide in type-2 isopentenyl diphosphate isomerase by active-site-directed inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
total genus 142
structure length 363
sequence length 363
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date 2011-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3b03A00
2ABAA 5F4XA 2Z2UA 5CZJA 4RK8A 4DPPA 1NF0A 1HUVA 4DPQA 3I65A 2FLIA 3L0NA 3BLIA 3IEBA 1AMKA 1AW5A 3Q37A 4JTTA 3GKFA 2ZZ3A 1AG1O 5HR6A 1DHPA 1I2PA 1JCMP 3GDKA 4DF1A 4AMAA 4NZFA 1DBTA 3OEXA 4ZVJA 3LTPA 3G8RA 2ZZ2A 4M6QA 4LV4A 1VYSX 4O57A 1TCDA 4LWWA 1RR2A 3CEUA 1SSGA 3C2VA 5KITA 4O0KA 2P0OA 4PODA 3W7IA 3RNDA 1K8YA 2ZRYA 5FEPA 3TSBA 1JCJA 5U7SA 2P10A 2QCGA 1LYXA 1LRTA 3KVKA 2TMDA 4EF8A 1QOQA 2EHHA 2GOUA 1G4PA 3IVSA 3BVJA 4P61A 1NFBA 3B0PA 3G1FA 2A0NA 2FB3A 5CPOA 2ZZ6A 2QCLA 3RU6A 1P5BA 5GVJA 3R5EA 4NXSA 5DXYA 1KTCA 3LERA 3W07A 2ZZ7A 1OJXA 4NJJA 5FI8A 1FXPA 4N02A 1LOLA 2ZA1A 3R2GA 4GWEA 4RLIA 3SI9A 4JYEA 1GPWA 4BFAA 3CC1A 2QCDA 2C13A 1GOXA 2AQWA 1OX4B 4NJGA 1H63A 4M6VA 1SZGA 1ZY9A 3NVTA 5D33A 1R2SA 3EWUA 3NPWA 1RV8A 2DJXA 4ADUA 4LW7A 3B0VC 4MIMA 2CLOA 4IPJA 2G95A 3UPWA 3W2UA 3MO7A 1QAPA 3T7VA 4ORMA 3W7RA 4GXMA 1F7BA 4BR1A 2F84A 2ZQ0A 5LNRA 3W7DA 3IIVA 3B04A 2NV1A 3PM6A 4HNUA 2IQTA 3H55A 2FFCA 1F76A 2JK2A 5I3HA 1SZFA 1FUYA 3UYCA 5HWNA 2ZTJA 2PC4A 3F1QA 1B4KA 3P5YA 2XN2A 2RFGA 5D2TA 1LCOA 3NDOA 4KFPA 1G6CA 2A6LA 3BLEA 1XDMA 2YW3A 3LCFA 3O6YX 2QCFA 4HN4A 3KX6A 5E1QA 4M7SA 2H3BA 1BEUA 3W7CA 1JUKA 1W3TA 1PV8A 1Z48A 2XFWA 2ZZ5A 2X1RA 2FJKA 3W1PA 1OYAA 5LGZA 4Z0SA 5KZEA 1SO5A 3C52A 1P4CA 3F03K 4WOQA 4LY8A 1TO3A 3DKJA 3NQEA 3RLUA 1D3HA 4WY0A 1YXCA 2VFDA 4DO4A 4MVAA 1TREA 1ICQA 2DJLA 5HINA 1KBIA 1GVFA 4MJZA 2D73A 5K9XA 5LNVA 4IUOA 2ZRZA 2ZRVA 2J27A 4GUHA 4UTWC 4ZQPA 3INPA 5AYZA 1H5YA 3I7RA 5FF3A 3WJSA 4ZQCA 1FDJA 2QAFA 1QPQA 3S0CA 1Q3NA 3STFA 3HIJA 4MY8A 4AF0A 3T55A 2B0MA 4MLRA 2H3DA 2WPBA 2E6AA 1AK5A 1GTEA 4K38A 1KTBA 4XUGA 5HWMA 1G7VA 2BWGA 2V5BA 4UFIA 1W0MA 3S5YA 1UUMA 2QJIA 1VH7A 1F5ZA 1LBLA 2E6FA 1LP6A 4GUFA 3W9ZA 1VS1A 3W85A 3UNDA 3NQ7A 1F6KA 3PC0A 4ORIA 5CKSA 5F4WA 2CFFA 3UZ5A 1C9DA 5IBXC 4N2YA 4NJIA 1A5CA 5C6MA 3G1XA 2DU2A 2V82A 1LDCA 5D04C 3NZ1A 5LHEA 1ML1A 2ZRUA 2FPVA 3W2KA 3EX2A 4TX9A 3W1QA 3EX4A 1KM2A 1EP2A 1Q45A 4DO6A 4Y6GA 2R94A 2V5LA 3DENA 3MI6A 3T4CA 4JTJA 4MUZA 2CLLA 1HO1A 3GLCA 3EB2A 4OT7A 4S1FA 2ATSA 1ZENA 2C15A 3JRKA 1THFD 4DBEA 1OF8A 2H6RA 1XUUA 3HMJG 3HG4A 4UR7A 3A21A 3STEA 1JCXA 5AHLA 5K3VA 4N9EA 3T78A 5AC7A 2OMAA 3L9CA 1Q6QA 2Q8ZA 5CPLA 4JX5A 1QFEA 2ISWA 1BWLA 4LRSA 4R53A 1H1ZA 3Q2DA 2H8XA 3Q58A 1HG3A 1L2UA 4LVAA 1TRDA 4YXGA 1L6SA 3EEGA 5U4NA 1H62A 5DXXA 4O50A 3PB0A 2NX1A 1F2JA 2Y6ZA 4WX2A 5CSSA 2HS8A 2QUTA 4MY1A 4MLJA 3MBFA 1TPH1 3PS7A 4O13A 4A22A 2TRSA 1W37A 2JGYA 2B4GA 1GVRA 3M16A 3BV4A 4YMZA 2GQAA 4M19A 4UTLA 5CZ0A 5G4WA 3M43A 3N2MA 4O1BA 3P84A 4WJEA 4UNKA 2CWNA 3EWBX 2JKAA 1KW1A 3L67A 5G4EA 1DOSA 2DP3A 1G4EA 1W8SA 4O11A 2CLIA 3S42A 4FNUA 1H7RA 4HT3A 2X1SA 1XI3A 2JGQA 3P74A 4JICA 5AHNA 3PAJA 3WK0A 1JUEA 3EX1A 4I7VA 3W7EA 4O10A 2VEPA 1SPQA 1VRDA 4R33A 3S9YA 3LI1A 1O94A 4PL2A 2ZFAA 3W7HA 4JYFA 4IOTA 3RFAA 5D09A 5C2XA 3PUDA 1TQJA 4HNVA 1T99A 2EAWA 4X2RA 4M6PA 4S2BA 3FIGA 1MO0A 1NVMA 5BOOA 1KFJA 1PHQA 3MYOA 3UXDA 4ZQRA 5FF7A 1AW1A 2X30A 2X2GA 4AWSA 1PS9A 3PVFA 1H61A 2VFFA 1TV7A 4XBSA 1ME9A 1A5SA 3KVLA 2E1DA 3VFLA 4RXFA 3RK8A 4OV4A 2NX9A 4YCOA 1D3GA 4ZQOA 1TIMA 3SGZA 2CZEA 1XBXA 1IXOA 1N55A 5C55A 3OHIA 3QQ1A 1BKSA 4H4IA 4QSHA 4JTHA 4XWUA 3BG9A 4D2JA 3KRZA 4LOCA 1DQWA 2XN1A 3QRHA 2YCEA 3N9SA 3HB9A 4I7WA 3NL5A 3S1VA 3SR7A 4GE8A 4A2SA 4LS1A 2H90A 1FWTA 3O07A 4LV9A 3O1NA 2Y63A 1OX4A 1GVQA 3W2MA 1S3HA 4TU1A 3HGSA 1F74A 1SZNA 2HS6A 3LHUA 1R2RA 3DI0A 1DVJA 4MKNA 3TQ0A 3E49A 5MHBA 1H7NA 3WK2A 4KKXA 4BWLA 1VCFA 3TW6A 1YXDA 1DORA 3L5AA 4JGDA 4XZ9A 3G0UA 3SZ8A 3A9IA 2YXGA 3CPRA 3USBA 2RHGA 3C3NA 5EL1A 3TCEA 2Y62A 2RKXA 3FLUA 3GB6A 1R46A 4M7TA 1SW7A 4TMBA 3LRLA 1CX9A 4PC8A 1A53A 1CI1A 3HGOA 3LHYA 3ZWTA 4YL2A 1OX5A 2Q3OA 4FEZA 4IMFA 5G2IA 1E51A 3HPZA 2WO5A 3P80A 4JIPA 4O4WA 5DELA 5TQLA 3TAOA 4FX8A 1G67A 3MHGA 1VHNA 4X22A 2PE4A 4NNBA 4FNQA 3NQ2A 1EP3A 2GJNA 3C6CA 2A4AA 2VOMA 1QDSA 3GVGA 4UTTC 4PTNA 2R91A 5F2IA 2A7NA 1JQXA 2HSAA 3LOTA 1KA9F 4JR5A 1H7PA 1W5QA 5AN7A 4JYDA 4FXSA 1ICPA 1LRQA 4HHPA 3FYOA 4TMCA 3PB2A 2FPTA 3W1AA 4O52A 3TW7A 3M41A 3P8IA 3QM3A 4GFSA 2C19A 1ZAJA 1QCWA 3OVRA 3PSWA 2WSRA 3IIOA 2I1OA 4ALDA 3SECA 3BGJA 2E5DA 3UQNA 2YYUA 4OV9A 4FB7A 4Y9AA 1SSDA 4LTSA 5DCEA 2NUXA 4GUIA 4TO8A 5DLCA 3W7KA 3B8DA 3LHWA 2LLEA 3O63A 2YFNA 3VI2A 1ZFJA 3G1YA 4UIOA 3W7GA 5KZMA 1YXYA 3TROA 2OJPA 4G1KA 1O5KA 3O6DA 1TQXA 5EBUA 3BW2A 4DQWA 3A5FA 2A7PA 3QW3A 1S5VA 1I4NA 1VZWA 4AAJA 4S2CA 3ELFA 1O5XA 3NL3A 4Q33A 2NUYA 2VELA 3IIPA 3MWAA 3BG5A 1VCVA 3G22A 3B4UA 4W9TA 3TMLA 3NXFA 2ZZ4A 3WJZA 2ZZ1A 1KFEA 3EWXA 1RD5A 3G24A 4LS2A 3W7NA 3UWUA 4JS3A 1O95A 3IVTA 1OVDA 1FDYA 1I2RA 3QFEA 4BF9A 3LV5A 2QCHA 3FKRA 4UFLA 2C3ZA 3G1HA 3PUEA 3L5LA 1LROA 3T44A 5L6UA 3HJZA 5EMUA 5C54A 3PSVA 3D0CA 3W73A 4LT9A 2YDAA 1IXNA 3W7MA 3RLVA 5EYWA 3WK1A 3TSDA 3KXQA 3VE9A 4NNAA 3EXSA 3TQVA 3S1WA 4UXDA 1Q6OA 2WOQA 2RH9A 3G3DA 1LLWA 1OHLA 1J4EA 1UJPA 4PH6A 3H53A 3B03A 5A8GA 2EKCA 3O6CA 4M5PA 5HUPA 1SFJA 2H8ZA 1LM1A 3OVPA 2TSYA 4IX0A 5ABTA 1TSIA 3LHZA 5C5YA 2Y70A 2DZXA 2BTMA 3KVMA 5G1TA 4MFDA 2WKJA 3W7OA 1FWRA 3NM1A 1GT8A 1O4UA 3KRUA 3EXTA 2ALDA 1B3OA 1Y0EA 3W74A 3HPXA 1ZAHA 3FJ6A 3UD6A 1TPC1 3MUXA 2PURA 1GEQA 1JCYA 2Y89A 1G4SA 2YSWA 1ALDA 1DL3A 2Q8LA 3K30A 1W54A 2R14A 3KVJA 4PFMA 2ISSA 2V81A 3DFPA 3BW3A 2YX0A 1ZALA 3M6YA 5I3JA 3CEPA 1WDWA 4Y90A 4FF7A 1K7XA 4MZYA 1S5WA 2CLFA 3GXNA 3W1UA 1KLZA 3LBCA 2J9XA 3LCHA 1Z41A 3TFXA 1LORA 3ABOA 1NSJA 5LGXA 1WX0A 2CW6A 1XBYA 3MHUA 3RMJA 2I14A 3ANYA 2E6YA 1EX5A 3C4UA 4CNOA 3LRMA 1JR1A 3LHVA 3LM7A 4LC6A 2ZA3A 1L9WA 4EF9A 3NQAA 2VKZG 1GTHA 2ZDRA 2PCQA 1WQ5A 2B7OA 1EPXA 2V2CA 3A5VA 2ATMA 4IMGA 2Y7EA 3UXAA 3QW4B 4FXRA 3S1XA 2QCMA 3DI1A 2OCZA 2GVJA 4IXXA 3ABRA 2B7NA 4MFEA 2VEIA 3TH6A 4MYAA 3ATYA 3PWAA 3C2FA 4RR4A 3NQGA 2WSYA 4IMEA 3W1LA 3NQFA 5LNSA 5LNWA 1IXQA 2KZHA 4UCGA 5SWUA 1YDVA 4K37A 3M44A 3DGRA 4UFMA 1VR6A 1SZEA 3PUOA 3DU0A 3MJYA 5DY2A 4WXZA 4E2BA 2C6QA 3JS3A 4O28A 4O54A 2ZTKA 2VFGA 2E6DA 1XDLA 3W6YA 3M47A 2VXNA 4A29A 4LS0A 2NXIA 1R47A 3LLFA 1GG1A 3IGSA 3FOKA 2VFIA 4B5NA 1MSSA 3OVQA 1VC4A 1FWWA 2J6XA 3FKKA 1NF7A 1P0NA 2WNQA 1KM3A 1H1YA 4JTEA 4OBTA 4JXCA 3SY5A 4E0CA 5FEXA 4DEFA 1G4TA 2VFHA 4X9SA 4K7VA 1MZHA 3LCIA 2YYTA 5BNKA 3GDLA 4RV8A 3DZ1A 4AVFA 2V8ZA 1G69A 5KSWA 4WOZA 2WJZA 3DFQA 5DCDA 3M9YA 5KINA 2YR1A 1KM5A 3DFNA 4JEQA 1TTJA 5D38A 4BK9A 5EPDA 1GYNA 2A21A 2J9ZA 3NL2A 2ZA2A 1M6JA 2DZTA 1ZCOA 1GZGA 2TYSA 1B57A 3QF0A 4HIBA 3E9AA 2Y7GA 5HQEA 1S5TA 1XM3A 3UWYA 3N2XA 3EX6A 3HBLA 4CCCA 3HOJA 3A22A 1QNVA 3QMSA 4C1KA 3ZS4A 2JKPA 3I68A 5F2LA 3W72A 3TKFA 4GC4A 3MP4A 4R7JA 1VGAA 4MZ8A 5D37A 2Q3RA 4XKYB 3NEVA 4Z0JA 5EA9A 3MYPA 4RZ4A 5LHFA 1ONRA 1JRCA 3GR7A 3GKAA 3B05A 3V1PA 1UASA 1TTIA 4NUWA 3R89A 2HMCA 2J24A 4JY8A 3EKZA 4O0ZA 2QJGA 2QUUA 3TE9A 2OZ0A 1A5AA 3NM3A 3CIXA 3U6WA 3LX9A 3TV8A 3W3OA 3LV6A 2RDUA 2FB2A 4H6KA 4RZ5A 1OFDA 3JR2A 4A3UA 4HNNA 3ABQA 3DHFA 3KAOA 3S5OA 3M5XA 1QOPA 3W1TA 4EWND 1OK4A 3TDFA 2EF9A 4O53A 2P1FA 4UFHA 2YPIA 1HL2A 2NV2A 2VEMA 4UNLA 5A5WA 1J5TA 3HO8A 3S5ZA 5K4XA 1VQTA 1ME7A 4YCPA 3QZEA 4O16A 3BO9A 1DQXA 4POCA 1K8XA 2Z6IA 5AHFA 4UTWA 1Q6RA 3GAYA 2GQ9A 2JBMA 4FO4A 2O7SA 1P1XA 3C2RA 3NQDA 3GNDA 1EA0A 3LTYA 3NAVA 4I7UA 4O14A 4CLMA 4JNMA 1TPUA 2A1YA 6TIMA 3C8FA 2B7QA 1XBZA 4JX6A 4KWWA 5LSMA 3PG8A 1LTDA 2Z1BA 3QSRA 3O16A 3GK0A 3HG5A 3UWWA 3DFTA 3IRDA 3CIWA 4AHOA 2W6RA 3IGUA 5IBXA 1GWJA 1X6UA 3EX3A 3N19B 3QSTA 2NLIA 1FY6A 3TAKA 4NQ1A 5I3FA 4WQ6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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