3NJ3A

Crystal structure of xylanase 10b from thermotoga petrophila rku-1 in complex with xylobiose
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
327
structure length
327
Chain Sequence
GHMQNVSLRELAEKLNIYIGFAAINNFWSLSDEEKYMEVARREFNILTPENQMKWDTIHPERDRYNFTPAEKHVEFAEENNMIVHGHTLVWHNQLPGWITGREWTKEELLNVLEDHIKTVVSHFKGRVKIWDVVNEAVSDSGTYRESVWYKTIGPEYIEKAFRWTKEADPDAILIYNDYSIEEINAKSNFVYNMIKELKEKGVPVDGIGFQMHIDYRGLNYDSFRRNLERFAKLGLQIYITEMDVRIPLSGSEDYYLKKQAEICAKIFDICLDNPAVKAIQFWGFTDKYSWVPGFFKGYGKALLFDENYNPKPCYYAIKEVLEKKIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Thermal-induced conformational changes in the product release area drive the enzymatic activity of xylanases 10B: Crystal structure, conformational stability and functional characterization of the xylanase 10B from Thermotoga petrophila RKU-1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase
molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga petrophila rku-1
total genus 136
structure length 327
sequence length 327
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2010-06-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3nj3A00
3WH6A 5F7UA 1BGGA 4UFLA 2YL6A 2W4XA 5E6YA 1QI0A 4PEEA 2CBIA 4JKMA 3O2LA 2OYKA 1TA3A 4GQRA 2FHCA 1LWJA 3PN8A 4F9DA 4IISA 2VZTA 4KMQA 1OD0A 2VOTA 3MKKA 5HPCA 4CVWA 1V02E 1VJZA 4HOXA 7A3HA 1VFOA 4LPCA 4KGJA 2XM2A 1K6AA 2FGZA 3UERA 3VIGA 2NW0A 4CD4A 3W53A 1EQCA 1BFNA 4XX6A 2OWWA 2PWFA 5A6JA 4ATLA 4CCDA 1C8XA 5BRQA 5EFFA 1WKYA 3U7VA 1H4PA 2TAAA 5A2AA 1TMQA 2YL5A 4OZOA 2BVDA 3D3AA 2J4GA 1XH2A 3EDJA 3WL0A 2AOSA 1O6IA 2J25A 4WKFA 4D6IA 2A3AA 1B2YA 3PHAA 1U33A 3TP4A 1CLVA 1CZ1A 3VIKA 3NUKA 3TTOA 1KGWA 3AXXA 1OGGA 2ZOXA 4TX6A 3VIHA 1WPCA 4MNLA 4UZUA 1XGZA 4MJ4A 2VNCA 3GXFA 2MANA 2DIJA 2EJ1A 1CGVA 4B15A 1EIBA 4D6HA 5A95A 1PBGA 2ZX7A 1XSKA 3WENA 1E6NA 1M7XA 5E6ZA 1GHRA 1W9DM 3L4XA 3BSHA 3PZVA 4C7GA 1W9BM 1W9XA 3ZSSA 1CXFA 1UD4A 1XHGA 4TOQA 1BHGA 3WD2A 1WZAA 2W61A 1QHZA 3EDFA 3PTMA 2JIWA 8A3HA 2BHYA 2CKRA 4Z2IA 5AYBA 4H8HA 1B3ZA 1B31A 3OLEA 4TUFA 1J0ZA 2ZXDA 1V3KA 3TONA 1CDGA 3CO4A 4PSRA 3BAXA 2ZX5A 3A4WA 1MW0A 5IHRA 2BY1A 2DSWA 2CPUA 4JIEA 3AS0A 1C7TA 3T08A 4C7DA 1KWKA 2YLLA 1LL7A 1R8LA 2JEQA 4M29A 1PAMA 3WF4A 1UQYA 3VDAA 3RCNA 3AHVA 3VDBA 1LL6A 4PTMA 1TVNA 4PMUA 3WQ4A 4BQ5A 1ITXA 3OLGA 1GZJA 2YKKA 3CUGA 4N42A 3S2CA 5GQBA 7CGTA 2GDUA 2XIBA 1HT6A 1FA2A 4XZBA 2WZHA 3VMPA 9CGTA 2FH6A 3AXIA 4IM4A 1V3IA 1QOXA 1VENA 2PBGA 3WDRA 2XVGA 2V3GA 4KWUA 5BYWA 1E0WA 2DDXA 1KCLA 1UH4A 4KH2A 2J7FA 1HJVA 1E4IA 3PTKA 1W1PA 1Q6CA 3VNZA 5M5DA 1D2KA 1U2YA 3M6DA 4P8XA 3WNKA 4H8VA 3CHEA 1L0PA 4DWSB 3ZQ9A 4JFWA 4PUDA 1LQ0A 4U3CA 2WHJA 1QBAA 1JIBA 2J47A 1VJSA 1RP9A 4XUYA 2XVNA 2V5CA 1J0KA 1ISWA 1I1XA 3FNDA 1DWJM 4PTWA 5DT7A 2EPNA 3BAWA 4PSPA 1V0NA 4GI6A 2VURA 3UG4A 3WSUA 1QNOA 2Y8VA 4PMDA 1HN1A 3ZJKA 2VX7A 3GBDA 3VD7A 5CGTA 2VUYA 3MO4A 1FHLA 5GNYA 1ZS2A 3HMCA 2E9MA 2VL4A 3G6LA 2VI0A 3GYCA 2VZUA 2YA0A 1PIFA 2WW5A 2XFFA 3ARSA 1J11A 1MXDA 2XGBA 1CGYA 4P7RA 5M03A 1ITCA 4CD8A 3GBEA 4TX8A 2CIPA 2BHUA 2E8ZA 4W7VA 4DUXA 5JBEA 1JXJA 3AOFA 2QPSA 3WUEA 1ISVA 1XD1A 3RM9A 3AHTA 4DWSC 2VCBA 1V6UA 1AVAA 3CZLA 1M03A 1UD6A 2UWFA 4ZXOA 4P7QA 2IXUA 3IAQA 1MXGA 1H5VA 2ZWYA 1R87A 1KR0A 4PBGA 3U7BA 2BXZA 4CD7A 4HP5A 2FGLA 5A8OA 1BG4A 3GZAA 2GDVA 4LGXA 1GVIA 2XSBA 1WDPA 5AC4A 4GO8A 2CEQA 5GNZA 4TVDA 4A3HA 3VIOA 1H3GA 2D24A 2GUYA 4P8WA 6TAAA 4P7NA 3VGFA 2QMJA 2BFGA 5DF0A 4KRUA 2CBUA 3S6TA 1VF8A 4BCEA 4W5UA 1GVYA 1MVYA 1TG7A 1BAGA 2W66A 3MMDA 3QHOA 1ESWA 4CCEA 1V6WA 4ZFMA 4GO9A 3AQUA 5BRPA 5A8MA 4KGLA 2VRQA 2VRJA 1SFSA 3W81A 1JZ8A 4W8BA 4M80A 4GZIA 5FIPA 2CESA 3B9AA 4FLRA 3T0AA 2NT1A 4AZBA 3ARYA 3SUSA 3KEHA 1LLOA 2NT0A 1X1NA 4B9ZA 2ZICA 1V6VA 1HNYA 2E8YA 3CHFA 1B30A 2GJXB 4JAWA 4J3TA 4PRWA 1I75A 4HPHA 2YDSA 4U5IA 3VDCA 5LA2A 4WJXA 1B9ZA 1EQPA 3WUFA 1E40A 2QV4A 3AHZA 3CZGA 3KZSA 1ECEA 3BMWA 2DT3A 4MB3A 4OBRA 5HXMA 5CPQA 4HZ8A 1JF5A 2PWEA 3B8SA 2EQDA 4PN2A 2ZUTA 2YA2A 1NH6A 1V6XA 3CLWA 5GNXA 7TAAA 2DSKA 4IUGA 2NSXA 3DHPA 3GNPA 3WH9A 1B1YA 3SUUA 1H11A 5ABEA 1OT2A 1TR1A 4GINA 2BY0A 3AHXA 1ISZA 4A3YA 3K4AA 1JFXA 2D0FA 1WDQA 1C8QA 4OUEA 1R7OA 2GJRA 1C3FA 4HMEA 4D6FA 3ZOAA 3PZMA 3ARWA 1XCXA 3IANA 4GPNA 4HPGA 5IHSA 4HA3A 3I3EA 2A3BA 3WBEA 1VRXA 2WVTA 4NSBA 3LPOA 1ISYA 3AIRA 4FF5A 3CMGA 1V3LA 2VZOA 5GPRA 2J74A 1U30A 1Q6GA 4J28A 5JBDA 3RPMA 4PMOA 1KQZA 3CHDA 3RIKA 1B3WA 5E9AA 3WQVA 3WF1A 4JZ5A 2HVMA 3WMBA 3BAIA 1JZ6A 5A2BA 5BROA 4AEFA 1WAWA 1OT1A 2G3IA 4DWSA 5CJ5A 4E2OA 2QLYA 3K8MA 2OWXA 1WO2A 4AYSA 2FDMA 3T0BA 2VMFA 3RJYA 1GW1A 1EA9C 3BCFA 2D22A 2UY5A 4AZ5A 1GQKA 5FD0A 2ZX8A 1UR1A 4YPJA 2J75A 2VTFA 3GH4A 2XVPA 1OSEA 1GOOA 5EBAA 4QDMA 1JNDA 2XJ7A 3GTNA 3MSGA 1KXTA 1BSIA 1WZMA 2WMGA 1GHSA 1RD6A 5JBFA 1UD2A 2ZX6A 3DECA 1UD5A 1KXQA 3WNOA 3ARQA 3ARZA 4D1JA 2RGMA 2WHMA 4DM2A 1JI1A 3AMCA 3AMDA 3SCPA 3VMNA 1TZ7A 5ABFB 2DIEA 2Q8XA 1VFUA 4J27A 1MYRA 1V6YA 3WDHA 2WNWA 1CGWA 1LWHA 3FAWA 2G41A 2VQTA 4MB5A 1OIFA 5I24A 3CUHA 3A3HA 2WC7A 2BXYA 4LYQA 2OSYA 1GOQA 3LPGA 4W85A 1UKSA 2VX5A 1I1WA 2VQUA 3QOKA 4QLJA 1XRVA 4WK9A 4AXNA 4D71A 1FH8A 3WUBA 3DYMA 1JI2A 2RGLA 4BQ4A 1F4HA 4W86A 5ABGA 3N15A 1HJUA 1FH7A 1OINA 1WNOA 1J9YA 3WEMA 4ZE5A 2WWDA 1QNRA 2QHAA 5AY7A 2Y5EA 1ZJAA 1TCMA 2IXVA 2ZUSA 1UR0A 1JZ4A 1EH9A 1JYXA 1GJWA 3MANA 1HP5A 1XCWA 2XWDA 1LL4A 1VFFA 1WDSA 4LYPA 4P7LA 3TTYA 3GDBA 1GJUA 4CVUA 1QHPA 2VT0A 4AD1A 1R86A 3L2MA 3N11A 1JDAA 2GFTA 4UCFA 5A6LA 1XSIA 4QLKA 2X2YA 3AIQA 3OZPA 1UQZA 2F8QA 4MB1A 2XPKA 2G8ZA 3QHNA 1E5JA 2YA1A 1GQLA 1KGXA 2VZSA 3E1F1 1OWQA 2J77A 4GIAA 4TVUA 1E6SM 1KXVA 4J3SA 1XYZA 1G5AA 2WVVB 5IXEA 3KE0A 1UG6A 2ZUWA 1B0IA 5A8PA 2W62A 2FH8A 1C7SA 5D8ZA 4AISA 2WHLA 4N0RA 3EDKA 3AFBA 1NWTA 1MQPA 3NDYA 5I3DA 2O9OA 3SUWA 2GJXA 4CN1A 1K9EA 3W6MA 2WBGA 3AIVA 1CEOA 2WHKA 3ECQA 3WH8A 2OYMA 1SR0A 3ZT6A 4CKQA 3K4DA 4E8CA 1CGUA 1V3HA 1E6XM 1EOMA 1BYCA 4WIWA 1SMDA 3SCQA 3GNOA 2E0PA 4W84A 4PUEA 2ZXAA 1CXEA 1VEMA 1JDCA 3K46A 1UKPA 2ZIDA 1J01A 3F5KA 2Y4SA 2UY2A 1Q6EA 2WANA 2X8RA 3WIJA 2WMIA 3CUIA 3N9KA 4BS0A 3WF0A 1G1YA 4MPKA 2V3EA 3BSGA 4V28A 3BH4A 1QPKA 4U31A 3N1AA 2DT2A 2D3NA 4B3LA 4Y7EA 2VCCA 4M1RA 4MNJA 1JAEA 1ZU8A 4PCTA 4OJYA 5EB8A 1WZKA 3WDIA 4PMNA 1KXHA 2PC8A 1W32A 1J18A 3VPLA 5A6AA 1UHVA 1V0LA 3OBAA 2UY4A 4OKDA 5A6KA 1V3MA 1PJ9A 1E3ZA 1DWHM 3DHUA 5I6SA 1VBUA 1LG2A 4RL3A 3WQWA 5A8NA 3IAPA 2V38A 1HKJA 3GH7A 3ZR5A 4AZGA 1SMAA 3BXWA 2WSKA 2WK2A 1E5NA 3HJEA 4NF7A 2CBVA 3PZNA 1E55A 3WMSA 1Q4NX 2C0HA 2A3EA 4U3AA 4TXEA 3W0KA 4HZ7A 4UFHA 3VD5A 3MV01 4F8XA 1E73M 1UH3A 1OBAA 2J7DA 3VD4A 2AMGA 3LMYA 1EHAA 1JZ3A 3VGDA 1MQRA 4HU0A 1W3LA 2CBJA 4PMVA 2XFYA 3FY1A 2VJXA 3SCSA 3AROA 3UETA 4B9YA 3RM8A 5CQ1A 3RJXA 1NQ6A 1XV8A 2VC9A 4ZENA 3AIWA 2G3MA 1HL9A 4M56A 3AMKA 1HVXA 4J3UA 5HPOA 3BCDA 2DEPA 4JKLA 1HJSA 3WD0A 2PWDA 1CXIA 3UR8A 1ODUA 2G3NA 2GK1B 4J3XA 3VGHA 3BAYA 5ABFA 5ABHA 1VAHA 1AQMA 4W8LA 1MW3A 3EDDA 1ZL1A 4XZWA 5E0CA 1UWSA 2PF0A 1W1YA 4PMZA 5IFTA 1UH2A 3GXIA 1CLXA 1WE5A 2IUZA 1MFVA 4WLCA 5FOOA 2X0YA 4GI9A 3B9EA 2BVTA 4MNMA 1HF6A 4QCEA 1NOWA 1JD9A 2X0HA 1BGAA 3PZOA 1UKTA 4U2ZA 1CECA 1GOMA 2CYGA 1MQQA 3AIBA 2V5DA 1G0CA 1H2JA 1GOKA 1J12A 1RP8A 1H09A 3SURA 3SCVA 4CU7A 3LPPA 4FLOA 4W89A 5A6SA 1QVBA 1BVNP 2VVNA 1QNSA 4GI8A 1E6QM 4W88A 1Y7VA 5D8WA 2WZEA 1N82A 2E40A 4BQ2A 3CMJA 1QW9A 3T2QA 1E0VA 1JZ2A 3BC9A 3GXDA 1W3KA 1C93A 2EEXA 1PZ3A 1BTCA 3CUJA 3WQ5A 4AIOA 4HTYA 3JUGA 4AW7A 4IPLA 2WLYA 3T0DA 1E72M 4W8AA 3NDZA 3WD3A 3ARXA 3VIMA 3L4TA 3ZT5A 1NP2A 1HJXA 4M8UA 5A6MA 1Q6DA 2WVVA 3MSDA 1R7AA 3UESA 4TTUA 3ZT7A 2X05A 3VDHA 4X9YA 1J0HA 3AS2A 3EYPA 3ZM8A 3UEQA 1FH9A 4OIFA 3BGAA 4UTFA 1BQCA 3WBAA 2XHYA 1E71M 1W9VA 4UQEA 5BWFA 1CGXA 1TFVA 2ZUMA 4JKKA 3WKZA 5HBFA 4OBSA 2ZXQA 1J10A 2FHFA 5CSYA 4Z2KA 2FHBA 3M07A 3L4VA 1UR8A 2DH2A 3DC0A 1UOKA 3A47A 3L2LA 4ACYA 1BVZA 4MB4A 3VNYA 3A4AA 1HL8A 5C8BB 3NCOA 3ZIZA 4W93A 4AD4A 3OZOA 5CZKA 1LG1A 3QOMA 2DT1A 2YLAA 4PMQA 4JFSA 3CZKA 4F79A 1VB9A 3AZTA 4UQDA 5EMYA 1NOUA 3MMUA 2XM1A 1H0GA 1GPFA 5E09A 4ML4A 4H7VA 5BXSA 1PIGA 4ACZB 2QF8A 1CTNA 2XVKA 3VIJA 4ZE4A 4S3KA 2V3FA 3U5UA 4W5ZA 4CN4A 1E4MM 1M04A 4OOZA 1JZ5A 1KQYA 4MNKA 3VX0A 4UQBA 3WN6A 1QW8A 2J7BA 3SIMA 3EDEA 3VGBA 1EXPA 2JEPA 3T2PA 2WMIB 4UQ9A 5I77A 1X6LA 3VM7A 2A3HA 3AYSA 3I3BA 2VX6A 3O9NA 5CLWA 5LYRA 1NOFA 2J62A 5DO8A 2WBKA 3RDKA 3SCRA 4U5KA 4Z2HA 2D0HA 4MAZA 4HZ6A 2OYLA 1C90A 2D3LA 1UWQA 3J7HA 3WFLA 2J7HA 2WC3A 2CCRA 2PWHA 1OGSA 4Q22A 4WSKA 1NP0A 1JXKA 3WDJA 2G4FA 2YIHA 1UWTA 3ZMRA 4AD3A 1PEZA 3MUZ1 2OSXA 3VILA 2GK1A 2JIEA 3DYOA 3SCWA 4EE9A 1E4NA 1GQIA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3WH6 A;  5F7U A;  1BGG A;  4UFL A;  2YL6 A;  2W4X A;  5E6Y A;  1QI0 A;  4PEE A;  2CBI A;  4JKM A;  3O2L A;  2OYK A;  1TA3 A;  4GQR A;  2FHC A;  1LWJ A;  3PN8 A;  4F9D A;  4IIS A;  2VZT A;  4KMQ A;  1OD0 A;  2VOT A;  3MKK A;  5HPC A;  4CVW A;  1V02 E;  1VJZ A;  4HOX A;  7A3H A;  1VFO A;  4LPC A;  4KGJ A;  2XM2 A;  1K6A A;  2FGZ A;  3UER A;  3VIG A;  2NW0 A;  4CD4 A;  3W53 A;  1EQC A;  1BFN A;  4XX6 A;  2OWW A;  2PWF A;  5A6J A;  4ATL A;  4CCD A;  1C8X A;  5BRQ A;  5EFF A;  1WKY A;  3U7V A;  1H4P A;  2TAA A;  5A2A A;  1TMQ A;  2YL5 A;  4OZO A;  2BVD A;  3D3A A;  2J4G A;  1XH2 A;  3EDJ A;  3WL0 A;  2AOS A;  1O6I A;  2J25 A;  4WKF A;  4D6I A;  2A3A A;  1B2Y A;  3PHA A;  1U33 A;  3TP4 A;  1CLV A;  1CZ1 A;  3VIK A;  3NUK A;  3TTO A;  1KGW A;  3AXX A;  1OGG A;  2ZOX A;  4TX6 A;  3VIH A;  1WPC A;  4MNL A;  4UZU A;  1XGZ A;  4MJ4 A;  2VNC A;  3GXF A;  2MAN A;  2DIJ A;  2EJ1 A;  1CGV A;  4B15 A;  1EIB A;  4D6H A;  5A95 A;  1PBG A;  2ZX7 A;  1XSK A;  3WEN A;  1E6N A;  1M7X A;  5E6Z A;  1GHR A;  1W9D M; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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