3NJ3A

Crystal structure of xylanase 10b from thermotoga petrophila rku-1 in complex with xylobiose
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
327
structure length
327
Chain Sequence
GHMQNVSLRELAEKLNIYIGFAAINNFWSLSDEEKYMEVARREFNILTPENQMKWDTIHPERDRYNFTPAEKHVEFAEENNMIVHGHTLVWHNQLPGWITGREWTKEELLNVLEDHIKTVVSHFKGRVKIWDVVNEAVSDSGTYRESVWYKTIGPEYIEKAFRWTKEADPDAILIYNDYSIEEINAKSNFVYNMIKELKEKGVPVDGIGFQMHIDYRGLNYDSFRRNLERFAKLGLQIYITEMDVRIPLSGSEDYYLKKQAEICAKIFDICLDNPAVKAIQFWGFTDKYSWVPGFFKGYGKALLFDENYNPKPCYYAIKEVLEKKIE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Thermotoga petrophila rku-1
publication title Thermal-induced conformational changes in the product release area drive the enzymatic activity of xylanases 10B: Crystal structure, conformational stability and functional characterization of the xylanase 10B from Thermotoga petrophila RKU-1.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Endo-1,4-beta-xylanase
total genus 136
structure length 327
sequence length 327
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date 2010-06-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00331 Glyco_hydro_10 Glycosyl hydrolase family 10
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3nj3A00
1TA3A 1JD7A 3UERA 2PC8A 2HVMA 4ACZB 4LPCA 3ZQ9A 2O92A 1UWQA 2WVVB 1EOKA 1DTUA 3VGDA 3GH7A 2JIWA 1XRVA 3WF1A 1OIMA 2EPKX 3F5KA 1ZBWA 2AMGA 4C7GA 3CHFA 3NUKA 2DSVA 5LA2A 1JD9A 1WO2A 2X2YA 3VDCA 1UKOA 3VIGA 1IV8A 1G94A 2G3IA 1V0NA 3AHYA 1HKMA 4UFMA 2CYGA 1XC6A 3KL0A 1ZBKA 3S2CA 3PBGA 1TCMA 3CTTA 4J3SA 1NOWA 2QPSA 4JFVA 2FH8A 4QCEA 2BVYA 4R27A 5HPCA 5I3DA 3ALFA 3D5HA 6CGTA 2WZHA 4H8HA 3VPLA 5JUVA 4WF7A 1JXJA 1BVNP 2X1IA 4HA3A 4E4PA 1TZ7A 3LPPA 2BV9A 2ZUTA 2VC9A 2QPUA 1LJYA 2YBUA 4D6EA 3RIKA 3WMCA 4MADA 2A3AA 1V3KA 5M17A 1XCXA 3WQ8A 3DYPA 2UY4A 4KH2A 2BVDA 1PX4A 1V08A 2WCSA 3ZMRA 1AMYA 2EBNA 1E56A 2WMJA 3N15A 2BY0A 3SUWA 4D6IA 4MAZA 3SURA 1J0JA 1PZ2A 5HNNA 2BS9A 1BVZA 3FAXA 3L4VA 3AYRA 2DT0A 5CPSA 3SUUA 2A3EA 2WNWA 3PZIA 4LYRA 5FIPA 4PUDA 3VNYA 2HISA 1W9UA 3WH7A 1EO7A 4D6FA 1BGGA 3GH5A 2YL9A 1QVBA 1TE1A 3WH9A 5GNZA 3PZUA 1B1YA 4D1JA 4B9YA 4MDPA 1F4HA 4TUFA 3VMPA 1AQMA 3WIJA 1FOBA 1PAMA 3BAKA 2CIPA 4GXPA 2FHFA 5LA1A 2XM2A 3FHAA 3VU2A 2J7BA 2YL8A 1XH0A 1G1YA 1QNSA 4HU0A 4P7RA 5CQ1A 3F4VA 1CENA 3VILA 3L4ZA 1J11A 5DFAA 2GFTA 1MXDA 1H41A 2V38A 5A6AA 4D6DA 4AD5A 2WSKA 1E3XA 1N82A 3A6OA 4W86A 1DWGM 5DEZA 4FMVA 1GQJA 4TVUA 3VDBA 3VGBA 4J3VA 5CLWA 5IFPA 3KL5A 1H1NA 1BGAA 3VGFA 3CHCA 3OLGA 4JFWA 5EFDA 4LGXA 2XVLA 1ZJBA 3GNOA 1S46A 3SUSA 5CSUA 4JZ5A 4AEFA 4DM2A 1JYNA 2J8FA 1NOFA 2DSWA 3VX0A 2D24A 3G6LA 4U5IA 4H04A 1E0XA 1UQYA 1SMDA 4UOJA 1DWJM 4PMYA 3RPMA 1BF2A 4FK9A 1FH9A 4LX4A 4ATLA 1WKYA 4QP0A 3IJ8A 2W61A 3VKKA 4W8BA 3ARYA 2EJ1A 3VD4A 3ZIZA 5CSYA 1U2YA 2CKSA 3RM9A 3D3AA 3GNRA 2WBGA 3FNDA 1W9DM 2WC3A 3AMKA 3T2QA 3WDQA 3ZT7A 3CBWA 2FDMA 1EHAA 3OIHA 1LL6A 1NP0A 1HJWA 4GI6A 1DWFM 6TAAA 1VF8A 4W85A 1B3YA 2PWHA 2J74A 5I24A 1UUQA 3N17A 3UETA 3WNKA 3T08A 4PMRA 3VO0A 3AROA 3IAQA 4GI9A 4UOQA 3WMBA 3SCPA 5BXSA 1HN1A 4IUGA 5E0FA 5A6JA 1IZJA 4ZXLA 4MPKA 3W37A 4JKLA 4XZBA 3BSGA 1WZAA 2QV4A 5DMYA 1CGUA 1WP6A 3AHXA 3UCQA 2BFGA 1GW1A 4UQAA 3ARUA 3GH4A 5CXPA 3SEPA 1NQ6A 2GJXB 5ABFB 5I2UA 3L2MA 1OSEA 3NSXA 4K68A 4PSPA 4AD3A 3AZSA 4Q22A 1DP0A 3K8MA 1HP4A 4P8VA 1HT6A 5A94A 4E8CA 3PZVA 1TR1A 1TG7A 1BHGA 4BZYA 4GO9A 2DT2A 4JL1A 4W89A 3VGGA 4AW7A 5CPQA 1CXKA 1C7TA 2PI6A 3VD3A 3K1DA 4W5ZA 4B16A 5C8BB 4OOUA 1XSIA 1EQCA 4NRSA 3ZSSA 2ZX7A 1UZ1A 3WENA 2EEXA 2E8YA 2ZUVA 5A6KA 1GOIA 2YA1A 1Q4NX 1EH9A 4UFIA 3M07A 3CLWA 1WDPA 4GKLA 3VDAA 1KXQA 5I78A 5ECUA 1W3JA 4MNJA 2Z1KA 3QGVA 2DH3A 1GONA 1Q6DA 2X09A 3ARPA 3W29A 5FKYA 4F66A 1V02E 3WD0A 3WF3A 3K4DA 1UZ4A 2WPGA 3FY1A 3GXMA 1J0ZA 4HZ7A 3KWXA 2CNCA 2J77A 3CUGA 1JYVA 3K4AA 4QDMA 3EMCA 2W5FA 2VCCA 5BYWA 4B3LA 3F5JA 1UOKA 3CHDA 4QFUA 2A3HA 4D71A 3U7VA 1W3HA 1LWHA 1VB9A 2O9OA 1CPUA 1OGBA 4P7LA 4W93A 2CPUA 5A6LA 4P8XA 3WELA 4E8DA 1V6UA 2G3JA 3BAJA 3QOMA 3RM8A 1HX0A 2VX5A 1QOXA 2VQUA 5HPOA 1ZU8A 4W7VA 3O9NA 1NARA 3NSNA 1HKIA 1NWTA 1E4IA 3ARTA 4CKQA 1WDRA 1KWGA 1UWSA 4KMQA 1C8XA 3ZM8A 2Y8KA 1UD8A 2J7HA 2WMFA 3OGRA 2BY3A 5D9NA 5HDRA 2EQDA 4B15A 3WKZA 4CD5A 1HNYA 1GORA 5E0CA 1EOMA 2AAAA 1CBGA 4S3JA 1ZB5A 1QI2A 1KFWA 2OYLA 1UKSA 3WEZA 3SIMA 3BMVA 4AZBA 4UQBA 4BA0A 3WQ6A 1CXIA 4FF5A 2VX4A 2WVSA 5A8PA 4AIOA 4JCLA 4N0RA 3UESA 2WVUA 3WDJA 4ACYA 1OBAA 1VAHA 2V5DA 2DSUA 1D7FA 1E4NA 3AMDA 1LWJA 2JEPA 4PMDA 1OGGA 1CLXA 3AS2A 3O6AA 3CMJA 1OGSA 5I79A 4GZJA 2WW5A 3K8KA 3AIEA 2VT0A 1OD8A 3W0KA 2OYMA 4HMDA 4ZE5A 1KR0A 4MJ4A 4MTVA 2J79A 4HOZA 4JHOA 2XUCA 3VIKA 3ZT6A 1GCYA 4OZOA 1OIFA 2J4GA 3SCWA 2EPOA 2ZWYA 1JG9A 1JIBA 1JAEA 2GDUA 1R86A 4V28A 3UG4A 3MSDA 2YA2A 1MYRA 1QHZA 1UWIA 1MVYA 1MW3A 1VFUA 5D9OA 3WD1A 1HP5A 3GBDA 1KBKA 2DT1A 3N1AA 3VD9A 3CPUA 3J7HA 3VIOA 5M5DA 4J3TA 2QF8A 2WXDM 3CGTA 2WANA 3AXIA 3TP4A 4B3KA 4AD4A 5DT5A 1EO5A 4QLLA 4EANA 4WKHA 2XPKA 1WZMA 1KBBA 2GSJA 1J0IA 1G01A 2Y8VA 3QHOA 5D9MA 1E4MM 4JFTA 1A3HA 4W7UA 3GTNA 5CJ5A 1KGWA 4H7VA 1FA2A 3CUFA 1HF6A 1CWYA 4M80A 3BC9A 1HVQA 4MNMA 2WCGA 2J7CA 4HA4A 1XYZA 4AZCA 2OWCA 1ISWA 3NYDA 4MJ2A 3WNMA 3MO4A 1UD4A 3MUIA 3OLDA 4HA1A 1AQ0A 1C8YA 1V3HA 5D4YA 1B9ZA 1JZ4A 4JHZA 1JZ5A 1I75A 3AOFA 3GXFA 1JDAA 4W5UA 1WE5A 3LPFA 1AQHA 3PZOA 3JUGA 3MV01 2Y4SA 3FN9A 3UG3A 2WMIA 4JKMA 3SUVA 3LPOA 3THCA 5ABEA 1UG6A 2BXYA 3CZ8A 4HOWA 2WHJA 2WVTA 4XV0A 1BPLB 2XM1A 1K9FA 2WSPA 2QLYA 1GHRA 4RE4A 1DWHM 2W63A 3GDBA 3VIJA 1XGZA 4EKJA 5A8OA 4UFHA 1QHOA 1J18A 2OSYA 5KEZA 2ZXAA 4FLQA 4GO8A 3WBAA 2BXZA 4OUEA 4P7OA 3CUHA 2FHCA 1E6RA 1E1EA 4U5KA 2WMIB 3AJ7A 4MB1A 5DO8A 3WF0A 4JCMA 3W53A 4MAVA 3L4YA 3RDKA 1J12A 2BY2A 3W26A 2CBVA 1C8QA 1QNRA 2BY1A 3NIYA 4W8AA 4MNLA 2CKRA 3ZSTA 3ARVA 5E6ZA 1J0KA 3T0BA 4UQ9A 3TTSA 1W2VA 4HZ8A 4GPNA 3WUGA 1CECA 4PMNA 2J62A 1LQ0A 2E9LA 2Y24A 3OG2A 1J0YA 1TA3B 3PZTA 1KQZA 2VZOA 3AXHA 1MW0A 4MB4A 2YOCA 4HPGA 2CEQA 3GXIA 2XVKA 1LL4A 4CVUA 3MMWA 3AI0A 1XSKA 4Z2HA 1XCWA 4N42A 1V6WA 5HOSA 1OWQA 1KCKA 3WFLA 2RGLA 3BMWA 3F5LA 3ZT5A 1ITCA 4RL3A 4DWSC 2O9RA 3VX1A 2FH6A 1JAKA 3OGVA 1GOWA 1EIBA 1ISZA 1V3LA 1GOOA 4AISA 1KXVA 1QBBA 1Q6EA 4P8UA 1UH2A 4Z2JA 1HJQA 4Y7EA 3AIRA 4HTYA 2XWDA 3DHPA 2FHBA 3RJXA 1E15A 1CNVA 4PTXA 2VZVA 3BLKA 5IFTA 3AIQA 2ZX5A 3MMUA 1H11A 4CD8A 4M1RA 2VNCA 2A3CA 1GVIA 5I0DA 2E4TA 2E3ZA 2XGIA 3DYOA 3W81A 3KZSA 3AIWA 2D1ZA 4AZGA 4F79A 2VX7A 3ARXA 1C93A 4ATDA 3M46A 2ZOXA 1H5VA 3TTOA 3WQVA 1VFFA 1W1PA 3VIFA 2NT0A 2J8GA 1W9PA 3VIMA 1HJVA 5I5RA 3PZQA 1PIGA 2F61A 2YDRA 1QI3A 4GINA 3AIBA 2ZUUA 3CZGA 1PX8A 3WUBA 4PUEA 5ABGA 3ARQA 1E6QM 3WDRA 5JBFA 2EO7A 1PIFA 1GQLA 3O2LA 2UY2A 2IXVA 2E9BA 2PBOA 3ZR5A 3VGEA 3EMQA 3TTYA 1OT1A 1IT0A 5JBDA 2D0HA 1H0GA 4PMQA 4GQRA 3RCNA 3AHZA 2GJPA 1XD0A 1CXLA 5A6MA 2DPEA 4AD1A 5BXTA 2G4FA 3AMCA 3W6LA 4PRWA 1PX3A 4W87A 3VMNA 1V6XA 1UR9A 3WBEA 3VOCA 1MW1A 4IISA 1BLIA 3UR7A 2JFEX 1K9TA 3T0AA 1B3WA 4CD6A 4JFSA 4CD4A 4BQ3A 1JZ3A 2CESA 1QBAA 5FCZA 3BH4A 5C71A 2WKLA 1VBUA 3AIUA 3POCA 3UG5A 1JDCA 3AMGA 3CZLA 2CHNA 2W67A 5FD0A 4AXNA 3WNOA 4AC1X 1SFSA 4AZHA 3OB8A 4B9ZA 1V3JA 5IDIA 3T0DA 4KGJA 2UY3A 4M8UA 2UWFA 2D0FA 1E6SM 3IJ7A 2NT1A 2ZE0A 4EK7A 1B3ZA 3VGHA 3ZOAA 1JFXA 1QI5A 2WC4A 4JKKA 2XVNA 2YLAA 3WEMA 3RMEA 3BLPX 4P7NA 3FAWA 5CGMA 4NF7A 1X6NA 2CHOA 1V6YA 3CZKA 3ZJKA 3WQ4A 2C0HA 4LQ1A 1BYDA 1UWTA 3CZJA 1W32A 1VJSA 2GUYA 3A47A 2WZEA 3MSGA 4AY1A 3MKKA 2XFRA 3ARWA 2DIJA 4J27A 4UFKA 7TAAA 1Q6FA 7CGTA 1CXFA 4UTFA 2ZUMA 2DQXA 1VIWA 1HKKA 3WEOA 4F9JA 4JL2A 4CN1A 3EDKA 2WMHA 2F2HA 1E55A 1XH1A 3E1F1 4P8WA 2VVSA 2WC7A 2VRQA 4UZSA 3BSHA 1WCGA 3U57A 1D3CA 1V3MA 2XG9A 2NSXA 1OT2A 4CU7A 3VIPA 5A2BA 2V3EA 4UQCA 3FW6A 1C92A 4D6GA 3NJ3A 3W38A 2JF6A 2W62A 4Q7NA 1FHDA 4IPLA 1UQZA 1C3FA 1RP8A 3II1A 4D72A 1BQCA 3OGSA 3PN8A 2J7GA 3U5YA 1CEOA 1E71M 3QHMA 1JI2A 1BFNA 3KL3A 1R7OA 4TVDA 4DWSA 1FFRA 1BYBA 4J7RA 2ZX6A 4V27A 1GQIA 3K46A 4X9YA 1E6ZA 4PTVA 4CUCA 2D23A 1UKQA 3AYSA 2UY5A 1VENA 1W9VA 4PMVA 2WBKA 3T2OA 3WD3A 2WM0A 3VDHA 1JDDA 2ZIDA 3WH5A 2GK1A 2VJXA 1H09A 1K9DA 3FHQA 3GM8A 1X1NA 1CLVA 2WWCA 3VMOA 2ZWZA 3LMYA 2Y5EA 3B8SA 1VEPA 3FXYA 5IHRA 4IPNB 1WB0A 1D2KA 2TAAA 1ISYA 1TMQA 2DSZA 4OJYA 5A95A 1JYWA 2E0PA 2WMKA 4NI3A 3VVGA 1HL9A 4TX6A 1B31A 3PTKA 4HP5A 2GK1B 1XV8A 2QHAA 4CN6A 4CN4A 3WN6A 3EDJA 1QW8A 5D8WA 2X0YA 3ECQA 1E0VA 4L4PA 1J10A 3L4TA 5HBFA 4L4OA 1KGXA 3OA5A 2YA0A 1RP9A 1X6LA 1UR4A 2PF0A 1UD2A 1J01A 5D9PA 1GVYA 3WD4A 3WQWA 1QI4A 4U33A 1CXHA 2DDXA 1NOUA 3BCDA 1EA9C 1KR1A 1ODUA 1M04A 1F4AA 4TVCA 1XHGA 4LYQA 1MFUA 1UR1A 1E70M 4W8LA 5KZ6A 1HJUA 2D3NA 4PCTA 4AZIA 2IUZA 1YHTA 2J25A 3WMSA 1B0IA 3T2PA 2CETA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1TA3 A;  1JD7 A;  3UER A;  2PC8 A;  2HVM A;  4ACZ B;  4LPC A;  3ZQ9 A;  2O92 A;  1UWQ A;  2WVV B;  1EOK A;  1DTU A;  3VGD A;  3GH7 A;  2JIW A;  1XRV A;  3WF1 A;  1OIM A;  2EPK X;  3F5K A;  1ZBW A;  2AMG A;  4C7G A;  3CHF A;  3NUK A;  2DSV A;  5LA2 A;  1JD9 A;  1WO2 A;  2X2Y A;  3VDC A;  1UKO A;  3VIG A;  1IV8 A;  1G94 A;  2G3I A;  1V0N A;  3AHY A;  1HKM A;  4UFM A;  2CYG A;  1XC6 A;  3KL0 A;  1ZBK A;  3S2C A;  3PBG A;  1TCM A;  3CTT A;  4J3S A;  1NOW A;  2QPS A;  4JFV A;  2FH8 A;  4QCE A;  2BVY A;  4R27 A;  5HPC A;  5I3D A;  3ALF A;  3D5H A;  6CGT A;  2WZH A;  4H8H A;  3VPL A;  5JUV A;  4WF7 A;  1JXJ A;  1BVN P;  2X1I A;  4HA3 A;  4E4P A;  1TZ7 A;  3LPP A;  2BV9 A;  2ZUT A;  2VC9 A;  2QPU A;  1LJY A;  2YBU A;  4D6E A;  3RIK A;  3WMC A;  4MAD A;  2A3A A;  1V3K A;  5M17 A;  1XCX A;  3WQ8 A;  3DYP A;  2UY4 A;  4KH2 A;  2BVD A;  1PX4 A;  1V08 A;  2WCS A;  3ZMR A;  1AMY A;  2EBN A;  1E56 A;  2WMJ A;  3N15 A;  2BY0 A;  3SUW A;  4D6I A;  4MAZ A;  3SUR A;  1J0J A;  1PZ2 A;  5HNN A;  2BS9 A;  1BVZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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