3UNDA

Substrate-bound crystal structure of 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase from burkholderia pseudomallei
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
283
structure length
283
Chain Sequence
GSMNVAISPGVTAGNSLPFVLFGGINVLESLDFTLDVCGEYVAVTRKLGIPFVFKASFDKANRSSIHSYRGVGLDEGLKIFAEVKARFGVPVITDVHEAEQAAPVAEIADVLQVPAFLARQTDLVVAIAKAGKPVNVKKPQFMSPTQLKHVVSKCGEVGNDRVMLCERGSSFGYDNLVVDMLGFRQMAETTGGCPVIFDVTHSLQCRDPLGDASGGRRRQVLDLARAGIAVGIAGLFLEAHPDPDRARCDGPSALPLHQLEGLLSQMKAIDDLVKRMPALEIR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Burkholderia pseudomallei
publication title Combining functional and structural genomics to sample the essential Burkholderia structome.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase 2
total genus 95
structure length 283
sequence length 283
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-11-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3undA00
2DZXA 1L6SA 4YWIA 3SGZA 2ZBTA 4LY8A 4J9JA 5L6UA 1MSSA 3C2EA 4A2SA 2DORA 4JICA 3KRSA 3G3MA 4HPJA 4JDBA 3OBKA 4KWVA 2NXHA 2QUUA 1UUOA 3P8IA 3N9SA 4NX5A 1B4KA 1WXJA 5DELA 3UWZA 4WQ6A 5L9FA 4LVGA 1IXPA 5EKYA 3ANYA 1ICSA 3G22A 1XI3A 3B8DA 3RLUA 1KTCA 4BFAA 5EPDA 3C52A 5F4SA 4Z1BA 1G7VA 2DZSA 1TPDA 1RD5A 3BGJA 1K8ZA 1QMLA 2NXIA 3G0XA 1VGAA 1C9DA 2YX0A 3IIXA 1QO2A 1IF2A 5EL1A 5J5RA 3W7CA 5K9CA 3SIZA 1ZAIA 1G4TA 1OYCA 3DFOA 3A9IA 2Y7GA 3LCIA 3W1TA 4OGZA 3I7SA 4O17A 3QSRA 1KFJA 2W0UA 5DY3A 3G8RA 1FX6A 3QW3A 3PBVA 4JTIA 3TCEA 5G4EA 5DLCA 2B0MA 3OHIA 5I3GA 4EVZA 3N34A 1YYAA 1A5AA 1XFBA 3P5YA 4X2RA 1FXQA 2ALDA 1TIMA 2PRLA 3S5ZA 1OJXA 4MY1A 5HUPA 3NQCA 4TO8A 4MOZA 1K3UA 2Q8ZA 2ZTJA 3W7KA 3Q58A 2ZZ7A 4O16A 4PH6A 1H1ZA 3O6YX 4LWWA 3CIXA 4WOZA 4BWLC 1AL7A 4RXFA 3QQ1A 2H3DA 2P10A 3DFQA 4HNUA 1I2QA 4D2JA 1R47A 5DCBA 3GXPA 5DCDA 1H62A 3FKKA 3W73A 5D2VA 1HG3A 1FXPA 3HGRA 5A5WA 1H50A 4JR5A 1QOPA 4GBUA 2CZFA 3MYOA 4C1KA 1TMHA 3OVRA 3C2FA 3PBUA 3MI3A 5D09A 5HR7A 3LHUA 4LRSA 4GRSA 4K8EA 1JR1A 3W9ZA 3GIYA 1CW2A 3JR2A 2WKJA 1B4EA 1I2RA 4JIPA 3TXVA 1YDVA 4LT9A 2V2HA 1YDOA 1XBXA 3TMLA 4N9EA 1FCVA 3WJYA 2EKCA 3LXCA 1K02A 4BR1A 1PIIA 4O54A 2YGYA 3S1XA 4UIOA 4LTSA 4WOQA 5FEXA 5C6MA 4Q33A 2Y70A 1OX4A 3BVJA 1FWWA 1J5TA 3C4UA 4S2CA 4Z1DA 4AWTA 3L68A 3T44A 1OF6A 4O13A 2QCDA 2W6RA 3CB8A 4IX0A 1SW7A 3N2MA 5KINA 1ML1A 1D9EA 3I6RA 5CG7A 3LTYA 2YPIA 3O8AA 3RNDA 1OVDA 1TTJA 3G3DA 4JS3A 4L4LA 4YLWA 6TIMA 3W88A 2WSYA 3PG8A 4UTIA 2OT1A 3GYEA 1WQ5A 5K2ZA 1GYNA 1RZMA 2V30A 1OX4B 5FF0A 1PV8A 2HSAA 5AOUA 2A0NA 3MO7A 1EEPA 2OZ0A 3LDVA 2AQWA 3LBCA 3UWVA 1JJKA 4LS1A 5HUOA 3WFAA 1KM6A 3GVGA 3VE7A 5D2YA 1L2UA 4K6AA 2C14A 1O5KA 4AHPA 1TPH1 3NQ7A 4N6EA 4WXYA 3FA5A 1D3GA 2X16A 3NO5A 4JX5A 4Z0SA 1FWNA 1UJPA 3LCWA 1SZGA 3USBA 2C1HA 4O1CA 1ZENA 1EP1A 2EPHA 3EX1A 3TAKA 1SZFA 3TC7A 1JCMP 3CT7A 4CNPA 5K7JA 1JUEA 4FO4A 3B04A 3HPSA 4WZHA 1T96A 2G5WA 3KFTA 4XQ6A 3DU0A 4O4WA 4O10A 3R13A 5LNSA 3KRUA 2CLHA 3W2KA 1QR7A 3U6WA 2J27A 2YSWA 3R8RA 3QRHA 2DZUA 4UTKA 1FCUA 1YLVA 4CCDA 4FNUA 4FX6M 4CQ9A 1B57A 1KLYA 3LXAA 1H5YA 4LRTA 4MKNA 5LSMA 2A85A 4DQWA 1IXQA 4FIQA 4BK9A 3DKLA 3IIPA 3M9YA 3QMRA 3LHZA 3FOKA 4DF2A 1A50A 4LS0A 1S5WA 1MEWA 1SW0A 5DY2A 3M5ZA 4GNJA 4LVBA 1GVSA 2O7QA 4JTGA 5AHMA 3SZ8A 3G1XA 3SW6A 4UFHA 1PHWA 3THQA 3WK1A 1Q6OA 4I9AA 4C1LA 4FX7A 1SFLA 4UNKA 2QJHA 3PB0A 4H6KA 4UMCA 3QPZA 1M6JA 1ZJIA 5BRBA 1VYRA 1OFAA 1XBZA 3L21A 5IBXC 3FYPA 1TPEA 1NEYA 5HJLA 4HKPA 3TW6A 2OCZA 2VFIA 4ORMA 3B4UA 4P2VA 5CSRA 3F1QA 3P8JA 1O4UA 3GB6A 3QMSA 3S1WA 3GZ3A 3CC1A 4YCOA 4UTUA 2FPYA 4IMDA 3TXZA 1TJRA 4UTMA 3DHFA 5CZ0A 1PVNA 3SFKA 2CLMA 5H2ZA 3DFPA 3M1ZA 1WOBA 3SSJA 1XDMA 3ATYA 3BV4A 3HMJG 3S9YA 1TTQA 2C16A 3IGUA 1NVMA 2A1YA 3UPBA 3LLDA 4EIVA 1LBFA 3MP5A 1L6WA 1Z41A 2GQ8A 4ZQMA 4DPQA 4IUOA 3LHYA 1TRDA 3IIOA 4O57A 3M47A 5FEPA 1TTPA 4RLIA 3F4WA 1N7KA 4Y9AA 2O7SA 4M6VA 4RKAA 1BEUA 1W5OA 2NX3A 3BLIA 2ZA1A 3N73A 1TV5A 3HOJA 2JKAA 2DU2A 5HINA 1F76A 1WOAA 1DKWA 3EB2A 3BO9A 5I3KA 3O16A 4RXGA 2GJNA 3P81A 1DL3A 4FEZA 5DXYA 1M7PA 1OK4A 4O0ZA 5LNVA 3ATZA 1Q45A 4AEOA 4LW7A 2JKPA 3M5YA 3O05A 4O1BA 3GDLA 3C2OA 3HGJA 3MJYA 3N3MA 4JX6A 3B06A 4GUIA 5D05A 1ICQA 3NQ8A 2CZ5A 2OX1A 1F6PA 3PF3A 3S1UA 5D32A 1R46A 3DAQA 3TDFA 5KITA 1YXYA 1EWEA 1RPXA 1OFEA 3T78A 5E0KA 1TJPA 1VCGA 1LOSA 4Y6GA 4Y8FA 4HIBA 1W3IA 1W3NA 4UTWA 3QC3A 3NYZA 1ZFJA 2RFGA 1NSJA 1EB3A 4Z08A 1AK5A 3KX6A 4PEKA 4XBSA 3EWYA 1FWSA 7TIMA 3OEXA 4O53A 1KM1A 1QO5A 1A5BA 3IV3A 3LHVA 2E6DA 2ISWA 3WJWA 5G2WA 3MI2A 2R8WA 4O15A 3TX9A 2NX9A 4LV4A 2WV8A 2DP3A 4JIQA 3A23A 4RZ4A 3ABOA 3AJXA 4XWUA 4BF9A 4ZVJA 3TSDA 1GT8A 4LOCA 1KW1A 4CNNA 1TREA 4Y96A 4UFMA 1Z42A 4N2YA 3OA3A 3TAOA 3FKRA 1W31A 2NXGA 1R2RA 4QNWA 1IXOA 5AB3A 3DGRA 4MJMA 4MVAA 4FHAA 3W7HA 1K03A 3A24A 1QPOA 1VZWA 3NM3A 4XKYA 1AW1A 3CEPA 5D2WA 4JTSA 1UCWA 1FQ0A 3EXSA 1SZNA 3HB9A 2ZRWA 4O50A 4N4QA 3G18A 4AWSA 2JK2A 3P84A 3TFCA 1FDZA 4M7SA 2GVJA 1KM2A 3Q2DA 1RR2A 2NV2A 5EA9A 4K37A 4WY0F 3WK3A 1JUKA 1BWLA 1JRCA 4MY8A 1DQXA 1XBVA 2YW3A 3PY2A 3TJXA 4CCCA 4MPQA 2WQPA 1TQXA 4AB4A 5HR6A 4R34A 4XKYB 5AYZA 4IMCA 4K36A 4CQ8A 4LUJA 3E49A 1OFQA 4UC5A 1MXSA 4JX4A 3G1AA 1T99A 1YTDA 2ISVA 1J2WA 3W7OA 4NZFA 3GAYA 2ZRVA 4N6FA 4LUIA 2Z0IA 3GDKA 3EX3A 1F7BA 4U4MA 2VEKA 2VELA 1R2SA 2ATMA 3C2VA 1TV7A 4EOUA 3CWNA 2ZZ1A 3T4CA 1GPWA 3MHGA 4FF7A 1OABA 3MI6A 1OFBA 4Q4KA 1O60A 3C61A 5MHBA 3C56A 4KFPA 3ZS4A 5I3FA 1W3TA 2J88A 4TR9A 1BWKA 2QJIA 4R7JA 4NXKA 1W1ZA 4JTHA 4AF0A 2IQTA 4BI6A 1KFKA 3MMTA 3PSWA 4GUJA 3RF9A 4NJJA 3M41A 1TPFA 3PVFA 3BLFA 2R94A 3LXBA 1KFCA 5HMSA 3SI9A 4LV9A 1YPIA 3V1PA 2QCMA 1WDWA 4GUHA 4O1DA 2ZFAA 3DENA 3HIJA 5F2GA 3NPVA 4MYAA 4QQ3A 3UWWA 4HNVA 4FXSA 5DN1A 3EX4A 5C5YA 5D33A 3CQ0A 4AF0B 4NU7A 2E09A 1H7WA 1F05A 5DBTA 4N4PA 3W7NA 1A5SA 4UTHA 2BWGA 2Z2UA 1RQHA 2NX1A 2FDSA 3RMJA 3EWWA 5LHEA 3LCGA 1ZHAA 4MLRA 3BG3A 3K30A 3IEBA 3LHTA 3NPWA 3QEZA 4RK8A 4UNLA 3NZRA 1I2NA 4KKXA 3TKFA 2XN1A 3W2NA 3LRLA 1Z44A 3OVQA 2FIQA 4OQVA 1TPB1 3B0VC 4JY8A 3GR8A 4FXRA 3IVTA 3UXDA 1H1YA 3QM3A 3TFXA 4JTKA 2ZTKA 1VQTA 3VNDA 3NZ1A 5K3VA 1EUNA 2PC4A 1LZOA 3UWUA 4UR8A 2V0TA 3CU2A 3W23A 3PULA 2NZLA 3CWOX 5AC7A 5IM51 2CW6A 4JTJA 4H3DA 1XCFA 3H53A 5D03A 1TPVA 3Q94A 3KVLA 4AXKA 2KZHA 4W9TA 1GJPA 3QSTA 3GKFA 1TPUA 4M6PA 5G2IA 4JY9A 4NJKA 2FPTA 3UXAA 3EWUA 3M44A 1I2PA 2HTMA 2V82A 5AC6A 4IMEA 3LGEA 4Q32A 3STFA 3S8HA 4XUGA 1ZAHA 2QCCA 1VCFA 5K9XA 3PM6A 1LBMA 4O19A 5G4WA 1F74A 4NXSA 3B0PA 3QJAA 2DJLA 2EAWA 3UY8A 5SWUA 3BW2A 4EWND 1EWDA 1Q6RA 4TX9A 1SO3A 3A22A 3MW7A 1W8SA 4FNSA 3VFLA 1A5CA 2FPVA 1QWGA 4ADUA 3PBWA 4MZ8A 3W84A 2E6FA 1D3HA 1MZHA 2H3BA 1FUYA 4JNMA 3GXTA 1HTIA 3W72A 3H54A 2CFFA 3TMQA 4ZZ9A 4ZQCA 4A22A 3W7LA 5F2LA 1JCLA 5D04C 3TSMA 3EEGA 2DZPA 1YADA 4JXCA 2YW4A 2X2GA 1ZY9A 4QIUA 1GWJA 3KVJA 5U7SA 2VFHA 1QCWA 4Y90A 4N9CA 2YZRA 5E1QA 2NUWA 1TYGA 2GQAA 2WJZA 5J5DA 2QCDB 3GLCA 3G1HA 1GZGA 3W2UA 5BNKA 1NAL1 1G4PA 1JRBA 5AFDA 4DELA 3W7EA 2H90A 3W85A 2B7QA 4AMAA 5HWMA 2J6XA 2GPTA 2VXNA 1FDJA 3KVKA 1HO4A 2Y7DA 3O6CA 4UUIA 2TSYA 3SJ3A 2QCHA 5EYWA 4YXGA 5FF3A 4HHPA 3TE9A 2PCQA 1TPWA 1TQJA 4GUFA 5LHFA 2GQ9A 3HGSA 3L0NA 4TMCA 5KZMA 3NDOA 4UTLA 1WBHA 1QPNA 4UTTA 3BLEA 2YYTA 4CQAA 2RDTA 2Q8LA 3NQAA 1G4EA 4Z1CA 2Y63A 4JYDA 2QDHA 3KVMA 3E0IA 5K4ZA 3A5FA 2ATSA 4UFIA 4JTUA 3B05A 2QKFA 1QPQA 3LLFA 1EX5A 1KBIA 1SQ7A 3INPA 2ABAA 2ZZ2A 3DZ1A 2NUXA 2C13A 3LOTA 2V5BA 3W1RA 3HBLA 3NQDA 1SU5A 3EX2A 2Y62A 3LCFA 4IMFA 4POCA 4RJEA 3TSBA 5CPMA 1LM1A 3L2IA 1M7OA 1KLZA 3LBMA 4UTJA 5CGQA 1NF0A 2A2IA 3G1YA 2RH9A 3DXIA 4R33A 4GE8A 3L5MA 2X1UA 1KA9F 3PUEA 2X1TA 2HMCA 4LNYA 1SSDA 1H61A 3O6DA 3WJZA 1G69A 1EUAA 3QYQA 4PL1A 1Q6QA 5C55A 3NNTA 3RLVA 4L4MA 2C0AA 3M5VA 4WXZA 3NQGA 3P67A 2NV1A 3PB2A 4X22A 3LV6A 1FBAA 3LHWA 2Y7EA 1OX6A 3GDTA 4ALDA 4Z0JA 1MEHA 1RVGA 5KZEA 3NR0A 4NQ1A 1SUXA 2CWNA 3CTLA 1ZNNA 5LZLA 5TBOA 2RHGA 2Z6IA 1X1OA 4K8HA 4AWUA 4N9BA 5CZJA 2UV8G 3IGSA 2QCNA 1VCVA 4WJEA 3EXRA 3A5VA 3NPUA 3S5OA 1OFRA 2ZZ3A 4A2RA 5K9DA 4XZ9A 1V5XA 4PC8A 3NXFA 4DO5A 4IXHA 3HG5A 4ZQPA 3QH2A 2TYSA 4H4IA 2Y85A 1G6CA 1JUBA 5G1YA 4ZMGA 1WA3A 2BSLA 1S3HA 2X30A 1JQVA 1LRTA 3QMTA 5K4XA 2OJPA 4M7TA 3NOEA 1XUZA 4FX8A 3UZJA 3LCLA 1MO0A 4PA8A 2XN2A 2FB3A 1LOQA 4FIRA 4NVTA 3YPIA 1ADOA 3L5AA 4N02A 3RK8A 4I7WA 2ZRUA 3UWQA 3S6DA 3LCXA 1V7YA 4R53A 4WD0A 3QQ0A 2H8ZA 4GXMA 1GTHA 2ZCGA 3ELFA 1RQEA 2AAMA 2FLIA 4ZQNA 2RDWA 3CHVA 2J9YA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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