3APGA

Crystal structure of hyperthermophilic beta-glucosidase from pyrococcus furiosus
Total Genus 184
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
184
sequence length
471
structure length
471
Chain Sequence
AKFPKNFMFGYSWSGFQFEMGLPGSEVESDWWVWVHDKENIASGLVSGDLPENGPAYWHLYKQDHDIAEKLGMDCIRGGIEWARIFPKPTFDVKVDVEKDEEGNIISVDVPESTIKELEKIANMEALEHYRKIYSDWKERGKTFILNLYHWPLPLWIHDPIAVRKLGPDRAPAGWLDEKTVVEFVKFAAFVAYHLDDLVDMWSTMNEPNVVYNQGYINLRSGFPPGYLSFEAAEKAKFNLIQAHIGAYDAIKEYSEKSVGVIYAFAWHDPLAEEYKDEVEEIRKKDYEFVTILHSKGKLDWIGVNYYSRLVYGAKDGHLVPLPGYGFMSERGGFAKSGRPASDFGWEMYPEGLENLLKYLNNAYELPMIITENGMADAADRYRPHYLVSHLKAVYNAMKEGADVRGYLHWSLTDNYEWAQGFRMRFGLVYVDFETKKRYLRPSALVFREIATQKEIPEELAHLADLKFVTR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure of hyperthermophilic beta-glucosidase from pyrococcus furiosus
rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Pyrococcus furiosus
total genus 184
structure length 471
sequence length 471
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3apgA00
3BCDA 3FW6A 4CD4A 1UKOA 4CD5A 1QBAA 4U31A 3PBGA 3N1AA 2VQTA 2D0HA 4JCMA 5ABGA 4UQAA 3ZQ9A 2ZUUA 1JFXA 3VIIA 1KGUA 1UWSA 4WSKA 1VEMA 2YLLA 4GKLA 1PX4A 3AZSA 1C3FA 3WD0A 3VPLA 3WUFA 3OGVA 3CZLA 3BH4A 5AC4A 1UWUA 4D1JA 3FN9A 5IFTA 1PAMA 1UR1A 3RMEA 4W8LA 1EGZA 4X0VA 5A6AA 1E56A 2B31A 1UOKA 1XH0A 4AISA 5EFDA 2OWXA 1WNOA 1DWGM 3ARVA 1E15A 3UG3A 1H5VA 1NM9A 5AC5A 2CBIA 3ALFA 1QNOA 2OYMA 3PZIA 5AYBA 3WMBA 1E1FA 1E43A 2X8RA 1VFFA 1JZ5A 4AIUA 1VENA 3CBWA 2X2YA 3UESA 1GOOA 4EAMA 4GI6A 1QI0A 1EO7A 2EO7A 3WD1A 1H09A 2DIEA 3VNYA 3WNMA 4F79A 1SR0A 1OT2A 2EQDA 3CUHA 4E8DA 2FH8A 4HMCA 2YA0A 3UG5A 1E1EA 3PTQA 1NWSA 1KB3A 4PCSA 3SUUA 3WKZA 2G41A 3BAWA 4A4AA 1NQ6A 1HVXA 3APGA 1DWAM 4BCEA 1DTUA 1U30A 1B3VA 4CVUA 3A3HA 4MJ2A 4AZBA 4XUYA 3JUGA 5D9PA 3W38A 3T0AA 2BVYA 4JIEA 2D23A 3ZT5A 1JD9A 2YBTA 3AZRA 4AIEA 1E6NA 1V6UA 4AD2A 1QPKA 1OGSA 3GBDA 5A8QA 4GI8A 2F2HA 2NT1A 1MQPA 2UWFA 4OJYA 2EXOA 3OGRA 1KXQA 1YQ2A 2D3LA 2V3FA 4AZIA 3NCOA 3SCNA 3ZT6A 2DEPA 1E40A 3W6LA 3OZPA 2EEXA 3GXDA 3CZJA 5E70A 3ZR6A 1VBRA 1XD0A 3WDRA 1OSEA 4W8BA 4HZ8A 5JBFA 1ODZA 3WFZA 3OB8A 3GH7A 2OSXA 3AXIA 2VZVA 1W91A 2XVNA 1JXJA 4LXFA 2XYLA 1JZ6A 4D6HA 3WQ8A 2GJXB 2YOCA 4MNLA 4YHEA 3ZM8A 4A3HA 7CGTA 1EQCA 4IPLA 1GPFA 4KRTA 4AD3A 3DC0A 2CITA 1CWYA 4AZ6A 1LL4A 3QHMA 1LL6A 5BXTA 5M03A 3K4AA 2GSJA 4DWSA 2BHYA 4NZCA 3W25A 2VNCA 3NIYA 4W5ZA 4CVWA 1ZL1A 5EBAA 4H2CA 3SCOA 2V3EA 1XGZA 5FOOA 1UZ1A 4MAVA 5EMYA 4LYQA 1GHSA 2X05A 2GK1A 3MUZ1 5DEZA 1E6PA 1X1NA 1J0HA 1W3HA 3W29A 3MUY1 3FAWA 2JE8A 4D6JA 1E73M 2OYLA 3AFBA 1IT0A 4RE3A 1CGXA 1WP6A 2XHYA 3FHQA 4EK7A 2DSUA 4U2ZA 2ZIDA 4S3KA 2QPSA 1LL7A 4CN1A 5CGTA 1CEOA 4P8WA 3ARRA 5EFFA 2D2OA 4UR9A 1HVQA 2ZE0A 1J0IA 2CERA 4M80A 3PTMA 2WB5A 2FGLA 4MNMA 2VO5A 3VDCA 3NJ3A 3QGVA 4NSBA 1W9XA 1TCMA 1TA3A 2Y2WA 2XJ7A 5A6JA 3O6AA 1DWFM 2JIWA 3WQ4A 3ZIZA 3A4XA 4HA3A 1GNXA 2VCAA 5GQBA 3F5JA 5LA2A 1O6IA 3B8SA 1MXDA 1UG6A 2XGIA 2ZXQA 4AD4A 3VVGA 1PJ9A 1JZ4A 2WVVA 2BY2A 3WSUA 3CUFA 5JBEA 1JZ7A 1BYDA 4W7UA 1GQLA 1ITXA 4PN2A 3DYMA 4OOUA 3CHFA 1CZ1A 3WL0A 1KBBA 3ZOAA 2PWFA 4PSRA 5IXEA 1UQZA 1ZBWA 2ZUSA 1E6QM 2WVSA 2J79A 4NRSA 1TZ7A 2E8ZA 1OM0A 3WH8A 3POHA 3VO0A 3EDKA 4J3VA 4B16A 2XM2A 5CLTA 2JALA 1SMDA 3W0KA 1QI4A 3VMNA 2JIEA 3G6MA 2PB1A 1J11A 1V3KA 4N0RA 1MQRA 2G3IA 2WKGA 1NP0A 4PMOA 3WEMA 3AS2A 3AMDA 1W1PA 1CGYA 3VGHA 1WDSA 3AIBA 2BXZA 5LA0A 4UOJA 1H0GA 3UR8A 1V0KA 1XCWA 1BTCA 5I3DA 2A3HA 1VBUA 2E40A 1NH6A 1XH1A 4HZ7A 2QV4A 3B9DA 4TX6A 2X09A 4CU6A 1UKPA 1H11A 1PIFA 1JYXA 1HJXA 1W2VA 1RP9A 1ZB5A 5HDRA 1CBGA 2PWDA 3EMZA 1C8YA 1CIUA 1MVYA 1CXIA 4IISA 4ZXOA 1JAEA 5DMYA 2WWCA 3N12A 5D8ZA 5CPQA 4P7QA 4GXPA 3CUJA 3CPUA 1TG7A 1UH4A 3EDEA 1FH7A 3HN3A 5CSUA 3CZ8A 1W9DM 2J7EA 3PZVA 2DH2A 4YN5A 1OD0A 2Q8XA 3O2LA 3VNZA 1MW3A 5A6MA 1GORA 3WDJA 4ZEPA 3LPOA 2VR5A 2YLAA 1M01A 4M29A 4Y7EA 3GZAA 3UEQA 4Z2IA 4N42A 1V3IA 4UCFA 3N04A 3BAXA 1HJQA 1CNVA 3WEZA 4BQ2A 1NARA 1KXTA 1ITCA 4B9YA 5A95A 2XG9A 1HKIA 5I0DA 4MPKA 4H8HA 3WD4A 1V6XA 2J78A 1TE1A 4BQ4A 4MJ4A 3WDHA 3NDZA 1C90A 2D0FA 3K8KA 3ZJKA 1F4HA 4F8XA 4URIA 4BS0A 1E6SM 1PZ3A 3SCVA 4TVCA 1B9ZA 4U5KA 1JZ8A 2E8YA 1E4MM 1V6VA 2XFFA 4KGJA 3AYSA 1ZJBA 2J47A 3AHXA 4PTWA 1Q6EA 1X6LA 1HJVA 3GYCA 1CGWA 3WH5A 2DGAA 3WFLA 3W6MA 4M56A 2WCAA 4DUXA 3BAJA 1OBAA 3UG4A 4CCEA 1UD4A 3ZSSA 4U2YA 1JD7A 4GIAA 1H49A 4W87A 2FH6A 3L2MA 5A6BA 3FHAA 1A3HA 5A94A 1E72M 1EDGA 3AIUA 1W9VA 1PX3A 1VJSA 1XH2A 2J7DA 2D3NA 1EXPA 2GVYA 6TAAA 2WSPA 1Q6CA 5I6SA 1QI5A 1XSIA 1VF8A 3BSGA 1NOUA 1ODUA 3BCFA 2PWHA 3DYOA 3L4UA 4JL2A 1R86A 3RM8A 3IAQA 4GINA 1B30A 2ZX9A 1GVYA 4D72A 3AS0A 1HXJA 4GQRA 2WMKA 2BHUA 4R5EA 1EDTA 3GNPA 1GOMA 2DSWA 2YL8A 2E9LA 3A6OA 2V3GA 2CBUA 1PIGA 3RJXA 4AC1X 1WAWA 1V6YA 1UH3A 5A6BD 3CZEA 4ATWA 1Q6GA 1QI2A 1K9EA 4PBGA 1BFNA 1CLVA 1OIMA 2X0HA 1VB9A 3ZJ8A 3IJ9A 4PUDA 4H41A 3KL5A 2DDXA 3WF2A 1BYBA 4WLCA 2UY5A 1LF1A 1ZBCA 3E1F1 4WSJA 1J10A 3RO8A 2C7FA 3NUKA 3WNOA 4UTFA 5CXPA 4MTVA 2VT0A 3ARPA 1RH9A 5BYWA 4ZE5A 3VX1A 1Y7VA 2FDMA 3AHYA 3VDHA 2WC3A 4OKDA 4EE9A 3AMKA 1L8NA 4B3LA 3GNRA 1FA2A 4GZJA 4U33A 3AOFA 4W88A 1B0IA 3K8MA 4UFJA 3VGDA 3WY1A 3M07A 4NI3A 3A4AA 1JXKA 2W62A 1LJYA 4E2OA 2ZUMA 1UD3A 4PMZA 4MADA 8A3HA 3ARSA 3MU7A 3VD7A 2G3MA 4P7OA 4WKHA 1NWRA 3WQVA 1MYRA 1GOQA 1FHLA 1J01A 5KZ6A 3GH4A 3WBEA 4AYSA 4H7VA 2Y24A 3VU2A 1BPLB 4Z2HA 1B3WA 2C8NA 2ZOXA 2ZX8A 1UWIA 4QCFA 1CENA 3WF3A 1EHNA 1UR4A 1VJZA 2Y5EA 2X0YA 7A3HA 1K9FA 3MUAA 1ISVA 3RJYA 4MB3A 3BAYA 2WHJA 3MMWA 3CHEA 1CXLA 1BAGA 2J74A 2VX5A 4ACZB 4WIWA 4F9JA 2PI6A 2XFYA 3SUVA 4ATLA 2E3ZA 3NSNA 1VIWA 1OCQA 2VURA 5FIPA 1W3JA 1HJWA 1G1YA 1UKTA 4ZENA 1R87A 2O9PA 3RDKA 2CPUA 4WJXA 4D6CA 4F9DA 4H04A 3AICA 4W7VA 4CN4A 2VZUA 4TOQA 4TXEA 2VCCA 4GPNA 4QLLA 4TVUA 1GZJA 1QVBA 2VCBA 4AWEA 1PEZA 2ZUVA 2CCRA 4KMQA 1UHVA 3ARXA 1OWQA 4J3WA 2D20A 3WEOA 4B3KA 3VKKA 3L2LA 4ATDA 5A8PA 2J77A 2XSAA 3L4YA 3F5LA 4M8UA 3BLPX 1CXKA 4OIFA 1UD5A 1I75A 4BF7A 1FFQA 4XX6A 1W1TA 4HP5A 2EPOA 1H41A 3EMCA 3CIVA 3NSXA 4PMQA 4UQ9A 4XB3A 3MO4A 4DWSB 2WMIA 4JKLA 1Q6DA 1EHAA 2XVPA 4BA0A 1E4LA 2GUYA 3VUPA 3VTRA 3VGGA 1HF6A 1SYTA 5E0FA 4D6DA 4Q7NA 1PPIA 5E6ZA 1E5NA 1WO2A 1GOKA 4UFKA 1BQCA 1MQQA 2WAGA 1KXVA 1PBGA 2WZIA 1GOWA 1HN1A 2A3BA 2PWGA 3AHVA 3TA9A 4FK9A 1JAKA 5ABHA 4TX8A 2G3JA 3THDA 1HNYA 5A8MA 4X9YA 9CGTA 5A2AA 1UWRA 3CHCA 1JI1A 2TAAA 2WCGA 3TTYA 4CU8A 1HP5A 1JNDA 5BCAA 4F66A 1R7OA 5E0CA 2E9BA 1B31A 3D3AA 2WHLA 1FHDA 3VIGA 1QNRA 1TA3B 3ARTA 4HPHA 5DT5A 4NRRA 5IFPA 4GQQA 1YHTA 3AXHA 3VX0A 4LYRA 4CN6A 4W5UA 2CBVA 5I77A 3T0DA 4AZCB 4UQEA 4K68A 4QDMA 2VZOA 2GJXA 4OBSA 2W61A 2JEQA 1MW2A 1D2KA 1W9UA 2VX4A 3OG2A 5HPCA 2WVVB 1LG2A 2J7FA 3MS8A 4HU8A 2BVTA 5EB8A 1VFOA 3BAIA 3AYRA 1HKKA 4D6EA 2XPKA 1VEOA 3K4DA 2A3AA 1K9DA 2IXUA 3WMSA 1JYWA 2WW5A 2UY2A 3VD5A 2GDUA 3WDPP 1WDPA 1MW1A 2FHBA 3L4VA 4PMYA 2W92A 3OLGA 1OD8A 1HKJA 3AMCA 3I3DA 2J7GA 2VUYA 4GZIA 4J7RA 1WE5A 3AMGA 3ARUA 4OBRA 3RPMA 1CGTA 3SCPA 2YKKA 4M24A 4AZGA 1K6AA 1Q4NX 1R7AA 1ZS2A 2F8QA 4BQ3A 4J3TA 3RILA 4D71A 1FH8A 1O7AA 2ZX6A 1E0VA 2VQUA 1W9PA 2WSKA 2YA2A 4RL3A 2OLHA 1W3KA 1V0LA 5AY7A 3SUSA 1UQYA 2WM0A 3SEPA 4AZ7A 1B3XA 2YL5A 2QMJA 3UETA 2GJPA 1QI3A 4V27A 3SCWA 3WNKA 4UQBA 1XYZA 2JF7A 3KZSA 3T2OA 1HX0A 2OSYA 4WK9A 4E8CA 3QOKA 3FNDA 5A2BA 2WLZA 2VRKA 1A47A 3WBAA 3RM9A 5FCZA 4CD8A 2PBOA 1CPUA 2ZICA 4JHZA 5FL0A 3SCSA 3T08A 4TVDA 3WIJA 5BXSA 2XVKA 1ZJAA 1CXFA 4UNIA 1QHPA 2E9MA 3HMCA 3T2QA 1VFUA 4J3SA 5C70A 1JF5A 2WYSA 3MV11 1FFRA 3PZGA 3I3BA 1J0ZA 2PWEA 3WF1A 3VIPA 5ABFB 1BSIA 4WKAA 5BRPA 1W1VA 4B9ZA 3UCQA 1BVNP 4WKFA 1NWUA 2VTFA 3WH9A 1QOXA 3AQUA 2WZHA 5LYRA 2CHOA 4HU0A 4PMNA 3AIQA 2WK2A 1KWGA 3EBVA 2DIJA 1GJUA 3OLEA 3PHAA 2JEPA 4HPGA 1W9BM 1JYNA 4XV0A 4CKQA 4KH2A 2ZUWA 2W66A 1KFWA 1B1YA 1CGVA 2WC4A 5CJ5A 3OGSA 3M6DA 2DT1A 2XVGA 4PTVA 1GCYA 2D22A 2OSWA 1GQJA 2W5FA 4UZSA 1GQKA 1UWQA 3DHUA 1SMAA 2DT2A 2GDVA 1WZMA 2VRJA 2RGLA 4DM2A 4PUEA 3L4XA 4PYSA 3IAPA 3L4ZA 1ECEA 2YDQA 3W24A 2BY1A 1JDCA 4J28A 3CUIA 5A6LA 1JGIA 3WF4A 4IUGA 1OINA 2OWWA 1AQHA 5M17A 3KEHA 5BROA 2W4XA 4W84A 2BXYA 2WKLA 1UR8A 4UFLA 1ISWA 4AZ5A 2PF0A 1H3GA 5A3HA 4S3JA 5JUVA 1UR2A 2NW0A 3O9NA 5GPRA 1HP4A 2CXGA 3AXXA 3VIJA 1V0MA 4MDOA 1BYCA 3CMGA 4ML4A 3RIKA 2VVNA 3U7BA 4JHOA 3UR7A 2J7HA 3KL3A 2BFGA 3GTNA 3K8LA 2AOSA 4Z2LA 4BQ5A 1RP8A 2X1IA 3GH5A 1MW0A 5I2UA 5C8BB 1KR1A 3EDJA 2XIIA 1ISXA 1GHRA 1LWJA 3ZSTA 2ZXDA 2EPNA 4W93A 3AIVA 2QMKA 3KWXA 1E6XM 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3BCD A;  3FW6 A;  4CD4 A;  1UKO A;  4CD5 A;  1QBA A;  4U31 A;  3PBG A;  3N1A A;  2VQT A;  2D0H A;  4JCM A;  5ABG A;  4UQA A;  3ZQ9 A;  2ZUU A;  1JFX A;  3VII A;  1KGU A;  1UWS A;  4WSK A;  1VEM A;  2YLL A;  4GKL A;  1PX4 A;  3AZS A;  1C3F A;  3WD0 A;  3VPL A;  3WUF A;  3OGV A;  3CZL A;  3BH4 A;  5AC4 A;  1UWU A;  4D1J A;  3FN9 A;  5IFT A;  1PAM A;  1UR1 A;  3RME A;  4W8L A;  1EGZ A;  4X0V A;  5A6A A;  1E56 A;  2B31 A;  1UOK A;  1XH0 A;  4AIS A;  5EFD A;  2OWX A;  1WNO A;  1DWG M;  3ARV A;  1E15 A;  3UG3 A;  1H5V A;  1NM9 A;  5AC5 A;  2CBI A;  3ALF A;  1QNO A;  2OYM A;  3PZI A;  5AYB A;  3WMB A;  1E1F A;  1E43 A;  2X8R A;  1VFF A;  1JZ5 A;  4AIU A;  1VEN A;  3CBW A;  2X2Y A;  3UES A;  1GOO A;  4EAM A;  4GI6 A;  1QI0 A;  1EO7 A;  2EO7 A;  3WD1 A;  1H09 A;  2DIE A;  3VNY A;  3WNM A;  4F79 A;  1SR0 A;  1OT2 A;  2EQD A;  3CUH A;  4E8D A;  2FH8 A;  4HMC A;  2YA0 A;  3UG5 A;  1E1E A;  3PTQ A;  1NWS A;  1KB3 A;  4PCS A;  3SUU A;  3WKZ A;  2G41 A;  3BAW A;  4A4A A;  1NQ6 A;  1HVX A;  3APG A;  1DWA M; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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