5KZEA

N-acetylneuraminate lyase from methicillin-resistant staphylococcus aureus
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
292
structure length
292
Chain Sequence
NKDLKGLYAALLVPFDENGQVNEQGLKQIAQNAIETEELDGLYVNGSSGENFLLNTEQKKQVFKVAKEAVGDKVKLIAQVGSLDLNEAIELGKYATELGYDALSAVTPFYYPFTFEEIRDYYFDIIEATQNNMIIYAIPDLTGVNISIEQFSELFNHEKIVGVKYTAPNFFLLERIRKAFPDKLILSGFDEMLVQATISGVDGAIGSTYNVNGRRARKIFDLARQGQIQEAYQLQHDSNDIIETVLSMGIYPTLKEILRHRGIDAGLPKRPFKPFNEAHRQTLDQLIAKYDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Staphylococcus aureus (strain usa300)
publication title Structure and inhibition of N-acetylneuraminate lyase from methicillin-resistant Staphylococcus aureus.
pubmed doi rcsb
molecule keywords N-acetylneuraminate lyase
total genus 117
structure length 292
sequence length 292
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date 2016-07-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5kzeA00
3SR7A 3W1TA 1AW2A 5C54A 3WJWA 5LNVA 4NJHA 5HR7A 2B4GA 2DZUA 3G18A 3A21A 3NQMA 4JTSA 4XQ6A 1YDNA 3C61A 2YYUA 4WD0A 2E6DA 5KTLA 4A2SA 4GBUA 4R33A 1TPH1 5CZTA 4IJBA 4UFLA 3W22A 2C19A 3P74A 3G1YA 3NR0A 4ALDA 1LROA 3A23A 2I9EA 3DFNA 5I3JA 3SECA 5LZLA 5DN1A 2ZZ7A 1OYBA 2ZA3A 2NXGA 1B9BA 4HNNA 4WOZA 3NG3A 4MYXA 1VRDA 1H50A 2TPSA 4QITA 1QPQA 1QMLA 4Y6GA 4K7YA 4JS3A 2I14A 2V8ZA 4ZMGA 4A29A 5CZ0A 4S2BA 3TU9A 1AK5A 1PVNA 4O18A 3S5YA 4ZQOA 4K37A 5HMSA 1D3HA 3G0XA 3KVKA 1H63A 3S1WA 3UZJA 1DHPA 3EWZA 4A21A 3PSWA 5TBOA 1ZAIA 3WK2A 3LCLA 4ORIA 1G4EA 2E5BA 3HGJA 1R2TA 1SZNA 4N9CA 3W2KA 3P67A 1FQ0A 1JRCA 3L5MA 4O16A 5AB3A 3SW6A 3LRMA 5G4EA 4X3ZA 1TPWA 1UUOA 3TK7A 4UMCA 4JTGA 4LS1A 3QRHA 3EX1A 3SJ3A 3LCFA 4DEFA 2PRLA 1QAPA 2CW6A 3WK3A 4HHPA 3W1PA 4K8HA 1BEUA 1OFAA 3ATYA 3G3DA 3LCIA 4WY0A 2VFHA 1JRBA 4O0ZA 4LVBA 1G6CA 2YW3A 4FXRA 1W5NA 4X9SA 1K3UA 5TIMA 3OVPA 2BSLA 4Z1BA 3UWWA 4IPJA 2C13A 4LTSA 2P10A 2ZRXA 4QISA 1FWTA 1GOXA 3IIOA 3G24A 3S1XA 2RKXA 1VCFA 4NX0A 3UPBA 2C1HA 4Z1AA 4RKAA 3DKJA 2CFFA 4UTIA 5CSRA 4HSOA 2H8ZA 1M6JA 2JKEA 3LOTA 1RQBA 1VYSX 1I2NA 2V9DA 1LBMA 1H62A 4UTHA 3IGUA 5D03A 1MEHA 3TW6A 1O4UA 2ZA1A 5LGXA 5E1QA 4MJZA 2Y88A 4JY8A 2ZZ2A 1FWWA 1O94A 2C15A 5C55A 3MHFA 4EWND 4QM1A 4PFMA 2XN0A 4K39A 3W72A 5D09A 4JTLA 4O11A 2QKFA 3MI3A 4IPIA 1L9WA 4HT3A 1DORA 1W0MA 4UTWC 2NX3A 3EX6A 5CPMA 1PHWA 3LXCA 1WV2A 4GUHA 3G8RA 1I2RA 2XN2A 1HTIA 4BWLA 2OT0A 4JDBA 4YMZA 1RPXA 2R91A 3HIJA 4GRSA 3NQ6A 5HJLA 1G69A 3L68A 4RK8A 5DCDA 4GC4A 2C3ZA 3M5XA 3M0ZA 1ICPA 1Z42A 4P2VA 2WKJA 3T4CA 2OX1A 1LZOA 5DY3A 2ATSA 2YX0A 1GEQA 3KRSA 1QCWA 3FFSA 1FDZA 1EIXA 7TIMA 4L4MA 1IXPA 3UWUA 4DPQA 1JCNA 3BLIA 3I7RA 5AYXA 2FLIA 3DAQA 3EX2A 4M19A 3H55A 1X7FA 3E0IA 2WNNA 3MHUA 4DQWA 1UUMA 1BTMA 4RXGA 2Y85A 5AOUA 3THAA 3L21A 1YYAA 3GB6A 3L9CA 4N9DA 5D38A 1A50A 2ABBA 3C56A 3EWYA 3TAKA 3SY5A 4O17A 3UWYA 1FDYA 2RHGA 3M5ZA 1PIIA 5D05A 1I2OA 1OFEA 3W23A 4CCCA 3NPUA 1LRTA 3HPZA 4KWVA 4Q32A 4ZL1A 1TPVA 2Z6IA 3L2IA 4O4VA 3L65A 3S1UA 5GVJA 4BI6A 2A21A 3NL2A 3NQDA 2AQWA 3W1NA 3AJXA 1W3IA 1Q6QA 1ALDA 1XUUA 1F7BA 3W85A 4ZQMA 1W5QA 3SSJA 1SW3A 4WJEA 3UXAA 2HS8A 3CWNA 4UNLA 4MUZA 1G4SA 1P5BA 3R12A 4UFIA 3M5YA 4ML9A 3PUOA 3EEGA 1VR6A 3IVUA 3HQ1A 3W73A 3HJZA 1IIGA 1Q3NA 1TPB1 1LCOA 2XN1A 4WX2A 4PL2A 4UMBA 5EY5A 1SO3A 3DI1A 3WJXA 1W8SA 4O14A 4R7JA 5EA9A 4GNJA 4GUGA 6ALDA 4JTHA 1VC4A 2WSRA 3F4NA 1YPIA 3O8AA 3S8HA 5D32A 3PB2A 3M5VA 4A3UA 2CLKA 4DELA 2P0OA 1W1ZA 3HG3A 1TV7A 3I6RA 1T0OA 4FB7A 3Q94A 1K02A 2A7RA 1AW1A 3HGSA 2WNQA 3PG8A 4LWWA 2VXNA 2ISWA 2DZSA 1RVGA 3FKRA 1TV5A 2ZBTA 4ZQPA 2QCCA 4K6AA 4WQ6A 4UFJA 2F7FA 2Y70A 3NPXA 3W7QA 1WA3A 4LC6A 1EUAA 4LOCA 3QM3A 4FX6M 3IEBA 3C6CA 5F2MA 4JEQA 1EA0A 1TB3A 1MSSA 3HB9A 5G4WA 1RR2A 3TSMA 3G8EA 1YTDA 5G2HA 3UYCA 3W7EA 1SR9A 3QFEA 1TTIA 4FNTA 1GG1A 4IQLA 3HG4A 1I45A 3GAKA 3ABOA 3LTPA 4O8RA 2F84A 1O5XA 3PF3A 1SZGA 2X1SA 1N7KA 4MZ1A 3GLCA 4K7VA 1LM1A 4ZVJA 1W5PA 4JTKA 3GR8A 5BMXA 4O13A 1ZAJA 1I8JA 1GVFA 1K8YA 4KKXA 4ADUA 3SGZA 4UTWA 1XDMA 3G1HA 2X1RA 2ZZ6A 3VNDA 4C1LA 4ZZ9A 5AC8A 3TDFA 2QCEA 1DL3A 3GKFA 4CNPA 1OABA 1ZALA 4OBTA 5CPNA 4S1FA 3I68A 4TX9A 4O10A 1FWRA 3QMSA 3GYEA 3L0NA 1TRDA 1BWKA 2A6LA 1NF7A 1MZHA 3KFTA 1GT8A 2QCMA 1M7OA 1F05A 2ZZ5A 3HPXA 3QQ0A 2YCEA 3QYQA 2CU0A 5CGQA 2V5BA 4XTIA 5FEPA 1XBYA 1TJRA 3MO7A 1GVRA 3MBDA 2ISVA 3R5EA 4QJ1A 3TJLA 3OVQA 3OVRA 2WO5A 2NUYA 3U8GA 3CPRA 1AMKA 3N34A 4BF9A 1T99A 1B4KA 4NJKA 3S5OA 4WOQA 2BWGA 3NXFA 4AXKA 2Y61A 4N4PA 2JGYA 3W7NA 1SSGA 3QW3A 3VCRA 3NQCA 4UR7A 3HF3A 4YL2A 1G7VA 4HNUA 4UTUA 1AW5A 5DBUA 3EWXA 1QNVA 3OHIA 4M6VA 2VEPA 3G0SA 3OIXA 3HPSA 4FIQA 2Y7GA 3TXVA 2C14A 3NEVA 2ABAA 2GUUA 3NQFA 1D3GA 3TW7A 5J5DA 3TQKA 2H3BA 1WOAA 4ZQNA 3N73A 5FEWA 2PE4A 3RFAA 1EPXA 2V30A 5DXYA 2NLIA 1VS1A 1F5ZA 3PAJA 2B0MA 5BNKA 1KM6A 3T40A 4M5PA 2Z1BA 3UWZA 5AHMA 4POCA 5F1VA 3O15A 4K36A 1J2WA 2NX1A 4FXSA 4NZFA 4MZYA 3DU0A 3HGOA 3TQVA 1W5OA 5DY2A 2BLEA 1G7UA 3NL5A 1FCUA 4TMCA 1J5TA 2DZVA 4HNTA 3CIXA 4RZ5A 3LV6A 1H7OA 4JYFA 4MVAA 5LNSA 1EWDA 3PULA 1BWLA 1V7YA 3M9YA 3SIZA 4M6PA 1JULA 4BFAA 1OX4B 3TQ0A 4H3DA 3W7CA 3CLMA 1XBXA 4NJGA 2QCDA 2CLMA 1OF8A 2YFOA 4JXCA 3ZFHA 4O1CA 3LM7A 1PHQA 1GYNA 4XKYA 1GVQA 1P0KA 4JR5A 3W6YA 5D2WA 3RLVA 2CZFA 3DFSA 3EXTA 1F76A 2VENA 4UUIA 3P8JA 4M7SA 4O50A 4AH7A 4E38A 2E6YA 2O7QA 1A5BA 2O7SA 4UXDA 4E2DA 4PA8A 5HR6A 4HPJA 3VFLA 1QPRA 3E9AA 2BZNA 4E0CA 3OG3A 1DQWA 2YDAA 1NEYA 4E2BA 3W7PA 1Q6LA 3GNNA 1YDOA 3L0GA 5D37A 3M41A 1FCVA 1DQXA 1W54A 4DF0A 3K30A 4BI5A 2J9ZA 4IXHA 1JJKA 4I9AA 3CIWA 3NPVA 3BPWA 2H6RA 4FIRA 3TE9A 4IMDA 1VHNA 5AC7A 3ANYA 4Q4KA 4JGDA 3W9ZA 4TMBA 3BVJA 5I3FA 3C2FA 4RX0A 2J27A 3IVSA 1VLIA 2W0UA 3LXBA 1VCVA 3W75A 1QO5A 1ZENA 3WJZA 2BTMA 3PS7A 3G1FA 3FEMA 4OT7A 2V0TA 4JYEA 1X1OA 3C0JA 5E93A 1TQXA 1OX5A 1KFKA 1A5CA 2VEKA 3LHZA 1QPOA 4IWWA 3FYOA 3TR2A 4AWSA 4NUWA 1NFBA 1SZEA 3QH2A 1QDSA 2QCGA 3TROA 1KTNA 5F4WA 1G67A 3W7JA 3NQVA 4NU7A 3MUXA 3OA3A 1QR7A 4JTUA 5AHLA 5HINA 1FWSA 1S5VA 3UQNA 3STEA 4O15A 4Y8FA 3TIMA 4AB4A 2QDHA 3LCWA 1F6PA 1GWJA 5I3HA 5J5RA 2GQ8A 1THFD 3HG2A 3UD6A 3DBPA 4FNUA 4O52A 1B57A 2OCZA 3GDKA 5G2IA 4JX6A 2ZRZA 5C5YA 2QJGA 1KM0A 4FF7A 1ONRA 3W70A 2DP3A 3BGGA 2ATMA 2G95A 3CB8A 4GWEA 3W7HA 2J88A 3UPWA 5D33A 3SI9A 3R89A 3L5LA 5HUOA 1M5WA 3NVTA 4IOTA 3QPYA 3H54A 3W76A 3W71A 4PEKA 3CEPA 4AWTA 1TO3A 4CCEA 1IIHA 5A8GA 3TA6A 5D2YA 2ZQ0A 3CHVA 1XCFA 4IGHA 3M7WA 1BKSA 1TYGA 4N6FA 1FCBA 3A9IA 4ORMA 3TMLA 5I3IA 2RDUA 4AHPA 3TAOA 1TTJA 4DO6A 3NQ8A 4TU1A 5D04C 1EB3A 1LLZA 2CLEA 4CLMA 4MLRA 2G96A 4NX5A 3WJSA 4RLIA 3Q2DA 2E1DA 3GAYA 3L5AA 5HWMA 2Z6JA 3ABQA 1UJPA 2NV1A 1EX5A 3G0UA 1HO1A 1MEWA 5A5WA 2WJZA 4EF9A 3PUEA 1A5SA 1VCGA 1OFPA 3I7QA 2IQTA 4HPXA 2CLLA 4PCFA 1N8FA 2E6FA 3S5NA 3NNTA 1OFRA 1QWGA 4GJ1A 5FF3A 3QC3A 4IMCA 3TV8A 4EVZA 1H7NA 5F2LA 1KA9F 1LRQA 3LI1A 2QF7A 1NF0A 2Y6ZA 1KFBA 5AC6A 1GJPA 3ABRA 2NV2A 4R53A 3PR2A 1KV8A 5LGZA 1OVDA 1KV5A 3BLEA 3EWUA 3ZS4A 2ZRUA 2ZRVA 2TRSA 1OYCA 2QCFA 3O05A 3BG9A 3TCEA 4NXKA 2NWSA 2Q8ZA 4UFHA 1KM2A 3G22A 4YWIA 2GJNA 2OZ0A 4H4IA 2OMAA 3TC6A 5LSMA 3DHFA 1DKWA 3FYPA 3P84A 2EF9A 2GJLA 3DKLA 4OE7A 1GPWA 4AEOA 1H60A 2H8XA 1YDVA 5K3VA 1LORA 2V2HA 1A53A 5F4SA 1B3OA 1AL7A 1JCMP 5I3KA 2QR6A 2A5HA 1KTBA 5C2XA 5BOOA 4JIQA 3R13A 1LBLA 2BXVA 4M7TA 3DHDA 4J9JA 1I2QA 4N6EA 3E12A 3ZR4A 3TKFA 2Y7EA 3DFTA 3B4UA 3E49A 4X2RA 1B4EA 3AO0A 2JK2A 1FCQA 4NT0A 5AHIA 1WX0A 1TTPA 3VKJA 3W7MA 1S3HA 2YXGA 4JX4A 4DF2A 1LLWA 4HKPA 3T7VA 3S6DA 3U2OA 3W2NA 2WSYA 3W3OA 1H1ZA 4AAJA 3M44A 3EWWA 2PRMA 1KFLA 1R2SA 5MHBA 1WXJA 1FWNA 1Y0EA 3EB2A 5HUPA 1SPQA 2LLEA 4DO5A 1OFOA 1TTQA 3LRKA 1XBZA 1ME8A 1W37A 4Z0JA 4X22A 5CKSA 1MEIA 4UTTC 3BLFA 3DH7A 2J9XA 5F1UA 4N9EA 3LCGA 3EKZA 3MJYA 1X6UA 2YSWA 4WZHA 2NZLA 1Q45A 3P8IA 2E6AA 3A5FA 1KTCA 2FB2A 2V2DA 3W2LA 3QMRA 5KITA 4IX2A 3N19B 2DJLA 4M6QA 4LUJA 2YFNA 3CWOX 2V5LA 3ELFA 5FF4A 4CCDA 1KLYA 4XTDA 1JQXA 4LV9A 2ZFAA 4LS0A 4LC8A 1AG1O 5KMYA 2A6NA 3RNDA 3NQAA 4LT9A 5K9XA 4FNPA 4O0KA 5FF0A 3H53A 2FQIA 3B05A 3NM1A 3B03A 3MP5A 3BG3A 4XUGA 1FX6A 4WXYA 3W87A 2YYTA 3G1XA 5EMUA 5D2VA 3C52A 2I1OA 3UY7A 3N9RA 3WK1A 1I2PA 4FHAA 1ICQA 3GXNA 3GXTA 4AHOA 2WNZA 1DOSA 2A2IA 5D30A 3HMJG 1TPC1 2QCNA 4OGZA 3W7KA 2TYSA 1K7XA 4ZQRA 1TSIA 3JR2A 4L4LA 5CSSA 3RF9A 4Z1CA 2V81A 5CPLA 2NXIA 5U7SA 4UTMA 1AL8A 1SO5A 3LX9A 1R2RA 3LBCA 3LTSA 1RV8A 3NM3A 1LTDA 2FTPA 3MWAA 3KXQA 5HWJA 4CQ9A 3TC7A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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