2NXIA

Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to non-metallo kdo8p synthase.
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
262
structure length
257
Chain Sequence
KFLVIAGMNAIESEELLLKVGEEIKRLSEKFKEVEFVFKSSFDKANRSSIHSFRGHGLEYGVKALRKVKEEFGLKITTDIHESWQAEPVAEVADIIQIPAFLCRQTDLLLAAAKTGRAVNVKKGQFLAPWDTKNVVEKLKFGGAKEIYLTERGTTFGYNNLVVDFRSLPIMKQWAKVIYDATHSVQLPGGLGMREFIFPLIRAAVAVGCDGVFMETHPEPEKALSDASTQLPLSQLEGIIEAILEIREVASKYYETI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Aquifex aeolicus
publication title Structural and mechanistic changes along an engineered path from metallo to nonmetallo 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate synthases
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 88
structure length 257
sequence length 262
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2006-11-17
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2nxiA00
1I8JA 1OF8A 3IRDA 1K3UA 3EXRA 5G2HA 1AL7A 3HGSA 3OVRA 5AHIA 2CLMA 2DP3A 1JUKA 3M5VA 5G2WA 5TIMA 3MI2A 3QMRA 4ZQOA 2NUWA 1J4EA 3TFCA 1FCQA 1G7VA 1I2RA 2DZTA 5K4XA 1BEUA 5DBTA 3MBDA 1FY6A 1AK5A 1O5KA 3P81A 5E93A 3CC1A 3W1RA 4HNVA 4CCDA 2YDAA 1K7EA 3DHDA 3C2FA 1XL9A 3S1XA 1H7WA 3TAOA 4NX5A 1W0MA 4MYAA 3DENA 3ZFHA 4O14A 2B0MA 1OX5A 4ADUA 1DV7A 1I2PA 1YADA 1LYXA 1WBJA 4RV8A 1JCLA 4FNRA 4GJ1A 2GPTA 1LCOA 2QCHA 1OYBA 4PODA 1P0KA 1JVNA 3W76A 1Q3NA 6TIMA 3O8AA 3INPA 1XBZA 2VENA 5DXYA 1S5WA 3L5LA 4GE8A 1V5XA 1KLYA 2V30A 4WZHA 4CLMA 3S9YA 5GVJA 3W07A 1P0NA 2HS6A 4GUIA 3KRZA 1Q6RA 1TPUA 4GUHA 2VELA 3DI0A 4NJHA 2ABAA 3C56A 3M47A 3YPIA 3M0ZA 5CZSA 4O52A 2I9EA 2PRLA 4UMCA 5F2GA 4MY8A 5U4NA 4OGZA 4K7VA 5FI8A 3CT7A 1OVDA 4EF8A 2G97A 1HFBA 4AH7A 3B4UA 4FF7A 5EY5A 3NYZA 3W7PA 3L0GA 3IVSA 3QF0A 3HPSA 2ALDA 4KFPA 4NUWA 5BNKA 1F74A 5KITA 3S1UA 4K39A 2ZCGA 1Y0EA 1Z44A 5D09A 2VFEA 4JYDA 2DJXA 5D37A 3C4UA 4LVBA 3VCRA 1JCMP 3OA3A 3O6DA 3P67A 5D2VA 1GJPA 3KVLA 4CNOA 1FXQA 1EWEA 1XBXA 5FEWA 2QUUA 4ORMA 1OFDA 4NJKA 2W0UA 4IJBA 3THAA 3S8HA 4MFEA 1HL2A 4HPXA 3R2GA 4LC6A 4CQ9A 4KKXA 3PVFA 2WO5A 3HG2A 1QDSA 3T7VA 1UUOA 3CWOX 3GR8A 3CHVA 3W88A 2VEKA 3DFPA 2ZZ2A 3B06A 3FYOA 3CEPA 2JGYA 4JTGA 4UTHA 2WQPA 4S2BA 3OHIA 2X1UA 5K2ZA 3GDLA 4DEFA 4UFMA 1EPXA 1OFRA 1YPFA 3LLFA 1RVGA 2H3BA 3UWUA 1XUZA 4JDYA 1VLIA 1MEHA 5C55A 5CPNA 3S1VA 4M6PA 1TRIA 5D32A 1IIGA 5HNRA 3A23A 1NFBA 2BSLA 4LU0A 3LDVA 1B9BA 1EB3A 5LKYA 2GVLA 1NSJA 1HO4A 4RLIA 3NQ7A 1BWKA 3G3MA 2WV8A 4RZ4A 1TTPA 2VKZG 1S5TA 2E5CA 2HS8A 3QPYA 3W7EA 5K9CA 3M16A 2JK2A 3HJZA 2QAFA 4Y8FA 1PCKA 1I4NA 4N2YA 3NZRA 1ZALA 4LWWA 4UTLA 4A22A 4NQ1A 1W3NA 1LOSA 2ABBA 2ISSA 3KFTA 4DELA 3GAYA 5EBUA 5HWNA 1XXXA 4NZJA 5FF2A 3W7HA 2H3DA 1ZHAA 2YCEA 2NX3A 3BK0A 3TW6A 4I9AA 4FIQA 1XC4A 1K8YA 4UNKA 1K8ZA 1H60A 4JIPA 4MUZA 1JCYA 5CSSA 3UPWA 4RX0A 5DCDA 3PG9A 1VHCA 3HOJA 1W5MA 1W5QA 2QAPA 1VQTA 1KM4A 2WNZA 5TBOA 2VEMA 4UIOA 4HPJA 3S5ZA 3T55A 4N9CA 4ML9A 4TX9A 2ZRZA 2X16A 3FS2A 2C13A 1QR7A 4YLWA 4OBTA 1KFJA 2DZVA 4Z1CA 1K8XA 3H55A 4UXDA 3C0JA 2A6NA 1XM3A 4AHPA 3G1XA 3MBFA 4UMBA 1DOSA 4DQWA 3LM7A 1H63A 1CI1A 1KFKA 3A22A 3PBYA 4WY0A 1QPRA 1KFLA 3S5YA 4UUIA 3L0KA 4NNCA 1F76A 1YDVA 4FNQA 4DF0A 3W7GA 2V0TA 4BK9A 3W72A 3QRHA 3E9AA 2B7OA 3B05A 3UYCA 3QQ0A 3MYOA 4EIVA 2NUXA 3TXZA 2QCEA 3G1DA 3EWBX 4LUJA 3HGRA 3S0CA 1A5BA 3IIVA 3E96A 4IGHA 1L6SA 3CIXA 1SUXA 3P80A 3EWWA 3NQVA 5AYXA 4KFOA 3NPWA 1I2NA 3C3NA 3CQ0A 3MHUA 5KSWA 3M9YA 2FPYA 2V8ZA 2A5HA 2LLEA 3NXFA 4N02A 1TPB1 5G4WA 4A2RA 4EWND 1KTBA 3KRSA 4Y96A 4JICA 1IXQA 2DJLA 3DFTA 3ABSA 4O18A 4ZQMA 1K7XA 1QAPA 3WJZA 4JTLA 3WK1A 4IUOA 3HPXA 3N2MA 3O06A 4O57A 2PCQA 1UJPA 2FQIA 2D73A 3LLDA 3P5YA 3O05A 3G1YA 3W7KA 1ZFJA 4XKYB 4LW7A 4FXSA 2X1RA 1TPWA 3TK7A 2ATMA 4JTIA 1LBMA 1TTIA 1VYSX 2RKXA 3S42A 4FO4A 1SSDA 3C2EA 1LP6A 3LCLA 2F84A 3FOKA 3F1QA 4LTSA 4TU1A 4RJEA 1VCGA 1GVRA 2PRMA 3PSVA 5LGXA 3JS3A 4O4VA 5MHBA 3NQEA 1J5TA 3W7NA 1U83A 3DH7A 1I45A 3SW6A 2EAWA 2NLIA 5SWUA 1B3OA 4DF2A 1DJQA 2X1SA 3FJ6A 3TSMA 3OEXA 4JY9A 4K38A 3C61A 1L6WA 5HMSA 2QJGA 3W9ZA 5FF3A 2GVGA 5AYZA 2YSWA 2ZA2A 1FWRA 1RZMA 3NG3A 3L66A 2G96A 4MIMA 1OFOA 3LCHA 4X22A 3W70A 2YGYA 4DO5A 3W84A 1TSIA 4QJ1A 3MJYA 1U5JA 2QCMA 3E02A 4K8HA 1A5SA 1KTCA 5AHEA 3T44A 1O4UA 3W22A 2FDSA 3HO8A 3W2LA 2DZWA 3GB6A 4DPQA 1FBAA 2CLIA 3LB0A 1LBFA 1GG0A 4UC5A 2NX9A 1LRTA 4QNWA 5F2LA 2CFFA 3V75A 3LV5A 3NZ1A 1F6KA 1T96A 4JGDA 3FJLA 2XN2A 4LOCA 1PHWA 2NWRA 3UWQA 5FF7A 2WSQA 2ZTKA 2QJHA 2P10A 3DKJA 2HSAA 1ICQA 1TJPA 1JQXA 3TDFA 2GVJA 5K9DA 3IVTA 5U7SA 4JR5A 1X7FA 1SR9A 3W74A 5F2IA 4JYFA 2GJNA 4BR1A 4MY9A 3O6CA 4UTKA 5LNRA 4ZL1A 1ZAJA 1KV5A 3BGGA 1JQVA 2ATSA 4R34A 4E38A 4QAIA 2VEIA 3WJWA 5I3FA 1HG3A 4ZZ9A 3UWWA 5D2XA 6ALDA 3O63A 1LORA 3R12A 1KA9F 1PCWA 4XBSA 1TCDA 1FDYA 1K02A 3EXTA 3NQ2A 4D2JA 5FF0A 5FESA 2Y7EA 3O16A 3GKAA 3JRKA 1UASA 1KTNA 2E1DA 4O15A 1W5PA 3HMJG 1MZHA 3PUEA 5IBXC 3VNDA 3DFOA 1TTJA 1RQEA 1XUUA 2Y62A 4H6KA 3NM3A 4MZ1A 1A5AA 1ZY9A 1HTIA 1W1ZA 5CKSA 4CCEA 5I3HA 2R8WA 3E0IA 1XI3A 3NA8A 5D33A 3QZEA 1FWSA 1UB3A 1GTEA 5DCEA 4IXXA 4NNBA 1VPXA 4JTKA 4JYEA 1FWTA 1WYIA 3LHZA 3CIWA 3W75A 3FLUA 1FWWA 3PB0A 2C18A 4O50A 3GXPA 5CZTA 2A85A 1FCVA 3TSDA 2CU0A 4O1CA 1R2RA 1MEWA 3TC6A 3SJ3A 3G8EA 4UNLA 3EWXA 3BGJA 3M5XA 4QNEA 1OG0A 1FX6A 3EKLA 2IQTA 3SFKA 1C29A 3IEBA 3B0VC 1ALDA 4RK8A 3TX9A 1F2JA 3HF3A 4AEOA 1R46A 2HMCA 4JIQA 2FJKA 4KWVA 1LM1A 5I3KA 3GDRA 1O95A 3KOFA 1XKYA 5ABTA 1TV8A 3L5AA 1VCFA 3GKFA 3QW3A 3LTPA 3BG3A 4I7UA 1TMHA 1GPWA 4U28A 1JUBA 3KVMA 3RMJA 4UFLA 4OT7A 2YFOA 5F4SA 3IGSA 3BARA 4O1AA 3EKZA 2A21A 5CZJA 3UWZA 1W31A 3WFAA 1OFQA 1N8FA 1XBYA 4QITA 1X8FA 1FQ0A 3K30A 4AHOA 3LI0A 7TIMA 2VFHA 5DY2A 3GDKA 3P84A 4WXZA 1QWGA 3RU6A 3QFEA 1OHLA 2JKEA 4RR4A 2VC6A 3MO7A 2ZZ1A 2WSRA 3UZ5A 4Z0JA 2UV8G 1JJKA 2QCCA 2V2CA 5LSMA 2VFFA 3MW7A 1PL9A 4RKAA 4HHPA 5CG7A 1JRBA 3QC3A 5BW6A 2CLHA 2QCNA 1MO0A 2QEZA 3W2KA 3R13A 5C54A 1JCJA 1GVFA 1WAUA 1WDWA 2DU2A 1R30A 1ZCOA 4NZFA 3L2IA 1JRCA 1PS9A 1Z41A 1LLWA 3D0CA 5BRBA 2X2GA 4FX6M 2OZ0A 2ZDRA 2OT0A 1EP2A 5EKYA 1O94A 4FNTA 1OFEA 3B0PA 1GZGA 5DN1A 5EYWA 2TRSA 3N9RA 3WJXA 1CX9A 1X1OA 3KX6A 3C2OA 3TR2A 1JULA 4EVZA 3ZWSA 1QOPA 5F1VA 1SPQA 1ZAIA 4X2RA 4M6VA 5D05A 4WQ6A 1QPOA 4XUGA 3BLEA 4H3DA 1H61A 3NQDA 2H6RA 3M5YA 4LVFA 3LTYA 3MHGA 2E6DA 1GWJA 3LGEA 5AN7A 3W6YA 2A2IA 1F5ZA 3NVTA 4IXHA 4DO6A 3N9SA 2A7NA 3RK8A 4QISA 1NAL1 1TIMA 3ELFA 5HR6A 1G4PA 3W7JA 4M5PA 3W7QA 1KFBA 1TPH1 2AAMA 4LS1A 4M6QA 3W71A 4MYXA 5D2TA 5TQLA 2ZRVA 2QJIA 1XDLA 4MJMA 4GBUA 3AJXA 1H51A 3MWAA 3IIOA 1G4SA 1KW1A 4N6FA 5HWMA 1H50A 2V2DA 1N7KA 1W3IA 4UTJA 1OABA 1QFEA 2C1HA 1QMLA 1AW5A 1W5OA 4W9TA 3BG5A 1H5YA 3PB2A 4R7JA 1GVOA 4A29A 5FEPA 4KWWA 4KFNA 3W7DA 3CB8A 1ICSA 1R47A 2JGQA 4P61A 1OK4A 5CSRA 1G7UA 2EPHA 1OX4B 3OBKA 5BMWA 5C2XA 1FCUA 4UTIA 4O17A 2J24A 4FHAA 4N9DA 1ZAHA 2EHHA 4FNPA 4JX5A 2YYUA 4TMBA 3STCA 5H91A 3EB2A 1VH7A 2CLEA 1X1ZA 3N73A 3EWZA 1KV8A 4IMEA 3UD6A 2AQWA 4RXGA 2Y63A 1H62A 3M43A 4Q33A 4YCPA 4HNUA 4LRTA 1L2UA 2C16A 1VGAA 5AYYA 4MJZA 4LC8A 1HO1A 3WK0A 1YDOA 5G1YA 1P4CA 4AXKA 1YPIA 1W54A 3GIYA 5I3GA 3HG5A 4UTWC 5K9XA 1C8VA 2ZRYA 3LOTA 3GX9A 2CZEA 3MI3A 4UFJA 2BXVA 2P1FA 5F2MA 1OFAA 2RDWA 1TO3A 4O12A 2J88A 4O16A 4WOZA 2E09A 4UFKA 1SW0A 5D02A 4ADTA 2WKJA 3I7QA 3GXTA 5IM51 1ZNNA 2C3ZA 3SZ8A 1N55A 3B03A 5K7JA 4ONVA 4OU1A 5KTLA 1GQNA 4NJIA 1VS1A 4JD4A 5HULA 1YLVA 2OMAA 2ZRUA 3N14A 3W1TA 3NEVA 3A24A 4MLRA 3M6YA 1Z42A 2FB3A 3WK2A 1LDCA 2ZZ5A 1WQ5A 3H53A 3E49A 3NQMA 3BLIA 5G2IA 4IMDA 3FKKA 1YXCA 3G1SA 3LCIA 1LRQA 3W1PA 1KM5A 3I7RA 1AW1A 3ZR4A 3G0XA 3I7SA 2YYTA 4YWIA 3R89A 5J5DA 3LBMA 2Z0IA 1QO2A 2O7QA 4GUGA 5G5IA 2Z6IA 2V2HA 2X1TA 2YXGA 3G8RA 2Y6ZA 3GLCA 4K36A 4DPPA 1EWDA 3CU2A 4PCFA 2V81A 3W85A 1Q6LA 3A5FA 1G69A 5LNUA 4JX6A 4DF1A 2R91A 1T8XA 3PM6A 3DFSA 1F6PA 3HQ1A 3F4WA 1YXYA 3NGJA 1JR1A 1YTEA 1IXOA 1GYNA 3EWUA 3MP5A 3L67A 3L21A 2FIQA 4QIUA 4NNAA 3IVUA 4NT0A 5FEZA 3RNDA 2GQ9A 3U8GA 1XFBA 2ZTJA 4AB4A 5AHNA 4GUJA 1LTDA 5DLCA 1SZGA 1TV7A 5I3JA 3EWYA 2ISVA 4IMCA 5HINA 2J9ZA 1VZWA 1TYGA 3E12A 4HSNA 4ZQRA 4EF9A 4R53A 3W7OA 4IPIA 2YX0A 4IMFA 2VFDA 3TFXA 3W1QA 2ZBTA 4DXVA 1F05A 3P8IA 2A7PA 3AO0A 3STFA 3LRLA 2BWGA 1DKWA 2E5BA 2YPIA 3WJSA 4WOQA 4UFIA 1JCXA 2B7NA 3QSRA 5A5WA 4YMZA 1TJRA 4IMGA 3EX6A 2EGZA 3F03K 3UXAA 4O0ZA 1TTQA 1PVNA 1S3HA 4OV4A 1K03A 3ZS4A 3BLFA 2OJPA 3G1HA 3TU9A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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