4CLMA

Structure of salmonella typhi type i dehydroquinase irreversibly inhibited with a 1,3,4-trihydroxyciclohexane-1-carboxylic acid derivative
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
251
structure length
243
Chain Sequence
KTVTVKNLIIGEGMPKIIVSLMGRDINSVKAEALAYREATFDILEWRVDHFMDIASTQSVLTAARVIRDAMPDIPLLFTFRSAKEGGEQTITTQHYLTLNRAAIDSGLVDMIDLELFTGDADVKATVDYAHAHNVYVVMSNHDFHQTPSAEEMVLRLRKMQALGADIPKIAVMPQSKHDVLTLLTATLEMQQHYADRPVITMSMAKEGVISRLAGEVFGSAATFGAVIAVNDLRSVLMILHNA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Lyase
source organism Salmonella enterica subsp. enterica serovar typhi
publication title Irreversible covalent modification of type I dehydroquinase with a stable Schiff base.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 3-DEHYDROQUINATE DEHYDRATASE
total genus 95
structure length 243
sequence length 251
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.2.1.10: 3-dehydroquinate dehydratase.
pdb deposition date 2014-01-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01487 DHquinase_I Type I 3-dehydroquinase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4clmA00
3W74A 5AHIA 3MBDA 2H90A 3D0CA 1IXOA 3VNDA 1DBTA 3UY7A 4HT3A 1ALDA 3EWZA 3SR7A 1N55A 3PVFA 4DELA 3UPBA 3M5VA 4K38A 3GXTA 2QAFA 5KZDA 4EF9A 1S5TA 1G4TA 3G1SA 3EWYA 4WXYA 5CZSA 2WSQA 1H62A 5DXYA 4JDBA 3LHTA 1M7OA 4RR4A 1U83A 1R2TA 4K37A 5J5DA 2YR1A 3PUDA 1IXPA 3TSBA 5C55A 1QOQA 4ZMGA 1W8SA 1X6UA 1LTDA 2VEKA 4IMEA 1VCGA 1XKYA 3W7PA 5D30A 3HPZA 3KHJA 1V7YA 3W1QA 5F1VA 2G95A 2ISVA 2E09A 1QCWA 1O5KA 3Q2DA 1KM3A 3NR0A 4NZFA 4WD0A 2NX9A 3BG5A 2CLLA 5AC8A 2H8ZA 1R46A 3UNDA 5DCBA 3QSTA 1GJPA 3E02A 1GG1A 2TMDA 2VFDA 4U4MA 1RVGA 1OFRA 4JEQA 3BLEA 2A21A 5AFDA 2CZDA 2Y63A 2CZFA 5TIMA 4NVTA 3TFXA 4A2RA 1YXDA 4KFPA 5FEXA 1V5XA 3HG3A 3L66A 2FB3A 3GLCA 2Z1BA 4JYFA 2PRHA 5F2GA 4AVFA 1OFPA 1PHWA 1G4EA 2XFWA 5EY5A 4X22A 3W1MA 2VFEA 3LV6A 2VELA 1OK6A 1MO0A 2YCEA 1N8FA 3A5VA 4ZQNA 3RFAA 4DBEA 1GVSA 1OK4A 3HBLA 3NOEA 4H4IA 3TROA 3TX9A 2J9YA 3W1XA 3GR8A 4IMFA 1LRNA 3FYOA 1L2UA 1O95A 3STGA 4O0KA 3KAOA 5G1TA 3LXAA 4FXSA 2ZTKA 1XBVA 5FF3A 3WK3A 3EWBX 3THAA 4AF0A 5C54A 3LHWA 4Y96A 1UB3A 1Z44A 2W0UA 5CSSA 2C6QA 4AB4A 2NUXA 3R2GA 3GX9A 3U2OA 1XI3A 2ATMA 1FQ0A 1TQJA 3G0XA 4JX5A 4Q4KA 3BK0A 4IQLA 3C52A 1W3TA 3N34A 4O1DA 3BPWA 4TR9A 3TAKA 3B06A 4JX4A 5U7SA 3G1AA 4E38A 4ZZ9A 1X8FA 3G1FA 4IXXA 2WKJA 4E2DA 4KWVA 2JKEA 4AAJA 1R47A 1J4EA 3QJAA 5F2IA 1E51A 2ZBTA 1PIIA 2DZWA 3STEA 5AOUA 4N9BA 3C3NA 1GVRA 4XWUA 1T0OA 4L4MA 2YGYA 3DKLA 3EX1A 5AHFA 3GXPA 2G5WA 4FIRA 4FX6M 3L2IA 2QJHA 1TIMA 3HIJA 3BGJA 5K4ZA 2VENA 2CLOA 1DQWA 2J88A 4N9DA 1ME8A 4LWWA 3Q58A 3W7LA 2ZRUA 4JYEA 3EX3A 1YPIA 4O28A 2Y61A 3DH7A 1TPEA 4ZQOA 4RZ5A 3L5AA 1G4SA 5CPOA 4EWND 5I3JA 4JTEA 3ZR4A 1OFEA 4PH6A 5H91A 2V8ZA 2ZQ0A 2GOUA 4CCCA 1ZY9A 1PL9A 1T8XA 1KW1A 1D3GA 5CSRA 5CGQA 3W1TA 4FHAA 3C0JA 4ML9A 4AEOA 2I1OA 3W2LA 3OA3A 1D9EA 3LCLA 4TIMA 4C1LA 5D32A 3KRSA 4O16A 3OBKA 3P5ZA 3UWYA 3IIOA 1OX4B 4XQ6A 2H3BA 3IVUA 1TPB1 5FEZA 4DF0A 3G24A 3BLFA 1HTIA 3N9RA 4NJJA 1SO3A 1ICSA 2DU2A 4GC4A 4LS1A 4NJHA 2B4GA 3TXVA 1C29A 3PWAA 5CPNA 3PSWA 2LLEA 3ZWSA 4M6VA 1G7VA 3M7WA 4YWIA 3B05A 2WV8A 3C6CA 1VHCA 3B03A 1KM0A 3GYEA 5LSMA 2E68A 1MZHA 4AH7A 3SY5A 5LHFA 1M6JA 3NEVA 4Q32A 4WOQA 5D33A 3TQVA 3S1XA 3W7CA 1KFBA 5FEPA 2CZ5A 4EIVA 3LCWA 5HUOA 2H8XA 1VYRA 1W54A 3LGEA 3C2RA 3MYOA 1TQXA 1GZGA 1QPNA 2YW3A 2FQIA 1F74A 1VZWA 3OVRA 4UMCA 3N2XA 1D3HA 2QAPA 2PURA 3GDLA 3QMSA 1DV7A 4OV9A 3W22A 1FY6A 1ADOA 4AWTA 5G5IA 1VLWA 1LP6A 3I6RA 1SZFA 4GWEA 2R94A 4UTMA 4NNBA 1NAL1 1JCMP 4Y9AA 1GEQA 3NZ1A 1H7RA 1Z48A 2GUUA 4I9AA 1DL3A 3EXSA 3TDFA 2A1YA 3VCRA 4ADUA 3NAVA 1VHNA 2QUVA 3HOJA 4YXGA 1Q3NA 3MI6A 1RZMA 4JTFA 5TQLA 4HNVA 1XFBA 3W1LA 2P10A 3NM3A 4PEKA 3IIVA 4QIUA 3LV5A 3HF3A 4FO4A 3PM6A 1YYAA 3E9AA 1LOQA 1JCXA 3NZRA 1OYBA 4C1KA 1RD5A 3BLIA 3JR2A 1F7BA 1TTJA 3CLMA 3TXZA 2O7QA 3UWWA 2X1UA 4GUIA 1R30A 1XXXA 4LVBA 4BK9A 5H2ZA 3W7HA 1ZAIA 1QAPA 3B0PA 3CIWA 3T55A 2O7SA 2P1FA 1A5SA 2ZA3A 5CZTA 4HPJA 4P2VA 3CU2A 1VJIA 3QMTA 4ZQCA 4AHQA 4RK8A 4GXMA 1LM1A 2DZXA 3LI0A 3M9YA 2HTMA 2QUTA 3W7KA 1AW5A 5LGXA 5F4SA 4UMAA 4JNMA 3IRDA 3LTPA 1LZOA 4UR7A 3LERA 1QNVA 3CWOX 3QW4B 3RF9A 4Z1AA 3M47A 1B4KA 3ABOA 1NF7A 4QQ3A 4AWSA 3RNDA 3R5EA 2QCNA 4A22A 4NQ1A 4G1KA 3ANYA 2NZLA 2E6AA 4ORIA 2ISSA 2IQTA 4PCFA 1XBYA 1ZAJA 1ZENA 3KX6A 2RHGA 1AMKA 4TX9A 1G69A 1DJQA 1OFQA 2A4AA 3NYZA 4N9CA 2GJLA 1JUKA 3YPIA 2YSWA 1W3NA 1A5AA 3QEZA 2AAMA 4WZHA 3QPYA 4LS0A 4QNWA 2C15A 4MYAA 2GVJA 4O54A 3LOTA 5AYZA 3LHVA 2Y7GA 1PHQA 3DZ1A 1Q45A 1T99A 4JN6A 4PA8A 4XKYB 1A53A 2C13A 1XM3A 2BX7A 3S9YA 2NXHA 4QNEA 4U28A 1IIHA 2NX3A 3R8RA 4NU7A 2PRMA 4E2BA 1KV5A 4JTLA 2BXVA 1CI1A 1C9DA 3B0UX 2H3DA 3EWXA 4JTHA 4JTIA 4MZ8A 4ADTA 5G2IA 5G1YA 3W84A 1LORA 2FLIA 3EKLA 2P0OA 1Q6QA 4S1FA 3SI9A 4LUJA 3W2MA 2ISWA 2WNNA 2ZZ4A 3TQKA 3S6DA 1J2WA 3SJ3A 3DFNA 4Y90A 3WJXA 4JTSA 3F4WA 3PBWA 1WBHA 2QCGA 1K7FA 4HN4A 1XBZA 2E1DA 3MP4A 1TPDA 3IVSA 4O1CA 5E0KA 3MO7A 5EMUA 3S1VA 4JXCA 4LRSA 4UFIA 1W3IA 1LRTA 1PE1A 4GFSA 1TTIA 4HNNA 2ZZ3A 1JVNA 3LX9A 2B7NA 2FIQA 3M43A 4ZL1A 4DF2A 3GDTA 2Q3OA 3KOFA 5DY3A 1H1YA 1WYIA 4NNCA 4OE7A 1GT8A 5L9FA 3EWWA 5A8GA 2YX0A 3ATZA 2QCFA 3FJ6A 4FNPA 1A5BA 3TCEA 1XDMA 1DVJA 1AW2A 2B7PA 4BI7A 4O0ZA 2ZZ1A 4TU1A 5K2ZA 1OX4A 2FPVA 3W1PA 1K7XA 4WY0F 3IIPA 1PVNA 5A5WA 1SZGA 2GVLA 2FFCA 1HO4A 3NL6A 3B8DA 1IF2A 4IUOA 4Y6GA 1PCKA 3S5NA 4WOZA 3QW3A 2VFGA 3LRKA 4IMCA 1MEIA 3NVTA 1IXNA 3OIXA 4FEZA 3UZJA 2TYSA 4J9JA 3W7RA 1ZFJA 3FEMA 4Z1DA 1NFBA 4LNYA 3CIXA 2V0TA 2BWGA 4MOZA 5KZEA 1ZALA 1VQTA 3NPWA 2NXIA 1TO3A 4JDYA 2TRSA 4NX0A 2QDHA 3N3MA 4LRTA 3GAYA 4UFKA 3IV3A 1P4CA 4XBSA 1TV8A 4QISA 1FWRA 4FF7A 4N6FA 4R7JA 2H6RA 4IPJA 3S42A 5HWMA 4FNSA 5SWUA 2ZFAA 2KZHA 3SGZA 3LCHA 2ZTJA 3NPVA 3I7SA 1VCFA 3W7DA 4UTTA 5AYYA 1UCWA 5AYXA 4LV9A 4O10A 3TKFA 2A7RA 3DFQA 3NG3A 3MYPA 3S0CA 4BR1A 4MLRA 1PCWA 1SO6A 4ONVA 3NL5A 3S5ZA 4KFOA 4IJBA 5D2XA 3JS3A 3S8HA 1BKSA 4MPQA 1EPXA 3W87A 3O8AA 4N6EA 3KVLA 1I2RA 2Y85A 2C19A 3MI3A 2GQAA 2DZSA 2X1RA 2XN1A 5EL1A 1JJKA 2YFNA 2VKZG 1WV2A 1KFCA 2CFFA 3CWNA 2CLIA 3RK8A 1RR2A 3TNOA 5J5RA 1H7WA 4M7TA 1XUUA 1W5PA 5CZ0A 3DGRA 3M5XA 3NQAA 5LNVA 1KLYA 4FIQA 3JRKA 3DFTA 1Q6LA 2X30A 3MMTA 5D38A 1J5TA 4OWGA 1G4PA 3E12A 3OVQA 4LC8A 1OFBA 1XL9A 4JTKA 5HULA 1TPVA 3NQFA 3S5YA 4OBTA 1A5CA 5F4XA 3PAJA 1Z41A 3NQ6A 1KM2A 1WAUA 3GKFA 2W6RA 2E5DA 4GNJA 1DKWA 3W2UA 4MYXA 4HSOA 3TAOA 1TJRA 1OVDA 1B3OA 4NX5A 2ZZ2A 3LRLA 3TV8A 1EWDA 1LCOA 3O63A 1I8JA 1RQBA 4DPPA 1W0MA 1CW2A 1VLIA 3H55A 1JCYA 4M6PA 2ATSA 2WOQA 1TJPA 2QCCA 2EKCA 3TSMA 1SQ7A 1BEUA 1NF0A 2RKXA 5FF0A 3PG9A 2X1TA 1VR6A 1NVMA 3O06A 2F7FA 2A7PA 1DHPA 2YXGA 1LBLA 4D2JA 4LV4A 4UTKA 3AO0A 6TIMA 1QMLA 1T96A 3UWVA 4DO6A 4K36A 3R12A 1KBIA 2J24A 5EBUA 3GB6A 3I68A 5AC7A 2D73A 1SZNA 5BMXA 3NQCA 2HSAA 3WJSA 1HO1A 1MEHA 4YL2A 3MP3A 3W7GA 5D09A 3GNNA 3L9CA 1SO5A 3IIXA 4MZYA 1KFLA 1Z42A 4O12A 3WK0A 3BO9A 3Q37A 1C8VA 3P67A 2CLFA 1KLZA 5KINA 2E77A 3CEUA 4N9EA 5F1UA 4N2YA 3SGUA 3G8EA 4FB7A 4UFLA 3W1UA 3QF0A 4UFMA 3C8FA 2OZ0A 2RH9A 5D04C 4JTJA 3M1ZA 4N02A 7TIMA 2J9XA 3T44A 1TPFA 4POCA 5HINA 3DAQA 3AJXA 4WUIA 2Y88A 3C2OA 1GVQA 4GE8A 4LVFA 1FDYA 3QRHA 1SSGA 3KXQA 5EYWA 3I65A 1U5JA 1AK5A 4K39A 4BWLC 5FF2A 5I3FA 3W1AA 1O5XA 2VOMA 3EB2A 1O94A 4ALDA 1W5OA 5HQEA 4DQWA 1I2QA 3GK0A 3MHFA 1JUBA 2Y7EA 1ONRA 5EKYA 2VEIA 1L6SA 4UTTC 2WSRA 4NT0A 3G1DA 3W73A 4YCPA 4HHPA 2JK2A 3N19B 2WQPA 3FKRA 4RCXA 1LDCA 1YTKA 1ME9A 5G2HA 1DQXA 3W7QA 4JX6A 2X1SA 1OABA 1FXQA 3PB2A 4I7VA 3L0NA 4JIQA 4NNAA 4UNLA 5FEWA 2FB2A 2HS6A 1X7FA 4DBDA 1ICQA 4Z0JA 1JULA 3HO8A 5K4XA 2QCDB 1LRQA 2CLEA 3IIZA 1IIGA 3LTYA 3BV4A 3PY2A 4LVAA 3THQA 4WY0B 1G67A 3T78A 2WO5A 4UTHA 2C18A 4PC8A 1H60A 4Z1CA 3TMLA 3DBPA 2A6NA 3S1WA 3PF3A 1TPC1 2WPBA 2NXGA 5AN7A 3A22A 3W7NA 3NPUA 4HSNA 3NQDA 2VEMA 4NXSA 4DO5A 2OMAA 3SZ8A 1JRBA 4N4PA 3CB8A 3L68A 2I9EA 5C2XA 8TIMA 1XDLA 3NL3A 2B7OA 4OHQA 4MZ1A 4QM1A 3VE7A 5L6UA 1G7UA 3G8RA 4O53A 5IM51 5BOOA 1TCDA 2E6DA 5D2WA 4YMZA 4A21A 1GTEA 3QMRA 1G6CA 1KTBA 4Q33A 2NUWA 3LXBA 4DPQA 2Z2UA 4IWWA 1PS9A 2Z6IA 1TV7A 4I7WA 1VC4A 3A9IA 2VEPA 1SPQA 3PC0A 1QFEA 3IGUA 5FI8A 1GOXA 3W70A 2OX1A 3NGJA 4MVAA 4RXGA 2ZRXA 3LBCA 4FX7A 3TC7A 1BWKA 1YPFA 4UTWC 5I3GA 1K8XA 4DEFA 1ZHAA 2CLKA 2ABBA 3EXRA 4Z1BA 1THFD 2PCQA 2Y7FA 1M5WA 1K8ZA 4CNNA 5LNRA 1TTQA 4GUGA 2Y7DA 3FA5A 1B4EA 3UZ5A 4MFEA 4MIMA 3G0SA 3S1UA 3OG3A 5K9CA 4LTSA 4BI5A 3R13A 1QO2A 2ABAA 2QCEA 1SW7A 1OF8A 4NJGA 3VKJA 1QPOA 1TB3A 3UD6A 4UMBA 2YYUA 3VI2A 4AF0B 2OJPA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4AEE A;  5AHI A;  4UB9 A;  3AZR A;  1EC7 A;  5JXQ A;  1PWM A;  2J7B A;  1RK6 A;  2YKK A;  2FGL A;  4CU6 A;  2IKH A;  4BJH A;  3PJX A;  4EPD C;  1NWT A;  4P7Q A;  2QAF A;  3WMC A;  3G1S A;  4NAE A;  4B92 A;  4XIM A;  4WXY A;  1D2K A;  2HK1 A;  2VDH A;  1V4Y A;  4JDB A;  1ADD A;  3PAN A;  3OGV A;  4ZOB A;  1IE7 C;  3TON A;  1U83 A;  1BYB A;  4J27 A;  4K37 A;  4M51 A;  3ID7 A;  3LYE A;  3ABX A;  1LTD A;  4CD7 A;  1G5A A;  4Z17 A;  1IT7 A;  3UCD A;  4QS6 A;  5F1V A;  1MDL A;  3C0L A;  1YDY A;  1HVQ A;  5A8M A;  1B2Y A;  3E0F A;  1KM3 A;  4NZF A;  2XFF A;  2J8F A;  4LYQ A;  3BCJ A;  4ZR8 A;  3QST A;  1GOO A;  2TMD A;  4QDP A;  4JEQ A;  1VFU A;  2A21 A;  4GZ7 A;  4RE0 A;  5DRI A;  2CZD A;  4BY3 A;  3WY1 A;  3CHD A;  3ARQ A;  1V5X A;  3L66 A;  9CGT A;  5C71 A;  2FB3 A;  4AZG A;  4QG9 A;  4EE9 A;  5BXR A;  4GME A;  5F2G A;  3SB0 A;  2VGI A;  4AVF A;  5IFP A;  2VFE A;  1EJS C;  2VEL A;  1MO0 A;  2YCE A;  4ZQN A;  3HBL A;  2VX5 A;  4DJD C;  2J9Y A;  2XUC A;  5PTD A;  1YMY A;  1O95 A;  1UZH A;  1M04 A; 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