1UJPA

Crystal structure of tryptophan synthase a-subunit from thermus thermophilus hb8
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
271
structure length
243
Chain Sequence
MTTLEAFAKARSEGRAALIPYLTAGFPSREGFLQAVEEVLPYADLLEIGLPYSDGPVIQRASELALRKGMSVQGALELVREVRALTEKPLFLMTYLNPVLAWGPERFFGLFKQAGATGVILPDLPPDEDPGLVRLAQEIGLETVFLLAPTSTDARIATVVRHATGFVYAVSVEVKDLVRRIKARTALPVAVGFGVSGKATAAQAAVADGVVVGSALVRALEEGRSLAPLLQEIRQGLQRLPLP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Thermus thermophilus
publication title Stabilization mechanism of the tryptophan synthase alpha-subunit from Thermus thermophilus HB8: X-ray crystallographic analysis and calorimetry.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Tryptophan synthase alpha chain
total genus 92
structure length 243
sequence length 271
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2003-08-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ujpA00
1AG1O 1GVFA 4HPXA 1OYBA 4NJGA 2ZRWA 1PCWA 1QMLA 3PAJA 4NVTA 2VFEA 4O0ZA 4Z0JA 3A9IA 5CZ0A 2QCGA 3P61A 2Y70A 2J88A 1DL3A 1H60A 5HWNA 3M41A 3OVQA 4O12A 2DP3A 4PH6A 1F6KA 2Q3RA 3TSMA 1H7XA 2J6XA 1GYLA 3S0CA 2PRLA 4GFSA 3LRLA 1QCWA 3S6DA 4O0KA 5G2WA 1OK6A 4UFHA 3F03K 1SW7A 3LCFA 1R30A 2EKCA 3S1UA 5C55A 2OCZA 5EMUA 3R89A 3EXTA 4O1DA 4UTLA 5LNRA 2YPIA 2QR6A 5F1VA 5LGXA 4OWGA 4O18A 5D09A 4JIPA 1ICQA 2VFFA 2GQAA 1F05A 1F74A 3L2IA 1DQWA 3B05A 2QCLA 2YGYA 5G4WA 1W54A 2ISVA 5AOUA 3W07A 4OHQA 3L9CA 1LOSA 5BW6A 1VPXA 3T55A 4JD4A 2X1RA 4Z1DA 3UXAA 3DKJA 1KTBA 1WBJA 3FIGA 3OVRA 3W23A 4IPJA 2EPHA 4EF8A 2F7FA 4O53A 4RCXA 3LCXA 3G18A 2E77A 2ZA2A 1HG3A 5D38A 3EKLA 4QAIA 3GNNA 3LERA 2GVJA 2YX0A 3GDRA 2H90A 2FQIA 5C5YA 3IIOA 2EGZA 5FEZA 4O11A 4Z1AA 4NJIA 4HKPA 1VCVA 3RNDA 4MOZA 4M19A 4LOCA 2CLLA 2WO5A 2R94A 4MY1A 2V30A 4AH7A 3KRSA 4UTMA 1L6YA 4WOZA 5K9XA 4Q33A 2DU2A 2QF7A 2AGKA 2AQWA 3N34A 1TMHA 4LY8A 3DFSA 3LGEA 3PB2A 4Z0SA 4HNUA 4DF1A 3CQ0A 5K4ZA 2V0TA 1ZAHA 4PFMA 4YCPA 2NXHA 4HT3A 1ME8A 1RQBA 4IMEA 5TIMA 1SO3A 4IMGA 1N8FA 4O14A 5HWMA 3P82A 1YTDA 4YXGA 2H6RA 5CSSA 4DBEA 2BTMA 4UTKA 1J5TA 3G0UA 3KFTA 5FF7A 4AB4A 5CSRA 3G24A 4ML9A 3ZWSA 1THFD 1XI3A 2Z6JA 4UUIA 2QJGA 4CLMA 1IXQA 1W1ZA 1B4EA 4EOUA 3YPIA 4WY0B 4JTUA 1YPFA 3GDKA 3W87A 5AN7A 3LBCA 2E5BA 1GT8A 5DCDA 4DO5A 4KWWA 1VHCA 5I3KA 1UJPA 3S5NA 1YDNA 5FF2A 3KOFA 2VEIA 3RU6A 1NFBA 3PM6A 1TSIA 1F76A 4HNVA 3L5MA 4GJ1A 1LZOA 1K8YA 1DVJA 1SR9A 2VFIA 3FKRA 2DZVA 2Y89A 5LKYA 3GXTA 1OF6A 3G3DA 1ICSA 3LHZA 3BG5A 2YYTA 5DBUA 2F84A 1SQ7A 2NLIA 2V9DA 3GR8A 4QITA 4UFLA 3W7QA 1Q45A 4IX2A 1GVSA 1NF0A 3HB9A 4Z08A 3TDFA 3RK8A 2IQTA 2ZTKA 3W1LA 1ZAIA 3I7SA 3BGGA 4TU1A 1XXXA 4WX2A 1OFBA 1C29A 4BI5A 3NAVA 2A85A 1EB3A 1VHNA 1RQHA 1G4PA 4JTEA 4N9EA 3EX3A 2V2HA 1B4KA 4DPPA 4DO4A 4FNQA 1VRDA 3SI9A 1RR2A 1MO0A 1GVRA 3IVUA 2QCMA 3F1QA 4NJJA 4ADUA 2A0NA 5AHIA 1LLWA 3LB0A 3QFEA 3B0UX 3SZ8A 1W56A 2NUYA 3ABOA 3CLMA 4UNLA 2G5WA 3SW6A 5F2IA 1JUBA 1W31A 4JICA 3B0PA 4TIMA 3NPXA 3GXNA 2UV8G 3GR7A 3CM4A 4XTIA 4DXVA 4WUIA 3PUOA 4CCEA 2YSWA 2WNZA 6ALDA 3L0GA 4OT7A 4WD0A 4XQ6A 4NQ1A 1R2SA 1FCBA 3BG9A 1JQVA 5H2ZA 2XN0A 4BI6A 5J5RA 1VC4A 3NPWA 5LNSA 4HIBA 4UFKA 1FY6A 1YDOA 4G1KA 4LRSA 5F1UA 3SFKA 2Y6ZA 3FS2A 3WJSA 3G1XA 2RFGA 3R8RA 2NX1A 4UTTC 3UY8A 4CNPA 1NVMA 2ZZ1A 1OK4A 3I7QA 3HBLA 3BO9A 1W0MA 3DI0A 2FDSA 5DELA 3KHJA 1TPFA 3SJ3A 2NUWA 1VYSX 2I1OA 1Q6OA 2Y7DA 3TAKA 1VGAA 3A24A 4ONVA 1B57A 4JTSA 2KZHA 1H61A 5D30A 4KFNA 3HIJA 1AL7A 1G4TA 5G2HA 3W84A 1EEPA 2Y62A 1OX5A 3GLCA 4QQ3A 2A4AA 5TBOA 4K8EA 4GWEA 1LYXA 4N6EA 1KA9F 3S1VA 4TO8A 3AO0A 3I6RA 5G1YA 2X1SA 3O06A 4IXHA 2WPBA 4O13A 4ZQRA 3NQFA 3RF9A 5AYYA 1GVQA 3W2UA 3HGSA 3TW7A 3P80A 2PCQA 4NZFA 1GZGA 3CC1A 4IJBA 3IGSA 3UWWA 2XN1A 5A8GA 4RZ6A 1DJNA 4WY0A 1TQXA 2WV8A 1SU5A 1JUKA 3DFTA 4N02A 1YXDA 1VCGA 3DBPA 3CHVA 4A2RA 3MP4A 5CKSA 4AWTA 4LS0A 4JTHA 3LCWA 3MHUA 4W9TA 3THAA 1WDWA 6TIMA 2V5BA 1K3UA 3SSJA 2Q8ZA 3W7PA 2ZZ3A 4DO6A 1XDLA 3B06A 1W37A 1LRQA 4NZJA 2DZSA 1D3GA 4FNSA 1TJPA 3LRMA 3EX6A 5H91A 3GDLA 1MZHA 3ELFA 5EA9A 2ZZ2A 4IPIA 2Y7GA 3W73A 1QO2A 4A2SA 3BVJA 3W7HA 4GNJA 4UTIA 3M47A 2A7NA 1OVDA 4L4LA 5L9FA 1XUUA 3W3OA 1G7VA 3SGZA 3MHFA 5U7SA 3G0XA 3NQVA 3PVFA 2B7OA 3OVPA 4YWIA 5C54A 3MUXA 2G95A 4K38A 5KTLA 1IXOA 4NNCA 1HTIA 4NX0A 3EX2A 3Q58A 3L5LA 2Q8LA 5BNKA 3VI2A 4O1BA 5D37A 1FWNA 4O1CA 4YL2A 1NAL1 2E09A 1LDCA 1G4SA 1KM5A 5D2WA 3C8FA 3UZ5A 1VLWA 3NQ7A 5EL1A 1ME7A 5FF4A 4IX0A 1G4EA 2QAFA 2R14A 3M5VA 5BMWA 4UFMA 4EWND 3C6CA 4R53A 4NX5A 2FPYA 3RLVA 1S5TA 5HR6A 2DZWA 1TPB1 3W71A 5MHBA 4H6KA 3M0ZA 3TA6A 5SWUA 1WAUA 1XBVA 4A29A 3W7DA 3NL3A 1W3IA 2EAWA 3W1AA 3WK3A 1QAPA 4FEZA 1ZALA 4OQVA 2QDHA 4YCOA 1KFLA 1X6UA 2Y7EA 3EKZA 3NNTA 1ZCOA 3EXRA 1LP6A 5D03A 3S9YA 1QNVA 4LTSA 4XKYB 1LOQA 1YDVA 3FOKA 3NDOA 2AAMA 2X1TA 2Y88A 3P62A 4CCDA 1HL2A 3LXBA 1Z42A 2C6QA 3NL2A 4NXSA 1TIMA 4RLIA 3W7CA 1EWDA 1K02A 3NXFA 3DGRA 3DKLA 1SO4A 5AHFA 5F2GA 3M9YA 4KKXA 4FNPA 3W1RA 4M7TA 4K6AA 4QNWA 3QC3A 3P74A 1YTKA 2JKEA 1YADA 3GYEA 3NQ6A 3IGXA 3JS3A 1AW1A 1OF8A 1FBAA 4AMAA 4UTJA 1C8VA 1W5OA 4FNUA 1H5YA 1TPVA 3PBWA 1UASA 3HOJA 4LUIA 2VXNA 5DLCA 2NUXA 3EX1A 2FIQA 3BK0A 4O28A 3CIXA 2B7PA 3O05A 3UPWA 3BG3A 2ZZ5A 3TQVA 4Q32A 1W3NA 5HINA 1EUNA 5HR7A 3QRHA 3TV8A 4EF9A 3JR2A 1SW3A 4A22A 4WXZA 5HUPA 3W75A 3NVTA 1YTEA 1RD5A 4CQAA 1TTJA 2Z6IA 3GDTA 4MY8A 3W7GA 3HPSA 3QPYA 3W7MA 5F2LA 2G96A 2BZNA 4XBKA 2YW3A 4M5PA 4O16A 3W85A 3HQ1A 4FXRA 4EIVA 1GG1A 3A5FA 3DU0A 1AW5A 4QJ1A 4LVGA 4JTTA 3WJZA 2OT0A 4JTIA 3C52A 1A53A 2A1YA 3SIZA 5DY3A 2B7NA 4GC4A 1LM1A 3QSTA 1M7PA 4ZQPA 3UWUA 2JGQA 4C1KA 1KBIA 3L67A 2JK2A 2ZRYA 1DBTA 1A5BA 1H1YA 1QPNA 3Q37A 3STFA 5LNUA 1NF7A 3LHUA 3W2KA 1TV8A 2X2GA 3W1TA 3O16A 5KITA 4FX6M 1IGSA 1K7EA 4P61A 1JUEA 1TPEA 3NM3A 2EF9A 3EB2A 3PS7A 1GPWA 3B8DA 1JCNA 4JY8A 2CZDA 1VZWA 2E68A 4IQLA 1MEHA 2YFNA 3S5OA 1GYNA 1M7OA 3LLFA 2GVLA 1FDJA 2VELA 4O19A 4AWUA 1T8XA 1KBJA 2FLIA 3W2JA 2QCNA 1ZY9A 3TFXA 5G2IA 2VFHA 2RDTA 4LW7A 4R7JA 1OX4B 1PL9A 3SY5A 3M43A 2VFDA 2H3DA 3BV4A 2DZUA 1I2OA 4E38A 4JX5A 1D9EA 3L65A 4UMAA 2A2IA 5D32A 2WOQA 5BMXA 4FXSA 2J24A 4JEQA 3R13A 3I65A 4C1LA 3HG4A 3M5ZA 1GG0A 3AJXA 4LWWA 3W7EA 3TNOA 4HN4A 3QM3A 1I2RA 3EWBX 4LC8A 3DHDA 4PL1A 5HUOA 4PL2A 1BWKA 3NL5A 2ZA3A 2RDUA 3DZ1A 4LVDA 4MVAA 3TJXA 1EX5A 1QPRA 1GOXA 4Q4KA 1OFRA 2J9ZA 4RV8A 4AHQA 2GOUA 3R2GA 4S1FA 2A21A 3OG3A 2YZRA 3KXQA 3GZ3A 1NSJA 3CPRA 2FPTA 3LHWA 2YXGA 3IVSA 4IMCA 4RZ5A 4BI7A 3D0CA 1QFEA 1PCKA 1YYAA 2C13A 3LV6A 3MWAA 4AEOA 2QJIA 4CCCA 1VS1A 3T40A 3W2LA 1M5WA 1JCMP 1SZEA 3TFCA 2FFCA 4MLJA 3GB6A 2O7QA 1RQEA 4IMFA 3WJWA 3G1HA 1H1ZA 4ADTA 5CG7A 2E5DA 3GK0A 4JN6A 3W88A 1G6CA 1UB3A 3U2OA 1WXJA 3MI6A 3KAOA 2H8XA 2YR1A 3VFLA 3UNDA 4EVZA 1V5XA 1DHPA 3IIXA 1FWWA 2C1HA 3F4WA 5D05A 5LNVA 3TMQA 3W7LA 4H4IA 1KV5A 3PF3A 1Q6RA 2C16A 1TREA 5IBXC 4KFOA 4NNAA 3QW4B 2VC6A 4K7YA 3H53A 1WOBA 5K3VA 4WQ6A 2ISSA 1FUYA 4JTFA 3EWZA 1SZFA 4BWLA 3G3MA 1Q6LA 5CPOA 3W1PA 1U83A 2E5CA 3HMJG 2ABAA 1KFCA 4OV9A 4ORMA 2A7RA 4X9SA 2TRSA 5DXYA 4DQWA 4LVBA 1AMKA 2RH9A 3C2FA 3L0NA 2OJPA 3BW4A 1TO3A 1FXPA 1JCJA 2A5HA 4YLWA 1GTEA 4GBUA 3C3NA 5T26A 3NO5A 5G4EA 2WNQA 1OYCA 3N73A 5CPLA 4I7UA 3CTLA 1FDYA 2NX3A 3STCA 1XKYA 3N3MA 5KZMA 2BLEA 5CGQA 4AHOA 3DFNA 3LI1A 4H3DA 3EXSA 1OX4A 5BRBA 4JR5A 3TJLA 4LVFA 3O6YX 1H51A 5G1TA 1KM0A 5D2XA 1SZGA 3O15A 1ONRA 3F4NA 2DORA 3W2NA 1KW1A 4ORIA 1UBSA 2PC4A 3UYCA 1CI1A 3LXCA 1W5NA 2GUUA 1ZNNA 1QOQA 1TPDA 1OYAA 1LBFA 1KTNA 2WQPA 1OX6A 3TCEA 5HMSA 3H54A 5D2VA 2V2DA 1DV7A 3WK1A 1KM4A 4TMBA 1KM3A 3I7RA 4HNTA 4ZQOA 2TMDA 3ABSA 4O4WA 2GQ8A 3IV3A 1J4EA 4BFAA 4CNOA 3E02A 4LUJA 1H7NA 1AW2A 3LOTA 1SSDA 3G8EA 1L6WA 1JVNA 2W0UA 4N2YA 3JRKA 2C18A 1LORA 3FLUA 3W7OA 3QQ1A 5DY2A 3GVGA 4MPQA 3N9RA 4LS2A 2X16A 3BGJA 3M6YA 2NXGA 1RZMA 3LCLA 1EP2A 4ZQMA 4BR1A 1LRNA 4MLRA 4LT9A 3O6DA 3P8JA 3S42A 1F5ZA 1X1OA 3MI3A 1T96A 1OFEA 4LV4A 3QMTA 1J2WA 1WQ5A 1K8ZA 5AHNA 2O7SA 2ZBTA 2YYUA 3KRZA 3HGOA 1O5KA 3M5YA 4CQ8A 2WJZA 4WZHA 4U28A 3NM1A 3W22A 1TRIA 2CZEA 5I3GA 5KZEA 4JY9A 3UWYA 4WY0F 4LV9A 3ANYA 1QDSA 1T0OA 4RZ4A 4Y96A 3GNDA 2QDGA 2QKFA 3S8HA 2VEMA 1BKSA 2ZRXA 8TIMA 1VJIA 4X2RA 4UCGA 2CLKA 3ZR4A 2ZYFA 1I2PA 3LHYA 3PUEA 3O6CA 1HO4A 3IRDA 2ZFAA 3BLIA 5DCEA 3CT7A 4JYEA 2NV2A 3HF3A 4OGZA 4UXDA 3UWZA 1W5MA 3M7WA 1O94A 3R12A 4UTWA 5FEPA 3W7NA 1GJPA 3TC7A 4QNEA 2TPSA 1IXPA 2QUUA 3WK0A 3G0SA 2EHHA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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