4HZ7A

Crystal structure of bglb with glucose
Total Genus 173
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
173
sequence length
441
structure length
441
Chain Sequence
KKFPEGFLWGAATSSYQIEGAWNEDGKGESIWDRFTRIPGKIKNGDSGDVACDHYHRYEQDLDLMRQLGLKTYRFSIAWARIQPDSSRQINQRGLDFYRRLVEGLHKRDILPMATLYHWDLPQWVEDEGGWLSRESASRFAEYTHALVAALGDQIPLWVTHNEPMVTVWAGYHMGLFAPGLKDPTLGGRVAHHLLLSHGQALQAFRALSPAGSQMGITLNFNTIYPVSAEPADVEAARRMHSFQNELFLEPLIRGQYNQATLMAYPNLPEFIAPEDMQTISAPIDFLGVNYYNPMRVKSSPQPPGIEVVQVESPVTAMGWEIAPEGLYDLLMGITRTYGKLPIYITENGAAFDDQPDQSGQVNDPQRVGYFQGHIGAARRALADGVDLRGYYAWSLLDNFEWAEGYSKRFGIIYVDFETQQRTLKQSAQWYRDVIANNGLE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
source organism Uncultured bacterium
publication title Structural insights into the substrate recognition properties of beta-glucosidase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords beta-glucosidase
total genus 173
structure length 441
sequence length 441
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4hz7A00
4J3UA 3VGGA 3DHPA 4U31A 5FL0A 2OYLA 3VGDA 4UZSA 1V0LA 4HA4A 3VIPA 2IUZA 1UH3A 3QOKA 4JFVA 1W1VA 1H09A 5F7UA 3WDRA 3W0KA 5EFFA 2VVSA 1WAWA 1X6LA 2CBJA 4D6CA 1QPKA 1CGUA 1CLXA 3ZSSA 4URIA 4MNLA 3SEPA 5AY7A 3VD3A 2WHKA 1H0GA 2XFFA 4IM4A 4J7RA 1TZ7A 5DMYA 2X09A 1HIZA 4NRRA 2DT3A 3WH5A 1U33A 1OT1A 5BCAA 1WDSA 3T09A 2WVVA 5A2AA 2MANA 1XH2A 3GZAA 4GXPA 4A3YA 5CQ1A 2QF8A 4KWUA 1BLIA 2J47A 2J74A 5GNYA 4UQDA 1NP2A 3NSXA 2DT2A 4U3AA 1LL6A 4CN1A 1VFMA 4PMOA 1S46A 1OIMA 1NOWA 2VZSA 2WKLA 3RMEA 4XX6A 3OBAA 1FFRA 4KMQA 2X0HA 3CMGA 4PN2A 1WZKA 4PMNA 1H41A 1I1WA 4F9JA 4J3XA 4AMCA 4LYRA 1JAEA 4GI6A 3AIVA 7CGTA 2OYKA 4W8BA 1AQ0A 3M6DA 2XIBA 4AC1X 3U5UA 1JL8A 1W2PA 1BYCA 2WNWA 1QNPA 1W1YA 1A47A 4W5ZA 3GM8A 1KB3A 4PTMA 1GW1A 3IJ7A 1GVIA 4FLRA 2YDRA 4CD6A 2XFRA 1MW2A 1QNOA 4PTVA 4HZ8A 1B9ZA 1E71M 3PZNA 3M46A 2V5DA 4CCEA 2OYMA 1JZ3A 4PUDA 4B16A 5DF0A 2VMFA 1MXGA 1UD8A 1UD2A 2J4GA 3VMOA 4CVWA 4LXFA 1J11A 1E0XA 1V3HA 3B9EA 3ZM8A 2BVYA 2J7EA 2WLYA 3BH4A 1EA9C 2C0HA 3WH6A 4WLCA 2ZICA 2O9OA 2WLZA 2JEQA 2XG9A 1ITXA 1XSIA 1Q6GA 4IPLA 1HP4A 2FH6A 4UFIA 1VENA 3OIHA 2E9LA 1EGZA 2WBGA 3KL3A 3KZSA 3WF2A 5A6BA 3VDCA 2A3AA 1OCQA 4ML4A 4UQCA 3L4TA 1ZJBA 2EXOA 5CGMA 4PMDA 1Y7VA 1TR1A 2XGIA 1XRVA 2EBNA 4TX8A 4H8VA 1J0JA 4PBGA 3BAIA 4WSKA 3B9DA 3AS2A 5DT7A 4OOZA 1MW0A 4PMYA 1TCMA 1UG6A 2PBGA 1OM0A 2BFGA 4ZENA 1HF6A 4C7FA 3CUHA 4UNIA 1CLVA 3EDFA 4UFJA 1UKOA 1VFFA 3FNDA 1Q6FA 1BG9A 5ABHA 3VIJA 1QHZA 3DYOA 2VTFA 2VR5A 1HNYA 2QV4A 3BC9A 3TTQA 5DEZA 1FH9A 3WUEA 1ISXA 3UESA 5HBFA 2GJXA 1H5VA 1C91A 2OLHA 4MJ4A 3AIQA 4QCEA 3GYCA 4JFTA 5A3HA 3W28A 1V02A 5A8MA 1TVNA 4U3CA 3VNYA 3RJYA 4GQRA 1IZKA 2J75A 1FP9A 3L2LA 2D1ZA 3TONA 1W3JA 4CGTA 2VCCA 1JZ2A 4J27A 3AHTA 3AISA 1K9TA 2W91A 5E6YA 1XCWA 3AIBA 3VIFA 4RE4A 4Z2GA 3U7VA 3SUUA 3W53A 4HMEA 1ZU8A 1XGZA 2YA0A 1LJYA 1HJVA 2WBKA 3EMQA 4MPKA 1HKIA 2VRKA 1GJWA 1V6WA 3UG4A 1AQMA 4FK9A 3VMPA 2XVPA 5I77A 3SCUA 3VD4A 1CNVA 2G3MA 3L2MA 1W9UA 4BQ4A 3AXHA 3VD5A 1MQPA 3WF4A 5A6AA 1LL7A 3THDA 3SCQA 2DT1A 4NRSA 4JZ5A 4JL2A 4AW7A 5ABGA 4AWEA 3AS1A 3T2PA 3AJ7A 3ZSTA 2GDUA 1J0IA 4JIEA 1CTNA 1Z32X 4AIEA 1K6AA 5AC5A 3AMDA 2PBOA 5BXRA 3CZGA 1EO5A 4U2ZA 3WF3A 8A3HA 3GH7A 1KWGA 5ABEA 1WZAA 2DSVA 2WHLA 3W82A 1UZ4A 3VNZA 3VVGA 4ACYA 3CPUA 1UWIA 3ARPA 4JFSA 2VQTA 1XHGA 1D3CA 1B3XA 2WZEA 3ZR6A 2O9RA 1KXHA 4W85A 4AXNA 1M03A 3HMCA 2CCRA 3AIUA 4W89A 3K8LA 2QLYA 3OLDA 3THCA 2W5FA 2EPKX 2CNCA 1VRXA 2WWCA 4AZBA 1HT6A 4W87A 3K4AA 4N42A 1IV8A 1TA3A 4AZCA 3OGVA 4J3WA 4Q7NA 5M5DA 3NDYA 3MUY1 4B9YA 3RM8A 2GDVA 4ZFMA 4EKJA 3WMBA 2WHJA 1DWAM 1G0CA 3WIJA 4MADA 4M80A 2VI0A 2DIEA 5I5RA 3RDKA 1J0ZA 1VAHA 2CERA 3AS3A 4EAMA 2D0HA 3AHXA 1TMQA 3WELA 3UETA 1CXHA 3W37A 4BQ2A 1V03A 3AFBA 4DWSD 2WK2A 3VIMA 4CKQA 3IAQA 4AIOA 2Z1SA 1B3YA 1X1NA 5EBAA 1HJQA 1E6XM 4AZIA 3ZIZA 3EBVA 1SYTA 4TTUA 3AHYA 3PZUA 7A3HA 1KXQA 1K9FA 1ZBWA 2DIJA 2XJ7A 3WNOA 1V08A 2YA1A 5TD4A 3LPOA 3WNPA 4WKFA 1E40A 5A6JA 2XM2A 4PMXA 2WMKA 2PWGA 2G41A 3OZPA 2Y8KA 1UWQA 3BSGA 2RGLA 1ESWA 2CPUA 1V6XA 2W61A 2YL8A 2W67A 1PBGA 3BSHA 2J8FA 2GJRA 3UCQA 1WZLA 4NF7A 3WNMA 1DHKA 4U2YA 5JIWA 1VB9A 3ARTA 1GQLA 2VNCA 2XVKA 4TOQA 3CUIA 4MNJA 2J79A 1E6ZA 4P7LA 3AXIA 1BSIA 4V27A 2J7BA 3PTKA 2NSXA 3ZJKA 3FN9A 3GDBA 2FH8A 2ZE0A 4DUWA 1ZB5A 2ZXQA 4B15A 4EE9A 5E70A 2GK1A 4PTXA 5E6ZA 1HVQA 1V3JA 2G3JA 1D2KA 3AHVA 1AVAA 1J0YA 2IXUA 2VRJA 3ARYA 1XH1A 2JEPA 1YQ2A 1V0MA 1G94A 2WZHA 3FHQA 4HMCA 1BHGA 2XFYA 4AYSA 3OA5A 4P7NA 4D6IA 4QLLA 1JD7A 2V3DA 2Y2WA 5A69A 3T0AA 3WNKA 2WCAA 5A6LA 4KRTA 1GOMA 3UERA 1CIUA 2W63A 2CXGA 3WKZA 4LX4A 2CYGA 4FLSA 2E40A 3RPMA 2DGAA 4F8XA 1QW9A 5C70A 3BAWA 3U57A 3VDBA 3AYRA 2BNJA 4Z2LA 3QR3A 3A4XA 3VX0A 5HOSA 3ZMRA 2OWWA 1BVNP 2VZVA 3AQUA 2ZXBA 2ZOXA 1EIBA 4MJ2A 4MAZA 1I1XA 1W2VA 1KXVA 4UQ9A 3N12A 2XM1A 1VEPA 1CEOA 6A3HA 1C8YA 3VUPA 3ALFA 3K46A 2WSPA 3TTYA 1E4IA 3SCPA 1BYDA 4Z2JA 1EDGA 3M07A 1OGSA 1HP5A 2WZIA 4HOXA 3WDJA 3UR7A 3PBGA 1P6WA 3GXIA 3WH9A 3U5YA 3NCOA 3AI0A 1JYNA 3DYPA 3NDZA 2XIIA 3WEMA 1PIFA 1RD6A 4K68A 1Q6CA 4PMRA 4L4PA 3T0DA 1BGGA 5GPRA 2FDMA 1JZ4A 4UQAA 1JZ8A 1SR0A 4CN4A 3O2LA 3GH5A 1H1NA 4P7OA 4W7UA 2BHZA 1CXIA 5CGTA 3WUBA 1HKKA 2ZXDA 4JHOA 4MB3A 4FF5A 4E2OA 1V3MA 2J7CA 2CHOA 4KGJA 5HPCA 2ZX5A 3BAKA 4Z2IA 3IK2A 5IXEA 1IT0A 3HJEA 2AMGA 1E3ZA 1WO2A 3K4DA 1DTUA 1J0KA 1E6RA 1MFVA 5BXTA 1RP9A 1JYXA 1TUXA 2E8YA 1OD0A 4H8HA 1GORA 2YKKA 1CGWA 1ECEA 3PN8A 5D4YA 1E4NA 3CUJA 1R7AA 4R27A 4WJXA 1UUQA 2ZX7A 4JFUA 4D6DA 4OJYA 2F2HA 1NQ6A 2PI6A 1MXDA 2WVSA 1CDGA 2PC8A 2QMKA 3MKKA 4JL1A 2ZIDA 3WH7A 4LYQA 5HPOA 1H49A 4PMZA 2VX4A 1SMDA 1EOKA 1FH7A 1QHPA 4W84A 1HKJA 3I3BA 1EDTA 2BHUA 1ZBKA 1TE1A 3KWXA 4D6HA 4PMUA 4TVUA 4RE2A 3WMCA 1HJWA 3VDAA 1LL4A 1JD9A 1DWIM 3CHDA 1OGGA 3VIGA 1NWRA 1CGVA 1M01A 4HTYA 3AMLA 3VM7A 2GVYA 1W9XA 5JBFA 1JG9A 1L0PA 3PHAA 5CLTA 1KBBA 1V3IA 3W6LA 2YDSA 4AD5A 3ARWA 7TAAA 1ISYA 4JAWA 1QI3A 3SCNA 1BF2A 3D3AA 9CGTA 4WK9A 3G6LA 3L4VA 4FLOA 2YL5A 4YHEA 1UWSA 1GOOA 1EH9A 3CUFA 1OSEA 3K8MA 4YN5A 3II1A 3PZOA 3POHA 4E8CA 1WNOA 1RH9A 1VBUA 4W93A 4CU8A 2F8QA 1JFHA 3FY1A 1GCYA 5FIPA 3N11A 4GZEA 1E0VA 5CZKA 2VVNA 1PPIA 1J9YA 1G5AA 5CSYA 1K9DA 3SCVA 5A8OA 1CGYA 2Y4SA 4UOQA 5I6SA 4OIFA 1ZBVA 5A1AA 4MB5A 3CGTA 3IJ8A 4AIUA 4D6GA 1ITCA 2YDQA 4KH2A 5BWFA 2OSYA 2WSKA 2V3GA 1VFOA 1DP0A 2YBTA 3GH4A 3VIIA 4RE3A 1Q6EA 3OG2A 2J7DA 2E9BA 2VO5A 1WP6A 1ZBCA 2A3EA 2D23A 4F9DA 4UR9A 3PZIA 3MMDA 2EPLX 2J78A 4MTVA 2YLLA 4R5EA 4PMQA 3ARSA 4JCLA 1E3XA 2C7FA 3WQWA 1JFXA 3UEQA 1XH0A 5BYWA 2NT0A 4V28A 3FHAA 5E09A 3VX1A 1MYRA 4AD4A 3W81A 3LPGA 3QGVA 5E9AA 1E43A 1E5JA 1Q4NX 4JHZA 2ZX9A 4QAWA 3L4XA 1FFQA 2AOSA 1HJSA 4KGLA 3ZOAA 3SCOA 2DH2A 3B9AA 2J8GA 3RO8A 4GI9A 5BRPA 1NARA 2VZOA 3BAJA 2QPUA 1ODUA 4D1JA 1SFSA 3O6AA 3CTTA 3ZR5A 1UR8A 4CCDA 6TAAA 1B3VA 2YJQA 2VOTA 1Q6DA 2VX6A 3CZJA 3ARRA 1E5NA 3NJ3A 2QHAA 2DSZA 2XWEA 2EPNA 1UD5A 3NUKA 3WUFA 4NZCA 3AZSA 4YHGA 1MW3A 3A4AA 3FAXA 4D71A 4GI8A 1BQCA 1QNSA 1NOFA 4WKHA 4LGXA 4GIAA 1MW1A 4PSRA 3LPPA 1QNQA 1QNRA 2CESA 4W88A 5EFDA 3SCSA 2BY2A 1JF5A 2AAAA 3ARZA 1GHSA 3CUGA 1CZ1A 1UR4A 4W8AA 1DWJM 5A6SA 2QMJA 2X2YA 3WDQA 4MAVA 3RM4A 2DQXA 1W1TA 1JXKA 4M56A 3I3DA 2CITA 2WCGA 2VURA 4GO8A 5A6KA 2BY0A 2YL6A 2WC3A 3CHEA 2CBVA 1PX8A 1ZS2A 5I3DA 3MSGA 5BXPA 5ABFB 3WF0A 2C8NA 4WIWA 2VX7A 4M81A 4AY1A 5ABFA 2J7HA 1LG1A 2D22A 3EDDA 5A2CA 1JF6A 2A3HA 2F61A 4GKLA 3VINA 2V38A 4X9YA 1W3KA 4WF7A 1QI5A 2NW0A 4AZ5A 1PZ3A 1D7FA 3GNOA 3VDHA 2X05A 1DEDA 4CU7A 1WDQA 4P7QA 2ZUUA 4H8UA 3RJXA 4S3KA 1WKYA 2WW5A 2DH3A 2O9PA 3IANA 3MSDA 1C90A 2JFEX 5I23A 3NSNA 2NT1A 4IISA 1KGUA 4P8WA 2CKRA 2DT0A 3CH9A 4RL3A 4ZE5A 3VOCA 2D24A 1J12A 3QHOA 1FH8A 4UZUA 2EQDA 1GHRA 1JAKA 4PCTA 4GINA 3OB8A 4ATDA 1IZJA 2WAGA 4PRWA 3WD3A 4AZ7A 4BA0A 1JNDA 2E8ZA 1JDAA 2BS9A 3EDEA 1BAGA 1PJ9A 2XVNA 3WBAA 5E0CA 2ZUWA 2ZUTA 4GZJA 3PZTA 3VPLA 2ZUMA 3OGSA 5CXPA 2FHFA 4UFMA 2D0GA 1JDCA 1M04A 3AIEA 4DM1A 1V6YA 3OLEA 2ESCA 2D20A 4H2CA 2JIEA 3RIKA 3AZRA 2J7FA 1H4PA 5CPSA 3W24A 4S3JA 1EO7A 3ARVA 1XYFA 1E55A 2UY3A 3N15A 5CPQA 2XUCA 1JIBA 4XZBA 1L8NA 2WC7A 4U5IA 3IAPA 4D6JA 2VR4A 1XSKA 4QCFA 3CMJA 3CO4A 4UFHA 3CZLA 1HL8A 1E56A 1W32A 4OBRA 1VBRA 1FHDA 3W29A 6CGTA 1GOWA 3PZMA 3SCTA 2VCAA 5HDRA 1G01A 1PEZA 3NSMA 3CZ8A 5A8NA 1I75A 5A95A 2X8RA 5C8BB 4GO9A 4D1IA 3A4WA 4AZHA 1QW8A 1ISZA 2BVDA 5FD0A 1V02E 3AMGA 1AMYA 4L4OA 4MNMA 2WYSA 1F4AA 1ZL1A 4CUCA 4MB1A 4IPNB 4WKAA 5AC4A 3QHNA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4J3U A;  3VGG A;  3DHP A;  4U31 A;  5FL0 A;  2OYL A;  3VGD A;  4UZS A;  1V0L A;  4HA4 A;  3VIP A;  2IUZ A;  1UH3 A;  3QOK A;  4JFV A;  1W1V A;  1H09 A;  5F7U A;  3WDR A;  3W0K A;  5EFF A;  2VVS A;  1WAW A;  1X6L A;  2CBJ A;  4D6C A;  1QPK A;  1CGU A;  1CLX A;  3ZSS A;  4URI A;  4MNL A;  3SEP A;  5AY7 A;  3VD3 A;  2WHK A;  1H0G A;  2XFF A;  4IM4 A;  4J7R A;  1TZ7 A;  5DMY A;  2X09 A;  1HIZ A;  4NRR A;  2DT3 A;  3WH5 A;  1U33 A;  1OT1 A;  5BCA A;  1WDS A;  3T09 A;  2WVV A;  5A2A A;  2MAN A;  1XH2 A;  3GZA A;  4GXP A;  4A3Y A;  5CQ1 A;  2QF8 A;  4KWU A;  1BLI A;  2J47 A;  2J74 A;  5GNY A;  4UQD A;  1NP2 A;  3NSX A;  2DT2 A;  4U3A A;  1LL6 A;  4CN1 A;  1VFM A;  4PMO A;  1S46 A;  1OIM A;  1NOW A;  2VZS A;  2WKL A;  3RME A;  4XX6 A;  3OBA A;  1FFR A;  4KMQ A;  2X0H A;  3CMG A;  4PN2 A;  1WZK A;  4PMN A;  1H41 A;  1I1W A;  4F9J A;  4J3X A;  4AMC A;  4LYR A;  1JAE A;  4GI6 A;  3AIV A;  7CGT A;  2OYK A;  4W8B A;  1AQ0 A;  3M6D A;  2XIB A;  4AC1 X;  3U5U A;  1JL8 A;  1W2P A;  1BYC A;  2WNW A;  1QNP A;  1W1Y A;  1A47 A;  4W5Z A;  3GM8 A;  1KB3 A;  4PTM A;  1GW1 A;  3IJ7 A;  1GVI A;  4FLR A;  2YDR A;  4CD6 A;  2XFR A;  1MW2 A;  1QNO A;  4PTV A;  4HZ8 A;  1B9Z A;  1E71 M;  3PZN A;  3M46 A;  2V5D A;  4CCE A;  2OYM A;  1JZ3 A;  4PUD A;  4B16 A;  5DF0 A;  2VMF A;  1MXG A;  1UD8 A;  1UD2 A;  2J4G A;  3VMO A;  4CVW A;  4LXF A;  1J11 A;  1E0X A;  1V3H A;  3B9E A;  3ZM8 A;  2BVY A;  2J7E A;  2WLY A;  3BH4 A;  1EA9 C;  2C0H A;  3WH6 A;  4WLC A;  2ZIC A;  2O9O A;  2WLZ A;  2JEQ A;  2XG9 A;  1ITX A;  1XSI A;  1Q6G A;  4IPL A;  1HP4 A;  2FH6 A;  4UFI A;  1VEN A;  3OIH A;  2E9L A;  1EGZ A;  2WBG A;  3KL3 A;  3KZS A;  3WF2 A;  5A6B A;  3VDC A;  2A3A A;  1OCQ A;  4ML4 A;  4UQC A;  3L4T A;  1ZJB A;  2EXO A;  5CGM A;  4PMD A;  1Y7V A;  1TR1 A;  2XGI A;  1XRV A;  2EBN A;  4TX8 A;  4H8V A;  1J0J A;  4PBG A;  3BAI A;  4WSK A;  3B9D A;  3AS2 A;  5DT7 A;  4OOZ A;  1MW0 A;  4PMY A;  1TCM A;  1UG6 A;  2PBG A;  1OM0 A;  2BFG A;  4ZEN A;  1HF6 A;  4C7F A;  3CUH A;  4UNI A;  1CLV A;  3EDF A;  4UFJ A;  1UKO A;  1VFF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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