3DBPA

Crystal structure of human orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with 6-nh2-ump
Total Genus 97
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
97
sequence length
257
structure length
257
Chain Sequence
KELSFGARAELPRIHPVASKLLRLMQKKETNLCLSADVSLARELLQLADALGPSICMLKTHVDILNDFTLDVMKELITLAKCHEFLIFEDRKFADIGNTVKKQYEGGIFKIASWADLVNAHVVPGSGVVKGLQEVGLPLHRGCLLIAEMSSTGSLATGDYTRAAVRMAEEHSEFVVGFISGSRVSMKPEFLHLTPGVQLEAGGDNLGQQYNSPQEVIGKRGSDIIIVGRGIISAADRLEAAEMYRKAAWEAYLSRLG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Crystal Structure of Human Orotidine 5'-Monophosphate Decarboxylase Complexed with 6-NH2-UMP
rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags Lyase
source organism Homo sapiens
total genus 97
structure length 257
sequence length 257
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.4.2.10: Orotate phosphoribosyltransferase.
pdb deposition date 2008-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3dbpA00
2DZVA 3B0PA 5F4SA 4LTSA 3QZEA 1W5QA 3LCGA 1JULA 3W2NA 5HUOA 4NX0A 2H8XA 3TMLA 1ICPA 5AFDA 1LBMA 1PCKA 1VYSX 1TPH1 2I1OA 4JTTA 3STFA 1KM2A 1VHNA 4Q32A 1A5CA 4A2RA 4GRSA 2KZHA 4GUGA 3T4CA 1LOLA 4O54A 1VPXA 2V0TA 1H1YA 3QFEA 2FB2A 1RR2A 1HG3A 1EB3A 2Z0IA 1NFBA 1RQHA 1YDVA 2V2HA 1G67A 1WXJA 3ABQA 1TCDA 3INPA 1WAUA 2CLLA 1YDNA 2P10A 1IIHA 5KMYA 3PBVA 4LC6A 4UTTC 3W7QA 5FEZA 3L66A 3FKKA 4Q4KA 3MMTA 4AWSA 4O19A 5FEPA 1ME7A 4KFPA 4E2BA 1YTKA 2GQ8A 3LRKA 3T44A 3VE7A 4PC8A 3W07A 4TU1A 2ZZ6A 4RZ4A 3A5FA 3W2MA 1ZJIA 3N34A 2YCEA 1QPRA 3BK0A 3SGUA 4AWTA 3KRSA 3Q58A 1PE1A 1FWRA 3DXIA 1IXPA 5MHBA 4NXSA 4ZQNA 3GR8A 3O16A 3NPUA 1SFJA 4GBUA 3IIVA 4NNCA 2Y63A 1OF6A 3KVJA 2QJIA 4MUZA 4TO8A 3C2FA 1OFAA 2YFOA 4LOCA 4AB4A 1R2TA 3NPVA 3VCRA 1XDLA 1YDOA 5C2XA 4BF9A 1R46A 3MHGA 1GT8A 3TNOA 3LRLA 4J9JA 3NQDA 3UXAA 1RV8A 5TQLA 2V30A 2WPBA 5KTLA 1AW1A 5BNKA 3L21A 5K7JA 3CIXA 4JY8A 3CIWA 1ZNNA 1S5TA 1QPOA 2YXGA 3NG3A 1TPFA 1F73A 1ZCOA 1P4CA 2LLEA 4O53A 4UTJA 3I68A 2BZNA 4IPIA 4O1AA 1JJKA 3NL5A 3OVPA 3SI9A 3BLFA 4AHPA 3CWNA 3EB2A 3PAJA 1OK6A 1H60A 5DBTA 4OE7A 4GUHA 1AW5A 5K9DA 1VLWA 4QJ1A 1GG0A 1FXPA 5AN7A 3DZ1A 2GVGA 3NM1A 1TV8A 2QCEA 4MYXA 3S1WA 3W1AA 2QJGA 3LXBA 4K7YA 3GK0A 4XTDA 4QISA 4TMBA 4A3UA 3ZR4A 3BW3A 3W76A 3G8EA 2CZ5A 5I3JA 1OX4B 3HB9A 1F5ZA 4JX6A 3IRDA 4N6EA 2RKXA 1TTJA 2A1YA 1FWTA 3W83A 2A5HA 3CLMA 3W9ZA 4IX0A 1LTDA 3L0NA 1GWJA 1KA9F 4UCGA 3C2OA 3W85A 1PHQA 1X7FA 3G18A 4QM1A 3MYOA 2DZSA 4Z1BA 1MEHA 2G97A 4NJKA 4OV4A 3IGSA 3N14A 2X1UA 5TBOA 1SZEA 3IIZA 4DBEA 3BVJA 4Z08A 5I3GA 3NM3A 2NUXA 3GNDA 3GIYA 3IVUA 4LY8A 5G4EA 1KLZA 4XZ9A 2E6DA 4LV4A 4IWWA 3QMSA 4JY9A 4O52A 4X2RA 4EVZA 3NL2A 2VELA 5C6MA 2DZUA 2QJHA 3FA5A 3SW6A 1SO5A 3N73A 1KFEA 1OFBA 3IIOA 4IPJA 5A5WA 2CU0A 3V75A 5ABTA 4O14A 2E09A 2IQTA 4IMGA 2OCZA 3UWQA 3TSMA 5I3IA 1KBIA 4JYEA 3GAYA 5AHLA 5E93A 1RD5A 1A5AA 3NO5A 1XXXA 2G95A 1LLWA 2Z6JA 1R30A 1P0NA 4BR1A 2QCDB 5F2LA 3L0GA 5D09A 3QW3A 4QNWA 4CQAA 4HNUA 1TTPA 4LS0A 5DELA 1B57A 1RQBA 1LDCA 3BLIA 4RV8A 3VI2A 4M19A 3JR2A 4RK8A 3MBFA 4MJZA 2YW4A 1LORA 4FX6M 1OFDA 4RXGA 4OGZA 2QUTA 2B7NA 3RNDA 2C3ZA 3UWZA 1DJQA 5C5YA 1OFOA 4MZ8A 1V7YA 3B4UA 4L4MA 2CLIA 1JCYA 2A85A 4FNTA 1LRTA 2ZRVA 1PL9A 1IGSA 1FCQA 1ONRA 1IIGA 1FX6A 1B9BA 1EP3A 1ICQA 4JD4A 1UCWA 3UD6A 3M5VA 4POCA 1GZGA 4NQ1A 2DJLA 1BEUA 4IX2A 3W7PA 1F76A 3ATZA 4LS1A 1OK4A 1SPQA 4R33A 3NQCA 4MOZA 1KM3A 1SW3A 2PE4A 3I6RA 1VS1A 4MY9A 1Q6OA 5K9CA 4DQWA 1KFBA 4D2JA 3MBDA 4Y8FA 2ZZ5A 5KINA 2C13A 4UC5A 1XCFA 5HMSA 3S1XA 5AYYA 3LHYA 3NPWA 2EF9A 3EWBX 1XI3A 5DCDA 3W75A 1YXCA 3UZ5A 3VE9A 4WY0F 3CEPA 3FLUA 3QQ0A 5E1QA 4PH6A 3A24A 3PG9A 3MO7A 2VEPA 1XUZA 1QDSA 3NL6A 4O4VA 4Z1DA 4CQ8A 1DJNA 3TAKA 3QYQA 4MKNA 3W74A 2W6RA 5IM51 3TQVA 3O8AA 1W37A 2A6NA 2EGZA 3FJLA 3CQ0A 3FYOA 3LDVA 5DLCA 4HSOA 5FF0A 4JGDA 5EPDA 1TPB1 2VKZG 4JEQA 2ZA3A 2ABBA 4Y9AA 1UJPA 3S1UA 4JR5A 3P67A 4XBKA 2PRMA 1ADOA 3EWYA 2C14A 2QDGA 4NUWA 1TV7A 2F7FA 5LGXA 4O50A 1MEIA 3EX3A 3TDFA 4KFOA 2B0MA 3TFCA 3W2UA 4M6QA 4NXKA 3L68A 4IXXA 1H51A 5DCBA 1WBHA 3W1NA 2CLFA 2V8ZA 3S6DA 4AF0B 3QSTA 5FF7A 3P74A 1PV8A 3QSRA 4PODA 3PSVA 3DFSA 4EOUA 4HKPA 3PY2A 2V5BA 3NAVA 1OYBA 4RJEA 1FWNA 3GB6A 4XKYB 5HQEA 3OHIA 2ZZ1A 1QCWA 4Z1CA 3R8RA 1XBZA 2H3BA 1KV8A 3MP3A 4S2BA 3P80A 3FOKA 1I2QA 2YYUA 5AB3A 3G1FA 4WQ6A 4DO6A 2QCGA 1HTIA 4ADTA 2Y61A 2PRHA 4LNYA 2JGQA 3LTPA 3MHUA 4FIRA 3M16A 3G1AA 3MWAA 1GYLA 2ZZ3A 3PUDA 5D33A 5F2MA 4YCOA 3T40A 3U8GA 1VHCA 2C18A 3EEGA 1FBAA 1NSJA 3C52A 1W54A 5AC8A 4I7UA 2EKCA 3BW4A 3DFOA 3U2OA 1XDMA 2V5LA 3STEA 5G1YA 2H90A 4DEFA 2NV1A 1OHLA 3DH7A 3DENA 1DORA 1JUBA 1SU5A 4E2DA 1N7KA 4O13A 3EKZA 3GDKA 3MHFA 2RDTA 3W1QA 1TJPA 3N9SA 2P1FA 3ABOA 2TYSA 3OBKA 1W5OA 3PBUA 2DZXA 4KWVA 4N6FA 8TIMA 3WJXA 1JR1A 3EWZA 3SECA 2FTPA 2V81A 2NUYA 5HWMA 3W1PA 3HGJA 3CB8A 2C0AA 1VRDA 2HS6A 2G5WA 3WK2A 1VQTA 2Z1BA 1AMKA 1G4TA 1Q6RA 3C0JA 2WJZA 1C9DA 5L6UA 4IMDA 5C54A 2CZDA 4FF7A 2FPYA 4N4QA 3IIPA 5DXXA 2W79A 3CHVA 5HWJA 5DBUA 2XN0A 3G3MA 3W1XA 3P8IA 3TQKA 3WK0A 4QNEA 2QR6A 3W1MA 1A5BA 1OFPA 4K7VA 1ICSA 4JX5A 3TJLA 2J27A 3G3DA 1W8SA 4N9EA 2NWRA 4QAIA 1QO2A 3CTLA 3RMJA 3TKFA 3SR7A 1M5WA 3DKJA 3N2MA 2J9XA 4RZ6A 3G1XA 3NNTA 2DJXA 3PVFA 1TYGA 1R2SA 4TIMA 2I9EA 3BARA 2YX0A 1EEPA 3M5YA 4UTWA 5BOOA 4MLJA 2YPIA 5CPLA 1ZALA 3WJZA 2E5BA 3C61A 4DPPA 3ZFHA 4NZFA 3A23A 2QDHA 5EY5A 4UTKA 3B0UX 4K39A 1W3IA 2Y7FA 4JXCA 4WXYA 1DHPA 3P5YA 4MZYA 1QR7A 3H53A 3HG5A 3IEBA 1TPDA 3W1LA 3S8HA 4JTEA 1SO3A 3PUEA 3GDTA 3KOFA 4OWGA 4LRTA 1SO6A 2Y85A 1YXDA 1O5KA 2CZFA 5CZJA 5EBUA 3HMJG 3S42A 3EX1A 3P5ZA 2QKFA 2WO5A 2JKAA 4RXFA 3LGEA 2JGYA 4KKXA 4AMAA 1R47A 1OJXA 4I9AA 4W9TA 5D03A 1F74A 3LERA 3NYZA 3W7IA 2CWNA 2FB3A 1G4PA 1K8ZA 3NPXA 4HPXA 3W7LA 4BWLC 1THFD 1L6YA 1XBVA 2O7SA 3BV4A 2CLMA 3WFAA 3WJYA 1FCBA 3W1TA 2J9ZA 3N2XA 4WY0A 2YZRA 1A50A 2X1RA 1HO4A 2J24A 1LBFA 2NV2A 2CW6A 3QRHA 1F6PA 1CX9A 5AHIA 3DBPA 3W86A 2E77A 3TMQA 4NNAA 3L65A 4UTHA 3UPBA 3GAKA 7TIMA 2DZPA 1XC4A 1ZENA 1QPQA 3I65A 4CCDA 4NJJA 3MI6A 3JRKA 4UFHA 3EX2A 2DP3A 4UR7A 3BLEA 2CLHA 2ZBTA 1W5PA 4GFSA 1AL8A 1OG0A 2GJLA 1JRBA 2Q3OA 3QF0A 2JKEA 3AO0A 4LUJA 5I3FA 4HIBA 1ALDA 4PCFA 3F4NA 2VXNA 1VLIA 4DBDA 3MUXA 4WOZA 3GNNA 1QOQA 1HUVA 4MLRA 4IUOA 3G0XA 1Y0EA 2RDWA 3E0IA 3DFTA 4IMFA 4IMEA 4S2CA 1KTNA 2ZFAA 4A21A 2NX9A 1O4UA 5EKYA 3E02A 2R94A 3W7EA 3NR0A 2A0NA 3EX6A 1LOSA 4P61A 4AWUA 1W3TA 4HT3A 4FXRA 2A7NA 2V9DA 3PS7A 3G0UA 4MIMA 4X3ZA 2NLIA 4C1KA 2ABAA 3NQMA 5F4XA 1Q45A 4DF0A 2EAWA 1HFBA 3NQ6A 6ALDA 4AH7A 4WZHA 1WX0A 4JTUA 4GXMA 1Q6QA 2E6FA 1FUYA 3PR2A 1PHWA 4O10A 3KXQA 3NZ1A 2JKPA 4QITA 3UWUA 1MEWA 3H55A 3N9RA 1L2UA 4WX2A 1D3GA 4LVGA 1SSGA 4LC8A 3W1RA 1OYAA 3C8FA 4YCPA 3A21A 2B7OA 3UWYA 1V5XA 2DU2A 3PB2A 3W70A 1TPWA 4K38A 4GUJA 3O06A 1OFQA 3C6CA 2AQWA 3VFLA 5HR7A 1S5VA 4WUIA 2YR1A 2XFWA 3C2EA 4TR9A 3WK3A 3WJWA 3S5YA 1UUMA 2DZWA 1OFRA 1YTDA 3O05A 1I45A 2WSQA 2Y70A 4U28A 3F1QA 4YLWA 2ZZ7A 5CSRA 1LRQA 4FNPA 4NU7A 2BLEA 3P84A 1G4SA 3W6YA 3F4WA 2H8ZA 2VFFA 1W3NA 1FWWA 1J4EA 3ANYA 3GYEA 4LRSA 3SIZA 1TB3A 2QCNA 3GR7A 4X22A 2FJKA 4FNRA 2DZTA 3TX9A 4LS2A 1P1XA 4GUIA 2YDAA 1Z44A 4UTWC 1LLZA 1JUKA 1TJRA 3FFSA 5HWNA 4CNOA 1RVGA 3R5EA 4ZQRA 2F84A 3HJZA 5HR6A 3EWWA 1W0MA 4AEOA 3VNDA 3W1UA 4MFEA 4QSHA 1XKYA 4ADSA 1M6JA 4LU0A 1I2OA 4ZQCA 1DV7A 3S5ZA 3OIXA 2BXVA 5CZSA 2QUVA 1M7PA 3NL3A 1DQXA 4TX9A 4NX5A 3GX9A 1ZAHA 3P61A 1FCUA 4LVBA 1YPFA 2FLIA 4A22A 3TE9A 1W56A 3LHTA 1WA3A 2Z6IA 1TPC1 4GC4A 4B5NA 5DXYA 4NJHA 1JVNA 5LNSA 1QOPA 5DY2A 1QWGA 3UNDA 4GUFA 3N3MA 4FNUA 3NQ2A 5D02A 3B8DA 4CNNA 3L5MA 5G2WA 3W7MA 3BG3A 1WYIA 3PULA 1BWKA 1EUAA 2ZRUA 3MI2A 5LNRA 4OU1A 1DOSA 3PC0A 4U4MA 1P5BA 4A2SA 3DAQA 1TO3A 2W0UA 4HNTA 3BGJA 1M7OA 1IXQA 4UTMA 1H5YA 2WV8A 4JIQA 5AYXA 4ZQMA 2B7PA 3FIGA 2V2DA 3TFXA 4UFIA 1AG1O 3T7VA 4RX0A 5G2IA 1H7NA 3GKFA 2PURA 1GVRA 1N55A 3M1ZA 4QIUA 1F05A 2HSAA 5CSSA 2VEIA 4Y6GA 1YPIA 2QCLA 3Q94A 2Y88A 3PUOA 1X1OA 1PCWA 1VCGA 3EXSA 4HNNA 1XUUA 1O94A 1GQNA 3TR2A 4LT9A 4GNJA 1H50A 5G1TA 2NUWA 1O95A 2XN1A 4O1BA 1QO5A 3G1HA 3CT7A 2ISSA 3PF3A 1CI1A 3DFQA 4NNBA 2WNZA 3TC6A 4ADUA 3GDMA 4S1FA 1K02A 2AGKA 1YYAA 1KM4A 3LXCA 2TMDA 3R13A 2Y7EA 3U6WA 3NQ7A 3CWOX 3HPSA 2NZLA 3M5XA 4K8EA 1EA0A 4UFKA 4FO4A 4HPJA 1EPXA 1W31A 1QMLA 3MP4A 3W7KA 3LHZA 3UWWA 3I7QA 2RDUA 3TJXA 1LP6A 3HGRA 1KW1A 3LHUA 3O63A 4FXSA 3ABSA 2G96A 2ZRXA 3W22A 2VFEA 3LTSA 1MZHA 2YYTA 3B05A 1OVDA 1KM6A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4GNV A;  3B0P A;  4KIE A;  4LTS A;  3WL1 A;  3RPT A;  4XBJ A;  5I2U A;  1B9Z A;  1OG6 A;  3TML A;  2ZUU A;  4F2B A;  5I09 A;  3DN5 A;  1PCK A;  4ML4 A;  1VYS X;  2C1G A;  1F07 A;  4PB3 A;  3PZO A;  4XAY A;  3VGH A;  4JTT A;  2D2G A;  1VHN A;  4Q32 A;  4W88 A;  4GRS A;  2KZH A;  3BZG A;  4GUG A;  4O54 A;  2V0T A;  1RR2 A;  1HG3 A;  1U22 A;  1V6V A;  3VDA A;  1NFB A;  2PDF A;  1YDV A;  2ANU A;  4ZA0 A;  3INP A;  1AH0 A;  4J2P A;  3UW6 A;  4HVX A;  3PBV A;  2PBG A;  1DXE A;  1BAG A;  3VIL A;  3FKK A;  4CD4 A;  5FEP A;  1ME7 A;  4E2B A;  2O4M A;  4IQE A;  4AWE A;  3LLX A;  4V28 A;  2HIS A;  1RBO B;  1ZJI A;  3N34 A;  2YCE A;  3BK0 A;  1XPY A;  4AWT A;  1PE1 A;  1ZU8 A;  1PYM A;  1IXP A;  3GC2 A;  4AZB A;  5MHB A;  3ARU A;  4NIR A;  4L7Z A;  1SFJ A;  3IJQ A;  3N4A A;  4NNC A;  3U9I A;  2Y63 A;  1ZBV A;  2JFE X;  4TO8 A;  1OFA A;  4JOM A;  2UY4 A;  4J3W A;  2OO6 A;  4AB4 A;  3NPV A;  5LA1 A;  4IGM A;  3VCR A;  3WKZ A;  1ZPT A;  4YHE A;  4BF9 A;  3VDG A;  2O9R A;  1RV8 A;  3HQN A;  1TCM A;  5TQL A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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