2J6XA

The crystal structure of lactate oxidase
Total Genus 133
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
133
sequence length
370
structure length
370
Chain Sequence
DIEYNAPSEIKYIDVVNTYDLEEEASKVVPHGGFNYIAGASGDEWTKRANDRAWKHKLLYPRLAQDVEAPDTSTEILGHKIKAPFIMAPIAAHGLAHTTKEAGTARAVSEFGTIMSISAYSGATFEEISEGLNGGPRWFQIYMAKDDQQNRDILDEAKSDGATAIILTADSTVSGNRDRDVKNKFVYPFGMPIVQRYLRGTAEGMSLNNIYGASKQKISPRDIEEIAAHSGLPVFVKGIQHPEDADMAIKAGASGIWVSNHGARQLYEAPGSFDTLPAIAERVNKRVPIVFDSGVRRGEHVAKALASGADVVALGRPVLFGLALGGWQGAYSVLDYFQKDLTRVMQLTGSQNVEDLKGLDLFDNPYGYEY
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
publication title The 2.1 A Structure of Aerococcus Viridans L-Lactate Oxidase (Lox).
pubmed doi rcsb
molecule keywords LACTATE OXIDASE
total genus 133
structure length 370
sequence length 370
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 1.1.3.2: Transferred entry: 1.13.12.4.
pdb deposition date 2006-10-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2j6xA00
1X6UA 2NV1A 3W1MA 1QR7A 3KAOA 1GZGA 2Y7EA 3W7DA 2VEKA 3BG9A 3QRHA 5F1UA 1IF2A 2A85A 4LVFA 4ORMA 1FX6A 3I68A 2QJHA 3YPIA 1LZOA 3NQ2A 4IX2A 3DAQA 3GAYA 1YPFA 2PRMA 5E0KA 4M6PA 3W83A 5G1YA 3WK0A 4N9CA 1THFD 4O13A 3O6CA 4CNPA 3H54A 1MZHA 4HHPA 4JTUA 3EWXA 1HO1A 3QPZA 1AW1A 5BNKA 3W7RA 1D9EA 2B7NA 3UYCA 5C55A 1V5XA 1BEUA 4FNPA 3QYQA 3G0XA 5F2GA 5HR6A 2WV8A 2WNQA 3HG5A 4S2CA 3WK1A 3BW2A 3KVKA 4OU1A 4MZ8A 3HG3A 1W54A 2GQAA 1O94A 1B3OA 1ZALA 4FX8A 2ATSA 4S1FA 2ISSA 5K2ZA 4O0KA 3PAJA 3BO9A 4BR1A 3W7GA 3CHVA 2VFGA 4MUZA 1YTDA 5AHEA 3EWYA 1B9BA 3HGSA 5CGQA 3ZS4A 1UB3A 3KXQA 4MY1A 1TPEA 2NXIA 4E2BA 3EX4A 1H7NA 4JGDA 1KM2A 1OABA 3FJLA 4HN4A 2EAWA 4Q32A 4IMFA 3S1UA 2CLIA 4MLJA 3U6WA 1SO5A 4DXVA 4WXYA 4JTIA 1KLZA 3LXAA 3M16A 2BX7A 4HPJA 3W75A 4UTTC 1EP2A 4MPQA 5F4XA 5F4SA 1LYXA 1H50A 1LOQA 3QQ1A 2FPVA 1F7BA 1YXYA 3BK0A 2JKPA 2NZLA 1OYAA 1H60A 3SZ8A 4O52A 4LU0A 5LNRA 3QC3A 3HPZA 3DFTA 1XM3A 5DXYA 4EOUA 3NL5A 2ZZ1A 1W37A 1GJPA 1WXJA 3JR2A 4WJEA 4XBSA 3L68A 4ADUA 5K4XA 4PA8A 1R2RA 1ICSA 3R89A 1I2OA 2DZVA 3W1LA 3BGJA 1X1ZA 3OEXA 4MZYA 1FBAA 4LT9A 5K9DA 1KA9F 4Y96A 3W86A 1RQBA 4RCXA 3JS3A 1I2NA 3W73A 4FNSA 2KZHA 2Q3OA 2ZRVA 4IUOA 4I7WA 4AHOA 1A5SA 1IXQA 4QJ1A 3C4UA 1FDJA 3T4CA 2GJNA 4DEFA 4FF7A 4JTEA 4UNKA 2ABAA 3O63A 3EX1A 3VNDA 1UUOA 2V2HA 3MI3A 5EPDA 3Q94A 4BF9A 2QUTA 1S5TA 1SW0A 2YSWA 2YYUA 1E51A 3M6YA 4JTSA 2P1FA 3O1NA 3DFPA 2E1DA 2X1RA 3CB8A 3TROA 3MYOA 3MI2A 1HUVA 2WNZA 3NYZA 3HPXA 1KBIA 3TJLA 5I3GA 3MP4A 3QZEA 4RJEA 3W2MA 2ZRXA 4UTTA 1CW2A 2A6NA 4NNBA 4P61A 3IGUA 1JUKA 1O5KA 5F2LA 2B7QA 4D2JA 5HWJA 3R5EA 4M7SA 4UXDA 3SI9A 4QNWA 3BPWA 5I3IA 4ZQOA 3GNNA 4AHPA 4RZ5A 1Q6RA 1FCQA 1PCKA 1SW3A 1TTJA 3GDLA 3IGSA 3EX6A 5AB3A 1OF6A 2B0MA 3C2OA 1VJIA 4FIRA 1JRBA 1GG0A 3LTYA 1EP3A 2R94A 5I3JA 4QISA 1JCLA 2CLOA 1B57A 4MKNA 5FEXA 5CKSA 5K9XA 3W7HA 1OYBA 2HMCA 4GJ1A 3LHWA 1Z42A 3LGEA 4WZHA 1K3UA 3LOTA 4DF1A 1YYAA 3B04A 5CPLA 1IXPA 2CLFA 2BXVA 3B0UX 1H1ZA 3EXSA 3B03A 4YMZA 1Z44A 1WDWA 4X22A 1AW5A 4ORIA 4GXMA 1SO3A 3E49A 4UR7A 3B05A 3UY7A 3NAVA 5BW6A 4NX0A 2B7PA 1Q45A 2QCHA 4WUIA 4AB4A 4GBUA 2TYSA 6ALDA 3HG4A 2CZ5A 3DFNA 3ELFA 2V0TA 3L0NA 4J9JA 4IWWA 2PE4A 5D2YA 3EWUA 2DORA 5AYYA 3UWWA 3W7QA 1A5BA 5CPMA 3G1AA 4CQ9A 4LRSA 1H5YA 5EL1A 1G69A 2GQ8A 4LUIA 4RLIA 3TK7A 3LX9A 3L65A 1NVMA 4NX5A 5D05A 1VHNA 3NM1A 4W9TA 4WQ6A 3T55A 5C5YA 1QCWA 4UFHA 4JN6A 5CZJA 4ZVJA 3FFSA 3P5ZA 5G5IA 3LHZA 5AC6A 5FF4A 2CW6A 4NJKA 1FXQA 5AHIA 3LCFA 5FF0A 3QH2A 1CX9A 3VE7A 4LVBA 4Y9AA 1KTBA 1IXOA 3KVJA 1F05A 1F74A 4CLMA 2XN1A 3CTLA 3NR0A 4XKYB 1A50A 1FY6A 1LOLA 2QUUA 1EX5A 3L5MA 1NF0A 4NUWA 3TAKA 4LS0A 3STFA 1TPWA 3W1UA 1O95A 3UZ5A 4IGHA 2V5BA 4MY8A 2JGQA 3S42A 4IOTA 1JCXA 4NJGA 3C61A 1XC4A 4X2RA 2X1UA 3TQ0A 3EB2A 2G96A 2YPIA 4L4MA 1O4UA 5K3VA 3LHTA 5T26A 4PC8A 3DXIA 5DBUA 4JTJA 3MMTA 3A22A 3R2GA 1A5AA 1B4KA 1XL9A 4UTKA 5DELA 2J88A 4R53A 1H1YA 2H6RA 1HTIA 2Z6JA 4O8RA 5TBOA 3RMJA 3IIPA 4XWUA 4GUHA 3G24A 2Y85A 3N34A 3UWVA 3QSRA 2ZTJA 3BARA 1TPUA 3O6YX 5AYXA 5I3HA 1Z48A 2IQTA 4LS2A 4WY0B 4IXHA 2Z1BA 4Y90A 3W6YA 3W88A 2RHGA 1ML1A 2J9XA 4N9DA 3TX9A 3S0CA 3D0CA 3LXCA 4EF8A 3S5NA 2H8XA 3TMLA 3GAKA 4DPQA 1RV8A 4E2DA 3NQ7A 2GVJA 2E6AA 4EWND 1RZMA 1EA0A 2RFGA 1OFRA 4AVFA 1FQ0A 2BLEA 1EUAA 4HT3A 1YXDA 2A4AA 4NXSA 1MSSA 1TMHA 4KFPA 3U8GA 1PS9A 3R12A 5KZEA 2Z0IA 4DELA 4AF0A 1DJQA 4Q33A 2G97A 3O05A 2O7SA 2E6DA 3W9ZA 4K8HA 1JCMP 1FWTA 2CZDA 3QFEA 1JUEA 3V1PA 4AMAA 3FA5A 3HJZA 2PC4A 4UUIA 3PM6A 5LHEA 3MP3A 2ZBTA 3CM4A 1SSDA 3M5ZA 5L6UA 3SW6A 1J4EA 4JTFA 3THQA 1FCBA 4CQAA 4JD4A 1GWJA 2Y61A 3E0IA 4KWVA 2YDAA 4HIBA 1OK4A 5DXXA 2OT1A 5IM51 4M7TA 3HGRA 5F2IA 5TIMA 4JICA 3G1HA 5G1TA 3TH6A 1T96A 3EXTA 1M5WA 1GVSA 1CI1A 1G4PA 1XI3A 1G4SA 4GNJA 1F2JA 2VXNA 1JR1A 3UPWA 3LTPA 2Y70A 1X7FA 2Y89A 1ICPA 3G0SA 4PCFA 3RF9A 5G2WA 2C15A 4A22A 3N9SA 2JBMA 3KFTA 3W22A 3LDVA 2ABBA 1SPQA 1KM1A 2WSYA 5LNWA 3LTSA 5SWUA 2QAFA 1QWGA 2JGYA 5U7SA 1VQTA 1XFBA 4AWTA 3GK0A 1BWKA 3NM3A 5EYWA 3P80A 1TRDA 3S1WA 3P81A 4JXCA 5E1QA 5LKYA 2NWRA 1OG0A 4PFMA 5EBUA 1ZAJA 2FB2A 3W7JA 4FX7A 4NZJA 2QKFA 4YL2A 2CLHA 3P61A 3O8AA 3DI1A 1GVOA 3CIXA 3P82A 4IMEA 4NZFA 3LBMA 2BTMA 3G1YA 3LI1A 2JKAA 4X9SA 3TQVA 3QW3A 1W5OA 3LCWA 3M1ZA 3PG8A 5LGZA 2E5BA 1G4EA 3A21A 1P1XA 1VCVA 1XXXA 4UFJA 3JRKA 2E68A 4ZMGA 2HS6A 3WJSA 4O10A 2J9YA 3PB0A 1LLZA 1H7WA 5EMUA 3TSMA 1DV7A 1O5XA 4ZQMA 1GQNA 2B4GA 2CLEA 4XUGA 1I2QA 5KZMA 1WAUA 5EKYA 3W2NA 2ZZ5A 3A24A 2C18A 5LNVA 2FPTA 3CLMA 4JTGA 1NSJA 3NQEA 4K39A 1TPH1 1EWEA 2JK2A 2RDTA 3L66A 4XBKA 3QJAA 4BK9A 2VC6A 2XN2A 4FNRA 2EGZA 1LBLA 3NQMA 4NJIA 3DI0A 5F4WA 3LV5A 1ICQA 2I14A 2OMAA 4AEOA 1JQVA 3NQ8A 4KKXA 3GNDA 5CG7A 2J27A 4K6AA 4PL1A 3O07A 2D73A 5FEWA 1TV5A 4MOZA 1H7RA 1VZWA 2GUUA 1GT8A 1A5CA 5ABTA 1NEYA 1OFBA 4UTWA 3W7OA 4JDBA 3LLFA 5LGXA 3Q2DA 2VOMA 4O11A 3C0JA 3QSTA 3PWAA 3OVPA 5DBTA 3T78A 2V81A 4A3UA 2ZZ6A 2A7NA 3PG9A 2R8WA 3L0KA 5C54A 3W23A 2I9EA 1LLWA 4NJJA 4O14A 3W70A 3W7LA 4QITA 2ZA3A 1C29A 3H53A 4E0CA 5J5RA 4IMCA 2DZTA 4N6FA 3CEUA 1M7PA 2AGKA 1SFJA 3G22A 3QF0A 3STCA 3USBA 1KTNA 1XDMA 3DHDA 1OHLA 3O6DA 4UNLA 1G7VA 5D2WA 4ADSA 4RKAA 1U5JA 4BFAA 4UTLA 3UWQA 2E6YA 2FTPA 3UWZA 3FYPA 3PBWA 2QCFA 1KM4A 1YDVA 3W7PA 1VYPX 4HSOA 3A5FA 3G3MA 1EWDA 4R34A 4MVAA 3RK8A 5AC8A 3FS2A 3GDRA 4RZ4A 4JTHA 4GUFA 3N73A 3LRLA 3PY2A 2VFFA 5MHBA 3W7MA 1VRDA 2VFDA 5BRBA 3O16A 4YCOA 3GXNA 1VLWA 3BV4A 3CT7A 1AMKA 3QMRA 1PE1A 4XQ6A 1K7EA 4PTNA 2OJPA 4LV9A 4UFIA 5E93A 1FDYA 3N2MA 3LRKA 4M6VA 1VCGA 4BI5A 1H63A 3MWAA 1KM3A 3QEZA 4OBTA 1C8VA 3MI6A 1TPFA 3WJZA 2RDWA 4WOQA 1XUZA 4EVZA 3EX2A 4IMDA 4XZ9A 4AH7A 5AHFA 2HTMA 4YWIA 1GVQA 1LCOA 3HIJA 4FO4A 3LBCA 2W0UA 1SZEA 4OHQA 4WOZA 4LWWA 2V2CA 2H8ZA 3GIYA 1KFJA 3KHJA 4UFLA 3BLFA 4O57A 2ISWA 1OF8A 3TV8A 4X3ZA 3DENA 1OX4B 4OV9A 2Y63A 2QJIA 4FIQA 3RFAA 5AHLA 1OX5A 3W76A 3SIZA 4Z1BA 1W3IA 4LVDA 3FKKA 3W1TA 5HWMA 2W6RA 2WSQA 3TIMA 5I3FA 3FLUA 3NVTA 4I9AA 3G3DA 1LDCA 2LLEA 3U2OA 4MJMA 5DLCA 3NQFA 1AK5A 5HUOA 3H55A 1TQJA 1SZNA 1YPIA 1W56A 2R14A 4K7YA 2V9DA 2ZZ3A 1A53A 3LRMA 3UD6A 1VHCA 3M5VA 1KFCA 2UV8G 1J2WA 4JR5A 3TQKA 4CQ8A 3KRSA 5K4ZA 3TW7A 4OT7A 3FIGA 4JY9A 1EB3A 4O28A 4AF0B 4JYDA 4LC8A 1JJKA 3T44A 2P0OA 1F6KA 4R33A 4IPJA 3UZJA 1IGSA 3KVMA 1RVGA 2GQ9A 1UUMA 1FWSA 3OBKA 1QDSA 2FQIA 4O1CA 3HF3A 3UXDA 1HFBA 3N2XA 2EKCA 3GKFA 1DQXA 4M6QA 4A2SA 7TIMA 1R46A 2RH9A 3TR2A 3W74A 5FF3A 1LRTA 4GFSA 1YXCA 4R7JA 4Z1CA 1AL7A 3S1XA 1GTEA 1AG1O 3ABRA 1W5QA 1TTIA 1S5WA 3C6CA 2V30A 5LNUA 5HINA 1W3TA 3GXPA 3L5AA 2ZDRA 2ZYFA 2NWSA 3IVTA 2QCCA 3TAOA 1TSIA 1W31A 4GUIA 3SSJA 1QMLA 1JVNA 4UTUA 2VEPA 5CSRA 2ZZ7A 3CU2A 1T99A 1TPC1 3LCXA 1OFEA 3W1RA 5H91A 2I1OA 1F5ZA 5FF7A 4BI7A 3HG2A 3E02A 1GG1A 2B7OA 4N9BA 4ZQRA 1TYGA 3W72A 5AHNA 5I3KA 1RR2A 4TMCA 2YYTA 4RV8A 3WJWA 2BWGA 4PH6A 3V75A 4LVAA 5LSMA 2F84A 3PUEA 2DZXA 5KSWA 3DHFA 3EWBX 2YZRA 4UMBA 2CLMA 1H7XA 2P10A 4K7VA 3CPRA 3NZ1A 2WNNA 1YDNA 3NA8A 3PUDA 4O4WA 2HS8A 5CZSA 2OCZA 3BLEA 1ADOA 4IPIA 3WK2A 2F7FA 5D09A 2J9ZA 3GR7A 5BMWA 2ZA2A 3C2FA 1R47A 1SO6A 4KFNA 5AYZA 3PVFA 4PEKA 1ZFJA 5LHFA 4EF9A 3C2EA 4G1KA 4IJBA 4YXGA 5K9CA 3M44A 4BWLA 3ZFHA 5LNSA 3I7QA 3NQ6A 3PUOA 3IIXA 3P8IA 3IEBA 2GOUA 4JY8A 1WBHA 1NFBA 3L5LA 1Z41A 4NNAA 1PCWA 5HMSA 2Z2UA 3DKJA 1TJRA 3HGJA 3CC1A 4O4VA 3TKFA 2CZFA 3W3OA 4FB7A 4O16A 3NPXA 1OFAA 5D2XA 5HNRA 1GYLA 5D2VA 1OX4A 4MFEA 2DZWA 4TIMA 5H2ZA 2G5WA 5D38A 3W1QA 1K03A 4O15A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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